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细菌全基因组测序技术用于沙门氏菌流行病学调查的可行性分析
被引量：
5
1
作者
林本夫
任欣悦
+4 位作者
袁晓琪
梁梦诗
丘穗萍
潘婧淇
原丽红
《中国动物检疫》
CAS
2022年第6期125-131,共7页
为探讨细菌全基因组测序(whole genome sequencing,WGS)技术在基层沙门氏菌防控中的优势与可行性,对前期分离的9株沙门氏菌进行细菌全基因组测序,并进行血清型预测、多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)和耐药基因分析,将...
为探讨细菌全基因组测序(whole genome sequencing,WGS)技术在基层沙门氏菌防控中的优势与可行性,对前期分离的9株沙门氏菌进行细菌全基因组测序,并进行血清型预测、多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)和耐药基因分析,将全基因组测序结果与传统血清分型和耐药性分析结果进行对比。结果显示:基于全基因组测序数据的血清分型结果与传统血清分型结果符合率为100%,两种方法对9株沙门氏菌血清分型结果完全一致;两种方法分析出的β-内酰胺类、氯霉素类、喹诺酮类和氨基糖苷类药物的耐药基因与耐药表型符合率为100%,即耐药菌株中均含有4大类抗菌药物的耐药基因;用全基因组测序检测到利福平、磺胺类和四环素3大类抗菌药物的7个耐药基因,表明9株沙门氏菌可能对这3大类抗菌药物耐药。结果表明:全基因组测序结果与传统实验室诊断结果完全一致,且具有快速、低成本、操作简单等优势,并且随着测序技术的发展,其检测成本和周期将进一步缩减,因此基于细菌全基因组测序开发沙门氏菌快速分型和耐药性分析方法有一定的应用价值和可行性。
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关键词
沙门氏菌
基因
分型
耐药
基因
细菌全基因组测序
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职称材料
土壤环境中四环素抗性基因向病原菌的转移研究
2
作者
彭双
宋丹
+1 位作者
王一明
林先贵
《生态环境学报》
CSCD
北大核心
2023年第11期1978-1987,共10页
抗生素抗性基因(Antibiotic resistance genes,ARGs)已被公认为环境中的新型污染物,水平基因转移是ARGs传播与扩散的主要途径,纯培养体系下ARGs的水平基因转移(Horizontal gene transfer,HGT)已经多有报道,HGT的分子机制也已被充分挖掘...
抗生素抗性基因(Antibiotic resistance genes,ARGs)已被公认为环境中的新型污染物,水平基因转移是ARGs传播与扩散的主要途径,纯培养体系下ARGs的水平基因转移(Horizontal gene transfer,HGT)已经多有报道,HGT的分子机制也已被充分挖掘。然而,环境中的ARGs在自然条件下是否能够转移到人类致病菌中目前仍然未知。为了探究沙门氏菌是否能够在自然条件下从施肥土壤中获得ARGs并在土壤中长期存活,将含有大量四环素敏感型沙门氏菌的粪肥施入3种土壤,并对土壤进行淹水或不淹水处理,90 d后分离四环素抗性沙门氏菌。结果表明,沙门氏菌未通过HGT获得四环素抗性基因并在土壤中长期存活。从红壤中分离到3株具有四环素抗性的疑似沙门氏菌,经过生理生化和16S测序鉴定确定它们均为产H2S的大肠杆菌,经HT-q PCR检测,它们均携带多种ARGs。对其中携带ARGs种类最多的T2菌株进行全基因组测序与分析,结果表明T2携带了两个长度分别为40.48 kb的IncX1型和93.31kb的IncY型质粒,15个基因岛,与COG数据库比对得到了3807个注释基因,包含前噬菌体和转座子共197个;经ARDB注释获得34个ARGs,其中包括了2种四环素抗性基因均位于IncY型质粒上。将T2菌体与四环素敏感型E.coli O157:H7菌株共培养,在施加不同浓度梯度四环素的条件下,T2携带的四环素抗性基因没有向O157菌株转移。综上所述,在自然环境中沙门氏菌难以从施肥土壤中获得ARGs并在土壤中长期存活,从土壤环境中分离的抗性大肠杆菌T2所携带的四环素抗性基因也难以在纯培养体系下转移到E.coli O157:H7中。研究结果可为科学评估ARGs在土壤环境中的转移风险提供参考。
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关键词
抗生素抗性
基因
沙门氏菌
细菌全基因组测序
基因
转移
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职称材料
题名
细菌全基因组测序技术用于沙门氏菌流行病学调查的可行性分析
被引量：
5
1
作者
林本夫
任欣悦
袁晓琪
梁梦诗
丘穗萍
潘婧淇
原丽红
机构
广州市花都区动物卫生监督所
广东药科大学生命科学与生物制药学院
出处
《中国动物检疫》
CAS
2022年第6期125-131,共7页
基金
国家自然科学基金面上项目(31872499)
