颈动脉支架植入术后血清长链非编码RNA结直肠肿瘤差异表达基因水平及临床意义 被引量：3

1

作者 李爽 王建民 胡沛霖 《介入放射学杂志》 CSCD 北大核心 2021年第7期707-710,共4页

目的探讨颈动脉支架植入术后血清长链非编码RNA(LncRNA)结直肠肿瘤差异表达基因(CRNDE)水平及临床意义。方法选取2018年1月至2019年6月在邢台市人民医院接受颈动脉支架植入术治疗的173例颈动脉狭窄性急性缺血性脑卒中(AIS)患者作为研究... 目的探讨颈动脉支架植入术后血清长链非编码RNA(LncRNA)结直肠肿瘤差异表达基因(CRNDE)水平及临床意义。方法选取2018年1月至2019年6月在邢台市人民医院接受颈动脉支架植入术治疗的173例颈动脉狭窄性急性缺血性脑卒中(AIS)患者作为研究对象。采用实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)法检测患者血清LncRNA CRNDE相对表达量,并分析其与预后的关系。结果173例颈动脉狭窄性AIS患者支架植入术后预后不良发生率为39.88%(69/173)。预后不良组患者血清LncRNA CRNDE相对表达量为(1.35±0.34)%,显著高于预后良好组[(0.93±0.19)%](P<0.001)。Logistic回归分析显示,出血转化、脑卒中病灶数、LncRNA CRNDE与颈动脉狭窄性AIS患者预后关系密切。模型B(出血转化+脑卒中病灶数+LncRNA CRNDE)评估颈动脉狭窄性AIS患者预后的效能,高于LncRNA CRNDE、模型A(出血转化+脑卒中病灶数)(Z=2.603,P=0.009;Z=2.945,P=0.003)。结论LncRNA CRNDE与颈动脉狭窄性AIS患者支架植入术后预后关系密切,检测血清LncRNA CRNDE表达有助于评估患者预后。 展开更多

关键词 颈动脉支架植入术 长链非编码RNA结直肠肿瘤差异表达基因 预后

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基于差异表达基因组合构建高度微卫星不稳定结直肠癌转移预测模型 被引量：3

2

作者 徐莹 褚以忞 +3 位作者 杨大明 李吉 张海芹 彭海霞 《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2021年第9期1197-1206,共10页

目的·从转录组层面探究影响高度微卫星不稳定(microsatellite instability-high,MSI-H)结直肠癌转移的潜在关键基因及基因表达特征,并构建基因转移预测模型。方法·从癌症基因组图谱数据库中收集MSI-H结直肠癌患者转录组数据,... 目的·从转录组层面探究影响高度微卫星不稳定(microsatellite instability-high,MSI-H)结直肠癌转移的潜在关键基因及基因表达特征,并构建基因转移预测模型。方法·从癌症基因组图谱数据库中收集MSI-H结直肠癌患者转录组数据,根据转移信息分为转移组(21例)和无转移组(42例),分析2组间差异表达基因(differentially expressed gene,DEG),以基因本体数据库(Gene Ontology,GO)、基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis,GSEA)对DEG进行注释、聚类及信号通路富集;使用STRING、Cytoscape软件筛选枢纽基因(hub基因);选取DEG绘制列线图,使用Bootstrap方法进行交叉验证;分析列线图中每个基因对MSI-H结直肠癌无进展生存期(progression-free survival,PFS)的影响。结果·转移组和无转移组间共得到245个DEGs,其中转移组较无转移组表达上调基因204个,下调基因41个。GO分析发现:DEG在生物过程、分子功能上主要富集于离子穿膜转运、氯离子穿膜转运及氯离子通道活性;在细胞组分中,富集于细胞外部分、细胞外空间等。GSEA结果显示:上调基因富集于神经活性物质配体-受体相互作用和代谢信号通路。通过Cytoscape筛选出上调基因蛋白质互作网络中的前10位的hub基因。根据DEG中调整后P值最小且与肿瘤发生发展关联性高的前10个基因构建的转移预测模型有一定的预测效能,其中训练集曲线下面积(area under curve,AUC)=0.975,验证集AUC=0.920;模型中AC078993.1、IGLJ2(immunoglobulin lambda joining 2)的表达水平与MSI-H结直肠癌PFS呈明显负相关(P=0.011,P=0.005)。结论·在MSI-H结直肠癌中,离子通道变化及细胞外环境变化可能对肿瘤转移有重要影响,神经活性物质配体-受体相互作用、代谢信号通路可能是对转移较重要的信号通路;初步构建了MSI-H结直肠癌基因转移预测模型,可为后续相关临床研究提供参考。 展开更多

关键词 结直肠癌 高度微卫星不稳定 转移 差异表达基因 生物信息学 列线图

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结直肠癌肝转移差异表达基因与信号通路分析 被引量：3

3

作者 褚雪镭 侯成志 +4 位作者 毛昀 李林潞 苏毅馨 陈峥 朱世杰 《中国肿瘤生物治疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第7期787-793,共7页

