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基于群体多样性反馈控制的自组织微粒群算法 被引量:25
1
作者 介婧 曾建潮 韩崇昭 《计算机研究与发展》 EI CSCD 北大核心 2008年第3期464-471,共8页
微粒群算法是一种新型的群智能算法,已被广泛用于各种复杂优化问题的求解,但算法依然面临着过早收敛问题.为克服算法的早熟问题,提出了自组织微粒群算法.将微粒群体视为自组织系统,引入负反馈机制.群体多样性是影响微粒群算法全局优化... 微粒群算法是一种新型的群智能算法,已被广泛用于各种复杂优化问题的求解,但算法依然面临着过早收敛问题.为克服算法的早熟问题,提出了自组织微粒群算法.将微粒群体视为自组织系统,引入负反馈机制.群体多样性是影响微粒群算法全局优化性能的关键因素,把群体多样性作为个体微粒可感知的群体动态信息,用于动态调整惯性权重或加速度系数,通过不同的特性参数实现微粒的集聚或分散,使群体维持适当的多样性水平以利于全局搜索.用于复杂函数优化问题的求解,并与其他典型改进算法进行了性能比较.仿真结果表明,基于多样性控制的自组织微粒群算法可以有效避免早熟问题,提高微粒群算法求解复杂函数的全局优化性能. 展开更多
关键词 群智能 微粒群算法 群体多样性 反馈控制 早熟 自组织
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保持群体多样性的遗传算法 被引量:8
2
作者 杨荣富 金菊良 丁晶 《四川联合大学学报(工程科学版)》 EI CAS CSCD 1999年第6期13-16,23,共5页
遗传算法是新近推出的一类有效的全局优化方法.它的主要缺点是早熟收敛。为此,一般遗传算法往往需要一个很大的群体,降低了其应有的效率。本文提出了保持群体多样性的几种策略,形成了一种改进的遗传算法。算例分析表明,该方法是稳... 遗传算法是新近推出的一类有效的全局优化方法.它的主要缺点是早熟收敛。为此,一般遗传算法往往需要一个很大的群体,降低了其应有的效率。本文提出了保持群体多样性的几种策略,形成了一种改进的遗传算法。算例分析表明,该方法是稳健而有效的。 展开更多
关键词 遗传算法 群体多样性 全局优化 DM-GA 最佳化
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遗传算法中群体多样性评价指标的研究 被引量:7
3
作者 何燕平 何辉 张筱磊 《哈尔滨工业大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2009年第3期67-70,共4页
本文针对遗传算法中早熟问题进行了分析,提出了评价群体多样性的两个性能指标,在此基础上结合模糊逻辑调节遗传算法的交叉和变异概率.对一组函数优化问题对标准算法和优化算法进行测试,测试结果表明基于模糊逻辑控制的遗传算法的性能要... 本文针对遗传算法中早熟问题进行了分析,提出了评价群体多样性的两个性能指标,在此基础上结合模糊逻辑调节遗传算法的交叉和变异概率.对一组函数优化问题对标准算法和优化算法进行测试,测试结果表明基于模糊逻辑控制的遗传算法的性能要优于标准遗传算法.证明本文提出的群体多样性的评价指标是有效的. 展开更多
关键词 群体多样性 评价指标 遗传算法
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基于L_1范式的粒子群算法群体多样性研究 被引量:10
4
作者 程适 史玉回 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2011年第7期190-193,239,共5页
提出了一种新的基于L1范式的粒子群算法群体多样性定义,这种观测方式可以准确地描述算法运行过程中的信息。首先,通过对比新的观测方式和已有方式,解释了新的观测方式的特点;然后通过实验观测了位置、速度和认知三种群体多样性在算法执... 提出了一种新的基于L1范式的粒子群算法群体多样性定义,这种观测方式可以准确地描述算法运行过程中的信息。首先,通过对比新的观测方式和已有方式,解释了新的观测方式的特点;然后通过实验观测了位置、速度和认知三种群体多样性在算法执行过程中的变化,给出了群体多样性的变化特征。最后讨论了粒子群算法在不同解空间维数、不同粒子群拓扑结构和不同粒子数目时的群体多样性的变化情况。 展开更多
