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基于线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ基因序列的帘蛤科贝类分子系统发育研究 被引量:11
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作者 程汉良 彭永兴 +5 位作者 董志国 易乐飞 孟学平 申欣 周旻纯 陈冬勤 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第9期2744-2753,共10页
对21种帘蛤科贝类线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidase subunit I,COI)基因核苷酸序列进行了分析,以探讨这一序列在种质鉴定、分子系统发生研究中的应用价值。测序结果表明,所有物种扩增片段长度均为707 bp(含引物),序列... 对21种帘蛤科贝类线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidase subunit I,COI)基因核苷酸序列进行了分析,以探讨这一序列在种质鉴定、分子系统发生研究中的应用价值。测序结果表明,所有物种扩增片段长度均为707 bp(含引物),序列A+T含量(62.4%—67.8%)明显高于G+C含量。物种间共有变异位点379个,其中简约信息位点334个;此区段共编码235个氨基酸,种间共有氨基酸变异位点100个。以COI基因片段序列为标记,用中国蛤蜊(Mactra chinensis)作外群,构建了35种帘蛤科贝类(其中14种贝类COI序列从GenBank下载)的系统发生树,结合拓扑结构分析和序列比对分析,结果表明:支持将短文蛤(Meretrix petechinalis)和丽文蛤(M.lusoria)订为文蛤(M.meretrix)的同物异名的观点,建议将丽文蛤和短文蛤订为文蛤的地理亚种;支持将薄片镜蛤(Dosinia corrugata)和D.angulosa订为2个独立种的观点;认为将波纹巴非蛤(Paphia undulata)和织锦巴非蛤(P.textile)订为2个独立种是合适的。COI基因序列含有丰富的遗传信息,适合作为帘蛤科贝类种群遗传结构和系统发生研究的分子标记。 展开更多
关键词 帘蛤科 线粒体DNA 细胞色素c氧化酶亚基 系统发生
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基于细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ序列的DNA微条形码技术鉴别11种生鲜肉制品掺假的研究 被引量:3
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作者 励炯 吴琼 +2 位作者 扈明洁 金朦娜 邱红钰 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期52-59,共8页
建立并优化了基于细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome C oxidase subunitⅠ,COⅠ)序列的DNA微条形码(DNA mini-barcoding)技术,以检测生鲜肉制品中11种常见肉类的掺假情况。样品经真空冷冻干燥处理、提取DNA后,采用通用引物进行聚合酶链... 建立并优化了基于细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome C oxidase subunitⅠ,COⅠ)序列的DNA微条形码(DNA mini-barcoding)技术,以检测生鲜肉制品中11种常见肉类的掺假情况。样品经真空冷冻干燥处理、提取DNA后,采用通用引物进行聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增,目标条带扩增产物经切胶、回收、纯化后,进行克隆测序,并将测序结果提交到GenBank数据库(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)中进行Blast比对,筛选出适合猪肉、牛肉、羊肉、鸡肉、鸭肉、鸽子肉、马肉、驴肉、鹅肉、兔肉、鼠肉等11种肉类扩增的通用引物COⅠ-A,并对PCR扩增条件进行优化,建立18个掺假模型,以对低经济价值肉类的最低掺入比例进行考察验证。结果表明:11种肉类的PCR扩增效率均为100%。在这18个掺假模型中,牛肉和羊肉中掺入6种低经济价值肉类(猪肉、鸡肉、鸭肉、马肉、驴肉、鼠肉)的最低检出比例均为5%,而在鹅肉、鸽子肉和兔肉中其最低检出比例为10%。本方法前处理简单,灵敏度高,重现性好,可作为高经济价值生鲜肉制品中掺假低经济价值肉类的有效检测方法。 展开更多
关键词 DNA微条形码 肉制品 细胞色素c氧化酶亚基序列 掺假
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基于细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ序列位点特异性聚合酶链反应鉴别鹿茸及其伪品 被引量:1
