基于线粒体COI基因分析广西地区斑鳠的遗传多样性和遗传结构

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作者 何泽霖 韦友传 《当代水产》 2025年第6期64-66,68,共4页

斑鳠(Mystus guttatus),鲇形目(Siluriformes)、鲿科(Bagridae)、半鲿属(Hemibagrus),洄游性鱼类,主要分布于元江、九龙江、钱塘江及珠江等水系,其全身无鳞、肉质细嫩、口感独特和营养丰富,是我国重要的淡水鱼类。近年来,广西境内过度... 斑鳠(Mystus guttatus),鲇形目(Siluriformes)、鲿科(Bagridae)、半鲿属(Hemibagrus),洄游性鱼类,主要分布于元江、九龙江、钱塘江及珠江等水系,其全身无鳞、肉质细嫩、口感独特和营养丰富,是我国重要的淡水鱼类。近年来,广西境内过度捕捞、修建水电站以及随意放生等人类活动导致斑鳠自然种群数量减少,已被《国家重点保护野生动物名录》列为国家二级保护动物,其资源保护与恢复迫在眉睫。 展开更多

关键词 线粒体coi基因 斑鳠 遗传结构 鲇形目 遗传多样性

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基于形态学和线粒体COI基因分子标记的安西自然保护区普氏野马马胃蝇幼虫鉴定分析 被引量：1

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作者 裴鹏祖 田瑞祥 +1 位作者 闫利平 张东 《甘肃林业科技》 2024年第2期53-57,共5页

马胃蝇Gasterophilus spp.是马科动物体内常见的一类寄生虫,目前全世界报道了9种马胃蝇。马胃蝇不同物种具有明显的地域分布特征,不同地区感染马胃蝇的物种组成结构差异明显。为了探究甘肃安西极旱荒漠国家级自然保护区内普氏野马Equus ... 马胃蝇Gasterophilus spp.是马科动物体内常见的一类寄生虫,目前全世界报道了9种马胃蝇。马胃蝇不同物种具有明显的地域分布特征,不同地区感染马胃蝇的物种组成结构差异明显。为了探究甘肃安西极旱荒漠国家级自然保护区内普氏野马Equus ferus感染马胃蝇幼虫的物种组成,2021年对保护区内的野马进行了驱虫保健,并解剖死亡个体,采获马胃蝇幼虫875只;利用体视解剖镜对特征明显的三龄幼虫进行了形态学观察及鉴别,根据三龄幼虫领部棘刺,以及各体节棘刺形态、口脊骨页部形态平滑、伪头小刺结构清晰等特征,明确了三龄幼虫均为黑腹胃蝇Gasterophilus pecorum;对于形态难以鉴定的一、二龄幼虫,采取了扩增其线粒体细胞色素氧化酶亚基(COI)基因并与GenBank数据库中马胃蝇属序列对比的分子鉴定方法,经过比对分析,确认一、二龄幼虫均与黑腹胃蝇序列聚为一支,且与黑腹胃蝇遗传距离最近。综上,确认甘肃安西极旱荒漠国家级自然保护区马胃蝇种类均为黑腹胃蝇。 展开更多

关键词 普氏野马 马胃蝇 线粒体细胞色素氧化酶亚基(coi)基因 分子鉴定

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基于线粒体COI基因序列的黄胫小车蝗不同地理种群的遗传分化及基因流分析 被引量：27

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作者 孙嵬 张柱亭 +4 位作者 董辉 钱海涛 石玉 谢丽娜 丛斌 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第8期907-916,共10页

黄胫小车蝗OedaleusinfernalisSaussure是一种在我国分布广泛、对农牧业生产危害严重的经济害虫。本文对黄胫小车蝗10个地理种群的线粒体COI基因序列进行测序和分析，利用DnaSP5．0和Arlequin3．5．1．2软件对该蝗虫种群问的遗传多样性... 黄胫小车蝗OedaleusinfernalisSaussure是一种在我国分布广泛、对农牧业生产危害严重的经济害虫。本文对黄胫小车蝗10个地理种群的线粒体COI基因序列进行测序和分析，利用DnaSP5．0和Arlequin3．5．1．2软件对该蝗虫种群问的遗传多样性、遗传分化程度、基因流水平及分子变异进行了分析，建立了单倍型贝叶斯系统发育进化树和单倍型网络图。结果表明：在所分析的144个序列样本中，共检测到21种单倍型，其中1种单倍型为10个地理种群所共享。总群体的单倍型多样性指数为0．653，各地理种群单倍型多样度范围在0．423～0．790之间。总群体和各种群的Tajima’sD检验结果皆不显著，说明该种害虫在较近的历史上未经历群体扩张。总群体的遗传分化系数Gst为0．04436，固定系数Fst为0．05255，基因流Nm为9．01。AMOVA分子方差分析结果表明，黄胫小车蝗的遗传分化主要来自种群内部，种群间的遗传变异水平较低。各地理种群的遗传距离的大小与其地理距离间没有显著的相关性。贝叶斯系统发育进化树与单倍型网络图显示，黄胫小车蝗各地理种群中的单倍型散布在不同的分布群中，分布格局较为混杂，未形成明显的系统地理结构。研究结果揭示，黄胫小车蝗各种群间的基因交流并未受到地理距离的影响。 展开更多

