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芽孢杆菌对黄芪内生细菌群落多样性及结构的影响
1
作者 沙月霞 田兴芳 +1 位作者 贺彦怀 徐瑾瑜 《西北农业学报》 北大核心 2025年第5期949-958,共10页
为详细了解芽孢杆菌(Bacillus)浸种结合灌根处理对黄芪不同组织内生细菌群落多样性及结构的影响。提取黄芪内生细菌群落的总DNA后,采用植物微生物组测序技术检测黄芪根系及茎叶部组织的内生细菌群落的16SrRNA基因V3-V4序列,剖析黄芪根... 为详细了解芽孢杆菌(Bacillus)浸种结合灌根处理对黄芪不同组织内生细菌群落多样性及结构的影响。提取黄芪内生细菌群落的总DNA后,采用植物微生物组测序技术检测黄芪根系及茎叶部组织的内生细菌群落的16SrRNA基因V3-V4序列,剖析黄芪根部和茎叶部内生细菌群落多样性及结构特征。结果表明,芽孢杆菌浸种结合灌根显著影响黄芪幼苗根部和茎叶部组织的内生细菌群落多样性和丰富度,增加了分类单元OTU(OperationalTaxonomicUnits)(序列数≥5)的数量;黄芪幼苗根部内生厚壁菌门(Firmicutes)和放线菌门(Actinobacteria)的相对丰度是空白对照的2.27倍以上,茎叶部厚壁菌门的丰度增加约42.70%、拟杆菌门(Bacteroidetes)的丰度降低约19.38%;对根部与茎叶部的变形菌门(Proteobacteria)丰度、根部变形菌纲(Proteobacteria)及拟杆菌纲(Bacteroidia)丰度的影响趋势不一致;茎叶部的变形杆菌纲丰度降低约32.98%,增加了梭菌纲(Clostridia)、芽孢杆菌纲(Bacilli)、放线菌纲(Actinobacteria)和酸微菌纲(Acidimicro-biia)的相对丰度;芽孢杆菌处理组根部优势菌属(相对丰度≥5%)为根瘤菌属(Rhizobium),空白对照为嗜酸菌属(Acidovorax);贝莱斯芽孢杆菌(Bacillusvelezensis)S5浸种结合灌根后黄芪幼苗茎叶部优势菌属为嗜酸菌属,短小芽孢杆菌(Bacilluspumilus)J2浸种结合灌根后茎叶部没有相对丰度≥5%的细菌属,空白对照为鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas);增加了未分类根瘤菌(unclassifiedRhizobium)、芽孢杆菌、假单胞菌(Pseudomonas)、中慢生根瘤菌(Mesobradybioticrhizobium)和德沃斯菌(unclassified_Devosia)的种水平丰度,降低了未分类嗜酸菌(unclassifiedAcidophil)和纤维弧菌(Cellvibrio)的种水平丰度。PICRUSt2功能预测分析表明芽孢杆菌浸种结合灌根增加了黄芪组织中参与代谢、环境信息处理、遗传信息处理、细胞过程4个代谢通路的内生细菌相对丰度。总之,芽孢杆菌浸种结合灌根显著提高黄芪组织的内生细菌群落结构及多样性,改变优势菌属,改善黄芪幼苗生长的微生态环境。 展开更多
关键词 芽孢杆菌 黄芪 内生细菌群落 多样性及细菌群落结构 植物微生态学
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玉米秸秆不同发酵时期理化性状和细菌群落多样性 被引量：23
2
作者 王秀红 李欣欣 +4 位作者 史向远 周静 王保平 杜慧平 籍增顺 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2018年第3期144-152,共9页
为了加快玉米秸秆腐熟,推动秸秆废弃物循环利用,开展了以玉米秸秆为主要原料的好氧发酵堆肥试验。利用常规方法对不同发酵时期堆料的理化性状进行测定,采用宏基因组测序技术和生物信息学方法对堆体细菌菌群进行多样性分析和物种分类。... 为了加快玉米秸秆腐熟,推动秸秆废弃物循环利用,开展了以玉米秸秆为主要原料的好氧发酵堆肥试验。利用常规方法对不同发酵时期堆料的理化性状进行测定,采用宏基因组测序技术和生物信息学方法对堆体细菌菌群进行多样性分析和物种分类。理化性状测定结果表明,好氧发酵期间堆体温度能够快速升高并维持在55.0℃以上,堆体含水量、有机物含量和C/N逐渐下降,w(C)/w(N)在建堆和前3次翻堆时均较高,后2次翻堆时大幅下降,p H值、E4/E6先下降后上升;宏基因组结果表明,玉米秸秆好氧堆肥中细菌菌群存在多样性;由Simpson指数和Shannon指数可知,第5次翻堆(CS5)细菌群落多样性最高,前3次翻堆(CS1、CS2和CS3)多样性差异不明显,第4次翻堆(CS4)的群落多样性最低。对6个发酵时期的OTU进行物种分类,所检测到的细菌门类、目类和属类在不同发酵时期的种类和丰度不同,表现出明显的群落演替现象。物种分类结果表明,玉米秸秆好氧发酵期间的主要优势门类为厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门和放线菌门;共享的主要优势目类为芽孢杆菌目、梭菌目、黄色单胞菌目、嗜热厌氧杆菌目、根瘤菌目、假单胞菌目和厌氧绳菌目;共享的主要属为Povalibacter、梭状芽孢杆菌属、芽孢杆菌属、赖氨酸芽孢杆菌属、嗜热脲芽孢杆菌属、假单胞菌属和Chryseolinea。其中,变形菌门黄色单胞菌目的 Povalibacter、厚壁菌门芽孢杆菌目的梭状芽孢杆菌属和赖氨酸芽孢杆菌属以及拟杆菌门噬纤维素菌目的 Chryseolinea尚未见与玉米秸秆木质纤维素降解有关的报道,有望从这些菌属中分离出加快玉米秸秆好氧发酵堆肥进程的新菌种。 展开更多
关键词 玉米秸秆 细菌群落多样性 宏基因组法 好氧发酵 不同发酵时期 理化性状
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传统固态发酵鱼中细菌群落多样性与品质特征分析 被引量：24
3
