群体分离分析法在食用菌遗传研究中的应用进展 被引量：2

1

作者 桂颖 王成晨 +1 位作者 边银丙 肖扬 《食用菌学报》 CSCD 北大核心 2020年第4期179-187,共9页

群体分离分析法(bulked segregant analysis,BSA)是一种利用分离群体快速鉴定基因组特定区域遗传标记的方法。随着高通量测序技术的快速发展,再加上BSA简便、高效、低成本等优势,目前BSA已广泛应用于植物基因定位,但其在食用菌中的应用... 群体分离分析法(bulked segregant analysis,BSA)是一种利用分离群体快速鉴定基因组特定区域遗传标记的方法。随着高通量测序技术的快速发展,再加上BSA简便、高效、低成本等优势,目前BSA已广泛应用于植物基因定位,但其在食用菌中的应用还处于起步阶段。综述了BSA及其在食用菌遗传研究中的应用现状,并展望其在食用菌遗传研究中的应用前景,为今后利用BSA开展食用菌遗传研究提供参考。 展开更多

关键词 群体分离分析法(BSA) 基因定位 食用菌遗传

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基于混合群体分离分析筛选中华按蚊无锡株溴氰菊酯抗性关联SNP位点及基因

2

作者 张玉娟 孙亚雯 +4 位作者 孟晨 叶鸣昕 何东林 闫振天 陈斌 《昆虫学报》 北大核心 2025年第5期626-637,共12页

【目的】探究中华按蚊Anopheles sinensis无锡株溴氰菊酯的抗性关联单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点和基因。【方法】对中华按蚊无锡株溴氰菊酯抗性品系(WX-LR)和敏感品系(WX-LS)杂交构建的F2群体进行0.04%溴... 【目的】探究中华按蚊Anopheles sinensis无锡株溴氰菊酯的抗性关联单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点和基因。【方法】对中华按蚊无锡株溴氰菊酯抗性品系(WX-LR)和敏感品系(WX-LS)杂交构建的F2群体进行0.04%溴氰菊酯处理,测定击倒时间;采用混合群体分离分析(bulked segregant analysis, BSA)和全基因组测序相结合的方法,对获得的中华按蚊极端抗性个体和极端敏感个体混池进行全基因组重测序,筛选与溴氰菊酯抗性关联的SNP位点;采用SNP-index(SNP基因型频率)计算和候选区域定位以筛选与溴氰菊酯抗性关联的数量性状位点(quantitative trait loci, QTL),并对候选QTL基因进行GO功能注释和KEGG通路富集;筛选溴氰菊酯抗性关联的关键基因。【结果】与中华按蚊溴氰菊酯抗性关联的SNP位点主要集中在2号和3号染色体上。99%置信区间ΔSNP-index全部分布在2号染色体上,包括12个与溴氰菊酯类抗性关联的QTL和672个功能注释的基因。最终筛选到12个溴氰菊酯抗性关联的关键基因,包括6个Trypsin基因,4个锌指蛋白基因,OAT基因和CYP4J5基因,其涉及杀虫剂代谢解毒酶和有机阴离子转运等。【结论】基于BSA测序(BSA sequencing, BSA-seq)鉴定中华按蚊无锡株溴氰菊酯抗性直接关联的基因,为深入了解中华按蚊对溴氰菊酯类杀虫剂抗性的分子机制奠定了基础。 展开更多

关键词 中华按蚊 混合群体分离分析法 BSA-seq 抗药性 溴氰菊酯

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印度南瓜果皮和果肉颜色遗传分析及基因定位 被引量：13

3

作者 葛宇 李雪 +3 位作者 杨晓霞 徐文龙 崔崇士 屈淑平 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第8期1524-1529,共6页

以印度南瓜‘98-2-351’与‘06820-1’杂交构建F2群体,对亲本及各世代群体成熟果实果皮和果肉颜色进行调查、统计分析。结果表明:F2群体中果皮桔红色和灰色的分离比呈3∶1,说明果皮灰色是由单隐性基因控制;F2群体中果肉黄色和白色的分... 以印度南瓜‘98-2-351’与‘06820-1’杂交构建F2群体,对亲本及各世代群体成熟果实果皮和果肉颜色进行调查、统计分析。结果表明:F2群体中果皮桔红色和灰色的分离比呈3∶1,说明果皮灰色是由单隐性基因控制;F2群体中果肉黄色和白色的分离比呈3∶1,说明果肉白色也是由单隐性基因控制。利用群体分离分析法结合隐性群体分析法,采用SSR分子标记,找到了2个与控制灰色果皮基因位点CmRc紧密连锁的SSR标记(PU078072和PU013839),其连锁遗传距离分别为5.9cM和14.5cM;同时找到了1个与控制白色果肉基因位点CmFc紧密连锁的SSR标记PU132712,其连锁遗传距离为6.7cM。本研究为进一步筛选与控制印度南瓜果皮和果肉颜色基因更加紧密连锁的分子标记及相关基因的精确定位奠定了基础。 展开更多

