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COIL和BMP15基因组织表达与阿勒泰羊产羔数的关联分析
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作者 马应国 於建国 +3 位作者 李林波 艾布什 郝耿 刘玲玲 《中国饲料》 北大核心 2025年第9期38-44,共7页
本试验以阿勒泰羊为研究对象,筛选与阿勒泰羊的产羔数相关的候选基因,为寻找绵羊产羔性状分子标记和绵羊育种提供科学依据。利用KASP分型技术,对BMP15和COIL基因SNP进行基因分型并将不同基因型与产羔数关联分析,同时利用qPCR法对BMP15和... 本试验以阿勒泰羊为研究对象,筛选与阿勒泰羊的产羔数相关的候选基因,为寻找绵羊产羔性状分子标记和绵羊育种提供科学依据。利用KASP分型技术,对BMP15和COIL基因SNP进行基因分型并将不同基因型与产羔数关联分析,同时利用qPCR法对BMP15和COIL基因在产单双羔阿勒泰羊9个不同组织中的相对表达量进行分析。结果表明,COIL基因(g.7321466C>G)检测出GG(0.36)、GC(0.50)和CC(0.14)型。BMP15基因(g.E2-775T>C)检测出AA(0.76)、AG(0.22)和GG(0.01)型。遗传学分析表明,COIL和BMP15基因PIC值分别为0.48和0.23,为中度和低度多态位点。χ^(2)检验结果表明,两个基因在阿勒泰羊中均处于哈代温伯格(Hardy-weinberg)平衡(P>0.05)。关联分析显示,BMP15基因三种基因型产羔数间有显著差异(P<0.05),AA型的产羔数比AG和GG型多了0.14和0.61只。COIL基因的不同基因型产羔数间有显著差异(P<0.05),GG的产羔数型比GC和CC型多了0.2和0.31只。qPCR分析结果显示,BMP15基因在双羔组下丘脑、小脑中表达量极显著高于单羔组(P<0.01),卵巢中表达量显著高于单羔组(P<0.05);COIL基因在双羔组垂体表达量极显著高于单羔组(P<0.01),下丘脑表达量显著高于单羔组(P<0.05)。BMP15基因g.E2-775T>C位点不同基因型的产羔数差异显著,AA型产羔数显著高于AG和GG型产羔数(P<0.05),该基因可能通过下丘脑神经分泌小细胞分泌某种激素作用于卵巢,刺激卵巢超数排卵进而影响阿勒泰羊的产羔数,COIL基因g.7321466C>G位点GG基因型个体产羔数显著高于GC和CC型(P<0.05),该基因可能通过垂体释放某种激素作用于子宫或卵巢而影响产羔数,其具体的作用机制有待进一步研究。BMP15和COIL基因两位点与阿勒泰羊产羔数密切相关,可作为影响阿勒泰羊产羔数潜在的分子标记。 展开更多
关键词 阿勒泰羊 BMP15基因 COIL基因 组织表达 多态性 产羔数
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牦牛TMEM182基因克隆及组织表达
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作者 张明昊 王佟 +5 位作者 包鹏甲 黄纯 于沁冉 邓婧瑛 褚敏 阎萍 《中国草食动物科学》 北大核心 2025年第2期72-79,共8页
为研究家牦牛TMEM182基因的生物学结构和功能,及其在不同组织中的表达规律,试验以家牦牛肌肉组织cDNA为模板,克隆TMEM182基因的CDS区序列,并进行生物信息学分析,最后测定了该基因在牦牛心、肝、脾、肺、肾、脂肪、肌肉以及睾丸中的表达... 为研究家牦牛TMEM182基因的生物学结构和功能,及其在不同组织中的表达规律,试验以家牦牛肌肉组织cDNA为模板,克隆TMEM182基因的CDS区序列,并进行生物信息学分析,最后测定了该基因在牦牛心、肝、脾、肺、肾、脂肪、肌肉以及睾丸中的表达情况。结果显示:家牦牛TMEM182基因CDS区序列长690 bp,编码299个氨基酸;核苷酸相似性比对发现,家牦牛与野牦牛的同源性最高,为99.7%,与猕猴的同源性最低,为85.9%;生物信息学分析表明,家牦牛TMEM182蛋白的理论等电点为6.48,为轻微酸性跨膜的疏水蛋白,主要分布于内质网中;同时,该蛋白存在12个潜在磷酸化位点和4个糖基化位点;其二级结构主要为无规则卷曲,与TM6SF1、MCTP2、TSPAN33和CDH15等蛋白存在主要相互作用。实时荧光定量结果显示,TMEM182基因在家牦牛被测组织中均有表达,其中在睾丸、肌肉和脂肪中的表达量明显高于其他组织(P<0.01)。 展开更多
关键词 家牦牛 TMEM182基因 克隆 组织表达
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槟榔江水牛SREBF1基因克隆、分子特征及组织表达分析
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作者 刀文彬 欧阳依娜 +3 位作者 梁建平 范新阳 陈馨瑶 苗永旺 《云南农业大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第1期61-69,共9页
