为分析间断双线绦虫(Digramma interrupta)的线粒体基因(mtDNA)序列的遗传多态性,探讨其作为分子标记的应用潜力,于云南省迪庆州获得的短须裂腹鱼体内分离出21条间断双线绦虫,分别提取基因组DNA,扩增ATP酶亚基6(p atp 6)、烟酰胺腺嘌呤...为分析间断双线绦虫(Digramma interrupta)的线粒体基因(mtDNA)序列的遗传多态性,探讨其作为分子标记的应用潜力,于云南省迪庆州获得的短须裂腹鱼体内分离出21条间断双线绦虫,分别提取基因组DNA,扩增ATP酶亚基6(p atp 6)、烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚基5(p nad 5)、核糖体RNA小亚基(p rrn S)部分基因,并进行序列分析。基于这3个基因,以多房棘球绦虫为外群,采用贝叶斯法构建进化树,分析间断双线绦虫与其他绦虫之间的系统发育关系。结果发现,p atp 6、p nad 5和p rrn S扩增产物的长度分别为543 bp、628 bp和1133 bp,种内差异依次为0~1.1%、0~1.4%和0~0.4%,在进化树上与间断双线绦虫与舌状绦虫亲缘关系最近。结果表明,3个mtDNA序列变异程度从低到高依次为p rrn S<p atp 6<p nad 5,p nad 5是研究间断双线绦虫遗传多样性的理想线粒体分子标记。展开更多
通过PCR产物直接测序法对五华三黄鸡保种群120个个体进行线粒体DNA(mt DNA)D-loop序列测定,研究该品种的遗传多样性和系统进化。结果显示,五华三黄鸡保留着较高水平的遗传多样性。mt DNA D-loop的C+G含量(42.5%)低于T+A含量(57.5%),核...通过PCR产物直接测序法对五华三黄鸡保种群120个个体进行线粒体DNA(mt DNA)D-loop序列测定,研究该品种的遗传多样性和系统进化。结果显示,五华三黄鸡保留着较高水平的遗传多样性。mt DNA D-loop的C+G含量(42.5%)低于T+A含量(57.5%),核苷酸多样性和核苷酸差异均数分别为0.01298±0.00051和6.750。共检测到33个突变位点,均为转换突变,包括23个T>C转换和10个A>G转换,占分析位点的6.35%。定义了32种单倍型,其中独享型单倍型19个,单倍型多样性为0.913±0.012,遗传距离为0.013±0.003。单倍型类群主要分布在进化枝A、B、C和E,其中B为优势单倍型类群。系统进化分析和进化枝地理分布特征表明,五华三黄鸡有4个母系来源,可能受北方家鸡南迁的影响。展开更多
文摘为分析间断双线绦虫(Digramma interrupta)的线粒体基因(mtDNA)序列的遗传多态性,探讨其作为分子标记的应用潜力,于云南省迪庆州获得的短须裂腹鱼体内分离出21条间断双线绦虫,分别提取基因组DNA,扩增ATP酶亚基6(p atp 6)、烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚基5(p nad 5)、核糖体RNA小亚基(p rrn S)部分基因,并进行序列分析。基于这3个基因,以多房棘球绦虫为外群,采用贝叶斯法构建进化树,分析间断双线绦虫与其他绦虫之间的系统发育关系。结果发现,p atp 6、p nad 5和p rrn S扩增产物的长度分别为543 bp、628 bp和1133 bp,种内差异依次为0~1.1%、0~1.4%和0~0.4%,在进化树上与间断双线绦虫与舌状绦虫亲缘关系最近。结果表明,3个mtDNA序列变异程度从低到高依次为p rrn S<p atp 6<p nad 5,p nad 5是研究间断双线绦虫遗传多样性的理想线粒体分子标记。
文摘通过PCR产物直接测序法对五华三黄鸡保种群120个个体进行线粒体DNA(mt DNA)D-loop序列测定,研究该品种的遗传多样性和系统进化。结果显示,五华三黄鸡保留着较高水平的遗传多样性。mt DNA D-loop的C+G含量(42.5%)低于T+A含量(57.5%),核苷酸多样性和核苷酸差异均数分别为0.01298±0.00051和6.750。共检测到33个突变位点,均为转换突变,包括23个T>C转换和10个A>G转换,占分析位点的6.35%。定义了32种单倍型,其中独享型单倍型19个,单倍型多样性为0.913±0.012,遗传距离为0.013±0.003。单倍型类群主要分布在进化枝A、B、C和E,其中B为优势单倍型类群。系统进化分析和进化枝地理分布特征表明,五华三黄鸡有4个母系来源,可能受北方家鸡南迁的影响。