作者 于美娟 谭欢 +1 位作者 马美湖 李高阳 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第8期86-95,共10页
为探讨固态发酵鱼中细菌群落多样性与品质的关系,采用Hi Seq测序平台,对4个不同工艺的传统发酵鱼中细菌16S DNA V4区进行测序和系统发育分析,并结合传统微生物培养计数法、感官评定和气相色谱-质谱法分析等手段来揭示样品中细菌数量和... 为探讨固态发酵鱼中细菌群落多样性与品质的关系,采用Hi Seq测序平台,对4个不同工艺的传统发酵鱼中细菌16S DNA V4区进行测序和系统发育分析,并结合传统微生物培养计数法、感官评定和气相色谱-质谱法分析等手段来揭示样品中细菌数量和结构组成与品质相关性。结果表明:样品获得序列数平均为59 250条,操作分类单元数目分别为zy A2:1 053、zy A5:392、zy B:428、zy C:498。4 个样品中总体细菌组成较为复杂,含有11 个门、30多个属,厚壁菌门占绝对优势,约占总细菌的66.25%~97.40%,其次是变形菌门、拟杆菌门,主要优势菌属为葡萄球菌、肠球菌属(乳酸球菌)、乳杆菌属、魏斯氏菌属。与传统方法相比较,Mi Seq测序提供的微生物多样信息更接近于样品微生态,并发现各样品之间的菌属丰度存在一定的差异性,其菌群组成与工艺密切相关,菌群的种类和数量影响产品的色泽和风味;另外,样品中也检出少量有潜在危害的假单胞菌属、黄杆菌属、棒状杆菌属、冷杆菌属等腐败菌和条件致病菌。因此,在现有的生产模式下需要严格控制加工条件,避免食品安全隐患的发生。 展开更多
关键词 固态发酵鱼 高通量测序 细菌群落多样性 挥发性风味物质 品质
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小麦/玉米/大豆和小麦/玉米/甘薯套作对根际土壤细菌群落多样性及植株氮素吸收的影响 被引量：21
4
作者 雍太文 杨文钰 +1 位作者 向达兵 朱贞颖 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期333-343,共11页
为探讨小麦/玉米/大豆和小麦/玉米/甘薯套作体系中根际细菌群落多样性与作物氮素高效吸收的差异特性及二者间的关系,应用变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术研究了小麦-大豆(A1)、小麦-甘薯(A2)、玉米(A3)、小麦/玉米/大豆(A4)和小麦/玉米/甘薯... 为探讨小麦/玉米/大豆和小麦/玉米/甘薯套作体系中根际细菌群落多样性与作物氮素高效吸收的差异特性及二者间的关系,应用变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术研究了小麦-大豆(A1)、小麦-甘薯(A2)、玉米(A3)、小麦/玉米/大豆(A4)和小麦/玉米/甘薯(A5)5种种植模式的根际细菌群落多样性。结果表明,与A1、A2、A3及A5相比,A4套作提高了各作物在开花期(或吐丝期)与成熟期的籽粒吸氮量、地上部总吸氮量和Shannon-Weiner index多样性指数(H′)。处理间的吸氮量与H′的变化规律为套作>单作、大豆茬口>甘薯茬口,以A4处理最高。不同种植模式下DGGE图谱条带的数量及亮度有较大区别,且有几条特征性条带发生了明显变化。不同种植模式间的细菌群落结构相似性较低,群落相似度系数(Cs)表现为套作与套作间>套作与单作间;A4与A5间的Cs相对较小,二者间的细菌群落结构差异较大。A4模式有利于提高根际细菌群落多样性,增强植株对氮素的吸收能力。 展开更多
关键词 小麦/玉米/大豆套作 氮素吸收 细菌群落多样性 PCR-DGGE
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油菜秸秆生物炭对植烟红壤养分及细菌群落多样性的影响 被引量：13
5
作者 况帅 段焰 +7 位作者 刘芮 程昌新 胡志明 刘浩 何晓健 王松峰 宋文静 丛萍 《中国烟草科学》 CSCD 北大核心 2021年第1期20-26,共7页
为了解不同用量油菜秸秆生物炭还田对土壤养分及细菌群落多样性的影响,田间设置3个处理,CK:常规施肥(对照);T1:CK+4.5 t/hm^(2)油菜秸秆生物炭;T2:CK+9 t/hm^(2)油菜秸秆生物炭,测定并比较了各处理的土壤pH、有机质、速效养分以及细菌... 为了解不同用量油菜秸秆生物炭还田对土壤养分及细菌群落多样性的影响,田间设置3个处理,CK:常规施肥(对照);T1:CK+4.5 t/hm^(2)油菜秸秆生物炭;T2:CK+9 t/hm^(2)油菜秸秆生物炭,测定并比较了各处理的土壤pH、有机质、速效养分以及细菌群落多样性。结果表明:(1)与CK相比,T1、T2处理的0~20和20~40 cm土壤有机质、碱解氮、有效磷和速效钾含量显著提高,40~60 cm土壤的显著降低;(2)与CK相比,T1和T2土壤细菌组成更为相似,土壤OTU数目均较CK显著增加,增幅分别为28.59%和33.82%,然而仅T2处理的细菌群落丰度和多样性较CK增加;(3)在门水平上,土壤中相对丰度前3位的优势菌群与土壤有效磷和速效钾含量呈显著正相关。综上所述,施用油菜秸秆生物炭可以显著增加0~20、20~40 cm土壤有机质和速效氮、磷、钾含量,增加土壤细菌群落多样性,其中常规施肥结合施用9 t/hm^(2)秸秆生物炭的效果更为理想。 展开更多
关键词 秸秆生物炭 土壤养分 细菌群落多样性
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基于高通量测序技术分析2种菌草根际土壤细菌群落多样性 被引量：14
6
作者 叶文雨 廖海萍 +5 位作者 许钰滢 谢序泽 倪明月 胡红莉 余文英 鲁国东 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2019年第9期1783-1788,共6页