关键词 印度南瓜 果皮颜色 果肉颜色 群体分离分析法 隐性群体分析法

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利用BSA法检测水稻条纹叶枯病高效应抗性位点 被引量：7

4

作者 张云辉 张所兵 +2 位作者 林静 汪迎节 方先文 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2014年第2期85-88,共4页

通过前期对江苏水稻地方品种抗条纹叶枯病资源的筛选获得的一份高抗条纹叶枯病水稻品种旱稻,配制其与条纹叶枯病感病品种武育粳3号杂交组合,采用田间自然接种鉴定方法,以病情指数为表型值,对141个F2单株的F2:3株系进行了条纹叶枯病抗性... 通过前期对江苏水稻地方品种抗条纹叶枯病资源的筛选获得的一份高抗条纹叶枯病水稻品种旱稻,配制其与条纹叶枯病感病品种武育粳3号杂交组合,采用田间自然接种鉴定方法,以病情指数为表型值,对141个F2单株的F2:3株系进行了条纹叶枯病抗性鉴定。同时利用群体分离分析法(Bulked segregant analysis,BSA法)对抗/感DNA池分析发现第11染色体SSR标记RM209、RM21与条纹叶枯病抗性有明显的连锁关系。利用基于完备复合区间作图方法的QTL检测软件(QTL IciMapping V3.2)在第11染色体上检测到一个条纹叶枯病抗性相关QTL,位于SSR标记RM209和RM21之间,LOD值为13.25,可解释表型变异38.39%,加性效应为负值,表明该数量性状基因座对水稻条纹叶枯病的抗性来自抗病亲本旱稻。 展开更多

关键词 水稻 条纹叶枯病 群体分离分析法 QTL定位

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源宝占抗稻瘟病遗传分析及基因定位 被引量：2

5

作者 宋江平 陈雨 +5 位作者 汪文娟 潘大建 曲延英 陈全家 朱小源 李晨 《广东农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第12期1-5,20,共6页

稻瘟病是水稻三大病害之一,严重威胁着粮食安全。解决这一问题最安全、有效的措施是选育、推广抗病品种。源宝占是一份新育水稻材料,经鉴定,源宝占对来自广东各稻作区的25个菌株中23个表现为抗性,抗频达92%,为广谱抗性材料。以源宝占与... 稻瘟病是水稻三大病害之一,严重威胁着粮食安全。解决这一问题最安全、有效的措施是选育、推广抗病品种。源宝占是一份新育水稻材料,经鉴定,源宝占对来自广东各稻作区的25个菌株中23个表现为抗性,抗频达92%,为广谱抗性材料。以源宝占与粤香占进行杂交,构建F1、F2群体,选用GD00-193a菌株对亲本及世代群体进行接种鉴定,结果表明F2代单株抗感分离比符合3∶1,这说明源宝占对菌株GD00-193a的抗性是由一对显性基因或一个主效QTL控制。利用群体分离分析法(BSA)结合隐性群体分析法(RCA)将此基因定位于标记RM136与RM549之间。 展开更多

关键词 稻瘟病 生理小种 基因定位 群体分离分析法(BSA) 隐性群体分析法(RCA)

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四倍体小麦成株抗白粉病基因定位

6

作者 闫贵云 古春霞 +4 位作者 王敏 谭丹 刘晓宇 卢成达 左静静 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2024年第4期187-193,共7页