关键词 演化计算 粒子群优化 群体多样性 位置多样性 速度多样性 认知多样性 范式
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L范式多测度群体多样性反馈的PSO算法
5
作者 江善和 纪志成 沈艳霞 《计算机工程》 CAS CSCD 2013年第5期235-242,共8页
为弥补已有算法中单一群体多样性监测方法和早熟停滞的不足,提出L范式多测度群体多样性反馈的PSO算法。利用L范式概念给出位置、速度和自我认知3种群体多样性测度方法,将多测度群体多样性作为粒子群自组织系统的反馈信息,动态调整算法... 为弥补已有算法中单一群体多样性监测方法和早熟停滞的不足,提出L范式多测度群体多样性反馈的PSO算法。利用L范式概念给出位置、速度和自我认知3种群体多样性测度方法,将多测度群体多样性作为粒子群自组织系统的反馈信息,动态调整算法的惯性权值和加速系数,从而实现群体粒子的聚集和发散。基于基准测试函数,给出3种群体多样性的变化特征,比较不同范式不同控制策略下算法的性能。实验结果表明该算法具有更强的全局搜索能力和更高的优化精度。 展开更多
关键词 早熟停滞 L范式 多测度群体多样性 自组织 粒子群优化
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河南省花生白绢病菌群体多样性及对萎锈灵敏感性研究 被引量:12
6
作者 李敏 李爽 +3 位作者 张忠信 杜鹏强 周琳 董文召 《河南农业科学》 北大核心 2021年第5期64-73,共10页
花生白绢病是由齐整小核菌(Sclerotium rolfsii Sacc.)引起的土传真菌病害,目前已成为花生生产的主要限制因子。为了解河南省花生白绢病菌群体多样性及其对常用防治药剂萎锈灵的敏感性,采用五点取样法,调查了河南省南阳、驻马店、商丘... 花生白绢病是由齐整小核菌(Sclerotium rolfsii Sacc.)引起的土传真菌病害,目前已成为花生生产的主要限制因子。为了解河南省花生白绢病菌群体多样性及其对常用防治药剂萎锈灵的敏感性,采用五点取样法,调查了河南省南阳、驻马店、商丘、郑州、新乡5个花生主产区花生白绢病的发生率,在室内离体条件下分析了采自5个主产区的28株花生白绢病菌株的形态学特征和菌丝亲和群(MCG),并采用菌丝生长速率抑制法测定了这些菌株对萎锈灵的敏感性。结果表明,河南省南阳、驻马店、商丘、郑州和新乡花生白绢病的发病率为3.6%~50.4%;28株花生白绢病菌株在菌落形态、菌丝生长速率和菌核在PDA平板上的分布及菌核的数量、干质量、直径上均存在差异,且菌株的菌核数量、干质量和直径三者之间存在显著相关性;28株菌株被划分为5个MCG,最大的MCG1包含来自4个主产区的15株菌株,除商丘外,其他主产区出现的MCG与菌株的地理来源无相关性;28株菌株的香农-威纳多样性指数(H)为1.13。28株菌株对萎锈灵均表现为敏感,EC50平均值为0.1828 mg/L,且不同主产区菌株对萎锈灵的敏感性均无显著差异。该研究表明,河南省花生白绢病菌群体具有相对较低的多样性,萎锈灵可作为防治花生白绢病的有效药剂。 展开更多
关键词 花生白绢病 齐整小核菌 群体多样性 萎锈灵 敏感性
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基因编辑技术可减缓作物群体多样性降低趋势
7
《农业科技与信息》 2020年第24期47-47,共1页
中国水稻研究所种质创新团队提出了利用基因编辑技术快速减缓绿色革命带来的遗传侵蚀效应。相关研究成果在线发表在《科学报告(Scientific Reports)》上。
关键词 遗传侵蚀 中国水稻研究所 基因编辑技术 种质创新 绿色革命 群体多样性 研究成果 减缓
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青海和甘肃两省小麦条锈菌越夏菌源群体毒性多样性分析
8
作者 周小妹 严浩浩 +4 位作者 高威正 闫佳会 侯璐 康振生 姚强 《植物医学》 2025年第2期12-22,共11页
