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赤点石斑鱼HSP60基因克隆及弧菌应激前后的组织表达特性分析 被引量：6
1
作者 曲朦 施晓峰 +1 位作者 张之文 丁少雄 《海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期111-120,共10页
HSP60(heat shock protein 60,热休克蛋白60)作为高度保守的热休克蛋白家族的一员,不仅可以在应激状态下帮助其他蛋白正确折叠并恢复天然构象,还可作为危险信号作用于天然免疫系统。基于HSP60的EST序列设计特异引物,采用RACE技术成功克... HSP60(heat shock protein 60,热休克蛋白60)作为高度保守的热休克蛋白家族的一员,不仅可以在应激状态下帮助其他蛋白正确折叠并恢复天然构象,还可作为危险信号作用于天然免疫系统。基于HSP60的EST序列设计特异引物,采用RACE技术成功克隆获得赤点石斑鱼HSP60 cDNA全序列及基因组全序列。其cDNA序列全长2 351 bp,包括75 bp的5′UTR,539 bp的3′UTR和1 737 bp的开放阅读框,共编码578个氨基酸。核苷酸及氨基酸序列比对结果显示该基因与其他脊椎动物的相似性很高。基于氨基酸序列构建的系统进化树与传统物种树基本吻合,说明HSP60可能是1个潜在的可用于物种系统进化研究的良好标记。所获得的赤点石斑鱼HSP60基因组全序列含有8个内含子和9个外显子,也与已知其他硬骨鱼类基本一致。这种在序列特征、蛋白空间结构及基因组结构上的高度保守性意味着HSP60在动物生命活动中可能发挥着至关重要的作用。通过实时PCR检测结果发现HSP60在赤点石斑鱼各组织中均有表达,而攻毒后鱼体肝的表达量显著增高(P<0.05),鳃、脾、胃和脑等重要组织器官的表达量也有不同程度的提高,该结果证实了HSP60基因在鱼类非特异性免疫应答中发挥了作用。 展开更多
关键词 赤点石斑鱼 HSP60 克隆 组织表达特性
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版纳微型猪近交系TDRP1基因克隆、鉴定及mRNA的组织表达特性 被引量：1
2
作者 王配 霍金龙 +4 位作者 王淑燕 潘伟荣 查星琴 施晨 曾养志 《中国实验动物学报》 CAS CSCD 2014年第6期9-16,共8页
目的克隆版纳微型猪近交系（BMI）不育和可育公猪TDRP1基因,分析其序列及mRNA表达水平上的差异,预测其蛋白质功能,并检测该基因在可育公猪中的组织表达分布情况。方法以猪NM_001198925序列为模板,设计特异引物,采用RT-PCR方法结合测序获... 目的克隆版纳微型猪近交系（BMI）不育和可育公猪TDRP1基因,分析其序列及mRNA表达水平上的差异,预测其蛋白质功能,并检测该基因在可育公猪中的组织表达分布情况。方法以猪NM_001198925序列为模板,设计特异引物,采用RT-PCR方法结合测序获得TDRP1的c DNA序列并进行生物信息学分析;采用半定量PCR方法检测TDRP1在不育和可育公猪睾丸中的表达规律,分析该基因在可育公猪17种组织中的表达特征。结果获得了BMI TDRP1基因的编码区序列（Gen Bank登录号：KJ186786）,生物信息学分析表明其编码186个氨基酸,蛋白质相对分子质量（Mw）为20.49×10^3,等电点（p I）为5.86,无信号肽,有94.1%的概率位于细胞核,含有1个亮氨酸富集的核输出信号。不同物种的氨基酸序列比对表明猪TDRP1与人、恒河猴、小鼠和大鼠等哺乳动物的TDRP1相似性在73%-83.2%之间,其中与人、恒河猴的相似性较高。mRNA表达分析表明,TDRP1在BMI不育和可育公猪睾丸间表达水平差异无显著,在精囊腺和前列腺中高表达,在睾丸和小脑中中度表达,在大脑和肾脏中低表达,在其余组织中不表达。结论成功克隆了BMI TDRP1基因的全长编码区序列并发现了BMI特有的2个SNP位点;TDRP1基因在BMI不育和可育公猪间序列完全一致,睾丸mRNA表达水平差异无显著性,多组织转录谱分析表明该基因存在明显的组织差异表达现象,在精囊腺和前列腺中有较高表达量,为深入研究TDRP1基因在精子发生方面的作用奠定了基础。 展开更多