目的:探讨结直肠癌(colorectal cancer,CRC)肝转移的关键基因和分子机制,为CRC肝转移的治疗提供潜在靶点和生物标志物。方法:基于生物信息学方法从GEO数据库下载CRC肝转移基因表达数据集,筛选差异表达基因(differentially expressed gen... 目的:探讨结直肠癌(colorectal cancer,CRC)肝转移的关键基因和分子机制,为CRC肝转移的治疗提供潜在靶点和生物标志物。方法:基于生物信息学方法从GEO数据库下载CRC肝转移基因表达数据集,筛选差异表达基因(differentially expressed gene,DEG),利用DAVID在线工具对DEG进行GO和KEGG富集分析,构建蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络图,筛选出CRC关键基因并进行预后分析。结果:从183例CRC组织标本和39例CRC肝转移组织标本中筛选出321个DEG,其中上调基因153个、下调基因168个。GO和KEGG富集分析结果显示,DEG的功能主要涉及蛋白质激活级联反应、炎症反应、细胞外基质、血小板脱颗粒、补体与凝血级联反应等。PPI网络图筛选出8个CRC关键基因为ALB、APOB、FGA、F2、APOA1、SERPINC1、FGG和AHSG。生存分析发现,SERPINC1、FGG表达高的患者预后不良(均P<0.05)。结论:DEG的生物学功能和信号通路与CRC肝转移的发生发展相关,8个CRC关键基因可能是CRC肝转移治疗的潜在靶点,SERPINC1、FGG可能成为新的预后标志物。 展开更多

关键词 结直肠癌 肝转移 生物信息学 差异表达基因

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结直肠癌血瘀证肿瘤组织与正常组织差异表达蛋白比较 被引量：3

4

作者 柴仲秋 周冰 +1 位作者 张静莎 韩云雨 《世界中医药》 CAS 2022年第24期3496-3500,共5页

目的:比较结直肠癌血瘀证肿瘤组织与正常组织的差异表达蛋白。方法:采用临床调查方法,对结直肠癌患者进行证候分析,留取血瘀证患者术后标本的肿瘤组织和远端正常肠黏膜组织,运用iTRAQ定量蛋白质组学比较2种组织的差异表达蛋白,并应用Met... 目的:比较结直肠癌血瘀证肿瘤组织与正常组织的差异表达蛋白。方法:采用临床调查方法,对结直肠癌患者进行证候分析,留取血瘀证患者术后标本的肿瘤组织和远端正常肠黏膜组织,运用iTRAQ定量蛋白质组学比较2种组织的差异表达蛋白,并应用Metascape进行富集和分析。结果:在血瘀证组织比较中,肿瘤组织较远端正常组织差异表达蛋白总数为55个,其中上调13个,功能与调节型胞吐作用相关,下调42个,差异表达蛋白多集中在红细胞吸收氧气并释放二氧化碳、超分子纤维组织、表皮细胞分化、核心组织、NABA核心母体、对无机物的反应、Nop56p相关前rRNA复合体、中性粒细胞迁移、DNA结合的调控、水解酶活性负调节、脂肪酸衍生物代谢过程、上皮细胞增殖的正调控和生物氧化等通路。结论:血瘀证肿瘤组织与正常组织间的差异表达蛋白,其中红细胞吸收氧气并释放二氧化碳、角化、核心组织、超分子纤维组织、血压调节和整合素途径等生物过程相关蛋白可能对血瘀证的形成产生重要作用。 展开更多

关键词 结直肠癌 蛋白质组学 定量 血瘀证 肿瘤组织 正常组织 差异表达 蛋白

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基于补体替代途径对小鼠结直肠癌肝转移模型调控作用的生物信息学分析及实验验证

5

作者 石长玉 李勇 +2 位作者 邓静 朴春梅 金明 《吉林大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第3期703-715,共13页

目的:基于生物信息学方法分析补体替代途径对小鼠结直肠癌(CRC)肝转移模型的调控作用,并进行实验验证。方法:以“CRC肝转移”为关键词在基因表达综合(GEO)数据库中进行检索,获取GSE81558 GEO数据集,包括正常结肠组织样本、CRC组织样本和... 目的:基于生物信息学方法分析补体替代途径对小鼠结直肠癌(CRC)肝转移模型的调控作用,并进行实验验证。方法:以“CRC肝转移”为关键词在基因表达综合(GEO)数据库中进行检索,获取GSE81558 GEO数据集,包括正常结肠组织样本、CRC组织样本和CRC肝转移组织样本,采用生物信息学方法分析,筛选差异表达基因(DEGs)。使用R和Cytoscape软件进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析并进行可视化,利用检索相互作用基因/蛋白质(STRING)数据库对DEGs相关蛋白-蛋白相互作用(PPI)进行评估,绘制PPI网络图。12只C57BL/6小鼠脾脏注射SL4肿瘤细胞,并于0、7和14 d后采集小鼠肝组织,采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)法检测小鼠肝转移灶中补体途径相关基因表达水平。采用小鼠CRC肝转移模型验证补体信号通路,将小鼠分为对照组、B因子(FB)敲除组(FB^(-/-))和C4因子敲除组(C4^(-/-)),每组6只,检测各组小鼠肝脏质量,HE染色观察对照组和FB^(-/-)组小鼠CRC肝转移灶形态表现并计算肝转移灶面积百分率,免疫组织化学染色法观察对照组和FB^(-/-)组小鼠肝组织中巨噬细胞浸润情况,计算巨噬细胞浸润百分率。结果:正常结肠组织样本与CRC组织样本以及CRC组织样本与CRC肝转移组织样本之间距离较远,提示样本间差异性较大,可以对DEGs进行后续分析。在正常结肠组织样本与CRC组织样本数据集中共筛选出1908个DEGs,其中771个DEGs上调,1137个DEGs下调。在CRC与CRC肝转移数据集中共发现23个上调的DEGs及100个下调的DEGs。GO功能富集分析,与正常结肠组织样本比较,CRC组织样本的DEGs主要集中于有丝分裂细胞周期过程、细胞分裂、对激素的反应、有丝分裂核分裂和对脂质的反应等生物学过程(BP);与CRC组织样本比较,CRC肝转移组织样本的DEGs主要富集于凝血反应过程中,如血小板脱颗粒、凝血调节、急性期反应、止血调节和凝血调节等BP。KEGG信号通路富集分析,与正常结肠组织样本比较,CRC组织样本的DEGs主要富集的信号通路为细胞周期和P53信号通路;与CRC组织样本比较,CRC肝转移组织样本的DEGs主要富集于与补体、凝血级联和代谢相关的信号通路。DEGs的PPIs网络鉴定出的枢纽基因和血液蛋白有关。RT-qPCR法检测,与0 d组比较,7 d组小鼠CRC肝转移组织样本中补体相关基因补体1q(C1q)mRNA表达水平明显降低(P<0.05),补体3(C3)、补体5(C5)、FB和D因子(FD)mRNA表达水平均明显升高(P<0.05或P<0.01),14 d组小鼠CRC肝转移组织样本中补体通路相关基因C1q、补体2(C2)、C3、补体片段3a受体(C3aR)、C5、补体片段5a受体(C5aR)、衰变加速因子(DAF)、FB和FD mRNA表达水平均明显升高(P<0.05或P<0.01)。与对照组比较,FB^(-/-)组小鼠肝脏质量明显降低(P<0.01),C4^(-/-)组小鼠肝脏质量差异无统计学意义(P>0.05)。HE染色观察,与对照组比较,FB^(-/-)组小鼠CRC肝转移灶明显减少,CRC肝转移面积百分率明显降低(P<0.01)。免疫组织化学染色法观察,与对照组比较,FB^(-/-)组小鼠CRC肝转移灶中巨噬细胞浸润减少,巨噬细胞浸润百分率明显降低(P<0.01)。结论:补体级联反应与CRC肝转移有关,替代补体通路调控CRC肝转移,提示该通路是CRC肝转移的潜在治疗靶点。 展开更多