关键词 黄胫小车蝗 地理种群 线粒体coi基因 单倍型 遗传分化 基因流

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基于线粒体COI基因序列的大豆食心虫中国东北地理种群遗传多样性分析 被引量：10

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作者 王红 徐忠新 +2 位作者 韩岚岚 王克勤 赵奎军 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第9期1051-1060,共10页

【目的】大豆食心虫Leguminivora glycinivorella（Matsumura）是一种危害大豆的主要害虫,在中国北方地区危害较重。本研究旨在探讨大豆食心虫在中国东北不同地理种群间的遗传变异。【方法】测定了10个不同地理种群153个个体的线粒体细... 【目的】大豆食心虫Leguminivora glycinivorella（Matsumura）是一种危害大豆的主要害虫,在中国北方地区危害较重。本研究旨在探讨大豆食心虫在中国东北不同地理种群间的遗传变异。【方法】测定了10个不同地理种群153个个体的线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ（mtCOI）基因的657 bp序列,利用DnaSP 5.0和Arlequin 3.5.1.2等软件对大豆食心虫种群间的遗传多样性、基因流水平和分子变异进行分析。【结果】结果表明：10个地理种群间的COI基因共有36个变异位点和17个单倍型,其中1个单倍型为10个种群所共享。总种群的单倍型多样性指数Hd为0.456,各地理种群单倍型多样度范围在0~0.634之间。总群体的固定系数Fst为0.12545,遗传分化系数Gst为0.06326,总基因流Nm为3.49,且各种群间的基因流均大于1,种群间基因交流的水平较高。【结论】大豆食心虫种群内遗传多样性水平处于中低等水平。总群体和各种群的Tajima’s D检验结果皆不显著,说明中国东北地区大豆食心虫在较近的历史时期内没有出现种群扩张现象。AMOVA分子变异分析结果表明,大豆食心虫的遗传分化主要来自种群内部,而种群间未发生明显的遗传分化。各地理种群的单倍型在系统发育树上和中介网络图上散布在不同的分布群中,缺乏明显的地理分布格局。各种群的遗传距离与地理距离之间没有显著线性相关性,种群间的基因交流并未受到地理距离的影响。 展开更多

关键词 大豆食心虫 线粒体coi基因 单倍型 地理种群 遗传多样性 基因流

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驯鹿狂蝇(Cephenemyia trompe)线粒体COI基因序列研究 被引量：6

5

作者 杨晓野 李云章 +2 位作者 包巴音仓 王志 关平原 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期514-517,共4页

利用分子生物学技术对驯鹿狂蝇蛆及其成蝇(Cephenemyia trompe)的线粒体COI基因种属特异性序列进行了研究。DNA核苷酸测序结果证实:中国内蒙古株驯鹿狂蝇蛆(C.trompeCIML)及其成蝇(C.trompe CIMA)线粒体COI种属特异性基因片段长度约为67... 利用分子生物学技术对驯鹿狂蝇蛆及其成蝇(Cephenemyia trompe)的线粒体COI基因种属特异性序列进行了研究。DNA核苷酸测序结果证实:中国内蒙古株驯鹿狂蝇蛆(C.trompeCIML)及其成蝇(C.trompe CIMA)线粒体COI种属特异性基因片段长度约为672bp～676bp。种系发生进化树分析显示:第三期幼虫与成蝇两者在核苷酸碱基序列上存在一定差异;它们与同种不同挪威株(C.trompe)同源性较为接近;与同属不同种(C.stimulator和C.ulrichii)同源性稍差;与不同属种的羊狂蝇(Oestrusovis)同源性较远。狂蝇科不同属间序列差异明显,差异性在18.6%～23%之间;鹿蝇属不同种间差异性在1.9%～9.9%之间;驯鹿狂蝇不同株间差异性为0.9%。说明生物线粒体COI基因核苷酸序列在一定程度上,可反映出种属及株间在进化上的差异性。 展开更多

