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一种热蛋白质组学分析数据的归一化方法
1
作者
甄雪妍
周宝津
+1 位作者
刘静雯
任艳
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2024年第12期40-46,共7页
建立了一种小分子靶标蛋白的鉴定方法,即引入索引保留时间(Indexed retention time,iRT)肽段作为非标记热蛋白质组学(Thermal proteome profiling,TPP)分析定量归一化内标,实现对小分子靶标的准确挖掘.将iRT肽段加入到表征良好的模型药...
建立了一种小分子靶标蛋白的鉴定方法,即引入索引保留时间(Indexed retention time,iRT)肽段作为非标记热蛋白质组学(Thermal proteome profiling,TPP)分析定量归一化内标,实现对小分子靶标的准确挖掘.将iRT肽段加入到表征良好的模型药物甲氨蝶呤(Methotrexate,MTX)处理的293T细胞提取液中,在不同温度加热处理时它们稳定存在,因此可作为定量归一化的标准.实验结果表明,以iRT作为定量校正,不仅对总蛋白含量有良好的校正效果,同时对MTX的靶标蛋白二氢叶酸还原酶(Dihydrofolate reductase,DHFR)热熔解拟合曲线也有一定改善.该方法简单方便、经济高效,具有较强实用性和推广性,为非标记TPP技术的实施及定量准确性提供了重要的实验依据.
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关键词
非标记定量蛋白质组学
热蛋白质组学分析
索引保留时间
数据归一化
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职称材料
题名
一种热蛋白质组学分析数据的归一化方法
1
作者
甄雪妍
周宝津
刘静雯
任艳
机构
上海中医药大学科技实验中心
出处
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2024年第12期40-46,共7页
基金
国家自然科学基金(批准号:32371500)资助.
文摘
建立了一种小分子靶标蛋白的鉴定方法,即引入索引保留时间(Indexed retention time,iRT)肽段作为非标记热蛋白质组学(Thermal proteome profiling,TPP)分析定量归一化内标,实现对小分子靶标的准确挖掘.将iRT肽段加入到表征良好的模型药物甲氨蝶呤(Methotrexate,MTX)处理的293T细胞提取液中,在不同温度加热处理时它们稳定存在,因此可作为定量归一化的标准.实验结果表明,以iRT作为定量校正,不仅对总蛋白含量有良好的校正效果,同时对MTX的靶标蛋白二氢叶酸还原酶(Dihydrofolate reductase,DHFR)热熔解拟合曲线也有一定改善.该方法简单方便、经济高效,具有较强实用性和推广性,为非标记TPP技术的实施及定量准确性提供了重要的实验依据.
关键词
非标记定量蛋白质组学
热蛋白质组学分析
索引保留时间
数据归一化
Keywords
Label-free quantitative proteomics
Thermal proteome profiling
Indexed retention time
Data normalization
分类号
O657 [理学—分析化学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
一种热蛋白质组学分析数据的归一化方法
甄雪妍
周宝津
刘静雯
任艳
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2024
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