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动物线粒体假基因的特征及产生机制 被引量:1
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作者 王继文 许恒勇 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2005年第3期496-498,512,共4页
就动物线粒体假基因 (Numts)的特征及其产生的机制进行综述 ,这有助于对进化本质的理解。
关键词 动物 线粒体假基因 特征 机制
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线粒体假基因用作分子化石推算两个榕小蜂姐妹种的分化时间(英文)
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作者 娄文静 滕文佳 +4 位作者 刘海洋 李子 肖金花 魏重远 黄大卫 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第5期548-553,共6页
线粒体假基因(nuclear mitochondrial pseudogenes,NUMTs)是指由生物体的线粒体基因组转移至核基因组内的DNA片段。由于其独立进化的特点,NUMTs在用于系统发育分析时是一把双刃剑。我们用基于PCR扩增的方法研究了对叶榕Ficus hispida上... 线粒体假基因(nuclear mitochondrial pseudogenes,NUMTs)是指由生物体的线粒体基因组转移至核基因组内的DNA片段。由于其独立进化的特点,NUMTs在用于系统发育分析时是一把双刃剑。我们用基于PCR扩增的方法研究了对叶榕Ficus hispida上两姐妹种榕小蜂Philotrypesis pilosa和Philotrypesis sp.中起源于线粒体Nad1-12S片段的NUMTs。该两姐妹种榕小蜂由同域物种形成过程产生,它们生活在同一生态环境里(即同一榕果内),因此可以用作很好的模型来研究在相同生态环境里物种的行为学及遗传学细微差异的进化。这些深入研究都依赖于对两个物种分化时间的正确估算。通过对所获取的NUMTs进行进化分析,我们发现:1)这些NUMTs都是最近引入核基因组事件;2)NUMTs引入事件发生在物种分化之前。由于这些NUMTs引入核内时间尚短,其碱基替换速率与线粒体基因相似,而节肢动物线粒体基因的平均碱基替换速率约为2.3×10-8替换/位点·年。根据这些进化历史特征可帮助我们将这两个姐妹种榕小蜂的分化时间追溯至0.40-0.48百万年以前。结果提示,一些线粒体假基因可以很好的用作分子化石来推断一些重要进化事件如物种形成。 展开更多
关键词 榕小蜂 线粒体DNA 线粒体假基因 净化选择 物种分化时间 分子化石
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猫科动物DNA条形码及线粒体假基因对物种鉴定的影响 被引量:1
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作者 蔡延森 李佳凌 +1 位作者 赵矫 张亮 《四川动物》 北大核心 2017年第4期425-430,共6页
在多种动物类群中,基于线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因的DNA条形码是一种高效的物种鉴别手段,然而猫科Felidae动物中广泛存在的线粒体假基因可能影响DNA条形码的有效性。本研究共涉及猫科动物12属25种119个样本。采用3对条形码... 在多种动物类群中,基于线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因的DNA条形码是一种高效的物种鉴别手段,然而猫科Felidae动物中广泛存在的线粒体假基因可能影响DNA条形码的有效性。本研究共涉及猫科动物12属25种119个样本。采用3对条形码通用引物对6属11种29个猫科动物样本进行了扩增及测序。结果3个样本扩增失败,8个样本得到假基因,18个样本获得了条形码序列。结合另外93条猫科动物条形码序列(源自BOLD Systems),采用Kimura 2-parameter模型计算遗传距离,构建Neighbor-Joining(NJ)树。结果显示,遗传距离种内为0%~8.1%,平均0.8%;种间为1.4%~13.1%,平均8.7%;属间为8.2%~21.8%,平均15.1%。NJ树显示,除3个种外,其余物种均以极高的置信度(99%)形成单系分支。而假基因序列有些可以单独形成分支,有些夹杂在COⅠ序列形成的分支中,对物种鉴定产生干扰。 展开更多
关键词 COⅠ 猫科 线粒体假基因
