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基于SRAP和ISSR标记的花椒种质资源遗传多样性及群体结构分析
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作者 李晋华 汪志燚 +4 位作者 王少铭 冷家归 侯颖辉 罗莉斯 李德文 《种子》 北大核心 2025年第1期10-18,30,共10页
为探究国内花椒种质资源遗传多样性及群体结构,本研究采用ISSR和SRAP分子标记技术对48份花椒资源进行遗传多样性、亲缘关系及群体结构分析。结果表明,利用筛选的6对SRAP、7条ISSR引物分别扩增出43条、56条多态性条带,多态性比率分别为87... 为探究国内花椒种质资源遗传多样性及群体结构,本研究采用ISSR和SRAP分子标记技术对48份花椒资源进行遗传多样性、亲缘关系及群体结构分析。结果表明,利用筛选的6对SRAP、7条ISSR引物分别扩增出43条、56条多态性条带,多态性比率分别为87.73%、88.89%;48份花椒种质材料的平均Nei's遗传多样性指数为0.4372,平均Shannon's信息指数为0.6217。根据不同来源地,对8个花椒群体进行遗传多样性分析,遗传多样性排序表现为贵州省遵义市群体>陕西省群体>四川省群体>贵州省黔西南州群体>江西省群体>贵州省铜仁市群体>贵州省黔东南州群体>贵州省贵阳市群体;分子遗传变异分析表明,在花椒种质资源总遗传变异中,92%的变异发生在种源内,只有8%的变异发生在种源间;Structure群体遗传结构和UPGMA聚类结果表明,种源间存在中等程度的基因交流现象。利用SRAP和ISSR标记可以对花椒种质资源进行较高效的多态性检出,花椒种质资源的种间遗传分化明显,而同一种类不同来源地资源的遗传分化较小。 展开更多
关键词 花椒 SRAP分子标记 ISSR分子标记 遗传多样性 群体结构分析
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基于全基因组重测序数据的新疆褐牛基因组结构变异检测及群体结构分析 被引量:5
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作者 张涛 李佳芪 +7 位作者 胥磊 王丹 张梦华 张涛 闫梦婕 王玮韬 范守民 黄锡霞 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期3427-3435,共9页
旨在鉴定新疆褐牛基因组结构变异(structure variation,SVs)特征,并在此基础上探索新疆褐牛培育过程中受到影响的结构变异。本研究基于全基因组重测序数据,利用Manta、Delly、Lumpy三款软件对新疆褐牛及其父母本(瑞士褐牛、哈萨克牛)以... 旨在鉴定新疆褐牛基因组结构变异(structure variation,SVs)特征,并在此基础上探索新疆褐牛培育过程中受到影响的结构变异。本研究基于全基因组重测序数据,利用Manta、Delly、Lumpy三款软件对新疆褐牛及其父母本(瑞士褐牛、哈萨克牛)以及中国西门塔尔牛基因组结构变异进行检测,之后利用主成分分析、构建系统发育树和遗传分化指数(F_(ST))将新疆褐牛基因组与其余3个品种进行比较分析。结果显示,4个牛品种共检测出54969个SVs,缺失型变异占比最高(56.59%),插入型变异占比最少(0.03%)。从数量上看,这些SVs在染色体上的分布呈现出随染色体号变大而逐渐减少的趋势。不同品种间存在共有变异和品种特有变异,其中地方品种哈萨克牛拥有的特有SVs数量最多。主成分分析和系统发育树结果发现,新疆褐牛同哈萨克牛和瑞士褐牛具有较近的亲缘关系。经选择信号分析、基因注释和富集分析,挖掘出了一批与产奶性状(PI 4K2A、ELOVL3、ECHS1、SCD、TCF 7L2、PNLIPRP2、BTRC、PLCE 1)、生长发育(BMP6、TLL2、MAPK9、ROR 2)、适应性(PRKC B)以及免疫(GSTO2、GSTO 1)相关的关键基因。本研究从结构变异上解析新疆褐牛的特征,并揭示一些新疆褐牛培育过程中高度分化的基因,为推动新疆褐牛的遗传改良提供了基础资料。 展开更多
关键词 结构变异 全基因组重测序 群体结构分析 新疆褐牛
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基于SSR分子标记的紫苏种质资源遗传多样性及群体结构分析 被引量:7
