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红带滑胸针蓟马(缨翅目:蓟马科)线粒体基因组全序列测定与分析
1
作者 毛加梅 李佳瑾 +2 位作者 王自然 郭俊 张宏瑞 《南方农业学报》 北大核心 2025年第1期226-235,共10页
【目的】明确红带滑胸针蓟马(Selenothrips rubrocinctus)线粒体基因组结构特征,并基于线粒体基因组序列分析其系统发育关系,为滑胸针蓟马属昆虫的分子鉴定和系统发育研究提供分子生物学依据。【方法】利用第二代测序技术Illumina平台... 【目的】明确红带滑胸针蓟马(Selenothrips rubrocinctus)线粒体基因组结构特征,并基于线粒体基因组序列分析其系统发育关系,为滑胸针蓟马属昆虫的分子鉴定和系统发育研究提供分子生物学依据。【方法】利用第二代测序技术Illumina平台对红带滑胸针蓟马的线粒体基因组进行测序、组装和注释;基于18种蓟马科和1种管蓟马科外群昆虫的线粒体基因组13个蛋白质编码基因(PCGs)序列,采用最大似然法(ML)和贝叶斯法(BI)构建系统发育进化树,分析红带滑胸针蓟马与其他蓟马的系统发育关系。【结果】红带滑胸针蓟马线粒体基因组全长14984 bp,包含37个基因(13个PCGs、22个tRNA基因、2个rRNA基因)和1个控制区。基因间隔区有19处,最长间隔区长度为25 bp;基因重叠区有10处,最长重叠区长度为23 bp。基因组拥有缨翅目中大部分昆虫线粒体基因组的基因组成和排列顺序,AT含量为72.9%,具有明显的AT偏好性。13个PCGs中,除cox1以TTG为起始密码子外,其余均以ATN为起始密码子;nad6以TAG为终止密码子,nad2和cox2以不完整的T为终止密码子,其余10个基因以TAA为终止密码子。22个tRNA基因中,除trnR、trnS2和trnY缺少TΨC环,trnS1和trnV缺少DHU臂环外,其余17个基因具有完整的三叶草结构。系统发育分析结果显示,红带滑胸针蓟马与腹突皱针蓟马(Rhipiphorothrips cruentatus)聚在同一小分支上,二者的亲缘关系最近。【结论】红带滑胸针蓟马的线粒体基因组结构、组成和基因排列顺序较保守,与蓟马科其他物种线粒体基因组结构和排列一致。针蓟马亚科为单系性,其中,红带滑胸针蓟马与腹突皱针蓟马的亲缘关系最近。 展开更多
关键词 红带滑胸针蓟马 线粒体基因组 系统发育
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褶牡蛎线粒体全基因组遗传特征
2
作者 滕炜鸣 王朔 +3 位作者 孙永欣 于喆 李琪 王庆志 《水产学杂志》 2025年第2期1-5,共5页
基于新一代基因组测序技术,解析大连沿海石城岛海域(122°98'38''E,39°56'69''N)褶牡蛎(Alectryonella plicatula)的完整线粒体基因组,重建牡蛎属的系统发生关系,探索褶牡蛎在巨蛎属中系统发生地位。... 基于新一代基因组测序技术,解析大连沿海石城岛海域(122°98'38''E,39°56'69''N)褶牡蛎(Alectryonella plicatula)的完整线粒体基因组,重建牡蛎属的系统发生关系,探索褶牡蛎在巨蛎属中系统发生地位。结果表明,褶牡蛎的线粒体全基因组大小为18225 bp,包含12个蛋白质编码基因、24个tRNA基因和2个rRNA基因,atp8基因缺失,这与大多数双壳类动物一致。系统发育分析结果表明,褶牡蛎与长牡蛎(Crassostrea gigas)的亲缘关系最近,这个进化枝与福建牡蛎(C.angulata)聚为一枝,而熊本牡蛎(C.sikamea)则是包含福建牡蛎和长牡蛎以及褶牡蛎的进化枝的姐妹群。本研究首次解析了褶牡蛎的完整线粒体基因组,从线粒体全基因组分析的角度再次验证大连沿海常见的“褶牡蛎”为长牡蛎。 展开更多
关键词 褶牡蛎 基因组 线粒体
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中国大陆裸胸鳝属鱼类新记录种--杂色裸胸鳝形态与线粒体基因组分析
3
作者 程静 李庚锋 +4 位作者 莫德鑫 胡凯红 郜梓涵 李丰 梁日深 《南方水产科学》 北大核心 2025年第4期159-170,共12页
目前全球裸胸鳝属(Gymnothorax)鱼类的种质资源研究仍存在较大空白,其物种分类与资源信息亟待修订与更新。通过形态学与分子生物学方法,对广东省湛江海域采集的裸胸鳝属鱼类样本进行鉴定,以期为该属种质资源分析与物种名录更新提供科学... 目前全球裸胸鳝属(Gymnothorax)鱼类的种质资源研究仍存在较大空白,其物种分类与资源信息亟待修订与更新。通过形态学与分子生物学方法,对广东省湛江海域采集的裸胸鳝属鱼类样本进行鉴定,以期为该属种质资源分析与物种名录更新提供科学依据。以采集的1尾裸胸鳝属鱼类样本为研究对象,结合外部形态特征分析和线粒体全基因组测序技术进行物种鉴定。形态学数据显示,该样本体色呈单一褐色,无斑纹或斑点,背鳍较高,起源于鳃孔之前,各鳍边缘呈淡灰色,下颌微弓,嘴巴不能完全闭合,齿单列,椎骨式为5-58-140,与文献记载的新种杂色裸胸鳝(G. poikilospilus sp. nov.)形态数据基本吻合。线粒体基因组全长16 572 bp,包含22个tRNA、2个r RNA、13个蛋白编码基因及1个非编码区,基因数量与排列特征与其他鱼类相似。系统发育分析表明,杂色裸胸鳝与奥迪萨裸胸鳝(G. odishi)、匀斑裸胸鳝(G. reevesii)及淡网纹裸胸鳝(G. pseudothyrsoideus)亲缘关系较近,且基于COI基因的进化树中,该样本与杂色裸胸鳝聚为一支。遗传距离分析显示,两者遗传距离仅为0.004,显著低于物种鉴定阈值(0.020),进一步支持其分类地位。综合形态学与分子生物学证据,首次确认该杂色裸胸鳝为中国大陆裸胸鳝属新记录种,可为完善该属种质资源数据库及后续分类研究提供重要参考。 展开更多
