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松树内生细菌GD2对松材线虫入侵寄主时转录组的影响
被引量：
5
1
作者
陈阳雪
赵晓佳
谈家金
《华中农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第5期37-45,共9页
为了进一步阐明细菌在松材线虫病中的作用,采用松材线虫(CK)和松材线虫与马尾松内生细菌GD2的混合物(T)分别接种马尾松,对松材线虫进行转录组测序、Gene Ontology(GO)及KEGG富集分析,并利用Real-time Quantitative PCR(RT-qPCR)验证目...
为了进一步阐明细菌在松材线虫病中的作用,采用松材线虫(CK)和松材线虫与马尾松内生细菌GD2的混合物(T)分别接种马尾松,对松材线虫进行转录组测序、Gene Ontology(GO)及KEGG富集分析,并利用Real-time Quantitative PCR(RT-qPCR)验证目标基因表达情况。结果显示,与对照组(空白虫)CK相比,共筛选到143个差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),其中有63个上调基因,80个下调基因。Gene Ontology分析显示,差异表达基因在免疫系统过程、细胞膜、代谢过程、转运活性等功能类富集。KEGG通路在ECM-receptor互作、肾素-血管紧张素、糖酵解、胰岛素信号等通路富集。这些GO功能与KEGG通路涉及机体的免疫调节。选取8个基因进行RT-qPCR验证,表达水平与测序结果一致,证明了测序结果的准确性。表明菌株GD2可以通过提高松材线虫的免疫调节能力来影响松材线虫病的发生。
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关键词
转录组分析
松材
线
虫
马尾松内生
细菌
GD2
差异表达基因
线虫-细菌微生态
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职称材料
题名
松树内生细菌GD2对松材线虫入侵寄主时转录组的影响
被引量：
5
1
作者
陈阳雪
赵晓佳
谈家金
机构
南京林业大学林学院
出处
《华中农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第5期37-45,共9页
基金
国家重点研发计划项目(2018YFC1200400)。
文摘
为了进一步阐明细菌在松材线虫病中的作用,采用松材线虫(CK)和松材线虫与马尾松内生细菌GD2的混合物(T)分别接种马尾松,对松材线虫进行转录组测序、Gene Ontology(GO)及KEGG富集分析,并利用Real-time Quantitative PCR(RT-qPCR)验证目标基因表达情况。结果显示,与对照组(空白虫)CK相比,共筛选到143个差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),其中有63个上调基因,80个下调基因。Gene Ontology分析显示,差异表达基因在免疫系统过程、细胞膜、代谢过程、转运活性等功能类富集。KEGG通路在ECM-receptor互作、肾素-血管紧张素、糖酵解、胰岛素信号等通路富集。这些GO功能与KEGG通路涉及机体的免疫调节。选取8个基因进行RT-qPCR验证,表达水平与测序结果一致,证明了测序结果的准确性。表明菌株GD2可以通过提高松材线虫的免疫调节能力来影响松材线虫病的发生。
关键词
转录组分析
松材
线
虫
马尾松内生
细菌
GD2
差异表达基因
线虫-细菌微生态
Keywords
transcriptomic analysis
Bursaphelenchus xylophilus
endophytic bacterial strain GD2 from Pinus massoniana
differentially expressed genes
nematode
-
bacteria microecology
分类号
S763 [农业科学—森林保护学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
松树内生细菌GD2对松材线虫入侵寄主时转录组的影响
陈阳雪
赵晓佳
谈家金
《华中农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021
5
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