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作者 向依 潘金卫 +4 位作者 李慧琳 奉斌 杨航 袁婷婷 于二汝 《种子》 北大核心 2024年第5期40-47,F0002,共9页
为了明确不同紫苏种质的遗传基础和群体的亲缘关系,本研究利用19对SSR分子标记对不同地理来源的141份紫苏资源进行遗传多样性和群体结构分析。结果表明,19对SSR分子标记扩增出80条多态性条带,平均每对引物4.26条,多态性指数(PIC)变幅在0... 为了明确不同紫苏种质的遗传基础和群体的亲缘关系,本研究利用19对SSR分子标记对不同地理来源的141份紫苏资源进行遗传多样性和群体结构分析。结果表明,19对SSR分子标记扩增出80条多态性条带,平均每对引物4.26条,多态性指数(PIC)变幅在0.3311~0.8457之间,平均为0.6206,多态性条带占比85.10%。利用UPGMA法对141份紫苏进行分子聚类,遗传相似系数(GS)介于0.4787~0.9489之间,平均为0.7099,在GS=0.696处将供试材料分为三类。通过Structure群体结构分析,将供试材料分为三大类,其中68.8%的紫苏种质资源遗传背景比较单一,31.2%的资源拥有混合血统,其遗传背景较为复杂。 展开更多
关键词 紫苏 遗传多样性 SSR标记 群体结构分析
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基于SSR标记的荷花品种遗传多样性及群体结构分析 被引量:9
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作者 杜凤凤 刘晓静 +3 位作者 常雅军 李乃伟 李丕睿 姚东瑞 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期9-16,共8页
采用SSR标记技术对42个荷花品种(Nelumbo spp.)的基因组DNA进行扩增,在此基础上,对供试品种进行UPGMA聚类分析、群体结构分析和主坐标分析(PCo A)。结果表明:采用17对SSR引物从42个荷花品种的基因组DNA中扩增出77个位点,多态性位... 采用SSR标记技术对42个荷花品种(Nelumbo spp.)的基因组DNA进行扩增,在此基础上,对供试品种进行UPGMA聚类分析、群体结构分析和主坐标分析(PCo A)。结果表明:采用17对SSR引物从42个荷花品种的基因组DNA中扩增出77个位点,多态性位点百分率为88.31%;每对引物可扩增出1~9个多态性位点。根据Nei’s遗传距离,供试的42个荷花品种可被分成Ⅰ和Ⅱ两组,分别包含3和39个品种;在Nei’s遗传距离0.150处,Ⅱ组被进一步分成Ⅱa、Ⅱb和Ⅱc 3个亚组,分别包含3、16和20个品种。群体结构分析结果表明:组分概率高于等于0.80时,供试的42个荷花品种被分成Pop1、Pop2和混合群3个亚群,分别包含17、16和9个品种。PCo A分析结果表明:在F1水平上,供试的42个荷花品种被分成2个部分;其中,Pop1亚群的品种均分布在第二和第三象限,而Pop2亚群的品种则分布在第一和第四象限。总体来看,聚类分析、群体结构分析和PCo A分析的结果基本一致。综合分析结果表明:Ⅰ组包含美洲黄莲(N.lutea Pers.)品种‘艾江南’,且与传统中国莲(N.nucifera Gaertn.)品种的亲缘关系最远,故认为该组为美洲黄莲;Ⅱ组为中国莲,其中,Ⅱc亚组以传统中国莲品种为主,而Ⅱb亚组则偏重于美洲黄莲。总体上看,供试的42个荷花品种主要被分为中国莲和美洲黄莲两组,而中美杂交莲并没有独立成组,其成因有待进一步研究。 展开更多
关键词 荷花品种 SSR标记 遗传多样性 UPGMA聚类分析 群体结构分析 主坐标分析(PCo A)
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山西芝麻种质资源SSR遗传多样性及群体结构分析 被引量:23
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作者 吕伟 韩俊梅 +3 位作者 任果香 文飞 王若鹏 刘文萍 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第7期1495-1506,共12页
