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东海原甲藻线粒体细胞色素b(Cytb)基因的定量检测 被引量：8
1
作者 赵丽媛 于志刚 +1 位作者 甄毓 米铁柱 《中国海洋大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期448-452,共5页
建立了检测东海原甲藻线粒体细胞色素b(Cytb)基因mRNA含量的实时荧光定量PCR方法。以甲藻Cytb基因的简并引物扩增得到984 bp长的东海原甲藻Cytb基因片段,经克隆、测序,制备并纯化质粒。以光度法测定质粒浓度并作为标准品。对上述基因片... 建立了检测东海原甲藻线粒体细胞色素b(Cytb)基因mRNA含量的实时荧光定量PCR方法。以甲藻Cytb基因的简并引物扩增得到984 bp长的东海原甲藻Cytb基因片段,经克隆、测序,制备并纯化质粒。以光度法测定质粒浓度并作为标准品。对上述基因片段,利用PRIMER EXPRESS 3.0设计引物,以梯度稀释的质粒标准品进行定量PCR反应,以SYBR Green I为荧光染料,制作标准曲线,得到基因拷贝数X与Ct值的关系为:Ct=-3.50 lgX+39.35(相关系数r为0.999)。通过对不同生长时期的东海原甲藻样品的Cytb基因mRNA含量检测,发现该基因的表达量较稳定,平均值为(45.4±4.7)拷贝/细胞,受生长状态影响不大,可作为实时荧光定量PCR的内参基因。 展开更多
关键词 线粒体细胞色素b基因 东海原甲藻 实时荧光定量PCR 内参基因
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河川沙塘鳢线粒体细胞色素b(Cytb)基因序列分析 被引量：6
2
作者 谢楠 冯晓宇 +3 位作者 郭水荣 刘新轶 姚桂桂 王宇希 《现代农业科技》 2010年第19期288-290,共3页
采用特异性引物PCR扩增获得了河川沙塘鳢细胞色素b基因序列,并与塘鳢科其余22种细胞色素b基因序列进行比对,运用Mega 3.1软件通过NJ法构建了塘鳢科鱼类系统发育树。结果显示:2尾试验鱼构成1支;Eleotris、Hypseleotri 2个属构成1支;Odont... 采用特异性引物PCR扩增获得了河川沙塘鳢细胞色素b基因序列,并与塘鳢科其余22种细胞色素b基因序列进行比对,运用Mega 3.1软件通过NJ法构建了塘鳢科鱼类系统发育树。结果显示:2尾试验鱼构成1支;Eleotris、Hypseleotri 2个属构成1支;Odontobutis、Perccottus glehni 2个属构成1支;Bostrychus、Butis、Oxyeleotris、Ophiocara 4个属构成1支;Ptereleotris heteroptera单独构成1支。该研究结果可为深入探讨沙塘鳢属及塘鳢科鱼类的系统分类与重新整理提供依据。 展开更多
关键词 河川沙塘鳢 线粒体细胞色素b基因 系统发育
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牦牛线粒体DNA细胞色素b基因序列测定及其起源、分类地位研究 被引量：28
3
作者 李齐发 李隐侠 +6 位作者 赵兴波 刘振山 张庆波 宋大伟 屈旭光 李宁 谢庄 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第11期1118-1123,共6页
牦牛在牛亚科中的分类地位仍存在较大的分歧。根据普通牛线粒体基因组序列设计引物对家牦牛基因组进行PCR扩增和克隆测序，获得了家牦牛细胞色素6（Cytochromeb）基因的全长序列，并以羊亚科绵羊（Ovisaries）为外类群，对牛亚科代表性... 牦牛在牛亚科中的分类地位仍存在较大的分歧。根据普通牛线粒体基因组序列设计引物对家牦牛基因组进行PCR扩增和克隆测序，获得了家牦牛细胞色素6（Cytochromeb）基因的全长序列，并以羊亚科绵羊（Ovisaries）为外类群，对牛亚科代表性物种进行了系统发育分析。结果显示：牛亚科不同物种间线粒体细胞色素b基因的转换／颠换比值为4．9，突变未达到饱和状态；牦牛与牛属间的序列差异百分比为8．0％～8．6％，大于牦牛与美洲野牛间的序列差异百分比；系统发育分析发现家牦牛与野牦牛首先聚为一类，再与美洲野牛聚为一类；说明牦牛与美洲牦牛属间的遗传相似性较高，而与牛属间的遗传相似性较低，结果支持现在的家牦牛和野牦牛都是同一祖先原始牦牛的后代，推测两者分化时间大约为0．55百万年前；支持将牦牛划分为牛亚科牦牛属的观点，牦牛属包括家牦牛和野牦牛两个种。 展开更多