关键词 杂色裸胸鳝 新记录种 形态特征 线粒体基因组
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茶树‘大面白’线粒体基因组结构特征及其密码子偏好性分析
4
作者 尹明华 张牧彤 +3 位作者 徐子林 欧阳茜 王美暄 李文婷 《茶叶科学》 北大核心 2025年第1期61-78,共18页
茶树‘大面白’(Camellia sinensis cv.‘Damianbai’)是上饶市广信区自主培育的国家级品种,其线粒体基因组结构特征及密码子偏好性尚不清楚。以‘大面白’为试验材料,采用高通量测序技术对其线粒体全基因组进行测序、组装、注释,采用... 茶树‘大面白’(Camellia sinensis cv.‘Damianbai’)是上饶市广信区自主培育的国家级品种,其线粒体基因组结构特征及密码子偏好性尚不清楚。以‘大面白’为试验材料,采用高通量测序技术对其线粒体全基因组进行测序、组装、注释,采用生物信息学软件对其线粒体基因组的结构特征和密码子偏好性进行分析。结果表明,‘大面白’线粒体基因组全长886354 bp,结构为完整单环状分子,GC含量为45.76%;共注释到78个功能基因,包括41个蛋白质编码基因,33个tRNA基因,4个rRNA基因;共检测到59个SSR(主要为A/T单核苷酸重复)和100个Longrepeat(主要为正向重复和回文重复)。‘大面白’线粒体基因组密码子偏好性较弱,密码子偏好以A/U结尾,密码子使用偏好性主要受自然选择的影响,受内部突变压力的影响小;‘大面白’线粒体基因组的最优密码子为14个(AAU、GAU、CAU、UUU、AUU、GCU、GGA、ACU、GUU、CGA、UUA、UUG、UCA、UCU)。11个近缘物种的线粒体基因组在基因区与‘大面白’线粒体基因组具有高度同源性;‘大面白’线粒体基因组与‘凌云白毫’(ON782577)线粒体基因组的共线性最高,两者的基因排列顺序基本一致;‘大面白’线粒体基因组与其叶绿体基因组之间具有62个高度同源性的基因片段;‘大面白’与‘凌云白毫’单独聚成一小分支,两者亲缘关系较近。本研究分析了‘大面白’线粒体基因组序列特征及系统发育进化关系,为加强‘大面白’种质鉴定及其资源多样性的开发利用提供了参考依据。 展开更多
关键词 ‘大面白’ 线粒体基因组 结构特征 密码子偏好性
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福建养殖皱纹盘鲍线粒体基因组全测序及分析
5
作者 王伟 《水产科学》 北大核心 2025年第1期100-107,共8页
为有效鉴别鲍的种类,探讨其来源,通过高通量测序获得福建养殖皱纹盘鲍线粒体基因组全序列,分析比较其序列与GenBank中收录的3个皱纹盘鲍线粒体基因组全序列或近全序列。试验结果显示,皱纹盘鲍线粒体基因组全长17037 bp,具有37个编码基因... 为有效鉴别鲍的种类,探讨其来源,通过高通量测序获得福建养殖皱纹盘鲍线粒体基因组全序列,分析比较其序列与GenBank中收录的3个皱纹盘鲍线粒体基因组全序列或近全序列。试验结果显示,皱纹盘鲍线粒体基因组全长17037 bp,具有37个编码基因,包括13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因和2个rRNA基因。除控制区存在碱基差异外,当前4个皱纹盘鲍线粒体全序列基本一致。基于鲍属线粒体基因组全序列构建系统发育树,4个皱纹盘鲍聚为一支,再与红鲍、黑鲍及黑足鲍聚为一支,其中福建养殖皱纹盘鲍连江群体与韩国巨济群体关系较近。笔者分析了不同皱纹盘鲍群体间的线粒体碱基组成和鲍属贝类系统进化关系,试验结果丰富了皱纹盘鲍遗传信息库,可为东南沿海鲍种的鉴定和良种选育提供参考。 展开更多
关键词 皱纹盘鲍 线粒体基因组 系统发育 高通量测序
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紫叶苔(Pleurozia purpurea)线粒体基因组密码子偏好性分析 被引量：2
6
作者 杜梦雪 张鑫 +3 位作者 高洁 毕胜 郝杰威 张莉娜 《河北科技大学学报》 北大核心 2025年第1期91-99,共9页
为了丰富对紫叶苔属遗传基础的认识,探究了紫叶苔([WTBX]Pleurozia purpurea)线粒体基因组密码子使用的偏好性及其影响因素。首先,基于完整紫叶苔线粒体基因组筛选蛋白编码序列;然后,利用CodonW、EMBOSS explorer计算各基因的GC含量、... 为了丰富对紫叶苔属遗传基础的认识,探究了紫叶苔([WTBX]Pleurozia purpurea)线粒体基因组密码子使用的偏好性及其影响因素。首先,基于完整紫叶苔线粒体基因组筛选蛋白编码序列;然后,利用CodonW、EMBOSS explorer计算各基因的GC含量、有效密码子数(ENC)、密码子适应指数(CAI)和同义密码子相对使用度(RSCU)等指标;最后,采用R软件进行参数间的相关性分析并绘图。结果表明:1)从紫叶苔线粒体基因组中筛选出31条蛋白编码序列,平均GC含量和密码子第3位碱基的GC含量分别为38.17%和32.28%,ENC和CAI平均值为50.29、0.17,表明密码子偏好使用以A/U结尾的碱基,且密码子偏好性较弱;2)ENC分别与GCall、GC3以及基因编码氨基酸的长度呈极显著正相关,表明GC含量和基因的长度对密码子的偏好有显著影响;3)中性绘图、ENC-plot和PR2-plot分析表明,突变压力和自然选择等因素共同塑造了密码子的使用偏好性,其中突变是最主要的影响因素;4)筛选出23个最优密码子,多数以A/U结尾。因此,紫叶苔线粒体基因组密码子偏好性较弱,除了主要受突变压力影响外,还受到自然选择、碱基组成和基因长度等因素的影响,研究结果可为苔藓植物线粒体基因组的进化研究提供参考。 展开更多
