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半滑舌鳎细胞分裂周期蛋白42基因克隆与结构预测
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作者 刘厚孚 谭静 +3 位作者 胡秀彩 管振国 吕爱军 孙敬锋 《天津农学院学报》 CAS 2022年第3期36-42,共7页
细胞分裂周期蛋白42(Cdc42)是Rho超家族酶中的一个亚类,具有调节细胞骨架和肌动蛋白作用,并参与免疫与炎症反应。设计半滑舌鳎Cdc42基因(即CsCdc42)特异性引物,采用RT-PCR方法、生物信息学方法等进行CsCdc42基因克隆及结构预测。结果获... 细胞分裂周期蛋白42(Cdc42)是Rho超家族酶中的一个亚类,具有调节细胞骨架和肌动蛋白作用,并参与免疫与炎症反应。设计半滑舌鳎Cdc42基因(即CsCdc42)特异性引物,采用RT-PCR方法、生物信息学方法等进行CsCdc42基因克隆及结构预测。结果获得CsCdc42基因片段长度为847 bp,推测编码191个氨基酸,含有7个抗原表位(27-28、61-63、90-92、120-122、131-133、164-166和181-183 aa)、1个RHO结构域(6-179 aa),其中含有1个ATP/GTP结合位点和1个酰基化位点;蛋白结构预测主要为α螺旋(30.9%)、β折叠(24.6%)和无规则卷曲(44.5%)。序列比对结果表明,CsCdc42与斑马鱼、青鳉、虹鳟、大菱鲆和虾等氨基酸序列同源性分别为99.43%、97.91%、95.81%、94.76%和91.10%;构建系统发育树显示CsCdc42与斑马鱼、人和海水鱼类Cdc42亲缘关系最近,自然聚为一支。以上结果为研究半滑舌鳎细胞分裂周期蛋白相关基因功能提供科学参考。 展开更多
关键词 半滑舌鳎 细胞分裂周期蛋白42 基因克隆 结构预测
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过敏性鼻炎伴哮喘综合征患者细胞分裂周期相关蛋白5基因表达和临床意义 被引量:10
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作者 王麒淇 张旭 +1 位作者 王向东 张罗 《中国耳鼻咽喉头颈外科》 CSCD 2019年第8期441-444,共4页
目的研究过敏性鼻炎伴哮喘综合征(combined allergic rhinitis and asthma syndrome,CARAS)患者淋巴细胞差异表达基因及相关功能,寻找参与调控CARAS的重要基因,并探讨其表达水平与疾病进展的关系。方法通过过敏性哮喘mRNA表达芯片数据... 目的研究过敏性鼻炎伴哮喘综合征(combined allergic rhinitis and asthma syndrome,CARAS)患者淋巴细胞差异表达基因及相关功能,寻找参与调控CARAS的重要基因,并探讨其表达水平与疾病进展的关系。方法通过过敏性哮喘mRNA表达芯片数据集筛选正常人和过敏性哮喘患者差异表达基因,并对基因进行功能注释,根据基因注释结果筛选参与过敏性哮喘调控的重要基因。对筛选出的细胞分裂周期相关蛋白5(cell division cycle associated 5,CDCA5)基因在过敏性鼻炎、CARAS患者外周血淋巴细胞中验证其表达水平,并分析其表达水平与过敏性鼻炎和哮喘之间的关系。结果 GSE104472数据库分析过敏性哮喘患者与正常人外周血淋巴细胞共有2971个差异表达的基因。KEGG通路富集分析发现有16个差异基因参与胰岛素信号通路调节。GO基因功能注释分析发现有191个基因参与无膜细胞器的构成。CDCA5基因参与无膜细胞器构成和细胞分裂的调控,并在过敏性鼻炎和CARAS患者升高。CDCA5高表达组患CARAS的概率明显高于CDCA5低表达组。结论 CDCA5在CARAS患者外周血淋巴细胞表达水平显著增高,并可能与哮喘疾病进展相关。 展开更多
关键词 鼻炎 变应性 常年性 哮喘 基因 cdc 过敏性鼻炎伴哮喘综合征 细胞分裂周期相关蛋白5 基因功能注释分析
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光滑念珠菌Cdc42基因生物信息分析
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作者 赵静 黄怀球 +3 位作者 袁立燕 钟毅 张静 张晓辉 《皮肤性病诊疗学杂志》 2013年第4期234-237,共4页