为详细了解福州菌草基地巨菌草和绿洲一号2种菌草的根际土壤细菌群落组成与结构,本研究应用高通量测序技术,分析了巨菌草和绿洲一号根际土壤细菌群落结构及多样性。结果表明,菌草根际土检测到细菌类群主要的优势菌门为酸杆菌门(Acidobac... 为详细了解福州菌草基地巨菌草和绿洲一号2种菌草的根际土壤细菌群落组成与结构,本研究应用高通量测序技术,分析了巨菌草和绿洲一号根际土壤细菌群落结构及多样性。结果表明,菌草根际土检测到细菌类群主要的优势菌门为酸杆菌门(Acidobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、绿弯菌门(Chloroflexi)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)、硝化螺旋门(Nitrospirae)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、浮霉菌门(Planctomycetes);主要的优势菌纲为γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)、α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)、芽孢杆菌纲(Bacilli)、放线菌纲(Actinobacteria)、酸杆菌纲(Acidobacteria-6)、β-变形菌纲(Betaproteobacteria)、酸杆菌纲(Acidobacteriia)、纤线杆菌纲(Ktedonobacteria)、δ-变形菌纲(Deltaproteobacteria);主要的优势属为葡萄球菌属(Staphylococcus)、糖多孢菌属(Saccharopolyspora)、类芽孢杆菌属(Paenibacillus)、沙雷氏菌属(Serratia)、链球菌属(Streptococcus)、红游动菌属(Rhodoplanes)、不动细菌属(Acinetobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)。绿洲一号、巨菌草及其对照根际土壤细菌Shannon-Wiener指数分别为9.05、8.733、7.61;巨菌草、绿洲一号及其对照根际土壤细菌Simpson多样性指数分别为0.01、0.014、0.037;巨菌草、绿洲一号及其对照根际土壤细菌Chao1指数分别为3145.320、3647.482、2329.344。Alpha多样性指数分析得出,在3个土壤样品中,绿洲一号根际土Shannon指数最大,对照土壤Shannon指数最小,对照土壤Simpson指数最大,绿洲一号Simpson指数最小,说明菌草根际土壤细菌群落多样性高于非根际土土壤细菌群落多样性,绿洲一号根际土土壤细菌群落多样性略高于巨菌草根际土壤细菌群落多样性,这些结果为进一步研究土壤微生物提供了理论基础。 展开更多
关键词 菌草 根际土壤 细菌群落多样性 高通量测序
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RFLP法研究生物复混肥及香蕉枯萎病对土壤细菌群落多样性的影响 被引量：6
7
作者 赵兰凤 张丽娟 +2 位作者 胡伟 刘小锋 李华兴 《中国生物防治学报》 CSCD 北大核心 2013年第3期406-416,共11页
本文采用PCR-RFLP法研究了施用生物复混肥和化肥对香蕉枯萎病以及土壤细菌群落多样性的影响。采用直接法提取土壤微生物总DNA,以细菌的16S rDNA通用引物27F/1492R扩增16S rDNA片段,建立16S rDNA克隆文库。从每个处理中筛选50个阳性克隆... 本文采用PCR-RFLP法研究了施用生物复混肥和化肥对香蕉枯萎病以及土壤细菌群落多样性的影响。采用直接法提取土壤微生物总DNA,以细菌的16S rDNA通用引物27F/1492R扩增16S rDNA片段,建立16S rDNA克隆文库。从每个处理中筛选50个阳性克隆,阳性克隆子用限制性内切酶MspⅠ和RsaⅠ消化,获得酶切指纹图。结果表明,不同处理间病情指数为不接病原菌不施肥处理(CK1)<接病原菌施生物复混肥处理(BF)<接病原菌施化肥处理(CF)<接病原菌不施肥处理(CK2),表明香蕉枯萎病发病前期施用生物复混肥能降低病情指数。对不同处理的细菌16S rDNA阳性克隆子的酶切图谱进行聚类分析,供试50个克隆子取相似值为1.00时,CK1、CK2、CF和BF分别聚为29、21、11和25类,说明香蕉枯萎病的发生降低了土壤细菌群落多样性,施生物复混肥可以提高土壤细菌群落多样性。CF处理的Shannon-Wiener指数、Simpson指数和丰富度都低于其它处理,均匀度高于其它处理;而BF处理OTU种类、丰富度均低于CK1而高于CK2,Shannon-Wiener指数和Simpson指数均高于其它处理,表明香蕉枯萎病的发生和化肥的施用都降低了土壤细菌群落多样性,化肥的施用会引起某些土壤微生物的富集和一些微生物物种的丧失。生物复混肥一定程度上提高土壤细菌群落多样性,并且形成四种优势类型,这4种类型所占比例较高,分别为12%、12%、8%和10%。16S rDNA测序结果表明,生物复混肥处理的四种优势菌群分别与未培养的δ-变形菌纲uncultured delta proteobacterium、放线菌属uncultured actinobacterium、鞘氨醇单胞菌属Sphingomonas sp.和链霉菌Streptomyces griseoruber有很高的同源性。生物复混肥的施用引起了土壤细菌群落结构的变化,推测其特有的优势类型可能是生物复混肥在香蕉枯萎病防治中起作用的原因之一。 展开更多
关键词 香蕉枯萎病 生物复混肥 细菌群落多样性 RFLP
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不同抗药性水平二化螟幼虫中肠细菌群落多样性分析 被引量：8
8
作者 张珏锋 何月平 陈建明 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第9期1075-1082,共8页