关键词 驯鹿狂蝇 线粒体coi基因 进化树 序列比较

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扁吻鱼和塔里木裂腹鱼线粒体COI基因片段的比较研究 被引量：12

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作者 杨天燕 张人铭 +3 位作者 郭焱 孟玮 海萨 马燕武 《水生态学杂志》 北大核心 2011年第1期45-50,共6页

对扁吻鱼(Aspiorhynchus laticeps)和塔里木裂腹鱼(Schizothoraxbiddulphi)细胞色素c氧化酶亚基(COI)基因片段进行扩增。通过序列测定得到624bp的基因片段,无碱基的插入和缺失,A、T、G、C碱基中G含量最低,A+T含量高于G+C含量,与其它鱼类... 对扁吻鱼(Aspiorhynchus laticeps)和塔里木裂腹鱼(Schizothoraxbiddulphi)细胞色素c氧化酶亚基(COI)基因片段进行扩增。通过序列测定得到624bp的基因片段,无碱基的插入和缺失,A、T、G、C碱基中G含量最低,A+T含量高于G+C含量,与其它鱼类COI基因片段研究结果相一致。2个种间共检测到38处核苷酸替换,其中35处碱基转换,3处碱基颠换,蛋白质编码基因上的核苷酸替代主要是密码子第3位点上的同义替换。在编码的208个氨基酸中,仅发生2处氨基酸替代,替代率为0.96%。采用Kimura-2法计算种间平均遗传距离为0.06,以鲤作外群构建NJ系统树,扁吻鱼和塔里木裂腹鱼亲缘关系较近,而与新疆裸重唇鱼、斑重唇鱼亲缘关系较远。 展开更多

关键词 扁吻鱼 塔里木裂腹鱼 线粒体coi基因

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舟山带鱼线粒体COI基因SNP位点分析 被引量：1

7

作者 卞光明 王娜泠 +3 位作者 胡则辉 王跃斌 胡成硕 柴学军 《浙江海洋学院学报（自然科学版）》 CAS 2017年第1期19-24,共6页

为探讨舟山带鱼种质状况,本研究利用直接测序法对舟山带鱼线粒体COI基因进行SNP挖掘分析,获得长度一致的985 bp基因片段,检测到22个SNP位点,对SNP位点在样品中分布情况分析,发现部分SNP位点分布情况类似甚至完全相同,推测基于线粒体COI... 为探讨舟山带鱼种质状况,本研究利用直接测序法对舟山带鱼线粒体COI基因进行SNP挖掘分析,获得长度一致的985 bp基因片段,检测到22个SNP位点,对SNP位点在样品中分布情况分析,发现部分SNP位点分布情况类似甚至完全相同,推测基于线粒体COI基因片段不同位点突变可能存在关联性。 展开更多

关键词 带鱼 线粒体coi基因 SNP 关联性

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基于线粒体COI基因的中国西南地区木领针蓟马地理种群的遗传分化分析 被引量：17

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作者 谢艳兰 张宏瑞 李正跃 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期370-380,共11页

【目的】木领针蓟马Helionothrips mube近年来成为芋头Colocasia esculenta上的一种常见害虫。本研究旨在探讨其中国西南地区地理种群间的遗传变异。【方法】通过Sanger法测定了21个地理种群132头木领针蓟马的线粒体COI基因序列,利用MEG... 【目的】木领针蓟马Helionothrips mube近年来成为芋头Colocasia esculenta上的一种常见害虫。本研究旨在探讨其中国西南地区地理种群间的遗传变异。【方法】通过Sanger法测定了21个地理种群132头木领针蓟马的线粒体COI基因序列,利用MEGA, DnaSP, Arlequin和Network等软件对木领针蓟马种群间的遗传多样性、遗传分化、分子变异等进行分析。【结果】获得的木领针蓟马132条线粒体COI序列(643 bp)中共发现34个变异位点、16种单倍型,其中单倍型H1出现频率最高、分布最广。木领针蓟马总群体的遗传多样性较高(Hd=0.712,Pi=0.00413,K=2.655),遗传分化程度极大(Fst=0.3443),基因交流水平不高(Nm=0.96)。分子方差分析(AMOVA)表明,木领针蓟马的遗传分化主要来自种群内部,Mantel检测出种群地理距离与遗传距离呈正相关。总群体中性检验Tajima’s D值显著负值,Fu’s Fs值不显著,错配分布曲线呈多峰。综合种群间遗传距离、单倍型系统发育树及中介网络图结果,表明四川成都(CHD)、云南昌宁(CHN)和贵州遵义(ZY)3个种群的遗传分化程度均高于其他种群。【结论】中国西南地区木领针蓟马总群体的遗传多样性较高,遗传分化明显,种群间的基因交流受到地理距离的影响,总群体在较近的历史时期内没有出现扩张现象。 展开更多

