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基于网络药理学-分子对接技术和斑马鱼模型探究莪术-三棱药对调控血管生成抗肺癌作用机制
1
作者 黎明霞 刘伟锐 +4 位作者 孙梦豫 刘薇 李仙仙 王秀环 折改梅 《世界科学技术-中医药现代化》 北大核心 2025年第5期1485-1500,共16页
目的采用网络药理学和分子对接技术预测莪术-三棱(Curcumae Rhizoma-Sparganii Rhizoma,CR-SR)药对调控血管生成抗肺癌作用机制,并通过斑马鱼模型进行初步验证。方法采用网络药理学方法筛选CR和SR的活性成分及其靶点,分别与从OMIM datab... 目的采用网络药理学和分子对接技术预测莪术-三棱(Curcumae Rhizoma-Sparganii Rhizoma,CR-SR)药对调控血管生成抗肺癌作用机制,并通过斑马鱼模型进行初步验证。方法采用网络药理学方法筛选CR和SR的活性成分及其靶点,分别与从OMIM database和GeneCards数据库筛选得到的肺癌和抗血管生成靶点取交集,取交集靶点构建药对-肺癌和药对-抗血管生成的蛋白质-蛋白质相互作用(Proteinprotein interaction,PPI)网络,筛选药对-肺癌和药对-抗血管生成的共有靶点和核心靶点。通过Metascape数据库对药对-肺癌和药对-抗血管生成的核心靶点进行基因本体(Gene ontology,GO)功能、京都基因与基因组的百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析。采用分子对接技术评价核心靶点与活性成分的结合能力,分析结合作用力及参与的氨基酸残基。体外采用CCK-8法探讨CR-SR药对、CR和SR对人脐静脉内皮(HUVECs)细胞活力的影响。将斑马鱼胚胎随机分为空白对照组、不同浓度药对及单味药组、阳性药对照组,72 h后统计各组斑马鱼节间血管数,采用qRT-PCR技术检测血管生成相关基因VEGFA、VEGFR2、VEGFR3、EGFR等mRNA表达水平。结果网络药理学分析筛选获得药对-肺癌共同靶点106个,药对-抗血管生成共同靶点130个,其中有85个完全相同;药对-肺癌的GO功能富集分析得到1648个条目,KEGG通路富集分析得到186条信号通路;药对-抗血管生成的GO功能富集分析得到1844个条目,KEGG通路富集分析得到188条信号通路。分子对接结果显示靶点与成分的亲和作用较好,之间的作用力主要包括氢键作用和疏水作用。体外细胞实验表明两药配伍作为药对使用可增强对HUVECs细胞活力的抑制作用。斑马鱼实验的结果表明,药对和单味药的毒性顺序为CR>CR-SR>SR,抗血管生成活性顺序为CR-SR>SR>CR;qRT-PCR结果显示,药对及单味药能显著降低血管生成相关基因VEGFA、VEGFR2、EGFR、MMP9等的表达水平。结论药对及单味药抗肺癌和抗血管生成作用于多个相同靶点调节多条相同信号通路,且配伍使用能够增强抗血管生成作用,药对可能通过调控VEGFA、VEGFR2、EGFR等血管生成相关基因以发挥抗血管生成作用从而治疗肺癌。 展开更多
关键词 莪术-三棱 网络药理学 分子对接 斑马鱼 血管生成 肺癌
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基于网络药理学方法和分子对接技术的柴胡抗焦虑机制探讨
2
作者 杨咸之 龙子弋 +3 位作者 魏明清 倪敬年 时晶 田金洲 《中国医学前沿杂志(电子版)》 北大核心 2025年第4期104-111,共8页
目的 利用网络药理学技术在分子层面上探索柴胡治疗焦虑症的可能药理学机制。方法 首先筛选柴胡的化学成分和焦虑症相关的靶点,将筛选出化学成分的作用靶点与疾病相关靶点进行比对,通过Cytoscape v3.9.1软件构建“药物-成分-靶点”网络... 目的 利用网络药理学技术在分子层面上探索柴胡治疗焦虑症的可能药理学机制。方法 首先筛选柴胡的化学成分和焦虑症相关的靶点,将筛选出化学成分的作用靶点与疾病相关靶点进行比对,通过Cytoscape v3.9.1软件构建“药物-成分-靶点”网络,构建蛋白互作网络,并进行基因本体论(Gene Ontology,GO)、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析。由“药物-成分-靶点”网络筛选关键化合物,蛋白互作网络筛选核心靶点,并将关键化合物和核心靶点使用AutoDockTools 1.5.7软件进行分子对接。结果 共筛选出16个柴胡潜在活性成分及173个相应靶点,焦虑症相关靶点1571个,76个为交集靶点。关键化合物分别为豆甾醇、山柰酚、异鼠李素、槲皮素,核心靶点为AKT1、IL-6、TNF、CASP3和TP53。网络对接结果表明豆甾醇与核心靶点结合力较强。结论 柴胡中的多个活性成分通过调节应激与炎症信号发挥抗焦虑作用,支持柴胡作为焦虑常规药物的补充疗法。 展开更多
关键词 网络药理学 柴胡 焦虑症 分子对接
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基于网络药理学和分子对接技术分析大黄蛰虫丸治疗糖尿病肾病的机制
3
作者 窦雪伟 崔文飞 +3 位作者 董浩洋 申雨澎 王瑾瑾 闫国立 《郑州大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第3期342-348,共7页