为探明山西芝麻种质资源的遗传特性,本研究利用30对简单重复序列标记(SSR)对71份山西芝麻种质资源进行遗传多样性分析及群体结构分析。结果表明,30对SSR标记共检测到144个等位基因位点,平均每个SSR标记4.800个等位基因;有效等位基因数在... 为探明山西芝麻种质资源的遗传特性,本研究利用30对简单重复序列标记(SSR)对71份山西芝麻种质资源进行遗传多样性分析及群体结构分析。结果表明,30对SSR标记共检测到144个等位基因位点,平均每个SSR标记4.800个等位基因;有效等位基因数在1.058~5.149之间,平均2.805个;Shannon指数变幅为0.128~1.813,平均为1.096;Nei′s遗传多样性指数变幅为0.055~0.806,平均为0.558;多态性信息含量变幅为0.053~0.783,平均为0.515。基于SSR标记对参试材料进行聚类分析,遗传相似系数为0.21~0.67,在遗传相似系数0.27处将参试材料分为6个类群;基于SSR标记对参试材料进行群体结构分析,将参试材料划分为5个组群。综上所述,山西芝麻种质资源间遗传差异相对较高,具有丰富的遗传多样性,在今后芝麻种质资源创制利用中,加大山西芝麻种质资源的开发与利用,可为芝麻品种遗传改良和优异基因发掘奠定良好的基础。 展开更多
关键词 芝麻 SSR标记 遗传多样性 群体结构分析
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基于SSR分子标记的新疆83个常规陆地棉品种亲缘关系分析
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作者 牛清东 杨延龙 《中国棉花》 2025年第7期32-37,共6页
采用简单重复序列(simple repeated sequence,SSR)分子标记技术对2022―2024年新疆种业公司提交的83份样品(包括早熟品种、早中熟品种)进行亲缘关系分析,以期为棉花品种的管理和选择提供依据。使用农作物SSR数据比对软件(登记号:2025SR0... 采用简单重复序列(simple repeated sequence,SSR)分子标记技术对2022―2024年新疆种业公司提交的83份样品(包括早熟品种、早中熟品种)进行亲缘关系分析,以期为棉花品种的管理和选择提供依据。使用农作物SSR数据比对软件(登记号:2025SR0343132)对样品SSR数据位点进行两两比较,分别利用Powermarker V3.25、NTSYSpc-2.10e、Structure 2.3.4、GenALEx 6.502进行SSR多态性分析、亲缘关系分析、群体结构分析和主成分分析。结果表明,60对SSR引物共扩增出153个等位变异,平均等位变异数为2.55,平均多态性信息含量为0.32。83份品种两两比较共产生了3403个组合,差异位点范围为0~47,位点差异大于2的组合有3290个,占组合数的96.7%。亲缘关系分析、群体结构分析和主坐标分析的分类结果基本一致,83份样品被划分为2个群体pop1和pop2,pop2包含pop2A和pop2B亚群。亲缘关系分析显示,棉种样品间的相似系数在0.503~1.000,平均值为0.690,说明棉种样品间遗传背景较窄、亲缘关系较近。主坐标分析结果显示:pop1共有样品15份,均为早熟品种;pop2A共有样品52份,其中含早熟品种29份、早中熟品种23份;pop2B共有样品16份,其中有早熟品种9份、早中熟品种7份,并没有明显的地理分类特征。这些结果可为新疆棉花品种选育和管理提供参考。 展开更多
关键词 陆地棉 简单重复序列(simple repeated sequence SSR) 分子标记 亲缘关系 近似品种 群体结构分析 主成分分析 多态性
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山西大豆自然群体产量及品质性状与SSR分子标记的关联分析 被引量:3
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作者 郭数进 杨凯敏 +3 位作者 霍瑾 周永航 王宏勇 李贵全 《山西农业科学》 2015年第4期374-377,387,共5页