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作者 杨重晖 尹程程 +7 位作者 宋文博 荆礼 陈昊媛 杨洋 李芳宇 刘莉 赵大庆 齐滨 《世界中医药》 CAS 2020年第10期1381-1385,共5页
目的:基于细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)序列建立一种新的PCR鉴定方法,以快速鉴别出梅花鹿、马鹿茸片与驯鹿茸片。方法:采集不同来源的鹿茸片共60批。通过比较梅花鹿、马鹿与驯鹿等其他伪品的COⅠ基因序列差异,根据SNP鉴别位点设计梅花... 目的:基于细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)序列建立一种新的PCR鉴定方法,以快速鉴别出梅花鹿、马鹿茸片与驯鹿茸片。方法:采集不同来源的鹿茸片共60批。通过比较梅花鹿、马鹿与驯鹿等其他伪品的COⅠ基因序列差异,根据SNP鉴别位点设计梅花鹿茸、马鹿茸同驯鹿茸的鉴别引物Cne-F、Rt-F、Co-R,并对影响聚合酶链反应(PCR)结果的主要因素变性时间、退火温度、退火时间、延伸时间等进行方法学考察和优化。结果:该实验构建的双位点特异PCR鉴别体系,基于COⅠ的鉴别位点,可通过PCR扩增获得294 bp的梅花鹿、马鹿特异片段,而产生514 bp的驯鹿特异片段,伪品及阴性对照无条带。结论:该实验建立对梅花鹿、马鹿及驯鹿等其他伪品鹿茸的PCR鉴别方法简便、可靠。 展开更多
关键词 鹿茸 细胞色素c氧化酶亚基 DNA 位点特异性 聚合酶链反应 分子鉴定
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血吸虫细胞色素C氧化酶亚基I基因的克隆与近缘种属关系分析 被引量:1
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作者 陈思礼 刘丽 陈鹏 《华中师范大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期481-485,共5页
从生物化学的角度比较血吸虫不同虫株的遗传进化差异.以日本血吸虫湖北株成虫基因组总DNA为模板,设计特异性引物扩增获取血吸虫线粒体细胞色素C氧化酶基因片段,转化大肠杆菌DH5α,筛选阳性克隆,测序,对克隆得到的coⅠ基因作进化分析.结... 从生物化学的角度比较血吸虫不同虫株的遗传进化差异.以日本血吸虫湖北株成虫基因组总DNA为模板,设计特异性引物扩增获取血吸虫线粒体细胞色素C氧化酶基因片段,转化大肠杆菌DH5α,筛选阳性克隆,测序,对克隆得到的coⅠ基因作进化分析.结果表明:无论是在核苷酸序列还是在氨基酸序列上,日本血吸虫湖北株与其近地域株(云南、江苏、湖南)均具有较高的同源性,coⅠ基因的相似性分别为98%、98%和97%,但与不同种属血吸虫(曼氏、湄公、埃及、马来)的一致性则较低,分别为76%、84%、76%、85%,由此证实日本血吸虫湖北株与其它近地域株具有较近的亲缘关系. 展开更多
关键词 日本血吸虫 细胞色素c氧化酶亚基基因 克隆 近缘关系分析
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洪泽湖大银鱼(Protosalanx hyalocranius)Cytb和COⅠ基因序列多态性分析 被引量:19
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作者 李大命 李康 +6 位作者 张彤晴 唐晟凯 刘燕山 刘小维 穆欢 黄越峰 潘建林 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2017年第6期25-31,共7页
为揭示我国洪泽湖大银鱼(Protosalanx hyalocranius)遗传多样性现状,科学保护和合理利用大银鱼种质资源,采用线粒体细胞色素b基因(Cytb)和细胞色素c氧化酶Ⅰ亚基基因(COⅠ)序列,分析了洪泽湖40尾大银鱼的遗传多样性。通过PCR扩增与序列... 为揭示我国洪泽湖大银鱼(Protosalanx hyalocranius)遗传多样性现状,科学保护和合理利用大银鱼种质资源,采用线粒体细胞色素b基因(Cytb)和细胞色素c氧化酶Ⅰ亚基基因(COⅠ)序列,分析了洪泽湖40尾大银鱼的遗传多样性。通过PCR扩增与序列测定分别获得了长度为1141 bp和630 bp的Cytb和COⅠ基因序列。40条Cytb基因序列碱基A、T、G和C的平均含量分别为21.7%、29.3%、16.7%和32.3%,检出6个变异位点,定义7个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.775和0.00129,碱基平均差异数为1.469。40条COⅠ基因序列碱基A、T、G和C的平均含量分别为21.6%、26.0%、19.2%和33.2%,检出5个变异位点,定义6个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.700和0.00207,平均碱基差异数是1.303。Cytb及COⅠ基因单倍型之间的遗传距离较小,且NJ系统进化树聚为一支,说明大银鱼单倍型没有出现遗传分化。Fu’s F_s中性检验结果和碱基歧点分布图均表明,洪泽湖大银鱼近期经历了种群扩张事件。 展开更多