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青蟹线粒体COI假基因的分离和特征分析 被引量:14
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作者 张凤英 马凌波 +1 位作者 乔振国 马春艳 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期43-49,共7页
线粒体DNA标记在遗传结构和系统进化研究中得到广泛应用,然而核假基因的存在对此有很大威胁。本文以中国东南沿海的青蟹(Scylla paramam osain)为研究对象,利用线粒体COI基因的通用引物和特异性引物进行扩增,分别得到34个假基因(nuc lea... 线粒体DNA标记在遗传结构和系统进化研究中得到广泛应用,然而核假基因的存在对此有很大威胁。本文以中国东南沿海的青蟹(Scylla paramam osain)为研究对象,利用线粒体COI基因的通用引物和特异性引物进行扩增,分别得到34个假基因(nuc learm itochondrial pseudogenes,Num ts)和5个线粒体COI基因序列。在所获得的34个假基因中共定义了29种单倍型,根据序列的相似度,这些假基因可以分为2类,每类假基因都有各自保守的核苷酸序列。第Ⅰ类假基因存在2处插入序列和1处8 bp的缺失序列,这些位点导致了整个阅读框的移位;在第Ⅱ类假基因和5个线粒体COI序列中只有碱基替换,未发现插入和缺失序列。实验结果分析表明,这两类假基因分别代表了2次核整合事件,即核转移事件的最低值。研究结果提示了利用线粒体DNA进行青蟹遗传结构和系统进化研究时应警惕假基因的干扰。 展开更多
关键词 青蟹 细胞色素氧化酶亚基Ⅰ基因 线粒体假基因
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基于梅花鹿基因组SOLiD测序数据鉴定线粒体基因组的异质性点变异应用
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作者 谢留威 李春义 巴恒星 《特产研究》 2020年第4期16-19,共4页
线粒体DNA(mtDNA)中野生型与突变型分子的异质性共存已成为线粒体遗传疾病研究热点。本研究以一只雄性梅花鹿的血细胞全基因组SOLiD平台测序数据为例,通过生物信息学分析鉴定mtDNA异质性点变异。结果表明,共检测到8个mtDNA异质性点变异... 线粒体DNA(mtDNA)中野生型与突变型分子的异质性共存已成为线粒体遗传疾病研究热点。本研究以一只雄性梅花鹿的血细胞全基因组SOLiD平台测序数据为例,通过生物信息学分析鉴定mtDNA异质性点变异。结果表明,共检测到8个mtDNA异质性点变异。进一步检索GenBank中已知的18条梅花鹿mtDNA全序列,证实这些点变异是mtDNA特有的单核苷酸多态性,而不是由核线粒体假基因序列(nuclear mitochondrial DNA segments,NUMTs)混入引起的。本研究为利用全基因组测序数据,特别是SOLiD测序平台数据鉴定mtDNA异质性点突变提供了一个生物信息分析基本框架。 展开更多
关键词 梅花鹿 线粒体 异质性 线粒体假基因 SOLiD测序
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宁夏束颈蝗Cytb基因的Numt分析
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作者 贺莹 《安徽农学通报》 2010年第13期68-71,共4页
核线粒体假基因Numt(Nuclear Mitochondrial pseudogene)的存在具有重大的进化意义,它为基因组进化和基因组间相互作用的动态研究打开了一个窗口。假基因是基因组上与编码基因序列非常相似的非功能性基因组DNA拷贝,一般情况都不被转录,... 核线粒体假基因Numt(Nuclear Mitochondrial pseudogene)的存在具有重大的进化意义,它为基因组进化和基因组间相互作用的动态研究打开了一个窗口。假基因是基因组上与编码基因序列非常相似的非功能性基因组DNA拷贝,一般情况都不被转录,且没有明确生理意义。Numts由于处于不同的突变压力下,与真正的线粒体序列相比具不同的进化模式,其进化速率比线粒体同源基因要慢的多,类似分子化石,在核苷酸序列上更接近现存mtDNA的祖先状态。本研究在前几年研究的基础上,通过PCR技术,旨在发现宁夏束颈蝗核基因组中所存在的线粒体Cytb基因的假基因(Numt)。通过对PCR产物的检测,推断宁夏束颈蝗存在Numt,在对目标片断进行测序并利用GeneBank的BLASTn序列比对后确定序列特征,进一步确定Numt的实验正在规化进行中。预期本研究的结果将为Numts来源和机制,基因组进化和基因组间相互作用、系统进化、横向基因转移和核序列突变等研究提供实验基础。 展开更多
