猪圆环病毒3型的鉴定和遗传演化分析

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作者 陈燕凌 王颖旺 +5 位作者 杨潞 杨漫漫 李雪梅 张月 田志革 胡晓亮 《世界热带农业信息》 2024年第2期63-65,共3页

为了解宜宾市养殖场猪圆环病毒(PCV)3型的基因组特征和遗传变异规律。本试验利用PCR方法从流产母猪血液中鉴定出1株PCV3,命名为SC-YB2203。经过PCR方法扩增部分基因组序列,对测序结果拼接并进行系统进化树分析。结果显示:遗传进化树分... 为了解宜宾市养殖场猪圆环病毒(PCV)3型的基因组特征和遗传变异规律。本试验利用PCR方法从流产母猪血液中鉴定出1株PCV3,命名为SC-YB2203。经过PCR方法扩增部分基因组序列,对测序结果拼接并进行系统进化树分析。结果显示:遗传进化树分析发现SCYB2203与广州株MK142771和美国株MK496279属于同一分支3f,与西班牙株MH579746和美国株MK496280亲缘关系较近,与四川株MZ449244和重庆株KY075990亲缘关系较远。序列分析发现SC-YB2203与参考序列之间的同源性最高的为重庆株KY075990(98.5%),与湖南株MG372488的同源性为87.7%,与其他国内株同源性较高(97.6%-98.5%)。 展开更多

关键词 遗传变异规律 遗传演化分析 系统进化树分析 PCR方法 基因组特征 序列分析 宜宾市 参考序列

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夏枯草苯丙氨酸解氨酶基因的克隆与表达分析 被引量：15

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作者 许锋 曹腾 +3 位作者 宁迎晶 蒋丽阳 张威威 程水源 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2012年第1期39-44,共6页

苯丙氨酸解氨酶(PAL)是迷迭香酸合成途径中的关键酶之一,根据其他植物PAL基因的保守区域设计特异引物,利用3'-RACE-PCR技术,本研究首次从夏枯草中克隆得到了PAL基因的cDNA片段序列,命名为PvPAL,Gen-Bank登录号为JN65446。PvPAL基因c... 苯丙氨酸解氨酶(PAL)是迷迭香酸合成途径中的关键酶之一,根据其他植物PAL基因的保守区域设计特异引物,利用3'-RACE-PCR技术,本研究首次从夏枯草中克隆得到了PAL基因的cDNA片段序列,命名为PvPAL,Gen-Bank登录号为JN65446。PvPAL基因cDNA片段长1 306 bp,其中编码区域为1 047 bp,编码349个氨基酸。蛋白质序列多重比较结果显示,PvPAL蛋白质序列与丹参、地黄、黄芩、藿香等植物的PAL蛋白质高度同源。PAL系统进化树分析结果表明,PvPAL与唇形科植物的PAL基因亲缘关系最近。组织表达分析结果显示,PvPAL基因在根、茎、叶中均表达,其中根中表达量最高。PvPAL基因的克隆为进一步研究夏枯草迷迭香酸合成的分子机制奠定了基础。 展开更多

关键词 苯丙氨酸解氨酶 表达分析 夏枯草 克隆 酶基因 蛋白质序列 唇形科植物 系统进化树分析

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基于丙型肝炎病毒NS5B基因序列分析的基因分型 被引量：8

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作者 张继明 尹有宽 +4 位作者 谢怡 卢清 张清波 邬祥惠 翁心华 《中国抗感染化疗杂志》 2003年第5期287-290,共4页

目的 :建立基于丙型肝炎病毒 (HCV)NS5B基因序列分析的基因分型方法 ,对上海地区慢性丙型肝炎进行基因分型。方法 :用HCVRNA实时荧光定量检测试剂盒对慢性丙型肝炎患者血清标本的HCVRNA水平进行定量分析。用逆转录 聚合酶链反应 (RT P... 目的 :建立基于丙型肝炎病毒 (HCV)NS5B基因序列分析的基因分型方法 ,对上海地区慢性丙型肝炎进行基因分型。方法 :用HCVRNA实时荧光定量检测试剂盒对慢性丙型肝炎患者血清标本的HCVRNA水平进行定量分析。用逆转录 聚合酶链反应 (RT PCR)和套式 PCR扩增HCVRNA阳性的 4 1份标本的部分HCVNS5B区基因 ,PCR产物经回收、纯化后直接进行测序分析。从GenBank中下载 2 5份不同基因型的HCV原型序列 ,用NS5B区 2 2 2bp的基因片段构建系统进化树 ,对临床标本相应的HCVNS5B区序列进行分析。结果 :基于HCVNS5B基因序列的系统进化树分析 ,可成功地对本组 4 1份标本进行基因分型。分型结果显示 ,1b型占 85 .4 % (35 / 4 1) ,2a型占 12 .2 0 % (5 / 4 1) ,3a型占 2 .4 4 % (1/ 4 1)。结论 :基于HCVNS5B区基因序列的系统进化树分析是一种可靠和方便的HCV基因分型方法。上海地区的HCV基因型以 展开更多

