金鱼核糖体转录间隔区(ITS-1)的克隆和序列分析 被引量：4

1

作者 牟希东 白俊杰 +1 位作者 汪学杰 罗建仁 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2008年第1期74-76,43,共4页

对金鱼（Carassius auratus）核糖体转录间隔区（ITS-1）进行了克隆测序，并对ITS-1序列进行了分析。结果显示，克隆的金鱼ITS-1区序列长度为294bp，其中A、T、G、C4种碱基的含量分别为17．0％、14．6％、33．0％、35．4％；与从GenBan... 对金鱼（Carassius auratus）核糖体转录间隔区（ITS-1）进行了克隆测序，并对ITS-1序列进行了分析。结果显示，克隆的金鱼ITS-1区序列长度为294bp，其中A、T、G、C4种碱基的含量分别为17．0％、14．6％、33．0％、35．4％；与从GenBank中检索到的12种鱼的核糖体DNA序列比较显示，其与12种鱼的ITS-1序列同源性较低，在26．0％～61．6％之间；根据金鱼与其他12种鱼的ITS-1序列的同源性构建进化树，所得的分类结果与传统的分类结果基本一致。 展开更多

关键词 金鱼(Carassius auratus) 核糖体 转录间隔区1(ITS-1) 基因克隆 基因序列

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赣南柑桔黄龙病菌16S rDNA、16S/23S rDNA间隔区和核糖体蛋白基因的遗传多样性 被引量：1

2

作者 谢昌平 姚林建 +2 位作者 夏宜林 黄爱军 易龙 《中国南方果树》 北大核心 2017年第2期41-45,共5页

为探究赣南地区柑桔黄龙病菌的遗传多样性,从赣南16个县(市、区)采集32份具典型柑桔黄龙病症状的脐橙叶片样品,运用PCR-RFLP(聚合酶链式反应-限制性长度多态性分析)技术研究柑桔黄龙病菌16SrDNA序列、16S/23SrDNA间隔区序列和核糖体蛋... 为探究赣南地区柑桔黄龙病菌的遗传多样性,从赣南16个县(市、区)采集32份具典型柑桔黄龙病症状的脐橙叶片样品,运用PCR-RFLP(聚合酶链式反应-限制性长度多态性分析)技术研究柑桔黄龙病菌16SrDNA序列、16S/23SrDNA间隔区序列和核糖体蛋白基因的多态性,并对3个基因片段进行测序,分析序列的碱基含量、碱基转换率与颠换率、相似性、核苷酸遗传距离和系统进化特征。结果表明,供试赣南柑桔黄龙病菌样品在3个基因片段上的RFLP指纹图谱均一致,未表现出多态性,且序列相似性均在98%~100%;序列碱基中的GC含量以16SrDNA最大,序列碱基的转换率/颠换率以16SrDNA最小;赣南柑桔黄龙病菌样品与亚洲种Candidatus Liberibacter asiaticus之间的序列相似性最大、核苷酸遗传距离最小,在系统进化中归属亚洲种。 展开更多

关键词 柑桔黄龙病 16S RDNA 16S/23S rDNA间隔区 核糖体蛋白基因 RFLP 序列分析

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甄氏外瓶霉的核糖体基因分型研究

3

作者 李东明 李若瑜 +3 位作者 王晓红 万喆 马圣清 王端礼 《北京大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期167-171,共5页

目的:应用核糖体基因(rDNA)序列对甄氏外瓶霉进行分型研究。方法:试验菌株包括甄氏外瓶霉及其变种 20株(模式株、标准株、临床及自然分离株),丛梗孢外瓶霉 8株,威尼克外瓶霉 1株 (标准株及临床和环境分离株),疣状瓶霉 1株。煮沸冷冻法提... 目的:应用核糖体基因(rDNA)序列对甄氏外瓶霉进行分型研究。方法:试验菌株包括甄氏外瓶霉及其变种 20株(模式株、标准株、临床及自然分离株),丛梗孢外瓶霉 8株,威尼克外瓶霉 1株 (标准株及临床和环境分离株),疣状瓶霉 1株。煮沸冷冻法提取DNA,常规PCR扩增核糖体基因及其转录间隔区,应用DNA多序列分析等方法进行研究。结果:甄氏外瓶霉核糖体基因及其转录间隔区变异较大,DNA序列分析显示,不同来源、不同致病性的甄氏外瓶霉可分为 7型,个别菌种与其他甄氏外瓶霉的遗传距离较大。结论:甄氏外瓶霉核糖体基因及其转录间隔区序列变异较大,个别菌株的归属有待于进一步研究。 展开更多