关键词 结直肠癌 肝转移 基因表达综合数据库 生物信息学 差异表达基因

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结直肠癌中O-型糖基化相关差异基因的筛选及分析 被引量：2

6

作者 姚健楠 高天博 +4 位作者 段凌 刘健 蒋玉良 安广宇 葛洋 《首都医科大学学报》 CAS 北大核心 2020年第3期403-410,共8页

目的通过鉴定得出正常和异常O-型糖基化结肠癌细胞之间的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),即O-型糖基化相关差异基因,并探讨其促进肿瘤发生发展的潜在机制。方法运用单色标记表达谱芯片技术对经Cosmc表达质粒或其空... 目的通过鉴定得出正常和异常O-型糖基化结肠癌细胞之间的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),即O-型糖基化相关差异基因,并探讨其促进肿瘤发生发展的潜在机制。方法运用单色标记表达谱芯片技术对经Cosmc表达质粒或其空白对照质粒稳定转染的LS174T Tn(+)细胞进行检测,采用RNA杂交获得基因表达谱数据,通过Wegstalt平台的基因通路富集(gene set enrichment analysis, GESA)方法行GO基因本体(gene ontology,GO)分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)肿瘤相关通路分析,R语言行热图聚类分析,STRING在线软件对蛋白网络进行差异及整合分析。结果通过分析获得了1 474个符合条件的DEGs,其中有502个基因上调,972个基因下调;GO分析显示DEGs主要参与细胞外基质组织及生长因子活性相关的生物学过程;KEGG分析DEGs主要富集在磷脂酰肌醇-3激酶(phosphatidylinositol 3-kinase,PI3K)、转化生长因子-β(transforming growth factor-β, TGF-β)和Wnt等经典信号通路上。结论本研究首次着眼于结肠癌细胞中由O-型糖基化引起的转录组学变化,有助于揭示O-型糖基化修饰的结直肠癌分子特征,并为科学研究和临床治疗提供新的方向。 展开更多

关键词 结直肠癌 O-型糖基化 基因表达谱 差异表达基因 Cosmc 生物信息学

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结直肠癌和息肉中Caspase通路上基因表达水平 被引量：2

7

作者 潘益峰 张明五 +6 位作者 金明娟 张善春 陈坤 李其龙 马新源 姚开颜 余运贤 《浙江大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期245-251,共7页

目的:检测结直肠正常黏膜-结直肠息肉-结直肠癌中Caspase凋亡通路上相关基因的mRNA表达水平,探讨其在结直肠癌发生、发展中的作用。方法:收集了19例结直肠癌患者的肿瘤组织、86例结直肠息肉患者的息肉组织和10例正常对照的结直肠黏膜组... 目的:检测结直肠正常黏膜-结直肠息肉-结直肠癌中Caspase凋亡通路上相关基因的mRNA表达水平,探讨其在结直肠癌发生、发展中的作用。方法:收集了19例结直肠癌患者的肿瘤组织、86例结直肠息肉患者的息肉组织和10例正常对照的结直肠黏膜组织。采用实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)测定结直肠正常黏膜、结直肠息肉、结直肠癌中Caspase通路上基因(Caspase-2-、3-、6、-7、-8、-9和-10)的mRNA表达水平。结果:年龄、性别等人口学特征在正常对照、息肉及结直肠癌病例组间分布均衡;与正常黏膜组比较,除Caspase-3在结直肠癌中表达升高外,其它基因mRNA表达均下降,但都没有达到统计学上的显著性水平;此外,除Caspase-9外,这些Caspase基因相互间mRNA表达水平存在显著的的正相关关系。结论:未发现Caspase凋亡通路上相关基因mRNA表达水平在肿瘤形成过程中发生显著变化;Caspase通路上基因相互之间表达水平呈显著相关。 展开更多

