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β-分泌酶基因编码区多态性与散发性阿尔茨海默病的关系
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作者 薛素芳 贾建平 董秀敏 《中国神经精神疾病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期170-172,共3页
目的检测β-分泌酶(BACE1)基因编码区多态性位点与散发性阿尔茨海默病(AD)的相关性,探讨BACE1在AD发病中的作用。方法选择美国国家生物技术信息中心(NCBI)单核苷酸序列多态性数据库(SNPdatabase)中BACE1基因编码区的单核苷酸多态性(SNP... 目的检测β-分泌酶(BACE1)基因编码区多态性位点与散发性阿尔茨海默病(AD)的相关性,探讨BACE1在AD发病中的作用。方法选择美国国家生物技术信息中心(NCBI)单核苷酸序列多态性数据库(SNPdatabase)中BACE1基因编码区的单核苷酸多态性(SNP)位点,利用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法检测99例散发性AD患者和140例正常人各多态性位点的基因型后,进行病例-对照相关分析。结果在所检的4个多态性位点中,其中3个位点的多态性(rs11216349,rs1061659,rs539765)均未在本研究的标本中检测到,而位于第5外显子的G/C多态性(rs608435),其等位基因的频率在病例组和对照组中分布差别有统计学意义(P=0.039),但基因型频率在两组的分布差别无统计学意义(P=0.095)。结论BACE1编码区上的3个多态性(rs11216349,rs1061659,rs539765)在我国汉人人群中没见到或不存在。外显子5上的G/C多态性(rs608435)的C等位基因可能通过某种途径增加了散发性AD的发病危险性。 展开更多
关键词 Β-分泌酶 阿尔茨海默病 编码区多态性
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转录组测序数据中cSNP和表达差异基因的分析方法 被引量:1
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作者 李少波 傅国辉 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期129-133,共5页
目的确立本次转录组测序数据中编码区单核苷酸多态性(cSNP)和表达差异基因的分析方法,筛选出可能导致蛋白质功能改变的单核苷酸多态性(SNP)位点和不同表型细胞中存在的表达差异基因。方法对正常培养的胃癌细胞系MKN28和SGC7901进行RNA测... 目的确立本次转录组测序数据中编码区单核苷酸多态性(cSNP)和表达差异基因的分析方法,筛选出可能导致蛋白质功能改变的单核苷酸多态性(SNP)位点和不同表型细胞中存在的表达差异基因。方法对正常培养的胃癌细胞系MKN28和SGC7901进行RNA测序(RNA-Seq),将测序数据与参考基因组进行比对,对测序的reads数、测得的基因数、MKN28和SGC7901中各自表达上调的基因数、SNP数及可变剪接形式进行统计学分析。运用在线的软件和数据库并结合计算机编程,对2株胃癌细胞系转录组测序数据中的SNP进行筛选和功能预测;对2株细胞中表达差异基因GO聚类结果进行分析比较。结果筛选并预测了8种类别709种基因的SNP,分析出了6个经预测能够导致蛋白功能改变的SNP位点。对表达差异基因的分析得到了丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶在2株细胞中的表达情况;经Western blotting和PCR验证了部分分析结果。结论确立了1种转录组测序后cSNP数据的分析方法,该方法能够对大量SNP数据进行高效筛选和分析;通过聚类分析后再比较得到了一组在MKN28中高表达而在SGC7901中低表达的蛋白激酶基因;这些结果为后续实验提供了依据。 展开更多
关键词 编码单核苷酸多态性 转录组 RNA测序 表达差异基因 胃癌
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应用SNaPshot技术检测精液特异性cSNP遗传标记 被引量:1
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作者 陶瑞旸 王守宇 +2 位作者 袁春艳 夏若成 李成涛 《法医学杂志》 CAS CSCD 2023年第5期465-470,共6页
目的探讨基于SNaPshot技术的精液特异性编码区单核苷酸多态性(coding region single nucleo⁃tide polymorphism,cSNP)遗传标记检测在精液(斑)溯源及混合体液(斑)鉴定中的可行性。方法制备16例精液斑和11例精液-静脉血混合斑样本,提取其... 目的探讨基于SNaPshot技术的精液特异性编码区单核苷酸多态性(coding region single nucleo⁃tide polymorphism,cSNP)遗传标记检测在精液(斑)溯源及混合体液(斑)鉴定中的可行性。方法制备16例精液斑和11例精液-静脉血混合斑样本,提取其基因组DNA(genomic DNA,gDNA)和总RNA,并将总RNA逆转录为互补DNA(complementary DNA,cDNA)。在已验证的精液特异性mRNA编码基因上筛选cSNP遗传标记。基于SNaPshot技术构建cSNP复合检测体系并通过CE对样本进行基因分型。结果成功构建了包含5个精液特异性cSNP的复合检测体系。在16例精液样本中,除了位于TGM4基因上的cSNP在cDNA的检测结果中出现等位基因丢失外,其余cSNP的gDNA和cDNA分型结果高度一致。检测精液-静脉血混合斑时,检出的cSNP分型结果均与精液提供者的基因型一致,未受到静脉血提供者基因型的干扰。结论应用SNaPshot技术检测精液特异性cSNP的方法可以应用于法医学精液(斑)的基因分型,并为混合体液(斑)中精液来源个体的判定提供信息。 展开更多
关键词 法医遗传学 体液鉴定 混合斑鉴定 编码单核苷酸多态性 SNapShot技术 精液
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家兔TAS1R2基因与生长发育性状的关联性分析 被引量:1
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作者 杨嵩 沈峻宇 +1 位作者 陈定超 冉强 《四川畜牧兽医》 2015年第3期29-31,34,共4页
TASlR2基因是味觉受体I型家族的第2个成员。本试验采集新西兰兔共417个样本,采用PCR产物直接测序法检测了家兔TASlR2基因上的单核苷酸多态性(SNPs),分析不同基因型与日龄重的遗传效应。研究结果如下:家兔TASlR2基因exon6的c.1581G... TASlR2基因是味觉受体I型家族的第2个成员。本试验采集新西兰兔共417个样本,采用PCR产物直接测序法检测了家兔TASlR2基因上的单核苷酸多态性(SNPs),分析不同基因型与日龄重的遗传效应。研究结果如下:家兔TASlR2基因exon6的c.1581G〉A突变基因型AA极显著影响40日龄、56日龄和84日龄家兔的体重以及35~84日龄的平均日增重(P〈0.01),可考虑将TASlR2基因作为家兔生产性状的候选基因,以期为家兔生长性状标记辅助选择提供理论依据。 展开更多
关键词 TAS1R2基因 基因编码单核苷酸多态性 生长性状 平均日增重 关联性分析
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