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桑天牛成虫肠道细菌基因组DNA的提取及PCR反应体系优化
被引量:
4
1
作者
袁秀洁
李会平
+3 位作者
黄大庄
黄秋娴
苏筱雨
侯晓杰
《蚕业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2009年第2期379-383,共5页
为了建立一套适用于桑天牛肠道细菌多样性研究的PCR反应体系和程序,采用改良的十六烷基三乙基溴化铵(CTAB)法提取桑天牛成虫肠道细菌基因组DNA,通过L16(45)正交组合试验和单因素梯度试验对MgC l2、dNTP、随机引物、TaqDNA聚合酶、模板DN...
为了建立一套适用于桑天牛肠道细菌多样性研究的PCR反应体系和程序,采用改良的十六烷基三乙基溴化铵(CTAB)法提取桑天牛成虫肠道细菌基因组DNA,通过L16(45)正交组合试验和单因素梯度试验对MgC l2、dNTP、随机引物、TaqDNA聚合酶、模板DNA的浓度和退火温度、循环次数等影响PCR扩增的重要因素进行优化。试验结果表明,采用改良的CTAB方法提取的桑天牛成虫肠道细菌DNA质量较高,适宜于PCR扩增分析。25μLPCR反应体系及反应程序中各因素优化组合为:10×Buffer 2.5μL,MgC l22.0 mmol/L,dNTP 0.2 mmol/L,随机引物0.48μmol/L,TaqDNA聚合酶0.75 U,模板DNA 75 ng;退火温度60℃,循环次数30次。
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关键词
桑天牛
肠道
细菌基因组dna
PCR反应体系
正交组合
单因素
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职称材料
大鼠粪便中细菌基因组DNA提取方法的比较
被引量:
6
2
作者
骞宇
赵欣
《食品工业科技》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第4期166-169,共4页
为获得高质量的肠道细菌基因组DNA,用于研究肠道菌群的多样性,本实验分别采用改良的溶菌酶法和两种试剂盒DNA提取法提取大鼠粪便中的细菌基因组DNA,通过DNA浓度和纯度的测定、PCR-变性梯度凝胶电泳技术(PCR-DGGE技术)对提取效果进行比较...
为获得高质量的肠道细菌基因组DNA,用于研究肠道菌群的多样性,本实验分别采用改良的溶菌酶法和两种试剂盒DNA提取法提取大鼠粪便中的细菌基因组DNA,通过DNA浓度和纯度的测定、PCR-变性梯度凝胶电泳技术(PCR-DGGE技术)对提取效果进行比较,以找到适合于粪便中细菌基因组DNA的提取方法。结果表明,改良的溶菌酶法提取的DNA质量好,纯度高,而且具有菌群多样性丰富等特点,更适合用于肠道微生物菌群后续分子生物学研究。
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关键词
细菌基因组dna
大鼠粪便
肠道菌群
变性梯度凝胶电泳
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职称材料
革兰氏阳性与阴性细菌基因组DNA提取方法的优化
被引量:
6
3
作者
云飞
梁林
+4 位作者
鲍彦彬
石雅丽
孙亚超
李永丽
兰辉
《安徽农业科学》
CAS
2021年第10期98-100,共3页
在分析现有提取微生物基因组DNA的原理和方法基础上,对SDS-NaCl法进行了改良,以商品化微生物基因组提取试剂盒提取的基因组结果为对照,利用改良的SDS-NaCl法,分别提取大肠杆菌(Escherichia coli)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)和金...