为分析山西大豆品种在产量及品质等重要性状方面与分子标记的关联位点,寻找优异等位变异,优化高产优质种质资源筛选的理论体系,以大豆自然群体为研究材料(该群体包含102份大豆品种,且均无直接亲缘关系),以59对SSR引物对群体进行遗传分析... 为分析山西大豆品种在产量及品质等重要性状方面与分子标记的关联位点,寻找优异等位变异,优化高产优质种质资源筛选的理论体系,以大豆自然群体为研究材料(该群体包含102份大豆品种,且均无直接亲缘关系),以59对SSR引物对群体进行遗传分析,并应用STRUCTURE2.3.2软件对群体结构进行分析,继而用Tassel2.1软件MLM模型对15个产量性状进行关联分析,发掘优异等位变异。结果表明,102个品种组成的群体可划分成4个亚群,这4个亚群分别包括14,30,16,42个品种,在群体中所占比例分别为13.60%,29.10%,15.90%和41.30%;在所检测的47个标记中,发现有8个位点与株高、株质量、主茎节数、有效分枝、主茎荚数、分枝荚数、瘪粒数、虫蚀数、蛋白含量和脂肪含量这10个性状关联,并发掘出Satt248-A129,Satt168-A226,Sat_299-A286和Sat_299-A286等优异的等位变异。 展开更多
关键词 大豆 自然群体 群体结构分析 关联分析 优异等位变异
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基于SSR标记的毛豆种质资源遗传多样性分析 被引量:1
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作者 向艳涛 刘昌燕 +4 位作者 韩雪松 李莉 孙龙清 陈宏伟 沙爱华 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期1029-1039,共11页
为了解不同毛豆种质资源的遗传基础和群体的亲缘关系,本研究选用212对SSR标记对来自于中国(包括台湾地区、湖北、江西、江苏、辽宁、安徽)和日本的84份毛豆种质材料进行了基因型分析,根据Nei’s遗传距离和非加权配对法(UPGMA)进行聚类分... 为了解不同毛豆种质资源的遗传基础和群体的亲缘关系,本研究选用212对SSR标记对来自于中国(包括台湾地区、湖北、江西、江苏、辽宁、安徽)和日本的84份毛豆种质材料进行了基因型分析,根据Nei’s遗传距离和非加权配对法(UPGMA)进行聚类分析,以structure软件的混合模型聚类法推断材料构成群体的遗传结构。结果表明:SSR引物在群体材料中扩增出的等位位点数为1-6个,平均每对引物为2.08个;有效等位基因1~3.74之间,平均为1.6个;基因多样性平均值为0.29,PIC平均值为0.24。聚类分析将84份材料分为4个组群,主成分分析的二维和三维主坐标分析图验证了聚类分析结果。群体结构分析显示,当K=4时,ΔK出现明显的峰值,说明最佳群体组群数为4个,该结果与聚类分析结果也基本一致;84份材料中有74份Q值大于0.7,说明该群体毛豆种质资源群体内遗传多样性不够丰富,遗传背景单一。因此,需重视对遗传背景差异大、亲缘关系远的种质资源的发掘利用,加强种质材料共享和交流,促进毛豆育种事业的发展。 展开更多
关键词 毛豆 SSR标记 遗传多样性分析 群体结构分析
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89份西瓜种质资源表型鉴定和遗传多样性分析 被引量:3
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作者 康旗帅 闫梦苑 +7 位作者 袁伟格 豆峻岭 杨森 刘东明 牛欢欢 闫文凯 朱华玉 杨路明 《中国瓜菜》 CAS 北大核心 2024年第4期14-26,共13页
以89份西瓜种质资源为材料,利用形态学标记和西瓜SNP高效液相芯片,结合多样性分析、群体结构分析、聚类分析和主成分分析等方法,对其遗传多样性进行系统全面的研究。结果表明,49个表型性状Shannon多样性指数的变化范围是0.42~3.00,平均... 以89份西瓜种质资源为材料,利用形态学标记和西瓜SNP高效液相芯片,结合多样性分析、群体结构分析、聚类分析和主成分分析等方法,对其遗传多样性进行系统全面的研究。结果表明,49个表型性状Shannon多样性指数的变化范围是0.42~3.00,平均值为2.32,其中描述型性状平均值为1.28,数量性状为2.82;33个数量性状的变异系数变化范围为5.45%~72.59%,平均值为28.00%,变异系数最大的是果实质量(72.59%),其次是第一雌花节位(64.21%)和第一雄花节位(58.59%)。利用液相芯片对这89份种质资源进行DNA测序,得到60.2 Gb的原始数据和401.3 Mb的raw_reads数据,质控后得到53.1 Gb的数据和399.7 Mb的clean_reads数据,比对到参考基因组上的reads数为332.4Mb,平均比对率为82.97%,平均测序深度为923.7X。群体结构分析显示89份材料的最优群体结构数为2,主成分分析和系统发育树结果显示,在89份材料中,药西瓜与饲用西瓜亲缘关系最近,栽培西瓜与饲用西瓜亲缘关系次之。长期的选择驯化使西瓜遗传背景变得十分狭窄,通过发掘野生西瓜资源,进而拓宽西瓜遗传背景,对西瓜抗病、抗逆以及株型改良等分子育种具有重要意义。 展开更多
