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基于随机森林算法预测分析绝经妇女骨质疏松症关键lncRNA及其调控作用
被引量：
2
1
作者
陈敬恒
陈凯奇
+1 位作者
何达东
石宇雄
《中国医药导报》
CAS
2021年第30期23-27,F0004,共6页
目的通过随机森林算法预测绝经妇女骨质疏松症(PMOP)关键长链非编码RNA(lncRNA)的调控作用。方法检索基因表达数据库获取PMOP患者芯片数据,检索时限为建库至2020年12月。借助随机森林算法筛选关键lncRNA,通过starBase V2.0数据库预测lnc...
目的通过随机森林算法预测绝经妇女骨质疏松症(PMOP)关键长链非编码RNA(lncRNA)的调控作用。方法检索基因表达数据库获取PMOP患者芯片数据,检索时限为建库至2020年12月。借助随机森林算法筛选关键lncRNA,通过starBase V2.0数据库预测lncRNA靶标基因,构建lncRNA-靶标基因调控网络,使用STRING V11进行靶标基因蛋白质-蛋白质相互作用分析,使用R语言、KOBAS数据库进行GO与KEGG富集分析。结果共获得127个lncRNA表达数据,建立随机森林模型,筛选其中10个关键lncRNA,starBase V2.0预测得到98个靶标基因。靶标基因主要富集于RNA聚合酶活性等13个GO过程,半乳糖代谢等12条KEGG信号通路。结论本研究通过挖掘PMOP基因芯片数据,基于随机森林算法筛选得出关键lncRNA并预测其靶标基因参与的生物学过程与信号通路,得出lncRNA可能参与调控成骨细胞、破骨细胞增殖分化活动、遗传物质转录翻译、机体糖脂代谢等活动。
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关键词
长链非编码RNA
绝经妇女骨质疏松症
随机森林
机器学习
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职称材料
题名
基于随机森林算法预测分析绝经妇女骨质疏松症关键lncRNA及其调控作用
被引量：
2
1
作者
陈敬恒
陈凯奇
何达东
石宇雄
机构
广州市番禺区中医院骨伤科
出处
《中国医药导报》
CAS
2021年第30期23-27,F0004,共6页
基金
广东省中医药局中医药科研项目(20191263)。
文摘
目的通过随机森林算法预测绝经妇女骨质疏松症(PMOP)关键长链非编码RNA(lncRNA)的调控作用。方法检索基因表达数据库获取PMOP患者芯片数据,检索时限为建库至2020年12月。借助随机森林算法筛选关键lncRNA,通过starBase V2.0数据库预测lncRNA靶标基因,构建lncRNA-靶标基因调控网络,使用STRING V11进行靶标基因蛋白质-蛋白质相互作用分析,使用R语言、KOBAS数据库进行GO与KEGG富集分析。结果共获得127个lncRNA表达数据,建立随机森林模型,筛选其中10个关键lncRNA,starBase V2.0预测得到98个靶标基因。靶标基因主要富集于RNA聚合酶活性等13个GO过程,半乳糖代谢等12条KEGG信号通路。结论本研究通过挖掘PMOP基因芯片数据,基于随机森林算法筛选得出关键lncRNA并预测其靶标基因参与的生物学过程与信号通路,得出lncRNA可能参与调控成骨细胞、破骨细胞增殖分化活动、遗传物质转录翻译、机体糖脂代谢等活动。
关键词
长链非编码RNA
绝经妇女骨质疏松症
随机森林
机器学习
Keywords
Long noncoding RNA
Postmenopausal osteoporosis
Random forest
Machine learning
分类号
R681 [医药卫生—骨科学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于随机森林算法预测分析绝经妇女骨质疏松症关键lncRNA及其调控作用
陈敬恒
陈凯奇
何达东
石宇雄
《中国医药导报》
CAS
2021
2
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