目的:通过网络药理学和分子对接技术预测大黄蛰虫丸(DHZCP)治疗糖尿病肾病(DKD)的潜在靶点及机制。方法:运用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)以及中国知网、万方数据库、PubMed数据库等搜集DHZCP各药活性成分,利用PubChem、Swiss... 目的:通过网络药理学和分子对接技术预测大黄蛰虫丸(DHZCP)治疗糖尿病肾病(DKD)的潜在靶点及机制。方法:运用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)以及中国知网、万方数据库、PubMed数据库等搜集DHZCP各药活性成分,利用PubChem、Swiss Target Prediction数据库获取各成分靶点,利用GeneCards、DisGeNet、OMIM及TTD数据库筛选DKD相关靶基因,取交集获得潜在治疗靶点。通过STRING平台构建蛋白-蛋白互作网络,并通过Cytoscape 3.8.2软件构建“药物-活性成分-靶点-疾病”网络图,筛选核心活性成分和靶点。利用David平台进行KEGG通路与GO功能富集分析。最后利用Autodock vina V1.2.0软件进行分子对接。结果:DHZCP各成分靶点1 102个,DKD相关靶点基因4 001个,DHZCP治疗DKD的潜在靶点641个。DHZCP治疗DKD的核心活性成分为甘草黄酮、甘草查尔酮B、β-谷甾醇、谷甾醇、山奈酚、豆甾醇,核心靶点为肿瘤蛋白P53(TP53)、非受体酪氨酸激酶(SRC)、AKT丝氨酸/苏氨酸激酶1(AKT1)、磷脂酰肌醇4,5-二磷酸3-激酶催化亚基α(PIK3CA)、磷酸肌醇3激酶调节亚基1(PIK3R1)、信号转导和转录激活因子3(STAT3)。GO功能富集显示,DHZCP治疗DKD涉及蛋白质磷酸化、对外源性刺激的反应等;KEGG通路富集显示关键信号通路包括血脂与动脉粥样硬化、糖尿症并发症中的糖基化终末产物-糖基化终末产物受体信号通路等。分子对接显示核心活性成分和核心靶点均结合稳定。结论:DHZCP可能通过甘草黄酮、甘草查尔酮B、β-谷甾醇、谷甾醇、山奈酚、豆甾醇等活性成分,作用于TP53、SRC、AKT1、PIK3CA、PIK3R1、STAT3等靶点及多条通路,发挥治疗DKD的作用。 展开更多
关键词 大黄蛰虫丸 糖尿病肾病 网络药理学 分子对接技术
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基于LC-MS/MS结合网络药理学、分子对接及体内外实验探究红花总黄酮抗肝纤维化的作用机制
4
作者 李明奇 王映荷 +4 位作者 赵晓璐 包小妹 岳鑫 任贵强 马月宏 《中国临床药理学与治疗学》 北大核心 2025年第5期586-598,共13页
目的:阐明红花总黄酮药效和网络药理学机制,探讨其关键靶点和相关通路,明确其抗肝纤维化的作用机制。方法:对红花总黄酮进行LCMS/MS测定及成分分析;通过TCMSP数据库、SWISS ADME数据库及文献查询筛选出有效成分;在Swiss Target Predict... 目的:阐明红花总黄酮药效和网络药理学机制,探讨其关键靶点和相关通路,明确其抗肝纤维化的作用机制。方法:对红花总黄酮进行LCMS/MS测定及成分分析;通过TCMSP数据库、SWISS ADME数据库及文献查询筛选出有效成分;在Swiss Target Prediction数据库筛选出红花总黄酮相关靶点;在GeneCards数据库筛选出肝纤维化相关靶点;通过Venny.2.1.0取交集获得红花总黄酮抗肝纤维化靶点;通过STRING数据库进行蛋白互作分析;通过Cytoscape软件进行可视化分析;在Metascape平台进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析;运用AutoDock软件对核心靶点和活性成分进行分子对接验证;通过动物模型实验和离体细胞实验验证红花总黄酮抗肝纤维化的作用机制。结果:共鉴定出红花黄酮类成分41个。通过网络药理学分析,获得红花总黄酮抗肝纤维化靶点149个,其中核心靶点23个。GO富集分析共涉及生物过程(BP)、细胞组分(CC)、分子功能(MF)三个方面。KEGG富集结果显示,PI3K/Akt、MAPK等是参与肝纤维化发生发展的通路。通过分子对接验证了活性成分Quercetin、Acacetin、Glabridin分别与Akt1、HIFIA紧密结合。在动物模型实验中,通过HE和Masson染色观察到红花总黄酮给药组纤维增生减少,胶原沉积减少,炎性细胞浸润减少,纤维化的肝脏组织得到改善;Western blotting结果提示,红花总黄酮可以使肝纤维化标志因子α-SMA、Collagen I(P<0.01)和PI3K/Akt信号通路标志蛋白PPI3K、PI3K、P-Akt、Akt表达量下降(P<0.01);在离体细胞实验中:Western blotting结果提示,红花总黄酮可以使肝纤维化标志因子α-SMA、Collagen I(P<0.01)和PI3K/Akt信号通路标志蛋白P-PI3K、PI3K、P-Akt、Akt表达量下降(P<0.01)。结论:红花总黄酮通过多成分、多靶点、多通路的形式发挥抗肝纤维化的作用,其作用机制可能是通过调控PI3K/Akt信号通路实现的。 展开更多
关键词 LC-MS/MS 网络药理学 分子对接 肝纤维化 药理实验
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基于网络药理学和分子对接探究甘草-鱼腥草-杜仲叶增强鸡免疫水平的作用机制
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作者 段蘅烜 夏雨琴 +2 位作者 于佳玄 崔雨彤 韦春波 《饲料研究》 北大核心 2025年第9期70-76,共7页