关键词 西瓜 种质资源 群体结构分析
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基于SNP分子标记的新疆野生黄花苜蓿遗传多样性分析 被引量:2
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作者 杜雨 于秀明 +3 位作者 汪鹏 李倩 王玉祥 张博 《饲料研究》 CAS 北大核心 2024年第4期68-73,共6页
为揭示新疆野生黄花苜蓿的遗传多样性,研究利用SLAF-seq技术对材料进行SNP开发。结果显示,材料测序平均Q30值为96.32%,平均GC值为37.99%。研究共开发了376 641个SLAF标签,多态性SLAF标签119 331个;SNP平均完整性为24.77%,平均杂合率5.53... 为揭示新疆野生黄花苜蓿的遗传多样性,研究利用SLAF-seq技术对材料进行SNP开发。结果显示,材料测序平均Q30值为96.32%,平均GC值为37.99%。研究共开发了376 641个SLAF标签,多态性SLAF标签119 331个;SNP平均完整性为24.77%,平均杂合率5.53%。供试新疆野生黄花苜蓿品系的有效等位基因数、观测等位基因数、期望杂合度、观测杂合度和Shnnon Wiener指数的平均值分别为1.380、1.594、0.220、0.117和0.327。研究表明,聚类分析将材料分为7类,PCA将材料分为3类,但样品的来源为同一个祖先。 展开更多
关键词 黄花苜蓿 SLAF-seq 分子标记 遗传多样性 群体结构分析 亲缘关系分析
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基于TRAP标记的苹果属种间遗传多样性分析 被引量:2
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作者 索相敏 郝婕 +3 位作者 冯建忠 鄢新民 王献革 李学营 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期1609-1618,共10页
【目的】了解苹果属资源遗传多样性,以期为种间亲缘关系分析提供分子水平上的可靠依据。【方法】利用TRAP(Target Region Amplified Polymorphism)分子标记对苹果属30个种和梨属3个种共33份材料进行了遗传多样性分析。【结果】筛选出的1... 【目的】了解苹果属资源遗传多样性,以期为种间亲缘关系分析提供分子水平上的可靠依据。【方法】利用TRAP(Target Region Amplified Polymorphism)分子标记对苹果属30个种和梨属3个种共33份材料进行了遗传多样性分析。【结果】筛选出的16对引物组合共扩增出407条有效条带,其中多态性条带404条,多态性百分率达99.26%。UPGMA聚类结果显示,当遗传相似系数GS=0.666时能很好地区分苹果属与梨属材料,当GS=0.680时可将苹果属30个种分为Ⅰ和Ⅱ两个亚类。主坐标分析中材料所属类群同UPGMA聚类结果有较高的符合度,基本与传统系谱一致。但群体结构分析结果同UPGMA聚类和主坐标聚类结果有一定的差异性,其中23份材料的协变量Q值≥0.6,亲缘关系相对单一。【结论】开发出TRAP标记引物组合16对,可有效地区分苹果属种质材料的遗传多样性,为苹果属种间亲缘关系分析提供了新的分子证据。 展开更多
关键词 苹果属 遗传多样性 TRAP标记 群体结构分析
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国内豌豆种质资源形态性状间的相关分析 被引量:3
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作者 李玲 《辽宁农业科学》 2012年第1期24-28,共5页
对642份国内豌豆资源的形态性状进行了相关分析及群体结构分析,结果表明:相关分析探明了东北地区豌豆亲本选择方式。在东北地区,由于株高与生育日数存在极显著的正相关,且与百粒重存在极显著的负相关,可通过对中矮秆材料的定向选择缩短... 对642份国内豌豆资源的形态性状进行了相关分析及群体结构分析,结果表明:相关分析探明了东北地区豌豆亲本选择方式。在东北地区,由于株高与生育日数存在极显著的正相关,且与百粒重存在极显著的负相关,可通过对中矮秆材料的定向选择缩短生育期、提高百粒重,达到提高豌豆商品品质的效果,提高育种效率。群体结构分析表明我国豌豆栽培资源分化成了两大基因库。 展开更多
