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扁吻鱼和塔里木裂腹鱼线粒体COI基因片段的比较研究 被引量:12
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作者 杨天燕 张人铭 +3 位作者 郭焱 孟玮 海萨 马燕武 《水生态学杂志》 北大核心 2011年第1期45-50,共6页
对扁吻鱼(Aspiorhynchus laticeps)和塔里木裂腹鱼(Schizothoraxbiddulphi)细胞色素c氧化酶亚基(COI)基因片段进行扩增。通过序列测定得到624bp的基因片段,无碱基的插入和缺失,A、T、G、C碱基中G含量最低,A+T含量高于G+C含量,与其它鱼类... 对扁吻鱼(Aspiorhynchus laticeps)和塔里木裂腹鱼(Schizothoraxbiddulphi)细胞色素c氧化酶亚基(COI)基因片段进行扩增。通过序列测定得到624bp的基因片段,无碱基的插入和缺失,A、T、G、C碱基中G含量最低,A+T含量高于G+C含量,与其它鱼类COI基因片段研究结果相一致。2个种间共检测到38处核苷酸替换,其中35处碱基转换,3处碱基颠换,蛋白质编码基因上的核苷酸替代主要是密码子第3位点上的同义替换。在编码的208个氨基酸中,仅发生2处氨基酸替代,替代率为0.96%。采用Kimura-2法计算种间平均遗传距离为0.06,以鲤作外群构建NJ系统树,扁吻鱼和塔里木裂腹鱼亲缘关系较近,而与新疆裸重唇鱼、斑重唇鱼亲缘关系较远。 展开更多
关键词 扁吻鱼 塔里木裂腹鱼 线粒体coi基因
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2种带鱼科鱼类线粒体COI基因片段的比较分析
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作者 斯舒谨 褚梦洁 +3 位作者 袁帆 王忠明 杨天燕 朱文斌 《浙江海洋大学学报(自然科学版)》 CAS 2022年第1期7-14,共8页
为探究2种带鱼科鱼类的遗传差异,对带鱼和沙带鱼线粒体细胞色素c氧化酶亚基I(cytochrome c oxidase subunit I,COI)基因进行扩增。通过测定得到长度为550 bp的基因片段,无碱基的插入和缺失,A、T、G、C碱基中G含量最低,A+T平均含量(52.9... 为探究2种带鱼科鱼类的遗传差异,对带鱼和沙带鱼线粒体细胞色素c氧化酶亚基I(cytochrome c oxidase subunit I,COI)基因进行扩增。通过测定得到长度为550 bp的基因片段,无碱基的插入和缺失,A、T、G、C碱基中G含量最低,A+T平均含量(52.93%)高于G+C含量(47.07%)。碱基转换明显大于颠换,转换与颠换比(R)平均为2.72,且密码子第1位点碱基突变数目明显高于其它位点。28尾沙带鱼样品中检测到12种单倍型,24尾带鱼样品中检测到13种单倍型,前者平均单倍型多样度(H_(d))及核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.7169和0.0050,后者分别为0.8841和0.0046。采用Kimura双参数法计算种间平均遗传距离为0.1655,远大于种内个体间平均遗传距离。基于单倍型构建的邻接系统发育树显示2种鱼类得到很好的区分,从进化关系上来看,沙带鱼分化时间较带鱼更早。 展开更多
关键词 带鱼 沙带鱼 线粒体coi基因 序列比较
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基于线粒体COI基因分析广西地区斑鳠的遗传多样性和遗传结构
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作者 何泽霖 韦友传 《当代水产》 2025年第6期64-66,68,共4页
斑鳠(Mystus guttatus),鲇形目(Siluriformes)、鲿科(Bagridae)、半鲿属(Hemibagrus),洄游性鱼类,主要分布于元江、九龙江、钱塘江及珠江等水系,其全身无鳞、肉质细嫩、口感独特和营养丰富,是我国重要的淡水鱼类。近年来,广西境内过度... 斑鳠(Mystus guttatus),鲇形目(Siluriformes)、鲿科(Bagridae)、半鲿属(Hemibagrus),洄游性鱼类,主要分布于元江、九龙江、钱塘江及珠江等水系,其全身无鳞、肉质细嫩、口感独特和营养丰富,是我国重要的淡水鱼类。近年来,广西境内过度捕捞、修建水电站以及随意放生等人类活动导致斑鳠自然种群数量减少,已被《国家重点保护野生动物名录》列为国家二级保护动物,其资源保护与恢复迫在眉睫。 展开更多
关键词 线粒体coi基因 斑鳠 遗传结构 鲇形目 遗传多样性
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魁蚶线粒体16S rRNA和COI基因片段序列测定及其应用前景 被引量:22
