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基于机器学习的茶树DNA聚类算法
1
作者
杨小平
倪萍
+4 位作者
诸葛天秋
罗跃新
郭春雨
庞月兰
吴雨婷
《广西大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2024年第2期386-399,共14页
为了研究茶树基因序列的聚类问题,设计一种基于累计方差贡献率进行改进的核主成分分析(KPCA)与k均值(k-means)++聚类算法相结合的降维聚类算法(KPCA-k-means++)。将基因库数据集筛选分组后,利用k-mers算法提取基因数据的数据特征,根据...
为了研究茶树基因序列的聚类问题,设计一种基于累计方差贡献率进行改进的核主成分分析(KPCA)与k均值(k-means)++聚类算法相结合的降维聚类算法(KPCA-k-means++)。将基因库数据集筛选分组后,利用k-mers算法提取基因数据的数据特征,根据累计方差贡献率的占比大于85%的标准确定降维主元个数对KPCA进行降维改进并采用k-means++算法对降维后数据聚类,通过CH(Calinski-Harabaze Index)指标和响应时间分析聚类结果。结果表明:在单独聚类、KPCA聚类、改进PCA聚类、改进KPCA聚类4种处理方式中,改进KPCA-k-means++算法在不同处理方式和不同样本数的对比下,CH指标均为最高,与未改进时相比平均高出33%。在响应时间方面,改进KPCA-k-means++算法与同样改进PCA-k-means++算法在不同聚类数和样本数的对比下响应时间均较短。改进KPCA-k-means++算法能够保证对于茶树的基因序列的聚类准确率和聚类速度,表现出极好的聚类稳定性。
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关键词
核主成分分析
累计方差贡献率
K均值聚类算法
基因聚类
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职称材料
基于改进EMD方法的系统误差分离方法研究
被引量：
12
2
作者
姚刚
赵建军
+1 位作者
姚跃亭
任喜
《振动与冲击》
EI
CSCD
北大核心
2014年第14期176-180,共5页
针对测量中系统误差存在复杂的变化规律,将改进的经验模态分解(EMD)方法用于系统误差分离过程,突破传统分离方法限制。采用基于波形相似度的端点延拓方法有效抑制端点效应;基于累计方差贡献率的分解停止准则,合理确定停止时机。仿真与...
针对测量中系统误差存在复杂的变化规律,将改进的经验模态分解(EMD)方法用于系统误差分离过程,突破传统分离方法限制。采用基于波形相似度的端点延拓方法有效抑制端点效应;基于累计方差贡献率的分解停止准则,合理确定停止时机。仿真与实例分析结果表明,改进的经验模态分解方法在系统误差分离中效果较好。
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关键词
经验模态分解(EMD)
系统误差分离
端点效应
波形相似度
累计方差贡献率
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职称材料
早籼杂交稻新组合选育的综合分析方法
被引量：
1
3
作者
方良俊
尹青女
张建中
《华南农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2003年第3期5-8,共4页
对23个早籼杂交稻新组合的14个籽粒性状进行因子分析.选取了5个公因子,其方差累计贡献率为85 99%;通过5个公因子作为综合指标的聚类分析,其结果可分为6类;并以23个组合的5个公因子选择指数,求得每个杂交组合的综合选择指数,结果表明,根...
对23个早籼杂交稻新组合的14个籽粒性状进行因子分析.选取了5个公因子,其方差累计贡献率为85 99%;通过5个公因子作为综合指标的聚类分析,其结果可分为6类;并以23个组合的5个公因子选择指数,求得每个杂交组合的综合选择指数,结果表明,根据综合选择指数的大小,不但可作为决选杂交组合的依据,而且可衡量决选的杂交组合达到理想组合的程度.