关键词 牛亚科 牦牛 线粒体 细胞色素b基因 起源 分类地位
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钱塘江粗唇鱼危细胞色素b基因片段序列分析及系统发生研究 被引量：3
4
作者 许宝青 刘凯 +2 位作者 谢楠 冯晓宇 李行先 《水产科学》 CAS 北大核心 2009年第7期383-386,共4页
为研究钱塘江粗唇鱼危与其他鲿科鱼类的亲缘关系,扩增并测定了粗唇鱼危的细胞色素b基因片段序列。用Blastn分析所获序列与其他鲿科鱼类细胞色素b基因的同源性,用Mega4软件构建系统发生树。
关键词 粗唇鱼危 细胞色素b(cytb)基因 序列分析 系统发生
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从细胞色素b基因全序列探讨大额牛的分子系统发生 被引量：21
5
作者 李世平 常洪 +3 位作者 马国龙 陈宏宇 冀德君 耿荣庆 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2008年第1期65-70,共6页
大额牛是一种半野生半家养的珍稀牛种,有关其起源和系统地位一直存在争议。通过PCR扩增、测序等步骤共获得了11头大额牛细胞色素b(Cytb)基因全序列(1140bp)。应用分析软件,对大额牛11条Cytb序列进行了分析,并结合GenBank中牛属动物6个... 大额牛是一种半野生半家养的珍稀牛种,有关其起源和系统地位一直存在争议。通过PCR扩增、测序等步骤共获得了11头大额牛细胞色素b(Cytb)基因全序列(1140bp)。应用分析软件,对大额牛11条Cytb序列进行了分析,并结合GenBank中牛属动物6个近缘种的同源序列,以亚洲水牛(Bubalus bubalis)为外群,分别采用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建了牛属动物分子系统发育树。序列分析结果表明,11条大额牛Cytb序列1140位点中,共发现95个变异位点(占分析位点总数的8.33%),定义了6种单倍型,表明大额牛群体的Cytb基因遗传多态性比较丰富。构建的NJ和MP分子系统树均显示,大额牛研究群体明显分为3支,第1支与普通牛(Bos taurus)相聚,第2支与瘤牛(Bos indicus)相聚,第3支与印度野牛(Bos gaurus)相聚。系统发育分析表明,大额牛很可能是印度野牛的家养型或驯化种,我国大额牛群体可能曾受到其他牛种血缘的入侵。 展开更多
关键词 大额牛 细胞色素b基因 起源 分子系统发生
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长江中下游5个湖泊黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)种群线粒体细胞色素b基因的遗传变异分析 被引量：24
6
作者 钟立强 刘朋朋 +5 位作者 潘建林 王明华 陈友明 秦钦 边文冀 陈校辉 《湖泊科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第2期302-308,共7页
对长江中下游5个湖泊的黄颡鱼种群的线粒体DNA细胞色素b基因进行了PCR扩增、测序,获得了955 bp的序列.分析显示,cyt b序列中A+T含量略高于G+C含量,共检测到54个变异位点,60个样本得到37个单倍型,平均单倍型多样性为0.945±0.018,核... 对长江中下游5个湖泊的黄颡鱼种群的线粒体DNA细胞色素b基因进行了PCR扩增、测序,获得了955 bp的序列.分析显示,cyt b序列中A+T含量略高于G+C含量,共检测到54个变异位点,60个样本得到37个单倍型,平均单倍型多样性为0.945±0.018,核苷酸多样性为0.00419±0.00043,遗传多样性表现中等.太湖种群与滆湖种群间的遗传距离最远为0.00651,鄱阳湖种群和巢湖种群之间遗传距离最近为0.00375.分子方差分析(AMOVA)表明,群体间遗传分化系数Fst为0.0684,几乎所有变异都来自群体内,群体间遗传分化极小.cyt b序列构建UPGMA系统进化树显示,5个种群没有分化成不同的分枝谱系,种群间存在广泛的基因交流. 展开更多