关键词 木领针蓟马 地理种群 遗传分化 种群动态 线粒体coi基因

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基于线粒体COI基因序列探讨鸭嘴舌形贝地理分布 被引量：1

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作者 吴恋娟 盛桂莲 +2 位作者 赖旭龙 侯新东 袁俊霞 《地质科技情报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期17-22,共6页

从河北秦皇岛采集的用无水乙醇保存的鸭嘴舌形贝(Lingula anatina)样品中提取了DNA,经PCR扩增后进行克隆,得到了2条长度为682 bp的线粒体细胞色素C氧化酶第I亚基(COI)基因片段。调用GenBank中日本有明海和中国香港的鸭嘴舌形贝同源序列... 从河北秦皇岛采集的用无水乙醇保存的鸭嘴舌形贝(Lingula anatina)样品中提取了DNA,经PCR扩增后进行克隆,得到了2条长度为682 bp的线粒体细胞色素C氧化酶第I亚基(COI)基因片段。调用GenBank中日本有明海和中国香港的鸭嘴舌形贝同源序列,用邻接法和贝叶斯法构建了系统发育树,结果表明:秦皇岛地区的鸭嘴舌形贝与日本有明海的鸭嘴舌形贝形成姊妹群,具有较近的亲缘关系,与香港的鸭嘴舌形贝亲缘关系较远。初步分析认为西太平洋地区鸭嘴舌形贝现有的地理分布并不是由浮游幼虫的扩散引起的,不同地区鸭嘴舌形贝的差异可能跟地理隔离有关。 展开更多

关键词 鸭嘴舌形贝 线粒体coi基因 地理隔离

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21种大眼蟹线粒体COI基因比较及系统进化分析 被引量：1

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作者 孟磊 张莹 +4 位作者 张旭 龚理 韦信贤 童桂香 高阳 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第7期2015-2024,共10页

【目的】比较大眼蟹科物种线粒体COI基因序列差异,探究COI基因作为大眼蟹科物种鉴定分子标记的可行性;同时基于COI基因序列构建目前最全面的大眼蟹科系统发育树,为大眼蟹科系统发育研究提供理论依据。【方法】测定拉氏大眼蟹、日本大眼... 【目的】比较大眼蟹科物种线粒体COI基因序列差异,探究COI基因作为大眼蟹科物种鉴定分子标记的可行性;同时基于COI基因序列构建目前最全面的大眼蟹科系统发育树,为大眼蟹科系统发育研究提供理论依据。【方法】测定拉氏大眼蟹、日本大眼蟹和太平大眼蟹3种大眼蟹的线粒体COI基因全序列,结合GenBank已公布的18种大眼蟹科COI基因部分序列,采用MatGAT 2.02进行多序列比对分析,并以三疣梭子蟹和红星梭子蟹为外类群,通过MEGA X中的最大似然法(ML)和最大简约法(MP)分别构建系统发育进化树。【结果】拉氏大眼蟹、日本大眼蟹和太平大眼蟹线粒体COI基因全序列长均为1534 bp,编码511个氨基酸残基,且均以ATG作为起始密码子及T作为不完全终止密码子。用于多序列比对的序列长度为657 bp,连续编码219个氨基酸残基,不存在碱基插入或缺失现象,碱基含量为28.9%~35.9%T、18.9%~27.2%C、25.3%~29.7%A及16.6%~19.0%G。核苷酸序列和氨基酸序列比对分别发现267和20个变异位点,且绝大多数变异位点出现在第3位密码子,而第2位密码子非常保守,即均表现出遗传密码的简并性.遗传距离、序列相似性及系统发育进化分析结果均表明,日本大眼蟹与万岁大眼蟹的亲缘关系最近、太平大眼蟹与绒毛大眼蟹的亲缘关系最近,而拉氏大眼蟹的进化地位及大眼蟹属是否为单系群还需进一步研究。【结论】21种大眼蟹线粒体COI基因序列均有区别于其他种类的特异位点,可考虑作为物种鉴定的分子标记;但用于多序列比对的COI基因部分序列包含有效信息位点有限,在解析某些物种间的亲缘关系上仍显不足,部分种类间的亲缘关系可信度较低,因此后续研究应基于更多基因序列及更多物种数以解决这一问题。 展开更多