关键词 结直肠肿瘤 结肠息肉 肠息肉 半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶/遗传学 基因表达 逆转录聚合酶链反应

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长链非编码RNA母系表达基因3对结直肠癌细胞侵袭和迁移能力的影响 被引量：19

8

作者 朱栋良 尹小平 王芳元 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期296-300,共5页

目的:检测长链非编码RNA母系表达基因3(maternally expressed gene 3,MEG3)在结直肠癌细胞中的表达,并观察过表达MEG3对结直肠癌细胞侵袭和迁移能力的影响。方法:检测人正常结肠细胞NCM460及结直肠癌细胞SW48、Lo Vo中MEG3的水平,在SW4... 目的:检测长链非编码RNA母系表达基因3(maternally expressed gene 3,MEG3)在结直肠癌细胞中的表达,并观察过表达MEG3对结直肠癌细胞侵袭和迁移能力的影响。方法:检测人正常结肠细胞NCM460及结直肠癌细胞SW48、Lo Vo中MEG3的水平,在SW48细胞和Lo Vo细胞中转染MEG3过表达质粒,利用Transwell小室及划痕实验观察过表达MEG3对细胞侵袭和迁移能力的影响,通过Western blotting检测基质金属蛋白酶(matrix metalloproteinase,MMP)家族相关蛋白的变化。结果:结直肠癌细胞SW48和Lo Vo中MEG3的水平明显低于人正常结肠细胞NCM460;在SW48和Lo Vo细胞中过表达MEG3后能够明显抑制细胞的侵袭和迁移能力;Transwell侵袭实验和迁移实验显示MEG3表达组SW48细胞的穿膜数及Lo Vo细胞的穿膜数与对照组比较明显减少。划痕实验中过表达MEG3后细胞间距较对照组明显增大,提示细胞运动能力减弱。同时过表达MEG3可明显降低细胞中MMP-2及MMP-9的表达,增高金属蛋白酶组织抑制物2(tissue inhibitor of metalloproteinase-2,TIMP-2)的表达。结论:结直肠癌细胞中MEG3水平较正常结直肠细胞明显降低;在结直肠癌中过表达MEG3可抑制细胞的侵袭、迁移运动能力,并且可能通过影响TIMP-2、MMP-2及MMP-9的表达发挥上述功能。 展开更多

关键词 长链非编码RNA 母系表达基因3 结直肠肿瘤 肿瘤侵袭 细胞迁移 基质金属蛋白酶

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具核梭杆菌介导MUC1在结直肠癌中差异表达的验证 被引量：1

9

作者 叶新力 李静 +6 位作者 唐彬 兰远志 罗华星 卢晓雪 向媛媛 张艳 曾冬竹 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第15期1501-1506,F0003,共7页

目的通过生物信息学分析具核梭杆菌(Fusobacterium nucleatum,F. nucleatum,Fn.)对结直肠癌(colorectal cancer,CRC)差异表达基因(differential expression genes,DEGs)的调控作用,鉴定关键基因在F. nucleatum感染结直肠癌细胞中的表达... 目的通过生物信息学分析具核梭杆菌(Fusobacterium nucleatum,F. nucleatum,Fn.)对结直肠癌(colorectal cancer,CRC)差异表达基因(differential expression genes,DEGs)的调控作用,鉴定关键基因在F. nucleatum感染结直肠癌细胞中的表达。方法利用GEO数据库高通量筛选F. nucleatum诱导的结直肠癌差异表达基因;基因本体论(GO),京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析差异表达基因数据集;Cytoscape软件构建差异表达基因的蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI);RT-qPCR和Western blot验证关键(Hub)基因MUC1在细胞模型中的转录水平和蛋白水平表达。结果共筛选出118个DEGs,其中20个表达上调,98个下调;GO分析显示DEGs在质膜和质膜的组成部分等细胞成分中富集最显著,KEGG分析发现其在PI3K-Akt、MAPK、Rap1和JAK-STAT等信号通路中有明显富集(P<0.05)。在PPI网络中,Hub基因MUC1具有较高的中心性得分,F. nucleatum感染与MUC1的差异表达显著相关。结论通过对关键基因的筛选和验证,F. nucleatum感染致CRC的机制可能与MUC1的过表达有关。 展开更多

关键词 结直肠癌 具核梭杆菌 MUC1 差异表达基因

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基于加权基因共表达网络分析识别F2RL1为结直肠癌的核心致病基因 被引量：1

10

作者 温中庆 张强 +2 位作者 孙雨颉 赵浩楠 康宁 《华中科技大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期158-166,共9页