关键词 分子遗传学 紫叶苔属 密码子偏好性 线粒体基因组 最优密码子
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基于线粒体基因组的云南省橘小实蝇种群遗传结构分析
7
作者 冯新颖 王璇 +4 位作者 李冰艳 曾彪 李虎 刘志琦 宋凡 《昆虫学报》 北大核心 2025年第1期110-122,共13页
【目的】基于线粒体基因组数据,明晰云南省橘小实蝇Bactrocera dorsalis种群遗传多样性和遗传结构,揭示其在云南的扩散路径,为橘小实蝇防控策略的制定和规划提供理论依据。【方法】2022年7-9月收集云南省橘小实蝇15个地理种群,使用DNBSE... 【目的】基于线粒体基因组数据,明晰云南省橘小实蝇Bactrocera dorsalis种群遗传多样性和遗传结构,揭示其在云南的扩散路径,为橘小实蝇防控策略的制定和规划提供理论依据。【方法】2022年7-9月收集云南省橘小实蝇15个地理种群,使用DNBSEQ-T7平台进行线粒体基因组测序、组装与注释;基于13个蛋白质编码基因(protein-coding genes,PCGs)序列使用MEGA-X 10.0.5,DnaSP 6.12和Arlequin 3.5.2软件分析种群遗传多样性与遗传分化;基于13个PCG和COI序列使用最大似然法构建系统发育树,使用PopART4.8.4软件构建单倍型网络;通过中性检验和错配分布分析种群历史动态。【结果】共获得云南橘小实蝇15个地理种群149条线粒体全基因组,包含共1697个变异位点,总体表现出高水平的遗传多样性(Pi=0.00783,K=87.591,Hd=0.9994);种群间遗传距离为0.00702~0.00874,遗传分化指数为-0.02345~0.05203;系统发育树和单倍型网络均未呈现出明显的种群结构;橘小实蝇云南种群历史上发生过扩张,云南西部和南部为橘小实蝇最早入侵区域,北部地区橘小实蝇入侵时间较晚。【结论】云南省橘小实蝇不同组群均呈现出高水平遗传多样性和弱遗传结构,线粒体基因组变异位点丰富且广泛分布在所有种群中,不同地理种群间没有明显分化,推测橘小实蝇由云南西部及南部向北部地区扩散。 展开更多
关键词 橘小实蝇 线粒体基因组 遗传多样性 种群动态
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光倒刺鲃(Spinibarbus hollandi)基因组Survey及线粒体基因组研究
8
作者 赖洁 叶树政 +6 位作者 黄文炜 李斯迅 邓彬华 韩崇 龚剑 桂林 李强 《海洋与湖沼》 北大核心 2025年第2期423-432,共10页
光倒刺鲃(Spinibarbus hollandi)是我国南部重要经济鱼类,为了解其基因组特征及线粒体基因组结构,首次采用二代高通量测序技术对珠江和赣江水系光倒刺鲃基因组进行Survey分析,并在此基础上提取出两者的线粒体基因组。结果显示珠江和赣... 光倒刺鲃(Spinibarbus hollandi)是我国南部重要经济鱼类,为了解其基因组特征及线粒体基因组结构,首次采用二代高通量测序技术对珠江和赣江水系光倒刺鲃基因组进行Survey分析,并在此基础上提取出两者的线粒体基因组。结果显示珠江和赣江水系光倒刺鲃基因组大小分别为1769.91 Mb和1846.46 Mb,均为简单杂合型基因组。珠江和赣江水系光倒刺鲃线粒体基因组长度分别为16543 bp和16546 bp,除16S rRNA、tRNA-Leu(UUA)和D-loop区外,两水系其他线粒体基因长度一致。光倒刺鲃线粒体蛋白编码基因中出现不完整的密码子T/TA。tRNA中除tRNA-Ser(GCT)外,其他均能折叠形成正常二级结构。利用线粒体基因组序列计算各水系个体间的遗传距离,使用邻接法和贝叶斯法构建系统进化树,结果表明赣江和桐江水系光倒刺鲃亲缘关系最近,台湾水系光倒刺鲃与大陆水系的亲缘关系较远,台湾种群光倒刺鲃可能是有效种。该研究旨在为研究光倒刺鲃群体遗传学和分子系统学提供基础信息,为今后其种质鉴定、保护和开发利用提供科学依据。 展开更多
关键词 光倒刺鲃 基因组Survey 线粒体基因组 系统发育
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‘白毫早’叶绿体与线粒体基因组密码子偏好性分析
9
作者 曾文娟 刘珊 +4 位作者 文聪 张其湘 黄静 龚意辉 陈致印 《茶叶科学》 北大核心 2025年第4期587-603,共17页