关键词 大眼蟹 DNA条形码 线粒体coi基因 遗传距离 系统发育

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基于线粒体COI基因的DNA条形码技术对小叶蝉亚科昆虫种类的分子鉴定 被引量：7

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作者 高娅蓉 熊康宁 +4 位作者 袁周伟 苑晓伟 谭超 陈晓晓 宋月华 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2020年第2期307-312,共6页

【目的】为更进一步研究小叶蝉亚科昆虫分子鉴定技术提供理论依据和实践基础。【方法】以小叶蝉亚科:叉脉叶蝉族Dikraneurini、小叶蝉族Typhlocybini、小绿叶蝉族Empoascini、斑叶蝉族Erythroneurini、眼小叶蝉族Alebrini昆虫为研究对象... 【目的】为更进一步研究小叶蝉亚科昆虫分子鉴定技术提供理论依据和实践基础。【方法】以小叶蝉亚科:叉脉叶蝉族Dikraneurini、小叶蝉族Typhlocybini、小绿叶蝉族Empoascini、斑叶蝉族Erythroneurini、眼小叶蝉族Alebrini昆虫为研究对象,选取其中22种叶蝉测定分析线粒体COI基因646 bp碱基序列,运用Kimura 2-parameter模型分析叶蝉物种间的遗传距离,探讨线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(COI)基因片段作为DNA条形码准确鉴定小叶蝉亚科昆虫种类的可行性。【结果】变异位点512个,保守位点134个,简约信息位点415个,自裔位点97个。所有位点中A、G、C和T碱基含量分别为27.6%、15.5%、15.3%和41.6%;A+T含量较高,为69.2%,明显高于G+C含量,A+T碱基偏嗜,符合昆虫线粒体基因碱基组成的基本特征。该段序列没有饱和,可以得到准确的进化分析。同物种间和不同物种间的遗传距离分别为0.025~0.044和0.024~0.291,平均为0.358。基于COI基因序列应用邻接法构建系统发育树(NJ树)显示,同一物种聚为同一小支,分支自展值均为100%:近缘种能聚集在一起,且置信度很高(≥97%)。【结论】昆虫COI序列能够区分不同物种,COI基因片段的DNA条形码进行小叶蝉亚科昆虫分类鉴定具有可行性。 展开更多

关键词 小叶蝉亚科 DNA条形码 线粒体coi基因 遗传距离 系统发育树

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基于线粒体COI基因的3种草蛉的系统发育关系分析

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作者 胡红岩 张职显 +5 位作者 卢珍华 任相亮 马小艳 马亚杰 宋贤鹏 马艳 《云南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期937-943,共7页

【目的】基于线粒体COI基因片段测序及分析,研究3种草蛉的系统发育关系,探讨DNA条形码准确鉴定草蛉种类的可行性。【方法】利用PCR扩增和测序技术,获得来自不同地区的12个样本3种草蛉的COI基因片段序列。运用DNAMAN软件对序列进行拼接比... 【目的】基于线粒体COI基因片段测序及分析,研究3种草蛉的系统发育关系,探讨DNA条形码准确鉴定草蛉种类的可行性。【方法】利用PCR扩增和测序技术,获得来自不同地区的12个样本3种草蛉的COI基因片段序列。运用DNAMAN软件对序列进行拼接比对,并从GeneBank数据库中下载9种草蛉的COI序列,利用MEGA 7.0软件对23条序列进行碱基序列分析、遗传距离分析及系统发育分析。【结果】序列保守位点469个,变异信息位点188个,简约信息位点150个,自裔位点38个。序列中A、T、G和C的含量分别为28.6%、41.1%、15.4%和14.9%;A+T含量(69.7%)高于G+C含量(30.3%),呈现出明显的A+T碱基偏好。草蛉种内遗传距离为0~0.005,种间遗传距离为0.022~0.184。在系统发育树(最大似然法/邻接法)中,同一属的物种以较高的置信度聚类在一起。【结论】基于COI基因片段的DNA条形码技术可以用于草蛉的分类鉴定。 展开更多

关键词 草蛉 线粒体coi基因 DNA条形码 遗传距离 系统发育树

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基于线粒体COI基因序列的蒙古鲌群体遗传结构分析 被引量：4

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作者 谢佳燕 颜渊 +1 位作者 杨钰慧 林少卿, 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2019年第3期3-7,共5页