青海和甘肃两省是我国小麦条锈菌西北越夏流行区的重要组成部分。为探明两省小麦条锈菌越夏流行群体间毒性多样性,对2020年采自两省晚熟春小麦越夏流行期与冬小麦秋苗初期148份小麦条锈菌样品进行生理小种鉴定及群体毒性分析。结果表明... 青海和甘肃两省是我国小麦条锈菌西北越夏流行区的重要组成部分。为探明两省小麦条锈菌越夏流行群体间毒性多样性,对2020年采自两省晚熟春小麦越夏流行期与冬小麦秋苗初期148份小麦条锈菌样品进行生理小种鉴定及群体毒性分析。结果表明,两省麦区共鉴定到13个已知生理小种或致病类型和17个未知类型,主要优势小种为CYR34,其流行频率为24.32%,逐次为CYR32(16.89%)、 CYR33(12.84%)。晚熟春小麦菌源群体毒性多样性较冬小麦秋苗菌源群体更丰富,两个菌源群体均克服抗条锈基因YrA、YrJu1、YrJu2、YrJu3、YrJu4和Yr1,对Yr10、Yr24、Yr26和Yr5毒性频率较低或为0。本研究明确了青海省和甘肃省小麦条锈菌越夏菌源群体毒性结构,对两省小麦条锈病流行防控与抗病品种的合理布局具有重要意义。 展开更多
关键词 小麦条锈菌 越夏流行 生理小种 群体毒性多样性
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狮头鹅群体遗传多样性和体重体尺全基因组关联分析 被引量:1
9
作者 黄红艳 张力允 +8 位作者 黄智荣 伍仲平 张续勐 欧阳宏佳 陈俊鹏 林桢平 田允波 李秀金 黄运茂 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期3914-3924,共11页
旨在探究狮头鹅群体遗传多样性和体重体尺性状全基因关联分析。本试验随机选取2年龄休产状态的狮头鹅111只(公鹅20、母鹅91只),进行体重和体尺指标表型测定和二代基因组测序(5×),对测序数据进行SNPs位点检测,计算狮头鹅群体遗传多... 旨在探究狮头鹅群体遗传多样性和体重体尺性状全基因关联分析。本试验随机选取2年龄休产状态的狮头鹅111只(公鹅20、母鹅91只),进行体重和体尺指标表型测定和二代基因组测序(5×),对测序数据进行SNPs位点检测,计算狮头鹅群体遗传多样性指标,利用单标记回归混合模型开展SNPs与体重体尺性状的关联分析。本试验采用Bonferroni法校正,即全基因组水平阈值(0.05/总SNPs)和染色体水平阈值(0.05/染色体SNP数目),确定显著性SNPs位点,并对染色体水平显著性SNPs位点上、下游50 kb进行基因注释。经过质控,共计获得7577552个有效SNPs用于进一步分析。群体多样性分析显示,历史有效群体含量、最小等位基因频率、多态信息含量、观察杂合度、期望杂合度和近交系数分别为234、0.25、0.34、0.26、0.34和0.22。共检测出6164个连续纯合片段,长度在1.0~2.0 Mb的纯合片段占比最多(74.4%)。体重体尺性状的全基因组关联分析发现38个染色体水平显著性SNPs,涉及90个基因。其中影响生长发育相关的基因有7个,即D 2HDH、THAP4、ESPNL、EPT1、TNPO3、MCF 2L、AIP 1。本研究利用二代基因组测序数据发现,狮头鹅群体存在一定程度近交现象,挖掘出与狮头鹅体重和体尺性状相关的7个候选基因,可为后续狮头鹅群体保种、功能基因研究和分子育种开展提供重要参考。 展开更多
关键词 狮头鹅 群体多样性 体重体尺性状 全基因组关联分析
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基于全基因组重测序SNP分析宁蒗高原鸡保种群的群体遗传多样性和群体遗传结构 被引量:2
10
作者 徐扩卫 李卓辉 +5 位作者 冷堂健 熊宝 周杰珑 郭盘江 王禹 陈粉粉 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第12期5498-5510,共13页