密码子使用偏好性作为基因表达调控与分子进化的关键驱动机制,在植物细胞器基因组演化中具有重要生物学意义。以茶树品种‘白毫早’(Camellia sinensis cv.‘Baihaozao’)为对象,系统解析其叶绿体(52个基因)与线粒体(29个基因)基因组的... 密码子使用偏好性作为基因表达调控与分子进化的关键驱动机制,在植物细胞器基因组演化中具有重要生物学意义。以茶树品种‘白毫早’(Camellia sinensis cv.‘Baihaozao’)为对象,系统解析其叶绿体(52个基因)与线粒体(29个基因)基因组的密码子使用模式及进化驱动力。结果表明:(1)叶绿体基因组平均有效密码子数(ENC=44.57±4.59)显著低于线粒体基因组(ENC=51.87±5.31),两者均呈现弱偏好性特征。中性分析揭示,叶绿体偏好性主要由自然选择主导(GC3s与ENC相关性R^(2)=0.016),而线粒体则受自然选择与突变压力协同调控(R^(2)=0.11),与双子叶植物细胞器基因组的进化约束差异规律一致。(2)相对同义密码子使用度(Relative synonymous codon usage,RSCU)分析表明,两类细胞器基因组均显著偏好以A/U结尾的同义密码子,其中叶绿体高表达基因(如ndhA、rps14)表现出更强的A/U末端偏好性,暗示翻译选择对高表达基因的优化作用。(3)通过多变量统计筛选,确定18个叶绿体最优密码子(GCA、GCU等)及18个线粒体最优密码子(GCA、AGA等),其中GCA在两类细胞器中均被优选,显示跨细胞器功能基因的适应性趋同。本研究阐明了‘白毫早’细胞器基因组密码子使用特征的异质性及其进化驱动力,为茶树分子育种中外源基因的适配性优化及跨细胞器表达调控网络的构建提供了理论依据。 展开更多
关键词 白毫早 叶绿体基因组 线粒体基因组 密码子使用偏好性 最优密码子
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‘槠叶齐’叶绿体与线粒体基因组密码子偏好性分析
10
作者 曾文娟 朱友鹏 +4 位作者 陈嘉欣 李洪玉 王双辉 龚意辉 陈致印 《茶叶科学》 北大核心 2025年第2期201-218,共18页
密码子使用偏好性作为基因表达调控与分子进化的重要驱动力,在植物细胞器基因组研究中具有特殊意义。‘槠叶齐’(Camellia sinensis cv.‘Zhuyeqi’)作为中国重要的茶树品种,其细胞器基因组密码子使用模式尚未见系统报道。本研究对‘槠... 密码子使用偏好性作为基因表达调控与分子进化的重要驱动力,在植物细胞器基因组研究中具有特殊意义。‘槠叶齐’(Camellia sinensis cv.‘Zhuyeqi’)作为中国重要的茶树品种,其细胞器基因组密码子使用模式尚未见系统报道。本研究对‘槠叶齐’52个叶绿体编码基因和29个线粒体编码基因开展系统生物学分析。结果表明:(1)‘槠叶齐’叶绿体基因组(ENC=44.64±3.25)和线粒体基因组(ENC=51.98±3.47)均呈现弱密码子偏好性,其中叶绿体偏好性主要受自然选择驱动(GC3s与ENC相关性R2=0.482),而线粒体受自然选择与突变压力共同作用(R2=0.312);(2)相对同义密码子使用度(RSCU)分析揭示两个细胞器基因组均显著偏好以A/U结尾的同义密码子,其中叶绿体基因组高表达基因(rpoC2、psbA等)呈现更强的密码子偏好;(3)通过多参数筛选获得20个叶绿体最优密码子(GCA、GCU等)和23个线粒体最优密码子(GCC、AGG等)。本研究阐明了‘槠叶齐’细胞器基因组密码子使用特征及其进化驱动力,为茶树分子育种体系优化和外源基因高效表达提供了重要理论依据。 展开更多
关键词 槠叶齐 叶绿体基因组 线粒体基因组 密码子使用偏好性 最优密码子
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南海小叶海蛞蝓(Phyllidiella nanhaiensis sp.nov.)线粒体基因组特征与系统进化
11
作者 刘慧 张辉贤 +2 位作者 刘馨蔓 林强 沈萍萍 《热带海洋学报》 北大核心 2025年第1期1-8,共8页
南海小叶海蛞蝓(Phyllidiella nanhaiensis sp.nov.)发现于南海海域,其形态特征与叶海牛科物种极为相似,呈修长的卵圆形,背部呈深灰色且具不规则乳白色瘤状突起,其中央两排较大橙色突起并行分布。本文利用线粒体全基因组测序对其进行鉴... 南海小叶海蛞蝓(Phyllidiella nanhaiensis sp.nov.)发现于南海海域,其形态特征与叶海牛科物种极为相似,呈修长的卵圆形,背部呈深灰色且具不规则乳白色瘤状突起,其中央两排较大橙色突起并行分布。本文利用线粒体全基因组测序对其进行鉴定,并根据蛋白编码基因(protein-codinggenes,PCGs)序列分析其系统进化关系。结果表明,该物种线粒体基因组全长为14677bp,包含37个基因,分别为13个PCGs、2个rRNA和22个tRNA。线粒体基因组的碱基组成为:A占30.4%、T占37.3%、C占15.0%、G占17.3%,A+T含量为67.7%。在13个PCGs中,除了ND5和ND6使用TTG作为起始密码子外,其他11个PCGs的起始密码子均符合ATN的形式。最大似然法进化树分析结果表明,该物种与突丘小叶海蛞蝓(Phyllidiella pustulosa)亲缘关系极为密切,并与媚眼叶海牛(Phyllidiaocellata)聚为一支。BLAST(basiclocalalignmentsearchtool)分析发现,该物种与P.pustulosa线粒体全基因组序列相似度为94.6%,COX1基因序列相似度为98.8%。结合形态特征与分子鉴定结果表明,该物种为Phyllidiella属新种,将之命名为南海小叶海蛞蝓(Phyllidiella nanhaiensis sp.nov.)。南海小叶海蛞蝓的发现及其线粒体基因组数据为Phyllidiella属的深入研究提供参考,对海蛞蝓的物种多样性和系统发育研究具有重要意义。 展开更多