关键词 黄颡鱼 线粒体DNA 细胞色素b基因 遗传变异 长江中下游
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10种石斑鱼系统发育的线粒体细胞色素b基因序列分析 被引量：21
7
作者 陈艺燕 章群 +3 位作者 任岗 钱开诚 陈迪 许忠能 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期12-15,34,共5页
为探讨石斑鱼亚科鱼类的系统发育关系,测定了此亚科中具有代表性的石斑鱼属、鳃棘鲈属、九棘鲈属、驼背鲈属和白线光腭鲈属等5个属10种石斑鱼的细胞色素b基因全序列,分析了这些序列的特性,运用Kimura 2-parameter模型,以邻接法构建了分... 为探讨石斑鱼亚科鱼类的系统发育关系,测定了此亚科中具有代表性的石斑鱼属、鳃棘鲈属、九棘鲈属、驼背鲈属和白线光腭鲈属等5个属10种石斑鱼的细胞色素b基因全序列,分析了这些序列的特性,运用Kimura 2-parameter模型,以邻接法构建了分子系统树。结果表明,九棘鲈属与鳃棘鲈属位于系统进化树的基部,与石斑鱼类其它类群亲缘关系较远;驼背鲈属与白线光腭鲈属网结于石斑鱼属构成的分支中。 展开更多
关键词 石斑鱼类 细胞色素b基因 分子系统学
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羚牛细胞色素b基因序列分析和系统进化研究 被引量：12
8
作者 蒙世杰 王静 +2 位作者 刘佩 宿兵 张亚平 《西北大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2001年第4期347-350,354,共5页
应用聚合酶链式反应 ( PCR)分别扩增了羚牛、绵羊、山羊、黄牛细胞色素 b基因 ,并对其全序列 ( 1 1 40 bp)进行了测定。其中羚牛细胞色素 b基因序列属首次报道。通过对 8种偶蹄类动物细胞色素 b基因序列差异分析和基于序列差异所构建的... 应用聚合酶链式反应 ( PCR)分别扩增了羚牛、绵羊、山羊、黄牛细胞色素 b基因 ,并对其全序列 ( 1 1 40 bp)进行了测定。其中羚牛细胞色素 b基因序列属首次报道。通过对 8种偶蹄类动物细胞色素 b基因序列差异分析和基于序列差异所构建的分子系统树 ,发现羚牛与羊亚科的动物亲缘关系最近 ,与其他动物亲缘关系较远 ,表明将羚牛放入羊亚科较为合理。序列差异分析还表明羚牛约在距今 5 0 0万年前 (上新世 )从牛类动物中分化出来 ,牛类分化时间约在 60 0万年前的中新世( Miocene) 展开更多
关键词 羚牛 偶蹄目 细胞色素b基因 DNA序列分析 系统进化 羊亚科 分类
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基于细胞色素b基因的鱇浪白鱼野生群体和养殖群体遗传多样性分析 被引量：14
9
作者 刘红艳 熊飞 +2 位作者 杨东 张繁荣 余来宁 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期94-98,共5页
为探讨鱇浪白鱼野生群体和养殖群体的遗传多样性,测定了野生群体和养殖群体共29尾鱇浪白鱼的线粒体DNA细胞色素b基因的全序列。结果显示:在所有个体1 140 bp序列中检测到31个变异位点,其中28个转换位点,3个颠换位点,发现21种单倍型。养... 为探讨鱇浪白鱼野生群体和养殖群体的遗传多样性,测定了野生群体和养殖群体共29尾鱇浪白鱼的线粒体DNA细胞色素b基因的全序列。结果显示:在所有个体1 140 bp序列中检测到31个变异位点,其中28个转换位点,3个颠换位点,发现21种单倍型。养殖群体的核苷酸多样性指数(0.003 38)和单倍型多样性指数(0.980 95)高于野生群体核苷酸多样性指数(0.003 21)和单倍型多样性指数(0.934 07)。野生群体和养殖群体内的遗传距离分别为0.003 39和0.003 43,群体间的遗传距离(0.003 64)略大于群体内遗传距离。分子变异分析(AMOVA)结果显示:Fst=0.064 1(P<0.01),即6.41%的变异来自群体间,93.59%的变异来自群体内,变异大多发生在群体内,野生群体和养殖群体间未发生显著的遗传分化。2个群体Taji ma’sD检验、Fu和Li’sD与F检验均为负值,表明2个群体的检验结果均偏离中性模式,鱇浪白鱼群体可能受到群体扩张和自然选择的作用。 展开更多