旨在分析宁蒗高原鸡保种群的群体遗传多样性和群体遗传结构,以期更好的保护和利用宁蒗高原鸡这一种质资源。本研究利用全基因组重测序技术检测宁蒗高原鸡(n=57)、大围山微型鸡(n=20)、尼西鸡(n=11)和独龙鸡(n=10)群体的单核苷酸多态性(s... 旨在分析宁蒗高原鸡保种群的群体遗传多样性和群体遗传结构,以期更好的保护和利用宁蒗高原鸡这一种质资源。本研究利用全基因组重测序技术检测宁蒗高原鸡(n=57)、大围山微型鸡(n=20)、尼西鸡(n=11)和独龙鸡(n=10)群体的单核苷酸多态性(single-nucleotide polymorphism,SNP),以群体观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态性标记比例(P_(N))、核苷酸多态性(Pi)、次等位基因频率(Maf)以及连锁不平衡(linkage disequilibrium,LD)衰减情况分析群体遗传多样性;使用主成分分析、系统发育树、群体结构分析探究不同品种的群体遗传结构;以群体分化指数(Fst)评估品种间的分化程度,以状态同源(identity by state,IBS)、G矩阵和群体近交系数(F ROH)分析宁蒗高原鸡保种群体的亲缘关系。结果显示,宁蒗高原鸡群体的观测杂合度(Ho)为0.212,小于其0.221的期望杂合度(He),而大围山微型鸡、独龙鸡和尼西鸡的Ho均高于He,表明宁蒗高原鸡群体遗传多样性较为丰富;LD衰减分析表明,4个品种的衰减速度由快到慢依次为宁蒗高原鸡、大围山微型鸡、尼西鸡、独龙鸡,说明宁蒗高原鸡群体遗传多样性最高,基因组受选择程度最低;主成分分析和系统发育树结果表明,宁蒗高原鸡分为3个支系,大围山微型鸡与宁蒗高原鸡、独龙鸡和尼西鸡之间的遗传背景差异较大;群体结构分析显示,当K=2时为最优分群数,宁蒗高原鸡血统较为复杂,独龙鸡和尼西鸡血统较为相似;群体遗传分化结果发现,宁蒗高原鸡与大围山微型鸡、尼西鸡、独龙鸡之间均出现中等程度的分化,而独龙鸡和尼西鸡之间的遗传分化指数较小;IBS矩阵和G矩阵分析发现,宁蒗高原鸡保种群体间大部分个体亲缘关系较远,少数个体亲缘关系较近。以上结果表明,宁蒗高原鸡与大围山微型鸡、尼西鸡、独龙鸡之间均存在中等程度的分化,宁蒗高原鸡保种群体的遗传多样性较为丰富,但保种群体间存在一定的近交趋势,应建立有效的育种方案,加强保种,避免近交衰退。 展开更多
关键词 全基因组 宁蒗高原鸡 群体遗传多样性 群体遗传结构
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四川不同寄主禾谷镰孢菌复合种的群体遗传多样性及相互侵染关系 被引量:1
11
作者 李晓迪 陈思怡 +4 位作者 陈国亮 刘林文 陈华保 杨春平 常小丽 《四川农业大学学报》 CSCD 北大核心 2024年第4期752-761,共10页
【目的】探明四川地区小麦、玉米和大豆3种寄主禾谷镰孢菌复合种(Fusarium graminearum species complex,FGSC)的群体遗传多样性及相互侵染关系。【方法】采用多重PCR和PCR-VNTR分子标记技术分析不同寄主来源菌株的毒素类型和群体遗传... 【目的】探明四川地区小麦、玉米和大豆3种寄主禾谷镰孢菌复合种(Fusarium graminearum species complex,FGSC)的群体遗传多样性及相互侵染关系。【方法】采用多重PCR和PCR-VNTR分子标记技术分析不同寄主来源菌株的毒素类型和群体遗传多样性,并通过高粱粒接种法检测菌株在不同寄主间的相互侵染作用。【结果】来源于3种寄主的禾谷镰孢菌复合种菌株被鉴定为禾谷镰孢菌(F. graminearum)和亚洲镰孢菌(F. asiaticum),其中禾谷镰孢菌的毒素化学型为3-乙酰基脱氧雪腐镰刀菌烯醇(3-ADON)和15-乙酰脱氧雪腐镰刀菌烯醇(15-ADON),而亚洲镰孢菌的毒素化学型为雪腐镰刀菌烯醇(NIV);各寄主菌株的群体遗传多样性存在差异,以小麦菌株群体遗传多样性最高,且与大豆菌株遗传距离较远;同时,各寄主菌株间能够相互侵染,但致病力存在差异。【结论】来源于四川小麦、玉米和大豆3种寄主的禾谷镰孢菌复合种遗传多样性存在差异,但可相互侵染致病,具有加重其所致病害在该地区发生的风险。 展开更多
关键词 禾谷镰孢菌复合种 毒素基因型 群体遗传多样性 致病性
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基于线粒体DNA D-loop序列的黄斑篮子鱼群体遗传多样性分析 被引量:16
12
作者 黄小林 李文俊 +4 位作者 林黑着 杨育凯 李涛 虞为 黄忠 《热带海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第4期45-51,共7页