关键词 甄氏外瓶霉 核糖体基因 分型研究 DNA序列分析 PCR扩增 间隔区 遗传距离 序列变异 标准株 分离株 冷冻法 转录 致病性 步研究 菌株 临床

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桑树ITS序列测定及特点的初步分析 被引量：19

4

作者 史全良 赵卫国 《蚕业科学》 CAS CSCD 2001年第2期140-141,共2页

以蒙桑 (M .mongolicaSchneid)为试验材料 ,采用PCR产物直接测序法测定了其核糖体基因转录内间隔区 (InternalTranscribedSpacer ,IST)的全序列 ,分析了桑树该序列的特点 。

关键词 桑树 ITS序列 序列测定 核糖体基因转录内间隔区 序列分析

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2017—2019年福建省结核分枝杆菌分离株基因型特征及其耐药性分析 被引量：5

5

作者 魏淑贞 赵永 +2 位作者 林建 林淑芳 戴志松 《中国防痨杂志》 CAS CSCD 2023年第1期73-78,共6页

目的:了解福建省结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)基因型的分布特征和流行情况,同时分析MTB基因型与其耐药的关系。方法:选取2017—2019年福建省结核病耐药监测点的477株MTB临床分离株作为研究对象。采用对硝基苯甲酸(PNB)... 目的:了解福建省结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)基因型的分布特征和流行情况,同时分析MTB基因型与其耐药的关系。方法:选取2017—2019年福建省结核病耐药监测点的477株MTB临床分离株作为研究对象。采用对硝基苯甲酸(PNB)/噻吩-2-羧酸肼(TCH)生长实验法进行菌种初步鉴定,并采用传统固体比例法对9种抗结核药物[异烟肼(isoniazid,INH)、利福平(rifampin,RFP)、链霉素(streptomycin,Sm)、乙胺丁醇(ethambutol,EMB)、卡那霉素(kanamycin,Km)、氧氟沙星(ofloxacin,Ofx)、卷曲霉素(capreomycin,Cm)、丙硫异烟胺(prothionamide,Pto)、对氨基水杨酸(para-aminosalicylic acid,PAS)]进行药物敏感性试验(简称“药敏试验”)。应用熔解曲线法间隔区寡核苷酸分型(McSpoligotyping)技术对菌株进行基因分型。结果:477株MTB菌株中北京基因型有245株,占51.4%;T家族有44株(含2株T,28株T1,7株T2,T3和T4各3株,1株T5),占9.2%;H家族有35株(含13株H,1株H1,21株H3),占7.3%;EAI家族有11株(含10株EAI2-Manila,1株EAI5),占2.3%;LAM3、Manu2和X1家族各有1株,分别占0.2%;所属家族未定义或不明确的有139株,占29.1%。聚类分析显示,各基因型家族主要流行型为北京家族的SIT1(44.9%,214/477)、T家族的SIT53(2.5%,12/477)、H家族的SIT742(1.9%,9/477)、EAI家族的SIT19(1.5%,7/477)。各家族MTB菌株与INH的耐药率之间的差异有统计学意义(χ^(2)=10.311,P=0.036),其中,EAI+LAM+Manu+X家族菌株对INH的耐药率最高[28.6%(4/14)];对RFP的耐药率之间的差异有统计学意义(χ^(2)=14.366,P=0.006),其中,EAI+LAM+Manu+X家族菌株对RFP的耐药率最高[21.4%(3/14)];对Ofx的耐药率之间的差异有统计学意义(χ^(2)=23.643,P=0.000),其中,H家族菌株对Ofx的耐药率最高[17.1%(6/35)];对PAS耐药率之间的差异有统计学意义(χ^(2)=9.550,P=0.049),其中,未定义家族菌株对PAS的耐药率最高[4.3%(6/139)]。结论:福建省MTB流行基因型以北京基因型为主,同时应重视未定义家族菌株的流行并加强对T家族、H家族和EAI等家族菌株的监测。菌株对INH、RFP、Ofx和PAS的耐药性与各基因家族相关。 展开更多

关键词 分枝杆菌 结核 基因型 DNA 核糖体间隔区 聚合酶链反应 抗药性 细菌

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根据DNA的序列资料探讨翅子树族的系统位置(英文) 被引量：1

6

作者 解新明 张寿洲 +2 位作者 李勇 吴鸿 李秉滔 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第4期700-706,共7页

