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南方红豆杉紫杉烷7β-羟基化酶基因全长序列的克隆和进化分析
被引量：
6
1
作者
燕丽娜
苏应娟
王艇
《中山大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2009年第5期120-124,130,共6页
从南方红豆杉Taxus wallichianavar.mairei的新鲜嫩叶中提取基因组DNA作为模板,利用三组特异引物进行PCR扩增,然后克隆测序得到紫杉烷7β-羟基化酶的基因全长。该基因编码区起始密码子为ATG,终止密码子为TGA,全长1 692 bp;碱基组成为490...
从南方红豆杉Taxus wallichianavar.mairei的新鲜嫩叶中提取基因组DNA作为模板,利用三组特异引物进行PCR扩增,然后克隆测序得到紫杉烷7β-羟基化酶的基因全长。该基因编码区起始密码子为ATG,终止密码子为TGA,全长1 692 bp;碱基组成为490 A(29.0%),351 C(20.7%),362 G(21.4%)和489 T(28.9%)。将紫杉烷7β-羟基化酶基因全长序列与细胞色素P450基因家族的其它三个成员进行比对,发现它与紫杉烷2α-羟基化酶基因、紫杉烷10β-羟基化酶基因及紫杉烷13α-羟基化酶基因的一致性分别为74%、68%及76%。它们的外显子和内含子的连接区均具保守的GT-AG结构,内含子区的变异性明显高于外显子区。进一步以红豆杉属的13个紫杉烷羟基化酶基因家族成员为对象,利用位点间可变ω(非同义替换率dN和同义替换率dS的比值)模型对该基因家族的适应性进化进行分析。分支模型、位点模型以及分支-位点模型的分析表明:紫杉烷羟基化酶基因家族的少数分支处于正选择压力下(ω>1),但未检测到正选择位点;而绝大部分位点受强烈的负选择作用(ω<1)。
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关键词
南方红豆杉
紫杉烷7β-羟基化酶基因
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负选择
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职称材料
外显子拼接法克隆紫杉烷2α-羟基化酶基因与生物信息学分析
被引量：
1
2
作者
黄仕杰
陈平
+3 位作者
陈晓阳
辛燕花
郭丽琼
林俊芳
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第4期186-192,共7页
紫杉烷2α-羟基化酶是形成紫杉醇核心骨架的羟基化反应关键酶之一,以taxusin作为底物进行氧化生成2α,7β-dihydroxytaxusin。利用蔓地亚红豆杉的总DNA为模板,采用PCR技术克隆出紫杉烷2α-羟基化酶的DNA序列,利用在线比对和生物学软件...
紫杉烷2α-羟基化酶是形成紫杉醇核心骨架的羟基化反应关键酶之一,以taxusin作为底物进行氧化生成2α,7β-dihydroxytaxusin。利用蔓地亚红豆杉的总DNA为模板,采用PCR技术克隆出紫杉烷2α-羟基化酶的DNA序列,利用在线比对和生物学软件分析其内含子,采用外显子拼接法克隆出紫杉烷2α-羟基化酶基因的cDNA序列。测序结果表明该基因含有1个1 488 bp的开放阅读框,编码495个氨基酸的多肽;同源性比较分析结果表明,其碱基序列及氨基酸序列与已经报道的加拿大红豆杉的紫杉烷2α-羟基化酶基因的一致性为分别为98%和89%。利用SWISS-PROT、DNAMAN等生物信息学工具对其列进行了序列分析,为利用代谢工程的方法生产紫杉醇或其前体物质提供了分子基础。
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关键词
蔓地亚红豆杉
紫杉
醇
紫杉
烷
2α
-
羟基
化
酶
基因
克隆
生物信息学
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职称材料
题名
南方红豆杉紫杉烷7β-羟基化酶基因全长序列的克隆和进化分析
被引量：
6
1
作者
燕丽娜
苏应娟
王艇
机构
中国科学院武汉植物园
中山大学生命科学学院
出处
《中山大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2009年第5期120-124,130,共6页
