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洞庭青鲫等5个鲫品系线粒体ATPase基因序列的比较分析 被引量:5
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作者 刘良国 杨品红 +2 位作者 杨春英 王文彬 韩庆 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2011年第1期36-42,共7页
运用PCR扩增、克隆、测序等技术对洞庭青鲫(Carassius auratus var.Dongtingking)、彭泽鲫(C.auratusvar.Pengze)、普通鲫(C.auratus)、红鲫(C.auratus var.red)、日本白鲫(C.auratus cuvieri)等5个鲫品系线粒体DNA ATPase8和ATPase6基... 运用PCR扩增、克隆、测序等技术对洞庭青鲫(Carassius auratus var.Dongtingking)、彭泽鲫(C.auratusvar.Pengze)、普通鲫(C.auratus)、红鲫(C.auratus var.red)、日本白鲫(C.auratus cuvieri)等5个鲫品系线粒体DNA ATPase8和ATPase6基因序列的碱基组成、变异情况和分子系统进化进行了比较分析。结果显示:5个鲫品系线粒体DNA ATPase8/6基因序列碱基的平均组成为A:32.6%,C:25.5%,G:12.6%,T:29.4%,序列分歧率为0.5%~4.0%,其中普通鲫和日本白鲫的分歧率最大(4.0%),洞庭青鲫与彭泽鲫的分歧率最小(0.5%)。在5个鲫品系中,红鲫和普通鲫的亲缘关系较近,洞庭青鲫与彭泽鲫亲缘关系较近,而它们与白鲫的亲缘关系则较远,推测红鲫、洞庭青鲫和彭泽鲫均起源于普通鲫。5个鲫品系在线粒体DNA ATPase8/6基因序列碱基位点上的差异可以作为区分不同鲫品系的分子遗传标记。 展开更多
关键词 线粒体atpase基因 洞庭青鲫(Carassius auratus var.Dongtingking) 鲫品系 系统进化
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茶树‘大面白’线粒体基因组结构特征及其密码子偏好性分析
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作者 尹明华 张牧彤 +3 位作者 徐子林 欧阳茜 王美暄 李文婷 《茶叶科学》 北大核心 2025年第1期61-78,共18页
茶树‘大面白’(Camellia sinensis cv.‘Damianbai’)是上饶市广信区自主培育的国家级品种,其线粒体基因组结构特征及密码子偏好性尚不清楚。以‘大面白’为试验材料,采用高通量测序技术对其线粒体全基因组进行测序、组装、注释,采用... 茶树‘大面白’(Camellia sinensis cv.‘Damianbai’)是上饶市广信区自主培育的国家级品种,其线粒体基因组结构特征及密码子偏好性尚不清楚。以‘大面白’为试验材料,采用高通量测序技术对其线粒体全基因组进行测序、组装、注释,采用生物信息学软件对其线粒体基因组的结构特征和密码子偏好性进行分析。结果表明,‘大面白’线粒体基因组全长886354 bp,结构为完整单环状分子,GC含量为45.76%;共注释到78个功能基因,包括41个蛋白质编码基因,33个tRNA基因,4个rRNA基因;共检测到59个SSR(主要为A/T单核苷酸重复)和100个Longrepeat(主要为正向重复和回文重复)。‘大面白’线粒体基因组密码子偏好性较弱,密码子偏好以A/U结尾,密码子使用偏好性主要受自然选择的影响,受内部突变压力的影响小;‘大面白’线粒体基因组的最优密码子为14个(AAU、GAU、CAU、UUU、AUU、GCU、GGA、ACU、GUU、CGA、UUA、UUG、UCA、UCU)。11个近缘物种的线粒体基因组在基因区与‘大面白’线粒体基因组具有高度同源性;‘大面白’线粒体基因组与‘凌云白毫’(ON782577)线粒体基因组的共线性最高,两者的基因排列顺序基本一致;‘大面白’线粒体基因组与其叶绿体基因组之间具有62个高度同源性的基因片段;‘大面白’与‘凌云白毫’单独聚成一小分支,两者亲缘关系较近。本研究分析了‘大面白’线粒体基因组序列特征及系统发育进化关系,为加强‘大面白’种质鉴定及其资源多样性的开发利用提供了参考依据。 展开更多
关键词 ‘大面白’ 线粒体基因 结构特征 密码子偏好性
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低氧对喜马拉雅旱獭线粒体ATPase6基因表达的影响 被引量:5
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作者 李耀东 顾存林 龙启福 《山东医药》 CAS 2012年第24期30-31,共2页
