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邻近标记方法表征细胞-细胞相互作用被引量：2: 1; 作者马维绎刘士博陈鹏《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2020年第12期2658-2666,共9页; 细胞-细胞相互作用在多种生理过程中有重要意义,针对这些相互作用的研究是化学与生命科学交叉领域的前沿热点.基于对酶的功能改造、定向进化和精准的时空调控,酶介导的邻近标记方法在分析细胞-细胞相互作用方面具有广泛的应用前景.本文... 展开更多; 关键词邻近标记细胞-细胞相互作用时空分辨率; 在线阅读下载PDF 职称材料

酶介导的邻近细胞标记方法探究细胞间相互作用: 2; 作者沙昱彤李景超易文《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期424-432,共9页; 细胞-细胞相互作用(cell-cell interactions,CCIs)可以通过细胞表面蛋白质、聚糖、脂质等介导的细胞间突触形成而发生,以维持机体稳态和调控生理功能。这些CCIs是复杂的,涉及许多不同的细胞表面和细胞内分子的参与。随着基础研究和转化... 展开更多; 关键词细胞-细胞相互作用酶介导的邻近细胞标记方法邻近标记方法; 在线阅读下载PDF 职称材料

DeepCKI:一个基于变分图自编码器预测细胞-细胞因子相互作用的生物信息学模型被引量：2: 3; 作者朱渊何瑞瑞 +2 位作者刘源朱华庆李栋《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第8期1033-1042,共10页; 细胞因子(cytokine)是一类由免疫细胞和某些非免疫细胞合成和分泌的信号分子,在免疫系统中通过结合相应受体调节细胞生长、分化和调控免疫应答。目前研究多侧重于通过实验方法检测细胞因子和受体的相互作用来研究细胞间的通讯网络,但存... 展开更多; 关键词细胞-细胞因子相互作用变分图自编码器 DeepCKI; 在线阅读下载PDF 职称材料