关键词 南海小叶海蛞蝓 线粒体基因组 进化分析 物种鉴定
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蟾蜍棒线虫线粒体全基因组特征分析
12
作者 杨彦 胡雁鸣 +8 位作者 丁健 李犇 何雨桐 刘雪薇 王佳文 兰卓 邱鸿宇 高俊峰 王春仁 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第7期3190-3201,共12页
【目的】获得蟾蜍棒线虫(Rhabdias bufonis)线粒体全基因组并分析其特征。【方法】通过PCR扩增蟾蜍棒线虫线粒体基因组序列,利用测序、注释、组装、拼接,获得线虫线粒体全基因组,对其进行序列分析;以湖沼驼形线虫(Camallanus lacustris... 【目的】获得蟾蜍棒线虫(Rhabdias bufonis)线粒体全基因组并分析其特征。【方法】通过PCR扩增蟾蜍棒线虫线粒体基因组序列,利用测序、注释、组装、拼接,获得线虫线粒体全基因组,对其进行序列分析;以湖沼驼形线虫(Camallanus lacustris)为外群,基于线粒体12个蛋白质编码基因(PCGs)氨基酸串联序列,采用邻接法(Neighbor-Joining,NJ)和贝叶斯法(Bayesian inference,BI)构建系统发育树进行进化分析。【结果】蟾蜍棒线虫线粒体基因组为环形结构,全长为14208 bp,由12个PCGs、22个转运RNA(tRNAs)、2个核糖体RNA(rRNAs)和2个非编码控制区组成;其线粒体基因组碱基组成中AT含量为75%、GC含量为25%,AT偏倚(AT-skew)为0.26,GC偏倚(GC-skew)为―0.36,呈现明显的AT偏向性。PCGs以ATG、GTG作为起始密码子,以TGA、TAA及不完整的TA-作为终止密码子。tRNAs二级结构分析显示,除trnS2和trnH基因缺少二氢尿嘧啶(DHU)臂外,其余均为典型的三叶草结构。系统进化树分析显示,垫刃亚目(Tylenchina)分为两个大的分支,首叶超科(Cephaloboidea)和垫刃超科(Tylenchoidea)形成分支Ⅰ,类圆超科(Strongyloidoidea)、斯氏超科(Steinernematoidea)、滑刃超科(Aphelenchoidea)及Panagrolaimoidea形成分支Ⅱ;在分支Ⅱ中,斯氏科(Steinernematidae)和棒线科(Rhabdiasidae)聚集在一起再与滑刃科(Aphelenchoidiae)和Panagrolaimidae形成的另一姐妹支形成一个大的分支,而类圆科(Strongyloididae)则独立形成另一个大的分支;林蛙源蟾蜍棒线虫与蟾蜍源蟾蜍棒线虫(OR725306)聚集在一起,两者关系较其他两株Rhabdias kafunata亲缘关系近;寄生于两栖类棒线虫与昆虫斯氏线虫聚为一支,且与寄生于植物的滑刃科线虫亲缘关系较寄生于哺乳动物的类圆线虫近。【结论】本研究成功获得林蛙源蟾蜍棒线虫线粒体全基因组序列,且斯氏科与棒线科的亲缘关系明显近于类圆科,支持斯氏超科作为独立分类阶元的有效性,斯氏科应归于斯氏超科。试验结果为棒线科线虫的分类学、群体遗传学和系统发育学的研究提供了基础资料。 展开更多
关键词 蟾蜍棒线虫 线粒体基因组 序列分析 遗传进化分析
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曙厉蝽和益蝽线粒体基因组全序列特征及系统发育分析
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作者 江宏燕 陈世春 +2 位作者 廖姝然 陈亭旭 王晓庆 《生物技术通报》 北大核心 2025年第1期312-323,共12页
【目的】曙厉蝽(Eocanthecona concinna)和益蝽(Picromerus lewisi)是农林业害虫重要的捕食性天敌昆虫资源,为了解其线粒体基因组的特点与差异,探究益蝽亚科昆虫的系统发育关系,对两种蝽类天敌昆虫的线粒体基因组序列进行测定及分析。... 【目的】曙厉蝽(Eocanthecona concinna)和益蝽(Picromerus lewisi)是农林业害虫重要的捕食性天敌昆虫资源,为了解其线粒体基因组的特点与差异,探究益蝽亚科昆虫的系统发育关系,对两种蝽类天敌昆虫的线粒体基因组序列进行测定及分析。【方法】通过测序后拼接、校正、注释获得两种蝽的线粒体全基因组序列,并利用最大似然法构建了基于益蝽亚科昆虫13个蛋白质编码基因(protein-coding gene, PCG)序列的系统发育树。【结果】曙厉蝽和益蝽线粒体基因组大小分别为18 740 bp(GenBank登录号:OR979468)和17 181 bp(GenBank登录号:OR972558),均包括13个PCG、2个核糖体RNA基因(rRNA)、22个转运RNA基因(tRNA)和1个控制区,基因排列与典型的蝽科昆虫相同。曙厉蝽和益蝽线粒体基因组控制区均位于rrnS和trnI之间,长度分别为3 862和2 438 bp,结构差异较大,均包含了不同长度的随机复制区域。对比益蝽亚科昆虫的线粒体基因组全序列和PCG序列的相似度,结果显示同属之间相似度较高,益蝽不同样本PCG序列的相似度超过98%。系统发育分析结果表明益蝽属(Picromerus)的昆虫聚为一支,曙厉蝽、叉角曙厉蝽(E. furcellata)、黑曙厉蝽(E. thomsoni)(GenBank登录号:OP920755)聚为一支,曙厉蝽属与益蝽属的亲缘关系最近,两个属与疣蝽属(Cazira)亲缘关系较远。【结论】明确了两种蝽类天敌昆虫线粒体基因组的特征,构建了益蝽亚科昆虫的系统发育关系,结果与传统分类学鉴定结果一致。 展开更多
