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基于绝缘密度HiCID算法的染色质接触域边界检测
被引量：
1
1
作者
黄月月
丰继华
+1 位作者
刘珂
范力栋
《生物学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第2期105-111,共7页
针对现有基于Hi-C数据的接触域边界检测算法进行改进,提出用绝缘密度统计量来表征接触域边界强度变化的绝缘密度算法(Hi-C insulation density,HiCID)。HiCID算法将网络增强技术嵌入预处理过程对原始Hi-C数据进行降噪,根据绝缘子结合蛋...
针对现有基于Hi-C数据的接触域边界检测算法进行改进,提出用绝缘密度统计量来表征接触域边界强度变化的绝缘密度算法(Hi-C insulation density,HiCID)。HiCID算法将网络增强技术嵌入预处理过程对原始Hi-C数据进行降噪,根据绝缘子结合蛋白(CTCF)与组蛋白修饰的富集丰度确定域边界筛选阈值,同时为不同分辨率Hi-C数据优化选择滑动窗口的大小和数量。实验结果表明,提出的接触域边界检测算法在一致性和准确性上均优于HiCDB算法,具有不依赖于特定物种的可移植性特点,且算法随Hi-C数据分辨率提高表现出更好的性能。
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关键词
染色质接触域
定向分化
网络增强
绝缘密度算法
绝缘
子结合蛋白
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职称材料
题名
基于绝缘密度HiCID算法的染色质接触域边界检测
被引量：
1
1
作者
黄月月
丰继华
刘珂
范力栋
机构
云南民族大学电气信息工程学院
出处
《生物学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第2期105-111,共7页
基金
国家自然科学基金(31160234)
云南民族大学研究生创新基金项目(2018YJCXS185)。
文摘
针对现有基于Hi-C数据的接触域边界检测算法进行改进,提出用绝缘密度统计量来表征接触域边界强度变化的绝缘密度算法(Hi-C insulation density,HiCID)。HiCID算法将网络增强技术嵌入预处理过程对原始Hi-C数据进行降噪,根据绝缘子结合蛋白(CTCF)与组蛋白修饰的富集丰度确定域边界筛选阈值,同时为不同分辨率Hi-C数据优化选择滑动窗口的大小和数量。实验结果表明,提出的接触域边界检测算法在一致性和准确性上均优于HiCDB算法,具有不依赖于特定物种的可移植性特点,且算法随Hi-C数据分辨率提高表现出更好的性能。
关键词
染色质接触域
定向分化
网络增强
绝缘密度算法
绝缘
子结合蛋白
Keywords
chromatin contact domain
lineage commitment
network enhancement
Hi-C insulation density
CTCF
分类号
Q811.4 [生物学—生物工程]
Q343.2 [生物学—遗传学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
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1
基于绝缘密度HiCID算法的染色质接触域边界检测
黄月月
丰继华
刘珂
范力栋
《生物学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2021
1
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