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作者 孔晓瑜 姜艳艳 +2 位作者 相建海 喻子牛 刘亚军 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2001年第12期46-48,共3页
Mitochondrial gene(16S rRNA and COI) fragments of Bloody clam Scapharca broughtonii were amplified via PCR, the PCR products were ligated into T vectors, cloned and sequenced. 823 bp and 703 bp nucleotide sequences of... Mitochondrial gene(16S rRNA and COI) fragments of Bloody clam Scapharca broughtonii were amplified via PCR, the PCR products were ligated into T vectors, cloned and sequenced. 823 bp and 703 bp nucleotide sequences of partial 16S rRNA gene and partial COI gene were obtained respectively. The contents of A, T, G and C were 24.79%,23.57%,29.16% and 22.48% in 16S rDNA; 22.05%,33.85%,23.33% and 20.77% in COI. The potential uses of these two sequences were discussed for genetic variation, differentiation and relevant research of different geographic populations in the species. 展开更多
关键词 魁蚶 16SrDNA coi 序列测定 线粒体 基因片段 蚶科贝类
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三疣梭子蟹线粒体DNA 16S rRNA和COI基因片段序列的比较研究 被引量:57
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作者 郭天慧 孔晓瑜 +1 位作者 陈四清 喻子牛 《中国海洋大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2004年第1期22-28,共7页
本文采用 PCR扩增和序列测定等技术 ,对三疣梭子蟹 (Portunustrituberculatus)线粒体DNA1 6Sr RNA和 COI基因片段进行了初步研究。经 PCR扩增和序列测定 ,分别得到 1 6Sr RNA和 COI2个基因片段的碱基序列 ,其中 1 6Sr RNA基因片段的大小... 本文采用 PCR扩增和序列测定等技术 ,对三疣梭子蟹 (Portunustrituberculatus)线粒体DNA1 6Sr RNA和 COI基因片段进行了初步研究。经 PCR扩增和序列测定 ,分别得到 1 6Sr RNA和 COI2个基因片段的碱基序列 ,其中 1 6Sr RNA基因片段的大小为 566bp,碱基 A,T,G,C的含量分别为 35.1 6% ,34.45% ,1 2 .37%和 1 8.0 2 % ;COI基因片段的大小为 658bp,碱基 A,T,G,C的含量分别为 36.63% ,2 6.44% ,2 0 .52 %和 1 6.41 %。在 2种基因片段中 ,AT含量均明显高于 GC含量 ,这与果蝇、虾类、蟹类等无脊椎动物的 1 6Sr RNA和 COI基因片段研究结果相似。通过对三疣梭子蟹 1 6S r RNA和 COI2个基因片段遗传特征的研究 ,发现其种内变异较低 ,在 3个样本中 1 6Sr RNA基因片段序列完全一样 ,COI基因片段中也只有 2个 T/ C位点转换。另外 ,比较本研究所得序列与 Gen Bank中梭子蟹科 5个属的 1 6Sr RNA基因片段序列后 ,发现其聚类结果与传统分类相一致。 展开更多
关键词 三疣梭子蟹 16S RRNA基因 coi基因 PCR 片段序列
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3种蛏类线粒体16SrRNA和COI基因片段的序列比较及其系统学初步研究 被引量:33
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作者 陈丽梅 孔晓瑜 +2 位作者 喻子牛 于珊珊 徐晖 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2005年第8期27-32,共6页