研究旨在探讨由甘草、鱼腥草和杜仲叶组成的中药复方在鸡免疫功能调控的潜在作用机制。利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)等数据库获取复方的活性成分和相关靶点,并通过NCBI和Gene Cards数据库搜索免疫相关靶点,取两者交集得到交集靶点... 研究旨在探讨由甘草、鱼腥草和杜仲叶组成的中药复方在鸡免疫功能调控的潜在作用机制。利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)等数据库获取复方的活性成分和相关靶点,并通过NCBI和Gene Cards数据库搜索免疫相关靶点,取两者交集得到交集靶点,对这些靶点进行蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络分析,进一步开展GO富集和KEGG通路分析,选取成分和相关靶点进行分子对接模拟。结果显示,试验共鉴定出90个主要活性成分,包括山柰酚、槲皮素、粗毛甘草素B等关键成分。试验获得免疫相关基因251个,PPI包括酪氨酸激酶(SRC)、信号转导和转录因子3(STAT3)、磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸3-激酶催化亚基α(PIK3CA)、B淋巴细胞瘤-2(BCL2)、磷脂酰肌醇-3-激酶调节亚基1(PIK3R1)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3(CASP3)等关键靶点。GO功能分析涉及生物过程条目(BP)153个、细胞成分条目(CC)34个,分子功能条目(MF)67个。KEGG富集分析显示信号通路38个,分子对接结果表明大部分结合能小于-4.25 kJ/mol,具有良好的对接活性。研究表明,甘草、鱼腥草和杜仲叶组成的中药复方通过山柰酚、槲皮素、粗毛甘草素B等有效活性成分作用于SRC、STAT3、PIK3CA、BCL2、PIK3R1和CASP3等主要靶点,结果为开发新型、安全的饲料添加剂提供了参考。 展开更多
关键词 中药复方 网络药理学 鸡 免疫 分子对接
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“白花蛇舌草-半枝莲”治疗原发性肝癌的机制研究:基于网络药理学、分子对接及体外实验验证
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作者 徐朦 陈丽娜 +4 位作者 吴金玉 刘丽丽 施美 周灏 张国梁 《南方医科大学学报》 北大核心 2025年第1期80-89,共10页
目的通过网络药理学及分子对接探究“白花蛇舌草-半枝莲”的有效成分及其作用于原发性肝癌的主要生物过程及信号通路。方法通过TCMSP、Uniport、Genecards、String数据库以及Cytoscape软件得出最终核心基因;通过ClueGo对药物-疾病共有... 目的通过网络药理学及分子对接探究“白花蛇舌草-半枝莲”的有效成分及其作用于原发性肝癌的主要生物过程及信号通路。方法通过TCMSP、Uniport、Genecards、String数据库以及Cytoscape软件得出最终核心基因;通过ClueGo对药物-疾病共有基因做GO、KEGG富集分析;通过Pubcham、RCSB、Autoduck把药物有效成分与最终核心基因进行分子对接,得出结合能最高药物有效成分;再通过CCK-8、细胞凋亡、Western blotting实验研究此药物有效成分对HepG2的作用。结果筛选得出最终核心基因为TP53、ESR1。GO分析显示主要生物过程为BP-regulation of apoptotic signaling pathway,negative regulation of cell population proliferation;CC-membrane raft;MF-protein kinase activity等。KEGG分析显示主要信号通路为Apoptosis,Proteoglycans in cancer,PI3K-Akt signaling pathway,Hepatitis B等。分子对接结果显示,药物有效成分与最终核心基因均可以在自然条件下进行对接,其中ESR1与ursolic acid结合能最高(-4.98 kcal/mol)。CCK-8、细胞凋亡、Western blotting实验显示ursolic acid对HepG2有明显抑制作用。结论“白花蛇舌草-半枝莲”通过多种有效成分与原发性肝癌紧密结合,继而对原发性肝癌起到治疗作用。 展开更多
关键词 白花蛇舌草 半枝莲 原发性肝癌 网络药理学 分子对接
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基于UPLC-Q-TOF/MS、网络药理学和分子对接模拟探讨黄连解毒汤治疗痛风性关节炎的药效物质及作用机制
7
作者 王文婷 冯锦辉 +7 位作者 杨珂 李莎 王斌 刘继平 卫昊 史永恒 王川 王国全 《重庆医科大学学报》 北大核心 2025年第7期860-869,共10页
目的:利用超高效液相色谱-四极杆-飞行时间质谱(ultra performance liquid chromatography-quadrupole-time of flightmass spectrometry,UPLC-Q-TOF-MS)技术对黄连解毒汤(Huanglian Jiedu Decoction,HLJDD)的主要成分进行鉴定。并结合... 目的:利用超高效液相色谱-四极杆-飞行时间质谱(ultra performance liquid chromatography-quadrupole-time of flightmass spectrometry,UPLC-Q-TOF-MS)技术对黄连解毒汤(Huanglian Jiedu Decoction,HLJDD)的主要成分进行鉴定。并结合网络药理学和分子对接验证对HLJDD治疗痛风性关节炎(gouty arthritis,GA)中的潜在作用机制进行探讨。方法:通过UPLC-QTOF-MS技术在采集正、负离子模式下的数据,并结合对照品、相关文献及数据库检索,分析HLJDD的化学成分。利用网络药理学分析HLJDD治疗GA的潜在机制,筛选活性成分和GA的交集靶点,进一步富集分析和建立可视化网络,分子对接验证活性成分和交集靶点的结合能力。结果:通过UPLC-Q-TOF/MS方法鉴定出47个成分,采用网络药理学方法筛选得到HLJDD治疗GA的关键成分54个,交集靶点37个,PPI分析得到其中度值前10的关键靶点。GO功能富集分析得到20种生物过程、7种细胞组分、8种分子功能。KEGG通路富集分析得到96条干预GA相关通路,发现其治疗GA相关的通路主要涉及IL-17、TNF等炎症信号通路。分子对接进一步验证了HLJDD的关键成分与核心靶点结合能力良好。结论:已鉴定的HLJDD中的关键成分如黄柏碱、黄连碱、汉黄芩素、β-谷甾醇等可能通过调节IL-17、TNF通路中的多个核心靶点如PTSG2等来缓解GA,这为下一步深入研究作用机制提供了理论依据。 展开更多