【目的】阐明水牛固醇调节元件结合转录因子1(sterol regulatory element binding transcription factor 1,SREBF1)的分子特征和组织表达特异性,初步揭示其分子功能。【方法】以槟榔江水牛为研究对象,采用RT-PCR技术克隆水牛SREBF1基因... 【目的】阐明水牛固醇调节元件结合转录因子1(sterol regulatory element binding transcription factor 1,SREBF1)的分子特征和组织表达特异性,初步揭示其分子功能。【方法】以槟榔江水牛为研究对象,采用RT-PCR技术克隆水牛SREBF1基因完整编码序列(coding sequence,CDS);利用生物信息学方法分析SREBF1分子特征;采用qPCR技术检测SREBF1在泌乳期水牛多个组织中的表达特异性。【结果】水牛SREBF1 CDS全长3438 bp,编码1145个氨基酸残基组成的亲水蛋白;SREBF1包含1个bHLHzip_SREBP1(AA319~393)DNA结合结构域,无跨膜结构和信号肽,主要定位于细胞核和内质网,主要功能是结合并调控DNA转录、参与脂质代谢等。水牛与其他牛科物种SREBF1在一级结构、理化特征、结构域和高级结构上高度相似。在基于SREBF1氨基酸序列构建的系统发育树上,水牛与其他牛科物种聚为1类。在泌乳期水牛的8个组织中,SREBF1基因在乳腺中的表达水平最高,其次是肝脏、骨骼肌、垂体、肾脏,在脾脏、瘤胃和心脏中的表达水平较低。【结论】水牛与其他牛科物种SREBF1氨基酸序列具有高度的相似性。水牛SREBF1可调控DNA转录,在脂质代谢旺盛的组织中发挥作用。 展开更多
关键词 槟榔江水牛 SREBF1基因 分子特征 组织表达
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晋南牛ApoA1基因克隆及组织表达谱分析
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作者 李希 宋菲菲 +4 位作者 王曦 王宏浩 吴苏君 张元庆 张变英 《中国草食动物科学》 北大核心 2025年第1期1-10,共10页
为研究晋南牛载脂蛋白A1(ApoA1)基因的结构、生物学功能及其在不同组织中的表达变化规律,本试验以晋南牛肝脏组织总RNA为模板,克隆ApoA1基因序列,并利用多种生物信息学在线分析软件对晋南牛的ApoA1基因进行生物信息学分析及构建系统发... 为研究晋南牛载脂蛋白A1(ApoA1)基因的结构、生物学功能及其在不同组织中的表达变化规律,本试验以晋南牛肝脏组织总RNA为模板,克隆ApoA1基因序列,并利用多种生物信息学在线分析软件对晋南牛的ApoA1基因进行生物信息学分析及构建系统发育进化树。利用荧光定量PCR方法检测晋南牛心脏、肝脏、脾脏、肺脏和肾脏等组织中ApoA1基因的表达情况。结果表明,晋南牛ApoA1基因的CDS序列全长852bp,与黄牛ApoA1基因的同源性为98.00%。晋南牛ApoA1蛋白的分子量为30276.35Da,由265个氨基酸残基构成,属于亲水性蛋白,有20处磷酸化位点。在ApoA1的二级结构中,α-螺旋占92.08%,属于全α类蛋白。ApoA1蛋白与ApoA2、ApoB、ApoE、ApoC2、ApoC3、SCARB1、LPL、ABCA1等蛋白存在相互作用。基于ApoA1序列同源性构建的系统发育进化树表明,晋南牛与黄牛的亲缘关系最近,与野牛的亲缘关系最远。ApoA1基因在晋南牛肝脏、心脏、脾脏、肺脏和肾脏组织中均有表达,且以肝脏中的相对表达量最高,肾脏中的相对表达量最低。 展开更多
关键词 晋南牛 APOA1 克隆 组织表达
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牛miR-155靶基因预测及其组织表达分析
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作者 何学亮 徐俊杰 +7 位作者 姬小云 丁燕玲 曲畅 周小南 梁嘉豪 魏大为 史远刚 康晓龙 《中国草食动物科学》 北大核心 2025年第1期11-18,共8页
为探究bta-miR-155在牛重要组织中的潜在功能,使用miRDB、TargetScan和miRWalk在线软件预测bta-miR-155靶基因,利用DAVID在线数据库对预测靶基因进行GO注释和KEGG通路富集分析;利用MEGA 11.0软件对牛、人、猪、狗、大鼠、家鼠、山羊和... 为探究bta-miR-155在牛重要组织中的潜在功能,使用miRDB、TargetScan和miRWalk在线软件预测bta-miR-155靶基因,利用DAVID在线数据库对预测靶基因进行GO注释和KEGG通路富集分析;利用MEGA 11.0软件对牛、人、猪、狗、大鼠、家鼠、山羊和恒河猴的miR-155进行保守性分析并进行系统进化树构建;最后利用RT-qPCR技术对bta-miR-155在牛主要组织心、脾、肺、肾、睾丸、股二头肌和背最长肌中的表达进行检测。结果表明,bta-miR-155位于牛基因组1号染色体,其成熟序列在各物种间保守性较高,只有猪、家鼠和大鼠在12 nt或23 nt处不完全保守或缺失,且有24个预测靶基因;GO功能分析发现,bta-miR-155靶基因富集程度高的条目主要有RNA聚合酶Ⅱ启动子对pri-miRNA转录的正向调控、NF-kappaB转录因子活性的正调控、白细胞介素-1β产生的正调控、平滑肌细胞增殖的正向调节和成肌细胞分化的负调控等;KEGG通路显著富集于脂质和动脉粥样硬化、白细胞分化抗原36、固醇调节元件结合蛋白1、NOD样受体、白细胞介素18和脂肪细胞因子等信号通路。bta-miR-155的组织表达分析结果表明,bta-miR-155在成年牛股二头肌中的表达量最高,在心肌中的表达量最低;成年牛背最长肌中bta-miR-155的表达量显著高于犊牛(P<0.05)。综上,btamiR-155在牛肌肉组织中的高表达提示其可能在肌肉生长发育过程中发挥重要作用,为后续开展bta-miR-155在牛肌肉发育、肌纤维类型转化中的分子功能探究奠定了基础。 展开更多
关键词 bta-miR-155 靶基因预测 组织表达
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牛LncRNA FABP3 AU基因克隆、生物信息学分析及组织表达研究
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作者 许晓改 樊冰冰 +3 位作者 余磊 孟聖博 李明 许会芬 《中国畜禽种业》 2025年第3期45-53,共9页