对3种蛏类大竹蛏(Solen grandis),长竹蛏(Solen strictus)和小刀蛏(Cultellus attenuatus)的线粒体16SrRNA和COI基因片段序列进行了比较并对其系统学进行了初步研究.得到的序列总长度分别为472~481bp(16S)和658bp(COI).3种蛏序列的碱... 对3种蛏类大竹蛏(Solen grandis),长竹蛏(Solen strictus)和小刀蛏(Cultellus attenuatus)的线粒体16SrRNA和COI基因片段序列进行了比较并对其系统学进行了初步研究.得到的序列总长度分别为472~481bp(16S)和658bp(COI).3种蛏序列的碱基组成均显示出较高的A+T比例(16S rRNA基因62.1%;COI基因62.8%).对位排序比较表明,16S rRNA片段种内个体间变异较小,3种类间存在128个碱基变异位点(其中包括127个简约信息位点)和5个插入/缺失位点,总共12个碱基长;COI片段有200个碱基存在变异,其中包括191个简约信息位点,不存在任何插入/缺失位点.数据分析结果表明16S rRNA和COI基因片段大竹蛏与长竹蛏两片段的遗传距离分别为0.0856和0.1712,两竹蛏类与小刀蛏的遗传距离分别为0.3054,0 2798和0.2662,0.2933.作者认为小刀蛏与竹蛏之间的遗传距离已达到科之间的水平,结果支持将其提升为刀蛏科的分类观点.3种蛏类线粒体16S rRNA和COI基因在种间明显的多态性,证实了16S rRNA和COI基因序列均普遍适用于蛏类种及以上阶元的系统学分析. 展开更多
关键词 竹蛏科 线粒体 16S RRNA基因 coi基因
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中华假磷虾线粒体DNA COI基因片段序列分析 被引量:7
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作者 林元烧 曹文清 +2 位作者 方旅平 刘茜茜 李少菁 《厦门大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2004年第6期842-846,共5页
采用苯酚-氯仿提取、异丙醇沉淀提取中华假磷虾基因组DNA;以相应引物经PCR扩增得到线粒体DNACOI片段;PCR产物采用化学法与载体(pGEM-TEasyVector)重组基因、热休克法转化重组质粒至感受态大肠杆菌(JM109)、氨苄LB培养基扩大培养;测序.... 采用苯酚-氯仿提取、异丙醇沉淀提取中华假磷虾基因组DNA;以相应引物经PCR扩增得到线粒体DNACOI片段;PCR产物采用化学法与载体(pGEM-TEasyVector)重组基因、热休克法转化重组质粒至感受态大肠杆菌(JM109)、氨苄LB培养基扩大培养;测序.结果表明,中华假磷虾线粒体COI碱基709bp,其碱基组成A、T、G、C含量分别为28 59%、35 35%、17 61%和18 45%(国际基因库索引号AY754819);与同科内其它3属10种磷虾的mtCOI基因片段核苷酸组成相似. 展开更多
关键词 基因片段 线粒体DNA 醇沉 CO 重组基因 重组质粒 热休克 磷虾 碱基 PCR产物
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西施舌线粒体COI与16S rRNA基因片段序列测定及其分析 被引量:4
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作者 陈淑吟 吉红九 +1 位作者 张雪娜 朱立静 《水产科学》 CAS 北大核心 2010年第8期485-488,共4页
测定了西施舌江苏群体样品的COI与16S rRNA基因片段序列,并分析了西施舌与蛤蜊科另外2个经济种类的系统关系。结果显示,西施舌的COI基因片段长度为578 bp,16S基因片段长度为450 bp,序列的平均AT含量分别为:65.1%(COI)和62.2%(16S);与四... 测定了西施舌江苏群体样品的COI与16S rRNA基因片段序列,并分析了西施舌与蛤蜊科另外2个经济种类的系统关系。结果显示,西施舌的COI基因片段长度为578 bp,16S基因片段长度为450 bp,序列的平均AT含量分别为:65.1%(COI)和62.2%(16S);与四角蛤蜊及中国蛤蜊的系统关系分析表明,西施舌与这2种类的亲缘关系远于这两者之间。 展开更多
关键词 西施舌 线粒体基因 双壳类 coi 16S rDNA
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基于COI基因的黄河河南-山东段鲤群体遗传结构分析
