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生物网络模体发现算法研究综述 被引量:7
1
作者 覃桂敏 高琳 呼加璐 《电子学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2009年第10期2258-2265,共8页
网络模体发现是生物网络数据分析中的一个核心问题.首先分析了网络模体发现中相关的基本计算问题:随机网络建模,子图搜索和模体统计意义评价等.其次对生物网络模体发现算法进行了综述和评价,从研究方法上将模体分为精确模体,概率模体和... 网络模体发现是生物网络数据分析中的一个核心问题.首先分析了网络模体发现中相关的基本计算问题:随机网络建模,子图搜索和模体统计意义评价等.其次对生物网络模体发现算法进行了综述和评价,从研究方法上将模体分为精确模体,概率模体和其它模体三类,并对识别每类模体的典型算法进行研究和分析.为了对网络模体进行深入分析与研究,引入了与模体发现密切相关的生物网络模块发现问题.最后讨论了网络模体发现算法的最新进展和下一步的研究方向. 展开更多
关键词 生物网络 网络模体 算法
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非树型网络模体发现算法 被引量:3
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作者 覃桂敏 高琳 周晓锋 《电子学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2009年第11期2420-2426,共7页
现有的大多数网络模体发现算法发现网络中的确切模体,但是由于生物数据是不完整的,有噪声的,而且生命过程具有动态性,概率网络模体具有更实际的意义.本文提出了非树型网络模体发现算法,寻找由一组相似子图组成的概率网络模体.在该算法中... 现有的大多数网络模体发现算法发现网络中的确切模体,但是由于生物数据是不完整的,有噪声的,而且生命过程具有动态性,概率网络模体具有更实际的意义.本文提出了非树型网络模体发现算法,寻找由一组相似子图组成的概率网络模体.在该算法中,首先提出子图挖掘算法ESN挖掘网络中所有给定规模的非树型子图,然后进行多图比对,最后基于统计模型和对应的得分函数,用模拟退火算法求得网络模体.对E.coli和Yeast的基因调控网络的仿真实验表明,该算法能够高效地发现生物网络中的概率模体. 展开更多
关键词 生物网络 概率网络模体 子图挖掘
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基于网络模体的轻量级物联网拓扑优化策略研究 被引量:5
3
作者 陈宁 邱铁 +1 位作者 郭得科 徐天一 《计算机学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2023年第6期1121-1138,共18页
随着第五代通信网络技术(5G)的发展,智慧城市中物联网(Internet of Things,IoT)的应用规模和多样性呈现出爆炸式增长.海量的智能传感设备组网给高动态的物联网通信服务质量带来了巨大的威胁.部分关键设备节点的失效以及网络攻击易引发... 随着第五代通信网络技术(5G)的发展,智慧城市中物联网(Internet of Things,IoT)的应用规模和多样性呈现出爆炸式增长.海量的智能传感设备组网给高动态的物联网通信服务质量带来了巨大的威胁.部分关键设备节点的失效以及网络攻击易引发物联网的链锁崩塌效应,影响网络应用的服务质量.因此,如何优化大规模物联网拓扑的鲁棒能力成为当下的研究挑战.目前,针对物联网拓扑结构的优化问题,研究者们提出了启发式算法、智能学习机制和多目标优化策略等创新方法提高物联网拓扑结构的鲁棒能力.但是,这些方法需牺牲巨大的计算资源来获得不成比例的鲁棒性能增益,网络规模越大,该现象越明显.为了解决这个问题并平衡计算开销和提升鲁棒性能,本文提出了一种基于网络模体(Motif)的轻量级物联网拓扑优化策略LITOS.首先利用物联网拓扑结构的社区属性,设计一种基于网络模体的异步社区发现算法,将大规模复杂拓扑结构分解为轻量级局部网络拓扑.然后,基于CPU多核心的计算资源,设计深度强化学习机制,异步优化轻量级物联网局部拓扑结构,从而降低网络整体优化运行时间,提高拓扑结构鲁棒能力.在实验方面,与其他先进的优化算法相比,该策略在运行时间方面降低了1~2个数量级,在鲁棒性提升方面,与最优算法相差大约10%. 展开更多
关键词 物联网 轻量级拓扑优化 异步社区检测 网络模体 深度强化学习 密集网络拓扑
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基于网络模体的移动社会网络信息可控传播方法 被引量:2
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作者 张欣欣 许力 徐振宇 《电子与信息学报》 EI CSCD 北大核心 2023年第2期635-643,共9页
