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DNA提取前处理方法对太岁里层样品中细菌种群结构的影响 被引量：5
1
作者 王朝江 高春燕 +2 位作者 王世清 李慧 李聪 《河南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期896-902,共7页
为了评价不同DNA提取前处理方法对太岁里层样品中细菌种群结构的影响,并解析优势结构,对太岁里层重复取样,在提取细菌DNA前,分别施以水浸提(SI1)、浸提后热溶解(SI2)、直接热溶解(SI3)3种不同前处理,同时与微孔滤膜过滤相结合,在高通量... 为了评价不同DNA提取前处理方法对太岁里层样品中细菌种群结构的影响,并解析优势结构,对太岁里层重复取样,在提取细菌DNA前,分别施以水浸提(SI1)、浸提后热溶解(SI2)、直接热溶解(SI3)3种不同前处理,同时与微孔滤膜过滤相结合,在高通量测序后以操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU)为基础深度分析细菌种群结构。结果表明,SI1、SI2和SI3的Shannon指数分别为2.96、3.10和3.08,OTU数目分别为891、964和1095个,共有OTU 313个,其序列之和占总序列的96.02%。细菌种群在各分类水平上的数目互有差别,SI1最少,优势种群高度集中于假单胞菌属(Pseudomonas)和不动杆菌属(Acinetobacter),所占比例之和超过60%。其中,假单胞菌属独占42.30%~56.35%,较之前研究结果变化最大。OTU的分布和丰度在不同取样位置间不均衡。3种前处理方法测得的细菌结构近似,但以SI3测得的假单胞菌属中丰度最高OTU,在总序列中所占比例最高,为41.14%。 展开更多
关键词 太岁 里层样品 DNA提取前处理 细菌种群结构
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DNA提取前处理方法对萨拉米香肠中细菌种群结构的影响
2
作者 姬庆龙 赵贵明 +4 位作者 王娉 赵勇胜 赵晓美 杨海荣 陈颖 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第4期113-118,共6页
通过比较不同DNA提取前处理方法在高通量测序中对萨拉米香肠细菌种群结构的影响,为建立规范的高通量测序的操作流程优选出更适宜的前处理方法。采用直接提取法(M0)、拍击均质法(M1)和振荡珠磨法(M2)3种常用前处理方法提取萨拉米香肠中细... 通过比较不同DNA提取前处理方法在高通量测序中对萨拉米香肠细菌种群结构的影响,为建立规范的高通量测序的操作流程优选出更适宜的前处理方法。采用直接提取法(M0)、拍击均质法(M1)和振荡珠磨法(M2)3种常用前处理方法提取萨拉米香肠中细菌DNA,利用MiSeq高通量测序技术分析萨拉米香肠中细菌16SrRNAV3-V4区基因序列,以可操作分类单元(operationaltaxonomicunit,OTU)为基础分析细菌种群结构。结果表明,M0、M1和M2的OTU数分别为319、206和253;3种方法共有的OTU数为129,占样品总OTU数的31.85%;Chao1指数分别为177.93±31.02、120.76±28.60、166.96±15.63;Shannon指数分别为2.79±0.22、2.95±0.31、3.25±0.30。在门和科分类水平,不同前处理方法获得的样品细菌种群结构相似,只有丰度上存在差异;但在属分类水平下,不同前处理方法可影响后续种群结构分析的结果。M0可增大优势菌的丰度及多样性,可用于检测样品在成熟过程中存在过的细菌。而M1和M2除去了游离DNA,只留下具有完整细胞结构的细菌菌体,更能反映出样品在取样时的细菌种群结构。当样品结构相对均一时,M1与M2的菌群结构和丰度趋于一致。本研究说明,不同的前处理方法可影响后续种群结构分析的结果。应该尽早建立统一的高通量测序操作与分析流程,确保数据的可靠性以及不同研究之间结果的可比性。 展开更多
关键词 萨拉米香肠 前处理方法 细菌种群结构 发酵肉制品
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具结构化的细菌种群模型解的渐近行为 被引量：6
3
作者 王胜华 程国飞 《数学物理学报（A辑）》 CSCD 北大核心 2018年第1期156-167,共12页
该文在L^1空间上,研究了在一般边界条件下具结构化的细菌种群模型,讨论了该模型生成的正C_0迁移半群是不可约的和迁移算子的谱分析,得到了该迁移方程的解在一致拓扑意义下的渐近行为,从而给出了该细菌种群的异步生长特性等结果.
关键词 结构化的细菌种群 一般边界条件 迁移方程 谱分析 渐近行为.