四倍体小麦是普通小麦的祖先种,也是重要的粮食作物。发掘四倍体小麦抗病种质并鉴定其携带的抗病基因,旨在为小麦新品种选育提供新抗源。TDI-1是栽培二粒小麦,在多年的田间种植过程中表现出对白粉病免疫的表型。为了确定TDI-1携带的抗... 四倍体小麦是普通小麦的祖先种,也是重要的粮食作物。发掘四倍体小麦抗病种质并鉴定其携带的抗病基因,旨在为小麦新品种选育提供新抗源。TDI-1是栽培二粒小麦,在多年的田间种植过程中表现出对白粉病免疫的表型。为了确定TDI-1携带的抗病基因,为小麦白粉病抗性遗传提供理论依据,首先将其与表现为感白粉病表型的硬粒小麦TDU-1进行杂交并构建了遗传群体,然后对亲本及其杂交F_(1)、F_(2)、F_(2:3)群体进行了白粉菌小种E09接种试验和抗病性分析,最后利用混合分离群体分析法(BSA)对抗白粉病基因进行了定位。结果表明,TDI-1在苗期对E09表现为感病,在成株期对E09表现为抗病;TDI-1和TDU-1的F_(1)植株在成株期对E09表现为抗病;F_(2)群体中,表现为抗病的单株数和感病的单株数的比例符合3∶1(χ^(2)_(3∶1)=0.11,P=0.74);F_(2∶3)家系中,纯合抗病、抗病性分离、纯合感病的家系数目之比符合1∶2∶1(χ^(2)_(1∶2∶1)=0.47,P=0.79),表明TDI-1成株期白粉病抗性由1个显性基因控制,暂将其命名为PmTDI-1。对TDI-1和TDU-1及其杂交后代F_(2)群体进行分子标记筛选,发现4个位于2A染色体短臂上的分子标记Xwmc407、NRM-2AS29、NRM-2AS45和NRM-2AS84与PmTDI-1紧密连锁,其中,NRM-2AS45和NRM-2AS84位于两侧,遗传距离分别为1.8,4.6 cM。由此,将成株期抗白粉病基因PmTDI-1初步定位于2A染色体短臂上。研究结果显示,从四倍体小麦TDI-1中鉴定到1个新的显性成株抗白粉病基因PmTDI-1。 展开更多

关键词 四倍体小麦 白粉病 抗病基因 混合分离群体分析法 基因定位

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甘蓝型油菜种皮色泽相关基因的cDNA-SRAP差异显示 被引量：23

7

作者 马爱芬 李加纳 +3 位作者 谌利 钱伟 付福友 刘列钊 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第3期526-529,共4页

为探寻甘蓝型油菜黄黑籽之间的种皮色泽表达差异的分子基础,探索cDNA-SRAP差异显示的可行性,选用培育7年的重组自交系群体(RILs),根据群体分离分析法(bulkedsegregantanalysis,BSA)构建了种子的RNA混合池,利用cDNA-SRAP法进行了差异显... 为探寻甘蓝型油菜黄黑籽之间的种皮色泽表达差异的分子基础,探索cDNA-SRAP差异显示的可行性,选用培育7年的重组自交系群体(RILs),根据群体分离分析法(bulkedsegregantanalysis,BSA)构建了种子的RNA混合池,利用cDNA-SRAP法进行了差异显示研究。996对SRAP引物组合扩增出2100条带,2次扩增重复率为65.2%,其中在黄黑籽材料之间重复稳定出现的差异片段有12条,长度在100～300bp之间。选择其中7条差异片段,进行回收、克隆和测序,发现2个片段分别与拟南芥的NAD+ADP核糖转移酶及小肽转移蛋白3具有很高的同源性。结果表明,利用SRAP方法可以对甘蓝型油菜cDNA混合池进行差异显示研究,2条差异片段可能与甘蓝型油菜的种皮色泽基因表达相关。 展开更多

关键词 甘蓝型油菜 cDNA-SRAP 群体分离分析法 差异显示

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基于BSA-seq技术挖掘糙皮侧耳抗螨候选基因 被引量：2

8

作者 李辉平 骆昕 +6 位作者 侯子强 蒋宁 林金盛 侯立娟 徐平 马林 曲绍轩 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2022年第6期1648-1656,共9页

根据前期不同糙皮侧耳菌株抗螨性差异调查结果,构建了糙皮侧耳孢子单核体群体,群体内479个菌株抗螨性呈正态分布。利用BSA-seq技术对高抗和高感混池进行SNP和InDel位点的欧氏距离关联分析,将抗螨性候选基因定位到一条染色体上,2个相邻... 根据前期不同糙皮侧耳菌株抗螨性差异调查结果,构建了糙皮侧耳孢子单核体群体,群体内479个菌株抗螨性呈正态分布。利用BSA-seq技术对高抗和高感混池进行SNP和InDel位点的欧氏距离关联分析,将抗螨性候选基因定位到一条染色体上,2个相邻候选区域总长度为1.75 Mb,内有基因605个,其中非同义突变基因353个,移码突变基因89个。经功能注释以及GO和KEGG通路富集等分析,发现26个候选基因参与了信号传导、防御过程和次级代谢相关通路,推测这些候选基因可能与糙皮侧耳抗螨性相关。 展开更多