目的:分析和预测光滑念珠菌Cdc42基因及其编码蛋白的结构和特性。方法:利用NCBI、ExPASy和CBS网站中的各种信息分析工具,并结合Vector NTI suite 8.0生物信息学分析软件包,分析预测光滑念珠菌Cdc42基因并预测该基因编码蛋白结构的特征... 目的:分析和预测光滑念珠菌Cdc42基因及其编码蛋白的结构和特性。方法:利用NCBI、ExPASy和CBS网站中的各种信息分析工具,并结合Vector NTI suite 8.0生物信息学分析软件包,分析预测光滑念珠菌Cdc42基因并预测该基因编码蛋白结构的特征和功能。结果:Cdc42基因全长为576 bp,编码区具有191个氨基酸,在GenBank同源序列中,其与酵母Cdc42氨基酸序列一致性达到99%,且有Cdc42保守域。Cdc42蛋白相对分子量预测为21 420.83,理论等电点为6.31。预测Cdc42编码蛋白ɑ螺旋(H)、β折叠(E)、无规则卷(L)的比例分别是29.84%、28.70%、41.88%,1个GTP/ATP结合位点。Cdc42蛋白为疏水蛋白,无跨膜区,无信号肽。结论:成功预测Cdc42基因及编码蛋白生化及结构特征,为下一步对其进行克隆和表达奠定基础。 展开更多
关键词 光滑念珠菌 细胞分裂周期蛋白(cdc42) 生物信息学
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斑节对虾CDC42基因的克隆及其在不同胁迫条件下的表达分析 被引量:2
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作者 李丽丽 赵超 +3 位作者 范嗣刚 王鹏飞 闫路路 邱丽华 《南方水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第4期37-45,共9页
细胞分裂周期蛋白42(CDC42)是一类广泛表达的小三磷酸鸟苷(GTP)酶,是Ras家族内Rho亚家族的成员之一,具有GTP酶活性。CDC42在细胞吞噬和炎症发生等先天免疫中发挥着不可替代的功能。该研究通过RACE技术克隆得到了斑节对虾(Penaeus monod... 细胞分裂周期蛋白42(CDC42)是一类广泛表达的小三磷酸鸟苷(GTP)酶,是Ras家族内Rho亚家族的成员之一,具有GTP酶活性。CDC42在细胞吞噬和炎症发生等先天免疫中发挥着不可替代的功能。该研究通过RACE技术克隆得到了斑节对虾(Penaeus monodon)细胞分裂周期蛋白42(Pm CDC42)基因c DNA全长。生物信息学分析结果表明Pm CDC42全长2 233 bp,包括59 bp的5'非编码区(UTR)、1 598 bp的3'UTR和576 bp的开放阅读框(ORF),编码191个氨基酸。通过实时定量PCR技术,研究了Pm CDC42在斑节对虾各组织的表达模式,并研究了其在不同p H、盐度、重金属镉(Cd)和哈维弧菌(Vibrio harveyi)胁迫下的表达情况。结果显示,Pm CDC42基因在各组织中均有表达,在血淋巴中的表达量最高。在p H和Cd胁迫下Pm CDC42表达量显著升高;在高盐胁迫下Pm CDC42表达量上调,低盐胁迫下Pm CDC42表达量变化不显著;在哈维弧菌的刺激下PmCDC42上调表达极显著。这表明Pm CDC42在斑节对虾先天免疫中起重要作用。 展开更多
关键词 斑节对虾 细胞分裂周期蛋白42 PH 盐度 哈维弧菌
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miR-101对结直肠癌细胞放疗敏感性的影响及机制探讨 被引量:3
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作者 刘燕 刘钧 +4 位作者 何欣蓉 陈筱莉 蹇顺海 张超 李学农 《山东医药》 CAS 2018年第18期1-4,共4页
目的观察miR-101对结直肠癌细胞放疗敏感性的影响,并探讨其分子机制。方法取结直肠癌细胞株SW620、SW480,稳定过表达miR-101细胞株SW620(miR101-SW620)及其阴性对照GV209-SW620,瞬时沉默miR-101表达细胞株SW480(SW480-miR101)及其阴性对... 目的观察miR-101对结直肠癌细胞放疗敏感性的影响,并探讨其分子机制。方法取结直肠癌细胞株SW620、SW480,稳定过表达miR-101细胞株SW620(miR101-SW620)及其阴性对照GV209-SW620,瞬时沉默miR-101表达细胞株SW480(SW480-miR101)及其阴性对照SW480-NC,采用Western blotting法检测细胞中miR-101靶基因Ras相关的C3肉毒素底物1(Rac1)及其下游关键蛋白细胞分裂周期蛋白42(Cdc42)、人Ras同源基因家族成员A(Rho A)。