关键词 曙厉蝽 益蝽 线粒体基因组 益蝽亚科 系统发育
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横纹蓟马(缨翅目:纹蓟马科)线粒体基因组测序与分析
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作者 陶玺然 李亚金 +3 位作者 邓金祥 龙坤云 孟玉芳 张宏瑞 《南方农业学报》 北大核心 2025年第7期2089-2101,共13页
【目的】明确横纹蓟马(Aeolothrips fasciatus)的线粒体基因组结构特征,并依据线粒体基因组序列探究其系统发育关系,为进一步明确纹蓟马科各类群的亲缘关系和分类地位提供分子依据。【方法】利用第二代测序技术(NGS)的Illumina NovaSeq ... 【目的】明确横纹蓟马(Aeolothrips fasciatus)的线粒体基因组结构特征,并依据线粒体基因组序列探究其系统发育关系,为进一步明确纹蓟马科各类群的亲缘关系和分类地位提供分子依据。【方法】利用第二代测序技术(NGS)的Illumina NovaSeq 6000平台对横纹蓟马线粒体基因组进行测序,并对基因组序列进行注释和分析;基于50种缨翅目昆虫线粒体基因组中的13个蛋白质编码基因(PCGs)串联22个转运RNA(tRNA)基因共同构建数据集矩阵,以桃粉大尾蚜(Hyalopterus arundiniformis)作为外群,运用最大似然法(ML)和贝叶斯法(BI)构建系统发育树,分析横纹蓟马与其他种类蓟马之间的系统发育关系。【结果】横纹蓟马线粒体基因组总长度为19167 bp,其中包括13个PCGs、22个tRNA基因和2个核糖体RNA(rRNA)基因,共计37个基因,并含有2个非编码的控制区(CR)。横纹蓟马线粒体基因组的编码区中有10处基因重叠区和21处基因间隔区。横纹蓟马线粒体基因组具有缨翅目昆虫典型线粒体基因的基因组成和排列顺序,AT含量为71.5%,表现为明显的AT偏斜。横纹蓟马线粒体的13个PCGs中,除cox3基因采用GTG作为起始密码子、nad3基因采用TTG作为起始密码子外,其余11个PCGs均以ATN作为起始密码子;对于终止密码子,除atp6和nad1基因采用不完整的T作为结尾、nad2基因以TAG作为终止密码子外,其他10个PCGs均采用TAA作为终止密码子。除trnH基因缺少TφC环、trnS1基因缺少DHC臂外,其余20个tRNA基因均呈现出完整的三叶草结构。横纹蓟马的基因重排发生剧烈,至少有26个基因发生易位。系统发育分析结果显示,横纹蓟马与印度纹蓟马(Aeolothrips indicus)聚在同一分支上。【结论】成功获得横纹蓟马线粒体基因组完整序列,该虫的线粒体基因组结构与纹蓟马科昆虫线粒体基因组结构一致;系统发育分析表明横纹蓟马与印度纹蓟马的亲缘关系较近;纹蓟马科可形成一个稳定的单系。 展开更多
关键词 横纹蓟马 线粒体基因组 基因重排 系统发育
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翠胸黄蟌线粒体基因组特征及系统发育分析
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作者 黄曼孜 唐薇镕 曹玲珍 《江西师范大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第2期160-168,共9页
为探索翠胸黄蟌(Ceriagrion auranticum)的分类地位和进化关系,该文对翠胸黄蟌的线粒体全基因组进行了测序、组装和注释,制作线粒体基因组图谱,构建了最大似然进化树.研究结果表明:翠胸黄蟌的线粒体基因组全长16277 bp,全序列都具有AT... 为探索翠胸黄蟌(Ceriagrion auranticum)的分类地位和进化关系,该文对翠胸黄蟌的线粒体全基因组进行了测序、组装和注释,制作线粒体基因组图谱,构建了最大似然进化树.研究结果表明:翠胸黄蟌的线粒体基因组全长16277 bp,全序列都具有AT偏向性,其中A+T含量为72.94%.该线粒体基因组包括13个蛋白编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA,A+T富含区1533 bp.编码蛋白的基因在密码子使用上有使用NNT和NNA同义密码子的偏好性.分子系统发育结果表明:翠胸黄蟌和长尾黄蟌(Ceriagrion fallax)的亲缘关系最近,其次是与绿蟌属(Enallagma)等蟌总科的蜻蜓物种亲缘关系较近.研究结果补充了蜻蜓目的基因序列信息,完善了蜻蜓目的系统分类进化树. 展开更多
关键词 翠胸黄蟌 蜻蜓目 线粒体全基因组 系统发育
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玉木耳线粒体基因组特征及系统发育分析