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一类具结构化的细菌种群模型中出现的迁移算子的谱分析
4
作者 王胜华 马江山 《数学物理学报（A辑）》 CSCD 北大核心 2020年第4期1083-1094,共12页
该文在L1空间上,研究了在总转变规则的边界条件下一类具结构化的细菌种群模型,讨论了该模型中出现的迁移算子的谱分析,证明了这类迁移算子生成的正不可约C0半群的弱紧性,得到了该迁移算子的谱仅由至多可数个具有限代数重数的离散本征值... 该文在L1空间上,研究了在总转变规则的边界条件下一类具结构化的细菌种群模型,讨论了该模型中出现的迁移算子的谱分析,证明了这类迁移算子生成的正不可约C0半群的弱紧性,得到了该迁移算子的谱仅由至多可数个具有限代数重数的离散本征值组成,且-∞是唯一可能的聚点以及该模型在一致算子拓扑意义下解的渐近行为,从而给出了该细菌种群的异步生长特性等结果. 展开更多
关键词 结构化的细菌种群 总转变规则 迁移算子 弱紧半群 谱分析
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废水生物处理过程中污泥的微生物种群结构和PAHs降解菌研究进展 被引量：10
5
作者 张玉秀 柴团耀 《中国科学院大学学报（中英文）》 CSCD 北大核心 2016年第1期1-8,共8页
含有难降解有机物的工业废水严重威胁生态和人类健康.活性污泥法是工业废水处理的核心技术,细菌种群在其中发挥重要作用.研究污泥的微生物群体结构不仅为废水处理厂的稳定运行提供指导,而且可以提高废水处理效率.基于高通量序列分析的... 含有难降解有机物的工业废水严重威胁生态和人类健康.活性污泥法是工业废水处理的核心技术,细菌种群在其中发挥重要作用.研究污泥的微生物群体结构不仅为废水处理厂的稳定运行提供指导,而且可以提高废水处理效率.基于高通量序列分析的细菌门/属分类或操作分类单元聚类分析研究表明,市政污泥的微生物多样性存在地域性差异;不同的工业废水污泥的微生物群体组成各有特点,在门/纲分类水平上明显不同于市政污泥;焦化废水污泥微生物种群结构在门分类水平上具有相似的微生物组成;水质是微生物种群结构形成的主要驱动力,环境条件也有一定的影响;此外,多种多环芳烃降解菌已经被鉴定,并分析了其降解途径和关键酶基因.本文主要综述这几方面的研究进展. 展开更多
关键词 细菌种群结构 污泥 废水 多环芳烃
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洱海流域油菜-水稻轮作农田土壤细菌多样性特征 被引量：2
6
作者 伏成秀 李铭刚 +8 位作者 吴翔 付斌 张庆 施竹凤 倪明 胡万里 杨明英 朱红业 杨佩文 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2020年第9期1898-1904,共7页
【目的】解析洱海流域油菜-水稻轮作农田土壤细菌多样性特征,探讨水旱轮作对土壤微生物多样性的影响。【方法】运用微生物核糖体RNA基因靶向测序技术和荧光定量PCR技术,研究了连续7Y油菜-水稻种植后土壤细菌种群结构的组成、丰度和碳氮... 【目的】解析洱海流域油菜-水稻轮作农田土壤细菌多样性特征,探讨水旱轮作对土壤微生物多样性的影响。【方法】运用微生物核糖体RNA基因靶向测序技术和荧光定量PCR技术,研究了连续7Y油菜-水稻种植后土壤细菌种群结构的组成、丰度和碳氮转化功能基因丰度变化特征,结合Perason相关性分析,解析细菌种群结构与土壤碳氮素之间的关系。【结果】土壤有机质(OM)和全氮(TN)与细菌种群中的变形菌门(Proteobacteria)和酸杆菌门(Acidobacteria)的种群相对丰度呈显著负相关关系,与绿弯菌门(Chloroflexi)和放线菌门(Actinobacteria)的种群相对丰度呈显著正相关关系。在油菜和水稻种植季,不同处理间Clean tags数量、OTUs丰度及α多样性指数差异性不显著(P≥5),门分类水平上的优势细菌种群相对丰度差异性不显著(P≥5)。土壤碳氮转化功能基因qPCR统计分析结果表明,处理间固碳基因cbbL-R和氨氧化基因amoA的拷贝数差异性不显著,有机碳源物料配施化肥显著提高固氮基因nifH和氨氧化基因amoA拷贝数(P<0.05)。【结论】油菜和水稻种植季土壤细菌种群结构组成和碳氮转化功能基因丰度呈相似变化趋势,水旱轮作对土壤细菌种群多样性的影响不显著,其稳定性可能与土壤本底较高的碳氮素储量有关。 展开更多
关键词 油菜-水稻轮作 土壤细菌种群结构 高通量测序 碳氮转化功能基因 qPCR定量分析
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基于高通量测序的肉牛垫料养殖床中细菌群落分析 被引量：1
7
作者 周德平 褚长彬 +2 位作者 赵峥 姜震方 吴淑杭 《上海农业科技》 2016年第6期26-27,41,共3页