关键词 黄连解毒汤 化学成分 超高效液相色谱-四极杆-飞行时间串联质谱 网络药理学 分子对接
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基于网络药理学和代谢组学与分子对接技术预测鱼腥草破壁饮片抗辐射质量标志物 被引量：1
8
作者 何文秀 王吉文 +3 位作者 杨联林 胡倩倩 赵雨 马宏亮 《中成药》 北大核心 2025年第3期1014-1023,共10页
目的基于代谢组学分析结合网络药理学方法与分子对接技术预测鱼腥草破壁饮片抗辐射质量标志物(Q-Marker)。方法建立UPLC-Q-TOF-MS法解析鱼腥草破壁饮片化学成分,采用主成分分析和正交偏最小二乘法判别分析筛选关键代谢物;构建“成分-靶... 目的基于代谢组学分析结合网络药理学方法与分子对接技术预测鱼腥草破壁饮片抗辐射质量标志物(Q-Marker)。方法建立UPLC-Q-TOF-MS法解析鱼腥草破壁饮片化学成分,采用主成分分析和正交偏最小二乘法判别分析筛选关键代谢物;构建“成分-靶点-通路”网络预测抗辐射Q-Marker,进行GO、KEGG富集分析,并利用分子对接验证其生物活性。结果预测的Q-Marker(5,3′-二羟基-7,4′-二甲氧基黄酮、木犀草素、山柰酚)皆为黄酮类成分,其通过核心靶点(Akt1、BCL2、EGFR)及核心通路(癌症通路、PI3K/Akt信号通路、脂质与动脉粥样硬化通路)协同发挥抗辐射作用,5,3′-二羟基-7,4′-二甲氧基黄酮与受体有更强的结合能力(抗病毒、抗肿瘤等生物活性)。结论本实验初步预测5,3′-二羟基-7,4′-二甲氧基黄酮、木犀草素、山柰酚是鱼腥草破壁饮片抗辐射Q-Marker,不仅为鱼腥草破壁饮片质量控制提供理论依据,亦为其他天然抗辐射药物的开发提供方向。 展开更多
关键词 鱼腥草破壁饮片 代谢组学 抗辐射 网络药理学 Q-Marker 分子对接 主成分分析 正交偏最小二乘法判别分析
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基于数据挖掘、网络药理学和分子对接探讨含枳实-厚朴药对方剂的组方规律及其治疗食积的作用机制
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作者 李文博 王彦刚 +3 位作者 马佳怡 陈昊昱 王俞铧 白海燕 《世界科学技术-中医药现代化》 北大核心 2025年第4期1165-1178,共14页
目的 挖掘含枳实-厚朴药对的方剂,统计分析组方用药规律,并探究其治疗食积的潜在作用机制。方法 检索整理《中医方剂大辞典》中含枳实-厚朴药对的方剂,录入Excel建立数据库,分析其来源出处、剂型、中药配伍频数、性味归经与主治病症,运... 目的 挖掘含枳实-厚朴药对的方剂,统计分析组方用药规律,并探究其治疗食积的潜在作用机制。方法 检索整理《中医方剂大辞典》中含枳实-厚朴药对的方剂,录入Excel建立数据库,分析其来源出处、剂型、中药配伍频数、性味归经与主治病症,运用R语言(4.3.3)软件与OriginPro软件进行共现次数、关联规则、相关性聚类分析及可视化。继而对枳实-厚朴药对与其主治病症食积进行“枳实-厚朴药对-活性成分-食积靶点”网络构建、蛋白质相互作用(Protein-protein interaction network,PPI)分析、基因本体(Gene ontology,GO)功能和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genome,KEGG)通路富集分析,并通过分子对接评估核心活性成分与关键靶点蛋白之间的结合情况。结果 纳入含枳实-厚朴药对的方剂349首,包含267味中药,其中高频配伍药物包括陈皮、甘草、白术、大黄与木香5味。性味以性温,味辛、苦、甘为主,大多归脾、肝、胃经。涉及主治病症141种,以食积、痢疾、胀满等脾胃系病症居多。相关性聚类分析表明枳实-厚朴药对常与具有行气健脾、清热祛湿功效的药物合用。通过网络药理学分析,发现枳实-厚朴药对的核心活性成分为木犀草素、(R,R)-2,3-丁二醇、柚皮素、和厚朴酚及川陈皮素,食积关键靶点为BDNF、AKT1、ESR1、TNF和IL-6,分子对接结果显示木犀草素与AKT1结合最为紧密。结论 常与枳实-厚朴药对配伍的中药有陈皮、白术、木香等,含有枳实-厚朴药对方剂的优势主治病症为食积,其关键活性成分可通过AKT1、TNF等多靶点发挥治疗作用。本研究揭示了枳实-厚朴药对的组方配伍规律,初步阐释了其治疗食积的作用机制,可为研究枳实-厚朴配伍机制与临床合理用药提供参考与依据。 展开更多
关键词 枳实-厚朴药对 数据挖掘 网络药理学 分子对接 组方规律 食积
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LC-MS/MS联合网络药理学、分子对接探究草莓叶抗氧化作用靶点及机制
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作者 周友良 路婉杉 +1 位作者 成志伟 董坤 《日用化学工业(中英文)》 北大核心 2025年第1期63-74,共12页