对中国华南沿海不同地理群体的黄斑篮子鱼(Siganus oramin)进行遗传多样性分析,测定了漳州东山湾(DS)、深圳大亚湾(DY)、深圳大鹏湾(DP)、阳江沙扒湾(SB)4个群体共计100尾黄斑篮子鱼线粒体DNA D-loop序列。结果显示:序列长度约828bp,包... 对中国华南沿海不同地理群体的黄斑篮子鱼(Siganus oramin)进行遗传多样性分析,测定了漳州东山湾(DS)、深圳大亚湾(DY)、深圳大鹏湾(DP)、阳江沙扒湾(SB)4个群体共计100尾黄斑篮子鱼线粒体DNA D-loop序列。结果显示:序列长度约828bp,包含72个变异位点,50个单倍型,A、T、C、G含量平均为31.2%、31.1%、20.8%和16.9%;单倍型多样性指数为0.893±0.053~0.957±0.030,核苷酸多样性指数为0.0105±0.0031~0.0179±0.0031,表现为高单倍型多样性而低核苷酸多样性的特点;群体内的遗传距离0.0107~0.0184,群体间的遗传距离0.0112~0.0172,AMOVA分析显示群体间的分子变异占0.66%,群体内占99.34%;中性检验结果表明Fu’s Fs检验值为显著的负值(-16.7079,p<0.01);核苷酸不配对分布图呈单峰,表明黄斑篮子鱼演化过程中经历过种群扩张事件,推测扩张时间约在1.38~4.60万年前。综上,华南沿海岸4个黄斑篮子鱼群体间不存在显著的遗传分化,可划归一个管理单元,而沙扒湾(SB)群体遗传多样性水平相对较高,应优先加以保护。 展开更多
关键词 线粒体DNA D-LOOP 黄斑篮子鱼 群体遗传多样性
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基于SSR标记的云南地方稻种群体内遗传多样性分析 被引量:8
13
作者 孙建昌 余滕琼 +3 位作者 汤翠凤 曹桂兰 徐福荣 韩龙植 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期41-48,共8页
用20对SSR引物对原产于云南的16份地方稻种和2份选育品种进行单个品种群体内的遗传多样性分析。结果表明,87.5%的地方品种群体内SSR多态性高于选育品种,而12.5%的地方品种群体内SSR标记多态性与选育品种相近。81.2%的地方稻种群体内的... 用20对SSR引物对原产于云南的16份地方稻种和2份选育品种进行单个品种群体内的遗传多样性分析。结果表明,87.5%的地方品种群体内SSR多态性高于选育品种,而12.5%的地方品种群体内SSR标记多态性与选育品种相近。81.2%的地方稻种群体内的等位基因数(Na)和Nei基因遗传多样性指数(He)高于选育品种,而18.8%的地方品种群体内Na和He与选育品种相同或略小。水稻地方稻种群体内He的差异较大,其变异范围为0.0146~0.5117,其中,黄板所-1(1980年收集)、黄板所-2(2007年收集)、麻线谷-1(1980年收集)、麻线谷-2(2007年收集)的群体内遗传多样性较高,分别为0.2327、0.4214、0.5117和0.4489。87.5%地方品种的杂合度(Ho)明显高于选育品种;地方品种群体间遗传多样性差异很大,其中1/4的遗传差异来源于地方稻种群体内,差异极显著。RM333、RM257和RM180在供试云南地方稻种群体内的多态性、等位基因数、多样性指数和变异百分率均较高,适用于云南地方稻种群体内遗传多样性检测。 展开更多
关键词 水稻 地方品种 群体内遗传多样性 微卫星标记
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美国山核桃群体遗传多样性的RAPD分析 被引量:37
14
作者 张日清 何方 +1 位作者 吕芳德 栗彬 《经济林研究》 2001年第2期1-6,共6页