在分析现有提取微生物基因组DNA的原理和方法基础上,对SDS-NaCl法进行了改良,以商品化微生物基因组提取试剂盒提取的基因组结果为对照,利用改良的SDS-NaCl法,分别提取大肠杆菌(Escherichia coli)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)和金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)的基因组DNA。结果表明,改良的SDS-NaCl法提取的大肠杆菌、枯草芽孢杆菌和金黄色葡萄球菌基因组DNA的OD_(260)/OD_(280)分别为1.88、1.89、1.81,浓度分别为61.67、64.32、53.22μg/mL;而商品化试剂盒提取大肠杆菌、枯草芽孢杆菌和金黄色葡萄球菌基因组DNA OD_(260)/OD_(280)分别为1.85、1.87、1.83,浓度分别为64.07、58.43、52.34μg/mL。结果证明改良SDS-NaCl法提取的革兰氏阳性和阴性细菌的基因组DNA可用于后续试验如全基因组测序和PCR等,同时可快速获得大量的高质量微生物基因组。
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关键词
细菌基因组dna
革兰氏阳性
细菌
革兰氏阴性
细菌
SDS-NaCl法
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职称材料
小鼠粪便细菌基因组DNA提取方法比较
被引量:
6
4
作者
张杰
张晓鹏
+1 位作者
李鹏高
赵志强
《实验技术与管理》
CAS
北大核心
2017年第12期50-53,57,共5页
分别将研磨、水煮两种预处理方法和改良CTAB法、试剂盒法两种提取方法进行组合,比较提取小鼠粪便细菌基因组DNA的效果。结果发现,研磨预处理过的样品提取到的细菌基因组DNA的浓度和纯度均高于水煮预处理过的样品,研磨结合改良CTAB法提...
分别将研磨、水煮两种预处理方法和改良CTAB法、试剂盒法两种提取方法进行组合,比较提取小鼠粪便细菌基因组DNA的效果。结果发现,研磨预处理过的样品提取到的细菌基因组DNA的浓度和纯度均高于水煮预处理过的样品,研磨结合改良CTAB法提取到的DNA完整性好于其他方法,研磨结合改良CTAB法是一种提取粪便细菌基因组DNA较为实用可靠的方法。
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关键词
粪便
细菌基因组dna
提取方法
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职称材料
冷冻原肠中细菌基因组DNA提取方法的建立
被引量:
1
5
作者
宋鸿雁
仇保丰
+4 位作者
高雪梅
刘春
刘文斌
朱顺星
邵义祥
《中国动物检疫》
CAS
2020年第2期87-93,共7页
为建立冷冻原肠中细菌基因组DNA的直接提取法,采用震荡洗脱、金属网过滤和梯度离心相结合的方法,对2份冷冻原肠样品进行前处理;对经前处理后的原肠样品,采用酚/氯仿法提取细菌基因组DNA,然后进行琼脂糖电泳和OD260/OD280比值测定;以细...
为建立冷冻原肠中细菌基因组DNA的直接提取法,采用震荡洗脱、金属网过滤和梯度离心相结合的方法,对2份冷冻原肠样品进行前处理;对经前处理后的原肠样品,采用酚/氯仿法提取细菌基因组DNA,然后进行琼脂糖电泳和OD260/OD280比值测定;以细菌基因组DNA为模板,用PCR技术扩增细菌16S rDNA并构建克隆文库,并从2个文库中各随机挑取3个菌落进行16S rDNA的PCR鉴定和DNA测序。结果显示:样品提取的DNA浓度、纯度较高,OD260/OD280比值介于1.8~2.0;挑取的6个菌落中,1个为阴性,剩余5个为阳性,为肠球菌属(Enterococcus)和魏斯氏菌属(Weissella)的5种细菌。结果表明,本研究提取的原肠细菌基因组DNA质量较好,可用于非培养法研究冷冻原肠中细菌的多样性。本研究解决了因缺乏原肠细菌基因组DNA提取方法,无法进一步应用现代分子生物学方法研究冷冻原肠细菌的多样性、菌群组成结构和动态变化等难题。
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关键词
冷冻原肠
细菌
细菌基因组dna
提取方法
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职称材料
题名
桑天牛成虫肠道细菌基因组DNA的提取及PCR反应体系优化
被引量:
4
1
作者
袁秀洁
李会平
黄大庄
黄秋娴
苏筱雨
侯晓杰
机构
河北农业大学
出处
《蚕业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2009年第2期379-383,共5页