目的通过生物信息学方法鉴定与结直肠癌相关的核心基因,并初步验证。方法从TCGA数据库中下载正常人和结肠腺癌(COAD)患者的临床资料和基因表达数据;从GEO数据库中下载275例结直肠癌患者的肿瘤组织及其癌旁正常组织基因表达数据。通过差... 目的通过生物信息学方法鉴定与结直肠癌相关的核心基因,并初步验证。方法从TCGA数据库中下载正常人和结肠腺癌(COAD)患者的临床资料和基因表达数据;从GEO数据库中下载275例结直肠癌患者的肿瘤组织及其癌旁正常组织基因表达数据。通过差异表达基因分析和加权基因共表达网络分析(WGCNA)筛选差异共表达基因。对差异共表达基因进行GO和KEGG分析,并通过STRING数据库构建蛋白质互作(PPI)网络,最后利用Cytoscape插件CytoHubba提取候选核心基因。将与总生存期(OS)相关的核心基因通过人类蛋白图谱(HPA)数据库验证其蛋白表达,并通过单基因GSEA探索核心基因相关的信号通路。通过Western blot法在人正常结肠上皮细胞HCoEpiC和结直肠癌细胞HCT116、LoVo中验证生信分析的结果。结果通过对TCGA和GSE89076数据集的WGCNA和差异表达基因分析识别到436个差异共表达基因,用R语言clusterProfiler包进行功能和通路富集分析:GO分析结果显示,这些基因在714个生物过程、45个细胞组成和153个分子功能中富集;KEGG分析结果显示,这些基因在9条通路中富集。在436个差异共表达基因的PPI网络中鉴定了10个候选核心基因(BDKRB2、GCG、EDN2、EDN3、P2RY2、P2RY1、F2RL1、GNA11、SST、ADRA2)。通过GEPIA2在线工具对候选核心基因的预后价值进行验证,发现F2RL1与COAD患者OS相关。经HPA数据库验证,F2RL1蛋白表达水平在结直肠癌样本中下调,这与其mRNA水平的改变一致。单基因GSEA分析提示F2RL1与结直肠癌的发生发展密切相关。Western blot实验证明F2RL1在人结直肠癌细胞系中表达下调。结论F2RL1可作为结直肠癌的候选生物标志物,本研究为结直肠癌的诊断、预后及靶向治疗提供了新线索。 展开更多

关键词 结直肠癌 加权基因共表达网络分析 差异表达基因 F2RL1 生物信息学分析

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从大肠癌组织cDNA表达文库筛选肿瘤抗原基因 被引量：6

11

作者 何敬东 周高速 +4 位作者 肖冰 李旭 刘宇虎 张振书 南清振 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期382-384,共3页

目的利用肿瘤患者血清筛选大肠癌cDNA噬菌体表达文库,寻找肿瘤特异性抗原基因。方法采用SMART技术构建中国人大肠癌cDNA噬菌体表达文库。用SEREX方法筛选中国人大肠癌组织cDNA噬菌体表达文库。对获得的阳性克隆片段进行测序、鉴定和BLAS... 目的利用肿瘤患者血清筛选大肠癌cDNA噬菌体表达文库,寻找肿瘤特异性抗原基因。方法采用SMART技术构建中国人大肠癌cDNA噬菌体表达文库。用SEREX方法筛选中国人大肠癌组织cDNA噬菌体表达文库。对获得的阳性克隆片段进行测序、鉴定和BLAST同源性比较,并对其生物信息进行分析。结果成功地构建了大肠癌cDNA噬菌体表达文库,原始文库含2.39×106个重组子,重组率达到97.5%,文库扩增后滴度达到4.1×1010pfu/ml。插入外源性cDNA片段的大小为0.5～4.0kb。SEREX筛选共获得16个阳性克隆,代表12个不同抗原基因,其中10个基因片段为已知抗原基因,如IFITM1、CD24、Survivin、KLK6等,2个为未知EST片段。根据序列分析,筛选出的抗原基因有结构基因、调节基因、代谢相关基因等。结论利用SEREX方法筛选出大肠肿瘤相关抗原基因并获得2个肿瘤抗原候选基因。 展开更多

关键词 结直肠肿瘤 SEREX抗原基因 CDNA表达文库

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CD44v6和E-cadherin表达与结直肠癌浸润转移关系 被引量：20

12

作者 谷化平 尚培中 倪灿荣 《临床与实验病理学杂志》 CAS CSCD 2003年第3期270-272,共3页

目的　探讨CD44v6和E cadherin(E cad)蛋白表达与结直肠癌浸润转移的相关性。方法　应用免疫组织化学技术 ,检测 90例结直肠癌组织中CD44v6和E cad蛋白表达。结果　 90例结直肠癌中CD44v6和E cad蛋白阳性表达率分别为75 6 %和 46 7%。... 目的　探讨CD44v6和E cadherin(E cad)蛋白表达与结直肠癌浸润转移的相关性。方法　应用免疫组织化学技术 ,检测 90例结直肠癌组织中CD44v6和E cad蛋白表达。结果　 90例结直肠癌中CD44v6和E cad蛋白阳性表达率分别为75 6 %和 46 7%。CD44v6高表达及E cad低表达与结直肠癌Dukes分期、浆膜浸润、淋巴结转移、肝脏转移均呈正相关 (P <0 0 5 )。结直肠癌中CD44v6表达与E cad表达呈负相关 (r =- 0 4 3,P <0 0 0 5 )。结论　CD44v6和E cad表达与结直肠癌浸润转移密切相关。检测CD44v6和E cad蛋白表达可作为判断结直肠癌预后的客观指标。 展开更多

关键词 CD44V6 E-CADHERIN 基因表达 结直肠癌 浸润转移 肿瘤转移 免疫组织化学

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pcDNA3.1-Annexin A1真核表达载体对结直肠癌细胞迁移、侵袭的影响 被引量：4

13

作者 杨晓群 葛慧娟 +4 位作者 汪佳祺 余宏宇 何金 刘惠敏 蔡在龙 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期264-268,共5页