基于LC-MS/MS,联合网络药理学和分子对接探究草莓叶成分发挥抗氧化作用机制。以新鲜草莓叶为试材,采用LC-MS/MS对草莓叶全成分进行检测,共检测到985种化合物。以相对含量(在草莓叶全成分中质量比)大于1%且DL≥0.18为指标,筛选出5种草莓... 基于LC-MS/MS,联合网络药理学和分子对接探究草莓叶成分发挥抗氧化作用机制。以新鲜草莓叶为试材,采用LC-MS/MS对草莓叶全成分进行检测,共检测到985种化合物。以相对含量(在草莓叶全成分中质量比)大于1%且DL≥0.18为指标,筛选出5种草莓叶活性成分,分别为蔗糖、海藻糖、儿茶素、原花青素B1、灯盏乙素。通过Swiss Target Prediction数据库预测到活性成分的作用靶点共87个,儿茶素未预测到作用靶点;通过Genecards、OMIM、TTD数据库筛选到氧化应激相关靶点共有13711个;取交集得到草莓叶活性成分抗氧化的潜在靶点共83个。结合STRING数据库进行草莓叶活性成分-抗氧化潜在靶点蛋白互作网络构建,取degree值排名前30的靶点作为草莓叶抗氧化核心靶点,对核心靶点进行GO、KEGG富集分析,GO功能富集分析主要得到蛋白酪氨酸激酶活性、一氧化氮合成酶调节剂活性等条目;KEGG通路富集分析主要得到MAPK、Rap1、PI3K-Akt、Ras、脂质与动脉粥样硬化等通路。通过Cytoscape 3.9.1软件构建草莓叶“活性成分-抗氧化核心靶点-通路”网络并进行分子对接验证,结果显示,原花青素B1、蔗糖、灯盏乙素、海藻糖与SRC、TNF、EGFR均具有较稳定的结合能力。综上所述,草莓叶中的活性成分原花青素B1、蔗糖、灯盏乙素、海藻糖,可能通过SRC、TNF、EGFR等靶点调控MAPK、Rap1、PI3K-Akt、Ras、脂质与动脉粥样硬化等通路实现抗氧化功效,为草莓叶的开发利用提供理论依据。 展开更多
关键词 草莓叶 LC-MS/MS 网络药理学 分子对接 抗氧化
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基于网络药理学和分子对接探讨厚朴酚药-药共晶缓解急性肺损伤的作用机制
11
作者 刘梦歌 张娜 +3 位作者 郭子明 张楠 何欣 赵兴华 《中国兽医杂志》 北大核心 2025年第8期107-115,共9页
为初步明确厚朴酚药-药共晶缓解急性肺损伤(ALI)的作用机制,本试验利用PubChem数据库和Swiss Target Prediction化合物相关靶点在线预测平台筛选并提取厚朴酚(MAG)、川芎嗪(TMP)、甜菜碱(BTN)和烟酰胺(NIC)的靶点;结合GeneCards数据库获... 为初步明确厚朴酚药-药共晶缓解急性肺损伤(ALI)的作用机制,本试验利用PubChem数据库和Swiss Target Prediction化合物相关靶点在线预测平台筛选并提取厚朴酚(MAG)、川芎嗪(TMP)、甜菜碱(BTN)和烟酰胺(NIC)的靶点;结合GeneCards数据库获取ALI相关的疾病靶点;利用Venny 2.1.0构建可视化韦恩图以明确两者的交集靶点;基于STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并采用Cytoscape 3.9.1软件进行网络拓扑特性分析,筛选核心作用节点;通过DAVID数据库对交集靶点进行基因本体(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并通过CBDock2平台完成分子对接验证。结果显示,厚朴酚药-药共晶靶向AKT丝氨酸/苏氨酸激酶1(AKT1)、表皮生长因子受体(EGFR)、糖原合酶激酶3β(GSK3β)、哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(MTOR)、丝裂原活化蛋白激酶14(MAPK14)等炎症和细胞凋亡通路核心靶点;GO分析显示,其主要涉及对外源性刺激的反应和蛋白质磷酸化功能;KEGG通路富集分析显示,其通过钙信号和Ras相关蛋白1等多条信号通路发挥作用;分子对接验证显示,MAG、TMP和NIC与AKT1、EGFR等核心靶点结合稳定(结合能<-4 kcal/mol)。结果表明,厚朴酚药-药共晶通过多靶点和多通路协调缓解ALI,为后续动物试验提供理论依据。 展开更多
关键词 厚朴酚药-药共晶 急性肺损伤 网络药理学 分子对接 作用机制
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基于网络药理学和分子对接技术探究姜黄素缓解砷暴露对睾酮合成的影响
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作者 徐加加 崔金忠 +4 位作者 胡晨松 廖翔 王振浩 谭高乐 李雪华 《动物医学进展》 北大核心 2025年第9期79-85,共7页
探究姜黄素缓解砷影响睾酮合成的关键作用靶点和分子机制。通过PharmMapper及Swiss Target Prediction数据库预测姜黄素的作用靶点,应用GeneCards、DisGenet、OMIM数据库获取砷以及睾酮合成相关靶点,借助STRING数据库和Cytoscape软件筛... 探究姜黄素缓解砷影响睾酮合成的关键作用靶点和分子机制。通过PharmMapper及Swiss Target Prediction数据库预测姜黄素的作用靶点,应用GeneCards、DisGenet、OMIM数据库获取砷以及睾酮合成相关靶点,借助STRING数据库和Cytoscape软件筛选PPI网络选取核心靶点。利用DAVID数据库进行GO功能及KEGG通路富集分析,应用Autodock Vina软件进行分子对接并预测姜黄素和核心靶点之间的结合活性。研究筛选得到姜黄素相应靶点347个,姜黄素缓解砷影响睾酮合成靶点14个,PPI网络分析筛选出5个核心靶点。GO及KEGG分析显示共同靶点主要涉及癌症通路、表皮生长因子受体(EGFR)酪氨酸激酶抑制剂耐药性通路及HIF-1信号通路,且可能通过磷酸化作用、有丝分裂细胞周期G1/S转变、调控细胞增殖、凋亡过程负向调控等生物过程发挥治疗作用。分子对接结果显示,姜黄素与核心靶点间具有较好的亲和力。研究结果提示通过网络药理学探究姜黄素缓解砷影响睾酮合成的潜在作用靶点和分子机制具有多靶点、多通路的优势,为防治砷暴露相关疾病及药物开发提供新思路。 展开更多