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作者 薛向平 孙朝徽 +4 位作者 刘霞 惠筠 李学军 李秀启 司飞 《淡水渔业》 北大核心 2025年第2期43-52,共10页
为了解黄河河南-山东段黄河鲤(Cyprinus carpio haematopterus)野生和养殖群体的种质资源现状,本研究基于线粒体COI基因序列,对黄河河南-山东段的6个野生和2个养殖群体,共计204尾黄河鲤样本进行了遗传多样性分析。研究结果表明,204条长... 为了解黄河河南-山东段黄河鲤(Cyprinus carpio haematopterus)野生和养殖群体的种质资源现状,本研究基于线粒体COI基因序列,对黄河河南-山东段的6个野生和2个养殖群体,共计204尾黄河鲤样本进行了遗传多样性分析。研究结果表明,204条长度为628 bp的COI基因序列中,碱基A、T、C和G的平均含量分别为26.74%、27.41%、28.01%和17.84%,A+T的含量(54.15%)高于C+G的含量(45.85%),表现出明显的AT偏倚性。8个黄河鲤群体共检测到18个多态位点,定义了17个单倍型,Hap2、Hap4和Hap5出现频次最高,其中Hap4和Hap5为8个黄河鲤群体共有单倍型,分布于133个样本中,占总样本数的65.20%。核苷酸多样性(Pi)为0.00097~0.00254,单倍型多样性(Hd)为0.451~0.837,遗传多样性水平总体偏低,表现出高Hd低Pi。山东东阿(DE)群体的遗传多样性最高,其次为河南三门峡(SMX)群体、河南恼里(NL)群体,最低为河南养殖群体(HNYZ)群体。群体间Fst及遗传距离结果显示,黄河口(HHK)群体与其他群体间存在一定程度遗传分化,但不显著,HHK和DE群体的遗传距离最大,河南段柳园口(LYK)群体和河南养殖(HNYZ)群体的遗传距离最小;8个群体的分子方差分析(AMOVA)显示,变异主要来源于群体内,占总变异86.04%;中性检验和碱基错配分布结果分析表明,黄河鲤群体历史上可能经历过扩张或持续增长,当在环境、捕捞等外部压力减小的情况下种群可能实现快速补充,这为当前种群资源量匮乏形势下黄河鲤的种群资源恢复提供了良好信号。 展开更多
关键词 黄河鲤(Cyprinus carpio haematopterus) 线粒体coi基因 遗传多样性 群体遗传进化
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基于形态学和线粒体COI基因分子标记的安西自然保护区普氏野马马胃蝇幼虫鉴定分析 被引量:1
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作者 裴鹏祖 田瑞祥 +1 位作者 闫利平 张东 《甘肃林业科技》 2024年第2期53-57,共5页
马胃蝇Gasterophilus spp.是马科动物体内常见的一类寄生虫,目前全世界报道了9种马胃蝇。马胃蝇不同物种具有明显的地域分布特征,不同地区感染马胃蝇的物种组成结构差异明显。为了探究甘肃安西极旱荒漠国家级自然保护区内普氏野马Equus ... 马胃蝇Gasterophilus spp.是马科动物体内常见的一类寄生虫,目前全世界报道了9种马胃蝇。马胃蝇不同物种具有明显的地域分布特征,不同地区感染马胃蝇的物种组成结构差异明显。为了探究甘肃安西极旱荒漠国家级自然保护区内普氏野马Equus ferus感染马胃蝇幼虫的物种组成,2021年对保护区内的野马进行了驱虫保健,并解剖死亡个体,采获马胃蝇幼虫875只;利用体视解剖镜对特征明显的三龄幼虫进行了形态学观察及鉴别,根据三龄幼虫领部棘刺,以及各体节棘刺形态、口脊骨页部形态平滑、伪头小刺结构清晰等特征,明确了三龄幼虫均为黑腹胃蝇Gasterophilus pecorum;对于形态难以鉴定的一、二龄幼虫,采取了扩增其线粒体细胞色素氧化酶亚基(COI)基因并与GenBank数据库中马胃蝇属序列对比的分子鉴定方法,经过比对分析,确认一、二龄幼虫均与黑腹胃蝇序列聚为一支,且与黑腹胃蝇遗传距离最近。综上,确认甘肃安西极旱荒漠国家级自然保护区马胃蝇种类均为黑腹胃蝇。 展开更多
关键词 普氏野马 马胃蝇 线粒体细胞色素氧化酶亚基(coi)基因 分子鉴定
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基于线粒体COI基因序列的黄胫小车蝗不同地理种群的遗传分化及基因流分析 被引量:27
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作者 孙嵬 张柱亭 +4 位作者 董辉 钱海涛 石玉 谢丽娜 丛斌 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第8期907-916,共10页