关键词 丙型肝炎病毒 基因型 系统进化树分析 NS5B基因 基因序列分析 基因分型

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广西地方禽类品种ALV和REV感染情况的调查及ALV分离株gp85基因序列分析 被引量：4

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作者 钟兴福 王培坤 +5 位作者 杨永立 秦丽莉 毕玉彧 邹广珍 彭昊 韦平 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2015年第7期1647-1653,共7页

为了解广西钦州地区主要地方品种商品禽类中禽白血病病毒（ALV）、禽网状内皮组织增殖症病毒（REV）的感染情况，本试验随机采集了广西钦州地区代表饲养场的麻鸭、狮头鹅、铁脚麻鸡、火鸡、鸽子共5个品种的蛋清、肛拭子及血清样品共953... 为了解广西钦州地区主要地方品种商品禽类中禽白血病病毒（ALV）、禽网状内皮组织增殖症病毒（REV）的感染情况，本试验随机采集了广西钦州地区代表饲养场的麻鸭、狮头鹅、铁脚麻鸡、火鸡、鸽子共5个品种的蛋清、肛拭子及血清样品共953份，使用ELISA商品试剂盒进行检测；然后对部分ALVp27阳性的个体采集其血清样品接种DF-1细胞进行病毒分离并测定其gp85基因的序列。结果发现，除铁脚麻鸡外其他4个非鸡禽类品种的ALV检测均为阴性；除鸽子和狮头鹅外，麻鸭、铁脚麻鸡、火鸡均检测到REV抗体阳性；获得的两株铁脚麻鸡ALV分离株gp85基因之间核苷酸同源性为94．5％，与参考株之间核苷酸同源性为86．9％～94．9％；两株分离株gp85基因之间氨基酸同源性为91．5％，与参考株之间氨基酸同源性为84．0％～91。6％。高变区hrl和hr2区存在较多可变位点，可变区vr2和vr3相对较保守。系统进化树分析结果表明这两个毒株与参考株SCAUll-XG的亲缘关系最近。 展开更多

关键词 禽类 禽白血病 禽网状内皮组织增殖症 流行病学调查 GP85基因 系统进化树分析

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一株血清3型鸭甲型肝炎病毒的鉴定及致病性分析 被引量：2

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作者 提金凤 李志杰 毛红彦 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2021年第5期24-30,共7页

为明确从山东某鸭场分离的血清3型鸭甲型肝炎病毒(DHAV-3)的致病性和遗传特征,首先对分离鉴定的毒株进行VP1基因序列测定,与GenBank中发布的基因序列比对,并进行动物试验。分离的病毒株命名为DHAV-3-SDWF,2008~2020年分离的DHAV-3毒株... 为明确从山东某鸭场分离的血清3型鸭甲型肝炎病毒(DHAV-3)的致病性和遗传特征,首先对分离鉴定的毒株进行VP1基因序列测定,与GenBank中发布的基因序列比对,并进行动物试验。分离的病毒株命名为DHAV-3-SDWF,2008~2020年分离的DHAV-3毒株主要Ⅰ和Ⅱ基因型,基因Ⅰ型又形成Ⅰa和Ⅰb两个分支,该病毒属于Ⅰa分支。DHAV-3-SDWF对雏鸭致病性强,攻毒鸭的肝脏、脾脏、肾脏等器官剖检变化和组织病变明显,这与该病毒在各组织器官中的转录水平是一致的。总之,DHAV-3的分离鉴定及致病性分析,为该病分子流行病学研究及疫苗研制提供了材料和理论支撑。 展开更多

关键词 血清3型鸭甲型肝炎病毒 系统发育进化树分析 致病性分析 病毒载量

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北京市部分男男同性恋人群中HIV-1分子流行病学研究 被引量：19

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作者 刘志英 李海英 +7 位作者 张彤 黄晓婕 魏飞力 徐萌 焦艳梅 徐小宁 陈德喜 吴昊 《首都医科大学学报》 CAS 北大核心 2009年第5期616-620,共5页