目的探讨低氧下喜马拉雅旱獭与平原地区同种动物(松鼠)线粒体ATPase基因表达的差异,试图说明低氧下低氧适应性动物的有氧代谢能力增强,以适应低氧环境。方法酚氯仿法分别提取样品和对照动物全基因组,RT-PCR获得线粒体ATPase6基因片段,... 目的探讨低氧下喜马拉雅旱獭与平原地区同种动物(松鼠)线粒体ATPase基因表达的差异,试图说明低氧下低氧适应性动物的有氧代谢能力增强,以适应低氧环境。方法酚氯仿法分别提取样品和对照动物全基因组,RT-PCR获得线粒体ATPase6基因片段,通过灰度比较探讨喜马拉雅旱獭线粒体ATPase6基因表达的差异。结果高原动物ATPase6基因的表达高于平原动物。结论低氧下高原动物为维持生理代谢,其基础代谢的水平要高于平原动物,而这种基础代谢水平的升高与ATPase6基因结构的改变及其表达的改变是呈相关性的。 展开更多
关键词 喜马拉雅旱獭 低氧 线粒体atpase6基因
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^(60)Coγ射线诱导人淋巴细胞线粒体Cytb、ATPase6和ATPase8基因表达改变的研究 被引量:3
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作者 李玉文 封江彬 +3 位作者 陆雪 范莉 陈德清 刘青杰 《辐射研究与辐射工艺学报》 CAS CSCD 2010年第4期245-248,共4页
用实时荧光定量PCR(Real-timePCR)探讨了60Coγ射线诱导人淋巴细胞线粒体Cytb、ATPase6和ATPase8基因表达的改变。以1、3、5、8和10Gy60Coγ射线分别照射指数增长期的人淋巴细胞永生化细胞株,8h后利用逆转录PCR(RT-PCR)摸索各基因的最... 用实时荧光定量PCR(Real-timePCR)探讨了60Coγ射线诱导人淋巴细胞线粒体Cytb、ATPase6和ATPase8基因表达的改变。以1、3、5、8和10Gy60Coγ射线分别照射指数增长期的人淋巴细胞永生化细胞株,8h后利用逆转录PCR(RT-PCR)摸索各基因的最佳实验条件,进而利用Real-timePCR的方法定量检测各基因表达变化,观察辐射对Cytb、ATPase6和ATPase8基因表达影响的量效关系;同时以5Gy60Coγ射线照射人淋巴细胞后,分别于不同时点(0.5、4、8、12、24、48和72h),通过RT-PCR和Real-timePCR方法检测各基因表达的变化,观察其时效关系。结果发现,在mRNA水平上,线粒体Cytb、ATPase6和ATPase8基因表达总体上调。Cytb和ATPase8基因在8Gy剂量范围内,呈现出随剂量增加基因表达增强的量效关系趋势;观察时效关系,发现5Gy剂量照射后4h左右,3种基因表达增强最显著,且Cytb和ATPase8基因分别持续高表达至48h和72h。因此,60Coγ射线可以诱导人淋巴细胞线粒体Cytb、ATPase6和ATPase8基因表达的改变,总体上呈现表达增强趋势。 展开更多
关键词 60Coγ射线 线粒体 CYTB atpase 基因表达
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‘槠叶齐’叶绿体与线粒体基因组密码子偏好性分析
5
作者 曾文娟 朱友鹏 +4 位作者 陈嘉欣 李洪玉 王双辉 龚意辉 陈致印 《茶叶科学》 北大核心 2025年第2期201-218,共18页
密码子使用偏好性作为基因表达调控与分子进化的重要驱动力,在植物细胞器基因组研究中具有特殊意义。‘槠叶齐’(Camellia sinensis cv.‘Zhuyeqi’)作为中国重要的茶树品种,其细胞器基因组密码子使用模式尚未见系统报道。本研究对‘槠... 密码子使用偏好性作为基因表达调控与分子进化的重要驱动力,在植物细胞器基因组研究中具有特殊意义。‘槠叶齐’(Camellia sinensis cv.‘Zhuyeqi’)作为中国重要的茶树品种,其细胞器基因组密码子使用模式尚未见系统报道。本研究对‘槠叶齐’52个叶绿体编码基因和29个线粒体编码基因开展系统生物学分析。结果表明:(1)‘槠叶齐’叶绿体基因组(ENC=44.64±3.25)和线粒体基因组(ENC=51.98±3.47)均呈现弱密码子偏好性,其中叶绿体偏好性主要受自然选择驱动(GC3s与ENC相关性R2=0.482),而线粒体受自然选择与突变压力共同作用(R2=0.312);(2)相对同义密码子使用度(RSCU)分析揭示两个细胞器基因组均显著偏好以A/U结尾的同义密码子,其中叶绿体基因组高表达基因(rpoC2、psbA等)呈现更强的密码子偏好;(3)通过多参数筛选获得20个叶绿体最优密码子(GCA、GCU等)和23个线粒体最优密码子(GCC、AGG等)。本研究阐明了‘槠叶齐’细胞器基因组密码子使用特征及其进化驱动力,为茶树分子育种体系优化和外源基因高效表达提供了重要理论依据。 展开更多