采用DNA分子测序技术对梧桐科5个族30个代表种的rbcL基因及核糖体DNA的内转录间隔区ITS序列包括ITS1、ITS2和5.8srRNA基因进行了序列分析.使用PAUP4.0b10软件对序列进行统计和分支分析,用启发式搜索方法寻找最简约树.从严格一致性树来看... 采用DNA分子测序技术对梧桐科5个族30个代表种的rbcL基因及核糖体DNA的内转录间隔区ITS序列包括ITS1、ITS2和5.8srRNA基因进行了序列分析.使用PAUP4.0b10软件对序列进行统计和分支分析,用启发式搜索方法寻找最简约树.从严格一致性树来看,梧桐科的全部代表类群主要被分为4支,一支仅为Sterculieae所构成;一支包括Helictereae的全部代表种;一支由Byttnerieae代表种所构成;最后一支由Dombeyeae和单属族翅子树族Pterospermeae所构成.rbcL和ITS系统树的不同仅表现在族内个别代表类群的位置和族的分支方式上.分析结果表明,与Helictereae相比,翅子树属Pterospermum与Dombeyeae有更近的亲缘关系.然而,在外部形态、内部解剖和胚胎学方面,二者之间又存在诸多差异,故支持将Pterospermum另立为Pterospermeae的观点. 展开更多

关键词 系统位置 树族 启发式搜索方法 内转录间隔区 核糖体DNA RBCL基因 rRNA基因 ITS序列 DNA分子 代表种 ITS1 测序技术 序列分析 ITS2 分支分析 分析结果 亲缘关系 外部形态 梧桐科 一致性 系统树 胚胎学 类群 解剖

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基于ITS和LSU序列对一株野生鹅膏菌的分类鉴定 被引量：8

7

作者 渠文思 石家祺 石亚伟 《山西农业科学》 2018年第12期2073-2076,共4页

以山西左权地区一株野生的鹅膏菌作为研究材料,提取鹅膏菌基因组DNA后,将r DNA的ITS和LSU区段进行克隆后连接到T载体上进行测序。通过GenBank核酸数据库对测序得到的ITS和LSU序列进行同源性比对,并从GenBank检索获得7个相似物种的ITS和... 以山西左权地区一株野生的鹅膏菌作为研究材料,提取鹅膏菌基因组DNA后,将r DNA的ITS和LSU区段进行克隆后连接到T载体上进行测序。通过GenBank核酸数据库对测序得到的ITS和LSU序列进行同源性比对,并从GenBank检索获得7个相似物种的ITS和LSU序列,与测序得到的ITS和LSU序列分别做系统发育树。测序结果表明,ITS序列有666 bp,LSU序列有968 bp;系统发育树结果显示,ITS序列以100%的支持值与拟橙盖鹅膏菌聚在一起,LSU序列以98%的支持值与拟橙盖鹅膏菌聚在一起。结合形态学观察,将山西左权鹅膏菌鉴定为拟橙盖鹅膏菌(Amanita caesareoides)。 展开更多

关键词 鹅膏菌 RDNA 内转录间隔区 核糖体大亚基基因组序列 分类鉴定

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应用巢式PCR检测葡萄根癌病菌 被引量：1

8

作者 樊金娟 王平 +2 位作者 刘长远 赵奎华 邢荆涛 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2011年第1期62-65,共4页

为建立葡萄根癌病菌的分子检测方法,应用细菌核糖体基因间隔片段(16S～23S ribosomal DNA inter-genic spacer,ITS)通用扩增引物1405f/456r和葡萄根癌病菌ITS特异引物fI/rI,采用巢式PCR(Nested-PCR)技术对2株葡萄根癌病菌[即葡萄土壤杆... 为建立葡萄根癌病菌的分子检测方法,应用细菌核糖体基因间隔片段(16S～23S ribosomal DNA inter-genic spacer,ITS)通用扩增引物1405f/456r和葡萄根癌病菌ITS特异引物fI/rI,采用巢式PCR(Nested-PCR)技术对2株葡萄根癌病菌[即葡萄土壤杆菌(Agrobacterium vitis)]和10株非葡萄根癌病菌进行扩增,并且对接种葡萄根癌病菌的葡萄植株进行检测。结果表明,仅有葡萄根癌病菌能扩增出1条长度为607 bp的片段;巢式PCR检测方法可从接种15 d后的葡萄植株中特异性检测出病原菌,而病症的出现需要30～35 d的时间。说明该研究建立的巢式PCR方法可用于快速检测葡萄根癌病菌。 展开更多