采用线粒体COI基因序列对长江流域湖北段和江苏段蒙古鲌(Chanodichthys mongolicus)不同自然群体的遗传组成和结构进行了分析。结果显示,蒙古鲌种群的遗传多样性水平中等,群体的平均基因多态性为0.664,核苷酸多态性为0.002,不同种群间... 采用线粒体COI基因序列对长江流域湖北段和江苏段蒙古鲌(Chanodichthys mongolicus)不同自然群体的遗传组成和结构进行了分析。结果显示,蒙古鲌种群的遗传多样性水平中等,群体的平均基因多态性为0.664,核苷酸多态性为0.002,不同种群间遗传多样性存在一定的差异。COI基因序列共检测了10种单倍型,其中4种单倍型在蒙古鲌不同种群间共享,其余单倍型为单个种群所特有。分子变异分析表明79.7%的变异发生在种群内。NJ聚类树和单倍型网络图分析均表明蒙古鲌不同种群未形成明显的谱系地理结构。 展开更多

关键词 蒙古鲌(Chanodichthys mongolicus) 线粒体coi基因 自然种群 遗传结构

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2种带鱼科鱼类线粒体COI基因片段的比较分析

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作者 斯舒谨 褚梦洁 +3 位作者 袁帆 王忠明 杨天燕 朱文斌 《浙江海洋大学学报（自然科学版）》 CAS 2022年第1期7-14,共8页

为探究2种带鱼科鱼类的遗传差异,对带鱼和沙带鱼线粒体细胞色素c氧化酶亚基I(cytochrome c oxidase subunit I,COI)基因进行扩增。通过测定得到长度为550 bp的基因片段,无碱基的插入和缺失,A、T、G、C碱基中G含量最低,A+T平均含量(52.9... 为探究2种带鱼科鱼类的遗传差异,对带鱼和沙带鱼线粒体细胞色素c氧化酶亚基I(cytochrome c oxidase subunit I,COI)基因进行扩增。通过测定得到长度为550 bp的基因片段,无碱基的插入和缺失,A、T、G、C碱基中G含量最低,A+T平均含量(52.93%)高于G+C含量(47.07%)。碱基转换明显大于颠换,转换与颠换比(R)平均为2.72,且密码子第1位点碱基突变数目明显高于其它位点。28尾沙带鱼样品中检测到12种单倍型,24尾带鱼样品中检测到13种单倍型,前者平均单倍型多样度(H_(d))及核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.7169和0.0050,后者分别为0.8841和0.0046。采用Kimura双参数法计算种间平均遗传距离为0.1655,远大于种内个体间平均遗传距离。基于单倍型构建的邻接系统发育树显示2种鱼类得到很好的区分,从进化关系上来看,沙带鱼分化时间较带鱼更早。 展开更多

关键词 带鱼 沙带鱼 线粒体coi基因 序列比较

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基于COI基因的黄河河南-山东段鲤群体遗传结构分析

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作者 薛向平 孙朝徽 +4 位作者 刘霞 惠筠 李学军 李秀启 司飞 《淡水渔业》 北大核心 2025年第2期43-52,共10页

为了解黄河河南-山东段黄河鲤(Cyprinus carpio haematopterus)野生和养殖群体的种质资源现状,本研究基于线粒体COI基因序列,对黄河河南-山东段的6个野生和2个养殖群体,共计204尾黄河鲤样本进行了遗传多样性分析。研究结果表明,204条长... 为了解黄河河南-山东段黄河鲤(Cyprinus carpio haematopterus)野生和养殖群体的种质资源现状,本研究基于线粒体COI基因序列,对黄河河南-山东段的6个野生和2个养殖群体,共计204尾黄河鲤样本进行了遗传多样性分析。研究结果表明,204条长度为628 bp的COI基因序列中,碱基A、T、C和G的平均含量分别为26.74%、27.41%、28.01%和17.84%,A+T的含量(54.15%)高于C+G的含量(45.85%),表现出明显的AT偏倚性。8个黄河鲤群体共检测到18个多态位点,定义了17个单倍型,Hap2、Hap4和Hap5出现频次最高,其中Hap4和Hap5为8个黄河鲤群体共有单倍型,分布于133个样本中,占总样本数的65.20%。核苷酸多样性(Pi)为0.00097~0.00254,单倍型多样性(Hd)为0.451~0.837,遗传多样性水平总体偏低,表现出高Hd低Pi。山东东阿(DE)群体的遗传多样性最高,其次为河南三门峡(SMX)群体、河南恼里(NL)群体,最低为河南养殖群体(HNYZ)群体。群体间Fst及遗传距离结果显示,黄河口(HHK)群体与其他群体间存在一定程度遗传分化,但不显著,HHK和DE群体的遗传距离最大,河南段柳园口(LYK)群体和河南养殖(HNYZ)群体的遗传距离最小;8个群体的分子方差分析(AMOVA)显示,变异主要来源于群体内,占总变异86.04%;中性检验和碱基错配分布结果分析表明,黄河鲤群体历史上可能经历过扩张或持续增长,当在环境、捕捞等外部压力减小的情况下种群可能实现快速补充,这为当前种群资源量匮乏形势下黄河鲤的种群资源恢复提供了良好信号。 展开更多

