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丹参晚期胚胎蛋白基因SmLEA的克隆及表达分析
被引量：
4
1
作者
刘丛玲
王喆之
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2009年第5期80-84,共5页
对丹参EST序列进行Blast分析,发现一条序列与晚期胚胎丰富蛋白(late embryogenesis abundant)基因有较高的相似性,在此基础上设计引物,分别从cDNA和gDNA水平克隆到该基因的全长(Genbank注册号:AY725206),命名为SmLEA。该序列全长739 bp...
对丹参EST序列进行Blast分析,发现一条序列与晚期胚胎丰富蛋白(late embryogenesis abundant)基因有较高的相似性,在此基础上设计引物,分别从cDNA和gDNA水平克隆到该基因的全长(Genbank注册号:AY725206),命名为SmLEA。该序列全长739 bp,无内含子,包含1个长为495 bp的开放阅读框,编码164个氨基酸。序列比对结果显示,该序列与番茄的晚期胚胎丰富蛋白Lemmi9有较高的相似性(69%),推测该编码蛋白属于晚期胚胎蛋白LEA14家族成员。生物信息学显示,SmLEA所编码蛋白SmLEA的相对分子质量为17.34 kD,理论等电点为4.51,富含天冬氨酸及AS、IP、KV、VS、TIP肽段,定位于细胞质中,为稳定类蛋白。实时荧光定量PCR结果显示,该基因在丹参的根、茎、叶中均有表达,为组成型表达基因。
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关键词
晚期胚胎丰富蛋白
生物信息学
组成型基因
丹参
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职称材料
基于2b-RAD技术的家蚕BmNPV抗性关联基因的全基因组筛查
被引量：
5
2
作者
张正斌
张业顺
+4 位作者
方瑷
何小柏
徐安英
吴阳春
张国政
《蚕业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第6期905-912,共8页
不同家蚕品种对家蚕核型多角体病毒(Bm NPV)的抵抗性存在较大差异,家蚕抗性品系AN、野BN对Bm NPV侵染具有较强的抵抗性。用易感家蚕品系C108分别与AN和野BN杂交、回交,构建两个抗性品系的BC3M和BC4M分离群体,利用简化基因组测序技术2b-R...
不同家蚕品种对家蚕核型多角体病毒(Bm NPV)的抵抗性存在较大差异,家蚕抗性品系AN、野BN对Bm NPV侵染具有较强的抵抗性。用易感家蚕品系C108分别与AN和野BN杂交、回交,构建两个抗性品系的BC3M和BC4M分离群体,利用简化基因组测序技术2b-RAD(基于IIB型限制性内切酶的RAD)进行亲本和杂交分离群体的基因组测序,通过生物信息学方法筛选位于染色体上与抗性相关的多态性SNP标记,进行抗性品种的基因型分析。对3个亲本及2个抗性分离群体样本基因组DNA构建的2b-RAD标签文库进行Illumina测序,获得抗性亲本AN、野BN的多态性SNP标记11 919个和12 293个。对抗性分离群体全基因组染色体的Bm NPV抗性关联SNP标记指数(SNP-index)进行分析,结果表明亲本品系AN、野BN的Bm NPV抗性相关SNP标记分布在多个染色体上,其中AN的全基因组中抗性贡献率前5位是第5、10、27、23和4号染色体,野BN的全基因组中抗性贡献率前5位的是第4、27、15、18和6号染色体,有多个SNP-index高值位点与已知Bm NPV抗性相关基因的位置具有较高的一致性。推测AN、野BN两个品系的Bm NPV高抗性与抗性主基因和其他抗性基因的联合作用有关。
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关键词
家蚕
家蚕核
型
多角体病毒
抗性遗传
基因
型
组成
2b-RAD技术
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职称材料
题名
丹参晚期胚胎蛋白基因SmLEA的克隆及表达分析
被引量：
4
1
作者
刘丛玲
王喆之
机构
陕西师范大学生命科学学院药用植物资源与天然药物化学教育部重点实验室西北濒危药材资源开发国家工程实验室
出处