目的了解北京市部分男男同性恋(men who have sex with men,MSM)人群HIV-1的分子流行情况,监测该地区人群HIV毒株的最新流行情况。方法提取17例男男同性恋者HIV-1抗体阳性样本全血基因组DNA,直接进行巢式PCR扩增HIVenv基因C2-V5区及gag... 目的了解北京市部分男男同性恋(men who have sex with men,MSM)人群HIV-1的分子流行情况,监测该地区人群HIV毒株的最新流行情况。方法提取17例男男同性恋者HIV-1抗体阳性样本全血基因组DNA,直接进行巢式PCR扩增HIVenv基因C2-V5区及gag基因P17-P24区,对PCR产物进行核苷酸序列测定和分析,确定基因亚型。结果17例患者中,共存在CRF01-AE、B亚型和CRF07-BC3种亚型,其中CRF01-AE9例(52.94%),B亚型5例(29.41%),CRF07-BC3例(17.65%)。结论小样本量的流行病学调查显示,北京地区部分男男同性恋人群中主要存在CRF01-AE、B和CRF07-BC3种亚型;CRF01-AE已取代B亚型而成为北京市MSM人群中HIV主要流行亚型,CRF07-BC重组亚型在北京市MSM人群中增长迅速。 展开更多

关键词 男男同性恋 人类免疫缺陷病毒1型 亚型 系统进化树分析

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分离自铜矿山尾矿区的铁还原菌nju-T1菌株:菌种鉴定及其还原Fe^(3+)的最适条件 被引量：4

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作者 邢辉 赵婷婷 +4 位作者 许泽安 管思琪 陆现彩 陆建军 王睿勇 《高校地质学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期59-65,共7页

对安徽铜陵狮子山杨山冲尾矿库采集的酸矿水(AMD)及表层尾砂样品,采用FeTo选择性培养基,利用Overlay分离技术,获得了一株具有铁还原功能的细菌nju-T1。形态观察、生理生化鉴定以及16SrRNA基因序列同源性分析结果表明,该菌株属于Acidithi... 对安徽铜陵狮子山杨山冲尾矿库采集的酸矿水(AMD)及表层尾砂样品,采用FeTo选择性培养基,利用Overlay分离技术,获得了一株具有铁还原功能的细菌nju-T1。形态观察、生理生化鉴定以及16SrRNA基因序列同源性分析结果表明,该菌株属于Acidithiobacillus属。平板培养和液体培养实验证明,nju-T1具有在有氧条件下还原Fe3+的功能。nju-T1在pH为4.5,温度为30℃条件下生长较好,最适还原Fe3+浓度为5mmol/L,还原铁的作用位点可能是位于细胞外膜上。nju-T1能还原Fe3+,为铁氧化菌提供了初始能源Fe2+,同时维持了整个酸矿水系统的铁平衡。研究nju-T1的还原机理,不仅拓宽了对铁还原菌通常只能在兼性厌氧或厌氧条件下才能生长的认识,更对研究整个酸性矿山环境的形成、发展机理以及治理有着重要意义。 展开更多

关键词 酸矿水 尾矿 ACIDITHIOBACILLUS sp.nju-T1 系统进化树分析 三价铁还原

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甜椒脉斑驳病毒(PVMV)在海南的发现与检测 被引量：6

8

作者 梁洁 王健华 +4 位作者 章绍延 余乃通 张雨良 王祥 刘志昕 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2015年第5期966-971,共6页

2014年在海南辣椒病毒病调查过程中发现了一种疑似病毒感染的辣椒样品,主要表现为叶片黄化、绿斑驳、叶脆易折断,且在田间发生较多。利用马铃薯Y病毒属的简并引物对其叶片总RNA进行RT-PCR检测,并将约1 700 bp目的片段克隆到p MD18-T载... 2014年在海南辣椒病毒病调查过程中发现了一种疑似病毒感染的辣椒样品,主要表现为叶片黄化、绿斑驳、叶脆易折断,且在田间发生较多。利用马铃薯Y病毒属的简并引物对其叶片总RNA进行RT-PCR检测,并将约1 700 bp目的片段克隆到p MD18-T载体上进行测序和BLAST分析。结果表明:该条带序列(包含部分NIb和部分cp基因)与已收录的甜椒脉斑驳病毒(Pepper veinal mottle virus,PVMV)(Gen Bank登录号:FM202327)序列相似性最高,达99%。设计cp基因的特异引物,对上述样品进行cp基因扩增并构建以cp基因序列为基础的系统进化树,发现海南辣椒上的PVMV与台湾的PVMV分离物ns1株同源性最高。田间检测结果表明:海南黄灯笼辣椒上PVMV的检出率高达74.07%,说明PVMV可能成为海南辣椒生产上的潜在威胁。 展开更多