基金
河北省强势特色学科桑天牛成虫肠道细菌多样性研究项目(编号2008013)
文摘
为了建立一套适用于桑天牛肠道细菌多样性研究的PCR反应体系和程序,采用改良的十六烷基三乙基溴化铵(CTAB)法提取桑天牛成虫肠道细菌基因组DNA,通过L16(45)正交组合试验和单因素梯度试验对MgC l2、dNTP、随机引物、TaqDNA聚合酶、模板DNA的浓度和退火温度、循环次数等影响PCR扩增的重要因素进行优化。试验结果表明,采用改良的CTAB方法提取的桑天牛成虫肠道细菌DNA质量较高,适宜于PCR扩增分析。25μLPCR反应体系及反应程序中各因素优化组合为:10×Buffer 2.5μL,MgC l22.0 mmol/L,dNTP 0.2 mmol/L,随机引物0.48μmol/L,TaqDNA聚合酶0.75 U,模板DNA 75 ng;退火温度60℃,循环次数30次。
关键词
桑天牛
肠道
细菌基因组dna
PCR反应体系
正交组合
单因素
Keywords
Apriona germari
Intestinal bacterial genomic
dna
PCR reaction system
Orthogonal combination
Single factor
分类号
S476 [农业科学—农业昆虫与害虫防治]
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职称材料
题名
大鼠粪便中细菌基因组DNA提取方法的比较
被引量:
6
2
作者
骞宇
赵欣
机构
重庆第二师范学院生物与化学工程系
出处
《食品工业科技》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第4期166-169,共4页
基金
重庆市科委自然科学基金项目(cstc2011jjA80001)
文摘
为获得高质量的肠道细菌基因组DNA,用于研究肠道菌群的多样性,本实验分别采用改良的溶菌酶法和两种试剂盒DNA提取法提取大鼠粪便中的细菌基因组DNA,通过DNA浓度和纯度的测定、PCR-变性梯度凝胶电泳技术(PCR-DGGE技术)对提取效果进行比较,以找到适合于粪便中细菌基因组DNA的提取方法。结果表明,改良的溶菌酶法提取的DNA质量好,纯度高,而且具有菌群多样性丰富等特点,更适合用于肠道微生物菌群后续分子生物学研究。
关键词
细菌基因组dna
大鼠粪便
肠道菌群
变性梯度凝胶电泳
Keywords
bacterial genomic
dna
rat feces
gut rnicrotlora, denaturant gradient gel electrophoresis (DGGE)
分类号
TS201.3 [轻工技术与工程—食品科学]
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职称材料
题名
革兰氏阳性与阴性细菌基因组DNA提取方法的优化
被引量:
6
3
作者
云飞
梁林
鲍彦彬
石雅丽
孙亚超
李永丽
兰辉
机构
内蒙古工业大学矿业学院
内蒙古工业大学化工学院
出处
《安徽农业科学》
CAS
2021年第10期98-100,共3页
基金
内蒙古自治区自然科学基金项目(2020MS03030)
内蒙古工业大学科学研究项目(ZD201703,ZD201524)
+2 种基金
内蒙古工业大学科研启动金项目
内蒙古自治区级创新创业训练计划项目(201910128009)
内蒙古工业大学校级大学生创新实验计划项目(2019053010,2019053008)。
文摘
在分析现有提取微生物基因组DNA的原理和方法基础上,对SDS-NaCl法进行了改良,以商品化微生物基因组提取试剂盒提取的基因组结果为对照,利用改良的SDS-NaCl法,分别提取大肠杆菌(Escherichia coli)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)和金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)的基因组DNA。结果表明,改良的SDS-NaCl法提取的大肠杆菌、枯草芽孢杆菌和金黄色葡萄球菌基因组DNA的OD_(260)/OD_(280)分别为1.88、1.89、1.81,浓度分别为61.67、64.32、53.22μg/mL;而商品化试剂盒提取大肠杆菌、枯草芽孢杆菌和金黄色葡萄球菌基因组DNA OD_(260)/OD_(280)分别为1.85、1.87、1.83,浓度分别为64.07、58.43、52.34μg/mL。结果证明改良SDS-NaCl法提取的革兰氏阳性和阴性细菌的基因组DNA可用于后续试验如全基因组测序和PCR等,同时可快速获得大量的高质量微生物基因组。
关键词
细菌基因组dna
革兰氏阳性
细菌
革兰氏阴性
细菌
SDS-NaCl法
Keywords