关键词 槠叶齐 叶绿体基因 线粒体基因 密码子使用偏好性 最优密码子
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冷保存时间对肝脏移植大鼠供肝线粒体ATPase6、ATPase8基因表达的影响及意义 被引量:1
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作者 张莹 别平 +1 位作者 石承先 任娟娟 《山东医药》 CAS 北大核心 2008年第35期4-6,共3页
目的探讨冷保存时间对移植肝脏能量代谢的影响及机制。方法取Wistar大鼠186只,其中180只采用改良"二袖套法"制作大鼠肝移植模型并分为A、B、C组各60只,供肝冷保存时间分别为30 min、6 h、12 h;另6只为D组,行假手术对照。分别... 目的探讨冷保存时间对移植肝脏能量代谢的影响及机制。方法取Wistar大鼠186只,其中180只采用改良"二袖套法"制作大鼠肝移植模型并分为A、B、C组各60只,供肝冷保存时间分别为30 min、6 h、12 h;另6只为D组,行假手术对照。分别于制模后12 h、24 h、3 d、5 d、7 d采集肝组织标本检测各组肝脏线粒体AT-Pase6、ATPase8 mRNA表达及ATP含量。结果与D组比较,术后12 h A、B、C三组ATPase6、ATPase8 mRNA表达及ATP含量均降低,且C组显著低于A、B组(P<0.05),且ATPase6、ATPase8 mRNA变化趋势一致;24 h后A、B、C组ATPase6、ATPase8 mRNA表达及ATP含量开始升高,C组ATPase6、ATPase8 mRNA表达升高较A、B组缓慢。结论肝脏移植过程中,供肝冷保存时间延长可导致能量合成障碍,机制可能为下调ATPase6、ATPase8基因表达。 展开更多
关键词 肝移植 冷保存 能量代谢 基因表达 线粒体DNA
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蜜蜂线粒体ATPase6和ATPase8基因的克隆与序列分析 被引量:4
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作者 王瑞武 董捷 赵炜 《中国养蜂》 1999年第3期6-7,共2页
一、前言核酸序列分析是指通过测定核酸分子一级结构中核苷酸序列组成来比较同源分子之间的相互关系。从而阐明基因组DNA一级结构上的遗传信息如何控制生物体三维形态发育和复杂性不断增加的动态发展过程,并从遗传角度对生物的分类... 一、前言核酸序列分析是指通过测定核酸分子一级结构中核苷酸序列组成来比较同源分子之间的相互关系。从而阐明基因组DNA一级结构上的遗传信息如何控制生物体三维形态发育和复杂性不断增加的动态发展过程,并从遗传角度对生物的分类体系、系统发育和进化作出解释。序列... 展开更多
关键词 蜜蜂线粒体 atpase atpase8 基因 克隆
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紫叶苔(Pleurozia purpurea)线粒体基因组密码子偏好性分析
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作者 杜梦雪 张鑫 +3 位作者 高洁 毕胜 郝杰威 张莉娜 《河北科技大学学报》 北大核心 2025年第1期91-99,共9页
为了丰富对紫叶苔属遗传基础的认识,探究了紫叶苔([WTBX]Pleurozia purpurea)线粒体基因组密码子使用的偏好性及其影响因素。首先,基于完整紫叶苔线粒体基因组筛选蛋白编码序列;然后,利用CodonW、EMBOSS explorer计算各基因的GC含量、... 为了丰富对紫叶苔属遗传基础的认识,探究了紫叶苔([WTBX]Pleurozia purpurea)线粒体基因组密码子使用的偏好性及其影响因素。首先,基于完整紫叶苔线粒体基因组筛选蛋白编码序列;然后,利用CodonW、EMBOSS explorer计算各基因的GC含量、有效密码子数(ENC)、密码子适应指数(CAI)和同义密码子相对使用度(RSCU)等指标;最后,采用R软件进行参数间的相关性分析并绘图。结果表明:1)从紫叶苔线粒体基因组中筛选出31条蛋白编码序列,平均GC含量和密码子第3位碱基的GC含量分别为38.17%和32.28%,ENC和CAI平均值为50.29、0.17,表明密码子偏好使用以A/U结尾的碱基,且密码子偏好性较弱;2)ENC分别与GCall、GC3以及基因编码氨基酸的长度呈极显著正相关,表明GC含量和基因的长度对密码子的偏好有显著影响;3)中性绘图、ENC-plot和PR2-plot分析表明,突变压力和自然选择等因素共同塑造了密码子的使用偏好性,其中突变是最主要的影响因素;4)筛选出23个最优密码子,多数以A/U结尾。因此,紫叶苔线粒体基因组密码子偏好性较弱,除了主要受突变压力影响外,还受到自然选择、碱基组成和基因长度等因素的影响,研究结果可为苔藓植物线粒体基因组的进化研究提供参考。 展开更多