该实验旨在克隆夏南牛脂肪酸结合蛋白3反义非编码长链RNA(Fatty acid-binding protein 3 antisense upstream,lncRNA FABP3 AU)基因的全长序列,并进行生物信息学分析,以探究lncRNA FABP3 AU在不同月龄的夏南牛心脏、脾脏、肺脏、肾脏、... 该实验旨在克隆夏南牛脂肪酸结合蛋白3反义非编码长链RNA(Fatty acid-binding protein 3 antisense upstream,lncRNA FABP3 AU)基因的全长序列,并进行生物信息学分析,以探究lncRNA FABP3 AU在不同月龄的夏南牛心脏、脾脏、肺脏、肾脏、肝脏、回肠、背最长肌、皮下脂肪、瘤胃组织的表达规律。以夏南牛皮下脂肪组织中提取lncRNA FABP3 AU经反转录获得cDNA模板,PCR扩增lncRNA FABP3 AU的全长序列,运用在线软件对lncRNA FABP3 AU进行生物信息学分析;通过实时荧光定量PCR方法分别检测lncRNA FABP3 AU在初生、12月龄和24月龄夏南牛的不同组织中的表达情况。结果表明:lncRNA FABP3 AU全长序列1151 bp,生物信息学分析发现lncRNA FABP3 AU不具有编码能力,主要定位于细胞核中,二级结构中有多个茎环结构。实时荧光定量PCR显示,lncRNA FABP3 AU在新生牛、12月龄、24月龄夏南牛各组织中均有表达,在不同月龄的夏南牛组织中脾脏的表达量显著高于其他组织(P<0.05),24月龄夏南牛肝脏组织中lncRNA FABP3 AU的表达量显著低于新生牛(P<0.05)。可见,实验成功克隆了lncRNA FABP3 AU基因的全长序列,并发现其不具备编码能力,24月龄夏南牛肝脏组织中lncRNA FABP3 AU的表达量显著低于新生牛。 展开更多
关键词 夏南牛 LncRNA FABP3 AU 生物信息学分析 编码能力 组织表达
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鸡circMICAL2的鉴定、组织表达谱分析及其功能预测 被引量:1
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作者 古丽帕日·艾克拜 沈雪梅 +3 位作者 喻世刚 王钢 杨雅玲 刘武军 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期1284-1291,共8页
【目的】验证鸡环状RNA(circMICAL2)的真实性,研究circMICAL2在鸡肌肉生长发育中的潜在功能及调控机制。【方法】基于circMICAL2环状序列设计特异性引物采用PCR扩增完成其真实性验证,并测定RNase R和放线菌素D处理检测circMICAL2的内源... 【目的】验证鸡环状RNA(circMICAL2)的真实性,研究circMICAL2在鸡肌肉生长发育中的潜在功能及调控机制。【方法】基于circMICAL2环状序列设计特异性引物采用PCR扩增完成其真实性验证,并测定RNase R和放线菌素D处理检测circMICAL2的内源稳定性。采集16日龄三黄鸡(雏鸡)和180日龄三黄鸡(成年鸡)的心脏、肝脏、肺、肾脏、肠、皮肤、胸肌和腿肌等8个组织样本,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)分析circMICAL2在鸡不同发育时期的组织表达图谱;运用生物信息学对circMICAL2靶向miRNA和mRNA进行预测,并开展GO功能和KEGG通路富集分析。【结果】鸡circMICAL2真实存在,其环化稳定性强;circMICAL2在成年鸡和雏鸡各组织中广泛表达,且circMICAL2均在成年鸡和雏鸡的胸肌和腿肌肌肉中表达量最高,circMICAL2在成年鸡腿肌和胸肌中的表达量均显著高于雏鸡(P<0.05),circMICAL2与鸡肌肉生长发育调控密切相关。circMICAL2可靶向gga-miR-103-3p和gga-miR-130b-3p,调控下游225个潜在靶基因。circMICAL2的靶基因主要富集于TGF-β信号通路、MAPK信号通路、细胞周期等相关信号通路。【结论】鸡circMICAL2真实存在,circMICAL2的表达对鸡不同生长发育时期肌肉的生长具有重要调控作用。 展开更多
关键词 环状RNA 肌肉 组织表达 生长发育
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合作猪SIRT 3基因克隆、生物信息学分析及组织表达研究 被引量:1
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作者 闫尊强 梁毓豪 +2 位作者 宋科林 滚双宝 王鹏飞 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期1390-1399,共10页