运用随机扩增多态性 DNA(RAPD)标记技术 ,采用 Operon公司的 10种随机引物 ,以采自美国东南部、北部、西部和我国江苏、浙江、湖北、湖南、云南等地的 9个美国山核桃栽培群体 45个单株的种子为材料 ,检测出多态位点42个。以这些多态位... 运用随机扩增多态性 DNA(RAPD)标记技术 ,采用 Operon公司的 10种随机引物 ,以采自美国东南部、北部、西部和我国江苏、浙江、湖北、湖南、云南等地的 9个美国山核桃栽培群体 45个单株的种子为材料 ,检测出多态位点42个。以这些多态位点为依据 ,计算和估测了多态性位点百分比、Shannon表型多样度指数、Virk群体内遗传距离和Nei氏群体间遗传距离 ,并用它们作为参数进行群体遗传多样性的 RAPD分析。结果表明 ,参试的美国山核桃品种群体遗传变异明显 ,且群体间差异大于群体内差异 ,我国引种的群体遗传差异大于原产地美国的群体遗传差异。 展开更多
关键词 美国山核桃 群体遗传多样性 RAPD分析
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基于线粒体Cytb基因和D-loop区的鸭绿江流域细鳞鱼群体遗传多样性 被引量:4
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作者 王丹丹 宋洁 +1 位作者 王旭 乐海梅 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第11期1675-1685,共11页
旨在研究鸭绿江流域(丹东段)细鳞鱼野生群体与养殖群体的遗传多样性,并探究其种质资源情况。基于细鳞鱼线粒体DNA Cytb基因和D-loop区序列,对宽甸(KD)和丹东江域(DD)2个野生细鳞鱼群体和1个养殖群体的遗传结构与遗传多样性等进行比较研... 旨在研究鸭绿江流域(丹东段)细鳞鱼野生群体与养殖群体的遗传多样性,并探究其种质资源情况。基于细鳞鱼线粒体DNA Cytb基因和D-loop区序列,对宽甸(KD)和丹东江域(DD)2个野生细鳞鱼群体和1个养殖群体的遗传结构与遗传多样性等进行比较研究。结果表明:Cytb基因1141 bp,A+T含量53.55%,G+C含量46.45%,D-loop区序列988 bp,A+T含量62.75%,G+C含量37.25%;基于Cytb和D-loop序列在90个样本中分别检测到42和56个多态性位点,定义了21和26种单倍型,其中KD、DD和YZ群体Cytb基因的单倍型数分别为14、10和7,KD、DD和YZ群体D-loop区单倍型数分别为16、15和10;遗传多样性分析Cytb基因表现出高单倍型多样性(0.986)和低核苷酸多样性(0.00466),而D-loop区表现出高单倍型多样性(0.981)和高水平的核苷酸多样性(0.01982),基于Cytb基因和D-loop区序列KD和DD群体分别具有4个和2个相同单倍型,说明2个细鳞鱼野生群体间的分化程度较小,而养殖群体与野生群体间遗传分化为中度;分子方差分析(AMOVA)发现群体内部的遗传变异(Cytb:73.38%;D-loop:85.91%)占比明显高于群体间的遗传变异(Cytb:26.62%;D-loop:14.09%),表明鸭绿江流域(丹东段)细鳞鱼群体遗传变异主要来源于群体内,不同地理群体间的遗传变异不大;群体单倍型系统发育树表明,KD、DD和YZ群体间互有交叉,均未表现出明显的地理聚集,3个群体间尚未出现明显的地理谱系结构,结果与遗传多样性研究一致。Tajima’s D和Fu and Li’s中性检验显著偏离中性,推测细鳞鱼KD和DD群体可能经历过群体扩张事件,随后处于相对平衡稳定状态。 展开更多
关键词 鸭绿江流域 细鳞鱼 CYTB基因 D-LOOP区 群体遗传多样性
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甘肃陇南地区小麦条锈菌群体遗传多样性分析 被引量:1
16
作者 陆宁海 吴利民 +3 位作者 王建锋 詹刚明 黄丽丽 康振生 《麦类作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期366-369,共4页