关键词 分子遗传学 紫叶苔属 密码子偏好性 线粒体基因 最优密码子
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东江水系大刺鳅线粒体基因组研究
9
作者 王凯丰 陈锭娴 +5 位作者 刘兰苑 林胜跃 张杰铭 梁巍骞 李强 桂林 《湖南农业科学》 2025年第2期73-80,共8页
采用PCR和DNA基因测序技术对东江大刺鳅线粒体基因组(mtDNA)测序,使用DNAstar、MEGA 11.0、MITOS Webserver、tRNAscan SE 1.21、Clustal Omega等软件对所测得序列进行分析、比对,了解其mtDNA结构与组成等特征。结果表明:东江大刺鳅mtDN... 采用PCR和DNA基因测序技术对东江大刺鳅线粒体基因组(mtDNA)测序,使用DNAstar、MEGA 11.0、MITOS Webserver、tRNAscan SE 1.21、Clustal Omega等软件对所测得序列进行分析、比对,了解其mtDNA结构与组成等特征。结果表明:东江大刺鳅mtDNA总长度为16493 bp,具有明显的AT碱基偏好性(54.4%),共37个编码基因(蛋白编码基因13个、rRNA基因2个和tRNA基因22个)和2个非编码区(O_(L)区和D-loop区),9个编码基因分布在轻链(L链)上、28个编码基因位于重链(H链)上;存在9处不同长度的基因间隔区,间隔长度为1~5 bp不等;存在6处基因重叠,位于ATP8和ATP6间的基因重叠最大,长度为10 bp;O_(L)区位于tRNA^(Asn)和tRNA^(Cys)之间,长度为30 bp可以折叠成茎环二级结构,其茎区序列(5'-3')为TCCCCGCC/AGGGGCGG,环区长度为13 bp;D-loop区位于tRNA^(Pro)和tRNA^(Phe)基因之间,序列长度为871 bp,分为终止序列区(TAS)、中央保守区(CD)和保守序列区(CSB)3个区域;13个蛋白编码基因中,COI的起始密码子为GTG,其他均为ATG,终止密码子包括TAG(COI)、TAA(ATP8、ND1、ND4L、ND5、ND6)和不完整终止密码子TA(COIII、ND2、ATP6)、T(COII、ND3、ND4、Cyt b)4种;22个tRNA基因中,除了tRNA^(Ser)(AGC)外其余都能折叠成典型的三叶草结构。系统发育分析表明,东江大刺鳅与北江大刺鳅亲缘关系较近。 展开更多
关键词 线粒体基因 全序列分析 系统发育 东江大刺鳅
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27个非综合征型遗传性聋家系GJB2、SLC26A4、线粒体DNA12S rRNA基因突变筛查
10
作者 王利伟 李建瑞 +2 位作者 刘涛 严江伟 杨雅冉 《中国耳鼻咽喉头颈外科》 2025年第1期22-26,共5页
目的对27个非综合征型遗传性聋家系进行GJB2、SLC26A4、线粒体DNA12S rRNA A1555G基因突变筛查,明确这些耳聋家系的遗传学病因。方法对27个耳聋家系的125名家系个体进行问卷调查、听力学检查、提取外周血DNA,扩增GJB2、SLC26A4、线粒体D... 目的对27个非综合征型遗传性聋家系进行GJB2、SLC26A4、线粒体DNA12S rRNA A1555G基因突变筛查,明确这些耳聋家系的遗传学病因。方法对27个耳聋家系的125名家系个体进行问卷调查、听力学检查、提取外周血DNA,扩增GJB2、SLC26A4、线粒体DNA12S rRNA A1555G编码区进行直接测序。结果共筛查出12个耳聋家系52名家系个体存在耳聋基因突变,在27个家系中的检出率为44%(12/27),在所有家系个体中检出率为42%(52/125)。GJB2基因突变检出率为31%(39/125),SLC26A4基因突变检出率为6%(8/125),线粒体DNA1555A>G突变检出率为4%(5/125)。结论遗传性聋家系中GJB2、SLC26A4、线粒体DNA 12S rRNA A1555G三个耳聋致病基因具有较高检出率,对这三个基因的突变筛查能明确大部分耳聋家系的遗传学病因,可作为遗传性聋家系基因筛查的对象。 展开更多
关键词 耳聋 遗传性 突变 DNA 线粒体 遗传性聋 基因突变 GJB2 SLC26A4
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周氏啮小蜂线粒体基因组测定与分析
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作者 饶何燕 李响亮 +3 位作者 卫欣怡 孙季豪 王旭 黄羿鑫 《浙江林业科技》 2025年第1期87-95,共9页