【目的】克隆合作猪沉默信息调节因子3(silence information regulator 3,SIRT3)基因CDS区序列,并对其进行生物信息学分析,探究SIRT 3基因在合作猪不同组织中的表达水平,为研究SIRT 3基因功能奠定基础。【方法】试验选择3月龄合作猪公猪... 【目的】克隆合作猪沉默信息调节因子3(silence information regulator 3,SIRT3)基因CDS区序列,并对其进行生物信息学分析,探究SIRT 3基因在合作猪不同组织中的表达水平,为研究SIRT 3基因功能奠定基础。【方法】试验选择3月龄合作猪公猪3头,采集心脏、睾丸、肺脏等组织,采用PCR扩增、Sanger测序等方法获取SIRT 3基因CDS区序列,并通过Mega 7.0软件构建系统进化树;通过生物信息学在线软件分析SIRT3蛋白结构和功能;采用实时荧光定量PCR检测SIRT 3基因在合作猪不同组织中的表达量。【结果】合作猪SIRT 3基因CDS区长774 bp,共编码257个氨基酸。系统进化树结果显示,合作猪与家猪亲缘关系最近,与斑马鱼亲缘关系最远。SIRT3蛋白的分子质量为28.68 ku,理论等电点为5.81,不稳定系数为37.92,为稳定性亲水蛋白;该蛋白不存在跨膜区域,无信号肽,但存在2个低复杂度结构域,主要分布于内质网中;SIRT3蛋白的二级结构主要由α-螺旋和无规则卷曲构成,三级结构模型预测结果与二级结构基本一致。实时荧光定量PCR结果显示,SIRT 3基因在合作猪不同组织中均有表达,在心脏中表达量最高,极显著高于其他组织(P<0.01),其次是睾丸、肺脏、肝脏组织。【结论】本研究成功克隆合作猪SIRT 3基因CDS区序列,探究了SIRT 3基因在合作猪不同组织中的表达水平并初步分析了其编码蛋白的生物学功能,为进一步研究合作猪SIRT 3基因功能提供了参考。 展开更多
关键词 合作猪 SIRT 3基因 克隆 生物信息学分析 组织表达
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美仁牦牛MYL 9基因克隆、生物信息学分析及组织表达研究
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作者 马荣 喇永福 +6 位作者 包鹏甲 郭宪 路建卫 扎老 赵雪 梁春年 成述儒 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期1410-1419,共10页
【目的】克隆美仁牦牛肌球蛋白轻链9(myosin light chain 9,MYL9)基因CDS区并对其进行生物信息学分析,检测MYL 9基因的组织表达特征,为探究该基因功能提供一定理论依据。【方法】以美仁牦牛肌肉组织cDNA为模板,利用PCR扩增并克隆美仁牦... 【目的】克隆美仁牦牛肌球蛋白轻链9(myosin light chain 9,MYL9)基因CDS区并对其进行生物信息学分析,检测MYL 9基因的组织表达特征,为探究该基因功能提供一定理论依据。【方法】以美仁牦牛肌肉组织cDNA为模板,利用PCR扩增并克隆美仁牦牛CDS区序列,与其他物种进行相似性比对及系统进化树构建;通过在线软件对MYL9蛋白进行生物信息学分析,利用实时荧光定量PCR检测MYL 9基因在美仁牦牛心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、肌肉、脂肪和睾丸组织中表达情况。【结果】美仁牦牛MYL 9基因CDS区长516 bp,共编码171个氨基酸。系统进化树结果显示,美仁牦牛与野牦牛、普通牛亲缘关系最近,与高山倭蛙亲缘关系最远。MYL9蛋白分子式为C 858 H 1324 N 234 O 274 S 12,原子数为2702,理论等电点为4.85,不稳定系数和总平均亲水性分别为37.22和―0.772,属于稳定亲水性蛋白。MYL9蛋白无信号肽和跨膜螺旋结构,属于非分泌性蛋白;主要定位于线粒体、细胞核、细胞质中,具有17个特异性磷酸化位点。MYL9蛋白二级结构主要由α-螺旋、无规则卷曲、β-折叠和延伸链构成,三级结构预测结果与二级结构一致。实时荧光定量PCR结果显示,MYL 9基因在美仁牦牛心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、肌肉、脂肪和睾丸组织中均表达,且肝脏和肌肉组织中表达量显著高于其他组织(P<0.05)。【结论】本研究成功克隆美仁牦牛MYL 9基因CDS区,探究了MYL 9基因的生物学功能及组织表达特征,研究结果为进一步探究牦牛MYL 9基因功能特征提供了参考。 展开更多
关键词 美仁牦牛 MYL 9基因 克隆 生物信息学 组织表达
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西藏桑桑牦牛FGF1基因克隆及组织表达
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作者 王佟 余道宁 +7 位作者 马超凡 张明昊 郑青波 陈伟基 马晓明 梁春年 阎萍 潘和平 《中国草食动物科学》 CAS 北大核心 2024年第3期1-9,共9页
为研究牦牛FGF1基因的生物学结构和功能,及其在不同组织中的表达规律,试验以桑桑牦牛心脏组织cDNA为模板,采用RT-PCR技术克隆了FGF1基因的CDS区序列,并对其进行生物信息学分析,利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测了FGF1基因在牦牛心脏、... 为研究牦牛FGF1基因的生物学结构和功能,及其在不同组织中的表达规律,试验以桑桑牦牛心脏组织cDNA为模板,采用RT-PCR技术克隆了FGF1基因的CDS区序列,并对其进行生物信息学分析,利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测了FGF1基因在牦牛心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、肌肉及脂肪组织中的表达水平。结果表明,桑桑牦牛FGF1基因的CDS区序列长468 bp,共编码155个氨基酸;相似性比对发现,桑桑牦牛与牛和瘤牛的同源性最高(99.8%),与鸡的同源性最低(73.7%);生物信息学分析表明,桑桑牦牛FGF1蛋白的理论等电点为6.51,为酸性亲水性蛋白,无信号肽和跨膜结构,主要定位在细胞核中;该蛋白存在7个糖基化位点和29处潜在的磷酸化位点;蛋白的二级结构主要以无规则卷曲为主,与FGF22、TGFB1和FGF17等蛋白存在主要相互作用。实时荧光定量结果显示,FGF1基因在桑桑牦牛各组织中均有不同程度的表达,其中在肺脏组织中的表达量极显著高于其他组织(P<0.01)。 展开更多