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关键词
早籼杂交稻
新组合选育
籽粒性状
方差
累计
贡献率
聚类分析
杂交组合
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职称材料
题名
基于机器学习的茶树DNA聚类算法
1
作者
杨小平
倪萍
诸葛天秋
罗跃新
郭春雨
庞月兰
吴雨婷
机构
桂林理工大学信息科学与工程学院
桂林理工大学广西嵌入式技术与智能系统重点实验室
广西桂林茶叶科学研究所
出处
《广西大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2024年第2期386-399,共14页
基金
广西科技计划项目(桂科AD18281068)
广西科技重大专项(桂科AA203020184)。
文摘
为了研究茶树基因序列的聚类问题,设计一种基于累计方差贡献率进行改进的核主成分分析(KPCA)与k均值(k-means)++聚类算法相结合的降维聚类算法(KPCA-k-means++)。将基因库数据集筛选分组后,利用k-mers算法提取基因数据的数据特征,根据累计方差贡献率的占比大于85%的标准确定降维主元个数对KPCA进行降维改进并采用k-means++算法对降维后数据聚类,通过CH(Calinski-Harabaze Index)指标和响应时间分析聚类结果。结果表明:在单独聚类、KPCA聚类、改进PCA聚类、改进KPCA聚类4种处理方式中,改进KPCA-k-means++算法在不同处理方式和不同样本数的对比下,CH指标均为最高,与未改进时相比平均高出33%。在响应时间方面,改进KPCA-k-means++算法与同样改进PCA-k-means++算法在不同聚类数和样本数的对比下响应时间均较短。改进KPCA-k-means++算法能够保证对于茶树的基因序列的聚类准确率和聚类速度,表现出极好的聚类稳定性。
关键词
核主成分分析
累计方差贡献率
K均值聚类算法
基因聚类
Keywords
kernel principal component analysis
cumulative variance contribution rate
k-means++algorithm
gene clustering
分类号
TP3 [自动化与计算机技术—计算机科学与技术]
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职称材料
题名
基于改进EMD方法的系统误差分离方法研究
被引量：
12
2
作者
姚刚
赵建军
姚跃亭
任喜
机构
海军航空工程学院
出处
《振动与冲击》
EI
CSCD
北大核心
2014年第14期176-180,共5页
基金
航院青年基金项目(201205)
文摘
针对测量中系统误差存在复杂的变化规律,将改进的经验模态分解(EMD)方法用于系统误差分离过程,突破传统分离方法限制。采用基于波形相似度的端点延拓方法有效抑制端点效应;基于累计方差贡献率的分解停止准则,合理确定停止时机。仿真与实例分析结果表明,改进的经验模态分解方法在系统误差分离中效果较好。
关键词
经验模态分解(EMD)
系统误差分离
端点效应
波形相似度
累计方差贡献率
Keywords
empirical mode decomposition
systematic error separation
end effect
degree of wave similarity
cumulative percent variance
分类号
TP591 [自动化与计算机技术]
TN911 [电子电信—通信与信息系统]
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职称材料
题名
早籼杂交稻新组合选育的综合分析方法
被引量：
1
3
作者
方良俊
尹青女
张建中
机构
湛江海洋大学农学院
出处
《华南农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2003年第3期5-8,共4页
基金
广东省科技攻关资助项目(99B00801G)
文摘
对23个早籼杂交稻新组合的14个籽粒性状进行因子分析.选取了5个公因子,其方差累计贡献率为85 99%;通过5个公因子作为综合指标的聚类分析,其结果可分为6类;并以23个组合的5个公因子选择指数,求得每个杂交组合的综合选择指数,结果表明,根据综合选择指数的大小,不但可作为决选杂交组合的依据,而且可衡量决选的杂交组合达到理想组合的程度.
关键词
早籼杂交稻
新组合选育
籽粒性状
方差
累计
贡献率
聚类分析
杂交组合
Keywords
early indica hybrid rice
grain traits
factor analysis
comprehensive selection index
分类号
S511 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于机器学习的茶树DNA聚类算法
杨小平
倪萍
诸葛天秋
罗跃新
郭春雨
庞月兰
吴雨婷
《广西大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2024
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
基于改进EMD方法的系统误差分离方法研究
姚刚
赵建军
姚跃亭
任喜
《振动与冲击》
EI
CSCD
北大核心
2014
12
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
早籼杂交稻新组合选育的综合分析方法
方良俊
尹青女
张建中
《华南农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2003
1
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职称材料
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