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题名一种基于粗糙遗传算法的缩放模式双聚类分析方法
被引量：3
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作者
李刚
苗夺谦
王睿智
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机构
同济大学计算机科学与技术系国家高性能计算机工程中心同济分中心同济大学嵌入式系统与服务计算教育部重点实验室
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出处
《计算机科学》
CSCD
北大核心
2010年第1期225-228,共4页
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基金
国家自然科学基金项目(60475019
60775036)
高等学校博士学科点专项科研基金(20060247039)资助
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文摘
研究了基因表达数据的缩放模式发现问题,给出了一种缩放模式双聚类评价函数,并提出了一种基于粗糙遗传算法的双聚类分析方法。该方法先以启发式算法及随机方法生成初始种群,再基于粗糙遗传算法对种群进行迭代,以达到全局优化的目的。在Yeast数据集上进行的测试表明,该算法能对启发式算法的结果进行良好的修正。生物显著性分析表明所发现的缩放模式双聚类具有生物学意义。
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关键词
双聚类分析
缩放模式
粗糙遗传算法
基因表达数据
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Keywords
Biclustering,Scaling patterns,Genetic rough algorithm,Gene expression data
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分类号
O159
[理学—基础数学]
O242.23
[理学—计算数学]
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题名基于相关分散搜索的基因表达数据双聚类
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作者
孙俊玲
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机构
武汉大学计算机学院
河南财政税务高等专科学校信息工程系
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出处
《高技术通讯》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第3期228-235,共8页
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基金
国家自然科学基金(60970063)资助项目
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文摘
为了发现来自基因表达数据的双聚类,提出了一种相关分散搜索方法,分散搜索是一种进化技术,它以按质量和多样性指标选择的一个小解集进化为基础。该算法所用适应度函数是基于基因之间的线性相关性来检测基因的移动和缩放模式,同时为了选择正相关基因,采用了一个改进方法。该算法已用酵母细胞周期数据集、人类B细胞淋巴瘤数据集和酵母应力数据集三个真实数据集进行了测试,同时与使用基因本体数据库的CC,OPSM,ISA,BiMax和Samba等方法进行了比较。实验结果表明该算法能发现大量移动和缩放模式双聚类。
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关键词
双聚类
分散搜索
微阵列技术
移动模式
缩放模式
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Keywords
bicluster, scatter search, microarray technology, shifting pattern, scaling pattern
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分类号
TP311.13
[自动化与计算机技术—计算机软件与理论]
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