本文通过Illumina二代测序技术对周氏啮小蜂Chouioia cunea线粒体基因组进行测序、组装和注释,并分析其结构特点和碱基组成;使用最大似然法重建系统发育树,分析姬小蜂科Eulophidae内的系统发育关系。结果表明,周氏啮小蜂线粒体基因组序... 本文通过Illumina二代测序技术对周氏啮小蜂Chouioia cunea线粒体基因组进行测序、组装和注释,并分析其结构特点和碱基组成;使用最大似然法重建系统发育树,分析姬小蜂科Eulophidae内的系统发育关系。结果表明,周氏啮小蜂线粒体基因组序列全长14704 bp,包含13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因和2个rRNA基因。基因组全序列的AT含量为85.0%,表现出明显的AT偏向性。13个蛋白质编码基因均以典型的ATN为起始密码子,以TAA为终止密码子。除trnS1和trnP基因外,其余20个tRNAs的二级结构均为典型的三叶草结构,二级结构中有U-U碱基错配现象。系统发育分析显示,姬小蜂科的所有物种聚在同一分支,支持该科的单系性;周氏啮小蜂与亮腹釉小蜂Tamarixia radiata聚为一支,在系统发育树上关系最近。本研究在线粒体基因组水平探讨周氏啮小蜂的线粒体基因组结构特征,分析其在姬小蜂科内的分类地位,为揭示姬小蜂科昆虫的系统发育和进化关系提供理论依据。 展开更多
关键词 周氏啮小蜂 线粒体基因 全序列测定 系统发育关系
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小檗绢粉蝶重寄生天敌——小齿腿长尾小蜂及其线粒体全基因
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作者 赵汉章 刘友林 +3 位作者 胡岳 赵天佑 宋凡 李涛 《中国森林病虫》 北大核心 2025年第1期16-22,共7页
在青海祁连山国家公园仙米片区首次发现重寄生于小檗绢粉蝶Aporia hippia的小齿腿长尾小蜂Monodontomerus minor,介绍该属的鉴别特征,重新描述该种的形态特征,提供彩色整体图和部分特征图,初步观察其生物学特性。通过Illumina二代测序技... 在青海祁连山国家公园仙米片区首次发现重寄生于小檗绢粉蝶Aporia hippia的小齿腿长尾小蜂Monodontomerus minor,介绍该属的鉴别特征,重新描述该种的形态特征,提供彩色整体图和部分特征图,初步观察其生物学特性。通过Illumina二代测序技术,测序组装注释该小蜂线粒体基因组全序列,分析线粒体基因的碱基组成、密码使用偏好,利用该属3条COX1基因序列进行系统发育分析。小齿腿长尾小蜂线粒体基因组的AT含量为84.90%,该物种蛋白编码基因倾向于使用亮氨酸(Leu)编码,同时偏好使用TTA密码子,暗齿腿长尾小蜂Monodontomerus obscurus与其亲缘关系最近。研究标本保存在国家林业和草原局生物灾害防控中心。 展开更多
关键词 小齿腿长尾小蜂 小蜂总科 小檗绢粉蝶 重寄生蜂 线粒体基因 舞毒蛾瘤姬蜂
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线粒体解偶联蛋白2基因多态性及启动子区域基因型与糖尿病肾病发病的关系 被引量:1
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作者 何爱琴 石彩凤 +2 位作者 周阳 杨俊伟 吴小梅 《山东医药》 CAS 2024年第12期46-49,共4页
目的观察线粒体解偶联蛋白2(UCP2)基因多态性,分析UCP2基因启动子区域基因型与糖尿病肾病(DKD)发病的关系。方法2型糖尿病(T2DM)患者180例,根据尿白蛋白/肌酐比值(ACR)和预估肾小球滤过率(eGFR)分为DKD患者92例[糖尿病肾病组,ACR≥30 m... 目的观察线粒体解偶联蛋白2(UCP2)基因多态性,分析UCP2基因启动子区域基因型与糖尿病肾病(DKD)发病的关系。方法2型糖尿病(T2DM)患者180例,根据尿白蛋白/肌酐比值(ACR)和预估肾小球滤过率(eGFR)分为DKD患者92例[糖尿病肾病组,ACR≥30 mg/g、eGFR<60 mL/(min·1.73 m^(2))]和单纯糖尿病患者88例[单纯组,ACR<30 mg/g、eGFR≥60 mL/(min·1.73 m^(2))],采用多重聚合酶链反应进行UCP2基因测序,另利用二元Logistic回归分析UCP2基因启动子区域位点-866G/A三种基因型(A/A、G/A、G/G)与DKD的关系。结果糖尿病肾病组-866G/A位点G/G基因型频率为33.0%、G/A基因型频率为40.9%、A/A基因型频率为26.1%,单纯糖尿病组分别为30.4%、56.5%、13.0%,两组A/A基因型频率比较,P均<0.05;糖尿病肾病组Ala55Val位点C/C基因型频率为31.8%、C/T基因型频率为42.0%、T/T基因型频率为26.1%,单纯糖尿病组分别为28.3%、57.6%、14.1%,两组比较,P均>0.05;糖尿病肾病组45bp INS/DEL位点DEL/DEL基因型频率为73.9%、DEL/INS基因型频率为23.9%、INS/INS基因型频率为2.3%,单纯糖尿病组分别为84.8%、13.0%、2.2%,两组比较,P均>0.05。