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延边牛UCP1基因CDS区克隆、生物信息学分析及组织mRNA表达
被引量：
2
1
作者
孙斌
唐琳
+6 位作者
张军芳
孙建富
崔岩
王英
王恩泽
李强
李香子
《华北农学报》
CSCD
北大核心
2021年第6期211-218,共8页
旨在克隆延边牛解偶联蛋白-1(UCP1)CDS区序列,利用RT-PCR技术和基因克隆获得延边牛UCP1基因,与其他物种进行同源性比对及构建系统进化树,利用生物信息学方法预测UCP1编码蛋白质的理化性质、潜在的磷酸化位点等性质,利用实时荧光定量PCR(...
旨在克隆延边牛解偶联蛋白-1(UCP1)CDS区序列,利用RT-PCR技术和基因克隆获得延边牛UCP1基因,与其他物种进行同源性比对及构建系统进化树,利用生物信息学方法预测UCP1编码蛋白质的理化性质、潜在的磷酸化位点等性质,利用实时荧光定量PCR(Quantitative Real-time PCR,qPCR)方法检测UCP1基因在延边牛不同组织的表达丰度。结果显示,延边牛UCP1基因的CDS区全长749 bp,编码249个氨基酸。同源性比对发现延边牛UCP1基因与印度牛同源性为99.47%,系统进化树表明,延边牛与印度牛的亲缘关系最近,和南美羊驼亲缘关系最远。UCP1蛋白缺乏稳定性,脂溶系数是91.53,网状红细胞于体外的半衰期是30 h,总平均亲水性等于0.212,预测其具备一定亲水性。二级结构由α-螺旋(54.03%)、延伸链(12.90%)、无规卷曲(27.42%)和β-转角(5.65%)构成的混合型蛋白。磷酸化位点和糖基化位点分析结果表明,UCP1共有21个磷酸位点,4个潜在的O-糖基化位点,3个N-糖基化潜在位点。UCP1基因的编码产物无跨膜螺旋(TMHs)结构,跨膜螺旋氨基酸残基数量的预测值为19.00857,蛋白质前60个氨基酸的跨膜螺旋数预测值为10.98009,位于膜细胞质侧的总概率为22.995%且属于非分泌蛋白。经实时荧光定量PCR(RT-PCR)可知,延边牛脂肪与小肠内UCP1基因表达水平相对较高,而在肌肉、心脏中的表达水平较低。该试验结果可为进一步研究该基因的功能提供借鉴。
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关键词
延边牛
UCP1基因
克隆
生物信息学
组织mrna表达
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职称材料
赤水乌骨鸡PTGDS基因克隆、序列特征及组织表达分析
被引量：
1
2
作者
吴芸
欧正淼
+3 位作者
殴小嫚
陈粉粉
闫吉美
李盼盼
《江苏农业科学》
北大核心
2023年第23期22-27,共6页
为研究赤水乌骨鸡PTGDS基因的结构和功能,检测其在赤水乌骨鸡不同组织、胸肌和腿肌中的表达情况,探究PTGDS基因对赤水乌骨鸡肉质性能的影响。运用RT-PCR获得PTGDS基因CDS序列,对其氨基酸序列进行生物信息学分析,揭示其结构特征和亲缘关...
为研究赤水乌骨鸡PTGDS基因的结构和功能,检测其在赤水乌骨鸡不同组织、胸肌和腿肌中的表达情况,探究PTGDS基因对赤水乌骨鸡肉质性能的影响。运用RT-PCR获得PTGDS基因CDS序列,对其氨基酸序列进行生物信息学分析,揭示其结构特征和亲缘关系,同时通过qPCR检测赤水乌骨鸡PTGDS基因在同一时期不同组织中的表达特性。结果显示,赤水乌骨鸡PTGDS基因编码区长558 bp,编码186个氨基酸,保守性分析发现赤水乌骨鸡PTGDS基因与原鸡的同源性最高,核酸和氨基酸序列比对同源性分别为100%;系统进化分析发现,赤水乌骨鸡与原鸡的亲缘关系最近,与黑天鹅和鸿雁的亲缘关系最远。PTGDS基因在各组织中均有表达,在肾中的表达量最高,显著高于其他组织(P<0.05);肌肉中腿肌的表达量高于胸肌,但差异不显著(P>0.05)。研究结果可为进一步揭示PTGDS基因的功能和调控机制提供参考。
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关键词
赤水乌骨鸡
PTGDS基因
生物信息学分析
组织mrna表达
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职称材料
题名
延边牛UCP1基因CDS区克隆、生物信息学分析及组织mRNA表达
被引量：
2
1
作者
孙斌
唐琳
张军芳
孙建富
崔岩
王英
王恩泽
李强
李香子
机构
延边大学
出处