为了解甘肃陇南地区小麦条锈菌群体的遗传多样性,采用TP-M13-SSR荧光标记技术,对该地区8个种群202个小麦条锈菌分离株基因组DNA进行SSR标记分析。结果表明,甘肃陇南地区小麦条锈菌群体遗传多样性比较丰富。在物种水平上,观察等位基因数(... 为了解甘肃陇南地区小麦条锈菌群体的遗传多样性,采用TP-M13-SSR荧光标记技术,对该地区8个种群202个小麦条锈菌分离株基因组DNA进行SSR标记分析。结果表明,甘肃陇南地区小麦条锈菌群体遗传多样性比较丰富。在物种水平上,观察等位基因数(Na)为1.88,有效等位基因数(Ne)为1.50,Nei's基因多样性指数(H)为0.30,Shannon信息指数(I)为0.46,多态位点百分率(P)为87.5%;种群之间遗传多样性有显著差异。中梁种群、秦安种群的遗传多样性相对较高,武都种群、文县种群、齐寿种群和平南种群次之,礼县种群、西和种群遗传多样性相对较低。AMOVA分析结果表明,小麦条锈菌群体间和群体内都存在着一定的遗传分化,群体间的遗传变异占总变异的4.05%,群体内遗传变异占95.05%。 展开更多
关键词 小麦条锈菌 群体遗传多样性 SSR标记
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基于SSR和InDel标记的大翼橙亚属种质遗传多样性及群体结构分析 被引量:3
17
作者 江东 普金安 +3 位作者 赵婉彤 刘小丰 高恒锦 王婷 《中国南方果树》 北大核心 2020年第5期1-11,共11页
元江宜昌橙是在云南元江县新发现的宜昌橙(Citrus ichangensis Swingle)原始野生资源。为了解元江宜昌橙与长江流域宜昌橙的遗传差异,以及元江宜昌橙野生种群内个体间的遗传差异,利用筛选的21对SSR和InDel引物对元江宜昌橙群体、长江流... 元江宜昌橙是在云南元江县新发现的宜昌橙(Citrus ichangensis Swingle)原始野生资源。为了解元江宜昌橙与长江流域宜昌橙的遗传差异,以及元江宜昌橙野生种群内个体间的遗传差异,利用筛选的21对SSR和InDel引物对元江宜昌橙群体、长江流域宜昌橙群体、大翼橙群体、香橙(C.junos Siebold ex Tanaka)群体等4个群体的48份资源进行了遗传多样性分析。结果表明,21对引物共产生了131条多态性条带,平均每对引物检测到6.2个多态性条带,多态性标记位点的香农信息指数为0.14~1.11,平均期望杂合度为0.04~0.97。群体遗传结构分析、UPGMA聚类分析和主坐标分析均表明,元江宜昌橙是不同于长江流域宜昌橙的新类型,4个群体间的遗传差异较大,群体间的基因流较低。在元江宜昌橙种群内存在遗传异质个体,但种群内的遗传多样性水平比长江流域宜昌橙群体的遗传多样性水平低,香橙群体的遗传多样性水平较高。大翼橙群体中的马来西亚大翼橙(C.macroptera Montrouz.)与宜昌橙遗传距离较远,而红河大翼橙(C.hongheensis Y. L. D. L.)与元江宜昌橙的遗传距离较近。野生的元江宜昌橙是有别于长江流域宜昌橙的新类型,在进行元江宜昌橙野生资源的收集时,以居群为单位更有利于保护其遗传多样性。 展开更多
关键词 宜昌橙 元江宜昌橙 群体遗传多样性 资源保存
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水稻轮回选择群体XTBG-HP1表型遗传多样性分析 被引量:5
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作者 唐如玉 徐鹏 余迪求 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期159-172,共14页
该研究基于4个陆稻群体及172个水稻品种或杂交组合,构建了水稻多亲本隐性核不育轮回选择群体XTBG-HP1,并经过4次轮回重组,采用16个表型性状对其进行了遗传多样性分析。结果表明:(1)该群体14个数量性状符合正态分布,各表型均存在极端性... 该研究基于4个陆稻群体及172个水稻品种或杂交组合,构建了水稻多亲本隐性核不育轮回选择群体XTBG-HP1,并经过4次轮回重组,采用16个表型性状对其进行了遗传多样性分析。结果表明:(1)该群体14个数量性状符合正态分布,各表型均存在极端性状个体。(2)数量性状变异系数范围为0.08~0.41,均值为0.20;Shannon-Wiener多样性指数范围为0.72~1.92,均值为1.50。(3)群体在株型与产量构成因子性状方面有显著的相关性,对株型的选择可以实现产量性状的改良。(4)剑叶长、每穗粒总数、千粒重、穗长、粒长、一次枝梗数、有效穗数、剑叶宽、二次枝梗数、抽穗期10个性状可作为群体综合评价指标。(5)剑叶长、二次枝梗数、每穗粒总数3个表型性状具有较高的遗传变异、丰富的遗传多样性及与综合得分F值相关系数较高。综合以上结果发现,后期群体进行基因挖掘、品种改良以及优良育种材料的选育可以基于剑叶长、二次枝梗数及每穗粒总数3个表型性状,同时要充分利用群体株型与产量构成因子性状间的显著相关性。此外,该研究群体中极端单性状或综合得分F值较高的个体,可进一步用于品种选育。 展开更多