关键词 网络药理学 分子对接 砷 姜黄素 睾酮合成
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结合广泛靶向代谢组学、网络药理学和分子对接技术研究金槐米对酒精性肝损伤保护作用机制
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作者 左蕾蕾 黄琳 +7 位作者 孙华楠 孟晓 陈大义 王娟 赵佳丽 石帆帆 王瑶 孟润东 《食品工业科技》 北大核心 2025年第16期384-395,共12页
目的:利用广泛靶向代谢组学、网络药理学和分子对接技术研究药食同源植物金槐米对酒精性肝损伤的保护作用机制。方法:使用超高效液相色谱-电喷雾-串联三重四极杆/线性离子阱质谱UPLC-ESI-QTRAP-MS/MS系统和MWDB数据库进行广泛靶向代谢... 目的:利用广泛靶向代谢组学、网络药理学和分子对接技术研究药食同源植物金槐米对酒精性肝损伤的保护作用机制。方法:使用超高效液相色谱-电喷雾-串联三重四极杆/线性离子阱质谱UPLC-ESI-QTRAP-MS/MS系统和MWDB数据库进行广泛靶向代谢组鉴定金槐米中的成分,利用TCMSP、PubChem、Siwss Target Prediction、GeneCards、OMIM、DisGeNET、STRING、DAVID等数据库和Cytoscape软件进行网络药理学分析和分子对接,构建“疾病-通路-靶点-成分-药物”网络图、验证核心靶点。结果:共检测鉴定出金槐米中的12类1550种成分,其中黄酮类化合物401个。筛选出具有潜在保护酒精性肝损伤的活性成分139个、交集靶点299个。信号通路富集分析200条。分子对接证明,金槐米中的柳穿鱼黄素、6-甲基木犀草、二羟基二甲氧基黄酮素、5,2'-二羟基-7,8-二甲氧基黄酮等可能与核心靶点为GAPDH、AKT1、IL6、ALB、TNF、CASP3具有较好的结合能力。结论:金槐米可能通过多成分、多靶点、多通路协同发挥保护酒精性肝损伤的作用。 展开更多
关键词 金槐米 广泛靶向代谢组 网络药理学 分子对接 酒精性肝损伤
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基于网络药理学及分子对接技术分析四逆汤防治畜禽腹泻作用的机制
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作者 田甜 孙宏鑫 王春花 《中国兽药杂志》 2025年第1期36-45,共10页
基于网络药理学和分子对接技术分析四逆汤的有效成分及其防治畜禽腹泻的作用机制,预测四逆汤组方中药干姜,附子,甘草的有效成分、作用靶点、靶点与腹泻靶点关系以及富集的通路。结果显示四逆汤可能通过美迪紫檀素、甘草酚、柚皮素、山... 基于网络药理学和分子对接技术分析四逆汤的有效成分及其防治畜禽腹泻的作用机制,预测四逆汤组方中药干姜,附子,甘草的有效成分、作用靶点、靶点与腹泻靶点关系以及富集的通路。结果显示四逆汤可能通过美迪紫檀素、甘草酚、柚皮素、山奈酚、槲皮素等潜在活性成分,作用TP53、AKT1、STAT3等靶点,通过干预AGE-RACE,IL-17,TNF等抗炎相关通路在畜禽机体中发挥抗腹泻作用。 展开更多
关键词 四逆汤 腹泻 分子对接 网络药理学
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基于网络药理学和分子对接技术探究丁香治疗真菌性皮肤病的作用机制
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作者 谢珲洪 郭雨欣 +5 位作者 张裕枨 胡宇豪 陈韩钰 罗奕 王磊 孟庆蕊 《福建畜牧兽医》 2025年第2期41-48,51,共9页
[目的]旨在利用菌丝生长抑制试验、网络药理学和分子对接,分析丁香治疗真菌性皮肤病的潜能。[方法]通过菌丝生长抑制试验分析丁香对犬小孢子菌的体外抑菌活性。通过TCMSP数据库获取丁香的活性成分和相关作用靶点。利用GeneCards和OMIM... [目的]旨在利用菌丝生长抑制试验、网络药理学和分子对接,分析丁香治疗真菌性皮肤病的潜能。[方法]通过菌丝生长抑制试验分析丁香对犬小孢子菌的体外抑菌活性。通过TCMSP数据库获取丁香的活性成分和相关作用靶点。利用GeneCards和OMIM数据库获取真菌性皮肤病的相关靶点。利用String数据库、Cytoscape3.7.2软件、AutodockTools软件、PyMOL软件构建植物提取物-活性成分-共有靶点-疾病网络关系图、蛋白相互作用(PPI)网络模型、GO功能、KEGG通路富集分析和分子对接。[结果]菌丝生长抑制试验结果表明,丁香提取物各浓度梯度处理组均对犬小孢子菌的生长具有显著抑制效果,呈浓度依赖性。网络药理学结果显示,丁香具有16种有效成分,有效成分对应靶点185个,有效成分靶点与疾病靶点取交集得到关键靶点123个;GO功能富集分析结果显示,RNA聚合酶II正向调控转录、细胞核、蛋白结合显著性最大;KEGG通路富集分析结果显示,丁香治疗真菌性皮肤病主要作用于癌症、TNF和IL-17信号通路。分子对接结果显示,各有效成分与关键靶点连接良好,其中AKT1和IL-6与有效成分连接亲和力最强。[结论]通过菌丝生长抑制试验和网络药理学分析,发现丁香不仅具备体外抗犬小孢子菌活性,而且可能会通过多靶点通路从抗炎途径发挥治疗真菌性皮肤病的作用,可为进一步研究丁香治疗真菌性皮肤病提供理论基础。 展开更多
关键词 丁香 犬小孢子菌 网络药理学 分子对接 真菌性皮肤病
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基于网络药理学和分子对接技术研究参知健脑方对糖尿病认知功能障碍的作用机制