关键词 遗传多样性 细胞色素B基因 细胞色素c氧化酶亚基基因 大银鱼 洪泽湖
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浙江省不同地理株白纹伊蚊mtDNA-COⅠ基因多态性研究 被引量:12
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作者 郭颂 凌锋 +3 位作者 王金娜 吴瑜燕 侯娟 龚震宇 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期133-136,147,共5页
目的比较浙江省不同地理区域白纹伊蚊种群线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(mtDNA-COⅠ)序列的多态性,探讨其遗传特征。方法采集登革热历史流行区和非流行区的白纹伊蚊雌性成蚊,PCR扩增COⅠ基因,测序后结合Genbank中获得的各地白纹伊蚊序列... 目的比较浙江省不同地理区域白纹伊蚊种群线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(mtDNA-COⅠ)序列的多态性,探讨其遗传特征。方法采集登革热历史流行区和非流行区的白纹伊蚊雌性成蚊,PCR扩增COⅠ基因,测序后结合Genbank中获得的各地白纹伊蚊序列进行比对,分析基因特征和种群分化并构建系统进化树。结果用于分析的线粒体COⅠ基因长度为686bp,碱基A+T平均含量为67.8%,G+C平均含量为32.2%,变异位点中包括15个碱基转换位点和3个颠换位点。96个个体中存在20个单倍型,整体单倍型多样性为0.497,核酸多样性为0.717,核酸平均差异数为0.001 05。衢州、温州苍南和丽水的白纹伊蚊COⅠ序列多态性高于其它地区,且温州苍南和衢州白纹伊蚊种群与其它地区白纹伊蚊种群存在中等遗传分化。结论浙江省不同地理株白纹伊蚊COⅠ序列表现出一定程度的遗传多态性和的遗传分化,可能由环境、气候和人文因素综合所致。 展开更多
关键词 白纹伊蚊 细胞色素c氧化酶亚基 多态性
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利用COⅠ和Cytb序列探讨东海区3种鲳属鱼类的种群遗传结构 被引量:14
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作者 孙鹏 彭士明 +1 位作者 尹飞 施兆鸿 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2011年第4期398-404,共7页
通过对COⅠ和Cytb序列的分析,研究了银鲳(Pampus argenteus)、灰鲳(P.cinereus)和翎鲳(P.punctatissimus)3种东海区重要鲳属鱼类群体的种群遗传结构。在62个鲳属鱼类样本中分别检出COⅠ和Cytb单倍型21个和27个,发现变异位点125个和176... 通过对COⅠ和Cytb序列的分析,研究了银鲳(Pampus argenteus)、灰鲳(P.cinereus)和翎鲳(P.punctatissimus)3种东海区重要鲳属鱼类群体的种群遗传结构。在62个鲳属鱼类样本中分别检出COⅠ和Cytb单倍型21个和27个,发现变异位点125个和176个。东海区的3种鲳属鱼类种群中,翎鲳的单倍型多样性(h)与核苷酸多样性(Pi)水平均为最高(在COⅠ序列中分别为0.779和0.003 25,在Cytb序列中分别为0.847和0.003 33),而银鲳和灰鲳的h和Pi水平较低。FU’S FS中性检验和歧点分布分析结果显示,3种鲳属鱼类种群均经历了种群扩张现象。结果表明,3种鲳属鱼类均经历过种群瓶颈效应,处于瓶颈效应后的增长期,遗传多样性水平较低,应采取一些有效的保护措施,以避免其遗传多样性水平的进一步丧失。本研究结果可以为鲳属鱼类资源的合理开发利用和保护提供必要的参考。 展开更多
关键词 鲳属鱼类 细胞色素c氧化酶亚基(cO) 细胞色素B 种群遗传结构
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高邮湖大银鱼、太湖新银鱼Cytb和COⅠ基因序列多态性分析 被引量:12
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作者 李大命 孙文祥 +5 位作者 许飞 唐晟凯 刘燕山 谷先坤 刘小维 张彤晴 《水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期258-264,共7页