目的探讨Annexin A1对结直肠癌细胞迁移、侵袭能力的影响。方法构建重组质粒pcDNA3.1-AnnexinA1,转染至结直肠癌细胞株SW480中,G418筛选稳定表达株,实时荧光定量PCR、蛋白质印迹检测转染前后Annexin A1mR-NA及蛋白表达;以空载体转染组... 目的探讨Annexin A1对结直肠癌细胞迁移、侵袭能力的影响。方法构建重组质粒pcDNA3.1-AnnexinA1,转染至结直肠癌细胞株SW480中,G418筛选稳定表达株,实时荧光定量PCR、蛋白质印迹检测转染前后Annexin A1mR-NA及蛋白表达;以空载体转染组及未转染SW480细胞作为对照,通过划痕修复实验和Transwell细胞侵袭实验对转染前后细胞的迁移和侵袭能力进行比较观察和分析。结果成功构建重组质粒pcDNA3.1-Annexin A1载体;实时荧光定量PCR和蛋白质印迹检测结果均显示,重组体pcDNA3.1-Annexin A1稳定转染细胞株中Annexin A1mRNA及蛋白表达均明显高于空载体转染及未转染组细胞(P<0.01),而后两者间比较差异无统计学意义(P>0.05);重组体pcDNA3.1-Annexin A1转染组SW480细胞的迁移率(0.415±0.002)明显高于空载体转染组(0.267±0.003)及未转染组细胞(0.271±0.002),差异具有统计学意义(P<0.05),而后两者间差异无统计学意义(P>0.05);与空载体转染组(162.80±12.07)及未转染组(164.25±9.50)相比,重组体pcDNA3.1-Annexin A1转染组穿膜细胞数(221.75±12.07)增多,差异具有统计学意义(P<0.05).结论人Annexin A1基因表达上调能提高结直肠癌细胞迁移和侵袭能力。 展开更多

关键词 结直肠肿瘤 ANNEXIN A基因 真核表达载体 划痕修复 Transwell侵袭实验 结直肠癌 转染细胞 侵袭能力 细胞迁移 实时荧光定量

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KAI-1和nm23-H1的表达与结直肠癌侵袭转移的关系研究 被引量：3

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作者 赵承梅 刘刚 +2 位作者 李卫东 邱宇杰 朱理玮 《中国全科医学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第12期1321-1323,1327,共4页

目的检测结直肠癌组织中KAI-1、nm23-H1基因及蛋白的表达,探讨其在结直肠癌浸润转移中的作用及临床意义。方法以45例结直肠癌手术标本为研究对象,分别采用荧光实时定量PCR和免疫组织化学方法检测肿瘤组织和切端组织中KAI-1、nm23-H1的m... 目的检测结直肠癌组织中KAI-1、nm23-H1基因及蛋白的表达,探讨其在结直肠癌浸润转移中的作用及临床意义。方法以45例结直肠癌手术标本为研究对象,分别采用荧光实时定量PCR和免疫组织化学方法检测肿瘤组织和切端组织中KAI-1、nm23-H1的mRNA及蛋白表达水平,并结合临床病理资料进行统计学分析。结果结直肠癌组织中KAI-1和nm23-H1的mRNA表达水平及蛋白表达阳性率均显著低于切端组织,差异有统计学意义(P<0.01);淋巴结转移者KAI-1、nm23-H1的mRNA表达水平及蛋白表达阳性率均显著低于不伴淋巴结转移者,且二者会随着浸润深度及Dukes分期的增加而表达下降,差异有统计学意义(P<0.01)。结直肠癌组织中KAI-1 mR-NA的表达均与nm23-H1的表达呈正相关(rs值分别为0.583和0.327,P<0.05)。结论 KAI-1和nm23-H1低表达均与结直肠癌的侵袭转移有关,联合检测这两项指标有助于指导临床治疗和预测肿瘤进展。 展开更多

关键词 KAI-1 NM23-H1 基因表达 结直肠肿瘤

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分泌型卷曲相关蛋白1、β联蛋白、上皮钙黏着蛋白在结直肠癌中的表达及意义 被引量：2

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作者 欧玉荣 刘娟 +3 位作者 高杉 景桂英 承泽农 董修琴 《浙江大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期397-405,共9页

目的：探讨Wnt信号通路抑制因子分泌型卷曲相关蛋白1（SFRP1）在结直肠癌组织中的表达，及其与β联蛋白（β—catenin）和上皮钙黏着蛋白（E-cadherin）蛋白表达的关系，并探讨其临床意义。方法：应用逆转录PCR检测60份结直肠癌及其癌... 目的：探讨Wnt信号通路抑制因子分泌型卷曲相关蛋白1（SFRP1）在结直肠癌组织中的表达，及其与β联蛋白（β—catenin）和上皮钙黏着蛋白（E-cadherin）蛋白表达的关系，并探讨其临床意义。方法：应用逆转录PCR检测60份结直肠癌及其癌旁正常黏膜中SFRP1、β—catenin和E-cadherin基因mRNA表达水平；同时应用免疫组织化学染色法（Elivision法）检测相同组织中SFRP1、β—catenin和E—cadherin蛋白的表达，并探讨其相关性及与临床病理因素的关系。结果：60份组织中，52份结直肠癌组织及其癌旁正常黏膜中RNA提取成功；SFRP1 mRNA相对表达量分别为0．4837±0．1532和0．7170±0．1830；B-catenin mRNA相对表达量分别为0．9293±0．3705和0．6469±0．3166；E—cadherin mRNA相对表达量分别为0．5556±0．2535和0．9422±0．2372，两组比较差异均有统计学意义（均P〈0．01）；SFRP1 mRNA表达与肿瘤淋巴结转移有关（P〈0．05）。SFRP1蛋白在结直肠癌中的阳性表达率为31．67％（19／60），显著低于癌旁正常结直肠黏膜组织75．00％（45／60）的阳性表达率；SFRP1蛋白表达与临床病理各因素无关。β—catenin、E-cadherin在结直肠癌中的异常表达率分别为75．00％（45／60）、58．33％（35／60），显著高于癌旁正常结直肠黏膜组织1．67％（1／60）、6．67％（4／60）的异常表达率；β—catenin和E—cadherin异常表达与肿瘤的分化程度、淋巴结转移和Dukes分类有关。结直肠癌中SFRP1蛋白的表达与β—catenin和E—cadherin的异常表达呈负相关（r=-0．517，r=-0．442，均P〈0．01）。结论：结直肠癌中SFRP1的表达下调导致Wnt信号通路出现异常活化，并引起β-catenin和E-cadherin异常表达增加。提示SFRP1失活及水平下调是结直肠癌启动及促进的重要因素。 展开更多

