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利用基因芯片技术筛选棉纤维伸长相关基因
被引量：
13
1
作者
李龙云
于霁雯
+5 位作者
翟红红
黄双领
李兴丽
张红卫
张金发
喻树迅
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第1期95-104,共10页
从回交近交系(backcross inbred lines,BIL)群体中选取纤维长度差异较大的两个系NMGA-062(33.03 mm)和NMGA-140(25.87 mm),利用Affymetrix棉花基因芯片,分析其开花后10 d(DPA,days post anthesis)棉纤维伸长相关基因表达谱。在24 029条...
从回交近交系(backcross inbred lines,BIL)群体中选取纤维长度差异较大的两个系NMGA-062(33.03 mm)和NMGA-140(25.87 mm),利用Affymetrix棉花基因芯片,分析其开花后10 d(DPA,days post anthesis)棉纤维伸长相关基因表达谱。在24 029条转录本中,两材料间差异表达的转录本有7 282条,占总数的30.31%;其中差异表达倍数在2倍或2倍以上的转录本有3 993条,占筛选转录本总数的16.62%,功能分类表明这些转录本主要包括功能预测基因(15.57%),翻译、核糖体结构相关基因(13.54%)和翻译后修饰、蛋白质转换相关基因(9.29%)3大类。为了验证芯片数据的可信性,8个差异表达显著的基因(Ghi.10655.1.S1_s_at,ACO1,ARF1,SAHH,TUA6,TUA7,β-tub1,β-tub10)被用于实时荧光定量PCR。两种检测手段表现出一致性。随后,利用实时荧光定量PCR对3个与棉纤维相关基因(ARF1,β-tub1,β-tub10)在纤维发育不同时期(5、10、15、20和25 DPA)的表达模式进行了研究,结果表明,3个基因在纤维伸长发育时期(10和15 DPA)大量表达,推测这3个基因可能与棉纤维伸长有重要关系。
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关键词
基因
芯片
纤维伸长相关基因
差异表达
基因
实时荧光定量PCR
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职称材料
题名
利用基因芯片技术筛选棉纤维伸长相关基因
被引量：
13
1
作者
李龙云
于霁雯
翟红红
黄双领
李兴丽
张红卫
张金发
喻树迅
机构
中国农业科学院棉花研究所/农业部棉花遗传改良重点实验室
西北农林科技大学农学院
美国新墨西哥州立大学植物与环境科学部
出处
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第1期95-104,共10页
基金
国家高技术研究发展计划(863计划)项目(2006AA10A109
2006AA100105)资助
文摘
从回交近交系(backcross inbred lines,BIL)群体中选取纤维长度差异较大的两个系NMGA-062(33.03 mm)和NMGA-140(25.87 mm),利用Affymetrix棉花基因芯片,分析其开花后10 d(DPA,days post anthesis)棉纤维伸长相关基因表达谱。在24 029条转录本中,两材料间差异表达的转录本有7 282条,占总数的30.31%;其中差异表达倍数在2倍或2倍以上的转录本有3 993条,占筛选转录本总数的16.62%,功能分类表明这些转录本主要包括功能预测基因(15.57%),翻译、核糖体结构相关基因(13.54%)和翻译后修饰、蛋白质转换相关基因(9.29%)3大类。为了验证芯片数据的可信性,8个差异表达显著的基因(Ghi.10655.1.S1_s_at,ACO1,ARF1,SAHH,TUA6,TUA7,β-tub1,β-tub10)被用于实时荧光定量PCR。两种检测手段表现出一致性。随后,利用实时荧光定量PCR对3个与棉纤维相关基因(ARF1,β-tub1,β-tub10)在纤维发育不同时期(5、10、15、20和25 DPA)的表达模式进行了研究,结果表明,3个基因在纤维伸长发育时期(10和15 DPA)大量表达,推测这3个基因可能与棉纤维伸长有重要关系。
关键词
基因
芯片
纤维伸长相关基因
差异表达
基因
实时荧光定量PCR
Keywords
Affymetrix microarray
Fiber length-related genes
Differential expressed genes
Quantitative RT-PCR
分类号
S562 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
利用基因芯片技术筛选棉纤维伸长相关基因
李龙云
于霁雯
翟红红
黄双领
李兴丽
张红卫
张金发
喻树迅
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2011
13
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职称材料
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