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作者 牟雷 朱瑾娴 +3 位作者 吴彬 于珊珊 马华萍 韩振蕴 《特产研究》 2025年第1期79-88,共10页
本研究旨在运用网络药理学方法及分子对接技术初步探讨参知健脑方治疗糖尿病认知功能障碍的潜在作用机制。试验采用TCMSP、TCMMESH和ETCM平台筛选出参知健脑方中人参、知母、赤芍的活性成分和作用靶点,利用GeneCards、OMIM、DisGeNET和D... 本研究旨在运用网络药理学方法及分子对接技术初步探讨参知健脑方治疗糖尿病认知功能障碍的潜在作用机制。试验采用TCMSP、TCMMESH和ETCM平台筛选出参知健脑方中人参、知母、赤芍的活性成分和作用靶点,利用GeneCards、OMIM、DisGeNET和DigSee等数据库检索糖尿病认知功能障碍的相关靶点,然后运用Cytoscape 3.8.0构建“中药-活性成分-靶点”网络,并通过STRING平台得到药物与疾病靶点的蛋白质相互作用(PPI)网络,DAVID进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。对参知健脑方关键活性成分与关键靶点进行分子对接,共筛选出参知健脑方的43个活性成分和相应靶点759个,糖尿病认知功能障碍靶点6314个;获得“药物-疾病”共同靶点584个,关键靶点为AKT1、TNF、CTNNB1、SRC和EGFR。分子对接结果显示,参知健脑方关键活性成分与关键靶点的结合潜能和活性较好。本研究初步探讨了参知健脑方对糖尿病认知功能障碍的多维网络调控机制,为临床研究提供了可靠的理论依据。 展开更多
关键词 参知健脑方 糖尿病认知功能障碍 网络药理学 分子对接
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基于网络药理学、分子对接和实验验证探讨藤茶黄酮类化合物抑菌的效果和机制
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作者 张丽慧 王丹丹 +6 位作者 孟艳林 王美会 朱小勇 闫志强 何莉 黄卫 王巧燕 《食品科学》 北大核心 2025年第16期63-71,共9页
为研究藤茶黄酮类化合物的抑菌效果及机制,使用网络药理学方法筛选藤茶黄酮类化合物抑菌的关键成分和核心靶点,通过基因本体论和京都基因与基因组百科全书通路富集筛选分析关键信号通路,并对核心靶点和关键成分进行分子对接;此外,以代... 为研究藤茶黄酮类化合物的抑菌效果及机制,使用网络药理学方法筛选藤茶黄酮类化合物抑菌的关键成分和核心靶点,通过基因本体论和京都基因与基因组百科全书通路富集筛选分析关键信号通路,并对核心靶点和关键成分进行分子对接;此外,以代表性成分二氢杨梅素进行体外的抑菌研究。网络药理学分析结果表明:藤茶黄酮类化合物抑菌的关键成分有7个(二氢杨梅素、杨梅素、山柰酚等),核心靶点有5个(前列腺素内过氧化物合酶2(prostaglandin-endoperoxide synthase 2,PTGS2)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)、丝氨酸/苏氨酸激酶1等),关键信号通路有23条(TNF信号通路和C型凝集素受体信号通路等),同时关键成分和核心靶点间有较强的结合力。体外抑菌实验结果表明:二氢杨梅素对沙门氏菌3和沙门氏菌5的抑菌效果较为明显,其最小抑菌浓度和最小杀菌浓度分别为5 mg/mL和10 mg/mL,且可造成细菌质壁分离、细胞壁和细胞膜变化等,破坏细菌形态。综上,藤茶黄酮类化合物可能通过二氢杨梅素等成分作用于PTGS2等靶点,进而调控TNF等信号通路,通过机体或直接破坏细菌形态,进而发挥抑菌作用。 展开更多
关键词 网络药理学 分子对接 藤茶黄酮类化合物 抑菌效果
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基于网络药理学、分子对接及实验验证探讨芍药苷治疗非酒精性脂肪肝病抗炎作用机制
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作者 刘湘花 李姗 +2 位作者 赵方言 周志文 闵远骞 《天然产物研究与开发》 北大核心 2025年第2期337-345,共9页
基于网络药理学、分子对接探讨芍药苷(paeoniflorin,PAE)治疗非酒精性脂肪肝病(non-alcoholic fatty liver disease,NAFLD)的作用途径与靶点,并进行实验验证。采用油酸钠(sodium oleate,NaOA)诱导的HepG2脂肪肝细胞模型评价PAE体外药效... 基于网络药理学、分子对接探讨芍药苷(paeoniflorin,PAE)治疗非酒精性脂肪肝病(non-alcoholic fatty liver disease,NAFLD)的作用途径与靶点,并进行实验验证。采用油酸钠(sodium oleate,NaOA)诱导的HepG2脂肪肝细胞模型评价PAE体外药效;网络药理学预测和筛选出PAE治疗NAFLD核心靶点;通过分子对接和脂多糖(lipopolysaccharides,LPS)诱导的RAW 264.7炎症细胞验证模型进行验证。体外脂肪肝细胞模型结果显示PAE可以缓解NaOA诱导的HepG2的脂质堆积;网络药理学结果显示,PAE治疗NAFLD共预测60个潜在靶点;蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络分析发现获得Degree值前10的靶点是肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)、白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)、蛋白激酶B(protein kinase B,AKT)等;GO富集分析共涉及核心靶点可能通过白细胞介素-17(interleukin-17,IL-17)与核转录因子κB(nuclear factor kappa-B,NF-κB)信号通路等炎症信号通路发挥作用;分子对接结果显示:PAE与TNF、IL6、AKT等具有良好的结合力;LPS诱导的体外炎症RAW 264.7细胞模型结果显示,PAE可以抑制LPS诱导的RAW 264.7细胞增殖,降低TNF-α、IL-6、IL-1β、活性氧(reactive oxygen species,ROS)、超氧化物(O_(2)^(-·))、一氧化氮(nitric oxide,NO)的水平(P<0.05或P<0.01)。综上,PAE通过抑制细胞炎症与氧化应激,缓解脂质堆积。 展开更多