《华北农学报》
CSCD
北大核心
2021年第6期211-218,共8页
基金
国家自然科学基金(32060767)
东北寒区肉牛科技创新教育部工程研究中心及高等学校学科创新引智计划(D20034)。
文摘
旨在克隆延边牛解偶联蛋白-1(UCP1)CDS区序列,利用RT-PCR技术和基因克隆获得延边牛UCP1基因,与其他物种进行同源性比对及构建系统进化树,利用生物信息学方法预测UCP1编码蛋白质的理化性质、潜在的磷酸化位点等性质,利用实时荧光定量PCR(Quantitative Real-time PCR,qPCR)方法检测UCP1基因在延边牛不同组织的表达丰度。结果显示,延边牛UCP1基因的CDS区全长749 bp,编码249个氨基酸。同源性比对发现延边牛UCP1基因与印度牛同源性为99.47%,系统进化树表明,延边牛与印度牛的亲缘关系最近,和南美羊驼亲缘关系最远。UCP1蛋白缺乏稳定性,脂溶系数是91.53,网状红细胞于体外的半衰期是30 h,总平均亲水性等于0.212,预测其具备一定亲水性。二级结构由α-螺旋(54.03%)、延伸链(12.90%)、无规卷曲(27.42%)和β-转角(5.65%)构成的混合型蛋白。磷酸化位点和糖基化位点分析结果表明,UCP1共有21个磷酸位点,4个潜在的O-糖基化位点,3个N-糖基化潜在位点。UCP1基因的编码产物无跨膜螺旋(TMHs)结构,跨膜螺旋氨基酸残基数量的预测值为19.00857,蛋白质前60个氨基酸的跨膜螺旋数预测值为10.98009,位于膜细胞质侧的总概率为22.995%且属于非分泌蛋白。经实时荧光定量PCR(RT-PCR)可知,延边牛脂肪与小肠内UCP1基因表达水平相对较高,而在肌肉、心脏中的表达水平较低。该试验结果可为进一步研究该基因的功能提供借鉴。
关键词
延边牛
UCP1基因
克隆
生物信息学
组织mrna表达
Keywords
Yanbian cattle
UCP1 gene
Cloning
Bioinformatics
Tissue
mrna
expression
分类号
Q78 [生物学—分子生物学]
S826 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
赤水乌骨鸡PTGDS基因克隆、序列特征及组织表达分析
被引量：
1
2
作者
吴芸
欧正淼
殴小嫚
陈粉粉
闫吉美
李盼盼
机构
遵义师范学院生物与农业科技学院
西南林业大学生命科学学院
出处
《江苏农业科学》
北大核心
2023年第23期22-27,共6页
基金
贵州省教育厅特色领域项目(编号:黔教合KY字[2019]076)
遵义师范学院服务地方产业革命项目(编号:遵师合地方产业字[2020]05号)
遵义师范学院博士启动基金(编号:遵师BS[2017]15号)。
文摘
为研究赤水乌骨鸡PTGDS基因的结构和功能,检测其在赤水乌骨鸡不同组织、胸肌和腿肌中的表达情况,探究PTGDS基因对赤水乌骨鸡肉质性能的影响。运用RT-PCR获得PTGDS基因CDS序列,对其氨基酸序列进行生物信息学分析,揭示其结构特征和亲缘关系,同时通过qPCR检测赤水乌骨鸡PTGDS基因在同一时期不同组织中的表达特性。结果显示,赤水乌骨鸡PTGDS基因编码区长558 bp,编码186个氨基酸,保守性分析发现赤水乌骨鸡PTGDS基因与原鸡的同源性最高,核酸和氨基酸序列比对同源性分别为100%;系统进化分析发现,赤水乌骨鸡与原鸡的亲缘关系最近,与黑天鹅和鸿雁的亲缘关系最远。PTGDS基因在各组织中均有表达,在肾中的表达量最高,显著高于其他组织(P<0.05);肌肉中腿肌的表达量高于胸肌,但差异不显著(P>0.05)。研究结果可为进一步揭示PTGDS基因的功能和调控机制提供参考。
关键词
赤水乌骨鸡
PTGDS基因
生物信息学分析
组织mrna表达
分类号
S831.2 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
延边牛UCP1基因CDS区克隆、生物信息学分析及组织mRNA表达
孙斌
唐琳
张军芳
孙建富
崔岩
王英
王恩泽
李强
李香子
《华北农学报》
CSCD
北大核心
2021
2
在线阅读
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职称材料
2
赤水乌骨鸡PTGDS基因克隆、序列特征及组织表达分析
吴芸
欧正淼
殴小嫚
陈粉粉
闫吉美
李盼盼
《江苏农业科学》
北大核心
2023
1
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