黄胫小车蝗OedaleusinfernalisSaussure是一种在我国分布广泛、对农牧业生产危害严重的经济害虫。本文对黄胫小车蝗10个地理种群的线粒体COI基因序列进行测序和分析,利用DnaSP5.0和Arlequin3.5.1.2软件对该蝗虫种群问的遗传多样性... 黄胫小车蝗OedaleusinfernalisSaussure是一种在我国分布广泛、对农牧业生产危害严重的经济害虫。本文对黄胫小车蝗10个地理种群的线粒体COI基因序列进行测序和分析,利用DnaSP5.0和Arlequin3.5.1.2软件对该蝗虫种群问的遗传多样性、遗传分化程度、基因流水平及分子变异进行了分析,建立了单倍型贝叶斯系统发育进化树和单倍型网络图。结果表明:在所分析的144个序列样本中,共检测到21种单倍型,其中1种单倍型为10个地理种群所共享。总群体的单倍型多样性指数为0.653,各地理种群单倍型多样度范围在0.423~0.790之间。总群体和各种群的Tajima’sD检验结果皆不显著,说明该种害虫在较近的历史上未经历群体扩张。总群体的遗传分化系数Gst为0.04436,固定系数Fst为0.05255,基因流Nm为9.01。AMOVA分子方差分析结果表明,黄胫小车蝗的遗传分化主要来自种群内部,种群间的遗传变异水平较低。各地理种群的遗传距离的大小与其地理距离间没有显著的相关性。贝叶斯系统发育进化树与单倍型网络图显示,黄胫小车蝗各地理种群中的单倍型散布在不同的分布群中,分布格局较为混杂,未形成明显的系统地理结构。研究结果揭示,黄胫小车蝗各种群间的基因交流并未受到地理距离的影响。 展开更多
关键词 黄胫小车蝗 地理种群 线粒体coi基因 单倍型 遗传分化 基因
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基于线粒体COI基因序列探讨广西钦州湾牡蛎的遗传分化 被引量:18
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作者 李咏梅 陈秀荔 +6 位作者 彭敏 马宁 黎铭 杨春玲 蒋伟明 曾地刚 陈晓汉 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2009年第3期60-65,共6页
【目的】初步了解我国广西钦州湾牡蛎的遗传多样性及其分类和系统进化情况。【方法】以采自广西钦州湾的37个白肉牡蛎和29个红肉牡蛎个体为材料,对其线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)的部分序列进行PCR扩增和序列比对,检测牡蛎的遗传多样... 【目的】初步了解我国广西钦州湾牡蛎的遗传多样性及其分类和系统进化情况。【方法】以采自广西钦州湾的37个白肉牡蛎和29个红肉牡蛎个体为材料,对其线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)的部分序列进行PCR扩增和序列比对,检测牡蛎的遗传多样性;计算牡蛎不同单倍型及GenBank中已登载的4种牡蛎间的遗传距离,采用聚类分析方法,构建其NJ和UPGMA系统进化树。【结果】66个白肉牡蛎和红肉牡蛎线粒体COI基因片段的PCR产物大小约为600 bp,扩增产物纯化并去除引物序列后获得约535 bp的核苷酸序列;碱基组成平均为:T 37.5%,C18.2%,A 23.8%,G 20.5%,A+T 60.5%,C+G 39.5%,A+T含量高于G+C含量。运用DNAStar软件对66个钦州湾牡蛎序列进行比对,白肉牡蛎中共检测到4个多态位点,包括3个转换位点和1个颠换位点,有4种单倍型;红肉牡蛎中共检测到26个多态位点,转换位点和颠换位点各13个,有3种单倍型。GenBank中香港牡蛎COI序列与白肉牡蛎的遗传距离为0.000,有明巨牡蛎COI序列与红肉牡蛎的遗传距离为0.011,白肉牡蛎与红肉牡蛎的遗传距离为0.146;NJ和UPGMA系统进化树表明,白肉牡蛎与红肉牡蛎亲缘关系较远,白肉牡蛎与香港牡蛎聚为一支,红肉牡蛎与有明巨牡蛎聚为一支。【结论】序列特征、遗传距离和系统进化树分析结果表明,COI基因可用于牡蛎的种类鉴定和系统发育分析。 展开更多
关键词 牡蛎 coi基因 线粒体 广西
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基于线粒体基因Cytb和COI的蝗科中五亚科分子系统发育关系分析(直翅目:蝗总科)(英文) 被引量:12
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作者 王乃馨 封霞 +2 位作者 蒋国芳 方宁 轩文娟 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第11期1187-1195,共9页