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2009年第5期80-84,共5页
文摘
对丹参EST序列进行Blast分析,发现一条序列与晚期胚胎丰富蛋白(late embryogenesis abundant)基因有较高的相似性,在此基础上设计引物,分别从cDNA和gDNA水平克隆到该基因的全长(Genbank注册号:AY725206),命名为SmLEA。该序列全长739 bp,无内含子,包含1个长为495 bp的开放阅读框,编码164个氨基酸。序列比对结果显示,该序列与番茄的晚期胚胎丰富蛋白Lemmi9有较高的相似性(69%),推测该编码蛋白属于晚期胚胎蛋白LEA14家族成员。生物信息学显示,SmLEA所编码蛋白SmLEA的相对分子质量为17.34 kD,理论等电点为4.51,富含天冬氨酸及AS、IP、KV、VS、TIP肽段,定位于细胞质中,为稳定类蛋白。实时荧光定量PCR结果显示,该基因在丹参的根、茎、叶中均有表达,为组成型表达基因。
关键词
晚期胚胎丰富蛋白
生物信息学
组成型基因
丹参
Keywords
Late embryogenesis abundant protein Bioinformatics Constitute expression gene S. miltiorrhiza
分类号
S567.53 [农业科学—中草药栽培]
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职称材料
题名
基于2b-RAD技术的家蚕BmNPV抗性关联基因的全基因组筛查
被引量：
5
2
作者
张正斌
张业顺
方瑷
何小柏
徐安英
吴阳春
张国政
机构
江苏科技大学生物技术学院
中国农业科学院蚕业研究所
出处
《蚕业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第6期905-912,共8页
基金
现代农业产业技术体系建设专项(No.CARS-18)
文摘
不同家蚕品种对家蚕核型多角体病毒(Bm NPV)的抵抗性存在较大差异,家蚕抗性品系AN、野BN对Bm NPV侵染具有较强的抵抗性。用易感家蚕品系C108分别与AN和野BN杂交、回交,构建两个抗性品系的BC3M和BC4M分离群体,利用简化基因组测序技术2b-RAD(基于IIB型限制性内切酶的RAD)进行亲本和杂交分离群体的基因组测序,通过生物信息学方法筛选位于染色体上与抗性相关的多态性SNP标记,进行抗性品种的基因型分析。对3个亲本及2个抗性分离群体样本基因组DNA构建的2b-RAD标签文库进行Illumina测序,获得抗性亲本AN、野BN的多态性SNP标记11 919个和12 293个。对抗性分离群体全基因组染色体的Bm NPV抗性关联SNP标记指数(SNP-index)进行分析,结果表明亲本品系AN、野BN的Bm NPV抗性相关SNP标记分布在多个染色体上,其中AN的全基因组中抗性贡献率前5位是第5、10、27、23和4号染色体,野BN的全基因组中抗性贡献率前5位的是第4、27、15、18和6号染色体,有多个SNP-index高值位点与已知Bm NPV抗性相关基因的位置具有较高的一致性。推测AN、野BN两个品系的Bm NPV高抗性与抗性主基因和其他抗性基因的联合作用有关。
关键词
家蚕
家蚕核
型
多角体病毒
抗性遗传
基因
型
组成
2b-RAD技术
Keywords
Bombyx mori
Bombyx mori nucleopolyhedrovirus
Resistance inheritance
Genotype composition
2b-RADtechnology
分类号
S881.2 [农业科学—特种经济动物饲养]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
丹参晚期胚胎蛋白基因SmLEA的克隆及表达分析
刘丛玲
王喆之
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2009
4
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
基于2b-RAD技术的家蚕BmNPV抗性关联基因的全基因组筛查
张正斌
张业顺
方瑷
何小柏
徐安英
吴阳春
张国政
《蚕业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2017
5
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