关键词 精子发生相关蛋白1 精子发生 版纳微型猪近交系 生物信息学 组织表达特性
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鸡Hemeo xygenase 1基因克隆、结构功能预测及组织表达特性分析 被引量：3
3
作者 江秀清 王丽丽 +4 位作者 曹嫦好 李楠 葛延松 张颖 李金龙 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期31-37,共7页
旨在克隆鸡Hteme oxygenase 1(HO-1)基因,探明其蛋白结构、功能及组织表达特性。以海兰白鸡(W-36)为材料,利用RT-PCR技术克隆鸡HO-1基因CDS区,利用生物信息学方法预测蛋白结构与功能,应用qRT-PCR检测组织表达特性。结果表明,鸡HO-1基因... 旨在克隆鸡Hteme oxygenase 1(HO-1)基因,探明其蛋白结构、功能及组织表达特性。以海兰白鸡(W-36)为材料,利用RT-PCR技术克隆鸡HO-1基因CDS区,利用生物信息学方法预测蛋白结构与功能,应用qRT-PCR检测组织表达特性。结果表明,鸡HO-1基因的CDS为891bp,编码296个氨基酸,其核苷酸和氨基酸序列与其他种属间的差异较大。鸡HO-1为跨膜非分泌蛋白,具有HO家族的结构域,酶分类为EC1.14.99.3,能够结合-HEM、BLA、OXN、Q80、SUC、TRE和Na^+等分子。鸡HO-1基因在组织内广泛表达,在动脉、脑干、大脑、坐骨神经、十二指肠及小肠等组织表达量较高。预测HO-1蛋白具有调控糖类和盐类等相关分子功能作用,其在组织中广泛表达,在循环系统、神经系统和消化系统中具有重要的生物学功能。 展开更多
关键词 鸡 HEME OXYGENASE 1 基因克隆 蛋白结构与功能 组织表达特性
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抚仙金线鲃kisspeptin基因的克隆及组织表达特性 被引量：3
4
作者 廖宗甄 孙彩云 +4 位作者 王晓爱 杨国坤 潘晓赋 杨君兴 李文笙 《四川动物》 北大核心 2016年第4期496-502,共7页
抚仙金线鲃Sinocyclocheilus tingi是云南抚仙湖的特有种,虽已突破其人工繁殖技术,但在塘养环境下不能自然繁衍。kiss1基因编码的神经多肽kisspeptin被认为是下丘脑-垂体-性腺轴的重要调节因子,通过调控促性腺激素释放激素、促性腺激素... 抚仙金线鲃Sinocyclocheilus tingi是云南抚仙湖的特有种,虽已突破其人工繁殖技术,但在塘养环境下不能自然繁衍。kiss1基因编码的神经多肽kisspeptin被认为是下丘脑-垂体-性腺轴的重要调节因子,通过调控促性腺激素释放激素、促性腺激素等激素的分泌参与到生殖调控中。本研究采用反转录PCR和c DNA末端快速扩增(RACE)技术在抚仙金线鲃中克隆出编码kisspeptin的2个基因kiss1和kiss2的c DNA,其中kiss1的开放阅读框长度为351 bp,编码116个氨基酸;kiss2的开放阅读框长度为369 bp,编码122个氨基酸。反转录PCR结果显示,kiss1在抚仙金线鲃雌雄个体中均是肠道的表达量最高;kiss2表达量最高的组织在雄性和雌性中不同,雄性为肠道,雌性则是下丘脑和全脑。为进一步探究kiss1和kiss2在中枢神经系统及垂体中的分布,本研究中将抚仙金线鲃的脑部分为8个部分进行反转录PCR,结果显示,雄性脊髓和垂体中的kiss1表达量较高,雌性垂体中的kiss1表达量最高,其次是视顶盖;kiss2在雌性和雄性中均在下丘脑的表达量最高。本研究的结果为抚仙金线鲃人工繁殖提供了更多探索的方向。 展开更多
关键词 抚仙金线鲃 KISSPEPTIN kiss1 kiss2 克隆 组织表达特性