关键词 结直肠肿瘤/代谢 结直肠肿瘤/病理学 膜蛋白质类 钙黏着糖蛋白类/生物合成 基因表达 免疫组织化学

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原发性结直肠癌氟尿嘧啶代谢相关酶类的表达与临床意义 被引量：5

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作者 王华 董培德 +1 位作者 张连海 季加孚 《北京大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2005年第3期269-272,共4页

目的:研究氟尿嘧啶代谢相关酶在原发性结直肠癌的表达及临床意义。方法:收集北京大学临床肿瘤学院2003年8月至2004年2月收治的经病理确诊的61例原发性结直肠癌患者的标本,应用RT PCR方法检测原发性结直肠癌组织和非肿瘤组织中胸苷酸合成... 目的:研究氟尿嘧啶代谢相关酶在原发性结直肠癌的表达及临床意义。方法:收集北京大学临床肿瘤学院2003年8月至2004年2月收治的经病理确诊的61例原发性结直肠癌患者的标本,应用RT PCR方法检测原发性结直肠癌组织和非肿瘤组织中胸苷酸合成酶(thymidylatesynthase, TS)、二氢胸腺嘧啶脱氢酶(dihydropyrimidinedehydrogenase, DPD)、乳清酸磷酸核糖基转移酶(orotatephosphoribosyltransferase, OPRT)的基因表达。结果:每种酶在肿瘤组织和非肿瘤组织中的基因表达水平存在正相关。肿瘤组织与非肿瘤组织相比,TS和DPD表达近似。结直肠癌肿瘤组织中OPRT表达水平是非肿瘤组织中OPRT表达水平的4. 38倍(P=0. 000),OPRT的表达量在黏液腺癌中是最低的,在低分化腺癌中是最高的。肿瘤组织/非肿瘤组织OPRT表达量的比值(TOPRT/NOPRT)与淋巴结转移(r=0. 36;P=0. 005)、脉管转移(r=0. 26;P=0. 041)和组织学分化(r=-0. 33;P=0. 009)具有相关性。结论:采用RT-PCR法检测三种酶在结直肠癌中的表达切实可行,有良好的临床应用前景。提示OPRT可能是潜在的结直肠癌预后指标。 展开更多

关键词 原发性结直肠癌 临床意义 氟尿嘧啶 代谢 非肿瘤组织 RT-PCR方法 2004年2月 2003年8月 酶类 胸苷酸合成酶 核糖基转移酶 基因表达水平 PCR法检测 临床应用前景 直肠癌患者 直肠癌组织 低分化腺癌 淋巴结转移 病理确诊 北京大学

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乙醛脱氢酶1在结直肠癌中的表达及临床意义 被引量：1

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作者 许森林 段江洁 +2 位作者 张宇 余时沧 卞修武 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期622-624,共3页

目的检测乙醛脱氢酶1（ALDH1）在结直肠癌中的表达,探讨其与结直肠癌临床病理特征的关系。方法收集西南医院2006-2010年送检的结直肠癌组织及正常结直肠组织标本各75例,取结直肠癌与正常结直肠组织标本各70份,采用免疫组织化学法检测其A... 目的检测乙醛脱氢酶1（ALDH1）在结直肠癌中的表达,探讨其与结直肠癌临床病理特征的关系。方法收集西南医院2006-2010年送检的结直肠癌组织及正常结直肠组织标本各75例,取结直肠癌与正常结直肠组织标本各70份,采用免疫组织化学法检测其ALDH1的表达,采用Real time RT-PCR、Western blotting检测其余各5例结直肠癌及正常结直肠组织中ALDH1的表达情况。结果免疫组织化学染色表明,ALDH1主要表达于结直肠癌肿瘤细胞和正常结直肠黏膜上皮细胞的胞质内,且在正常结直肠组织的阳性表达率（83%）显著高于结直肠癌组织（37%,P=0.000）。ALDH1 mRNA在正常结直肠组织的表达水平是结直肠癌组织的1.4~17倍。Western blotting检测结果显示,ALDH1在正常结直肠组织中的表达是结直肠癌组织的1.02~3.99倍。统计分析显示,ALDH1的表达与结直肠癌患者的年龄、性别以及肿瘤部位、浸润深度、分化程度、淋巴结转移、Dukes＇分期等无相关性（P〉0.05）。结论 ALDH1在正常结直肠组织中的表达显著高于结直肠癌组织,其表达与结直肠癌患者的临床病理特征之间无显著相关性。 展开更多

关键词 乙醛脱氢酶1 结直肠肿瘤 基因表达

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肿瘤转移相关基因MTA1在大肠癌中的表达及其临床意义 被引量：5

