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基于网络药理学探讨槲皮素治疗结核性溃疡的机制
1
作者
郭丹丹
钱佳燕
+2 位作者
陈悦
翁嘉晨
黄子慧
《中国医科大学学报》
CAS
北大核心
2024年第6期509-515,524,共8页
目的基于网络药理学及分子对接方法探讨槲皮素治疗结核性溃疡的分子机制。方法通过PubChem、SwissTarget和TargetNet数据库检索槲皮素的药物靶点,结合课题组前期结核性溃疡基因测序结果,获得交集靶点。利用DAVID数据库完成交集靶点的基...
目的基于网络药理学及分子对接方法探讨槲皮素治疗结核性溃疡的分子机制。方法通过PubChem、SwissTarget和TargetNet数据库检索槲皮素的药物靶点,结合课题组前期结核性溃疡基因测序结果,获得交集靶点。利用DAVID数据库完成交集靶点的基因本体(GO)功能富集分析和京都基因和基因组数据库(KEGG)信号通路富集分析。交集靶点经STRING数据库与Cytoscape软件分析其相互作用关系并筛选枢纽节点,采用PyMOL与AutoDock Tolls软件完成槲皮素与枢纽节点的分子对接,筛选以槲皮素为核心的药物靶点,最后构建巨噬细胞模型,对上述核心基因进行验证。结果经筛选共得到54个药物靶点,富集分析结果显示,槲皮素治疗结核性溃疡可涉及的信号通路有代谢通路、脂质与动脉粥样硬化、MAPK信号通路等,另外,ALOX5、TNF、SRC、MMP9、EGFR等基因可能是槲皮素治疗结核性溃疡的关键基因,细胞实验结果表明槲皮素干预后,M1、M2巨噬细胞SRC、EGFR表达水平显著升高,MMP9表达水平显著下降。结论槲皮素可能通过影响SRC、EGFR及MMP9表达发挥其调控巨噬细胞极化的作用。
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关键词
复方五凤草液
槲皮素
结核性溃疡
网络药理学
分子对接技术
在线阅读
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职称材料
基于基因测序和GEO数据挖掘探讨结核性溃疡的发病机制
2
作者
高贝贝
黄子慧
+4 位作者
陈思琪
曹丽敏
翁嘉晨
郭丹丹
陈悦
《中国感染控制杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第1期23-30,共8页
目的通过生物信息学途径,挖掘结核性溃疡发生发展过程中的关键基因,为结核性溃疡的研究提供新思路。方法选择课题组前期基因测序的数据集及基因表达综合数据库(GEO)下载的数据集GSE83456,利用R软件筛选出共同的差异表达基因,再对共同的...
目的通过生物信息学途径,挖掘结核性溃疡发生发展过程中的关键基因,为结核性溃疡的研究提供新思路。方法选择课题组前期基因测序的数据集及基因表达综合数据库(GEO)下载的数据集GSE83456,利用R软件筛选出共同的差异表达基因,再对共同的差异基因进行基因本体论(GO)以及京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。利用STRING及Cytoscape软件构建蛋白质与蛋白质相互作用(PPI)网络并进行可视性,使用cytoHubba插件进一步筛选出关键基因,用基因组富集分析(GSEA)进行验证。选取2021年7月—2022年3月某院住院的60例结核性溃疡患者及同期60例健康体检人员,利用逆转录聚合酶链反应(qRT-PCR)对血清中的关键基因进行验证。结果筛选出共同的差异表达基因19个,主要富集在抗病毒免疫反应、单核细胞趋化性调节、干扰素-β等功能以及NOD样受体信号通路、感染性疾病等方面。分析PPI后筛选出GBP1作为关键基因,GSEA证实GBP1与结核性溃疡高度相关。qRT-PCR证实GBP1在结核性溃疡患者的血清中高表达,并在治疗2周后明显下降(均P<0.001)。结论GBP1可能成为结核性溃疡诊断的生物学标志物以及治疗的潜在靶点。
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关键词
结核性溃疡
生物信息学
基因
发病机制
GBP1
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职称材料
双下肢结核性溃疡误诊3年1例
3
作者
李庆凤
乔淑敏
《中国防痨杂志》
CAS
北大核心
2004年第3期132-132,共1页
关键词
双下肢
结核性溃疡
误诊
实验室检查
继发性肺
结核
鉴别诊断
在线阅读
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职称材料
多发性结核性口腔溃疡一例
被引量:
1
4
作者
江培鱼
《中国防痨杂志》
CAS
北大核心
2002年第5期266-266,共1页
关键词
多发性
结核性
口腔
溃疡
异烟肼
利福平
链霉素
肺
结核
病例报告
吡嗪酰胺
药物治疗
在线阅读
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职称材料
题名
基于网络药理学探讨槲皮素治疗结核性溃疡的机制
1
作者
郭丹丹
钱佳燕
陈悦
翁嘉晨
黄子慧
机构
南京中医药大学附属南京市中西医结合医院瘰疬科
出处
《中国医科大学学报》
CAS
北大核心
2024年第6期509-515,524,共8页
基金
江苏省中医药重点科技项目(ZD202105)
南京市卫生技术医学重点发展项目(ZKX20049)
南京中医药大学自然科学基金(XZR2021086)。
文摘