本研究基于Cytb基因和COI基因的部分序列来推断17种蝗虫之间的系统发育关系。这17种蝗虫均采自国内,代表了蝗科(Acrididae)5个亚科:黑蝗亚科(Melanoplinae)、斑腿蝗亚科(Catantopinae)、刺胸蝗亚科(Cyrtacanthacridinae)、斑翅蝗亚科(Oe... 本研究基于Cytb基因和COI基因的部分序列来推断17种蝗虫之间的系统发育关系。这17种蝗虫均采自国内,代表了蝗科(Acrididae)5个亚科:黑蝗亚科(Melanoplinae)、斑腿蝗亚科(Catantopinae)、刺胸蝗亚科(Cyrtacanthacridinae)、斑翅蝗亚科(Oedipodinae)和大足蝗亚科(Gomphocerinae)。采用联合序列方法进行分析,结果显示:Cytb和COI联合序列长度为1998bp,其中A和T总含量为72.13%,G和C总含量为27.87%。联合序列共包含了889个保守位点,1109个变异位点,在这些变异位点中有838个简约信息位点。系统发生树采用邻接法(NJ)、最大简约法(MP)和最大似然法(ML)进行构建。使用蜢总科的变色乌蜢Erianthus versicolor和Erianthus sp.两个种作为外群。结果表明:大足蝗亚科和斑腿蝗亚科的单系性没有得到支持。斑翅蝗亚科内部各种聚成一个大支,在本研究中该亚科的单系性得到支持,与前人的研究结论相同。大足蝗亚科、斑腿蝗亚科、刺胸蝗亚科和黑蝗亚科这4科关系非常近,可以考虑将其合并为一个亚科。同时,我们发现基于Cytb和COI基因联合序列推断蝗科内各亚科间的系统发生关系并不十分可靠。 展开更多
关键词 直翅目 蝗科 线粒体DNA CYTB基因 coi基因 系统发育
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基于线粒体COI基因序列的大豆食心虫中国东北地理种群遗传多样性分析 被引量:10
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作者 王红 徐忠新 +2 位作者 韩岚岚 王克勤 赵奎军 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第9期1051-1060,共10页
【目的】大豆食心虫Leguminivora glycinivorella(Matsumura)是一种危害大豆的主要害虫,在中国北方地区危害较重。本研究旨在探讨大豆食心虫在中国东北不同地理种群间的遗传变异。【方法】测定了10个不同地理种群153个个体的线粒体细... 【目的】大豆食心虫Leguminivora glycinivorella(Matsumura)是一种危害大豆的主要害虫,在中国北方地区危害较重。本研究旨在探讨大豆食心虫在中国东北不同地理种群间的遗传变异。【方法】测定了10个不同地理种群153个个体的线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(mtCOI)基因的657 bp序列,利用DnaSP 5.0和Arlequin 3.5.1.2等软件对大豆食心虫种群间的遗传多样性、基因流水平和分子变异进行分析。【结果】结果表明:10个地理种群间的COI基因共有36个变异位点和17个单倍型,其中1个单倍型为10个种群所共享。总种群的单倍型多样性指数Hd为0.456,各地理种群单倍型多样度范围在0~0.634之间。总群体的固定系数Fst为0.12545,遗传分化系数Gst为0.06326,总基因流Nm为3.49,且各种群间的基因流均大于1,种群间基因交流的水平较高。【结论】大豆食心虫种群内遗传多样性水平处于中低等水平。总群体和各种群的Tajima’s D检验结果皆不显著,说明中国东北地区大豆食心虫在较近的历史时期内没有出现种群扩张现象。AMOVA分子变异分析结果表明,大豆食心虫的遗传分化主要来自种群内部,而种群间未发生明显的遗传分化。各地理种群的单倍型在系统发育树上和中介网络图上散布在不同的分布群中,缺乏明显的地理分布格局。各种群的遗传距离与地理距离之间没有显著线性相关性,种群间的基因交流并未受到地理距离的影响。 展开更多
关键词 大豆食心虫 线粒体coi基因 单倍型 地理种群 遗传多样性 基因
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家蚕、野桑蚕线粒体Cyt b基因片段序列分析及分子进化研究 被引量:17
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作者 李爱玲 徐安英 +3 位作者 沈兴家 唐顺明 张志芳 潘沈元 《蚕业科学》 CAS CSCD 2004年第1期80-84,共5页
以家蚕中系一化地理品种延吉、印度多化品种迈索尔、欧系一化品种法 4 0 8油和中国镇江地区野桑蚕为材料 ,采用PCR技术扩增了其线粒体 (mitochondrialDNA ,mtDNA)细胞色素b(cytochromeb ,Cytb)基因 ,测定其 5′端5 91bp的核苷酸序列 ,并... 以家蚕中系一化地理品种延吉、印度多化品种迈索尔、欧系一化品种法 4 0 8油和中国镇江地区野桑蚕为材料 ,采用PCR技术扩增了其线粒体 (mitochondrialDNA ,mtDNA)细胞色素b(cytochromeb ,Cytb)基因 ,测定其 5′端5 91bp的核苷酸序列 ,并从GenBank中调取中系家蚕品种C10 8、夏芳 ,日系家蚕品种青熟 ,韩国家蚕品种Backokjam和日本野桑蚕的相应序列 ,进行同源性比较 ,发现日系家蚕品种青熟 ,印度家蚕品种迈索尔 ,欧系家蚕品种法 4 0 8油 ,韩国家蚕品种Backokjam和中系家蚕品种C10 8、延吉序列间的同源性最高 ,相互间均为 10 0 % ;日本野桑蚕与各家蚕品种序列间的同源性约 94 %~ 95 % ;中国野桑蚕与各家蚕品种序列间同源性约 98%~ 99%。分子进化树分析显示日本野桑蚕和各家蚕品种相应序列的分歧时间远远早于中国野桑蚕与各家蚕品种序列的分歧时间 ,这是在分子水平上证实家蚕起源于中国野桑蚕的证据之一。 展开更多