关键词 豌豆 种质资源 形态性状 相关分析 群体结构分析
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利用转录组测序开发甘蔗SNP分子标记 被引量:6
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作者 胡小文 孔冉 +2 位作者 刘洋 徐志军 苏俊波 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第9期2527-2536,共10页
【目的】利用转录组测序开发甘蔗SNP分子标记,为甘蔗建立一种高效和低成本的分子标记开发方法。【方法】以40个甘蔗栽培品种为试验材料,使用高通量测序平台获得其转录组数据,经质控后将其匹配到参考基因组,然后使用GATK软件检测和过滤SN... 【目的】利用转录组测序开发甘蔗SNP分子标记,为甘蔗建立一种高效和低成本的分子标记开发方法。【方法】以40个甘蔗栽培品种为试验材料,使用高通量测序平台获得其转录组数据,经质控后将其匹配到参考基因组,然后使用GATK软件检测和过滤SNP分子标记,并使用snpEff对SNP进行注释及统计分析。利用这些SNP分子标记进行系统发生分析、主成分分析和群体结构分析。最后,开发KASP标记并随机验证其有效性。【结果】转录组数据经质控后平均每个样本获得6.5 Gb的序列。通过变异分析和多重过滤筛选后,共获得220397个注释到染色体上的双等位基因SNP位点,平均密度为3 SNP/kb。SNP类型及分布特征分析结果表明,编码区错义突变与沉默突变的比值(N/S)为1.05,转换类型和颠换类型的比值(Ts/Tv)为1.89,杂合SNP占38.66%~49.91%,位于转录本的SNP比例为44.74%。系统发生分析、主成分分析和群体结构分析结果均表明,甘蔗栽培品种遗传来源较为单一,但群体分化较大。开发了11176个KASP分子标记,并随机合成25组KASP引物进行多态性验证,共有23组(92%)引物能检测到扩增产物,7组(28%)在40个甘蔗材料中呈现多态性,进一步验证了这些标记有效性。【结论】与传统SSR分子标记和基于GBS(Genotyping-by-sequencing)简化基因组测序的SNP分子标记开发方法相比,基于转录组测序的甘蔗SNP分子标记开发方法在保证质量和数量的情况下能获得更大比例的有效SNP,更有利于发掘功能SNP位点,为甘蔗分子SNP标记的开发提供了新的途径。 展开更多
关键词 甘蔗 SNP分子标记 转录组 开发 主成分分析 群体结构分析
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基于55K SNP芯片揭示小麦育种亲本遗传多样性 被引量:6
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作者 卢茂昂 彭小爱 +3 位作者 张玲 汪建来 何贤芳 朱玉磊 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期1708-1714,共7页
为了解不同省份小麦亲本材料间的遗传多样性,以150份分布于安徽、江苏、河南、四川及山东等省份小麦种质资源为试验材料,利用小麦55K SNP芯片对其进行遗传多样性分析、聚类分析、主成分分析及群体结构分析。结果表明,在150份小麦材料中... 为了解不同省份小麦亲本材料间的遗传多样性,以150份分布于安徽、江苏、河南、四川及山东等省份小麦种质资源为试验材料,利用小麦55K SNP芯片对其进行遗传多样性分析、聚类分析、主成分分析及群体结构分析。结果表明,在150份小麦材料中共检测到52,537个SNP位点,质控后共获得39,422个有效标记,其中多态性标记为38,135个,占有效标记数96.74%。多态性标记在亚基因组间分布呈现D(10,450)<A(12,365)<B(15,290);平均多态信息含量(PIC)为0.315,变幅为0.068~0.375。各省供试材料平均遗传距离呈现:河南省>四川省>山东省>江苏省>安徽省;聚类分析、主成分分析和群体结构分析结果高度一致,分群结果与血缘关系、区域来源及育成单位均较为吻合。本研究表明各省份平均多态性信息含量处于中度多态水平,但材料平均遗传距离较为接近,仍需引入优质种质资源,缓解材料同质化情况,增加小麦应对逆境胁迫能力,减轻小麦实际生产中的脆弱性及风险性。 展开更多