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猪DLK1基因序列特征、印记状况及组织表达分析 被引量：2
5
作者 杨宗林 蒋曹德 李跃民 《西南大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期8-14,共7页
提取了2月龄大白猪、梅山猪及其正反交F1代个体的DNA或RNA样品,采用RT-PCR、SNP和相对定量分析的方法研究了猪DLK1基因的不同剪接体,印记状况和组织特异性表达谱.结果表明:猪DLK1氨基酸具有糖基化位点,表皮生长因子重复结构特征和delta/... 提取了2月龄大白猪、梅山猪及其正反交F1代个体的DNA或RNA样品,采用RT-PCR、SNP和相对定量分析的方法研究了猪DLK1基因的不同剪接体,印记状况和组织特异性表达谱.结果表明:猪DLK1氨基酸具有糖基化位点,表皮生长因子重复结构特征和delta/notch/serrate信号分子家族高度相关的二级结构,并且与其他哺乳动物的氨基酸序列具有高度同源性;在2月龄猪的心脏、肝脏、脾脏、肺、肾、胃、舌头、小肠、骨骼肌和脂肪组织中除了表达DLK1-B和DLK1-C2外,还发现了新的剪接体DLK1-A,并且3种剪接体在所检测的组织中均只表达父源的等位基因;DLK1基因总的表达量在各组织中存在显著性差异(p<0.01),其中骨骼肌和肺表达量最高,其次是舌、脾和脂肪,心脏和肝脏最低(p<0.05).因此,DLK1基因在哺乳动物间高度保守;猪在生长发育的各个阶段主要表达DLK1-C2剪接体,在某阶段也表达DLK1-A或DLK1-B;DLK1基因在猪生长发育的不同阶段和不同组织中只表达父源等位基因,并且对猪各个组织生长发育起着必要的作用,但总的表达量在不同生长发育时期组织中存在差异. 展开更多
关键词 印记基因 DLK1 选择性剪接 组织特性表达 猪
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紫苏二酰甘油酰基转移酶基因(PfDGAT1)鉴定及表达分析 被引量：3
6
作者 周雅莉 任文燕 +4 位作者 郝月茹 安茜 段露露 李润植 王计平 《山西农业科学》 2019年第5期701-705,共5页
二酰甘油酰基转移酶(DGAT)是TAG合成过程中的限速酶。以晋紫苏1号为材料,采用电子克隆技术获得DGAT1基因(PfDGAT1,AF298815.1),并对PfDGAT1基因序列进行生物信息学及表达特性分析。结果表明,PfDGAT1基因序列全长为1 964 bp,开放阅读框... 二酰甘油酰基转移酶(DGAT)是TAG合成过程中的限速酶。以晋紫苏1号为材料,采用电子克隆技术获得DGAT1基因(PfDGAT1,AF298815.1),并对PfDGAT1基因序列进行生物信息学及表达特性分析。结果表明,PfDGAT1基因序列全长为1 964 bp,开放阅读框长度为1 605 bp,共编码534个氨基酸残基;多序列比对和系统进化树分析表明,紫苏Pf DGAT1蛋白与芝麻、油橄榄的DGAT1蛋白的亲缘关系较近,序列同源性分别为89%和83%;利用实时荧光定量PCR技术分析PfDGAT1基因在紫苏不同组织中的表达特性,结果显示,PfDGAT1基因在紫苏不同组织中均有表达,但在种子中表达量最高,且随种子发育表达量呈先升高后降低的变化趋势,在开花后20 d表达量达到最高。 展开更多
关键词 紫苏 二酰甘油酰基转移酶(DGAT) 基因克隆 组织表达特性
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薄荷柠檬烯-6-羟化酶基因(MhL60H)的克隆与表达分析 被引量：3
7
作者 陈吟 亓希武 +3 位作者 徐东北 陈泽群 房海灵 梁呈元 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期25-31,共7页