关键词 黄河鲤(Cyprinus carpio haematopterus) 线粒体coi基因 遗传多样性 群体遗传进化

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北京地区7种常见嗜尸性蝇类的COI基因序列分析及DNA条形码的建立 被引量：28

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作者 陈庆 白洁 +7 位作者 刘力 林红斌 唐晖 赵伟 周红章 严江伟 刘雅诚 胡松年 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期202-209,共8页

嗜尸性蝇类在命案死亡时间和现场推断方面有着十分重要的应用,而DNA条形编码技术能摆脱对虫卵和幼虫的饲养以及后续物种鉴定方面专业知识的依赖,有助于实现现场采集蝇类样本的快速鉴定。本研究采集了北京地区7个嗜尸性蝇类优势种共77个... 嗜尸性蝇类在命案死亡时间和现场推断方面有着十分重要的应用,而DNA条形编码技术能摆脱对虫卵和幼虫的饲养以及后续物种鉴定方面专业知识的依赖,有助于实现现场采集蝇类样本的快速鉴定。本研究采集了北京地区7个嗜尸性蝇类优势种共77个个体的样本,测定了所有个体线粒体DNA上细胞色素C氧化酶亚基I(COI)基因1 120bp的序列。基于序列的系统发生分析显示,同一物种不同个体的序列均以高达99%的支持值聚集在一起。序列间的分歧统计表明这些蝇类在物种内的个体分歧不超过1%,而不同物种间的净分歧均超过7.74%,最高可达14.85%。滑动窗口分析表明,在整个序列区段种间差异位点存在较平均的分布。通过测定COI基因的序列,建立了北京地区7个嗜尸性蝇类优势种的DNA条形码,据此实现了对这些物种准确、快速、简单的区分和鉴定,同时也为后续应用于物种鉴定的种属特异性位点之筛选提供了基础数据。 展开更多

关键词 法医昆虫学 嗜尸性蝇类 物种鉴定 线粒体coi基因 DNA条形码 北京

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基于线粒体COI序列分析对紫贻贝群体遗传多样性的研究分析 被引量：20

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作者 沈玉帮 张俊彬 +1 位作者 冯冰冰 李家乐 《海洋通报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期435-440,共6页

本文采用线粒体COI基因序列分析对我国沿海6个紫贻贝群体124个个体的遗传多样性和群体结构进行了初步研究。在紫贻贝6个群体中共发现13个单倍型和33个核苷酸多态位点。青岛群体单倍型数目是最多的,温州群体、丹东群体和宁德群体次之。6... 本文采用线粒体COI基因序列分析对我国沿海6个紫贻贝群体124个个体的遗传多样性和群体结构进行了初步研究。在紫贻贝6个群体中共发现13个单倍型和33个核苷酸多态位点。青岛群体单倍型数目是最多的,温州群体、丹东群体和宁德群体次之。6个紫贻贝群体的基因多样性为0.569～0.821,核苷酸多样性为0.015 5～0.051 0,表现出较低的遗传多样性。紫贻贝不同群体之间的遗传分化较小,所有群体之间没有发生显著的遗传分化。分子方差分析表明,紫贻贝的变异主要存在于群体内。该研究为紫贻贝的可持续开发和资源保护提供了一定的理论依据。 展开更多

关键词 紫贻贝 线粒体coi基因 遗传多样性

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基于COI基因的摇蚊亚科部分属的系统发育分析(双翅目:摇蚊科) 被引量：6

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作者 姜丽 闫娇 +3 位作者 王婷婷 郭琴 王新华 闫春财 《天津师范大学学报（自然科学版）》 CAS 2015年第3期7-11,22,共6页