关键词 桑桑牦牛 FGF1基因 克隆 组织表达
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藏绵羊PFKM基因克隆、生物信息学及组织表达分析
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作者 雒瑞瑞 齐兴财 +4 位作者 刘子龙 李讨讨 王彩莲 郎侠 宋淑珍 《中国草食动物科学》 CAS 北大核心 2024年第5期1-10,共10页
本研究旨在分析藏绵羊PFKM的序列特征、生物信息学及其在不同发育阶段(1日龄、3月龄、1岁龄和3岁龄)肌肉组织中的表达模式。以成年(3岁龄)藏绵羊的背最长肌cDNA为模板,克隆PFKM基因的编码区序列,并进行生物信息学分析。利用实时荧光定量... 本研究旨在分析藏绵羊PFKM的序列特征、生物信息学及其在不同发育阶段(1日龄、3月龄、1岁龄和3岁龄)肌肉组织中的表达模式。以成年(3岁龄)藏绵羊的背最长肌cDNA为模板,克隆PFKM基因的编码区序列,并进行生物信息学分析。利用实时荧光定量(RT-qPCR)技术检测PFKM基因在背最长肌、心肌、冈上肌、肱二头肌、肺脏、肝脏、脾脏和肾脏中的表达情况,并检测不同发育阶段上述组织中PFKM mRNA表达水平的变化。同时,用Western Blot检测不同年龄阶段藏绵羊背最长肌中PFKM蛋白的表达水平。结果表明,藏绵羊PFKM基因的CDS区全长2 556 bp,共编码851个氨基酸,与绵羊参考序列相比存在19个突变位点,与绵羊(98.82%)和山羊(98.59%)具有较近的亲缘关系;预测PFKM蛋白为亲水性蛋白,不存在信号肽,主要分布在细胞质中,蛋白的二级结构以α-螺旋为主,PFKM蛋白与10个糖酵解相关蛋白质分子间存在潜在的相互作用;RT-qPCR结果显示,随着年龄的增加,PFKM mRNA在藏绵羊各组织中基本呈现先上升后下降(1日龄<3月龄<1岁龄>3岁龄)的表达趋势,背最长肌中PFKM蛋白的表达也先上调后下调。本研究获得了藏绵羊PFKM基因完整的CDS区,发现其在物种间的保守性较高,并在藏绵羊肌肉生长发育过程中发挥重要的作用。 展开更多
关键词 藏绵羊 PFKM基因 克隆 生物信息学分析 组织表达
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荒漠草地白刺粗角叶甲非典型气味受体基因克隆及组织表达谱
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作者 席驳鑫 崔晓宁 +5 位作者 尚素琴 胡桂馨 王彦 李昌宁 彭斌 史薛强 《草业学报》 CSCD 北大核心 2024年第5期204-215,共12页
白刺粗角叶甲是我国西北荒漠草原危害防风固沙先锋植物白刺的重要害虫之一,开发和利用基于性信息素或寄主挥发物介导的昆虫化学通讯手段是防治该害虫的新途径。本研究以白刺粗角叶甲为对象,通过分子克隆技术获得白刺粗角叶甲成虫触角的... 白刺粗角叶甲是我国西北荒漠草原危害防风固沙先锋植物白刺的重要害虫之一,开发和利用基于性信息素或寄主挥发物介导的昆虫化学通讯手段是防治该害虫的新途径。本研究以白刺粗角叶甲为对象,通过分子克隆技术获得白刺粗角叶甲成虫触角的非典型气味受体(atypical odorant receptor co-receptor,Orco)基因序列;利用同源建模方法预测蛋白三级结构,并构建系统发育树;借助荧光定量PCR技术检测DrybOrco基因在叶甲成虫各组织中的表达量差异。结果显示:克隆获得的白刺粗角叶甲非典型气味受体基因DrybOrco的cDNA全长为1918 bp,其中开放阅读框为1440 bp,编码479个氨基酸,蛋白分子量为53.94 kD,含有7个跨膜结构域,为疏水性膜蛋白。系统发育表明,Orco基因在6目68种昆虫间保守性较高(相似度大于68%),聚类分为3个分支,相同目的昆虫聚集到同一支。白刺粗角叶甲与其他鞘翅目昆虫聚为一支,其中与玉米根萤叶甲的Orco基因亲缘关系最近,核酸相似度高达92.28%。荧光定量表明,白刺粗角叶甲DrybOrco基因在成虫触角中特异性表达,且雄虫显著高于雌虫,表达量比值为2.27;此外,该基因在雄虫足和雌虫翅中少量表达,其他组织中几乎不表达。本研究明确了白刺粗角叶甲非典型气味受体基因DrybOrco的序列特征、蛋白结构和组织表达情况,这为阐明DrybOrco在该害虫化学通讯过程中的生理功能,以及探究白刺粗角叶甲寄主专化的嗅觉分子机制研究提供重要依据。 展开更多
关键词 白刺粗角叶甲 嗅觉 非典型气味受体 克隆 组织表达
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绵羊TMEM182基因克隆、生物信息学及组织表达谱分析 被引量:1
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作者 刘璇 李婧平 +4 位作者 马海叶 张倩雯 王嘉俊 李忠慧 李文蓉 《草食家畜》 2024年第4期1-11,共11页