基金
中国科学院"百人计划"引进国外杰出人才资助项目(0729281F02)
国家自然科学基金资助项目(30771763)
广东省科技计划资助项目(2005B10401035)
文摘
从南方红豆杉Taxus wallichianavar.mairei的新鲜嫩叶中提取基因组DNA作为模板,利用三组特异引物进行PCR扩增,然后克隆测序得到紫杉烷7β-羟基化酶的基因全长。该基因编码区起始密码子为ATG,终止密码子为TGA,全长1 692 bp;碱基组成为490 A(29.0%),351 C(20.7%),362 G(21.4%)和489 T(28.9%)。将紫杉烷7β-羟基化酶基因全长序列与细胞色素P450基因家族的其它三个成员进行比对,发现它与紫杉烷2α-羟基化酶基因、紫杉烷10β-羟基化酶基因及紫杉烷13α-羟基化酶基因的一致性分别为74%、68%及76%。它们的外显子和内含子的连接区均具保守的GT-AG结构,内含子区的变异性明显高于外显子区。进一步以红豆杉属的13个紫杉烷羟基化酶基因家族成员为对象,利用位点间可变ω(非同义替换率dN和同义替换率dS的比值)模型对该基因家族的适应性进化进行分析。分支模型、位点模型以及分支-位点模型的分析表明:紫杉烷羟基化酶基因家族的少数分支处于正选择压力下(ω>1),但未检测到正选择位点;而绝大部分位点受强烈的负选择作用(ω<1)。
关键词
南方红豆杉
紫杉烷7β-羟基化酶基因
正选择
负选择
Keywords
Taxus waUichiana var. mairei
taxoid
7
-
beta
-
hydroxylase gene
positive selection
negative selection
分类号
Q349 [生物学—遗传学]
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职称材料
题名
外显子拼接法克隆紫杉烷2α-羟基化酶基因与生物信息学分析
被引量：
1
2
作者
黄仕杰
陈平
陈晓阳
辛燕花
郭丽琼
林俊芳
机构
华南农业大学食品学院
华南农业大学生物质能研究所
出处
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第4期186-192,共7页
基金
国家自然科学基金项目(30371000
31071837)
文摘
紫杉烷2α-羟基化酶是形成紫杉醇核心骨架的羟基化反应关键酶之一,以taxusin作为底物进行氧化生成2α,7β-dihydroxytaxusin。利用蔓地亚红豆杉的总DNA为模板,采用PCR技术克隆出紫杉烷2α-羟基化酶的DNA序列,利用在线比对和生物学软件分析其内含子,采用外显子拼接法克隆出紫杉烷2α-羟基化酶基因的cDNA序列。测序结果表明该基因含有1个1 488 bp的开放阅读框,编码495个氨基酸的多肽;同源性比较分析结果表明,其碱基序列及氨基酸序列与已经报道的加拿大红豆杉的紫杉烷2α-羟基化酶基因的一致性为分别为98%和89%。利用SWISS-PROT、DNAMAN等生物信息学工具对其列进行了序列分析,为利用代谢工程的方法生产紫杉醇或其前体物质提供了分子基础。
关键词
蔓地亚红豆杉
紫杉
醇
紫杉
烷
2α
-
羟基
化
酶
基因
克隆
生物信息学
Keywords
Taxus x media Taxol Taxoid 2
-
alpha
-
hydroxylase Gene clone Bioinformatics
分类号
Q943.2 [生物学—植物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
南方红豆杉紫杉烷7β-羟基化酶基因全长序列的克隆和进化分析
燕丽娜
苏应娟
王艇
《中山大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2009
6
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职称材料
2
外显子拼接法克隆紫杉烷2α-羟基化酶基因与生物信息学分析
黄仕杰
陈平
陈晓阳
辛燕花
郭丽琼
林俊芳
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2011
1
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职称材料
已选择
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