为探讨二化螟Chilo suppressalis(Walker)肠道微生物多样性与抗药性的关系,本研究采用基于16S rDNA的变性梯度凝胶电泳(DGGE)和16S rDNA文库序列分析方法,检测和分析了二化螟4个抗药性水平不同的种群幼虫中肠细菌群落多样性。生测结果表... 为探讨二化螟Chilo suppressalis(Walker)肠道微生物多样性与抗药性的关系,本研究采用基于16S rDNA的变性梯度凝胶电泳(DGGE)和16S rDNA文库序列分析方法,检测和分析了二化螟4个抗药性水平不同的种群幼虫中肠细菌群落多样性。生测结果表明,以二化螟黑龙江种群(HIJ种群)作为相对敏感品系,连云港种群(LYG种群)对杀虫单、毒死蜱、三唑磷的抗性为低抗至中抗水平,瑞安种群(RA种群)和诸暨种群(ZJ种群)的抗性为中抗至极高抗水平,这3个种群对阿维菌素均为敏感水平。16S rDNA文库序列分析表明,PCR扩增得到的16S rDNA基因代表了二化螟幼虫中肠内21种细菌系统发育型,其中大多数属于链球菌属Streptococcus。在不同抗药性水平二化螟种群中,幼虫中肠微生物群落除ZJ种群的Lactococcus garvieae,L.lactissubsplactis和Ochrobactrum anthropic等3种菌较丰富外,其余均以肠球菌属Enterococcus为主。DGGE图谱显示,HIJ种群条带较为单一,LYG种群条带最为丰富,ZJ种群与RA种群条带丰富度相似。4个种群均出现Enterococcus faecium,E.hirae和Arthrobacter sp.等细菌,且以肠球菌属Enterococcus为主。结果显示了不同抗药性水平的二化螟种群中肠细菌群落的丰富度存在差异,推测可能与二化螟不同抗药性差异有关。 展开更多
关键词 二化螟 抗药性种群 中肠 变形梯度凝胶电泳 16S rDNA文库 细菌群落多样性
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不同种植年限老芒麦根际土壤营养与细菌群落多样性 被引量：5
9
作者 刘艳君 刘文辉 +3 位作者 祁娟 姚拓 李建宏 李昌宁 《干旱地区农业研究》 CSCD 北大核心 2020年第5期8-14,共7页
为揭示不同生长年限老芒麦根际土壤营养及细菌多样性变化特征,采用高通量测序技术对种植3 a(Y3)、4 a(Y4)和7 a(Y7)老芒麦根际土壤细菌群落组成和多样性进行分析。结果表明:随着种植年限的增加,土壤pH由7.95增加至8.03;土壤全氮(TN)、... 为揭示不同生长年限老芒麦根际土壤营养及细菌多样性变化特征,采用高通量测序技术对种植3 a(Y3)、4 a(Y4)和7 a(Y7)老芒麦根际土壤细菌群落组成和多样性进行分析。结果表明:随着种植年限的增加,土壤pH由7.95增加至8.03;土壤全氮(TN)、速效氮(AN)、速效磷(AP)含量随着老芒麦生长年限的增加显著降低,Y4较Y3分别降低了21.9%、12.0%、32.0%,Y7较Y3分别降低了34.5%、24.2%、38.9%;Chao 1和Shannon指数亦随种植年限的增加而降低,Y3、Y4和Y7的Chao 1指数分别为2605.42,2518.46和2483.89,Shannon指数分别为9.79,9.65和9.62。聚类分析表明,Y4与Y3之间细菌群落相似性基本一致,与Y7样地间差异较大。在门分类水平上,变形菌门、放线菌门、酸杆菌门为优势菌门;在属分类水平上,优势菌群依次为Norank_c_Subgroup_6、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)、Norank_f_Gemmatimonadaceae、芽球菌属(Blastococcus)和RB41。相关性分析表明,TN、TP、TK、AK和AP与MND1和Gaiella呈极显著负相关(P<0.001),而SOM与Gaiella和MND1呈极显著正相关(P<0.001),pH与Bacillus、RB41和Norank_f_67-14呈极显著正相关(P<0.001)。 展开更多
关键词 老芒麦 根际土壤营养 种植年限 细菌群落多样性
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不同稻田栽培模式下土壤细菌群落多样性分析 被引量：5
10
作者 宋宇 王鹏 韦月平 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2020年第2期263-267,共5页
【目的】本文探讨了不同稻田栽培模式下土壤细菌群落组成和多样性的变化。【方法】利用高通量测序技术对河蟹共作稻田(SDHXZ)、非洲雁共作稻田(SDFYZ)和单作稻田(SDKBZ)3种栽培模式表层土壤细菌进行高通量测序及分析。【结果】测序共获... 【目的】本文探讨了不同稻田栽培模式下土壤细菌群落组成和多样性的变化。【方法】利用高通量测序技术对河蟹共作稻田(SDHXZ)、非洲雁共作稻田(SDFYZ)和单作稻田(SDKBZ)3种栽培模式表层土壤细菌进行高通量测序及分析。【结果】测序共获得240 070个有效序列,3157个OTU,48个门,115个纲,224个目,391个科,721个属和1343个种。Venn图显示3个处理组共有的细菌OTU数是1525个,SDFYZ特有OUT数最多为357个,SDHXZ的ace指数和shannon指数均高于SDFYZ和SDKBZ,说明SDHXZ土壤细菌多样性和丰富度高于其他2个处理。稻田土壤细菌多样性与pH和氨态氮相关性较大,丰富度则与硝态氮呈正相关。3个处理的优势菌门和优势菌属基本相同。PCoA分析图显示3个处理的土壤细菌群落结构差异较大。【结论】SDHXZ表层土壤细菌群落多样性和丰度最高,具有更好的土壤细菌生态基础。该研究可为合理选择水稻栽培模式提供一定理论支持。 展开更多