取SW620、GV209-SW620、miR101-SW620细胞,分别给予0、2、4、6、8 Gy射线处理24 h;Western blotting法检测DNA损伤标志性蛋白γ-H2AX、细胞凋亡标志蛋白Caspase-3判断细胞放疗敏感性变化,同时检测细胞Rac1、Cdc42、Rho A蛋白。结果与SW620、GV209-SW620细胞比较,miR101-SW620细胞Rac1、Cdc42、Rho A蛋白表达降低(P均﹤0.05);与SW480、SW480-NC细胞比较,SW480-miR101细胞Rac1、Cdc42、Rho A蛋白表达均增高(P均﹤0.05)。随着照射剂量增加,结直肠癌细胞γ-H2AX、Caspase-3表达均增高,而Rac1、Rho A、Cdc42蛋白表达均降低(P均﹤0.05);与同等照射剂量下SW620、GV209-SW620细胞比较,miR101-SW620细胞γ-H2AX、Caspase-3蛋白表达均增高,而Rac1、Rho A、Cdc42蛋白表达均降低(P均﹤0.05)。结论 miR-101可能通过调控Rac1/Cdc42/Rho A信号通路增强结直肠癌细胞对放疗的敏感性。 展开更多
关键词 结直肠癌 放射治疗 微小核糖核酸-101 Ras相关的C3肉毒素底物1 细胞分裂周期蛋白42 人Ras同源基因家族成员A
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基于高通量测序技术探究糖尿病足与健康人组织DNA中的5-羟甲基胞嘧啶变化 被引量:1
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作者 马睿瑶 赵景会 +3 位作者 储金林 铁璐 李念东 李琳琳 《医学研究生学报》 CAS 北大核心 2022年第12期1268-1273,共6页
目的 5-羟甲基胞嘧啶(5hmC)作为表观遗传物质被广泛研究,但在糖尿病足的研究中较少。文中旨在研究糖尿病足患者(DFU)和健康志愿者组织基因组DNA中的5hmC的差异变化。方法 收集2021年1~12月就诊于北京大学第三附属医院确诊为DFU患者组织6... 目的 5-羟甲基胞嘧啶(5hmC)作为表观遗传物质被广泛研究,但在糖尿病足的研究中较少。文中旨在研究糖尿病足患者(DFU)和健康志愿者组织基因组DNA中的5hmC的差异变化。方法 收集2021年1~12月就诊于北京大学第三附属医院确诊为DFU患者组织6例(DFU组)和Normal组织3例(对照组)。提取组织DNA,使用5hmC-Seal技术建立文库和Illumina高通量测序技术测序,筛选差异羟甲基化修饰基因(DhMGs)。采用STRING数据库构建蛋白互作网络,通过Cytoscape3.9.0软件绘制DhMGs的调控网络,并通过CytoHubba功能筛选出关键枢纽基因(Hub基因),采用DAVID数据库对Hub基因进行GO及KEGG富集分析,最后使用qRT-PCR和免疫组化进行验证。结果 共有166个上调基因和262个下调基因,其中包括NDUFB6、GALR1、GDAP1等已知的与糖尿病并发症相关的基因。DhMGs主要分布在内含子、基因间和启动子区域。通过CytoHubba分析可得到10个Hub DhMGs,分别是MAPK14、MAPK11、CDC42、MAP3K1、NCOA1、RAP1B、AGO4、RUNX1、HIF1A、PHC3。对10个Hub基因进行富集分析,在生物过程中涉及到VEGFR信号通路、Ras蛋白信号转导、肌细胞分化的正向调节以及与免疫相关的白细胞介素12分泌的正向调节等;在细胞成分中主要与细胞质、胞液等相关;在分子功能中主要有细分化调控、血管内皮生长因子受体信号通路、髓样细胞分化调控等功能。KEGG分析显示Hub基因主要富集于白细胞跨内皮细胞迁移、有丝分裂原活化蛋白激酶信号通路等。最后通过qRT-PCR和免疫组化实验得出MAPK11和CDC42在DFU组织中的表达水平均明显升高(P<0.05)。结论 糖尿病足和健康人组织DNA的5hmC修饰具有差异,MAPK11和CDC42可能成为DFU潜在的治疗靶点。 展开更多
关键词 糖尿病足 5-羟甲基胞嘧啶 有丝分裂原活化蛋白激酶14 有丝分裂原活化蛋白激酶11 细胞分裂周期因子42
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