【目的】本试验旨在克隆绵羊TMEM182基因编码区(CDS)全长序列,并通过在线软件分析TMEM182基因结构和表达蛋白序列,以探究其在绵羊各部位组织中表达水平的变化。【方法】从绵羊尾部脂肪组织中克隆获得TMEM182基因,利用在线生物学信息软件... 【目的】本试验旨在克隆绵羊TMEM182基因编码区(CDS)全长序列,并通过在线软件分析TMEM182基因结构和表达蛋白序列,以探究其在绵羊各部位组织中表达水平的变化。【方法】从绵羊尾部脂肪组织中克隆获得TMEM182基因,利用在线生物学信息软件对TMEM182蛋白的理化性质、亲疏水性、跨膜区、糖基化位点、信号肽、二级结构、三级结构和蛋白互作等进行预测分析。同时,采用实时荧光定量PCR方法检测TMEM182基因在绵羊13个组织中的相对表达量,这些组织包括大脑、小脑、心、肾、脾、肝、肺、皮肤、卵巢、尾部脂肪、皮下脂肪、肾周脂肪和肌肉。【结果】绵羊TMEM182基因CDS区全长序列为690bp,编码229个氨基酸,TMEM182基因序列在不同物种间具有较高的保守性。生物信息学预测分析显示,TMEM182属于稳定的疏水性蛋白,具有跨膜结构,无信号肽,具有3个N-糖基化位点,其蛋白二级结构主要由无规则卷曲(38.43%)和2α螺旋(30.57%)组成,而延伸链(24.89%)和β转角(6.11%)的占比相对较少,三级结构预测结果与二级结构预测结果相符。实时荧光定量PCR结果显示,TMEM182基因在肌肉、心和脂肪中表达量显著高于肝、肾、大脑、小脑、皮肤等其它部位组织(P<0.05)。【结论】成功克隆了绵羊TMEM182基因的CDS区片段,分析了该基因在绵羊肌肉组织和脂肪组织中特异性表达。这些研究结果为进一步探究TMEM182基因在绵羊肌肉生长发育和脂肪沉积过程中的分子作用机制提供了理论依据。 展开更多
关键词 TMEM182基因 基因克隆 组织表达分析 生物信息学分析
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水牛SFRP 1基因序列分析、真核表达载体构建及组织表达分析
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作者 黄丽清 段安琴 +2 位作者 郑海英 杨春艳 尚江华 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期1807-1818,共12页
【目的】获取水牛分泌型卷曲相关蛋白1(SFRP1)基因CDS区序列,并预测其编码蛋白的结构功能,构建SFRP 1基因真核表达载体,检测SFRP 1基因在水牛不同组织中的表达情况,为探索SFRP 1基因在水牛生长发育中的作用奠定基础。【方法】以水牛卵... 【目的】获取水牛分泌型卷曲相关蛋白1(SFRP1)基因CDS区序列,并预测其编码蛋白的结构功能,构建SFRP 1基因真核表达载体,检测SFRP 1基因在水牛不同组织中的表达情况,为探索SFRP 1基因在水牛生长发育中的作用奠定基础。【方法】以水牛卵巢组织cDNA为模板,通过RT-PCR对SFRP 1基因CDS区序列进行扩增并测序,利用生物信息学在线分析软件对水牛SFRP 1基因与不同物种进行比对和系统进化树构建,并预测SFRP1蛋白理化性质、信号肽、跨膜结构等。将获得的目的基因连接至pCMV-HAhyPBase-mcheery载体并转染至水牛颗粒细胞,检测转染后荧光和基因表达情况。通过实时荧光定量PCR检测水牛不同组织中SFRP 1基因表达情况。【结果】水牛SFRP 1基因CDS区长927 bp,共编码308个氨基酸。多重序列比对结果显示,水牛SFRP 1基因氨基酸序列与黄牛、牦牛、山羊、虎鲸、黑猩猩、北极狐、猫、人、小鼠的相似性分别为100%、100%、99.65%、98.58%、98.23%、98.23%、98.58%、98.23%、96.45%,存在CRD_FZ、NTR_like和DUF3367结构域。水牛SFRP 1基因核苷酸序列与黄牛、绵羊、山羊、牦牛、野牛、马鹿、野骆驼、猪、人的相似性分别为97.3%、95.9%、95.8%、94.5%、94.2%、93.7%、80.4%、78.5%和77.3%。系统进化树结果显示,水牛与黄牛、牦牛、野牛聚为一支。生物信息学分析结果显示,SFRP1蛋白呈碱性,为不稳定蛋白;第1—15位氨基酸处存在信号肽,为分泌型蛋白,存在跨膜结构,主要定位于细胞外;存在21个磷酸化位点和8个O-糖基化修饰位点。二级结构主要由α-螺旋、延伸链和无规则卷曲构成;水牛、黄牛、人的SFRP1蛋白三级结构高度相似。成功构建pCMV-mcheery-SFRP1真核表达载体并转染水牛颗粒细胞,转染72 h后pCMV-mcheery-SFRP1重组质粒组细胞内SFRP 1基因表达量极显著高于对照组(P<0.01)。实时荧光定量PCR结果显示,SFRP 1基因在水牛不同组织中均有表达,且在脾脏中表达量最高,极显著高于其他组织(P<0.01)。【结论】SFRP 1基因在不同物种以及遗传进化过程中具有高保守性,在水牛不同组织中广泛表达。研究结果为今后探究SFRP 1基因在水牛生长发育中的功能及分子机制奠定基础。 展开更多
关键词 水牛 SFRP 1基因 序列分析 真核表达载体 组织表达
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黄淮肉羊IGF 1基因序列特征、组织表达及其与产肉性状的相关性分析
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作者 李君 宋梦柯 +4 位作者 高福现 韩万里 韩浩园 施会彬 权凯 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第12期5380-5391,共12页