关键词 高通量测序 细菌群落多样性 河蟹共作稻田 非洲雁共作稻田 单作稻田
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不同茶树品种新梢氮磷钾含量与根际土壤细菌群落多样性差异 被引量：2
11
作者 孔垂思 李友勇 +3 位作者 孙云南 尚卫琼 刘本英 杨涛 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2023年第12期2763-2770,共8页
【目的】研究不同茶树品种新梢高氮磷钾含量形成的机制和不同茶树品种根际土壤养分含量及细菌群落多样性的差异,揭示不同茶树品种新梢高氮磷钾含量与其根际土壤养分含量及细菌群落多样性的关系,为优化茶叶种植生产提供理论支撑。【方法... 【目的】研究不同茶树品种新梢高氮磷钾含量形成的机制和不同茶树品种根际土壤养分含量及细菌群落多样性的差异,揭示不同茶树品种新梢高氮磷钾含量与其根际土壤养分含量及细菌群落多样性的关系,为优化茶叶种植生产提供理论支撑。【方法】选择不同茶树品种,测定其新梢氮磷钾含量,结合16S rDNA高通量测序技术分析不同茶树品种的根际土壤理化性质及细菌群落多样性的差异,并对其做相关性分析。【结果】不同茶树品种新梢氮磷钾含量差异较大,氮含量高的茶树品种根际土壤的pH、有机质、全氮、水解性氮含量均较高,磷含量高的茶树品种根际土壤的全磷、有效磷含量均较高,钾含量高的茶树品种根际土壤的全钾、速效钾含量较高。群落结构分析表明,不同茶树品种根际土壤优势菌群在门水平为变形杆菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、蓝藻门(Cyanobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)、浮霉菌门(Planctomycetes)、厚壁菌门(Firmicutes)等。根际土壤pH、有机质、水解性氮、有效磷、速效钾含量对细菌群落结构影响较大,尤其是对变形杆菌门、放线菌门、绿弯菌门、浮霉菌门、厚壁菌门、蓝藻门影响较大。【结论】不同茶树品种中,新梢氮磷钾含量高的茶树土壤pH、有机质、全钾、有效磷、速效钾含量较高,进而引起细菌群落丰富度、多样性较大,是茶树养分差异形成的重要环境因子。不同茶树品种中,高养分含量茶树根际土壤中变形杆菌门、放线菌门、绿弯菌门、浮霉菌门、厚壁菌门、蓝藻门的细菌群落相对丰度较高。 展开更多
关键词 茶树品种 氮磷钾含量 根际土壤 细菌群落多样性 高通量测序
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基于16S rDNA基因文库的黄河三角洲盐生植被土壤细菌群落多样性研究 被引量：3
12
作者 张玥 姜爱霞 郭笃发 《安徽农业科学》 CAS 2015年第13期55-57,164,共4页
[目的]研究黄河三角洲光板地及2种盐生植被(獐茅和罗布麻)下土壤细菌群落结构多样性,探究其与植被演替的关系。[方法]采用细菌16S rDNA基因文库方法,各文库挑选200个阳性克隆子进行测定。[结果]光板地、獐茅和罗布麻3个文库中分别得到12... [目的]研究黄河三角洲光板地及2种盐生植被(獐茅和罗布麻)下土壤细菌群落结构多样性,探究其与植被演替的关系。[方法]采用细菌16S rDNA基因文库方法,各文库挑选200个阳性克隆子进行测定。[结果]光板地、獐茅和罗布麻3个文库中分别得到121、150、155条有效序列。獐茅土壤细菌的Shannon指数和ACE指数最高。土壤中检测到变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、酸杆菌门(Acidobacteria)等共8门。变形菌门在光板地、獐茅土壤和罗布麻土壤中的相对丰度分别为37.45%、51.09%、37.11%,拟杆菌门分别为33.02%、3.03%、4.47%,其他细菌相对丰度均较低。[结论]3种覆被类型下土壤细菌在种群组成与分布上差异明显,变形菌为优势菌群。当盐生植被处于不同演替阶段时,土壤细菌群落结构差别较大。 展开更多
关键词 16S RDNA 黄河三角洲 细菌群落多样性 盐生植被
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传统自然发酵酸肉中细菌群落多样性与风味品质分析 被引量：28
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作者 米瑞芳 陈曦 +5 位作者 熊苏玥 戚彪 李家鹏 乔晓玲 王守伟 张立升 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第2期85-92,共8页
为探讨传统自然发酵酸肉中细菌群落多样性与风味品质的关系,采用Ion S5 XL测序平台,对4种传统自然发酵酸肉中细菌16S rDNA V3～V4区进行高通量测序,并结合电子鼻和固相微萃取-气相色谱-质谱(solid phase microextraction-gaschromatogra... 为探讨传统自然发酵酸肉中细菌群落多样性与风味品质的关系,采用Ion S5 XL测序平台,对4种传统自然发酵酸肉中细菌16S rDNA V3～V4区进行高通量测序,并结合电子鼻和固相微萃取-气相色谱-质谱(solid phase microextraction-gaschromatography-massspectrometry,SPME-GC-MS)分析等手段揭示酸肉细菌群落结构及其风味品质的相关性。结果表明,样品获得序列数平均为110 395条。4种酸肉样品中总体细菌群落包含11个门,其中厚壁菌门占绝对优势,约占总细菌群落的83.73%～98.92%,其次是变形菌门和放线菌门。主要优势菌属为乳杆菌属、魏斯氏菌属和乳球菌属。利用SPME-GC-MS从酸肉样品中检测到的挥发性物质包括酸类、醇类、醛类、酯类、酮类、萜烯类等化合物共126种。各样品之间的菌属丰度存在一定的差异性,其菌群组成与工艺密切相关,而菌群种类和数量影响产品风味。与传统方法相比,高通量测序得到的细菌多样性信息更接近于样品微生态,能够全面解析自然发酵肉制品酸肉的细菌多样性,为传统食品的现代化改造和质量安全控制提供科学支撑。 展开更多
