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基于Super-SILAC定量技术系统解析槲皮素调控巨噬细胞的组蛋白翻译后修饰图谱
1
作者
刘志晴
翟琳辉
+2 位作者
吉敬
谭敏佳
刘萍
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第11期1574-1584,共11页
槲皮素(quercetin,Que)是一种具有多种生物活性的黄酮类化合物,在自然界中分布广泛,具有抗炎和抗肿瘤等生物活性。研究发现,槲皮素的抗炎活性与其对组蛋白翻译后修饰的调控密切相关。然而,槲皮素调控组蛋白翻译后修饰发挥抗炎作用的精...
槲皮素(quercetin,Que)是一种具有多种生物活性的黄酮类化合物,在自然界中分布广泛,具有抗炎和抗肿瘤等生物活性。研究发现,槲皮素的抗炎活性与其对组蛋白翻译后修饰的调控密切相关。然而,槲皮素调控组蛋白翻译后修饰发挥抗炎作用的精细机制尚未有详细报道。为了探讨槲皮素调控组蛋白翻译后修饰发挥抗炎活性的作用机制,我们首先评估了槲皮素对M1型巨噬细胞极化的影响,结果发现,槲皮素可以明显下调M1型巨噬细胞的白细胞介素-1β(interleukin-1β,IL-1β)和白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)水平;其次,利用生物质谱的细胞稳定同位素标记(stable isotope labeling by amino acids in cell culture,SILAC)技术衍生的super-SILAC方法,进行了组蛋白翻译后修饰的解析,系统定量分析了槲皮素处理后的巨噬细胞中组蛋白修饰水平的全局性变化;最终,共定量到30个组蛋白修饰位点,其中包括12个发生下调的组蛋白乙酰化修饰位点和4个发生上调的甲基化修饰位点(fold change>1.2,P<0.05);进一步对部分差异变化位点进行了蛋白质免疫印迹(western blot,WB)验证,其差异变化与质谱结果一致性良好。综上,本研究系统解析了槲皮素调控巨噬细胞的组蛋白翻译后修饰图谱,为槲皮素抗炎作用机制的研究提供了可靠的数据参考和新的线索。
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关键词
槲皮素
表观遗传
组蛋白翻译后修饰
细胞稳定同位素标记
巨噬细胞
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职称材料
组蛋白翻译后修饰无标定量方法可靠性的比较
2
作者
刘志伟
朱明睿
+1 位作者
翟琳辉
谭敏佳
《色谱》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第9期825-830,共6页
组蛋白翻译后修饰是一种表观遗传学修饰,参与调控细胞的新陈代谢等重要生理过程。蛋白质组学发展迅速,使监控组蛋白翻译后修饰的动态变化成为可能。目前主要有3种无标定量方法(谱图计数法、峰面积积分法和信号强度法),但何种定量方法更...
组蛋白翻译后修饰是一种表观遗传学修饰,参与调控细胞的新陈代谢等重要生理过程。蛋白质组学发展迅速,使监控组蛋白翻译后修饰的动态变化成为可能。目前主要有3种无标定量方法(谱图计数法、峰面积积分法和信号强度法),但何种定量方法更可靠尚未见系统性的详细报道。在稳定同位素标记细胞培养技术(SILAC)基础上,对去乙酰化酶抑制剂(SAHA)调控细胞乙酰化修饰水平的定量数据进行对比,比较3种无标定量方法对组蛋白翻译后修饰进行的定量分析,利用定量结果的标准差(SD)评估定量的可靠性,最终发现基于峰面积积分法定量的结果可靠性最高。该研究对难以进行同位素标记实验的样本分析,尤其对临床样本、大样本的组蛋白修饰谱分析具有重要参考意义。
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关键词
组蛋白翻译后修饰
无标定量
可靠性
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职称材料
石蜡包埋组织中组蛋白的提取分离和翻译后修饰的定量分析
被引量:
2
3
作者
田姗姗
刘冉冉
+2 位作者
钱晓龙
郭晓静
张锴
《色谱》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第10期1094-1101,共8页
组蛋白翻译后修饰(HPTMs)参与基因转录调控,其异常与肿瘤等重大疾病的发生发展密切相关。石蜡包埋组织是当前疾病研究的重要样本资源,对肿瘤机制和标志物研究具有重要意义。目前基于质谱的蛋白质组学技术已成为HPTMs分析的有力工具,而...