关键词 小麦 55K SNP芯片 育种亲本 遗传多样性 群体结构分析
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基于反转录转座子及简单重复序列标记的裸大麦遗传多样性研究 被引量:3
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作者 王国荣 华为 +4 位作者 陈功海 龙周锴 李博 张文英 徐延浩 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2018年第3期357-365,共9页
为揭示裸大麦育成品种与种质资源材料的遗传结构,利用反转录转座子标记(反转录转座子-微卫星扩增多态性,REMAP;反向反转录转座子扩增多态性,IRAP)与简单重复序列(SSR)标记,分析63份裸大麦的遗传多样性。IRAP、REMAP、SSR标记分别检测到... 为揭示裸大麦育成品种与种质资源材料的遗传结构,利用反转录转座子标记(反转录转座子-微卫星扩增多态性,REMAP;反向反转录转座子扩增多态性,IRAP)与简单重复序列(SSR)标记,分析63份裸大麦的遗传多样性。IRAP、REMAP、SSR标记分别检测到315、143、38个等位变化,变异范围分别为9~58、7~25、2~4个,平均每对引物检测24.23、14.30、2.38个等位变化。REMAP和IRAP单一标记多态性位点贡献率高于SSR标记。反转录转座子标记揭示材料间遗传相似性系数(GS)为0.452~0.937,平均为0.674,在GS值0.620水平上将63份材料分为2大类,分别包含20份和43份材料。SSR标记结果显示材料间GS为0.351~0.973,平均为0.716,在GS值0.620水平上将63份材料区分为2大类,分别包含2份和61份材料。反转录转座子标记聚类结果在GS值0.740水平上能区分西藏野生资源和栽培资源,但SSR标记不能有效区分这2类材料。反转录转座子标记的主坐标及群体结构分析结果与GS聚类分析结果一致性较高;SSR标记群体结构与主坐标分析、GS聚类分析结果存在明显差异。本研究表明,裸大麦材料遗传背景简单,亚类间缺少基因交流,反转录转座子标记在裸大麦品种亲缘关系鉴定中有一定的优势。反转录转座子标记与SSR标记的协同使用可为裸大麦遗传多样性分析、种质鉴定及亲本选配揭示更多有用信息。 展开更多
关键词 分子标记 裸大麦 遗传多样性 群体结构分析
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基于简化基因组测序的基因分型技术研究两种淫羊藿遗传分化 被引量:5
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作者 王雪飞 王悦云 徐文芬 《中华中医药学刊》 CAS 北大核心 2022年第11期103-109,I0036,I0037,共9页
目的 基于简化基因组测序的基因分型技术(genotyping-by-sequencing, GBS)研究粗毛淫羊藿和巫山淫羊藿之间不同群体的差异和联系,为它们的起源和演化、育种研究提供分子生物学证据。方法 运用GBS技术对粗毛淫羊藿和巫山淫羊藿不同居群... 目的 基于简化基因组测序的基因分型技术(genotyping-by-sequencing, GBS)研究粗毛淫羊藿和巫山淫羊藿之间不同群体的差异和联系,为它们的起源和演化、育种研究提供分子生物学证据。方法 运用GBS技术对粗毛淫羊藿和巫山淫羊藿不同居群进行基因组测序,基于SNP标记对药材样品进行群体遗传学和全基因组关联研究,完成群体结构、群体历史和系统进化等分析。结果 共获得175.43G数据,测序Q30为94.92%,GC含量为42.92%,获得8 327 190个SNP。系统进化树与群体结构化分析、主成分分析结果具有一致性,贵州产巫山淫羊藿与重庆产的巫山淫羊藿存在一定的隔离,不同产地粗毛淫羊藿大部分聚类到一起,只有小部分与巫山淫羊藿更相近,同品种淫羊藿产地距离较近的群体也相对更相近。结论 GBS技术经济、高效、可靠,所获取的SNP数据量和数据质量可靠,建立的系统演化树、群体结构图、主成分分析聚类图可以相互补充、相互验证,对不同产地粗毛淫羊藿、巫山淫羊藿进行准确分类,可为淫羊藿植物基因分类和亲缘关系等遗传学研究提供可靠的技术支撑。 展开更多
关键词 GBS技术 粗毛淫羊藿 巫山淫羊藿 单核苷酸多态性(SNP) 系统进化树 群体结构分析
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