关键词 辣椒 病毒病 PVMV 系统进化树分析

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猪诺如病毒巢式RT-PCR检测方法的建立与应用 被引量：1

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作者 陈燕君 唐玉新 +8 位作者 周信荣 宋德平 黄瑫 彭棋 李安琪 张帆帆 张田生 叶昱 吴琼 《江西农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期338-346,共9页

为了解中国猪群中猪诺如病毒感染情况,本研究根据猪诺如病毒保守的RNA依赖性RNA多聚酶(RNA Dependent RNA Polymerase,RDRP)基因序列设计了一套巢式RT-PCR引物,用该引物从猪粪便样品中扩增出与预期目的产物大小一致的条带,经克隆、测序... 为了解中国猪群中猪诺如病毒感染情况,本研究根据猪诺如病毒保守的RNA依赖性RNA多聚酶(RNA Dependent RNA Polymerase,RDRP)基因序列设计了一套巢式RT-PCR引物,用该引物从猪粪便样品中扩增出与预期目的产物大小一致的条带,经克隆、测序后获得的序列与GenB ank数据库序列比对,证明所扩增的序列属于猪诺如病毒,表明本研究成功建立了猪诺如病毒巢式RT-PCR检测方法。该检测方法具有高特异性和敏感性,应用该方法检测某猪场健康育肥猪粪便样品,阳性率为54.5%。通过RDRP基因进行核苷酸同源比对发现本文获得的猪诺如病毒Wuning 1株属于GII群诺如病毒,与美国猪诺如病毒毒株OH-QW101/03/US、中国猪诺如病毒毒株Norovirus pig/GII/Ch6/China/2009核苷酸序列同源性最近。值得注意的是猪诺如病毒Wuning1毒株与武汉人诺如病毒毒株E2120/CHN/2010核苷酸同源性高达77.1%,说明猪诺如病毒Wuning 1毒株与武汉人诺如病毒基因组上亲缘性较近。本研究成功建立了一种检测猪诺如病毒的巢式RT-PCR方法,并应用于临床猪粪便样品的检测,为猪诺如病毒的诊断与监测提供了可供借鉴的方法、为猪诺如病毒的进化、分子病毒学及与人诺如病毒关系的深入研究提供依据。 展开更多

关键词 猪诺如病毒 巢式RT-PCR 同源性分析 系统进化树分析

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基于16S和COⅠ基因探讨岩扇贝在扇贝科中的分类地位

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作者 曹善茂 朱丽洁 +4 位作者 聂鸿涛 印明昊 刘钢 邹建威 王尧 《江苏农业科学》 2019年第7期28-31,共4页

采用PCR扩增和序列测定等技术,对岩扇贝(Crassadoma gigantea)线粒体DNA 16S rRNA和COⅠ基因片段进行初步研究,得到16S rRNA基因片段的大小在613.0～634.0 bp之间,A、T(U)、G、C的平均含量分别为26.5%、29.7%、24.5%、19.3%;COⅠ基因片... 采用PCR扩增和序列测定等技术,对岩扇贝(Crassadoma gigantea)线粒体DNA 16S rRNA和COⅠ基因片段进行初步研究,得到16S rRNA基因片段的大小在613.0～634.0 bp之间,A、T(U)、G、C的平均含量分别为26.5%、29.7%、24.5%、19.3%;COⅠ基因片段的大小为660 bp,碱基A、T、G、C的平均含量分别为17.2%、40.3%、27.2%、15.3%。16S基因在岩扇贝中偏好使用GUU、UUG、AUU、ACG、UAU、CAA、GAG、UUU、UCU、GAU、GGU、GAG、AGG和GGA等25个密码子。COⅠ系统进化树表明,与岩扇贝亲缘关系最近的是柿孔扇贝(Azumapecten farreri),其次是冰岛扇贝(Chlamys islandica)。16S系统进化树亲缘关系由近到远依次是北美扇贝(Patinopecten caurinus)、虾夷扇贝(Mizuhopecten yessoensis)、Chlamys islandica。 展开更多

关键词 岩扇贝 COⅠ基因 16SrRNA 密码子偏好性 系统进化树分析

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1株山羊源D型多杀性巴氏杆菌的全基因组测序及生物学特性分析

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作者 张振兴 陈珍 +5 位作者 陈巧玲 程逸文 陈思 满初日嘎 杜丽 王凤阳 《中国动物传染病学报》 2025年第3期167-176,共10页