【目的】研究黄淮肉羊胰岛素样生长因子1(insulin like growth factor 1,IGF1)基因序列特征、组织表达规律,并对背最长肌中IGF 1基因的表达量与产肉性状进行相关性分析。【方法】选取3、9、18月龄的黄淮肉羊公羊各3只,屠宰后迅速采集半... 【目的】研究黄淮肉羊胰岛素样生长因子1(insulin like growth factor 1,IGF1)基因序列特征、组织表达规律,并对背最长肌中IGF 1基因的表达量与产肉性状进行相关性分析。【方法】选取3、9、18月龄的黄淮肉羊公羊各3只,屠宰后迅速采集半腱肌、股四头肌、臂三头肌、背最长肌、皮下脂肪、瘤胃、肾脏、脾脏、肝脏、睾丸和小肠组织样品并测定其产肉性能。对黄淮肉羊IGF 1基因进行克隆测序,并进行生物信息学分析,利用实时荧光定量PCR技术检测其在黄淮肉羊同一年龄(9月龄)各组织以及不同年龄阶段(3、9、18月龄)背最长肌中的mRNA水平,利用皮尔逊相关系数分析IGF 1基因的表达量与产肉性状的相关性。【结果】克隆获得黄淮肉羊IGF 1基因CDS序列465 bp,编码154个氨基酸,与山羊的亲缘关系最近。黄淮肉羊IGF1蛋白为亲水性不稳定蛋白,无跨膜结构,存在信号肽,有29个潜在的磷酸化位点。黄淮肉羊IGF1蛋白二级结构主要含有无规则卷曲(54.55%)和α-螺旋(29.87%),三级结构预测结果与二级结构一致。IGF1蛋白与IGF1R、IGFBP3、IGF2等存在蛋白互作关系。实时荧光定量PCR结果显示,IGF 1基因在黄淮肉羊各组织中均有表达,在肝脏组织中表达量最高,在臂三头肌中表达量最低。IGF 1基因在3月龄黄淮肉羊背最长肌中表达量最高,显著高于9和18月龄(P<0.05),而9月龄的表达量又显著低于18月龄(P<0.05)。相关性分析结果表明,IGF 1基因表达量与生长发育和肉品质指标无显著相关(P>0.05);体高、体长、胸围、管围、体重和胴体重之间呈显著或极显著正相关(P<0.05;P<0.01);屠宰率、肉色、大理石纹、眼肌面积之间呈显著或极显著正相关(P<0.05;P<0.01)。【结论】本研究成功克隆了黄淮肉羊IGF 1基因CDS区序列,IGF1蛋白属于亲水不稳定碱性蛋白,主要在肝脏中表达,在背最长肌中的表达趋势表现为随着月龄增长先降后升,与生长发育和肉品质指标无显著相关性。这些结果为进一步探究黄淮肉羊IGF 1基因在肌肉发育与肉品质调控中的作用提供参考。 展开更多
关键词 黄淮肉羊 IGF 1基因 组织表达 相关性
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绵羊FGF 7基因组织表达及其多态性与产羔数之间的关系 被引量:28
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作者 周梅 曹晓涵 +8 位作者 贺小云 孙庆 狄冉 胡文萍 王翔宇 张效生 张金龙 刘秋月 储明星 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第3期525-533,共9页
旨在探究绵羊FGF7基因组织表达水平及其多态性与产羔数之间的关系。本研究利用半定量反转录-聚合酶链式反应(sqRT-PCR)和实时荧光定量PCR(qPCR)技术对绵羊FGF7基因在多羔小尾寒羊和单羔苏尼特羊以及小尾寒羊FecB不同基因型(BB、B+、++)... 旨在探究绵羊FGF7基因组织表达水平及其多态性与产羔数之间的关系。本研究利用半定量反转录-聚合酶链式反应(sqRT-PCR)和实时荧光定量PCR(qPCR)技术对绵羊FGF7基因在多羔小尾寒羊和单羔苏尼特羊以及小尾寒羊FecB不同基因型(BB、B+、++)各组织中的表达水平进行研究,同时采用Sequenom MassARRAY~?SNP技术,对多羔绵羊品种(小尾寒羊380只)和单羔绵羊品种(滩羊、苏尼特羊、萨福克羊、杜泊羊和草原型藏羊共380只)FGF7基因g.57842893C>T位点多态性进行检测,并与小尾寒羊产羔数进行关联分析。结果表明,FGF7基因在单、多羔绵羊的心和肺中高表达,在其它各组织呈中等或低丰度表达;FGF7基因在多羔小尾寒羊绝大部分组织中的表达量均高于单羔苏尼特羊,但差异均不显著(P>0.05),FGF7在小尾寒羊FecB不同基因型中的表达并无明显差异。g.57842893C>T位点共存在CC、CT和TT 3种基因型,且基因型频率和等位基因频率在单、多羔品种间差异均达到显著水平(P≤0.05);g.57842893C>T位点在苏尼特羊、萨福克羊和杜泊羊中表现为中度多态(0.25<PIC<0.50),在其它品种中表现为低度多态(PIC<0.25);g.57842893C>T位点仅在苏尼特羊、萨福克羊以及杜泊羊3个品种中均处于哈代温伯格平衡状态(P>0.05);g.57842893C>T位点与小尾寒羊第1、2以及第3胎产羔数均无显著关联(P>0.05),但CC型各胎产羔数均高于TT型。综上表明,FGF7基因的表达水平与绵羊产羔数可能存在一定程度的正相关,虽然可能不是影响绵羊产羔数的关键基因,但g.57842893C>T位点对绵羊产羔数性状的选育具有一定的指导意义。 展开更多
关键词 绵羊 FGF7基因 组织表达 SNP分型 产羔数
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鸭A-FABP基因的克隆及其组织表达 被引量:19
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作者 张军 董飚 +6 位作者 张红 储冬生 徐国庆 龚道清 段修军 赵旭庭 顾志良 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第6期819-822,共4页
本文采用RT-PCR方法从35周龄母鸭脂肪组织中克隆了A-FABP基因的cDNA序列,其长度为422 bp,包含了1个399 bp的完整CDS,编码132个氨基酸。该序列与家禽(鹅、鸡)和哺乳动物(人、小鼠、猪、牛)的A-FABP基因序列约有94%和73.4%-75.7%的同... 本文采用RT-PCR方法从35周龄母鸭脂肪组织中克隆了A-FABP基因的cDNA序列,其长度为422 bp,包含了1个399 bp的完整CDS,编码132个氨基酸。该序列与家禽(鹅、鸡)和哺乳动物(人、小鼠、猪、牛)的A-FABP基因序列约有94%和73.4%-75.7%的同源性,而相应氨基酸序列的同源性为92.4%和72.0%-77.3%。半定量RT-PCR研究结果为A-FABP基因在间脑、肺和肾组织中不表达,在脂肪组织中的表达明显高于其他组织(P〈0.5)。表明A-FABP基因在动物进化中具有高度保守性,该基因的表达具有组织特异性。 展开更多