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作者 苏文英 刘晓梅 +3 位作者 纪伟 王一璞 李晓 任立凯 《江苏农业科学》 北大核心 2025年第13期47-54,共8页
为探究毛木耳的白色变种玉木耳线粒体基因组结构及木耳属系统发育关系,基于二代测序技术对玉木耳的线粒体基因组进行测定,获得该物种的完整线粒体基因组。对其组成特征及系统发育关系进行分析,结果表明,玉木耳线粒体基因组为典型的环状... 为探究毛木耳的白色变种玉木耳线粒体基因组结构及木耳属系统发育关系,基于二代测序技术对玉木耳的线粒体基因组进行测定,获得该物种的完整线粒体基因组。对其组成特征及系统发育关系进行分析,结果表明,玉木耳线粒体基因组为典型的环状DNA结构,全长195026 bp,GC含量为34.65%。基因注释结果表明,玉木耳线粒体基因组共包含38个基因,其中14个蛋白编码基因、2个核糖体RNA和22个转运RNA。22个tRNA基因均可形成典型三叶草结构,共存在39处G-T错配,1处A-C错配,2处T-T错配。基因共线性分析结果显示,玉木耳与黑木耳之间重排不明显,只存在基因簇大小方面的差异;共有的12个蛋白编码基因的K a/K s值都小于1.0,这表明大多数PCG在进化过程中受到了纯化选择作用。系统发育分析表明,与玉木耳系统发育关系最近的是黑木耳,二者单独聚为一支,这表明在进化历程中,玉木耳和黑木耳可能具有较近的共同祖先。本研究结果丰富了玉木耳的线粒体基因组序列信息,有助于理解玉木耳的进化历程,为木耳属物种的分类和系统发育研究提供了数据支撑。 展开更多
关键词 玉木耳 线粒体基因组 序列特征 系统发育 基因注释 共线性分析
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长汀吻虾虎鱼线粒体基因组及系统发育研究
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作者 曾圣 陈小红 +6 位作者 钟珅 杨德援 孟原正 林泽阳 韦舒健 朱雨晨 许贻斌 《渔业研究》 2025年第4期395-407,共13页
【目的】吻虾虎鱼属(Rhinogobius)种类繁多,形态特征变异较大,采用传统形态学方法难以对其进行准确鉴定和分类。长汀吻虾虎鱼(R.changtinensis)隶属于该属,其线粒体基因组资源和系统发育关系尚不清晰。因此,本研究基于线粒体基因组数据... 【目的】吻虾虎鱼属(Rhinogobius)种类繁多,形态特征变异较大,采用传统形态学方法难以对其进行准确鉴定和分类。长汀吻虾虎鱼(R.changtinensis)隶属于该属,其线粒体基因组资源和系统发育关系尚不清晰。因此,本研究基于线粒体基因组数据,对该种进行分析,以期为吻虾虎鱼属物种的鉴定、分类和系统发育研究提供支撑。【方法】本研究采用Illumina NovaSeq X Plus平台对长汀吻虾虎鱼进行二代测序,并对线粒体基因组序列进行拼装、注释,分析其线粒体基因组结构特征和碱基组成。基于13个蛋白质编码基因的核苷酸序列,采用最大似然法(ML)和贝叶斯推断(BI)构建吻虾虎鱼属系统发育树。【结果】长汀吻虾虎鱼线粒体基因组全长为16 487 bp,包括13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和一段长854 bp的AT富集区。基因排布与属内大部分序列完全相同。系统发育分析显示,长汀吻虾虎鱼与溪吻虾虎鱼(R.duospilus)的系统发育关系最相近(PP=1,BS=100%)。【意义】本研究结果为加深对长汀吻虾虎鱼线粒体基因组学的理解,进一步探明吻虾虎鱼属的系统发育关系提供了重要参考。 展开更多
关键词 吻虾虎鱼 线粒体基因组 基因结构 系统发育
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东江水系大刺鳅线粒体基因组研究
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作者 王凯丰 陈锭娴 +5 位作者 刘兰苑 林胜跃 张杰铭 梁巍骞 李强 桂林 《湖南农业科学》 2025年第2期73-80,共8页
采用PCR和DNA基因测序技术对东江大刺鳅线粒体基因组(mtDNA)测序,使用DNAstar、MEGA 11.0、MITOS Webserver、tRNAscan SE 1.21、Clustal Omega等软件对所测得序列进行分析、比对,了解其mtDNA结构与组成等特征。结果表明:东江大刺鳅mtDN... 采用PCR和DNA基因测序技术对东江大刺鳅线粒体基因组(mtDNA)测序,使用DNAstar、MEGA 11.0、MITOS Webserver、tRNAscan SE 1.21、Clustal Omega等软件对所测得序列进行分析、比对,了解其mtDNA结构与组成等特征。结果表明:东江大刺鳅mtDNA总长度为16493 bp,具有明显的AT碱基偏好性(54.4%),共37个编码基因(蛋白编码基因13个、rRNA基因2个和tRNA基因22个)和2个非编码区(O_(L)区和D-loop区),9个编码基因分布在轻链(L链)上、28个编码基因位于重链(H链)上;存在9处不同长度的基因间隔区,间隔长度为1~5 bp不等;存在6处基因重叠,位于ATP8和ATP6间的基因重叠最大,长度为10 bp;O_(L)区位于tRNA^(Asn)和tRNA^(Cys)之间,长度为30 bp可以折叠成茎环二级结构,其茎区序列(5'-3')为TCCCCGCC/AGGGGCGG,环区长度为13 bp;D-loop区位于tRNA^(Pro)和tRNA^(Phe)基因之间,序列长度为871 bp,分为终止序列区(TAS)、中央保守区(CD)和保守序列区(CSB)3个区域;13个蛋白编码基因中,COI的起始密码子为GTG,其他均为ATG,终止密码子包括TAG(COI)、TAA(ATP8、ND1、ND4L、ND5、ND6)和不完整终止密码子TA(COIII、ND2、ATP6)、T(COII、ND3、ND4、Cyt b)4种;22个tRNA基因中,除了tRNA^(Ser)(AGC)外其余都能折叠成典型的三叶草结构。系统发育分析表明,东江大刺鳅与北江大刺鳅亲缘关系较近。 展开更多