在-866G/A隐性模型中,A/A基因型是DKD发生的风险因素,相比于G/A和G/G,A/A基因型发生DKD的风险增高2.359倍[2.359(1.091~5.099),P=0.029];当矫正性别、年龄后,A/A基因型发生DKD的风险增高2.491倍[2.491(1.142~5.437),P=0.022];当进一步矫正性别、年龄、糖尿病病程、糖化血红蛋白、尿酸、总胆固醇后,A/A基因型发生DKD的风险增高2.491倍[2.489(1.004~6.172),P=0.049]。在-866G/A显性模型中,相比于G/G基因型,G/A和A/A基因型发生DKD的风险无统计学差异。结论UCP2基因启动子区域存在3个位点的基因多态性,包括-866G/A、Ala55Val以及45bp插入缺失突变,其中-866G/A与DKD的发生密切相关,A/A基因型患者发生DKD的风险高于G/A、G/G基因型。 展开更多
关键词 线粒体解偶联蛋白2基因 启动子区域位点 基因多态性 糖尿病肾病 2型糖尿病
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三角鲤线粒体基因组全序列测定及分析 被引量:1
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作者 李强 李文俊 +3 位作者 韩崇 鲁同富 龚剑 桂林 《安徽农业科学》 CAS 2024年第5期108-111,120,共5页
[目的]三角鲤(Cyprinus multitaeniata)是我国具有重要经济价值的鱼类之一,了解三角鲤线粒体基因的结构和特点,为三角鲤的种群遗传多样性研究提供基础资料。[方法]采用26对引物扩增三角鲤的线粒体全基因,通过生物软件识别和分析各基因... [目的]三角鲤(Cyprinus multitaeniata)是我国具有重要经济价值的鱼类之一,了解三角鲤线粒体基因的结构和特点,为三角鲤的种群遗传多样性研究提供基础资料。[方法]采用26对引物扩增三角鲤的线粒体全基因,通过生物软件识别和分析各基因和非编码序列的位置和特点,并通过与GeneBank数据库已发表鲤科鱼类序列进行比较和构建系统发育树进行分析。[结果]三角鲤线粒体全基因总长度为16 573 bp,碱基含量A为32.2%、T为24.9%、C为27.3%、G为15.6%;包括37个编码基因(编码蛋白基因13个、tRNA基因22个和rRNA基因2个)和2个非编码序列区(OL区和控制区)。13个蛋白编码基因中,COX1的起始密码子为GTG,其他均为ATG;终止密码子包括TAG(ATP8)、TA(COX3、ATP6)、T(ND2、COX2、ND3、ND4、Cty b)和TAA(ND1、COX1、ND4L、ND5、ND6)3种。22个tRNA基因中,除了tRNASer(AGC)外其余都能折叠成典型的三叶草结构;三角鲤控制区序列可以识别出3个典型保守区域;系统发育分析表明,三角鲤与大眼鲤(C.megalophthalmus)亲缘关系较近。[结论]三角鲤线粒体基因组成、长度和排列顺序与典型的脊椎动物相同,在亲缘关系上与大眼鲤最近;线粒体基因组序列适用于三角鲤的系统发育分析。 展开更多
关键词 三角鲤 线粒体基因 全序列分析 系统发育
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混合重金属离子对鲫鱼(Carassius aruatus)Na/KATPase活性的影响及基因毒性作用研究 被引量:17
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作者 周新文 朱国念 孙锦荷 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2001年第6期665-669,共5页
研究了混合重金属对鲫鱼 Na/K ATPase活性及 DNA合成作用的影响 ,结果表明 :鱼鳃、鱼脑和肝脏的 Na/K ATPase活性与混合重金属的浓度呈显著的负线性相关关系 ;3种组织 Na/K ATPase活性的敏感顺序为鱼脑 >鱼鳃 >肝脏 .且抑制这 3... 研究了混合重金属对鲫鱼 Na/K ATPase活性及 DNA合成作用的影响 ,结果表明 :鱼鳃、鱼脑和肝脏的 Na/K ATPase活性与混合重金属的浓度呈显著的负线性相关关系 ;3种组织 Na/K ATPase活性的敏感顺序为鱼脑 >鱼鳃 >肝脏 .且抑制这 3种组织 Na/K ATPase活性 5 0 %的浓度分别为 1.6 3mg/kg,0 .92 mg/kg和 2 .0 2 mg/L .DNA掺入试验表明 :注射 3 H- Td R后取样的最佳时间为 6 h;混合重金属对鱼体各组织 DNA合成作用呈现双向效应 ,即低浓度时 ,3 H- Td R掺入量增大 ,表现出损伤、修复作用 ,高浓度时 ,3 H- Td R的掺入量显著低于对照 ,组织细胞 DNA的合成受到了抑制作用 ;鱼鳃和肝脏的 Na/K ATPase活性与掺入组织 DNA中 3 H- Td R的放射性有显著的相关性 . 展开更多