关键词 家蚕 野桑蚕 线粒体 Cytb基因片段 序列分析 分子进化 细胞色素B基因
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5种虾虎鱼类线粒体COI基因序列变异及系统进化 被引量:10
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作者 廖健 张顺 +4 位作者 龙水生 黄承勤 郭昱嵩 王中铎 刘楚吾 《广东海洋大学学报》 CAS 2016年第1期7-12,共6页
获得雷州半岛红树林海区5 种虾虎鱼稚幼鱼的45 条线粒体COI 基因序列,其T、C、A、G 碱基平均含量分别为29.9%、28.4%、23.9%、17.8%.45 条序列共定义23 个单倍型,其中检测到变异位点184 个,双带缟虾虎鱼(Tridentiger bifasciatus)单... 获得雷州半岛红树林海区5 种虾虎鱼稚幼鱼的45 条线粒体COI 基因序列,其T、C、A、G 碱基平均含量分别为29.9%、28.4%、23.9%、17.8%.45 条序列共定义23 个单倍型,其中检测到变异位点184 个,双带缟虾虎鱼(Tridentiger bifasciatus)单倍型比例最高(80.0%), 湖栖鳍虾虎鱼(Gobiopterus lacustris)单倍型比例最低(18.2%).Kimura 2-parameter 遗传距离显示,种间遗传距离为0.137 6 - 0.263 5,种内遗传距离为0.000 0 - 0.020 8.NJ 进化树及ML 进化树均表明,聚为5大支系的虾虎鱼类中,阿部氏鲻虾虎鱼(Mugilogobius abei)与诸氏鲻虾虎鱼(M. chulae)亲缘关系最近,湖栖鳍虾虎鱼与其他4 种虾虎鱼的亲缘关系稍远.基于群体内等位基因频率分布的中性检验结果表明,双带缟虾虎鱼(Tridentiger bifasciatus)、小口拟虾虎鱼( Pseudogobius masago)、阿部氏鲻虾虎鱼、诸氏鲻虾虎鱼4 个群体存在大量低频等位基因位点,而湖栖鳍虾虎鱼群体以中等频率等位基因为主. 展开更多
关键词 虾虎鱼 线粒体 coi基因 系统进化
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驯鹿狂蝇(Cephenemyia trompe)线粒体COI基因序列研究 被引量:6
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作者 杨晓野 李云章 +2 位作者 包巴音仓 王志 关平原 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期514-517,共4页
利用分子生物学技术对驯鹿狂蝇蛆及其成蝇(Cephenemyia trompe)的线粒体COI基因种属特异性序列进行了研究。DNA核苷酸测序结果证实:中国内蒙古株驯鹿狂蝇蛆(C.trompeCIML)及其成蝇(C.trompe CIMA)线粒体COI种属特异性基因片段长度约为67... 利用分子生物学技术对驯鹿狂蝇蛆及其成蝇(Cephenemyia trompe)的线粒体COI基因种属特异性序列进行了研究。DNA核苷酸测序结果证实:中国内蒙古株驯鹿狂蝇蛆(C.trompeCIML)及其成蝇(C.trompe CIMA)线粒体COI种属特异性基因片段长度约为672bp~676bp。种系发生进化树分析显示:第三期幼虫与成蝇两者在核苷酸碱基序列上存在一定差异;它们与同种不同挪威株(C.trompe)同源性较为接近;与同属不同种(C.stimulator和C.ulrichii)同源性稍差;与不同属种的羊狂蝇(Oestrusovis)同源性较远。狂蝇科不同属间序列差异明显,差异性在18.6%~23%之间;鹿蝇属不同种间差异性在1.9%~9.9%之间;驯鹿狂蝇不同株间差异性为0.9%。说明生物线粒体COI基因核苷酸序列在一定程度上,可反映出种属及株间在进化上的差异性。 展开更多
关键词 驯鹿狂蝇 线粒体coi基因 进化树 序列比较
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卵形鲳鲹线粒体COI基因全长序列的克隆与分析 被引量:6