为探明高邮湖大银鱼、太湖新银鱼野生资源状况,利用线粒体DNA Cytb和COⅠ基因序列,对高邮湖大银鱼、太湖新银鱼的遗传多样性水平及遗传结构进行分析。试验结果显示,大银鱼Cytb基因序列全长1141 bp,其中多态性位点14个,共定义12个单倍型... 为探明高邮湖大银鱼、太湖新银鱼野生资源状况,利用线粒体DNA Cytb和COⅠ基因序列,对高邮湖大银鱼、太湖新银鱼的遗传多样性水平及遗传结构进行分析。试验结果显示,大银鱼Cytb基因序列全长1141 bp,其中多态性位点14个,共定义12个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.871±0.031和0.00172±0.00019,具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性特征。COⅠ基因片段长度为630 bp,其中多态位点5个,共定义6个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.747±0.041和0.00202±0.00019,具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性特征;太湖新银鱼Cytb基因序列全长1141 bp,其中多态性位点13个,共定义9个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.609±0.078和0.00094±0.00027,具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性特征。COⅠ基因片段长度为630 bp,其中多态位点2个,共定义3个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.232±0.085和0.00038±0.00014,呈现低单倍型多样性和低核苷酸多样性。大银鱼和太湖新银鱼Tajima′s D和Fu′Fs中性检验值为负值,且歧点分布曲线呈单峰型,表明历史上经历过种群扩张。研究结果表明,应通过多种措施加强高邮湖银鱼种质资源保护。 展开更多
关键词 大银鱼 太湖新银鱼 细胞色素B基因 细胞色素c氧化酶亚基基因 遗传多样性 高邮湖
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光肩星天牛mtDNACOⅠ基因遗传差异的研究 被引量:9
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作者 安榆林 杨晓军 +3 位作者 林晓佳 师丽敏 黄晓明 陈建东 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2006年第5期77-83,共7页
应用PCR直接测序法对不同地理来源的24个光肩星天牛、4个不同地理来源的黄斑星天牛及8个近缘种样品和花柳曲窄吉丁共37个样品的线粒体mtDNACOⅠ基因中一段504bp的序列进行测序。序列分析结果表明:光肩星天牛与其近缘种、外缘种间存在明... 应用PCR直接测序法对不同地理来源的24个光肩星天牛、4个不同地理来源的黄斑星天牛及8个近缘种样品和花柳曲窄吉丁共37个样品的线粒体mtDNACOⅠ基因中一段504bp的序列进行测序。序列分析结果表明:光肩星天牛与其近缘种、外缘种间存在明显规律性差异;中国、美国、韩国等不同地理来源的光肩星天牛样品间存在一定的基因差异,并呈现出中国北方、中国南方、美国和韩国4个种群的特征,此研究结果不支持“美国的光肩星天牛是从中国传入的”的观点;光肩星天牛和黄斑星天牛样品间的差异较小,并未达到种级分类水平,应归为同1个种。 展开更多
关键词 光肩星天牛 线粒体DNA 细胞色素c氧化酶亚基基因 遗传差异
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基于COⅠ序列分析东海区四指马鲅(Eleutheronema tetradactylum)的种群遗传结构 被引量:12
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作者 林少珍 王丹丽 +1 位作者 王亚军 严小军 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期1261-1265,共5页
采用COⅠ基因片段研究了东海区象山(XS)、乐清(YQ)和宁德(ND)三个四指马鲅群体的遗传多样性和种群遗传结构。在90个四指马鲅个体中,共检出单倍型13个,包括变异位点23个,其中简约信息位点14个。在三个种群中,YQ群体具有最高的单倍型多样... 采用COⅠ基因片段研究了东海区象山(XS)、乐清(YQ)和宁德(ND)三个四指马鲅群体的遗传多样性和种群遗传结构。在90个四指马鲅个体中,共检出单倍型13个,包括变异位点23个,其中简约信息位点14个。在三个种群中,YQ群体具有最高的单倍型多样性和核苷酸多样性水平,但整体上,三个群体的遗传变异水平均比较低。中性检验结果表明,三个群体内部在分子水平可能存在自然选择作用。NJ系统发生分析发现,YQ部分单倍型与XS和ND群体聚在一起,而与另一部分YQ群体遗传分化较大。AMOVA分析显示,遗传差异主要来自于群体内部(79.66%)。 展开更多
关键词 四指马鲅 细胞色素c氧化酶亚基(cO) 种群结构 遗传多样性
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橡实象虫等25种昆虫线粒体COⅠ基因的遗传多样性及系统进化分析 被引量:10