Genomic
dna
Gram positive bacterium
Gram negative bacterium
SDS-NaCl method
分类号
Q933 [生物学—微生物学]
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职称材料
题名
小鼠粪便细菌基因组DNA提取方法比较
被引量:
6
4
作者
张杰
张晓鹏
李鹏高
赵志强
机构
首都医科大学公共卫生学院临床流行病学北京市重点实验室
首都医科大学信息中心
出处
《实验技术与管理》
CAS
北大核心
2017年第12期50-53,57,共5页
基金
国家自然科学基金项目(81573128)资助
文摘
分别将研磨、水煮两种预处理方法和改良CTAB法、试剂盒法两种提取方法进行组合,比较提取小鼠粪便细菌基因组DNA的效果。结果发现,研磨预处理过的样品提取到的细菌基因组DNA的浓度和纯度均高于水煮预处理过的样品,研磨结合改良CTAB法提取到的DNA完整性好于其他方法,研磨结合改良CTAB法是一种提取粪便细菌基因组DNA较为实用可靠的方法。
关键词
粪便
细菌基因组dna
提取方法
Keywords
feces
bacterial genomic
dna
extraction method
分类号
Q933 [生物学—微生物学]
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职称材料
题名
冷冻原肠中细菌基因组DNA提取方法的建立
被引量:
1
5
作者
宋鸿雁
仇保丰
高雪梅
刘春
刘文斌
朱顺星
邵义祥
机构
南通大学实验动物中心
南通海关
出处
《中国动物检疫》
CAS
2020年第2期87-93,共7页
基金
南通市科技项目(MS12016014,BK2012091)
南京海关(原江苏检验检疫局)科研项目(2010KJ35)
文摘
为建立冷冻原肠中细菌基因组DNA的直接提取法,采用震荡洗脱、金属网过滤和梯度离心相结合的方法,对2份冷冻原肠样品进行前处理;对经前处理后的原肠样品,采用酚/氯仿法提取细菌基因组DNA,然后进行琼脂糖电泳和OD260/OD280比值测定;以细菌基因组DNA为模板,用PCR技术扩增细菌16S rDNA并构建克隆文库,并从2个文库中各随机挑取3个菌落进行16S rDNA的PCR鉴定和DNA测序。结果显示:样品提取的DNA浓度、纯度较高,OD260/OD280比值介于1.8~2.0;挑取的6个菌落中,1个为阴性,剩余5个为阳性,为肠球菌属(Enterococcus)和魏斯氏菌属(Weissella)的5种细菌。结果表明,本研究提取的原肠细菌基因组DNA质量较好,可用于非培养法研究冷冻原肠中细菌的多样性。本研究解决了因缺乏原肠细菌基因组DNA提取方法,无法进一步应用现代分子生物学方法研究冷冻原肠细菌的多样性、菌群组成结构和动态变化等难题。
关键词
冷冻原肠
细菌
细菌基因组dna
提取方法
Keywords
frozen archenterons
bacteria
bacterial genome
dna
extraction method
分类号
S852.61 [农业科学—基础兽医学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
桑天牛成虫肠道细菌基因组DNA的提取及PCR反应体系优化
袁秀洁
李会平
黄大庄
黄秋娴
苏筱雨
侯晓杰
《蚕业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2009
4
在线阅读
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职称材料
2
大鼠粪便中细菌基因组DNA提取方法的比较
骞宇
赵欣
《食品工业科技》
CAS
CSCD
北大核心
2014
6
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职称材料
3
革兰氏阳性与阴性细菌基因组DNA提取方法的优化
云飞
梁林
鲍彦彬
石雅丽
孙亚超
李永丽
兰辉
《安徽农业科学》
CAS
2021
6
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职称材料
4
小鼠粪便细菌基因组DNA提取方法比较
张杰
张晓鹏
李鹏高
赵志强
《实验技术与管理》
CAS
北大核心
2017
6
在线阅读
下载PDF
职称材料
5
冷冻原肠中细菌基因组DNA提取方法的建立
宋鸿雁
仇保丰
高雪梅
刘春
刘文斌
朱顺星
邵义祥
《中国动物检疫》
CAS
2020
1
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职称材料
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