关键词 线粒体基因组 全序列分析 系统发育 东江大刺鳅
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四点象天牛线粒体全基因组结构及其在天牛科的系统发育地位
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作者 渠子琪 李承锦 +6 位作者 李长帅 崔研 杨明亮 张苏芳 刘福 孔祥波 方加兴 《陆地生态系统与保护学报》 2025年第1期54-64,共11页
【目的】四点象天牛(Mesosa myops)是主要的林业蛀干害虫,为了明确四点象天牛线粒体基因组结构特征和该物种在天牛科昆虫中的系统发育地位,进一步认识天牛科(Cerambycidae)的系统发育以及提升四点象天牛的分子鉴定、种群监测水平提供数... 【目的】四点象天牛(Mesosa myops)是主要的林业蛀干害虫,为了明确四点象天牛线粒体基因组结构特征和该物种在天牛科昆虫中的系统发育地位,进一步认识天牛科(Cerambycidae)的系统发育以及提升四点象天牛的分子鉴定、种群监测水平提供数据支持。【方法】采用Illumina HiSeq 4000平台对四点象天牛线粒体全基因组进行测序,并对其进行拼接、注释和分析。利用线粒体基因组中的13个蛋白编码基因通过贝叶斯法(Bayesian inference,BI)和最大似然法(maximum likelihood,ML)分析四点象天牛在天牛科中的系统进化地位。【结果】四点象天牛线粒体基因组全长为16130 bp,由37个基因组成,包括13个蛋白质编码基因(protein coding genes,PCGs)、2个核糖体RNA基因(rRNA)和22个转运RNA基因(tRNA),以及1个非编码控制区(control region,CR)。四点象天牛的线粒体基因组的碱基组成表现为明显的AT偏向性,AT碱基的含量为77.03%。13个PCGs均以标准的ATN为起始密码子,除nad5以单独T结尾外,其余PCGs均以传统的TAN为终止密码子,每种氨基酸使用频率最高的密码子为NNA和NNU,最频繁使用的氨基酸由高到低依次为Leu、Ile和Phe。22个tRNA基因中,除trnS1缺失DHU臂外,其余tRNA基因均为典型的三叶草形。基于GenBank中天牛科30个物种的线粒体基因组的13PCGs的蛋白序列,构建了具有较高支持率的四点象天牛的系统发育树,确认了该物种属于天牛科昆虫中的沟胫天牛亚科,四点象天牛与拟象天牛属的桑拟象天牛聚为一支,具有较近的亲缘关系。【结论】解析了四点象天牛线粒体基因组的结构特征,明确了四点象天牛在天牛科物种中的系统发育地位,丰富了天牛科的线粒体基因组数据库,也为该物种的分子鉴定及防治提供了新的数据支持。 展开更多
关键词 天牛科 四点象天牛 线粒体基因组 系统发育分析
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周氏啮小蜂线粒体基因组测定与分析
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作者 饶何燕 李响亮 +3 位作者 卫欣怡 孙季豪 王旭 黄羿鑫 《浙江林业科技》 2025年第1期87-95,共9页
本文通过Illumina二代测序技术对周氏啮小蜂Chouioia cunea线粒体基因组进行测序、组装和注释,并分析其结构特点和碱基组成;使用最大似然法重建系统发育树,分析姬小蜂科Eulophidae内的系统发育关系。结果表明,周氏啮小蜂线粒体基因组序... 本文通过Illumina二代测序技术对周氏啮小蜂Chouioia cunea线粒体基因组进行测序、组装和注释,并分析其结构特点和碱基组成;使用最大似然法重建系统发育树,分析姬小蜂科Eulophidae内的系统发育关系。结果表明,周氏啮小蜂线粒体基因组序列全长14704 bp,包含13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因和2个rRNA基因。基因组全序列的AT含量为85.0%,表现出明显的AT偏向性。13个蛋白质编码基因均以典型的ATN为起始密码子,以TAA为终止密码子。除trnS1和trnP基因外,其余20个tRNAs的二级结构均为典型的三叶草结构,二级结构中有U-U碱基错配现象。系统发育分析显示,姬小蜂科的所有物种聚在同一分支,支持该科的单系性;周氏啮小蜂与亮腹釉小蜂Tamarixia radiata聚为一支,在系统发育树上关系最近。本研究在线粒体基因组水平探讨周氏啮小蜂的线粒体基因组结构特征,分析其在姬小蜂科内的分类地位,为揭示姬小蜂科昆虫的系统发育和进化关系提供理论依据。 展开更多
关键词 周氏啮小蜂 线粒体基因组 全序列测定 系统发育关系
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