移动社会网络中的信息传播具有突发性、多元性、偏差性等特点,使得相关话题和事件能够在短时间内形成强大的网络和社会舆论场,这有可能被恶意用户利用来散布谣言,给网络环境带来了恶劣的影响。针对这一问题,该文提出一种基于网络模体的... 移动社会网络中的信息传播具有突发性、多元性、偏差性等特点,使得相关话题和事件能够在短时间内形成强大的网络和社会舆论场,这有可能被恶意用户利用来散布谣言,给网络环境带来了恶劣的影响。针对这一问题,该文提出一种基于网络模体的信息可控传播方法。首先,提出多实体的竞争性独立级联模型(MCIC),该模型在信息竞争扩散理论的基础上,首次结合社会网络层用户的社会属性,来感知恶意信息并控制信息传播。其次,该文定义了控制信息流模体(CIFM),并选择出具有可控传播功能的关键网络模体,设计其在通信层的高效可控传播算法。最后,通过理论推导证明了该文方法具有收敛性。仿真实验表明,与其他方法相比,所提方法不仅在信息传播中最大感染时间和平均感染时间上更有优势,而且在控制信息传播方面的效果也是最好的。 展开更多
关键词 移动社会网络 信息可控传播 网络模体
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保留模体信息的属性二分图神经网络表示学习 被引量:1
5
作者 吕少卿 王驰驰 +1 位作者 李婷婷 包志强 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2024年第10期148-155,共8页
目前网络表示学习方法大多针对通过网络,忽略了属性二分网络的特殊性以及网络的模体信息等。为了解决以上问题,提出一种保留模体信息的属性二分图神经网络表示学习方法MABG。该方法首先通过网络中两节点共同参与形成的蝶形模体数量来调... 目前网络表示学习方法大多针对通过网络,忽略了属性二分网络的特殊性以及网络的模体信息等。为了解决以上问题,提出一种保留模体信息的属性二分图神经网络表示学习方法MABG。该方法首先通过网络中两节点共同参与形成的蝶形模体数量来调整边的权重,从而构建模体权重矩阵,获得包含模体信息的属性二分网络邻接矩阵。接着采取不同的策略捕捉网络中的显式和属性隐式消息,对于不同类型节点集合间的显式关系采用消息传递机制,对于同类型节点中的隐式关系采用消息对齐机制,同时使用对抗模型最小化输入特征和显式关系表示之间的差异,之后通过级联框架来捕捉高阶信息并得到最终的节点表示。将该模型在四个真实公开的数据集上执行推荐任务并与其他方法进行对比,验证了该模型的有效性。 展开更多
关键词 属性二分网络 网络表示学习 网络模体 图神经网络
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基于四阶模体的有向网络链路预测方法 被引量:1
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作者 常圣 马宏 +1 位作者 刘树新 朱宇航 《计算机应用与软件》 北大核心 2021年第6期202-211,218,共11页
网络模体是出现频次较高的子图模式,代表了复杂系统中的重要功能单元或者某种特定的组织结构,揭示了复杂网络的内在机理。一些学者已经基于三阶模体进行了链接预测的相关研究,但是多数学者通常忽略四阶模体在相似性计算中的作用。为此,... 网络模体是出现频次较高的子图模式,代表了复杂系统中的重要功能单元或者某种特定的组织结构,揭示了复杂网络的内在机理。一些学者已经基于三阶模体进行了链接预测的相关研究,但是多数学者通常忽略四阶模体在相似性计算中的作用。为此,提出一种基于四阶模体的有向网络链路预测方法。面对众多的四阶子图,提出限定条件简化情况,使用Z-score方法进一步衡量四阶子图的重要程度。从199个子图中选出2个显著模体用于相似性计算。局部信息被用来进一步提高预测效果。在9个真实数据集上的实验表明,该方法与基准方法相比,预测效果更好。 展开更多
关键词 链路预测 有向网络 网络模体 四阶
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基于模体中心结构的蛋白质复合物识别算法 被引量:1
7
作者 夏雪飞 王铭杰 吴佳楠 《吉林大学学报(理学版)》 CAS 北大核心 2021年第6期1504-1510,共7页
基于蛋白质相互作用的网络有明显模块化特征,其对预测蛋白质功能、解释特定的生物进程具有重要作用,网络模体是复杂网络演化的重要拓扑结构,其代表了复杂系统中的重要功能单元,具有进化保守性的特性,提出一种新的基于网络模体为核心节... 基于蛋白质相互作用的网络有明显模块化特征,其对预测蛋白质功能、解释特定的生物进程具有重要作用,网络模体是复杂网络演化的重要拓扑结构,其代表了复杂系统中的重要功能单元,具有进化保守性的特性,提出一种新的基于网络模体为核心节点组的蛋白质复合物识别算法.该算法根据蛋白质相互作用网络的拓扑特性,将模体作为蛋白质复合物的中心结构体,并基于中心结构体进行二层节点扩充,能准确有效地识别蛋白质复合物.并且将复合物二维网络进行三维转化,从而更直观清晰地展示复合物的结构体特征.实验结果验证了该算法的有效性及可行性. 展开更多
关键词 蛋白质相互作用网络 网络模体 蛋白质复合物 中心结构