关键词 酸肉 高通量测序 细菌群落多样性 风味 发酵肉
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秸秆还田对植烟土壤酶活性及细菌群落多样性的影响 被引量：16
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作者 薄国栋 申国明 +7 位作者 陈旭 张忠锋 许家来 高林 王毅 管恩森 王树键 张继光 《中国烟草科学》 CSCD 北大核心 2017年第1期53-58,共6页
为明确秸秆还田的烟田土壤微生态效应,通过3年定位试验研究了不同用量小麦及玉米秸秆还田对植烟土壤酶活性及细菌群落多样性的影响。结果表明,秸秆还田可不同程度提高土壤蔗糖酶、碱性磷酸酶及脲酶活性。玉米秸秆还田的土壤蔗糖酶和碱... 为明确秸秆还田的烟田土壤微生态效应,通过3年定位试验研究了不同用量小麦及玉米秸秆还田对植烟土壤酶活性及细菌群落多样性的影响。结果表明,秸秆还田可不同程度提高土壤蔗糖酶、碱性磷酸酶及脲酶活性。玉米秸秆还田的土壤蔗糖酶和碱性磷酸酶活性高于等量小麦秸秆还田处理。与对照相比,玉米及小麦秸秆中低量(4500及1500 kg/hm^2)还田后土壤的细菌群落多样性下降,而高量(7500 kg/hm^2)还田后则不变或稍有增加。此外,高量玉米秸秆还田与其他处理间的土壤细菌群落相似系数仅为0.57,表明其群落结构变化较大。而且低、中、高量玉米秸秆还田土壤DGGE图谱中的特异条带分别属于乳酸球菌(Lactococcus)、不可培养细菌(Uncultured bacterium)及硝化螺菌(Nitrospira)。可见,两种秸秆还田均能提高植烟土壤的蔗糖酶、碱性磷酸酶和脲酶活性,且玉米秸秆在高量还田后可增加土壤细菌群落的丰度及多样性。 展开更多
关键词 秸秆还田 植烟土壤 酶活性 细菌群落多样性
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三峡库区消落带两种草本植被土壤细菌群落多样性 被引量：6
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作者 任庆水 马朋 +2 位作者 李昌晓 秦红 杨予静 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第11期3261-3272,共12页
在三峡库区消落带植被重建区域,选取两种人工草本植被—牛鞭草与狗牙根(处理组),并以裸地土壤为对照,研究植被修复与重建对土壤细菌群落多样性的影响。采用分子生物学T-RFLP技术,分别于2012年7月(T1)、2013年7月(T2)及2014年7月(T3)进... 在三峡库区消落带植被重建区域,选取两种人工草本植被—牛鞭草与狗牙根(处理组),并以裸地土壤为对照,研究植被修复与重建对土壤细菌群落多样性的影响。采用分子生物学T-RFLP技术,分别于2012年7月(T1)、2013年7月(T2)及2014年7月(T3)进行原位取样,对消落带人工植被牛鞭草、狗牙根及裸地土壤细菌群落多样性进行了研究。结果表明:(1)除HhaⅠ酶切结果中,物种因素对消落带土壤细菌Shannon-Wiener指数(H)、时间因素对土壤细菌Simpson指数(D)无显著影响外,采用两种酶切之后(HhaⅠ酶、MspⅠ),物种、时间、以及两者的交互作用均对三峡库区消落带土壤细菌群落多样性指数产生显著影响;(2)HhaⅠ酶切后人工植被土壤丰度与裸地相比显著升高,此外,两种酶切结果均表明,人工植被土壤细菌群落多样性指数与裸地相比更加稳定。(3)植被类型、取样时间不同,土壤中的优势片段种类与丰度均不相同;(4)CCA分析结果表明三峡库区消落带土壤细菌群落多样性与化学性质关系密切。研究表明牛鞭草与狗牙根栽植后土壤细菌群落多样性指数的更加稳定,三峡库区进行植被恢复与重建值得肯定。 展开更多
关键词 T-RFLP 三峡库区 消落带 植被修复 细菌群落多样性
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宁夏不同地区盐碱化土壤细菌群落多样性分布特征及其影响因子 被引量：38
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作者 李明 毕江涛 王静 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期1316-1330,共15页
为了解宁夏不同地区盐碱化土壤细菌群落多样性的分布特征及其关键影响因子,选择贺兰县红星村、惠农县黄渠拐子、燕子墩、庙台、平罗县银星村、分水闸、侯家梁、西大滩为研究样点,采集宁夏地区8个典型盐碱化土壤样品,0-2 cm和2-25 cm土层... 为了解宁夏不同地区盐碱化土壤细菌群落多样性的分布特征及其关键影响因子,选择贺兰县红星村、惠农县黄渠拐子、燕子墩、庙台、平罗县银星村、分水闸、侯家梁、西大滩为研究样点,采集宁夏地区8个典型盐碱化土壤样品,0-2 cm和2-25 cm土层,共48份。利用Illumina Hiseq高通量测序技术解析不同采样点土壤细菌群落结构的特征,同时分析了土壤理化因子与细菌群落结构的关系。试验结果表明:变形菌门、拟杆菌门和放线菌门为8个采样点土壤细菌群落的优势种类。其中,变形菌门占总量的24.69%-56.44%;γ-变形菌纲相对丰度在燕子墩土壤中显著高于其他样点(P<0.05)。0-2 cm土层,变形菌门相对丰度在燕子墩、红星村和分水闸这3个样点较高;拟杆菌门的相对丰度在分水闸样点土壤中最高;2-25 cm土层,变形菌门与表层土具有相同趋势;放线菌门的相对丰度在西大滩样点土壤中最高。在属水平,芽孢杆菌属是所有样点的优势属种。α多样性指数结果显示:燕子墩的土壤细菌群落多样性和丰富度都显著低于其他样点。土壤理化性质测定结果表明:在0-2 cm,全氮、有机碳、碱解氮、速效钾在黄渠拐子土壤中含量最高;含水量、pH值和电导率值在西大滩土壤中含量最低;K^+、Cl^-含量在燕子墩地区最高;2-25 cm,SO^2-4含量在燕子墩地区最高。Pearson相关性分析表明,土壤K^+、Cl^-、SO^2-4和电导率值显著影响细菌多样性指数。冗余分析(RDA)结果表明,土壤中含水量和电导率值是影响宁夏地区盐碱化土壤细菌群落结构的主要因子。 展开更多