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作者 韦嫔媛 彭金霞 +4 位作者 房振峰 彭敏 蒋伟明 杨春玲 李咏梅 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2011年第4期1552-1557,共6页
根据近源物种线粒体序列的同源比对,在COI基因上下游保守区域设计一对通用引物COF/COR。以卵形鲳鲹肌肉总DNA为模板,PCR扩增获得特异的DNA片段,经克隆、测序和比对证实该片段包含了卵形鲳鲹线粒体COI基因完整编码区1551bp。对5个个体分... 根据近源物种线粒体序列的同源比对,在COI基因上下游保守区域设计一对通用引物COF/COR。以卵形鲳鲹肌肉总DNA为模板,PCR扩增获得特异的DNA片段,经克隆、测序和比对证实该片段包含了卵形鲳鲹线粒体COI基因完整编码区1551bp。对5个个体分别测序后比对,发现卵形鲳鲹COI基因DNA序列在钦州湾种群个体间至少存在7个变异位点,使5个个体分别具有5种不同的单倍型。将卵形鲳鲹种内不同个体及鲹科其他物种的CO I核酸序列进行比较分析,根据比对结果构建鲳鲹科各物种的系统进化树,支持鲹科下设四个亚科(鲹亚科,鰤亚科,鲳鲹亚科,鰆鲹亚科)的分类系统。通过COI基因遗传距离计算发现,卵形鲳鲹种内不同地理种群个体间遗传距离为0.001~0.005,显著低于Hebert等所推荐的物种鉴定最小种间遗传距离2%,而鲹科不同物种间遗传距离大于0.044,与形态学分类一致,说明COI作为卵形鲳鲹DNA条形码应用是可行的。 展开更多
关键词 卵形鲳鲹 线粒体 coi基因 系统发育进化树 DNA条形码
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家蚕线粒体基因组1.8kb片段的克隆及序列分析 被引量:4
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作者 廖顺尧 刘运强 +2 位作者 鲁成 周泽扬 向仲怀 《蚕业科学》 CAS CSCD 2002年第1期26-30,共5页
克隆并测定了家蚕 (Bombyxmori)线粒体基因组 1781bp的EcoRⅠ和HindⅢ双酶切片段序列 ,根据序列同源性比较 ,推测该DNA片段包括 :ND1基因、16SrRNA基因 3′端、tRNALeu(UAG)基因和一个尚待确定的tRNA基因。家蚕与果蝇ND1基因序列同源性... 克隆并测定了家蚕 (Bombyxmori)线粒体基因组 1781bp的EcoRⅠ和HindⅢ双酶切片段序列 ,根据序列同源性比较 ,推测该DNA片段包括 :ND1基因、16SrRNA基因 3′端、tRNALeu(UAG)基因和一个尚待确定的tRNA基因。家蚕与果蝇ND1基因序列同源性约为 81 85 % ,16SrRNA基因 3′端序列同源性约为 74 5 %。在家蚕、果蝇、蜜蜂、蝗虫、卤虫和人 6个物种中 ,线粒体ND1编码的疏水性氨基酸比例较稳定 ,显示了ND1基因的保守性。对上述 6个物种ND1基因序列和 16SrRNA基因 3′端序列进行系统进化分析 ,构建了系统进化树。 展开更多
关键词 序列分析 家蚕 线粒体基因 1.8kb片段 基因组成 基因结构 系统进化 基因克隆
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蚱总科昆虫部分类群线粒体COI基因序列与系统发育关系 被引量:5
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作者 林敏平 李晓东 +1 位作者 韦仕珍 邓维安 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期40-48,共9页
为构建蚱总科昆虫的系统发育关系,探讨蚱总科传统分类和分子系统发育关系的异同,扩增并测定了16种蚱类昆虫COI基因部分序列,结合NCBI记录,对蚱总科6科17属41种蚱的COI基因597bp序列,分别采用邻接法(NJ)、最简约法(MP)、最大似然法(ML)... 为构建蚱总科昆虫的系统发育关系,探讨蚱总科传统分类和分子系统发育关系的异同,扩增并测定了16种蚱类昆虫COI基因部分序列,结合NCBI记录,对蚱总科6科17属41种蚱的COI基因597bp序列,分别采用邻接法(NJ)、最简约法(MP)、最大似然法(ML)和贝叶斯法(BI)重建蚱总科的系统发育关系。结果表明:蚱总科为一单系类群,其中蚱科较为进化,其次为刺翼蚱科,其余各科在蚱总科中的位置不确定,枝背蚱科、刺翼蚱科、短翼蚱科、蚱科均不是单系类群;在属的水平上,股沟蚱属、优角蚱属、瘤蚱属是单系类群,瘤蚱属与优角蚱属形成姐妹群,其他属不是单系类群,拟后蚱属应归入蚱科;在种的水平上,细庭蚱Hedotettix gracilis、粗体蚱Tetrix grossus、日本蚱Tetrix japonica种内分化明显。 展开更多
关键词 蚱总科 系统发育 线粒体DNA coi基因序列
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