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中国新能源产业技术转移及其网络复杂性的时空演化——基于专利转移数据 被引量:4
8
作者 谢聪 王强 《地理科学》 CSSCI CSCD 北大核心 2024年第12期2093-2102,共10页
建设和完善新能源产业技术转移体系,对于促进能源结构高质量转化、科技成果产业化与科技创新紧密结合具有重要意义,可为实现碳达峰、碳中和目标提供强有力的技术支撑。本文基于中国新能源技术专利转移数据,通过构建技术转移有向加权网络... 建设和完善新能源产业技术转移体系,对于促进能源结构高质量转化、科技成果产业化与科技创新紧密结合具有重要意义,可为实现碳达峰、碳中和目标提供强有力的技术支撑。本文基于中国新能源技术专利转移数据,通过构建技术转移有向加权网络,并借助复杂网络分析、网络模体、有向转变中心性与控制力等模型,对2001—2019年中国新能源产业技术转移网络复杂性进行时空格局刻画。研究发现:(1)新能源技术转移规模日益扩大,城市参与度不断提高,逐步打破了地域限制,并呈现“东强西弱”的分布格局。(2)技术转移网络集聚态势与关联性不断提升,但存在网络关联稳定性不强、网络互通性较弱等不足。(3)北京、上海、深圳等全国性中心城市在中国新能源产业技术转移网络中发挥着扩散/集聚核的作用,并遵循技术梯度推移的规律有序演化。(4)网络权力格局上,新能源产业技术转移网络并没有完全遵循“高中心性–高控制力”的领导核心城市到“低中心性–低控制力”的裙带边缘城市的一维匹配关系,而是也存在“高中心性–低权力”的中心集约城市和“低中心性–高权力”的权力门户城市的非匹配关系。 展开更多
关键词 新能源产业 技术转移 复杂网络 网络模体 有向转变中心性 有向转变控制力
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构建预训练动态图神经网络预测学术合作行为消失 被引量:1
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作者 杜郁 朱焱 《计算机应用》 CSCD 北大核心 2024年第9期2726-2731,共6页
现有链接消失问题研究工作一部分只停留在发现和分析链接消失的原因上,一部分仅使用静态网络表示进行预测,很少从网络动态演化的角度分析链接消失预测问题。针对以上研究现状,提出一种预训练动态图神经网络学术合作行为消失预测模型PreD... 现有链接消失问题研究工作一部分只停留在发现和分析链接消失的原因上,一部分仅使用静态网络表示进行预测,很少从网络动态演化的角度分析链接消失预测问题。针对以上研究现状,提出一种预训练动态图神经网络学术合作行为消失预测模型PreDGN(Pre-trained Dynamic Graph neural Network)。PreDGN首先通过动态图生成预训练任务捕捉动态网络的时间信息,同时利用时序模体构造的边特征补充网络的拓扑信息;其次,结合基于时间编码的注意力节点嵌入,能够更精准地学习节点的表征。经过预训练的模型学习了动态图的历史信息,而且可以在特定的学术合作行为消失预测任务中进行微调。使用公开学术合作数据集HepTh中不同时间跨度、不同数据规模数据进行实验的结果表明,在1996、1997、94—96和97—99子数据集上,相较于次优的动态图神经网络方法(DyRep),所提模型的曲线下面积(AUC)指标分别提高了10.47、8.16、13.41和3.27个百分点,平均精度(AP)指标分别提高了5.87、2.15、8.26和3.01个百分点。 展开更多
关键词 动态图 预训练 图表示学习 图神经网络 网络模体
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考虑变压变浆的三维精细裂隙网络灌浆数值模拟 被引量:3
10
作者 郭辉 吴斌平 +3 位作者 王佳俊 殷亮 任炳昱 魏海宁 《水利水电技术(中英文)》 北大核心 2021年第11期108-119,共12页
针对目前常见的裂隙岩体灌浆数值模拟研究多采用固定灌浆压力和水灰比与现有的变压变浆施工工艺不符,且现有研究中裂隙网络建模精度较低,导致数值模拟与实际灌浆结果存在较大差异的问题,提出了考虑变压变浆的三维精细裂隙网络灌浆数值... 针对目前常见的裂隙岩体灌浆数值模拟研究多采用固定灌浆压力和水灰比与现有的变压变浆施工工艺不符,且现有研究中裂隙网络建模精度较低,导致数值模拟与实际灌浆结果存在较大差异的问题,提出了考虑变压变浆的三维精细裂隙网络灌浆数值模拟方法。通过引入相关一致性准则对拉丁超立方抽样进行改进,降低裂隙参数模拟过程的随机性,以提高裂隙网络的精度;进一步地,提出一种考虑变压变浆多孔分序灌浆模拟方法,通过实时统计模拟过程中灌浆孔内流量和累计注浆量的变化,根据规范对灌浆压力和浆液水灰比进行动态调节,实现灌浆过程精细化模拟。以杨房沟水电站帷幕灌浆工程为例进行案例分析,结果表明:与传统灌浆数值模拟相比,本文提出的模拟方法得到的浆液扩散半径更大,最终形成的灌浆帷幕范围更大更完整,且注灰量预测精度更高。相较于传统多孔分序灌浆模拟,该方法精度提高一倍以上,表明所提方法更具优越性。 展开更多
关键词 灌浆工程 数值 裂隙网络 变压变浆 多孔分序灌浆
