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题名一种优化的三序列比对算法及并行实现
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作者
王涛
郁松年
颜鹤
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机构
上海大学计算机工程与科学学院
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出处
《计算机工程与应用》
CSCD
北大核心
2005年第11期62-65,131,共5页
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基金
上海市科委重点基金项目(项目号:00JC14052)
上海高校E研究院网格计算项目中的生物医学网格项目
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文摘
序列比对算法在许多不同的领域得到应用。当前,一个重要的应用就是比对大分子,例如DNA和蛋白质序列比对。许多情况,有必要比对三序列。DavidR.Powell就提出过一种使用线性空位罚分的优化的三序列比对算法。这个算法最早是由Ukkonen提出的,该算法基于简单打分的两序列比对。该文通过引入“检查点法”对其进行改进,并充分利用近期蓬勃发展的高性能计算技术,对算法并行化,且在cluster机上实现。
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关键词
线性空位罚分
序列比对算法
检查点法
算法并行化
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Keywords
linear gap costs,sequence alignment algorithm,check point technology,algorithm parallelization
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分类号
TP301.6
[自动化与计算机技术—计算机系统结构]
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