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作者 杨瑞生 钟亮 +4 位作者 姜义仁 石生林 刘彦群 夏润玺 秦利 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期985-992,共8页
橡实象虫(Curculio arakawai)是象甲科中危害柞树种子和嫩芽的重要害虫。为探讨利用线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因的特定区段作为DNA条形码快速准确识别橡实象虫的可行性,克隆了3个橡实象虫线粒体COⅠ基因5'端长度约556 b... 橡实象虫(Curculio arakawai)是象甲科中危害柞树种子和嫩芽的重要害虫。为探讨利用线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因的特定区段作为DNA条形码快速准确识别橡实象虫的可行性,克隆了3个橡实象虫线粒体COⅠ基因5'端长度约556 bp的片段(GenBank登录号:JN258957,JN258958,JN258959),并与鞘翅目、鳞翅目、双翅目共24种昆虫的同源片段进行碱基组成多样性和系统进化分析。序列分析结果显示:橡实象虫与其它24种昆虫的COⅠ基因序列呈现丰富的遗传多样性,碱基位点的变异率为48.2%,序列平均差异为19.7%;COⅠ基因序列的AT含量(69.9%)明显高于GC含量(30.1%),存在显著的AT使用倾向性;碱基替换模式颠换大于转换,碱基替换数与物种两两遗传距离呈明显的线性关系;COⅠ基因序列的碱基变异速率较快的位点主要集中在序列中间区域的210~390 bp。基于COⅠ基因序列构建的NJ、ME和MP系统进化树均显示橡实象虫与鞘翅目象甲科(Curculionidae)昆虫的进化关系最近,聚在一起形成一个分支,鳞翅目等其它昆虫聚在一起形成另外一个分支;橡实象虫与鞘翅目象甲科Kyklioacalles属昆虫间遗传距离最小,与鳞翅目丝角蝶科Macrosoma sp.属昆虫间的遗传距离最大。根据COⅠ基因序列的多样性,能将橡实象虫明显地与其它昆虫区分开。 展开更多
关键词 柞树害虫 橡实象虫 细胞色素c氧化酶亚基 遗传多样性 系统进化
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基于COⅠ基因的厦门海域鱼类DNA条形码鉴定 被引量:12
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作者 邢炳鹏 林汝榕 +1 位作者 王彦国 张稚兰 《应用海洋学学报》 CSCD 北大核心 2016年第1期144-150,共7页
为研究DNA条形码技术在厦门海域鱼类分类鉴定中的可行性,随机选取了厦门海域23种鱼类样品进行COⅠ基因扩增,结果共获取23条序列,平均长度为656 bp,序列中T、C、G、A碱基的平均含量分别为:29.40%、28.10%、18.40%、24.10%.样品种内、种... 为研究DNA条形码技术在厦门海域鱼类分类鉴定中的可行性,随机选取了厦门海域23种鱼类样品进行COⅠ基因扩增,结果共获取23条序列,平均长度为656 bp,序列中T、C、G、A碱基的平均含量分别为:29.40%、28.10%、18.40%、24.10%.样品种内、种间、科内和目内的遗传距离(K2P)分别为:0.21%,20.50%、24.47%和25.62%,遗传距离随着分类阶元的提高而增大,种间遗传距离明显大于种内遗传距离.所选厦门海域鱼类样品仅蓝圆鯵鉴定到圆鯵属,未能鉴定到种,其余22种全部鉴定到种,表明COⅠ基因序列可以作为鱼类分类鉴定的有效DNA条形码. 展开更多
关键词 海洋生物学 鱼类 细胞色素c氧化酶亚基基因 DNA条形码 物种鉴定 厦门海域
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基于COⅠ和Cytb基因的浙江不同抗性水平二化螟种群的遗传结构分析 被引量:5
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作者 鲁艳辉 郭嘉雯 +3 位作者 田俊策 薛钊鸿 郑许松 吕仲贤 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2022年第11期2462-2470,共9页