关键词 鱇浪白鱼 野生群体 养殖群体 细胞色素b基因 遗传多样性
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线粒体Cyt b基因对九种穿山甲鉴别力的分析
10
作者 韩松霖 马跃 +4 位作者 李波 刘微 穆佳童 徐艳春 杨淑慧 《野生动物学报》 北大核心 2025年第1期50-62,共13页
为优化穿山甲的分子鉴定方法,采用9种穿山甲54条Cyt b基因完整序列,评估了MEGA11软件中的7种模型和23种碱基替换类型所估算的遗传距离的物种分辨率、Cyt b基因全序列及各区域鉴别力。结果表明:K2P模型和p-distance模型基于颠换(T_(V))... 为优化穿山甲的分子鉴定方法,采用9种穿山甲54条Cyt b基因完整序列,评估了MEGA11软件中的7种模型和23种碱基替换类型所估算的遗传距离的物种分辨率、Cyt b基因全序列及各区域鉴别力。结果表明:K2P模型和p-distance模型基于颠换(T_(V))计算的遗传距离具有最优的物种分辨率;Cyt b基因全序列有较好的物种鉴别能力,其中,第301~400号和第851~950号的2个碱基序位片段组合时具有最高的物种分辨率,是鉴别9种穿山甲的最佳理论区段。现有的方法中推荐使用Kocher等的引物。今后在研发中采用多重PCR结合高通量测序对多片段组合进行分析,将会提高穿山甲的鉴别力。 展开更多
关键词 穿山甲 细胞色素b基因(Cyt b) 遗传距离 物种鉴定
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剑尾鱼线粒体细胞色素b基因的序列分析 被引量：12
11
作者 叶星 白俊杰 +2 位作者 劳海华 简清 吴淑勤 《中国实验动物学报》 CAS CSCD 2002年第3期131-134,共4页
目的　克隆和测定剑尾鱼 (Xiphophorushelleri)线粒体细胞色素b基因 (cytb)的全序列。方法　提取剑尾鱼肝脏的总DNA。设计合成特异引物进行PCR扩增。扩增产物经琼脂糖电泳检测、纯化后克隆到pGEM Teasyvectorsystem中的T载体上 ,筛选转... 目的　克隆和测定剑尾鱼 (Xiphophorushelleri)线粒体细胞色素b基因 (cytb)的全序列。方法　提取剑尾鱼肝脏的总DNA。设计合成特异引物进行PCR扩增。扩增产物经琼脂糖电泳检测、纯化后克隆到pGEM Teasyvectorsystem中的T载体上 ,筛选转化子 ,提取质粒 ,酶切鉴定。挑取重组质粒pGEM T xhcytb 11进行序列测定。结果　获得了剑尾鱼线粒体cytb基因的全序列 ,共 114 0bp。结论　用BLAST与GenBank中的线粒体DNA序列进行比较 ,显示剑尾鱼与其他鱼类的cytb基因具有较高的同源性 ;根据剑尾鱼与其他 13种鱼的cytb基因序列同源性所建立的进化树 。 展开更多
关键词 剑尾鱼 线粒体 细胞色素b基因 序列分析
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太湖大银鱼(Protosalanx chinensis)细胞色素b基因序列多态性分析 被引量：12
12
作者 李大命 张彤晴 +1 位作者 唐晟凯 钟立强 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2015年第4期840-845,共6页