关键词 混合重金属 鲫鱼 atpase DNA 活性 基因毒性作用
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渗透胁迫对玉米幼苗根尖线粒体ATPase活性与结合态多胺含量的影响 被引量:1
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作者 纪秀娥 胡炳义 +1 位作者 杜红阳 刘怀攀 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2007年第28期8813-8814,共2页
[目的]探讨线粒体膜上结合态多胺与渗透胁迫的关系。[方法]以抗旱性不同的玉米(Zea maysL.)品种农大108(抗旱性较强)和掖单13(抗旱性较弱)幼苗为材料,研究在聚乙二醇(PEG)-6000渗透胁迫下,幼苗根线粒体ATPase水解活性与膜上非共价结合... [目的]探讨线粒体膜上结合态多胺与渗透胁迫的关系。[方法]以抗旱性不同的玉米(Zea maysL.)品种农大108(抗旱性较强)和掖单13(抗旱性较弱)幼苗为材料,研究在聚乙二醇(PEG)-6000渗透胁迫下,幼苗根线粒体ATPase水解活性与膜上非共价结合态亚精胺(Spd)含量的关系。[结果]渗透胁迫条件下,抗性强的农大108的ATPase活性下降的幅度明显小于抗性弱的品种掖单13,而农大108的线粒体膜上非共价结合亚精胺的上升幅度明显大于掖单13。外源Spd处理,明显促进了掖单13在胁迫条件下非共价结合Spd含量的增加,同时抑制其在胁迫条件下ATPase活性的降低,从而提高了掖单13幼苗的抗性;Spd生物合成的专一性抑制剂——甲基乙二醛-双(鸟嘌呤腙)(MGBG)处理,显著抑制了农大108在胁迫条件下膜上非共价结合Spd的增加,同时促进其在胁迫条件下ATPase活性的降低,从而明显降低了农大108幼苗的抗性。[结论]线粒体膜上的非共价结合的Spd可能通过维持ATPase活性的稳定来提高玉米幼苗的抗渗透胁迫能力。 展开更多
关键词 结合态亚精胺 玉米 渗透胁迫 线粒体atpase
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家鸽mtDNA ATPase8和ATPase6基因的分子克隆及序列分析 被引量:3
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作者 张慧霞 吴建平 +1 位作者 张利平 宗卉 《甘肃农业大学学报》 CAS CSCD 2007年第5期9-15,共7页
利用特异引物,通过聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)技术,从家鸽(Columbalivia)肝脏组织的总DNA中扩增到目的片段,并将扩增产物克隆到pMD18-T载体中,经菌落PCR与酶切鉴定、序列测定及序列分析.结果表明:克隆得到了家... 利用特异引物,通过聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)技术,从家鸽(Columbalivia)肝脏组织的总DNA中扩增到目的片段,并将扩增产物克隆到pMD18-T载体中,经菌落PCR与酶切鉴定、序列测定及序列分析.结果表明:克隆得到了家鸽ATPase8-ATPase6基因842 bp及COII的部分序列共861 bp.用DNA分析软件对家鸽ATPase8和ATPase6基因与Genbank中的5种鸟类的ATPase8和ATPase6基因序列进行比较分析,表明家鸽与其他5种鸟类的ATPase8和ATPase6基因具有较高的同源性(88.1%~75.0%),其中与山斑鸠(Streptopelia orientalis)的同源性最高,分别为88.1%和86.5%.家鸽ATPase8和ATPase6基因核苷酸序列的组成中,(A+T)含量分别为55.95%和54.68%,与其它5种鸟类的(A+T)含量(53.5%~60.12%)和(51.9%~54.24%)相近,说明鸟类ATPase8和ATPase6基因序列组成对A+T核苷酸的偏倚程度比较低;而且家鸽该片段的基因组织结构与其他鸟类的基本一致,显示鸟类线粒体基因排列的保守性.家鸽与其他5种鸟类的ATPase8和ATPase6基因序列同源性的分子进化树聚类结果表明家鸽与山斑鸠亲缘关系最近. 展开更多
关键词 家鸽 线粒体基因 克隆 序列分析
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慢性阻塞性肺疾病稳定期大鼠mtDNA ATPase 6亚基基因的变化 被引量:1