测定23种摇蚊亚科摇蚊线粒体COI基因的部分序列,并结合从Gen Bank下载的25种该亚科摇蚊同源序列进行分析,研究摇蚊亚科物种的分类和系统进化关系.运用MEGA5.1构建的邻接法(NJ)和最大简约法(MP)系统发育树表明:多足摇蚊属复合体中的斑摇... 测定23种摇蚊亚科摇蚊线粒体COI基因的部分序列,并结合从Gen Bank下载的25种该亚科摇蚊同源序列进行分析,研究摇蚊亚科物种的分类和系统进化关系.运用MEGA5.1构建的邻接法(NJ)和最大简约法(MP)系统发育树表明:多足摇蚊属复合体中的斑摇蚊属、倒毛摇蚊属、内摇蚊属、明摇蚊属聚在一支,亲缘关系较近;狭摇蚊属单独聚为一支;长跗摇蚊属群中的大部分属的亲缘关系也较近;哈摇蚊属群仅有部分属聚在一起,均与基于形态学的系统发育研究结果一致. 展开更多

关键词 摇蚊科 摇蚊亚科 线粒体coi基因 系统发育分析

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基于mtCOI基因序列的中国葱斑潜蝇不同地理种群遗传多样性分析 被引量：7

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作者 钟裕俊 杜素洁 +3 位作者 潘立婷 王玉生 王福莲 刘万学 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期769-778,共10页

【目的】葱斑潜蝇Liriomyza chinensis是葱蒜类蔬菜上的重要经济害虫,在我国广泛分布。本研究旨在阐析中国葱斑潜蝇的地理种群遗传分化。【方法】以中国8省12个不同地理种群的253头葱斑潜蝇为样本,测定其mtCOI基因序列;依据获得的mtCOI... 【目的】葱斑潜蝇Liriomyza chinensis是葱蒜类蔬菜上的重要经济害虫,在我国广泛分布。本研究旨在阐析中国葱斑潜蝇的地理种群遗传分化。【方法】以中国8省12个不同地理种群的253头葱斑潜蝇为样本,测定其mtCOI基因序列;依据获得的mtCOI基因序列,利用MEGA7.0,DnaSP 6.1和Arlequin 3.5等软件对葱斑潜蝇地理种群的遗传多样性、基因流水平和遗传变异等进行分析。【结果】在253头个体的759 bp mtCOI基因片段中,获得13个单倍型,各单倍型间K2P遗传距离均小于0.02;其中单倍型Hap1为12个地理种群所共享,总发生频率高达81.82%。总群体单倍型多样性较低(Hd=0.327),核苷酸多样性(Pi)为0.00159,核苷酸平均差异数(K)为1.21011;葱斑潜蝇总群体遗传分化程度中等(F ST=0.06971),基因交流较充分(Nm=3.33629)。分子方差分析(AMOVA)结果表明,遗传变异来源为群体内;总群体Tajima’s D检验值为显著负值;Mantel检测结果说明种群间的遗传距离与地理距离没有相关性。【结论】中国葱斑潜蝇地理种群的遗传多样性较低,基因交流较充分,遗传分化程度中等,且地理距离并不影响其遗传分化程度;葱斑潜蝇总群体在较近的历史时期未经历明显的种群扩张和种群增长。 展开更多

关键词 葱斑潜蝇 线粒体coi基因 地理种群 遗传多样性 系统进化分析

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基于COI基因的丝网印刷电极生物传感器应用于肉品鉴别技术研究 被引量：1

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作者 蒋娟娟 丁新怡 +4 位作者 倪俊 董益阳 陈浣 闻红 刘佳蕙 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2019年第23期270-275,共6页

为了实现快速便捷鉴别混合肉的目的,尝试以动物线粒体COI基因为识别元件,以一次性丝网印刷生物传感器为器件,搭建鉴别猪肉和牛肉混合二元物的传感平台,并评价检测的灵敏度、选择性和商业应用前景。结果显示,生牛肉和生猪肉靶标序列在10-... 为了实现快速便捷鉴别混合肉的目的,尝试以动物线粒体COI基因为识别元件,以一次性丝网印刷生物传感器为器件,搭建鉴别猪肉和牛肉混合二元物的传感平台,并评价检测的灵敏度、选择性和商业应用前景。结果显示,生牛肉和生猪肉靶标序列在10-13~10-5mol/L范围内与还原峰电流线性关系良好,牛肉鉴别的线性相关系数为0.96136,猪肉鉴别的线性相关系数为0.9874,检测限分别为5.048×10-14和3.491×10-14mol/L;另设计模拟生猪肉/牛肉混合二元物掺假实验,当混合生肉量为50 ng时,活性染料亚甲基蓝的电信号值更加稳定,对混合二元物的识别能力几乎不受掺假比例影响。结果表明,电化学传感技术的检测范围更广、可免去复杂的分子扩增中间实验、成本更低、操作技术更加简便化,故更加适合低比例掺假、现场快速检测要求。 展开更多

关键词 线粒体coi基因 丝网印刷电极生物传感器 肉品鉴别

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