关键词 糙皮侧耳(平菇) 抗螨候选基因 群体分离分析法

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利用分子标记定位普通菜豆抗炭疽病基因 被引量：7

9

作者 陈明丽 王兰芬 +2 位作者 王晓鸣 张晓艳 王述民 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第12期2130-2135,共6页

为了定位中国普通菜豆的抗炭疽病基因,选取抗炭疽病地方品种红芸豆(国家库编号F2322)与高感菜豆品种京豆(国家库编号F0777)配制杂交组合,构建F2抗感分离群体和F2:3家系,用菜豆炭疽菌81号生理小种鉴定抗病性并分析遗传性。结果表明,红芸... 为了定位中国普通菜豆的抗炭疽病基因,选取抗炭疽病地方品种红芸豆(国家库编号F2322)与高感菜豆品种京豆(国家库编号F0777)配制杂交组合,构建F2抗感分离群体和F2:3家系,用菜豆炭疽菌81号生理小种鉴定抗病性并分析遗传性。结果表明,红芸豆对菜豆炭疽菌81号小种的抗性是由一显性单基因控制的,暂将该基因命名为Co-F2322。用分离群体分组分析法(BSA)和SSR、CAPs分子标记技术,将该基因定位在B1连锁群上,利用软件Mapmaker 3.0和Mapchart 3.0计算标记与目的基因间的遗传距离,检测到3个SSR标记BMc32、C871、Pvm98和2个CAPs标记g1224、g683与抗炭疽病基因连锁,遗传距离分别为26.06、3.58、13.56、3.81和12.75cM。 展开更多

关键词 普通菜豆 炭疽病 分离群体分组分析法(BSA) 抗炭疽病基因 分子标记

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甘薯根腐病相关AFLP标记筛选 被引量：5

10

作者 苏文瑾 王连军 +3 位作者 雷剑 赵天瑶 帅秋菊 杨新笋 《湖北农业科学》 北大核心 2011年第24期5254-5255,5265,共3页

甘薯根腐病是由甘薯根腐病病原菌[Fusarium solani(Mart.)Sacc.f.sp.batatas McClure,简称FSB]引起的一种真菌性毁灭性病害,传播途径广,蔓延速度快,近年有向长江流域以南地区传播的趋势,对甘薯生产造成极大危害。在已有的徐薯18与胜利百... 甘薯根腐病是由甘薯根腐病病原菌[Fusarium solani(Mart.)Sacc.f.sp.batatas McClure,简称FSB]引起的一种真菌性毁灭性病害,传播途径广,蔓延速度快,近年有向长江流域以南地区传播的趋势,对甘薯生产造成极大危害。在已有的徐薯18与胜利百号F1分离群体抗性鉴定的基础上,采用分离群体混合分析法(Bulked segregant analysis,BSA)与AFLP技术相结合,通过筛选80对引物,定位与甘薯根腐病相关的分子标记,在感病群体中定位到一个显性标记,即标记Eco(45)-Mse(45)被发现与感病基因连锁。所获试验结果对甘薯抗病遗传改良具有指导意义。 展开更多

关键词 甘薯根腐病 AFLP标记 分离群体混合分析法

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有丝分裂雌核发育牙鲆不育的组织学观察及微卫星标记筛选

11

作者 张晓彦 侯吉伦 +5 位作者 王桂兴 姜宏波 王玉芬 孙朝徽 于清海 刘海金 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2014年第6期503-510,共8页

在有丝分裂雌核发育牙鲆（Paralichthys olivaceus）中出现数量较多的不育个体,利用组织切片观察比较不育牙鲆的组织学特点,利用分离群体分组分析法筛选不育相关的微卫星标记.结果表明：不育牙鲆的性腺指数为3.77％～4.17％,显著小于可... 在有丝分裂雌核发育牙鲆（Paralichthys olivaceus）中出现数量较多的不育个体,利用组织切片观察比较不育牙鲆的组织学特点,利用分离群体分组分析法筛选不育相关的微卫星标记.结果表明：不育牙鲆的性腺指数为3.77％～4.17％,显著小于可育牙鲆（P＜0.05）.不育牙鲆的卵巢微血管较少,卵巢膜呈现白色,卵巢较硬,没有游离卵粒;切片结果显示,其卵巢处于Ⅲ期.通过对209个微卫星标记的筛选,共找到11个在可育和不育群体间有差异的标记;利用同一家系可育和不育的个体进行验证后发现,位于15号连锁群的4个标记与牙鲆的育性紧密相关. 展开更多

关键词 牙鲆 有丝分裂雌核发育 不育 分离群体分组分析法 微卫星标记

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