关键词 芍药苷 脂肪肝 炎症 网络药理学 分子对接
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基于网络药理学-分子对接技术及体内实验探讨化瘀消痞汤干预萎缩性胃炎癌前病变的作用机制 被引量：2
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作者 刘自由 段永强 +7 位作者 安耀荣 张延英 宋冰 白敏 袁晓梅 彭月 肖孟勇 李卫强 《世界科学技术-中医药现代化》 CSCD 北大核心 2024年第4期1092-1103,共12页
目的基于网络药理学和分子对接技术预测化瘀消痞汤干预萎缩性胃炎癌前病变(Precancerous lesions of gastric cancer,PLGC)作用靶点和分子机制,并进行实验验证。方法60只SPF级SD雄性大鼠,随机选取10只为空白对照,其余大鼠进行PLGC模型复... 目的基于网络药理学和分子对接技术预测化瘀消痞汤干预萎缩性胃炎癌前病变(Precancerous lesions of gastric cancer,PLGC)作用靶点和分子机制,并进行实验验证。方法60只SPF级SD雄性大鼠,随机选取10只为空白对照,其余大鼠进行PLGC模型复制,造模成功后随机分为模型组,叶酸组(2 mg·kg^(-1)·d^(-1)),化瘀消痞汤高、中、低剂量组(24.8、12.4、6.2 g·kg^(-1)·d^(-1)),连续给药干预90天,记录大鼠体质量和3 h进食量,HE染色观察大鼠胃组织病理形态;采用网络药理学和分子对接技术预测化瘀消痞汤干预PLGC的潜在靶点,采取Western blot技术对核心靶点进行验证。结果与空白组比较,模型组大鼠体质量和3 h进食量明显降低(P<0.05),镜下见大鼠胃黏膜明显变薄,腺体明显减少并且排列紊乱,部分区域可见肠上皮化生的杯状细胞及大量炎性细胞浸润,与模型组相比较,各给药组大鼠体质量和3 h进食量不同程度改善,化瘀消痞汤中、高剂量改善明显(P<0.05),大鼠胃黏膜不同程度的修复,腺体排列趋于整齐,间质炎性细胞逐渐减少。网络药理学及分子对接结果表明TP53、JUN、MAPK3/1(ERK1/2)是化瘀消痞汤干预PLGC的核心靶点。分子生物学检测结果显示:与空白组相比较,模型组大鼠胃组织中TP53、c-Jun、ERK1/2蛋白磷酸化水平显著升高(P<0.05);与模型组相比较,各给药组大鼠胃组织中TP53、c-Jun、ERK1/2蛋白磷酸化水平不同程度降低,其中化瘀消痞汤高、中剂量组显著降低(P<0.05)。结论化瘀消痞汤可明显改善PLGC大鼠生存状况,促进胃黏膜修复,其具体机制可能与化瘀消痞汤降低PLGC大鼠胃组织中ERK1/2、c-Jun、TP53蛋白磷酸化水平,进而调节下游信号分子响应有关。 展开更多
关键词 化瘀消痞汤 萎缩性胃炎癌前病变 网络药理学 分子对接
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基于网络药理学、分子对接与PRM靶向蛋白验证探讨苁蓉舒痉颗粒治疗帕金森病的作用机制 被引量：1
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作者 刘海鑫 倪慧心 +6 位作者 周美 范自立 高正涛 吴方真 林瑶 许茜 蔡晶 《中国药理学通报》 北大核心 2025年第2期365-372,共8页
目的结合网络药理学、分子对接与PRM蛋白相对定量分析探索苁蓉舒痉颗粒(Congrong Shujing granules,CSGs)治疗帕金森病(Parkinson’s disease,PD)的作用机制。方法通过数据库获取CSGs的有效成分和PD的靶点。取药物与疾病的交集靶点,进... 目的结合网络药理学、分子对接与PRM蛋白相对定量分析探索苁蓉舒痉颗粒(Congrong Shujing granules,CSGs)治疗帕金森病(Parkinson’s disease,PD)的作用机制。方法通过数据库获取CSGs的有效成分和PD的靶点。取药物与疾病的交集靶点,进行“药物-活性成分-靶点”网络和蛋白互作网络的构建与分析,将交集靶点基因导入David数据库进行GO和KEGG富集分析,并将主要成分与关键靶点进行分子对接。将27只SD大鼠随机分为正常组9只、模型组9只和治疗组9只,于疗程d 1、7、14采用PRM蛋白相对定量分析法检测大鼠黑质纹状体关键靶蛋白特异性肽段表达量的变化情况。结果CSGs主要成分为丹参醛、黄芩素、槲皮素和山柰酚等;治疗PD最为关键的靶点为TP53、AKT1、EGFR、HSP90AA1和STAT3;KEGG分析主要富集:MAPK、PI3K-Akt和神经营养因子等信号通路。核心成分与核心靶点的分子对接表明,药物与靶点的结合具有较好活性。PRM分析发现ASK1、JNK1,JNK3目标肽段表达量各组间存在差异(P<0.05)。结论CSGs可通过ASK1-JNK信号通路,缓解内质网应激,抑制细胞凋亡,发挥神经保护作用。 展开更多
关键词 帕金森病 苁蓉舒痉颗粒 网络药理学 分子对接 PRM ASK1-JNK信号通路
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