从薄荷(Mentha haplocalyx Briq.)叶cDNA中克隆到1个参与精油合成的柠檬烯-6-羟化酶基因,命名为MhL6OH,编码的蛋白质为MhL6OH。序列分析结果表明:该基因蛋白质编码区(CDS)全长1 479 bp,编码492个氨基酸残基;MhL6OH蛋白的理论相对分子质... 从薄荷(Mentha haplocalyx Briq.)叶cDNA中克隆到1个参与精油合成的柠檬烯-6-羟化酶基因,命名为MhL6OH,编码的蛋白质为MhL6OH。序列分析结果表明:该基因蛋白质编码区(CDS)全长1 479 bp,编码492个氨基酸残基;MhL6OH蛋白的理论相对分子质量为55 855.69,理论等电点为pI 8.71,其二级结构中α-螺旋、无规则卷曲、延伸链和β-转角的比例分别为51.02%、30.49%、12.40%和6.10%,且该蛋白质含有保守的细胞色素P450结构域,说明薄荷MhL6OH蛋白属于CYP71家族的D亚家族。多重序列比对结果表明:薄荷MhL6OH蛋白与椒样薄荷(M.piperita Linn.)MpL6OH蛋白和留兰香(M.spicata Linn.)MsL6OH蛋白的氨基酸序列高度相似,均具有细胞色素P450的血红素结合区;并且,MhL6OH蛋白与MpL6OH蛋白底物识别位点(SRS)的序列相似性更高,二者的SRS2、SRS3、SRS5和SRS6序列完全相同,仅分别在SRS1和SRS4序列上存在1个氨基酸差异,说明MhL6OH蛋白与MpL6OH蛋白可能具有相似的底物识别特异性。系统进化树分析结果表明:薄荷与椒样薄荷的亲缘关系最近。组织表达特性分析结果显示:MhL6OH基因的相对表达量在薄荷叶中最高,并远高于其在茎和根中的相对表达量。原核表达分析结果显示:MhL6OH蛋白能够在大肠杆菌[Escherichia coli(Migula) Castellani et Chalmers]中高量表达,且其表达量随诱导时间延长而逐渐增大。研究结果显示:薄荷MhL6OH基因组织表达模式与其精油分布一致,MhL6OH蛋白底物识别位点的特异性可能是薄荷醇为薄荷精油主要成分的重要原因。 展开更多
关键词 薄荷 柠檬烯-6-羟化酶基因(MhL6OH) 基因克隆 生物信息学分析 组织表达特性 原核表达分析
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山杏油体蛋白基因PsOLE4克隆及其调控油脂累积功能分析 被引量：3
8
作者 党瑗 李维 +2 位作者 苗向 修宇 林善枝 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第11期151-161,共11页
油体蛋白OLE在植物油脂合成累积中具有重要调控作用。依据山杏(Prunus sibirica)不同发育阶段种子的mRNA转录组测序数据,注释获得5个具有完整开放阅读框和典型保守结构域oleosin的油体蛋白OLE家族基因,通过差异转录谱分析及RT-qPCR检测... 油体蛋白OLE在植物油脂合成累积中具有重要调控作用。依据山杏(Prunus sibirica)不同发育阶段种子的mRNA转录组测序数据,注释获得5个具有完整开放阅读框和典型保守结构域oleosin的油体蛋白OLE家族基因,通过差异转录谱分析及RT-qPCR检测,确定与山杏种子发育及油脂累积密切相关的高表达PsOLE4基因为研究对象,克隆该基因并进行生物信息学分析、组织特异表达检测、亚细胞定位分析、遗传转化拟南芥及其种子油脂含量和脂肪酸组分测定等研究。结果显示,PsOLE4基因全长序列为378 bp,可编码含125个氨基酸且分子量为13 kD的蛋白。该蛋白为疏水性无信号肽的非分泌蛋白,含有18个磷酸化位点、2个跨膜结构域和1个高度保守的脯氨酸结(PX_(5)SP_(3)P)结构域,定位于细胞膜上。PsOLE4基因在山杏种子中的表达量显著高于茎、叶及果实,而且PsOLE4基因表达可有效促进转基因拟南芥种子的脂肪酸含量提高与油脂累积,表明山杏PsOLE4基因具有种子表达特异性,对油脂累积具有重要调控作用。研究结果为后续开展山杏种子PsOLE4功能鉴定及应用奠定基础。 展开更多
关键词 油体蛋白 油脂 山杏种子 PsOLE4基因克隆 组织表达特性 亚细胞定位 遗传转化 功能分析
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