多杀性巴氏杆菌(Pasteurella multocida,Pm)是一种常见致病菌,可以引起多种禽类、家畜、野生动物,甚至人类的感染。本实验室先前从患病海南黑山羊组织中分离出1株D型Pm。为进一步了解该菌株的基因组特征,明确其毒力相关基因和遗传进化... 多杀性巴氏杆菌(Pasteurella multocida,Pm)是一种常见致病菌,可以引起多种禽类、家畜、野生动物,甚至人类的感染。本实验室先前从患病海南黑山羊组织中分离出1株D型Pm。为进一步了解该菌株的基因组特征,明确其毒力相关基因和遗传进化关系。为Pm感染疾病的预防和临床治疗提供参考。将该菌株命名为“Pm HN01”株,使用SMRT技术和Illumina测序技术相结合的方法进行全基因组测序。使用生物信息学、PCR鉴定和系统进化树等方法对Pm HN01株的基因组特征、毒力相关基因和遗传进化关系进行分析。将测序后的基因组信息提交至NCBI,获得登录号CP037861。Pm HN01株与其他巴氏杆菌具有相似的基因组谱,大小为2349898 bp,GC含量为40.25%,预测到2401个编码基因。在GO、KEGG和COG分析中分别有1651、2227和1912个基因注释。在PHI、VFDB和T3SS分析中,分别有121、43和84个基因注释。此外,选取23个毒力基因引物对其进行PCR鉴定,结果发现Pm HN01株含有exbB、exbD、tbpA、toxA、fimA等12个毒力基因,同北京和新疆等国内菌株的进化关系最近,同美国、瑞士、丹麦等国外菌株的进化关系最远。本研究首次获得了山羊源D型Pm HN01株的完整基因组信息,为Pm的基因组数据库增添了材料,丰富了Pm的宿主类型。进一步完善了Pm HN01株的毒力基因和系统进化信息,为后续Pm的流行区域和致病性研究提供了理论参考。 展开更多

关键词 D型多杀性巴氏杆菌 基因组测序 毒力相关基因 系统进化树分析

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安徽铜陵狮子山硫化物矿山酸矿水中微生物功能群的研究 被引量：9

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作者 孙青 邢辉 +4 位作者 何斌 李雪影 陆现彩 陆建军 王睿勇 《岩石矿物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期547-552,共6页

从安徽铜陵狮子山硫化物矿山酸矿水溪流获得样品,采用YE、Feo、FeSo、FeTo4种选择性培养基,利用overlay分离技术,获得7株细菌菌株。利用16S rRNA基因序列同源性分析,与目前已分离得到的酸矿水微生物进行了比较。利用分离菌株16S rRNA基... 从安徽铜陵狮子山硫化物矿山酸矿水溪流获得样品,采用YE、Feo、FeSo、FeTo4种选择性培养基,利用overlay分离技术,获得7株细菌菌株。利用16S rRNA基因序列同源性分析,与目前已分离得到的酸矿水微生物进行了比较。利用分离菌株16S rRNA基因序列构建系统进化树,结果表明获得的菌株可分为3个功能群:嗜酸性异养菌、嗜酸性自养菌、中度嗜酸性铁氧化细菌。嗜酸性异养菌主要与酸矿水中三价铁的异化还原和寡营养状态的维持有关;嗜酸性自养菌与酸矿水中铁、硫元素的氧化有关,是酸水中的生产者;中度嗜酸性铁氧化细菌能将二价铁氧化成三价铁,并产生难溶性的矿物,可实现酸矿水与酸矿水底泥之间铁元素的动态平衡。 展开更多

关键词 金属硫化物矿山 酸矿水 overlay分离技术 微生物功能群 系统进化树分析

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CpEXPA2基因可能作用于番木瓜果实成熟软化过程

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作者 王世明 《中国果业信息》 2018年第8期66-67,共2页

据《果树学报》2018年第7期《番木瓜果实软化相关CpEXPA2基因的克隆与表达分析》（作者赵湾湾等）报道,为了克隆一个与番木瓜果实软化相关的扩展蛋白基因,分析其功能,明确其在不同组织器官和不同成熟时期果实的表达模式.采用基于对番木... 据《果树学报》2018年第7期《番木瓜果实软化相关CpEXPA2基因的克隆与表达分析》（作者赵湾湾等）报道,为了克隆一个与番木瓜果实软化相关的扩展蛋白基因,分析其功能,明确其在不同组织器官和不同成熟时期果实的表达模式.采用基于对番木瓜果实转录组学的研究,筛选并克隆了一个与果实软化相关的扩展蛋白基因CpEXPA2.采用同源序列对比和系统进化树分析对该基因进行序列分析. 展开更多

关键词 果实成熟软化 蛋白基因 番木瓜 系统进化树分析 果实软化 表达分析 转录组学 表达模式

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