为科学保护太湖大银鱼种质资源,制定合理的野生资源保护策略,实现太湖大银鱼资源的可持续发展和利用,以细胞色素b基因(cyt b)作为分子标记,对太湖大银鱼野生群体进行遗传多样性分析。通过PCR扩增与序列测定获得了cyt b基因全长序列(1 14... 为科学保护太湖大银鱼种质资源,制定合理的野生资源保护策略,实现太湖大银鱼资源的可持续发展和利用,以细胞色素b基因(cyt b)作为分子标记,对太湖大银鱼野生群体进行遗传多样性分析。通过PCR扩增与序列测定获得了cyt b基因全长序列(1 141 bp)。在35条同源cyt b基因序列中,A、T、G和C碱基的平均含量分别为21.67%、29.25%、16.71%和32.36%,A+T的含量(50.92%)略高于G+C的含量(49.07%)。Cyt b中共检出13个变异位点,总变异率为1.14%,其中9个为简约信息位点,4个为单一信息位点。35条cyt b序列共定义12个单倍型,单倍型之间的平均遗传距离为0.003,NJ法构建的单倍型系统进化树显示所有单倍型聚为一支,单倍型多样性指数和核苷酸多样性指数分别为0.850±0.045和0.002 96±0.000 17,平均核苷酸差异数为3.378。中性检验分析结果显示Tajima’s D值为0.224 52,且差异不显著(P>0.10),这表明太湖大银鱼种群稳定,没有经历种群扩张。 展开更多
关键词 大银鱼 细胞色素b基因 遗传多样性 太湖
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我国主要地方绵羊品种mtDNA细胞色素b基因PCR-RFLP研究 被引量：12
13
作者 巩元芳 李祥龙 刘铮铸 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第7期649-653,共5页
应用PCRRFLP方法,对我国9个地方绵羊品种和3个引入品种共计120个个体的线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b(cytb)基因进行了分析。结果表明,12种限制性内切酶在所研究的个体中共检测到22个酶切位点,15种限制性态型,其中StuⅠ、EcoRⅠ和MboⅡ表... 应用PCRRFLP方法,对我国9个地方绵羊品种和3个引入品种共计120个个体的线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b(cytb)基因进行了分析。结果表明,12种限制性内切酶在所研究的个体中共检测到22个酶切位点,15种限制性态型,其中StuⅠ、EcoRⅠ和MboⅡ表现出多态,15种限制性态型归结为4种基因单倍型,即单倍型Ⅰ、单倍型Ⅱ、单倍型Ⅲ和单倍型Ⅳ。单倍型Ⅰ为受试绵羊品种的基本单倍型。线粒体DNA细胞色素b基因遗传多态度为0.0142%,说明我国地方绵羊品种线粒体DNA多态度贫乏。 展开更多
关键词 地方绵羊品种 线粒体DNA 细胞色素b基因 PCR-RFLP
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细胞色素b基因序列与7种石首鱼类的系统进化 被引量：15
14
作者 田兰香 梁冰 +2 位作者 张树义 赵盛龙 王日昕 《台湾海峡》 CAS CSCD 2004年第4期436-443,共8页
通过比较一段381bp细胞色素b基因序列,分析了石首鱼科7种石首鱼的系统发育关系.该序列有51个单变异多态位点、128个简约信息多态位点,对应的氨基酸序列有41个氨基酸变异位点.根据Kimura2参数构建的邻接树(NJtree)和最大简约树(MPtree)... 通过比较一段381bp细胞色素b基因序列,分析了石首鱼科7种石首鱼的系统发育关系.该序列有51个单变异多态位点、128个简约信息多态位点,对应的氨基酸序列有41个氨基酸变异位点.根据Kimura2参数构建的邻接树(NJtree)和最大简约树(MPtree)都显示同样的结果:7种石首鱼类构成一个单系群.皮氏叫姑鱼位于单系群的基部,且与其他石首鱼分离时间很早;大黄鱼和棘头梅童鱼亲缘关系最近,并与钩牙皇石首鱼和波纹短须石首鱼构成姐妹群.黄姑鱼和鱼也接近树的基部. 展开更多
关键词 鱼类 多态位点 大黄鱼 亲缘关系 变异 系统进化 黄姑鱼 细胞色素b基因 系统发育关系 序列
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5个湖泊河川沙塘鳢(Odontobutis potamophila)种群线粒体细胞色素b基因的遗传变异分析 被引量：6
15
作者 徐宇 钟立强 +3 位作者 李潇轩 朱锡和 王崇华 史杨白 《湖泊科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第4期693-699,共7页