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作者 魏姗姗 徐升 张念志 《长春中医药大学学报》 2014年第3期389-392,共4页
目的观察慢性阻塞性肺疾病(COPD)稳定期大鼠mtDNA ATPase 6亚基基因的改变。方法将20只SD大鼠按照宋一平等介绍的方法(香烟雾熏加脂多糖气管滴入法)复制大鼠COPD模型后提取mtDNA,采用PCR技术扩增后测序,检测突变点。结果 SD大鼠mtDNAATP... 目的观察慢性阻塞性肺疾病(COPD)稳定期大鼠mtDNA ATPase 6亚基基因的改变。方法将20只SD大鼠按照宋一平等介绍的方法(香烟雾熏加脂多糖气管滴入法)复制大鼠COPD模型后提取mtDNA,采用PCR技术扩增后测序,检测突变点。结果 SD大鼠mtDNAATPase 6亚基基因存在多态性,COPD稳定期模型大鼠存在一定数量点突变,mtDNA ATPase 6:A8000T、G8074A、A8439G、C8009T、C8062。结论 COPD稳定期大鼠mtDNAATPase 6亚基基因会发生突变,由此可导致所编码的氨基酸的改变,有可能是酶活性改变的原因。 展开更多
关键词 慢性阻塞性肺疾病(COPD) 稳定期 MTDNA atpase 6 基因测序
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松瘤小蠹线粒体基因组测序及分析 被引量:2
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作者 李兴艳 梁文凯 +2 位作者 泽桑梓 赵宁 朱家颖 《西南林业大学学报(自然科学)》 CAS 北大核心 2024年第1期194-199,共6页
松瘤小蠹广泛分布于欧亚大陆多国以及我国危害松科植物,但尚缺乏其分子鉴定和种群遗传结构方面的研究。鉴于此,本研究基于高通量测序技术测定了该害虫的线粒体基因组序列,使用GetOrganelle软件组装得到了其完整线粒体基因组。结果表明:... 松瘤小蠹广泛分布于欧亚大陆多国以及我国危害松科植物,但尚缺乏其分子鉴定和种群遗传结构方面的研究。鉴于此,本研究基于高通量测序技术测定了该害虫的线粒体基因组序列,使用GetOrganelle软件组装得到了其完整线粒体基因组。结果表明:松瘤小蠹的线粒体基因组长17451 bp,包含13个蛋白编码基因,22个tRNA和2个r RNA,A、T、C、G所占的比例分别为37.4%、33.45%、18.40%和10.75%。基于松瘤小蠹以及其他象甲科物种线粒体基因组序列构建系统发育树分析发现,松瘤小蠹与边瘤小蠹的亲缘关系较近,处于同一分支上,与传统的形态学分类相一致。该研究结果为今后筛选线粒体分子标记来开展松瘤小蠹分子鉴定和种群遗传结构研究奠定了基础。 展开更多
关键词 松瘤小蠹 象甲科 线粒体基因 系统发育
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^(60)Coγ射线对人线粒体COXI和ATPase6表达水平的影响
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作者 刘红艳 刘建功 +2 位作者 赵佳辉 张忠新 段志凯 《辐射防护通讯》 2013年第4期38-42,共5页
目的观察60Coγ射线对人外周血线粒体COXI和ATPase6基因和蛋白质水平表达的影响,探讨线粒体编码基因用于辐射生物剂量估算的可行性。方法采用60Coγ射线照射正常人离体外周血,照射剂量率为1.013 Gy/min,剂量分别为0、0.2、0.4、0.6、0.8... 目的观察60Coγ射线对人外周血线粒体COXI和ATPase6基因和蛋白质水平表达的影响,探讨线粒体编码基因用于辐射生物剂量估算的可行性。方法采用60Coγ射线照射正常人离体外周血,照射剂量率为1.013 Gy/min,剂量分别为0、0.2、0.4、0.6、0.8、1.0、2.0、3.0、4.0、5.0 Gy,。照后6小时,用RT-PCR技术检测基因的表达水平,用流式细胞仪检测蛋白质的表达水平,分别拟合最佳回归方程,建立剂量-效应曲线。结果(1)0~3.0 Gy,COXI基因表达水平的最佳回归方程为Y=0.629+0.256D(r2=0.920,p<0.01),ATPase6基因表达水平的最佳回归方程为Y=0.221+0.805D(r2=0.912,p<0.01)。(2)0~5.0 Gy,COXI蛋白质表达水平的最佳回归方程为Y=1.054+0.595D(r2=0.919,p<0.01);ATPase6蛋白质表达水平与照射剂量间的关系不明显,不能拟合出最佳回归方程。结论60Coγ射线照射人离体外周血,随着照射剂量的增加,线粒体COXI的基因与蛋白质表达水平一致,呈增加趋势,且有良好的线性关系,有望用于辐射生物剂量的估算。 展开更多
关键词 生物剂量计 线粒体 基因 蛋白质 细胞色素C氧化酶 atpase6
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