国家重点研发计划项目(2018YFD0500500)。
文摘
为探讨细菌全基因组测序(whole genome sequencing,WGS)技术在基层沙门氏菌防控中的优势与可行性,对前期分离的9株沙门氏菌进行细菌全基因组测序,并进行血清型预测、多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)和耐药基因分析,将全基因组测序结果与传统血清分型和耐药性分析结果进行对比。结果显示:基于全基因组测序数据的血清分型结果与传统血清分型结果符合率为100%,两种方法对9株沙门氏菌血清分型结果完全一致;两种方法分析出的β-内酰胺类、氯霉素类、喹诺酮类和氨基糖苷类药物的耐药基因与耐药表型符合率为100%,即耐药菌株中均含有4大类抗菌药物的耐药基因;用全基因组测序检测到利福平、磺胺类和四环素3大类抗菌药物的7个耐药基因,表明9株沙门氏菌可能对这3大类抗菌药物耐药。结果表明:全基因组测序结果与传统实验室诊断结果完全一致,且具有快速、低成本、操作简单等优势,并且随着测序技术的发展,其检测成本和周期将进一步缩减,因此基于细菌全基因组测序开发沙门氏菌快速分型和耐药性分析方法有一定的应用价值和可行性。
关键词
沙门氏菌
基因
分型
耐药
基因
细菌全基因组测序
Keywords
Salmonella
genotyping
drug resistance gene
bacterial whole genome sequencing
分类号
S852.61 [农业科学—基础兽医学]
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职称材料
题名
土壤环境中四环素抗性基因向病原菌的转移研究
2
作者
彭双
宋丹
王一明
林先贵
机构
江苏开放大学环境生态学院
中国科学院南京土壤研究所/土壤与农业可持续发展国家重点实验室
出处
《生态环境学报》
CSCD
北大核心
2023年第11期1978-1987,共10页
基金
江苏省自然科学基金面上项目(BK20201110)
内蒙古自治区科技重大专项(NMKJXM202009)
+3 种基金
国家重点研发计划项目(2021YFD1900602)
江苏省高校自然科学基金项目(18KJB210002)
江苏开放大学预研项目(19-GY-01)
江苏高校‘青蓝工程’优秀骨干教师项目。
文摘
抗生素抗性基因(Antibiotic resistance genes,ARGs)已被公认为环境中的新型污染物,水平基因转移是ARGs传播与扩散的主要途径,纯培养体系下ARGs的水平基因转移(Horizontal gene transfer,HGT)已经多有报道,HGT的分子机制也已被充分挖掘。然而,环境中的ARGs在自然条件下是否能够转移到人类致病菌中目前仍然未知。为了探究沙门氏菌是否能够在自然条件下从施肥土壤中获得ARGs并在土壤中长期存活,将含有大量四环素敏感型沙门氏菌的粪肥施入3种土壤,并对土壤进行淹水或不淹水处理,90 d后分离四环素抗性沙门氏菌。结果表明,沙门氏菌未通过HGT获得四环素抗性基因并在土壤中长期存活。从红壤中分离到3株具有四环素抗性的疑似沙门氏菌,经过生理生化和16S测序鉴定确定它们均为产H2S的大肠杆菌,经HT-q PCR检测,它们均携带多种ARGs。对其中携带ARGs种类最多的T2菌株进行全基因组测序与分析,结果表明T2携带了两个长度分别为40.48 kb的IncX1型和93.31kb的IncY型质粒,15个基因岛,与COG数据库比对得到了3807个注释基因,包含前噬菌体和转座子共197个;经ARDB注释获得34个ARGs,其中包括了2种四环素抗性基因均位于IncY型质粒上。将T2菌体与四环素敏感型E.coli O157:H7菌株共培养,在施加不同浓度梯度四环素的条件下,T2携带的四环素抗性基因没有向O157菌株转移。综上所述,在自然环境中沙门氏菌难以从施肥土壤中获得ARGs并在土壤中长期存活,从土壤环境中分离的抗性大肠杆菌T2所携带的四环素抗性基因也难以在纯培养体系下转移到E.coli O157:H7中。研究结果可为科学评估ARGs在土壤环境中的转移风险提供参考。
关键词
抗生素抗性
基因
沙门氏菌
细菌全基因组测序
基因
转移
Keywords
Antibiotic resistance gene
Salmonella
Whole bacterial genome sequencing
Horizontal gene transfer
分类号
X171.5 [环境科学与工程—环境科学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
细菌全基因组测序技术用于沙门氏菌流行病学调查的可行性分析
林本夫
任欣悦
袁晓琪
梁梦诗
丘穗萍
潘婧淇
原丽红
《中国动物检疫》
CAS
2022
5
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职称材料
2
土壤环境中四环素抗性基因向病原菌的转移研究
彭双
宋丹
王一明
林先贵
《生态环境学报》
CSCD
北大核心
2023
0
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