本研究利用线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)和细胞色素b(Cytb)基因的遗传学方法分析了浙江省8个不同抗性水平二化螟地理种群的遗传多样性及种群遗传结构。种群遗传多样性分析表明:PCR扩增测序分别获得长度为627 bp的COⅠ基因片段和长... 本研究利用线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)和细胞色素b(Cytb)基因的遗传学方法分析了浙江省8个不同抗性水平二化螟地理种群的遗传多样性及种群遗传结构。种群遗传多样性分析表明:PCR扩增测序分别获得长度为627 bp的COⅠ基因片段和长度为455 bp的Cytb基因片段。355条同源COⅠ序列监测出了68个多态性位点,其中单突变位点22个,简约突变位点46个,共定义了85个单倍型,每个群体的平均单倍型为18.25个,其中瑞安(RA)种群中单倍型最多,为27个单倍型。326条Cytb同源序列监测出了45个多态性位点,其中单突变位点19个,简约突变位点26个,共定义了64个单倍型,每个群体的平均单倍型为14.375个,其中乐清(YQ)种群中单倍型最多,为25个单倍型。此外,各群体中最高的单倍型多样度h分别为0.8963和0.9344,反映出二化螟群体较低的遗传多样性水平。种群遗传结构分析表明:二化螟不同地理种群间遗传变异大多数来自于群体内个体间,占80.30%(COⅠ基因)和78.16%(Cytb基因)。较少部分的遗传差异来自于组间,仅占19.43%(COⅠ基因)和21.22%(Cytb基因)。单倍型网络关系图未表现出显著的地理谱系结构,Mantel相关性检测显示,遗传距离与地理距离之间无显著相关性。单倍型邻接树也没有明显分支,未呈现出地域性差异。该研究结果为浙江省不同抗性水平二化螟种群间交流和二化螟的防控提供了基础资料。 展开更多
关键词 二化螟 细胞色素c氧化酶亚基 细胞色素B 遗传多样性 遗传结构 抗性
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栎黄掌舟蛾线粒体DNA COⅠ基因的碱基组成及系统进化分析 被引量:3
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作者 杨瑞生 姜义仁 +2 位作者 石生林 刘彦群 秦利 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期433-441,共9页
栎黄掌舟蛾(Phalera assimilis)是危害柞树的主要食叶害虫之一。克隆了栎黄掌舟蛾不同个体线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(mtDNA COⅠ)基因5'端709 bp片段序列(GenBank登录号:KC573812~KC573814),通过与其它鳞翅目昆虫的同源序列比对... 栎黄掌舟蛾(Phalera assimilis)是危害柞树的主要食叶害虫之一。克隆了栎黄掌舟蛾不同个体线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(mtDNA COⅠ)基因5'端709 bp片段序列(GenBank登录号:KC573812~KC573814),通过与其它鳞翅目昆虫的同源序列比对,分析栎黄掌舟蛾mtDNA COⅠ基因序列片段的碱基组成及系统进化特点,从分子水平准确鉴定该柞树害虫。栎黄掌舟蛾及其比对昆虫的mtDNA COⅠ基因片段序列中,T、C、A、G 4种碱基的平均含量分别为39.8%、14.8%、30.9%、14.5%,密码子第3位点的A+T含量最高达94.2%,显著高于第1位点(59.9%)和第2位点(58.3%),碱基使用显著倾向于T(AT平均偏倚度为-0.125 9);在709 bp的序列片段中,16.36%为简约信息位点,4.51%为单突变位点,碱基转换略高于颠换,R值为1.2;不同昆虫mtDNA COⅠ基因序列间的平均遗传距离为0.054 1。克隆的栎黄掌舟蛾mtDNA COⅠ基因序列片段的T、C、A、G 4种碱基平均含量分别为38.7%、15.2%、31.3%、14.8%;所有样本的mtDNA COⅠ基因序列碱基替换数均与遗传距离呈显著线性关系。系统进化分析显示,栎黄掌舟蛾等掌舟蛾属(Phalera)昆虫与Datana属、Antheua属昆虫的亲缘关系最近,形成进化群Ⅰ,其它属种昆虫聚集形成进化群Ⅱ。研究结果表明,mtDNA COⅠ基因序列片段能作为DNA条形码将栎黄掌舟蛾与其它鳞翅目昆虫区分开。 展开更多
关键词 柞树害虫 栎黄掌舟蛾 细胞色素c氧化酶亚基 碱基组成 分子进化
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福建省常见尸食性蝇类的COⅠ及16S rDNA序列鉴定 被引量:3
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作者 卓荦 毛佳雄 +4 位作者 陈建山 宋鹏 林澍 夏胜海 陈煌 《法医学杂志》 CAS CSCD 2020年第6期749-754,共6页
目的利用线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidase subunitⅠ,COⅠ)以及16S核糖体脱氧核糖核酸(ribosomal deoxyribonucleic acid,rDNA)基因片段序列对福建省常见尸食性蝇类种属进行分子鉴定,探讨两种遗传标记的鉴别效力。方... 目的利用线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidase subunitⅠ,COⅠ)以及16S核糖体脱氧核糖核酸(ribosomal deoxyribonucleic acid,rDNA)基因片段序列对福建省常见尸食性蝇类种属进行分子鉴定,探讨两种遗传标记的鉴别效力。