关键词 盐碱化土壤 细菌群落多样性 影响因子 高通量测序
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水旱轮作模式下马铃薯根际土壤细菌群落多样性分析 被引量：13
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作者 苏燕 李婕 +4 位作者 曹雪颖 莫宛 郑虚 姚姿婷 邹承武 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第10期2374-2382,共9页
【目的】比较水旱轮作与旱地轮作两种种植模式下的马铃薯根际土壤及病株块茎的细菌群落多样性,为利用土壤细菌多样性优化马铃薯种植模式和防治马铃薯病害提供科学依据。【方法】分别采集前作为水稻的水旱轮作和前作为玉米的旱地轮作模... 【目的】比较水旱轮作与旱地轮作两种种植模式下的马铃薯根际土壤及病株块茎的细菌群落多样性,为利用土壤细菌多样性优化马铃薯种植模式和防治马铃薯病害提供科学依据。【方法】分别采集前作为水稻的水旱轮作和前作为玉米的旱地轮作模式下马铃薯根际土壤样品(旱地轮作和水旱轮作健康马铃薯根际土壤样品分别记为HD.J和SH.J,旱地轮作和水旱轮作发病马铃薯根际土壤样品分别记为HD.B和SH.B)及马铃薯病株块茎样品(旱地轮作和水旱轮作发病马铃薯块茎样品分别记为P.HD.B和P.SH.B),基于高通量测序技术对样品中细菌16S rDNA的V3~V4区域进行测序,分析2种种植模式下的马铃薯根际土壤样品和病株块茎样品的细菌种类及丰度差异。【结果】对马铃薯根际土壤样品及病株块茎样品的细菌多样性分析结果显示,HD.J、HD.B、SH.J和SH.B的细菌种类(OTU数目)、丰富度(Chao1指数)及多样性(Shannon指数)均高于P.SH.B和P.HD.B,且健株根际土壤细菌群落丰富度高于病株土壤。马铃薯种植模式是影响根际土壤细菌群落变化的最主要因素,贡献率为39.1%,而马铃薯植株健康状况是影响根际土壤细菌群落变化的第二大因素,贡献率为34.7%。病株根际土壤样品中,HD.B无丰度在1.00%以上的优势种,而SH.B特有的优势种中包含软腐病果胶杆菌(Pectobacterium carotovorum)、雷尔氏菌(Ralstonia solanacearum)和不动杆菌(Acinetobacter rudis),相对丰度分别为2.03%、1.46%和1.22%,其中软腐病果胶杆菌和雷尔氏菌是马铃薯的主要病原细菌,可分别导致马铃薯黑胫病和青枯病发生。病株块茎样品中,P.SH.B除了包含P.HD.B检测到的23个属,还有5个属是其所特有;P.SH.B特有的5个属中有3个优势属在SH.B中未检测到。HD.B特有的优势功能是产甲烷作用,相对丰度为1.18%;SH.B特有的优势功能包括硝酸盐呼吸作用、氮呼吸作用、亚硝酸盐呼吸作用、亚硝酸盐氨化作用和硝酸盐氨化作用,均属于氮利用及代谢功能,相对丰度为1.48%~1.95%。【结论】与旱地轮作模式相比,水旱轮作模式可提高马铃薯根际土壤的细菌群落多样性,但在该种植模式下要重点预防马铃薯发生细菌性病害。 展开更多
关键词 细菌群落多样性 马铃薯 水旱轮作 旱地轮作 根际土壤
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多抗菌剂对植烟土壤细菌群落多样性的影响 被引量：3
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作者 张忠民 刘虎 +5 位作者 丁延芹 南龙 汪城墙 王君 郭海萌 杜秉海 《山东农业大学学报（自然科学版）》 CSCD 2015年第4期528-532,共5页
本试验运用454焦磷酸高通量测序的方法对施用多抗菌剂的植烟土壤进行细菌群落结构分析。结果发现:植烟土壤中细菌的种类主要集中在变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、芽单胞菌门(Gemmatimo... 本试验运用454焦磷酸高通量测序的方法对施用多抗菌剂的植烟土壤进行细菌群落结构分析。结果发现:植烟土壤中细菌的种类主要集中在变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)和厚壁菌门(Firmicutes)。施用多抗菌剂与未施用多抗菌剂的样品相比,根际土壤中细菌总纲数减少7.27%,检测到的OTU数目减少12.83%;非根际土中,细菌的总纲数减少4.62%,检测到的OTU数目减少20.31%。可见,施用多抗菌剂可以降低植烟土壤中细菌群落多样性。 展开更多
关键词 植烟土壤 细菌群落多样性 454焦磷酸测序 多抗菌剂
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丛枝菌根真菌提高感染青枯菌番茄根际土壤细菌群落多样性和稳定性及有益菌属相对丰度 被引量：3
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作者 张嘉慧 邢佳佳 +4 位作者 彭丽媛 邬奇峰 陈俊辉 徐秋芳 秦华 《植物营养与肥料学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期120-131,共12页