组蛋白翻译后修饰(HPTMs)参与基因转录调控,其异常与肿瘤等重大疾病的发生发展密切相关。石蜡包埋组织是当前疾病研究的重要样本资源,对肿瘤机制和标志物研究具有重要意义。目前基于质谱的蛋白质组学技术已成为HPTMs分析的有力工具,而针对福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织样品的HPTMs分析还十分有限。该研究发展了一种基于高效液相色谱-串联质谱的FFPE组织样本HPTMs分离分析新方法。通过研究并优化组蛋白的提取策略,建立了FFPE组织样本脱蜡水化处理、蛋白质提取与聚丙烯酰胺凝胶电泳分离相结合的组蛋白提取和分离方法。通过研究FFPE切片数量、组蛋白化学衍生化方法等对组蛋白鉴定的影响,确定了组蛋白处理的具体步骤。通过HPLC分离结合非依赖性采集模式的质谱分析,鉴定了组蛋白修饰的类型、位点和丰度。最后,将优化的实验方法应用于FFPE临床样本的HPTMs分析,鉴定了2例人乳腺浸润性癌和癌旁正常组织的HPTMs图谱,均获得了100种以上的不同组蛋白修饰形式的多肽。定量分析了他们的差异性水平,通过主成分降维分析,发现浸润性癌和癌旁正常组织之间组蛋白修饰丰度存在明显的差异,且差异性具有一定的规律,特别是涉及转录调控的组蛋白修饰与乳腺癌的预后和治疗靶点具有相关性,进而探讨了乳腺癌中异常HPTMs的生物学意义。该研究对临床石蜡样本中组蛋白修饰的分离分析以及肿瘤表观遗传标志物的检测进行了有益的探索。
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关键词
高效液相色谱-串联质谱
组蛋白翻译后修饰
临床组织样本
石蜡包埋
乳腺癌
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职称材料
表观遗传修饰对突触可塑性的调控作用研究进展
被引量:
4
4
作者
王冲
《动物医学进展》
北大核心
2018年第9期83-86,共4页
突触可塑性被认为是学习记忆细胞水平的生物学基础,与学习记忆密切相关。最近的研究表明,表观遗传修饰如DNA甲基化和组蛋白翻译后修饰在调节突触可塑性中发挥重要作用,这一发现不仅有助于进一步阐释学习记忆复杂的机制,更有利于为记忆...
突触可塑性被认为是学习记忆细胞水平的生物学基础,与学习记忆密切相关。最近的研究表明,表观遗传修饰如DNA甲基化和组蛋白翻译后修饰在调节突触可塑性中发挥重要作用,这一发现不仅有助于进一步阐释学习记忆复杂的机制,更有利于为记忆相关疾病的诊治提供新思路。论文介绍了表观遗传修饰机制的基本背景,并就表观遗传修饰在调控突触可塑性及认知功能障碍中的作用进行综述。
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关键词
表观遗传
修饰
突触可塑性
DNA甲基化
组蛋白翻译后修饰
组蛋白
乙酰化
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职称材料
表观遗传学及现代表观遗传生物医药技术的发展
被引量:
9
5
作者
姜楠
潘学峰
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第4期105-119,共15页
表观遗传学和基于表观遗传机制的生物医药技术的研究已经成为后基因组时代生命科学技术领域的重要组成部分。围绕肿瘤、心脑血管疾病、糖尿病及中老年神经退行性疾病等过程中DNA甲基化修饰、组蛋白翻译后修饰及非编码RNA等表观遗传学改...