通过对5个湖泊的河川沙塘鳢种群的线粒体DNA细胞色素b基因进行PCR扩增、测序,获得1141 bp的序列全长.序列分析显示,cyt b基因序列中A+T含量(55.8%)略高于G+C含量(44.2%),共检测到806个多态位点,115个样本得到87个单倍型,平均单倍型多样... 通过对5个湖泊的河川沙塘鳢种群的线粒体DNA细胞色素b基因进行PCR扩增、测序,获得1141 bp的序列全长.序列分析显示,cyt b基因序列中A+T含量(55.8%)略高于G+C含量(44.2%),共检测到806个多态位点,115个样本得到87个单倍型,平均单倍型多样性为0.969±0.012,核苷酸多样性为0.20081±0.00742,遗传多样性表现高度多样性.太湖种群与大纵湖种群间的遗传距离最近,为0.137,巢湖种群和大纵湖种群之间遗传距离最远,为0.424.分子方差分析表明,群体间遗传分化系数Fst为0.531,变异来自群体内及群体间.cyt b基因序列构建的UPGMA系统进化树显示,5个种群分化成不同的分支系谱,种群间存在的基因交流较少. 展开更多
关键词 河川沙塘鳢 线粒体DNA 细胞色素b基因 遗传变异
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从细胞色素b基因序列探讨普氏野马与蒙古马的遗传多态性 被引量：17
16
作者 安丽萍 李正先 +3 位作者 于景文 成述儒 王川 罗玉柱 《甘肃农业大学学报》 CAS CSCD 2006年第5期10-13,共4页
测定了14匹普氏野马(6匹A系和8匹B系)和18匹蒙古马的细胞色素b基因全序列1 140 bp.分析了普氏野马和蒙古马之间的遗传多态性.从GenBank获得10个韩国Cheju马和2个日本家马细胞色素b全序列,以驴的序列作根,用最大简约化法绘制出45个序列... 测定了14匹普氏野马(6匹A系和8匹B系)和18匹蒙古马的细胞色素b基因全序列1 140 bp.分析了普氏野马和蒙古马之间的遗传多态性.从GenBank获得10个韩国Cheju马和2个日本家马细胞色素b全序列,以驴的序列作根,用最大简约化法绘制出45个序列的系统发育树.研究认为:普氏野马与蒙古马遗传关系较近;蒙古马具有多个起源或经过多次驯化;蒙古马、日本家马和韩国Cheju马具有共同的祖先. 展开更多
关键词 普氏野马 细胞色素b基因 遗传多态性
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利用细胞色素b基因全序列分析研究大额牛的母系起源与分类地位 被引量：5
17
作者 李世平 常洪 +3 位作者 马国龙 陈宏宇 冀德君 耿荣庆 《江苏农业科学》 CSCD 北大核心 2007年第5期125-128,共4页
对11头大额牛细胞色素b(cyt b)基因全序列1 140 bp进行分析,共发现96个变异位点,定义了6种单倍型。结合GenBank中牛属(Bos)普通牛、瘤牛、牦牛、印度野牛、林牛和爪哇牛6个近缘种的cyt b基因同源区序列进行分析,以水牛作为外群,分别采... 对11头大额牛细胞色素b(cyt b)基因全序列1 140 bp进行分析,共发现96个变异位点,定义了6种单倍型。结合GenBank中牛属(Bos)普通牛、瘤牛、牦牛、印度野牛、林牛和爪哇牛6个近缘种的cyt b基因同源区序列进行分析,以水牛作为外群,分别采用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建分子系统发育树,得到基本一致的拓扑结构,结果推测大额牛可能是某种现已灭绝的野生牛的后代。同时还指出目前我国有相当比例的大额牛受到外来血统的入侵,我国的大额牛保护工作正面临非常严峻的考验。 展开更多
关键词 大额牛 细胞色素b基因 序列分析 分类 起源
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红鲌属3种鱼类线粒体细胞色素b基因片段序列分析 被引量：4
18
作者 冯晓宇 谢楠 +1 位作者 李行先 许宝青 《西南大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2008年第10期79-83,共5页