禽致病性大肠杆菌hcp2a基因对雏鸡脾脏细胞因子-细胞因子受体相互作用通路的影响: 4; 作者何琪孙晨晨 +6 位作者侯曼曼肖福泉龚柳菲黄燕段少仪祁克宗宋祥军《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2022年第1期151-156,共6页; 探究禽致病性大肠杆菌(APEC)hcp2a基因缺失对雏鸡脾脏转录组的影响,为深入研究禽致病性大肠杆菌的致病机理奠定理论基础。将7日龄雏鸡随机分成2组,用APEC野生株(AE17)及其hcp2a基因缺失株(AE17△hcp2a)分别感染雏鸡,采集脾脏组织制作苏... 展开更多; 关键词禽致病性大肠杆菌 hcp2a基因脾脏雏鸡细胞因子-细胞因子受体相互作用通路; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名邻近标记方法表征细胞-细胞相互作用被引量：2: 1; 作者马维绎刘士博陈鹏; 机构北京大学元培学院北京大学化学与分子工程学院; 出处《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2020年第12期2658-2666,共9页; 文摘细胞-细胞相互作用在多种生理过程中有重要意义,针对这些相互作用的研究是化学与生命科学交叉领域的前沿热点.基于对酶的功能改造、定向进化和精准的时空调控,酶介导的邻近标记方法在分析细胞-细胞相互作用方面具有广泛的应用前景.本文重点描述了现有邻近标记方法的原理、效果、优缺点及潜在应用.; 关键词邻近标记细胞-细胞相互作用时空分辨率; Keywords Proximity labeling Cell-cell interaction Spatiotemporal resolution; 分类号 Q503 [生物学—生物化学] Q599 [生物学—生物化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名酶介导的邻近细胞标记方法探究细胞间相互作用: 2; 作者沙昱彤李景超易文; 机构浙江大学生命科学学院生物化学研究所肿瘤与干细胞生物学实验室; 出处《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期424-432,共9页; 基金国家自然科学基金项目(No.32271331) 浙江省自然科学基金项目(No.LZ21C050001)资助。; 文摘细胞-细胞相互作用(cell-cell interactions,CCIs)可以通过细胞表面蛋白质、聚糖、脂质等介导的细胞间突触形成而发生,以维持机体稳态和调控生理功能。这些CCIs是复杂的,涉及许多不同的细胞表面和细胞内分子的参与。随着基础研究和转化医学的不断发展,如何准确识别细胞间相互作用并对其进行表征和定量,引起了广泛关注。近年来,研究CCIs的技术手段不断推陈出新,而邻近标记是一种十分有前景的研究细胞间相互作用的化学生物学方法。目前,主要有两种类型的标记策略。一种是依赖基因工程操作,在“诱饵”细胞表面表达外源酶,通过其与相邻细胞上的受体底物的直接结合,以便发生细胞间邻近标记。另一种是使用酶或小分子催化剂(例如光催化剂),通过基因工程重组表达或借助化学(化学酶)方法将它们偶联在“诱饵”细胞表面,在适当的刺激或激活后,靶向递送感兴趣的标记分子,实现邻近标记。其中,酶介导的邻近细胞标记方法在检测和表征CCIs上具有重要的应用价值。该综述将标记过程中涉及有酶参与的方法定义为酶介导的邻近细胞标记方法,这种方法的一个明显优势是,由于酶和受体底物之间直接的物理接触或酶催化产生高反应活性标记分子而实现小的标记半径范围。该综述旨在归纳与总结近年来开发的酶介导的邻近细胞标记方法的原理、优缺点及现有应用。; 关键词细胞-细胞相互作用酶介导的邻近细胞标记方法邻近标记方法; Keywords cell-cell interactions(CCIs) enzyme-mediated proximity cell labeling methods proximity labeling methods; 分类号 Q26 [生物学—细胞生物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名DeepCKI:一个基于变分图自编码器预测细胞-细胞因子相互作用的生物信息学模型被引量：2: 3; 作者朱渊何瑞瑞刘源朱华庆李栋; 机构安徽医科大学基础医学院河北大学生命科学学院军事医学研究院生命组学研究所; 出处《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第8期1033-1042,共10页; 基金国家自然科学基金项目(No.32088101)资助。; 文摘细胞因子(cytokine)是一类由免疫细胞和某些非免疫细胞合成和分泌的信号分子,在免疫系统中通过结合相应受体调节细胞生长、分化和调控免疫应答。目前研究多侧重于通过实验方法检测细胞因子和受体的相互作用来研究细胞间的通讯网络,但存在实验周期长、设备要求高和成本高等不足。因此,有必要通过计算方法来加快对细胞-细胞因子相互作用(cell-cytokine interactions,CKI)的系统研究。本文提出一种基于变分图自编码器(variational graph auto-encoder,VGAE)预测细胞-细胞因子相互作用的深度学习模型——DeepCKI。该模型可有效融合蛋白质相互作用网络和不同类型的蛋白质特征,充分挖掘网络拓扑结构和节点属性中的有效信息,实现对细胞-细胞因子相互作用的高效预测。与变分自编码和深度神经网络方法相比,采用图结构设计的DeepCKI表现出了最优的预测性能。DeepCKI模型对4种不同类型细胞-细胞因子相互作用的ROC曲线下面积均高于0.8,模型具有一定的鲁棒性和有效性。预测打分排名前100的细胞-细胞因子相互作用中,有36对已被最新发表文献验证,表明该模型具有发现新的细胞-细胞因子相互作用的能力。; 关键词细胞-细胞因子相互作用变分图自编码器 DeepCKI; Keywords cell-cytokine interactions(CKI) variational graph auto-encoder DeepCKI; 分类号 R392-3 [医药卫生—免疫学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名禽致病性大肠杆菌hcp2a基因对雏鸡脾脏细胞因子-细胞因子受体相互作用通路的影响: 4; 作者何琪孙晨晨侯曼曼肖福泉龚柳菲黄燕段少仪祁克宗宋祥军; 机构安徽农业大学动物科技学院; 出处《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2022年第1期151-156,共6页; 基金 2020年省级大学生创新创业计划项目(S202010364022) 安徽省重点研究与开发计划项目(202104f06020010) 国家青年科学基金项目(31802161)。; 文摘探究禽致病性大肠杆菌(APEC)hcp2a基因缺失对雏鸡脾脏转录组的影响,为深入研究禽致病性大肠杆菌的致病机理奠定理论基础。将7日龄雏鸡随机分成2组,用APEC野生株(AE17)及其hcp2a基因缺失株(AE17△hcp2a)分别感染雏鸡,采集脾脏组织制作苏木精-伊红(HE)染色切片,通过转录组学测序筛选hcp2a基因缺失株感染后的差异表达基因,利用实时荧光定量PCR方法对测序结果进行验证,对差异表达基因进行GO、KEGG分析。AE17和AE17△hcp2a均能引起雏鸡脾脏的病理变化,转录组学测序结果发现,AE17△hcp2a感染雏鸡脾脏中筛选到512个差异表达基因,其中221个基因上调表达,291个基因下调表达。选择部分差异表达基因进行实时荧光定量PCR验证,差异表达基因mRNA转录水平的变化趋势与测序结果一致。GO分析结果表明,差异表达基因富集在生物膜、生物膜的组成成分、氧化还原过程、免疫反应、水解酶活性等条目。KEGG分析结果表明,差异表达基因富集在细胞因子-细胞因子受体相互作用通路、细胞粘附分子(CAMs)通路等。禽致病性大肠杆菌hcp2a基因缺失后感染雏鸡,会影响其脾脏mRNA表达谱,差异表达基因主要富集在细胞因子-细胞因子受体相互作用通路等。; 关键词禽致病性大肠杆菌 hcp2a基因脾脏雏鸡细胞因子-细胞因子受体相互作用通路; Keywords avian pathogenic Escherichia coli hcp2a gene spleen chick cytokine-cytokine receptor interaction pathway; 分类号 S831 [农业科学—畜牧学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	邻近标记方法表征细胞-细胞相互作用	马维绎刘士博陈鹏	《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心	2020	2	在线阅读下载PDF 职称材料
2	酶介导的邻近细胞标记方法探究细胞间相互作用	沙昱彤李景超易文	《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心	2024	0	在线阅读下载PDF 职称材料
3	DeepCKI:一个基于变分图自编码器预测细胞-细胞因子相互作用的生物信息学模型	朱渊何瑞瑞刘源朱华庆李栋	《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心	2022	2	在线阅读下载PDF 职称材料
4	禽致病性大肠杆菌hcp2a基因对雏鸡脾脏细胞因子-细胞因子受体相互作用通路的影响	何琪孙晨晨侯曼曼肖福泉龚柳菲黄燕段少仪祁克宗宋祥军	《江苏农业学报》 CSCD 北大核心	2022	0	在线阅读下载PDF 职称材料