表观遗传学和基于表观遗传机制的生物医药技术的研究已经成为后基因组时代生命科学技术领域的重要组成部分。围绕肿瘤、心脑血管疾病、糖尿病及中老年神经退行性疾病等过程中DNA甲基化修饰、组蛋白翻译后修饰及非编码RNA等表观遗传学改变的深入研究,不仅有利于理解相关疾病的分子病理机制,而且,更有助于探寻基于表观遗传机制的有效治疗手段。在阐释表观遗传学修饰机制的基础上,对疾病过程中异常的表观遗传学修饰及相关生物医药技术的研究现状进行了归纳总结。
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关键词
表观遗传学
DNA甲基化
组蛋白翻译后修饰
非编码RNA
人类疾病
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职称材料
表观遗传调控植物雄性生殖系细胞发育的研究进展
6
作者
刘宗林
孙蒙祥
黄小荣
《植物科学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第6期789-799,共11页
植物雄性生殖系细胞在发育过程中需经历染色质重塑、组蛋白修饰、DNA甲基化以及小RNA等途径所介导的表观遗传重编程。现已发现诸多基因参与塑造雄性生殖系细胞的表观遗传状态,并调控植物雄性育性。此外,随着各类组学技术的不断进步,一...
植物雄性生殖系细胞在发育过程中需经历染色质重塑、组蛋白修饰、DNA甲基化以及小RNA等途径所介导的表观遗传重编程。现已发现诸多基因参与塑造雄性生殖系细胞的表观遗传状态,并调控植物雄性育性。此外,随着各类组学技术的不断进步,一系列关于雄性生殖系细胞在不同发育阶段的特定表观遗传信息被揭示。本文简要梳理了近年来植物雄性生殖系细胞发育过程中表观遗传动态及其所涉及的分子机理的研究进展,并对表观遗传调控植物雄性生殖系细胞发育的后续研究进行了展望。
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关键词
雄性生殖系细胞
组蛋白
变体
组蛋白翻译后修饰
DNA甲基化
小RNA
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职称材料
题名
基于Super-SILAC定量技术系统解析槲皮素调控巨噬细胞的组蛋白翻译后修饰图谱
1
作者
刘志晴
翟琳辉
吉敬
谭敏佳
刘萍
机构
江苏海洋大学药学院
中国科学院上海药物研究所
南京中医药大学新中药学院
出处
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第11期1574-1584,共11页
基金
上海市优秀学术/技术带头人(No.22XD1420900)资助。
文摘
槲皮素(quercetin,Que)是一种具有多种生物活性的黄酮类化合物,在自然界中分布广泛,具有抗炎和抗肿瘤等生物活性。研究发现,槲皮素的抗炎活性与其对组蛋白翻译后修饰的调控密切相关。然而,槲皮素调控组蛋白翻译后修饰发挥抗炎作用的精细机制尚未有详细报道。为了探讨槲皮素调控组蛋白翻译后修饰发挥抗炎活性的作用机制,我们首先评估了槲皮素对M1型巨噬细胞极化的影响,结果发现,槲皮素可以明显下调M1型巨噬细胞的白细胞介素-1β(interleukin-1β,IL-1β)和白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)水平;其次,利用生物质谱的细胞稳定同位素标记(stable isotope labeling by amino acids in cell culture,SILAC)技术衍生的super-SILAC方法,进行了组蛋白翻译后修饰的解析,系统定量分析了槲皮素处理后的巨噬细胞中组蛋白修饰水平的全局性变化;最终,共定量到30个组蛋白修饰位点,其中包括12个发生下调的组蛋白乙酰化修饰位点和4个发生上调的甲基化修饰位点(fold change>1.2,P<0.05);进一步对部分差异变化位点进行了蛋白质免疫印迹(western blot,WB)验证,其差异变化与质谱结果一致性良好。综上,本研究系统解析了槲皮素调控巨噬细胞的组蛋白翻译后修饰图谱,为槲皮素抗炎作用机制的研究提供了可靠的数据参考和新的线索。
关键词
槲皮素
表观遗传
组蛋白翻译后修饰
细胞稳定同位素标记
巨噬细胞
Keywords
quercetin(Que)
epigenetics
histone post-translational modifications
super stable isotope labeling by amino acids in cell culture(super-SILAC)
macrophages
分类号
Q946.885 [生物学—植物学]
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职称材料
题名
组蛋白翻译后修饰无标定量方法可靠性的比较
2
作者
刘志伟
朱明睿
翟琳辉
谭敏佳
机构
中国科学院上海药物研究所新药研究国家重点实验室
中国科学院大学
上海市化学品分析风险评估与控制重点实验室
出处