方法收集福建9个地区案件现场捕获的常见尸食性蝇类样本22只,经形态学鉴定后提取DNA,扩增COⅠ及16S rDNA基因片段,测序后上传GeneBank数据库,使用BLAST、MEGA 10.0软件进行序列比对、同源性分析以及种内和种间遗传距离分析,并采用非加权组平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA)分别构建福建省常见尸食性蝇类COⅠ及16S rDNA基因片段序列的系统发育树。结果经形态学鉴定,共收集到3科5属6种常见尸食性蝇类。基因序列分析结果显示,16S rDNA基因片段序列的种间遗传距离均数为1.8%~8.9%,种内遗传距离均数为0.0%~2.4%;COⅠ基因片段序列的种间遗传距离均数为7.2%~13.6%,种内遗传距离均数为0.0%~6.3%。结论COⅠ和16S rDNA基因片段序列均能够对不同蝇种的种属进行鉴别,16S rDNA对于福建省常见丽蝇科尸食性蝇类的种属鉴别价值更高。 展开更多
关键词 法医病理学 法医遗传学 法医昆虫学 尸食性蝇类 聚类分析 细胞色素c氧化酶亚基 16S核糖体脱氧核糖核酸 福建
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COⅠ基因序列在蛇鳗科鱼类种类鉴定中的适用性研究 被引量:6
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作者 张稚兰 林汝榕 邢炳鹏 《应用海洋学学报》 CSCD 北大核心 2017年第3期411-416,共6页
为研究DNA条形码技术在蛇鳗科鱼类分类鉴定中的可行性,选取了蛇鳗科7属10种36个个体进行COⅠ基因扩增,结果共获取36条基因序列,平均长度为655 bp,序列中T、C、G、A碱基的平均含量分别为:27.50%、28.10%、26.00%、18.40%,A+T含量均高于5... 为研究DNA条形码技术在蛇鳗科鱼类分类鉴定中的可行性,选取了蛇鳗科7属10种36个个体进行COⅠ基因扩增,结果共获取36条基因序列,平均长度为655 bp,序列中T、C、G、A碱基的平均含量分别为:27.50%、28.10%、26.00%、18.40%,A+T含量均高于50%.样品种内、种间和属间的遗传距离(K2P)分别为:0.52%、20.07%、23.96%,遗传距离随着分类阶元的提高而增大,种间遗传距离是种内遗传距离的38.59倍,符合Hebert提出的相差10倍的物种鉴定标准,表明COⅠ基因序列可以作为蛇鳗科鱼类分类鉴定的有效DNA条形码. 展开更多
关键词 海洋生物学 蛇鳗科 细胞色素c氧化酶亚基基因 DNA条形码 物种鉴定
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洛阳地区9种嗜尸性丽蝇28S rRNA和COⅠ基因序列分析 被引量:2
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作者 赵琳琳 翟仙敦 +3 位作者 郑哲 吕宙 李永林 莫耀南 《法医学杂志》 CAS CSCD 2019年第2期181-186,共6页
目的评价9种嗜尸性丽蝇的细胞核28S核糖体核糖核酸(ribosomalribonucleic acid,rRNA)和线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidase subunitⅠ,COⅠ)基因序列在常见嗜尸性丽蝇种属鉴定中应用的可行性,为推断死亡时间提供技术支... 目的评价9种嗜尸性丽蝇的细胞核28S核糖体核糖核酸(ribosomalribonucleic acid,rRNA)和线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidase subunitⅠ,COⅠ)基因序列在常见嗜尸性丽蝇种属鉴定中应用的可行性,为推断死亡时间提供技术支持。方法收集洛阳地区常见嗜尸性丽蝇标本23只,经形态学鉴定后,提取腿部DNA,扩增并测序细胞核28S rRNA和线粒体COⅠ基因片段,通过BLAST搜索进行序列比对,并分析所得序列的碱基组成,建立种内及种间进化分歧率,用邻接法构建系统发育树。结果形态学鉴定23只嗜尸性丽蝇归属于5属9种。获得28S rRNA中715bp和COⅠ基因中637bp的序列,在线BLAST比对结果显示相似度达99%以上,系统发育树显示9种蝇类可以较好聚类,与形态学鉴定结果一致。28S rRNA基因序列的种内差异为0,种间差异为0.001~0.033;COⅠ基因序列的种内差异为0~0.008,种间差异为0.006~0.101。结论联合28S rRNA和COⅠ靶基因序列片段可以有效区分本研究中的9种嗜尸性丽蝇,但对于近缘种的判定需要更多遗传标记的开发和联合应用。 展开更多
关键词 法医病理学 法医遗传学 法医昆虫学 嗜尸性蝇类 丽蝇科 28S核糖体核糖核酸 细胞色素c氧化酶亚基 死亡时间 洛阳
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以线粒体COⅠ基因探讨萧氏松茎象的分类地位 被引量:1