关键词 A-FABP基因 克隆 组织表达
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杜洛克猪HLCS基因组织表达分析及其编码区多态性与剩余采食量的关联 被引量:10
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作者 张跃博 蒲蕾 +7 位作者 张金山 颜华 王立刚 侯欣华 刘欣 高红梅 王立贤 张龙超 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期1108-1115,共8页
旨在探究羧化全酶合成酶基因(holocarboxylase synthetase,HLCS)在杜洛克猪各组织中的表达情况及其编码区多态性与剩余采食量(residual feed intake,RFI)之间的关系。本研究利用荧光定量PCR检测HLCS基因在杜洛克猪8种组织中的相对表达量... 旨在探究羧化全酶合成酶基因(holocarboxylase synthetase,HLCS)在杜洛克猪各组织中的表达情况及其编码区多态性与剩余采食量(residual feed intake,RFI)之间的关系。本研究利用荧光定量PCR检测HLCS基因在杜洛克猪8种组织中的相对表达量;利用PCR和测序在RFI高、低组个体中扩增HLCS基因的编码区用以寻找多态位点,并对获得的位点在杜洛克群体中分型,进而分析多态位点与RFI的关联性。结果表明,HLCS在脂肪组织中表达量最高,肝次之,在心和肌肉中痕量表达。在杜洛克个体中共发现5个多态位点,其中c.1408G>C和c.1976A>G为错义突变位点。在杜洛克群体中,c.1408G>C与RFI关联不显著(P>0.05);c.1976A>G与RFI显著关联(P<0.05),GG基因型个体的RFI比AA基因型个体低0.063 4kg。这些结果表明,HLCS与RFI密切相关,c.1976A>G可作为猪RFI性状选育的潜在分子标记,为进一步开展HLCS基因影响猪剩余采食量的功能鉴定奠定了研究基础。 展开更多
关键词 HLCS基因 RFI SNP 组织表达
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奶山羊短链脂肪酸受体GPR41基因的克隆及组织表达分析 被引量:10
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作者 孙雨婷 罗军 +4 位作者 朱江江 赵旺生 李君 钟瑜 郝娟 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期319-323,共5页
旨在克隆奶山羊GPR41(G protein-coupled receptor 41)基因并分析其组织表达谱,为进一步探讨其功能奠定基础。根据GenBank上已登录的牛、人和鼠的GPR41基因序列设计1对特异性引物,采用RT-PCR方法克隆奶山羊GPR41基因,利用实时荧光定量PC... 旨在克隆奶山羊GPR41(G protein-coupled receptor 41)基因并分析其组织表达谱,为进一步探讨其功能奠定基础。根据GenBank上已登录的牛、人和鼠的GPR41基因序列设计1对特异性引物,采用RT-PCR方法克隆奶山羊GPR41基因,利用实时荧光定量PCR方法分析奶山羊GPR41mRNA表达的组织特异性。测序结果表明奶山羊GPR41基因的CDS区为978bp,共编码325个氨基酸。奶山羊GPR41基因序列同源性分析表明:其与牛、人和鼠的核苷酸序列同源性分别为96%、78%和74%,与牛、人和鼠的氨基酸序列同源性分别为97%、76%和74%。实时荧光定量PCR分析结果表明:奶山羊GPR41基因在小肠组织中表达量最高,其次是乳腺组织,在心脏和肾脏中表达量极低。试验结果表明GPR41可能在小肠和乳腺组织中发挥着重要的生理作用。 展开更多
关键词 奶山羊 GPR41 克隆 组织表达
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半滑舌鳎膜孕激素受体基因克隆与组织表达分析 被引量:8
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作者 史宝 李晓晓 +4 位作者 柳学周 徐永江 王珊珊 刘芝亮 王妍妍 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2013年第3期61-67,共7页
采用同源克隆和末端快速扩增(RACE)方法,首次获得全长为1319bp的半滑舌鳎膜孕激素受体(mPRα)的cDNA序列;将推断的氨基酸序列与其他物种mPRα氨基酸序列进行多重比较分析,发现存在7个跨膜区域。使用MEGA4.0临位相联法和ClustalX方法对mP... 采用同源克隆和末端快速扩增(RACE)方法,首次获得全长为1319bp的半滑舌鳎膜孕激素受体(mPRα)的cDNA序列;将推断的氨基酸序列与其他物种mPRα氨基酸序列进行多重比较分析,发现存在7个跨膜区域。使用MEGA4.0临位相联法和ClustalX方法对mPRα的氨基酸序列进行聚类分析和序列相似度分析。结果表明,半滑舌鳎mPRα与漠斑牙鲆、大西洋绒须石首鱼以及青鳉等鱼类的mPRα聚为一支,亲缘关系较近,相似度较高,分别为94%、93%和90%;而与高等哺乳动物人和牛相似性均为53%,亲缘关系较远。应用半定量RT-PCR技术分析了mPRαmRNA在性成熟雌性半滑舌鳎不同组织的表达,结果表明,mPRαmRNA组织表达具有广泛性,但表达量存在差异,在脑、肾、脾和卵巢等组织表达丰富,在肝、胃和肌肉组织表达较弱。 展开更多
关键词 半滑舌鳎 膜孕激素受体基因 基因克隆 组织表达
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