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基于超网络理论的军事通信网络复杂性度量方法 被引量:25
11
作者 石福丽 朱一凡 《通信学报》 EI CSCD 北大核心 2011年第12期51-59,共9页
针对军事通信网络的结构和功能特点,在建立军事通信超网络描述模型的基础上,定义了超网络邻接矩阵、节点分类连接矩阵、类型匹配指数、超网络模体、模体核和模体熵等概念;通过分析超网络模体的特点,提出使用超网络模体熵来度量网络复杂... 针对军事通信网络的结构和功能特点,在建立军事通信超网络描述模型的基础上,定义了超网络邻接矩阵、节点分类连接矩阵、类型匹配指数、超网络模体、模体核和模体熵等概念;通过分析超网络模体的特点,提出使用超网络模体熵来度量网络复杂性,给出了具体的计算方法;最后以某舰艇编队通信网络为例,对比分析了已有网络结构复杂性指标和超网络模体熵所度量的网络特征,说明在网络结构确定的情况下,超网络模体熵可以度量网络的功能复杂性。 展开更多
关键词 军事通信 网络 复杂性 网络模体 匹配指数
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国家应急组织合作网络基元同构与异构比较研究 被引量:5
12
作者 刘亮 汪建 韩传峰 《中国安全科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第5期169-174,共6页
为比较研究不同制度环境中国家应急组织合作网络(NEOCN)的基本结构特征,以中国的和美国的国家应急组织合作网络(NEOCN)为原型分别构建应急组织合作网络,运用复杂网络模体方法,辨识中美应急组织合作网络的基元同构与异构特征。结果表明:... 为比较研究不同制度环境中国家应急组织合作网络(NEOCN)的基本结构特征,以中国的和美国的国家应急组织合作网络(NEOCN)为原型分别构建应急组织合作网络,运用复杂网络模体方法,辨识中美应急组织合作网络的基元同构与异构特征。结果表明:由于同属于应急社会网络系综,中美应急组织合作网络的模体和反模体形式具有同构性;由于事件型和功能型构建机制不一致,中美应急组织合作网络的模体和反模体相对数量具有异构性。对应急组织合作系统的优化,需要兼顾应急网络模体内涵同一性和应急网络构建机制差异性,自下而上设置适应性的网络基元结构。 展开更多
关键词 国家应急组织合作网络(NEOCN) 基元 应急管理 网络模体 复杂网络
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网络化生命线系统脆弱性分析与优化设计 被引量:2
13
作者 刘博 刘晓 《中国安全科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期109-113,共5页
城市生命线系统中存在2个重要问题,一个是面对自然灾害时的脆弱性,另一个是极高的建造成本。针对这2个问题,用具有边权重迭代的级联效应脆弱性和基于最短路径数目的构建成本等2个指标,建立基于复杂网络的优化模型。设计多目标的启发式... 城市生命线系统中存在2个重要问题,一个是面对自然灾害时的脆弱性,另一个是极高的建造成本。针对这2个问题,用具有边权重迭代的级联效应脆弱性和基于最短路径数目的构建成本等2个指标,建立基于复杂网络的优化模型。设计多目标的启发式优化算法,求解针对这2个指标的网络最优拓扑结构。从得到的最优网络中,用网络模体侦测方法求得模体的相对密度,发现其中的模体的相对密度能保持稳定。最后用美国电网的数据进行对比分析,发现相似的相对密度,表明美国电网的设计在级联脆弱性和建造成本上符合最优的拓扑结构。 展开更多
关键词 网络化生命线系统 级联脆弱性 建造成本 进化算法 网络模体
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国家应急管理工作组合作网络的基元结构辨识 被引量:2
14
作者 刘亮 《中国安全科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第3期133-138,共6页
为研究应对非常规突发事件的国家应急管理工作组(NEMWG)的微观结构及其构建机理,针对应对汶川地震的NEMWG合作系统,构建其合作网络模型,运用复杂网络模体方法辨析其基元结构特征——模体结构及其构建机制。结果表明,国家应急管理组织合... 为研究应对非常规突发事件的国家应急管理工作组(NEMWG)的微观结构及其构建机理,针对应对汶川地震的NEMWG合作系统,构建其合作网络模型,运用复杂网络模体方法辨析其基元结构特征——模体结构及其构建机制。结果表明,国家应急管理组织合作网络具有模体和反模体2种基元结构,网络基元结构自下而上的组合规则具有规律性,模体可被视为非常规突发事件不确定性和应对复杂性需求下应急组织合作有效性和效率最大化系统规制的伴生构型。 展开更多
关键词 国家应急管理工作组(NEMWG) 组织间合作网络 基元结构 网络模体 非常规突发事件
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基于超图卷积的异质网络半监督节点分类 被引量:17
15