关键词 细菌核糖体基因间隔序列 葡萄根癌病菌 巢式PCR 分子检测

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真菌rDNA的特点及在外生菌根菌鉴定中的应用 被引量：58

9

作者 林晓民 李振岐 王少先 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期120-125,共6页

核糖体DNA(rDNA)是真菌基因组中的一类中度或高度重复序列,每一重复单位包括高度保守、中度保守和不保守三类区段,在真菌的系统发育分析和分类鉴定中,rDNA是很重要的靶序列。本文主要评述了真菌rDNA的结构特点及应用,特别是内转录间隔区... 核糖体DNA(rDNA)是真菌基因组中的一类中度或高度重复序列,每一重复单位包括高度保守、中度保守和不保守三类区段,在真菌的系统发育分析和分类鉴定中,rDNA是很重要的靶序列。本文主要评述了真菌rDNA的结构特点及应用,特别是内转录间隔区(ITS)在外生菌根菌鉴定上的应用,并对一些名词概念进行了讨论。 展开更多

关键词 外生菌根菌 RDNA 真菌 应用 定中 高度重复序列 系统发育分析 内转录间隔区 结构特点 基因组 核糖体 靶序列

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高产紫杉醇内生真菌J11的鉴定 被引量：8

10

作者 刘明志 段中岗 +1 位作者 吕镇城 刘春霞 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第10期1031-1038,共8页

从南方红豆杉(Taxus chinensis var.mairei)的幼茎中分离出一株产紫杉醇内生真菌J11.菌株J11的发酵提取物经高分辨质谱分析,证实J11菌株可产紫杉醇.提取该菌株的基因组DNA,扩增核糖体internal transcribed spacer(ITS)和28S核糖体large ... 从南方红豆杉(Taxus chinensis var.mairei)的幼茎中分离出一株产紫杉醇内生真菌J11.菌株J11的发酵提取物经高分辨质谱分析,证实J11菌株可产紫杉醇.提取该菌株的基因组DNA,扩增核糖体internal transcribed spacer(ITS)和28S核糖体large subunit rRNA gene(LSU)序列,经测序获得该菌的ITS序列和LSU序列.序列比对和检索结果表明,J11菌株为葡萄座腔菌(Botryosphaeria ssp.)属中的一个新菌株.形态学鉴定符合葡萄座腔菌属特征,高效液相色谱分析表明,J11菌株的紫杉醇含量约为615.1μg/L.本研究首次证实葡萄座腔菌J11是一株高产紫杉醇野生型菌株,具有潜在的应用前景. 展开更多

关键词 内生真菌 紫杉醇 葡萄座腔菌 核糖体内部转录间隔序列 28S核糖体大亚基基因

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阿克苏红富士苹果采后腐烂病原真菌的分离与鉴定 被引量：3

11

作者 吴思雅 张志东 +1 位作者 庞学群 朱璇 《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期205-209,共5页

为了明确阿克苏红富士苹果采后腐烂的主要病原菌种类。通过对阿克苏红富士苹果采后常温和低温条件下自然发病的果实进行病原菌的分离筛选,采用经典微生物分离筛选方法,结合形态学观察、基因间隔序列(Internal transcribed spacer,ITS)、... 为了明确阿克苏红富士苹果采后腐烂的主要病原菌种类。通过对阿克苏红富士苹果采后常温和低温条件下自然发病的果实进行病原菌的分离筛选,采用经典微生物分离筛选方法,结合形态学观察、基因间隔序列(Internal transcribed spacer,ITS)、28S核糖体大亚基序列(large subunit r DNA,r DNA-LSU)及微管蛋白B(Beta tubulin,β-tubulin)序列的测定方法,并进行系统进化树的构建;同时,进行菌株的回接及病斑形态的验证。最终从腐烂的阿克苏红富士苹果病斑中分离出2类真菌,由形态学观察初步确定为链格孢霉(Alternaria sp.)和青霉(Penicillium sp.),通过进一步的多基因序列分析及菌株的回接及病斑的观察鉴定2种真菌分别为交链格孢霉(Alternaria alternata)和扩展青霉(Penicillium expansum)。本研究结果可为新疆阿克苏红富士采后病原真菌的快速鉴定及病害的防治提供理论依据。 展开更多

关键词 苹果 采后病害 微管蛋白B 基因间隔序列 28S核糖体大亚基序列

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