关键词 水稻 轮回选择 表型性状 群体遗传多样性 群体改良
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荣成湾孔鳐群体线粒体DNA cytb部分序列的遗传多样性分析 被引量:1
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作者 刘梦侠 王丽娟 +5 位作者 孔令怡 刘洪军 吴志昊 辛梦娇 张伟 尤锋 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第10期85-91,共7页
对2009年和2011年采自荣成湾的孔鳐(Raja porosa)群体共54尾鱼的线粒体DNA细胞色素b基因(cytb)部分序列进行测定,以分析其遗传多样性和群体遗传结构。结果显示,在所获得的782 bp序列中,共检测到11个单倍型、15个多态位点,其单倍型多样... 对2009年和2011年采自荣成湾的孔鳐(Raja porosa)群体共54尾鱼的线粒体DNA细胞色素b基因(cytb)部分序列进行测定,以分析其遗传多样性和群体遗传结构。结果显示,在所获得的782 bp序列中,共检测到11个单倍型、15个多态位点,其单倍型多样性指数(H)为0.498±0.081,核苷酸多样性指数(π)为0.0018±0.0005,遗传多样性水平较低。其中,2009年样品检测到3种单倍型、4个单一变异位点,其H和π值分别为0.378±0.181和0.0010±0.0006;2011年样品检测到9种单倍型、6个单一变异位点和6个简约信息位点,其H和π值分别为0.352±0.086和0.0020±0.0006。分子方差分析(AMOVA)分析显示它们的遗传变异主要集中在同年度个体间(98.22%),而不同年度个体间的遗传变异远远小于同年度内个体间的变异。Kimura’s 2-parameter模型分析得到的2009,2011年度孔鳐间的遗传距离为0.0013,遗传分化系数为0.01778,也表明2009年和2011年孔鳐的遗传分化程度低,没有明显的遗传变异。中性检验表明,荣成湾孔鳐群体可能发生过种群扩张。 展开更多
关键词 孔鳐(Rajaporosa) 荣成湾 细胞色素b基因(cytb)部分序列 群体遗传多样性
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14个微卫星标记分析巢湖麻鸭群体的遗传多样性 被引量:1
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作者 夏婷婷 周丽 +2 位作者 陈兴勇 匡厚坤 耿照玉 《福建农林大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2015年第3期293-297,共5页
利用14个微卫星标记分析安徽省地方品种巢湖麻鸭群体的遗传多样性.结果表明,14个微卫星标记在巢湖麻鸭群体中共检测出48个等位基因,每个基因座平均等位基因数为3.43个,各个基因的基因频率分布在0.0265-0.9735之间,14个微卫星座位的多态... 利用14个微卫星标记分析安徽省地方品种巢湖麻鸭群体的遗传多样性.结果表明,14个微卫星标记在巢湖麻鸭群体中共检测出48个等位基因,每个基因座平均等位基因数为3.43个,各个基因的基因频率分布在0.0265-0.9735之间,14个微卫星座位的多态信息含量在0.1866-0.9471之间,有效等位基因数为2-6个,基因遗传杂合度变化范围为0.0516-0.8054.群体遗传结构显示巢湖麻鸭核心群存在一定的遗传多样性,可用于巢湖麻鸭的定向选育. 展开更多
关键词 巢湖麻鸭 微卫星标记 群体遗传多样性
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