《色谱》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第9期825-830,共6页
基金
上海市科学技术委员会项目(14DZ2261100)
国家自然科学基金项目(31370814)~~
文摘
组蛋白翻译后修饰是一种表观遗传学修饰,参与调控细胞的新陈代谢等重要生理过程。蛋白质组学发展迅速,使监控组蛋白翻译后修饰的动态变化成为可能。目前主要有3种无标定量方法(谱图计数法、峰面积积分法和信号强度法),但何种定量方法更可靠尚未见系统性的详细报道。在稳定同位素标记细胞培养技术(SILAC)基础上,对去乙酰化酶抑制剂(SAHA)调控细胞乙酰化修饰水平的定量数据进行对比,比较3种无标定量方法对组蛋白翻译后修饰进行的定量分析,利用定量结果的标准差(SD)评估定量的可靠性,最终发现基于峰面积积分法定量的结果可靠性最高。该研究对难以进行同位素标记实验的样本分析,尤其对临床样本、大样本的组蛋白修饰谱分析具有重要参考意义。
关键词
组蛋白翻译后修饰
无标定量
可靠性
Keywords
histone post-translational modification
label-free quantitation
reliability
分类号
O658 [理学—分析化学]
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职称材料
题名
石蜡包埋组织中组蛋白的提取分离和翻译后修饰的定量分析
被引量:
2
3
作者
田姗姗
刘冉冉
钱晓龙
郭晓静
张锴
机构
天津医科大学基础医学院
天津医科大学肿瘤医院乳腺病理研究室
出处
《色谱》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第10期1094-1101,共8页
基金
国家自然科学基金(21874100,22074103)
天津市自然科学基金(19JCZDJC35000,19JCQNJC08900).
文摘
组蛋白翻译后修饰(HPTMs)参与基因转录调控,其异常与肿瘤等重大疾病的发生发展密切相关。石蜡包埋组织是当前疾病研究的重要样本资源,对肿瘤机制和标志物研究具有重要意义。目前基于质谱的蛋白质组学技术已成为HPTMs分析的有力工具,而针对福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织样品的HPTMs分析还十分有限。该研究发展了一种基于高效液相色谱-串联质谱的FFPE组织样本HPTMs分离分析新方法。通过研究并优化组蛋白的提取策略,建立了FFPE组织样本脱蜡水化处理、蛋白质提取与聚丙烯酰胺凝胶电泳分离相结合的组蛋白提取和分离方法。通过研究FFPE切片数量、组蛋白化学衍生化方法等对组蛋白鉴定的影响,确定了组蛋白处理的具体步骤。通过HPLC分离结合非依赖性采集模式的质谱分析,鉴定了组蛋白修饰的类型、位点和丰度。最后,将优化的实验方法应用于FFPE临床样本的HPTMs分析,鉴定了2例人乳腺浸润性癌和癌旁正常组织的HPTMs图谱,均获得了100种以上的不同组蛋白修饰形式的多肽。定量分析了他们的差异性水平,通过主成分降维分析,发现浸润性癌和癌旁正常组织之间组蛋白修饰丰度存在明显的差异,且差异性具有一定的规律,特别是涉及转录调控的组蛋白修饰与乳腺癌的预后和治疗靶点具有相关性,进而探讨了乳腺癌中异常HPTMs的生物学意义。该研究对临床石蜡样本中组蛋白修饰的分离分析以及肿瘤表观遗传标志物的检测进行了有益的探索。
关键词
高效液相色谱-串联质谱
组蛋白翻译后修饰
临床组织样本
石蜡包埋
乳腺癌
Keywords
high performance liquid chromatography-tandem mass spectrometry(HPLC-MS/MS)
histone post-translational modifications(HPTMs)
clinical tissues
paraffin-embedded
breast cancer
分类号
O658 [理学—分析化学]
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职称材料
题名
表观遗传修饰对突触可塑性的调控作用研究进展
被引量:
4
4
作者
王冲
机构
陕西中医药大学医学科研实验中心
出处
《动物医学进展》
北大核心
2018年第9期83-86,共4页
基金
国家自然科学基金项目(81602892)
陕西省教育厅科学研究计划项目(15JK1207)
文摘
突触可塑性被认为是学习记忆细胞水平的生物学基础,与学习记忆密切相关。最近的研究表明,表观遗传修饰如DNA甲基化和组蛋白翻译后修饰在调节突触可塑性中发挥重要作用,这一发现不仅有助于进一步阐释学习记忆复杂的机制,更有利于为记忆相关疾病的诊治提供新思路。论文介绍了表观遗传修饰机制的基本背景,并就表观遗传修饰在调控突触可塑性及认知功能障碍中的作用进行综述。
关键词
表观遗传
修饰
突触可塑性
DNA甲基化
组蛋白翻译后修饰
组蛋白
乙酰化
Keywords
epigenetic modification
synaptic plasticity
DNA methylation
histone post-translational modi-fication