作者 吴越 王英 +2 位作者 王鑫 徐正祥 李丽娜 《计算机学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2021年第11期2248-2260,共13页
近几年,图神经网络(Graph Neural Network)由于能够较好地提取网络结构信息以获得网络表示,逐渐成为网络节点分类的主流算法。然而,与广泛研究的同质信息网络相比,真实世界中网络往往是由不同类型的对象通过复杂关系相互连接所构成的异... 近几年,图神经网络(Graph Neural Network)由于能够较好地提取网络结构信息以获得网络表示,逐渐成为网络节点分类的主流算法。然而,与广泛研究的同质信息网络相比,真实世界中网络往往是由不同类型的对象通过复杂关系相互连接所构成的异质信息网络。异质信息网络包含复杂的结构信息和丰富的语义信息,这也给网络节点分类提供了新的机遇与挑战。在异质信息网络中,网络模体(Motif)能够用于理解和探索复杂网络,其既能描述复杂的语义信息,又能保存网络中高阶近邻结构信息.因此,提出基于网络模体的异质超图卷积网络模型MHGCN(Motif-based HyperGraph Convolutional Network).首先,将重复出现的高阶网络模体建模为多个相关节点所构成的超边(hyperedge),进而将整个异质信息网络转换成由不同超边构成的超图,以克服同质网络中只能描述节点之间(pair-wise)关系的缺点;然后,利用超图的基本性质和谱理论设计超图上的卷积操作,同时引入超边自注意力机制聚合超图内部不同类型的节点,并通过在超图网络中加入自环解决在模型的前向传播过程中对异质信息网络覆盖不足的问题;最后,通过注意力机制对于不同语义的超图表示进行聚合,从而使最终的节点表示可以有效保持高阶近邻关系和复杂的语义信息.由于MHGCN是端到端的,最终模型直接学习得到节点的分类标签,并通过半监督节点分类任务进行验证,与其它方法相比,MHGCN在DBLP-P、DBLP-A数据集上比最好的基准方法micro-F1提高了0.56%~3.51%,macro-F1提高了0.54%~4.37%,验证了MHGCN模型的有效性. 展开更多
关键词 异质信息网络 网络模体 超图 网络表示学习 节点分类
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Artificial neural network modeling of gold dissolution in cyanide media 被引量:3
16
作者 S.Khoshjavan M.Mazloumi B.Rezai 《Journal of Central South University》 SCIE EI CAS 2011年第6期1976-1984,共9页
The effects of cyanidation conditions on gold dissolution were studied by artificial neural network (ANN) modeling. Eighty-five datasets were used to estimate the gold dissolution. Six input parameters, time, solid ... The effects of cyanidation conditions on gold dissolution were studied by artificial neural network (ANN) modeling. Eighty-five datasets were used to estimate the gold dissolution. Six input parameters, time, solid percentage, P50 of particle, NaCN content in cyanide media, temperature of solution and pH value were used. For selecting the best model, the outputs of models were compared with measured data. A fourth-layer ANN is found to be optimum with architecture of twenty, fifteen, ten and five neurons in the first, second, third and fourth hidden layers, respectively, and one neuron in output layer. The results of artificial neural network show that the square correlation coefficients (R2) of training, testing and validating data achieve 0.999 1, 0.996 4 and 0.9981, respectively. Sensitivity analysis shows that the highest and lowest effects on the gold dissolution rise from time and pH, respectively It is verified that the predicted values of ANN coincide well with the experimental results. 展开更多