关键词 宁夏束颈蝗 细胞色素B基因 线粒体假基因
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暗褐蝈螽不同地理种群间的遗传分化 被引量:6
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作者 周志军 张艳霞 +1 位作者 常岩林 杨明茹 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期75-80,共6页
利用线粒体COI基因片段研究了我国吉林、辽宁、内蒙古、河北和四川的暗褐蝈螽(Gampsocleis sedakovii)12个地理种群间的遗传分化。结果表明:36条626bp的mtDNA-COI基因片段中共检测到单倍型29种,多态位点71个,其中简约信号位点37个,单一... 利用线粒体COI基因片段研究了我国吉林、辽宁、内蒙古、河北和四川的暗褐蝈螽(Gampsocleis sedakovii)12个地理种群间的遗传分化。结果表明:36条626bp的mtDNA-COI基因片段中共检测到单倍型29种,多态位点71个,其中简约信号位点37个,单一多态位点34个。分子变异等级分析(AMOVA)的计算结果显示,群体内变异仅占总变异的37.23%,明显小于群体间变异,Fst值为0.62770,各群体间呈现明显的遗传分化。最大简约法(MP)系统发育分析结果显示,暗褐蝈螽的12个地理种群以极高的自举支持度(100%)聚类,形成两个独立的分枝。由于两个分枝的聚类结果与基于形态学特征划分的两个亚种(Gampsocleis sedakovii sedakovii和Gampsocleis sedakovii obscura)并不对应。综合采集地的生境,初步推测暗褐蝈螽两个亚种间的形态学差异可能是由于它们所处生境不同所引起。在12个地理种群中,只有内蒙古通辽(NTL)的个体在两个分枝中均有出现。单倍型分布格局研究发现,单倍型H10是内蒙古通辽(NTL)、鄂温克(NEWK)和吉林吉林(JJL)3个地理种群的共享单倍型,说明它们来自于共同的祖先。研究结果支持我国的东北地区是暗褐蝈螽遗传分化中心的观点,但不支持基于形态学特征划分的两个亚种。 展开更多
关键词 暗褐蝈螽 mtDNA-COI COI线粒体假基因 单倍型 地理种群 遗传分化
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DNA条形码揭示日本纺织娘(Mecopoda niponensis)个体内和个体间的序列变异 被引量:1
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作者 周志军 尚娜 +1 位作者 常岩林 石福明 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期129-136,共8页
采用DNA条形码通用引物对分布于我国的两种纺织娘14个个体进行了扩增与测定。结果显示,6个纺织娘Mecopoda elongata个体均可由PCR产物直接测序法获得良好测序结果,序列长度均为658 bp,且不存在碱基插入/缺失。而8个日本纺织娘M.niponen... 采用DNA条形码通用引物对分布于我国的两种纺织娘14个个体进行了扩增与测定。结果显示,6个纺织娘Mecopoda elongata个体均可由PCR产物直接测序法获得良好测序结果,序列长度均为658 bp,且不存在碱基插入/缺失。而8个日本纺织娘M.niponensis个体PCR法直接测序结果峰图杂乱,软件无法识别,后经克隆法测定的85条克隆序列长度为580-662bp,其中,20条为明显的线粒体假基因(Nuclear sequences of mitochondrial origin,numts),包括4条存在终止密码子,15条存在碱基插入/缺失,1条存在读码框摆动;38条为疑似numts(含≥2个非同义替换位点)。利用Kimura 2-parameter(K2P)模型计算遗传距离发现,两种纺织娘之间的遗传距离为0.077,纺织娘及日本纺织娘个体间的遗传距离分别为0-0.008及0.030-0.051,而日本纺织娘个体内克隆间的遗传距离则分别为0-0.143(含numts)及0-0.083(不含numts)。邻接法系统发育树聚类结果显示,纺织娘形成一个单系分支,自举值为99,而日本纺织娘的COI和numts序列则聚类形成多个分支,提示这些numts序列可能是线粒体COI多次向核内转移的结果。 展开更多
关键词 纺织娘 线粒体DNA DNA条形码 线粒体假基因 异质性
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