测定了红鲌属的翘嘴红鲌、青梢红鲌和蒙古红鲌细胞色素b基因片段序列(1 091 bp),对其碱基组成变异情况及核苷酸序列差异进行了分析,并以红鳍鲌为外类群,用邻接(NJ)法和非加权算术平均对数(UPGMA)法构建系统关系树.结果表明:①4种鱼(包... 测定了红鲌属的翘嘴红鲌、青梢红鲌和蒙古红鲌细胞色素b基因片段序列(1 091 bp),对其碱基组成变异情况及核苷酸序列差异进行了分析,并以红鳍鲌为外类群,用邻接(NJ)法和非加权算术平均对数(UPGMA)法构建系统关系树.结果表明:①4种鱼(包括外类群)Cyt b基因片段序列碱基平均差异为6.2%,变异位点184个,具有简约性信息位点141个,平均转换颠换比为7.4;②测定的红鲌属3种鱼形成一个单系群,其中翘嘴红鲌与青梢红鲌亲缘关系较近. 展开更多
关键词 红鲌属(Erythroculter) 细胞色素b(cytb) 序列分析
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中华鳖(Pelodiscus sinensis)5个不同地理种群细胞色素b基因序列变异及种群遗传结构分析 被引量：18
19
作者 张永正 张海琪 +3 位作者 何中央 徐晓林 李智强 杜建明 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2008年第3期234-239,共6页
利用线粒体细胞色素b基因序列对中华鳖5个不同地理种群(太湖群体、日本群体、江西群体、台湾群体和乌鳖群体)的种群遗传结构进行分析。以特异引物进行PCR扩增,获得了408bp的基因片断序列。序列分析结果表明,在31个中华鳖个体中,共检测... 利用线粒体细胞色素b基因序列对中华鳖5个不同地理种群(太湖群体、日本群体、江西群体、台湾群体和乌鳖群体)的种群遗传结构进行分析。以特异引物进行PCR扩增,获得了408bp的基因片断序列。序列分析结果表明,在31个中华鳖个体中,共检测到17个变异位点,获得8种单倍型。日本群体的2种单倍型在其他4个群体中都未检测到,为该群体所特有,日本种群与其他4个群体的遗传距离最远。除日本群体缺乏主体单倍型外,其他4个群体共同拥有主体单倍型Hap.1,江西群体、台湾群体和乌鳖群体的单倍型类型都和其他群体共同享有,没有其特异的单倍型。MP法和NJ法构建的系统发生树显示日本群体的两种单倍型以很高的置信度聚成一支,这与其地理分布存在一定的相关性,其序列上的差异,可以成为种群鉴别的分子标记;另外4个群体的6种单倍型聚合成一大支,但同一个地理区域的群体并未聚成一类,未按照地理位置形成明显的地理格局。 展开更多
关键词 中华鳖 线粒体DNA 细胞色素b基因 序列分析 种群遗传结构
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二倍体泥鳅线粒体细胞色素b基因的序列分析 被引量：3
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作者 杨承泰 王卫民 +1 位作者 曹玲 姬伟 《水产科学》 CAS 北大核心 2007年第12期652-655,共4页
对二倍体泥鳅的线粒体细胞色素b基因进行PCR扩增和正反测序,在5个个体中均得到序列一致的细胞色素b基因片断,长度为1140 bp,A、T、G、C含量分别为313(28%)、358(31%)、170(15%)、300(26%),A+T>C+G,与其他水生动物相同基因片段碱基序... 对二倍体泥鳅的线粒体细胞色素b基因进行PCR扩增和正反测序,在5个个体中均得到序列一致的细胞色素b基因片断,长度为1140 bp,A、T、G、C含量分别为313(28%)、358(31%)、170(15%)、300(26%),A+T>C+G,与其他水生动物相同基因片段碱基序列含量相似,该基因中密码子第1位核苷酸中4种碱基组成较为均衡;第2位核苷酸中T的使用率较高,为33.4%,G的使用率较低,为17.1%;密码子第3位A的使用率高,为34.2%,而G的使用率较低,仅为7.9%;由泥鳅细胞色素b基因片断推导出对应的氨基酸序列,在氨基酸序列中Leu占11.%,远高于其他氨基酸。 展开更多
关键词 泥鳅 二倍体 细胞色素b基因 序列
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