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作者 徐华 周序珑 杜彬 《实用医学杂志》 CAS 2005年第19期2148-2149,共2页

目的:探讨MTA1的表达与大肠癌浸润转移及临床病理指标之间的关系。方法:采用免疫组织化学SP法,检测84例大肠癌组织和22例癌旁黏膜组织中MTA1的表达。结果:大肠癌中MTA1的表达显著高于癌旁黏膜(P=0.000),MTA1在大肠癌组织中的表达与患者... 目的:探讨MTA1的表达与大肠癌浸润转移及临床病理指标之间的关系。方法:采用免疫组织化学SP法,检测84例大肠癌组织和22例癌旁黏膜组织中MTA1的表达。结果:大肠癌中MTA1的表达显著高于癌旁黏膜(P=0.000),MTA1在大肠癌组织中的表达与患者年龄、肿瘤浸润深度无关(P>0.05),而与大肠癌分化程度、临床分期以及淋巴结转移显著相关(P<0.05)。结论:MTA1的表达与促进大肠癌的转移相关,检测MTA1表达可作为预测大肠癌生物学行为、判断大肠癌患者预后的一个参考指标。 展开更多

关键词 结直肠肿瘤 基因表达 原癌基因 肿瘤转移 免疫组织化学 肿瘤转移相关基因 大肠癌组织 临床意义 免疫组织化学SP法 癌旁黏膜组织

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结直肠癌ZIC1和KLOTHO基因启动子甲基化检测的临床价值初探 被引量：2

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作者 甘丽虹 潘洁 +2 位作者 陈淑洁 钟菁 王良静 《浙江大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期309-314,共6页

目的:观测ZIC1和KLOTHO基因在结直肠癌组织中的表达情况,探讨检测ZIC1和KLOTHO基因启动子甲基化在结直肠癌临床诊断中的价值。方法:选取25对(包括癌和癌旁组织)结直肠癌患者手术标本组织,通过实时荧光定量RT-PCR检测ZIC1和KLOTHO mRNA... 目的:观测ZIC1和KLOTHO基因在结直肠癌组织中的表达情况,探讨检测ZIC1和KLOTHO基因启动子甲基化在结直肠癌临床诊断中的价值。方法:选取25对(包括癌和癌旁组织)结直肠癌患者手术标本组织,通过实时荧光定量RT-PCR检测ZIC1和KLOTHO mRNA在结直肠癌和癌旁相对正常组织中的表达;通过甲基化特异性PCR(MSP)检测结直肠癌和癌旁相对正常组织中ZIC1和KLOTHO基因启动子甲基化阳性率,并分析其与结直肠癌患者临床病理资料(年龄,性别,分化程度和TNM分期)的关系。结果:ZIC1和KLOTHO mRNA在结直肠癌组织中表达较正常组织明显下调(P均<0.0001);在25例结直肠癌患者癌组织中,ZIC1甲基化阳性率为80%,KLOTHO甲基化阳性率为76%,联合检测ZIC1和KLOTHO甲基化阳性率为64%。结论:ZIC1和KLOTHO基因在结直肠癌中表达下调,肿瘤组织基因启动子甲基化高频率发生,联合检测ZIC1和KLOTHO基因甲基化有助于结直肠癌的诊断。 展开更多

关键词 结直肠肿瘤/诊断 结直肠肿瘤/病理学 甲基化 基因表达 基因

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基于生物信息学分析并验证一组与结直肠癌预后相关的基因 被引量：1

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作者 覃异 陈璐 陈立章 《中南大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2021年第10期1063-1070,共8页

目的:针对结直肠癌(colorectal cancer,CRC)预后的肿瘤标志物尚缺乏可靠的准确度和灵敏度。本研究旨在采用生物信息学方法,筛选并验证一组与CRC诊断与预后相关的基因。方法:从NCBI-GEO数据库中选取关于CRC和正常结直肠黏膜(colorectal m... 目的:针对结直肠癌(colorectal cancer,CRC)预后的肿瘤标志物尚缺乏可靠的准确度和灵敏度。本研究旨在采用生物信息学方法,筛选并验证一组与CRC诊断与预后相关的基因。方法:从NCBI-GEO数据库中选取关于CRC和正常结直肠黏膜(colorectal mucosa,CRM)组织标本全RNA组测序数据集GSE31905、GSE35279和GSE41657,并分析其中的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),先通过Venn图获取这3个数据集的共同DEGs,然后用STRING网络系统和Cytoscape软件进一步富集上述基因,最后在Kaplan-Meier plotter网站上验证富集后的基因与CRC预后的相关性。结果:通过NCBI-GEO数据库中自带的GEO2R工具分别筛选出3个数据集中CRC与CRM的DEGs(|log_(2)FC|>2和P<0.05)。用Venn图分析软件,将3个数据集中的上调/下调基因分别取交集,得出3个样本共105个共有的上调基因和140个共有的下调基因。将上述上调/下调基因导入STRING网络系统,得出相互作用的基因。将相互作用的基因集导入Cytoscape软件,用MCODE(Molecular Complex Detection)插件查找到61个上调基因。最后通过Kaplan-Meier plotter网站,得到EPHB2、KLK8、DIAPH3、STC2、OXTR、MMP7、MET、KRT85、KRT6B、KRT23、KLK10等11个在CRC中高表达的基因,且与预后相关。结论:通过生物信息学分析和验证,上述11个基因可在一定程度上预测CRC的不良预后,为CRC的诊断、治疗和预后提供可能的靶标。 展开更多

关键词 生物信息学分析 RNA测序 结直肠癌 差异表达基因

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