【目的】青枯病是由茄科雷尔氏菌(Ralstonia solanacearum,亦称青枯菌)诱导产生的一种高温高湿型土传病害,土壤温度高、湿度大时易于青枯菌的繁殖进而引发青枯病。丛枝菌根真菌(arbuscular mycorrhiza,AM)可能通过调控根际微生物区系对... 【目的】青枯病是由茄科雷尔氏菌(Ralstonia solanacearum,亦称青枯菌)诱导产生的一种高温高湿型土传病害,土壤温度高、湿度大时易于青枯菌的繁殖进而引发青枯病。丛枝菌根真菌(arbuscular mycorrhiza,AM)可能通过调控根际微生物区系对病原体产生影响,我们研究了AM真菌对青枯菌入侵条件下土壤细菌群落的影响。【方法】以番茄(Solanum lycopersicum)为试材进行盆栽试验,供试AM真菌为摩西管柄囊霉(Funneliformis mosseae)M47V,供试病原菌为茄科雷尔氏菌QL-RS 1115(GenBank:GU390462)。催芽5日的番茄种子,接种AM菌剂的为菌根苗,未接种AM真菌的为非菌根苗。在番茄幼苗生长30天时,一半菌根苗和非菌根苗接种青枯菌,另一半不接种青枯菌,共4个处理。在接种青枯菌后1天和14天,采集番茄样品,采用抖土方法采集根际土壤,利用实时荧光PCR分析番茄根际青枯菌数量,采用16S rRNA高通量测序探究土壤细菌群落多样性和结构稳定性。【结果】在接种青枯菌初期(1天),非菌根苗接种青枯菌(TR–AMF)和菌根苗接种青枯菌(TR+AMF)两组处理的根际土壤细菌群落结构发生明显改变,Chao1指数、Shannon指数和Simpson指数显著降低(P<0.05),共现网络的节点数和连接数明显减少,模块化程度降低,共现网络简化表明细菌群落结构的稳定性降低。接种青枯菌14天后,不动杆菌属(Acinetobacter)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)、溶杆菌属(Lysobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)等有益细菌属在感染青枯菌的番茄根际富集,细菌共现网络的节点数和连接数增加,模块化程度提高,表明细菌群落稳定性得到恢复。与非菌根苗相比,菌根苗接种青枯菌(TR+AMF)和菌根苗未接种青枯菌(TN+AMF)两个处理番茄根际土壤中青枯菌丰度显著降低(P<0.05)。AM真菌显著提高Chao1指数和Shannon指数(P<0.05),提高了感染青枯菌番茄根际土壤中黄杆菌属(Flavobacterium)、黄色土源菌属(Flavisolibacter)、噬胞菌属(Cytophaga)和苔藓杆菌属(Bryobacter)的相对丰度,同时增加了共现网络的节点数和连接数,并促进番茄根际细菌物种之间的良性互作,提高细菌网络的复杂程度。【结论】感染青枯菌的番茄根际会富集不动杆菌属(Acinetobacter)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)、溶杆菌属(Lysobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)等有益菌属以提高其抗病性,恢复细菌多样性和群落稳定性。接种AM真菌可显著降低番茄根际土壤中青枯菌的丰度,特别是侵染青枯菌后提高番茄根际的黄杆菌属(Flavobacterium)、黄色土源菌属(Flavisolibacter)、噬胞菌属(Cytophaga)和苔藓杆菌属(Bryobacter)的相对丰度,进而抑制土壤中青枯菌的生长,并通过提高细菌的多样性和丰富度,促进番茄根际细菌物种之间的稳定共生和良性互作,从而提高细菌群落对青枯菌的抵抗能力。 展开更多
关键词 根际土壤 青枯菌 丛枝菌根真菌 黄杆菌属 细菌群落多样性 细菌群落稳定性
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南亚热带乡土阔叶林与马尾松林土壤细菌群落多样性和结构 被引量：1
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作者 滕金倩 肖指柔 +6 位作者 明安刚 朱豪 席守鸿 何江 朱茂锋 陶怡 覃林 《林业科学研究》 CSCD 北大核心 2023年第6期58-68,共11页
[目的]探究针叶林转换成阔叶林后土壤细菌群落多样性和结构的变化特征。[方法]以我国南亚热带地区针叶马尾松林及乡土阔叶红锥林、米老排林和火力楠林为对象,将收集于2017年2月各林分土壤表层(0~20 cm)、中层(20~40 cm)和底层(40~60 cm... [目的]探究针叶林转换成阔叶林后土壤细菌群落多样性和结构的变化特征。[方法]以我国南亚热带地区针叶马尾松林及乡土阔叶红锥林、米老排林和火力楠林为对象,将收集于2017年2月各林分土壤表层(0~20 cm)、中层(20~40 cm)和底层(40~60 cm)的样品进行细菌16S rRNA基因高通量测序,基于该数据分析将马尾松林转换成乡土阔叶林后土壤细菌群落分类与系统发育的多样性和结构的变化特征。[结果]表明:(1)马尾松林改造成米老排林和火力楠林后,显著增加了土壤表层细菌群落分类与系统发育多样性,这主要由土壤含水量(SWC)所致。(2)红锥林、米老排林和火力楠林取代马尾松林后,表层土壤细菌群落分类结构发生了明显变化,而在中层只有红锥林有显著改变,受限于土壤SWC、总磷(TP)、总氮(TN)和碳氮比(C/N)。(3)马尾松林改建为乡土阔叶林后,不同土层的细菌群落系统发育结构仍为聚集,环境过滤始终是调控群落构建的主要因素。(4)在土壤表层和中层,马尾松林转换为红锥林的分类及系统发育转换率高于转换为米老排林和火力楠林,表明红锥林土壤细菌群落稳定性较差。[结论]综上,考虑土壤细菌群落分类和系统发育多样性及转换率,该地将马尾松林改建成米老排林或火力楠林后的土壤细菌群落稳定性高于改建成红锥林后的土壤细菌群落稳定性。 展开更多
关键词 针叶林 乡土阔叶林 土壤细菌群落多样性 系统发育结构 群落构建
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