利用Roche 454GSFLX+高通量测序平台分析了肉牛垫料养殖床中的细菌群落结构,结果显示,从发酵床样品中共获得17 772条有效序列,其中优质序列有13 301条,在97%相似水平上聚为1 603个OTU分类单元;目水平上,细菌优势种群集中在芽孢杆菌目(21... 利用Roche 454GSFLX+高通量测序平台分析了肉牛垫料养殖床中的细菌群落结构,结果显示,从发酵床样品中共获得17 772条有效序列,其中优质序列有13 301条,在97%相似水平上聚为1 603个OTU分类单元;目水平上,细菌优势种群集中在芽孢杆菌目(21.70%)、红螺菌目(18.20%)、乳杆菌目(14.90%)、梭菌目(14.10%)、黄杆菌目(10.50%)、伯克氏菌目(5.50%)、黄单胞菌目(3.00%)、放线菌目(2.10%)和根瘤菌目(1.80%);属水平上,细菌的优势种群主要集中于醋酸杆菌属(15.17%)、金黄杆菌属(9.50%)、乳杆菌属(6.90%)、芽孢杆菌属(6.30%)、乳球菌属(6.0%)、高温放线菌属(3.50%)、类芽孢杆菌属(2.40%)、梭菌目(2.10%)、伯克氏菌属(2.10%)和葡萄糖醋杆菌属(1.80%)。 展开更多
关键词 垫料养殖 肉牛 细菌种群结构 高通量测序
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基于高通量测序的穿心莲连作根际土壤细菌群落多样性分析 被引量：9
8
作者 周界 李明 +4 位作者 徐友阳 洪彪 段书蕾 张慧晔 邹江林 《华南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期55-63,共9页
【目的】研究穿心莲Andrographis paniculata连作对土壤细菌多样性及种群结构的影响。【方法】通过16S rRNA基因高通量测序对连作组(连作5年穿心莲的根际土壤)和对照组(连作5年穿心莲周边相同土质的未耕作自然土壤)样品进行测序分析,比... 【目的】研究穿心莲Andrographis paniculata连作对土壤细菌多样性及种群结构的影响。【方法】通过16S rRNA基因高通量测序对连作组(连作5年穿心莲的根际土壤)和对照组(连作5年穿心莲周边相同土质的未耕作自然土壤)样品进行测序分析,比较2组土壤细菌的丰富度、多样性和群落结构差异。【结果】α多样性指数分析结果显示,连作组土壤中细菌丰富度指数Chao1指数、Observed species指数显著低于对照组(P<0.05),连作组土壤中的多样性指数Shannon指数和Simpson指数均低于对照组,但差异不显著。主坐标分析及分子方差分析进行组间群落结构差异显著性分析结果显示,穿心莲连作显著改变了土壤细菌群落结构(P<0.05)。从2个处理组土壤样品中共检测到2 769个可操作分类单元,分属于47门885属,穿心莲连作明显改变了土壤细菌在门和属水平上的结构分布。在门分类水平上,酸杆菌门Acidobacteria、变形菌门Proteobacteria、拟杆菌门Bacteroidetes和Patescibacteria等11个细菌门是2个处理组的主要细菌类群,连作组土壤中变形菌门和酸杆菌门的相对丰度较对照组分别增加了21.97%和46.33%(P<0.05),而Patescibacteria较对照组减少了68.99%(P<0.05);在属分类水平上,有10个优势菌属的相对丰度变化显著(P<0.05),其中连作组土壤中有益生防细菌黄杆菌属Flavobacterium和Haliangium的相对丰度较对照组分别减少了78.40%和54.55%,而植物病原细菌伯克氏菌属Burkholderia-Caballeronia-Paraburkholderia的相对丰度较对照组增加了804.17%。【结论】穿心莲5年连作降低了土壤细菌丰富度和多样性水平,使土壤微生态系统稳定性降低,同时有益菌相对丰度显著降低,而病原菌相对丰度显著增加造成细菌群落结构改变。上述变化打破了原有的土壤微生态平衡,可能是穿心莲连作障碍的重要原因之一。 展开更多
关键词 穿心莲 连作障碍 土壤细菌种群结构 高通量测序 相对丰度
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金针菇贮藏保鲜期间表面细菌菌相变化 被引量：3
9
作者 潘欣圆 杨娟 +4 位作者 施乐乐 蔡志英 李若熙 陈炳智 江玉姬 《食用菌学报》 CSCD 北大核心 2020年第1期29-35,共7页
采用传统平板培养法与宏基因组测序法,对4℃贮藏保鲜条件下金针菇(Flammulina velutipes)表面细菌数量及种类进行分析。传统平板培养法共分离到3个门6个属的细菌,其中美洲爱文氏菌属和乳酸乳球菌属的细菌在不同贮藏时间均被分离到。宏... 采用传统平板培养法与宏基因组测序法,对4℃贮藏保鲜条件下金针菇(Flammulina velutipes)表面细菌数量及种类进行分析。传统平板培养法共分离到3个门6个属的细菌,其中美洲爱文氏菌属和乳酸乳球菌属的细菌在不同贮藏时间均被分离到。宏基因组测序法共分析鉴定出13个门80个属的细菌,主要为厚壁菌门的乳酸乳球菌属和魏斯氏菌属,变形菌门的耶尔森氏菌属。研究表明:4℃贮藏条件下,金针菇表面细菌群落结构具有丰富的多样性,随着贮藏时间延长,菌落总数不断增加,而细菌种类数目下降,乳酸乳球菌是金针菇4℃贮藏保鲜期间的优势菌。 展开更多
关键词 金针菇 平板培养 宏基因组测序 细菌种群结构
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