关键词 artificial neural network GOLD CYANIDATION modeling sensitivity analysis
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3-D fracture network dynamic simulation based on error analysis in rock mass of dam foundation 被引量:5
17
作者 ZHONG Deng-hua WU Han +2 位作者 WU Bin-ping ZHANG Yi-chi YUE Pan 《Journal of Central South University》 SCIE EI CAS CSCD 2018年第4期919-935,共17页
Accurate 3-D fracture network model for rock mass in dam foundation is of vital importance for stability,grouting and seepage analysis of dam foundation.With the aim of reducing deviation between fracture network mode... Accurate 3-D fracture network model for rock mass in dam foundation is of vital importance for stability,grouting and seepage analysis of dam foundation.With the aim of reducing deviation between fracture network model and measured data,a 3-D fracture network dynamic modeling method based on error analysis was proposed.Firstly,errors of four fracture volume density estimation methods(proposed by ODA,KULATILAKE,MAULDON,and SONG)and that of four fracture size estimation methods(proposed by EINSTEIN,SONG and TONON)were respectively compared,and the optimal methods were determined.Additionally,error index representing the deviation between fracture network model and measured data was established with integrated use of fractal dimension and relative absolute error(RAE).On this basis,the downhill simplex method was used to build the dynamic modeling method,which takes the minimum of error index as objective function and dynamically adjusts the fracture density and size parameters to correct the error index.Finally,the 3-D fracture network model could be obtained which meets the requirements.The proposed method was applied for 3-D fractures simulation in Miao Wei hydropower project in China for feasibility verification and the error index reduced from 2.618 to 0.337. 展开更多
关键词 rock mass of dam foundation 3-D fracture network dynamic simulation fractal dimension error analysis relative absolute error(RAE) downhill simplex method
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