目的采用生物信息学方法构建并验证肺腺癌免疫基因预后风险模型,探究该模型对早期肺腺癌患者预后的预测潜力。方法将癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)来源的肺腺癌及正常组织数据作为训练集,将基因表达综合数据库(Gene Exp...目的采用生物信息学方法构建并验证肺腺癌免疫基因预后风险模型,探究该模型对早期肺腺癌患者预后的预测潜力。方法将癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)来源的肺腺癌及正常组织数据作为训练集,将基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)来源的肺腺癌及正常组织数据作为测试集。根据免疫学数据库和分析平台(Immunology Database and Analysis Portal,ImmPort)中提供的免疫相关基因,利用生物信息学手段根据训练集数据建立预后风险模型并在测试集中进行外部验证。采用该模型对38例临床早期肺腺癌患者的转录组数据进行分析,评估高、低危组患者的临床病理参数差异。结果构建了包含12个差异表达免疫基因(CYBB、ARG2、UTS2、LIFR、SHC3、CTLA4、FGF2、SEMA7A、INHA、GPI、ANGPTL4、TNFRSF11A)的肺腺癌预后风险模型;在训练集中,该模型ROC曲线下面积(AUC^(ROC))为0.759;在测试集中,AUC^(ROC)为0.707。对于训练集及测试集中的早期肺腺癌患者,该模型也有良好的预后预测能力。在早期肺腺癌临床样本中,高风险患者与更大的肿瘤直径及更差的病理分型有关。结论该模型在训练集及测试集中都表现出良好的预后预测能力,并对临床早期肺腺癌患者预后有一定的提示作用。这些免疫基因能够为早期肺腺癌诊断、患者预后评估及新的治疗靶点研究提供方向。展开更多
目的探讨富含亮氨酸重复序列/Ⅲ型纤维连接蛋白4(leucine-rich repeat and fibronectin typeⅢdomain-containing protein 4,LRFN4)在胃癌组织中的表达情况,并分析LRFN4表达水平与胃癌患者临床病理参数和预后的关系。方法收集2017年1月...目的探讨富含亮氨酸重复序列/Ⅲ型纤维连接蛋白4(leucine-rich repeat and fibronectin typeⅢdomain-containing protein 4,LRFN4)在胃癌组织中的表达情况,并分析LRFN4表达水平与胃癌患者临床病理参数和预后的关系。方法收集2017年1月至12月于中山大学附属第一医院胃肠外科中心确诊并行手术治疗的胃癌患者组织标本8对(包含胃癌组织和癌旁正常组织),并选取2004年1月至2005年12月在同一中心行手术治疗的117例胃癌患者的术后组织标本制成胃癌组织芯片。分析LRFN4在癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库胃癌数据集中的表达情况,应用蛋白质印迹法及实时荧光定量聚合酶链反应检测LRFN4在8对新鲜胃癌组织及癌旁正常组织中的表达,应用免疫组织化学检测LRFN4在胃癌组织芯片中的表达。分析不同LRFN4表达水平的胃癌患者其临床病理参数的差异。应用Kaplan-Meier法分析不同LRFN4表达水平的胃癌患者的预后情况。应用单因素和多因素Cox回归分析法分析胃癌患者预后的影响因素。结果LRFN4在TCGA数据库胃癌数据集的胃癌组织以及新鲜胃癌组织中呈高表达状态。LRFN4高表达的患者,表现出更大的肿瘤大小以及更为进展的T分期、N分期、M分期和TNM分期(均P<0.05),其预后也较差(P<0.001)。单因素和多因素Cox回归分析提示LRFN4在胃癌组织中的高表达是影响胃癌患者预后的独立危险因素(HR=3.898,95%CI 2.273~6.686,P<0.001)。结论胃癌组织中LRFN4高表达与患者较差的预后相关,可能成为预测胃癌患者预后的生物标志物之一。展开更多
文摘目的采用生物信息学方法构建并验证肺腺癌免疫基因预后风险模型,探究该模型对早期肺腺癌患者预后的预测潜力。方法将癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)来源的肺腺癌及正常组织数据作为训练集,将基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)来源的肺腺癌及正常组织数据作为测试集。根据免疫学数据库和分析平台(Immunology Database and Analysis Portal,ImmPort)中提供的免疫相关基因,利用生物信息学手段根据训练集数据建立预后风险模型并在测试集中进行外部验证。采用该模型对38例临床早期肺腺癌患者的转录组数据进行分析,评估高、低危组患者的临床病理参数差异。结果构建了包含12个差异表达免疫基因(CYBB、ARG2、UTS2、LIFR、SHC3、CTLA4、FGF2、SEMA7A、INHA、GPI、ANGPTL4、TNFRSF11A)的肺腺癌预后风险模型;在训练集中,该模型ROC曲线下面积(AUC^(ROC))为0.759;在测试集中,AUC^(ROC)为0.707。对于训练集及测试集中的早期肺腺癌患者,该模型也有良好的预后预测能力。在早期肺腺癌临床样本中,高风险患者与更大的肿瘤直径及更差的病理分型有关。结论该模型在训练集及测试集中都表现出良好的预后预测能力,并对临床早期肺腺癌患者预后有一定的提示作用。这些免疫基因能够为早期肺腺癌诊断、患者预后评估及新的治疗靶点研究提供方向。
文摘目的探讨富含亮氨酸重复序列/Ⅲ型纤维连接蛋白4(leucine-rich repeat and fibronectin typeⅢdomain-containing protein 4,LRFN4)在胃癌组织中的表达情况,并分析LRFN4表达水平与胃癌患者临床病理参数和预后的关系。方法收集2017年1月至12月于中山大学附属第一医院胃肠外科中心确诊并行手术治疗的胃癌患者组织标本8对(包含胃癌组织和癌旁正常组织),并选取2004年1月至2005年12月在同一中心行手术治疗的117例胃癌患者的术后组织标本制成胃癌组织芯片。分析LRFN4在癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库胃癌数据集中的表达情况,应用蛋白质印迹法及实时荧光定量聚合酶链反应检测LRFN4在8对新鲜胃癌组织及癌旁正常组织中的表达,应用免疫组织化学检测LRFN4在胃癌组织芯片中的表达。分析不同LRFN4表达水平的胃癌患者其临床病理参数的差异。应用Kaplan-Meier法分析不同LRFN4表达水平的胃癌患者的预后情况。应用单因素和多因素Cox回归分析法分析胃癌患者预后的影响因素。结果LRFN4在TCGA数据库胃癌数据集的胃癌组织以及新鲜胃癌组织中呈高表达状态。LRFN4高表达的患者,表现出更大的肿瘤大小以及更为进展的T分期、N分期、M分期和TNM分期(均P<0.05),其预后也较差(P<0.001)。单因素和多因素Cox回归分析提示LRFN4在胃癌组织中的高表达是影响胃癌患者预后的独立危险因素(HR=3.898,95%CI 2.273~6.686,P<0.001)。结论胃癌组织中LRFN4高表达与患者较差的预后相关,可能成为预测胃癌患者预后的生物标志物之一。