histone acetylation
分类号
Q42 [生物学—神经生物学]
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职称材料
题名
表观遗传学及现代表观遗传生物医药技术的发展
被引量:
9
5
作者
姜楠
潘学峰
机构
北京理工大学生命学院
河北大学基础医学院
出处
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第4期105-119,共15页
基金
北京市自然科学基金项目(5132014)
北京理工大学自然科学基础基金项目(3160012211215)
文摘
表观遗传学和基于表观遗传机制的生物医药技术的研究已经成为后基因组时代生命科学技术领域的重要组成部分。围绕肿瘤、心脑血管疾病、糖尿病及中老年神经退行性疾病等过程中DNA甲基化修饰、组蛋白翻译后修饰及非编码RNA等表观遗传学改变的深入研究,不仅有利于理解相关疾病的分子病理机制,而且,更有助于探寻基于表观遗传机制的有效治疗手段。在阐释表观遗传学修饰机制的基础上,对疾病过程中异常的表观遗传学修饰及相关生物医药技术的研究现状进行了归纳总结。
关键词
表观遗传学
DNA甲基化
组蛋白翻译后修饰
非编码RNA
人类疾病
Keywords
epigenetics
DNA methylation
histone post-translational modification
non-coding RNA
human diseases
分类号
R394 [医药卫生—医学遗传学]
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职称材料
题名
表观遗传调控植物雄性生殖系细胞发育的研究进展
6
作者
刘宗林
孙蒙祥
黄小荣
机构
武汉大学生命科学学院
出处
《植物科学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第6期789-799,共11页
基金
国家自然科学基金项目(31800265)。
文摘
植物雄性生殖系细胞在发育过程中需经历染色质重塑、组蛋白修饰、DNA甲基化以及小RNA等途径所介导的表观遗传重编程。现已发现诸多基因参与塑造雄性生殖系细胞的表观遗传状态,并调控植物雄性育性。此外,随着各类组学技术的不断进步,一系列关于雄性生殖系细胞在不同发育阶段的特定表观遗传信息被揭示。本文简要梳理了近年来植物雄性生殖系细胞发育过程中表观遗传动态及其所涉及的分子机理的研究进展,并对表观遗传调控植物雄性生殖系细胞发育的后续研究进行了展望。
关键词
雄性生殖系细胞
组蛋白
变体
组蛋白翻译后修饰
DNA甲基化
小RNA
Keywords
Male germline cells
Histone variant
Histone posttranslational modifications
DNA methylation
Small RNAs
分类号
Q75 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于Super-SILAC定量技术系统解析槲皮素调控巨噬细胞的组蛋白翻译后修饰图谱
刘志晴
翟琳辉
吉敬
谭敏佳
刘萍
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
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职称材料
2
组蛋白翻译后修饰无标定量方法可靠性的比较
刘志伟
朱明睿
翟琳辉
谭敏佳
《色谱》
CAS
CSCD
北大核心
2016
0
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职称材料
3
石蜡包埋组织中组蛋白的提取分离和翻译后修饰的定量分析
田姗姗
刘冉冉
钱晓龙
郭晓静
张锴
《色谱》
CAS
CSCD
北大核心
2021
2
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职称材料
4
表观遗传修饰对突触可塑性的调控作用研究进展
王冲
《动物医学进展》
北大核心
2018
4
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职称材料
5
表观遗传学及现代表观遗传生物医药技术的发展
姜楠
潘学峰
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2015
9
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职称材料
6
表观遗传调控植物雄性生殖系细胞发育的研究进展
刘宗林
孙蒙祥
黄小荣
《植物科学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
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职称材料
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