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纳米孔测序技术检测水环境中细菌抗生素耐药性的应用综述
1
作者
王羽洁
胡意凡
+1 位作者
高欣然
施鹏
《净水技术》
2025年第1期8-15,134,共9页
【目的】抗生素抗性细菌(ARB)和抗生素抗性基因(ARGs)的传播和扩散已成为全球公共卫生领域的一大挑战,其中因水环境具有流动性和广泛性,成为抗生素耐药性(AMR)传播的重要媒介,因此对其中细菌AMR的检测显得尤为关键。文章旨在探讨水环境...
【目的】抗生素抗性细菌(ARB)和抗生素抗性基因(ARGs)的传播和扩散已成为全球公共卫生领域的一大挑战,其中因水环境具有流动性和广泛性,成为抗生素耐药性(AMR)传播的重要媒介,因此对其中细菌AMR的检测显得尤为关键。文章旨在探讨水环境中细菌AMR的检测方法,以期为未来的研究方向提供指导。【方法】文章介绍了包括基于传统培养的药敏试验法、基于聚合酶链式反应(PCR)的分子生物学、基于高通量测序的宏基因组学3种检测水环境细菌AMR的主流方法,并阐述了它们的优缺点。还主要介绍了单分子纳米孔测序技术的原理与特点,综述了纳米孔测序技术凭借长读长优势在检测水环境细菌AMR的应用进展及存在的问题。【结果】药敏试验法、分子生物学检测复杂水环境中的ARB均存在一定的局限性,而宏基因组学可检测数百种ARGs,并能直接定位ARGs宿主。这其中使用纳米孔测序技术无需组装、分装便能直接得到ARGs宿主、遗传位置等丰富的抗生素ARGs组信息,但现主要面向生物量大的水环境样本,对饮用水等生物量少的水环境原位分析能力不足。【结论】可使用多种检测方法全面识别水环境中细菌AMR的表型和基因型,需要发展水环境细菌富集和DNA提取技术,这方便使用纳米孔测序对更多种类的环境进行抗生素抗性基因组深度识别。
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关键词
纳米孔测序技术
水环境
细菌抗生素耐药性
药敏试验
分子生物学
宏基因组学
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职称材料
基于单分子纳米孔测序技术揭示大白菜抽薹期全长转录组差异的复杂性
2
作者
王树彬
张志刚
+5 位作者
王荣花
李巧云
王立华
胡新新
赵智中
刘栓桃
《山东农业科学》
北大核心
2024年第11期1-12,共12页
为了解春白菜抽薹相关转录组的结构和表达差异,采用单分子纳米孔测序技术对早抽薹材料He102与晚抽薹材料06-247带叶片的花序轴进行了全长转录组分析。与大白菜参考基因组V3.0比对后,He102与06-247分别得到了6051557条和4844987条有效读...
为了解春白菜抽薹相关转录组的结构和表达差异,采用单分子纳米孔测序技术对早抽薹材料He102与晚抽薹材料06-247带叶片的花序轴进行了全长转录组分析。与大白菜参考基因组V3.0比对后,He102与06-247分别得到了6051557条和4844987条有效读段以及37309条和30415条非冗余全长转录本。两材料中共鉴定到46485个非冗余基因,其中包括1688个新基因。从He102与06-247中分别鉴定出2421个和993个独有的可变剪切事件,内含子保留是最常见的可变剪切类型;分别鉴定到3286个和2646个独有的可变多聚酰胺酸位点。共筛选出453个lncRNA,80%以上的lncRNA属于基因间区非编码RNA,分别鉴定到81个和55个He102和06-247独有的lncRNA。在两材料中筛选到5197个差异表达基因,其中He102中上调的有2453个,下调的有2744个,结合功能富集分析获得了41个与抽薹有关的候选基因。本研究结果揭示了不同抽薹期大白菜材料转录组在结构和表达上存在复杂的差异,这为阐释大白菜抽薹分子机理提供了新的线索。
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关键词
第三代高通量
测
序
技术
单分子
纳米孔测序技术
大白菜
抽薹期
全长转录本
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职称材料
题名
纳米孔测序技术检测水环境中细菌抗生素耐药性的应用综述
1
作者
王羽洁
胡意凡
高欣然
施鹏
机构
污染控制与资源化国家重点实验室
出处
《净水技术》
2025年第1期8-15,134,共9页
基金
国家自然科学基金面上项目(52370013)。
文摘