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作者 栾丰刚 丁俊杰 +1 位作者 何龙喜 王建国 《江西农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第5期906-913,共8页
用蛋白酶K消化法提取萧氏松茎象总DNA,并对细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidaseⅠgene,COⅠ)序列分析发现,COⅠ序列4种核苷酸量平均为A=30.2%,C=17.3%,G=15.4%,T=37.0%。将所获得的5个不同地区萧氏松茎象个体COⅠ序列排序后,比... 用蛋白酶K消化法提取萧氏松茎象总DNA,并对细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidaseⅠgene,COⅠ)序列分析发现,COⅠ序列4种核苷酸量平均为A=30.2%,C=17.3%,G=15.4%,T=37.0%。将所获得的5个不同地区萧氏松茎象个体COⅠ序列排序后,比较形成了一个含1 209个位点的矩阵,其中1 174个不变位点,35个变异位点,所占比例为2.89%,序列的A+T含量较高。遗传距离、核酸和氨基酸变异及系统发育树分析表明:萧氏松茎象与树皮象属亲缘关系最近,且分子水平上萧氏松茎象与树皮象属之间较之树皮象属内种间无明显差异,对目前的分类地位提出质疑。 展开更多
关键词 细胞色素c氧化酶亚基 萧氏松茎象 分类 系统学
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加味楂曲饮对实验性非酒精性脂肪肝大鼠COXⅠ mRNA及其蛋白水平的影响 被引量:1
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作者 张传涛 杨鸿 +3 位作者 郭尹玲 周道杰 周显华 郑政隆 《辽宁中医杂志》 CAS 2014年第7期1518-1520,共3页
目的:研究加味楂曲饮(JWZQY)干预非酒精性脂肪肝(NAFLD)的部分作用机制。方法:高脂饲料造模,空白组、模型组大鼠灌服等体积生理盐水,低、中剂量组分别灌服等体积含1 g/mL、2 g/mL浓度JWZQY溶液,荧光定量PCR法检测肝组织细胞色素C氧化酶... 目的:研究加味楂曲饮(JWZQY)干预非酒精性脂肪肝(NAFLD)的部分作用机制。方法:高脂饲料造模,空白组、模型组大鼠灌服等体积生理盐水,低、中剂量组分别灌服等体积含1 g/mL、2 g/mL浓度JWZQY溶液,荧光定量PCR法检测肝组织细胞色素C氧化酶Ⅰ(Cytochrome CoxidaseⅠ,COXⅠ)mRNA水平,Western Bloting法检测肝组织COXⅠ蛋白表达水平。结果:中剂量JWZQY干预后,大鼠COXⅠmRNA及蛋白水平均显著升高(P<0.01),与低剂量组比较,中剂量COXⅠmRNA及蛋白水平差异有统计学意义(P<0.01,P<0.05)。结论:JWZQY可增强COXⅠmRNA及蛋白表达,推测JWZQY防治非酒精性脂肪肝可能与影响线粒体功能有关。 展开更多
关键词 加味楂曲饮 非酒精性脂肪肝病 细胞色素c氧化酶
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基于线粒体COXⅠ基因变异探讨国内外猪种的遗传多样性及系统进化研究 被引量:1
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作者 周秀敏 杨永江 +2 位作者 毕英杰 任卫合 张丽 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2017年第8期1271-1280,共10页
基于mtDNA COXⅠ基因,探讨了6个猪种687个样本(大白猪、长白猪、杜洛克、藏猪、甘肃黑猪和八眉猪)的遗传多样性和各猪种间的亲缘关系。对各猪种样本mtDNACOXⅠ基因构建混合池,并利用直接测序技术获得6个猪种COXⅠ基因的序列,采用MEGA 6.... 基于mtDNA COXⅠ基因,探讨了6个猪种687个样本(大白猪、长白猪、杜洛克、藏猪、甘肃黑猪和八眉猪)的遗传多样性和各猪种间的亲缘关系。对各猪种样本mtDNACOXⅠ基因构建混合池,并利用直接测序技术获得6个猪种COXⅠ基因的序列,采用MEGA 6.0分析软件基于Kimurk双参数模型应用邻接法构建系统发生树。结果表明,6个猪种mtDNA COXⅠ基因序列共存在21个突变位点,其中8个突变为各群体特有。长白猪与杜洛克猪的多态性较丰富,含有13个相同位点的突变,核苷酸的转换数(si)和颠换数(sv)的比值(R)分别为12和15,序列替换远未达到饱和。而藏猪、黑猪和八眉猪的多态性较贫乏。系统进化树和遗传距离分析显示,6个猪种及野猪先聚为一支而后与同属为偶蹄目的牛、羊聚为一支,3个地方猪种间遗传距离较近。外来猪种引入中国后主要是用作父本以提高生产速度和瘦肉率等,对本地猪种未有母系贡献,线粒体COXⅠ基因可有效区别6个猪种的亲缘关系,在一定程度上为中国地方猪品种的有效保护和合理利用提供理论依据。 展开更多
关键词 线粒体细胞色素c氧化酶亚基 系统地理学
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