-
题名鱼类环境DNA研究中通用引物的筛选验证
被引量：18
- 1
-
-
作者
刘军
赵良杰
凡迎春
张新磊
刘其根
-
机构
上海海洋大学农业部淡水水产种质资源重点实验室
-
出处
《淡水渔业》
CSCD
北大核心
2016年第1期9-17,共9页
-
基金
公益性行业(农业)专项"湖泊水库养殖容量及生态增养殖技术研究与示范"(201303056)
教育部博士点基金项目(20123104110002)
上海市高校知识服务平台项目(ZF1206)
-
文摘
为了筛选一个通用性和适用性良好的能够运用于环境DNA(eDNA)研究的鱼类引物,从相关文献中选取了鱼类线粒体基因组部分片段的5对引物,分别对线粒体D-loop区、16S rRNA基因、COI基因以及Cytb基因部分片段进行扩增。对千岛湖48种鱼类基因组DNA进行扩增后比较发现,引物16s和COI均可以取得良好的扩增效果,通用性优于其他几对引物。引物16s的扩增产物经凝胶电泳检测均出现明亮的目的条带,引物COI则有3种鱼的条带经凝胶电泳检测亮度较暗。利用上述引物对环境样品eDNA扩增时发现,只有16s和COI的引物具有良好的扩增效果,能够得到明显单一的亮带。对该两种引物的PCR产物克隆后测序比对发现,16s的PCR产物均为千岛湖常见鱼类物种的基因片段,COI的PCR产物则为细菌COI基因的部分片段。综上,我们认为引物16s在通用性和适用性上都更为适合作为鱼类群落结构eDNA研究的通用引物。
-
关键词
引物筛选
线粒体标记
环境DNA
千岛湖
-
Keywords
primer screening
mitochondrial marker
environment DNA
Qiandao Lake
-
分类号
S917.4
[农业科学—水产科学]
-
-
题名秘鲁外海茎柔鱼大型群与小型群的遗传变异分析
被引量：3
- 2
-
-
作者
刘连为
陈新军
许强华
陆化杰
王从军
-
机构
上海海洋大学海洋科学学院
远洋渔业协同创新中心
大洋渔业资源可持续开发省部共建教育部重点实验室
国家远洋渔业工程技术研究中心
-
出处
《海洋渔业》
CSCD
北大核心
2014年第3期216-223,共8页
-
基金
国家自然科学基金(NSFC41276156)
国家863计划(2012AA092303)
+1 种基金
国家发改委产业化专项(2159999)
上海市科技创新行动计划(12231203900)
-
文摘
秘鲁海域茎柔鱼（Dosidicus gigas）资源丰富,且存在不同性成熟胴长群体.为了更好地对该海域茎柔鱼资源进行开发管理,本文利用线粒体DNA（mtDNA）与微卫星DNA（SSR）2个分子标记对秘鲁外海茎柔鱼大型群与小型群的遗传变异进行研究.基于Cytb基因序列得到的2个群体总的单倍型数、单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数及平均核苷酸差异数分别为19、0.758±0.052、0.002 19±0.001 46和1.586.基于COI基因序列得到的2个群体总的单倍型数、单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数及平均核苷酸差异数分别为18、0.707±0.055、0.001 70±0.001 26和1.057.2个群体具有较高的单倍型多样性指数和较低的核苷酸多样性指数.筛选的12个SSR位点均为高度多态性位点（PIC=0.725～0.933）,位点DG02、DG07、DG09、DG28、DG36极显著偏离Hardy-Weinberg平衡（P＜0.01）.基于SSR标记得到的大型群观测杂合度为0.716,期望杂合度为0.868;小型群观测杂合度为0.721,期望杂合度为0.883,二者均具有较高的遗传多样性.基于mtDNA标记的单倍型网络关系图及2个群体间遗传分化系数Fst分析结果显示,2个群体不存在显著的遗传分化（Cytb：Fst=0.004 52,P＞0.05;CO Ⅰ：Fst=0.000 89,P＞0.05）.基于SSR标记也得出相同的结论（Fst=0.002 51,P＞0.05）.2个群体可能在产卵洄游过程中发生基因交流,建议将秘鲁外海茎柔鱼大型群和小型群看作1个管理单元.
-
关键词
茎柔鱼
大型群
小型群
遗传变异
线粒体DNA标记
微卫星标记
-
Keywords
Dosidicus gigas
large-sized group
small-sized group
genetic variation
mitochondria DNAmarker
microsatellite DNA marker
-
分类号
Q75
[生物学—分子生物学]
-