【目的】抗生素抗性细菌(ARB)和抗生素抗性基因(ARGs)的传播和扩散已成为全球公共卫生领域的一大挑战,其中因水环境具有流动性和广泛性,成为抗生素耐药性(AMR)传播的重要媒介,因此对其中细菌AMR的检测显得尤为关键。文章旨在探讨水环境中细菌AMR的检测方法,以期为未来的研究方向提供指导。【方法】文章介绍了包括基于传统培养的药敏试验法、基于聚合酶链式反应(PCR)的分子生物学、基于高通量测序的宏基因组学3种检测水环境细菌AMR的主流方法,并阐述了它们的优缺点。还主要介绍了单分子纳米孔测序技术的原理与特点,综述了纳米孔测序技术凭借长读长优势在检测水环境细菌AMR的应用进展及存在的问题。【结果】药敏试验法、分子生物学检测复杂水环境中的ARB均存在一定的局限性,而宏基因组学可检测数百种ARGs,并能直接定位ARGs宿主。这其中使用纳米孔测序技术无需组装、分装便能直接得到ARGs宿主、遗传位置等丰富的抗生素ARGs组信息,但现主要面向生物量大的水环境样本,对饮用水等生物量少的水环境原位分析能力不足。【结论】可使用多种检测方法全面识别水环境中细菌AMR的表型和基因型,需要发展水环境细菌富集和DNA提取技术,这方便使用纳米孔测序对更多种类的环境进行抗生素抗性基因组深度识别。
关键词
纳米孔测序技术
水环境
细菌抗生素耐药性
药敏试验
分子生物学
宏基因组学
Keywords
nanopore sequencing technology
water environment
antimicrobial resistance(AMR)
susceptibility test
molecular biology
metagenomics
分类号
X52 [环境科学与工程—环境工程]
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职称材料
题名
基于单分子纳米孔测序技术揭示大白菜抽薹期全长转录组差异的复杂性
2
作者
王树彬
张志刚
王荣花
李巧云
王立华
胡新新
赵智中
刘栓桃
机构
山东省农业科学院蔬菜研究所/国家蔬菜改良中心山东分中心/山东省设施蔬菜生物学重点实验室/农业部黄淮地区蔬菜科学观测实验站(山东)
出处
《山东农业科学》
北大核心
2024年第11期1-12,共12页
基金
山东省自然科学基金项目(ZR2021QC228,ZR2019BC048)
山东省农业良种工程项目(2022LZGCQY005,2019LZGC006)
山东省农业科学院农业科技创新工程项目(CXGC2021B17,CXGC2021A30-2)。
文摘
为了解春白菜抽薹相关转录组的结构和表达差异,采用单分子纳米孔测序技术对早抽薹材料He102与晚抽薹材料06-247带叶片的花序轴进行了全长转录组分析。与大白菜参考基因组V3.0比对后,He102与06-247分别得到了6051557条和4844987条有效读段以及37309条和30415条非冗余全长转录本。两材料中共鉴定到46485个非冗余基因,其中包括1688个新基因。从He102与06-247中分别鉴定出2421个和993个独有的可变剪切事件,内含子保留是最常见的可变剪切类型;分别鉴定到3286个和2646个独有的可变多聚酰胺酸位点。共筛选出453个lncRNA,80%以上的lncRNA属于基因间区非编码RNA,分别鉴定到81个和55个He102和06-247独有的lncRNA。在两材料中筛选到5197个差异表达基因,其中He102中上调的有2453个,下调的有2744个,结合功能富集分析获得了41个与抽薹有关的候选基因。本研究结果揭示了不同抽薹期大白菜材料转录组在结构和表达上存在复杂的差异,这为阐释大白菜抽薹分子机理提供了新的线索。
关键词
第三代高通量
测
序
技术
单分子
纳米孔测序技术
大白菜
抽薹期
全长转录本
Keywords
The third-generation high-throughput sequencing technology
Single-molecule nanopore DNA sequencing technology
Chinese cabbage
Bolting stage
Full-length transcript
分类号
S634.1 [农业科学—蔬菜学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
纳米孔测序技术检测水环境中细菌抗生素耐药性的应用综述
王羽洁
胡意凡
高欣然
施鹏
《净水技术》
2025
0
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职称材料
2
基于单分子纳米孔测序技术揭示大白菜抽薹期全长转录组差异的复杂性
王树彬
张志刚
王荣花
李巧云
王立华
胡新新
赵智中
刘栓桃
《山东农业科学》
北大核心
2024
0
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职称材料
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