目的基于网络药理学及分子对接方法探讨槲皮素治疗结核性溃疡的分子机制。方法通过PubChem、SwissTarget和TargetNet数据库检索槲皮素的药物靶点,结合课题组前期结核性溃疡基因测序结果,获得交集靶点。利用DAVID数据库完成交集靶点的基因本体(GO)功能富集分析和京都基因和基因组数据库(KEGG)信号通路富集分析。交集靶点经STRING数据库与Cytoscape软件分析其相互作用关系并筛选枢纽节点,采用PyMOL与AutoDock Tolls软件完成槲皮素与枢纽节点的分子对接,筛选以槲皮素为核心的药物靶点,最后构建巨噬细胞模型,对上述核心基因进行验证。结果经筛选共得到54个药物靶点,富集分析结果显示,槲皮素治疗结核性溃疡可涉及的信号通路有代谢通路、脂质与动脉粥样硬化、MAPK信号通路等,另外,ALOX5、TNF、SRC、MMP9、EGFR等基因可能是槲皮素治疗结核性溃疡的关键基因,细胞实验结果表明槲皮素干预后,M1、M2巨噬细胞SRC、EGFR表达水平显著升高,MMP9表达水平显著下降。结论槲皮素可能通过影响SRC、EGFR及MMP9表达发挥其调控巨噬细胞极化的作用。
关键词
复方五凤草液
槲皮素
结核性溃疡
网络药理学
分子对接技术
Keywords
compound Wufengcao liquid
quercetin
tuberculous ulcer
network pharmacology
molecular docking technology
分类号
R263 [医药卫生—中医外科学]
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职称材料
题名
基于基因测序和GEO数据挖掘探讨结核性溃疡的发病机制
2
作者
高贝贝
黄子慧
陈思琪
曹丽敏
翁嘉晨
郭丹丹
陈悦
机构
南京中医药大学附属南京市中西医结合医院
出处
《中国感染控制杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第1期23-30,共8页
基金
江苏省中医药科技发展计划重点项目(ZD202105)
许芝银全国名中医专家工作室(宁卫财务[2019]26号)
南京市卫健委重点科技项目(ZKX20049)。
文摘
目的通过生物信息学途径,挖掘结核性溃疡发生发展过程中的关键基因,为结核性溃疡的研究提供新思路。方法选择课题组前期基因测序的数据集及基因表达综合数据库(GEO)下载的数据集GSE83456,利用R软件筛选出共同的差异表达基因,再对共同的差异基因进行基因本体论(GO)以及京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。利用STRING及Cytoscape软件构建蛋白质与蛋白质相互作用(PPI)网络并进行可视性,使用cytoHubba插件进一步筛选出关键基因,用基因组富集分析(GSEA)进行验证。选取2021年7月—2022年3月某院住院的60例结核性溃疡患者及同期60例健康体检人员,利用逆转录聚合酶链反应(qRT-PCR)对血清中的关键基因进行验证。结果筛选出共同的差异表达基因19个,主要富集在抗病毒免疫反应、单核细胞趋化性调节、干扰素-β等功能以及NOD样受体信号通路、感染性疾病等方面。分析PPI后筛选出GBP1作为关键基因,GSEA证实GBP1与结核性溃疡高度相关。qRT-PCR证实GBP1在结核性溃疡患者的血清中高表达,并在治疗2周后明显下降(均P<0.001)。结论GBP1可能成为结核性溃疡诊断的生物学标志物以及治疗的潜在靶点。
关键词
结核性溃疡
生物信息学
基因
发病机制
GBP1
Keywords
tuberculous ulcer
bioinformatics
gene
pathogenesis
GBP1
分类号
R529.8 [医药卫生—内科学]
在线阅读
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职称材料
题名
双下肢结核性溃疡误诊3年1例
3
作者
李庆凤
乔淑敏
机构
山东省兖州市卫生防疫站
出处
《中国防痨杂志》
CAS
北大核心
2004年第3期132-132,共1页
关键词
双下肢
结核性溃疡
误诊
实验室检查
继发性肺
结核
鉴别诊断
分类号
R529.4 [医药卫生—内科学]
在线阅读
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职称材料
题名
多发性结核性口腔溃疡一例
被引量:
1
4
作者
江培鱼
机构
湖北省黄冈市结核病防治院
出处
《中国防痨杂志》
CAS
北大核心
2002年第5期266-266,共1页
关键词
多发性
结核性
口腔
溃疡
异烟肼
利福平
链霉素
肺
结核
病例报告
吡嗪酰胺
药物治疗
分类号
R529.8 [医药卫生—内科学]
在线阅读
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于网络药理学探讨槲皮素治疗结核性溃疡的机制
郭丹丹
钱佳燕
陈悦
翁嘉晨
黄子慧
《中国医科大学学报》
CAS
北大核心
2024
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
基于基因测序和GEO数据挖掘探讨结核性溃疡的发病机制
高贝贝
黄子慧
陈思琪
曹丽敏
翁嘉晨
郭丹丹
陈悦
《中国感染控制杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2023
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
双下肢结核性溃疡误诊3年1例
李庆凤
乔淑敏
《中国防痨杂志》
CAS
北大核心
2004
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
4
多发性结核性口腔溃疡一例
江培鱼
《中国防痨杂志》
CAS
北大核心
2002
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
已选择
0
条
导出题录
引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
检索结果
已选文献
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