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东北地区不同宿主NDV分离株的系统发育进化分析 被引量:3
1
作者 刘文斌 崔尚金 +1 位作者 刘立奎 张洪英 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2005年第7期3-6,共4页
本研究针对我国东北地区获得高免新城疫(Newcastledisease,ND)抗体鸡群仍然发生ND的情况,对所分离的18株鸡源新城疫病毒(Newcastlediseasevirus,NDV)和1株鸽源NDV的融合蛋白(F)基因(532bp或280bp)高变区片段进行扩增、克隆和测序(GenBan... 本研究针对我国东北地区获得高免新城疫(Newcastledisease,ND)抗体鸡群仍然发生ND的情况,对所分离的18株鸡源新城疫病毒(Newcastlediseasevirus,NDV)和1株鸽源NDV的融合蛋白(F)基因(532bp或280bp)高变区片段进行扩增、克隆和测序(GenBank序列号:AY208680-AY208698)。结果表明,各分离毒株之间核苷酸同源性为83.1%~100%。各分离株间的氨基酸同源性为85.5%~100%。系统进化树分析表明,JL-12、HLJ-3与V4株同属于基因型;HLJ-4、JL-14为基因型,其余15株均为基因型。可见目前东北地区ND的流行是由三种不同基因型毒株,老的基因型、型,新的型所引发,但以基因型为主要流行株,这与我国其他地区和世界其他国家的ND流行情况相一致。 展开更多
关键词 NDV F基因 分子流行病学 系统发育进化
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东北地区不同宿主NDV的分离鉴定与系统发育进化分析 被引量:4
2
作者 刘文斌 崔尚金 +2 位作者 李秀云 刘立奎 张洪英 《畜禽业》 2006年第1期26-30,共5页
针对我国东北地区获得高免新城疫(NewcastleDisease,ND)抗体鸡群仍然发生新城疫(ND)的情况,应用分子流行病学技术,对所分离的18株鸡源新城疫病毒(NewcastleDiseaseVirus,NDV)和1株鸽源NDV进行系统发育进化分析。将NDV分离株通过差速离... 针对我国东北地区获得高免新城疫(NewcastleDisease,ND)抗体鸡群仍然发生新城疫(ND)的情况,应用分子流行病学技术,对所分离的18株鸡源新城疫病毒(NewcastleDiseaseVirus,NDV)和1株鸽源NDV进行系统发育进化分析。将NDV分离株通过差速离心纯化,以SDS-蛋白酶K(或Trizol法)提取病毒RNA,RT-PCR扩增其融合蛋白(F)基因532bp或280bp关键片断,经回收克隆到pMD18-T载体上进行核苷酸序列测定(GenBank序列号:AY208680-AY208698)。核苷酸和氨基酸序列进行同源性比较,结果表明各毒株之间核苷酸同源性为83.1%~100%,氨基酸同源性为85.5%~100%;系统发育进化树分析显示,其中JL-12、HLJ-3为弱毒株,与疫苗株V4同属于基因Ⅰ型;其余17株均为强毒株,其中HLJ-4、JL-14为Ⅵ型,其余15株均为基因Ⅶ型,由此可见东北地区目前新城疫的流行是由3种不同基因型的NDV毒珠(Ⅰ型、Ⅵ型、Ⅶ型)所发,但以基因Ⅶ型为主,这与我国其他地区和世界上其他国家ND的流行情况趋于一致。 展开更多
关键词 NDV F基因 分子流行病学 系统发育进化
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广西毛葡萄产区野生葡萄酒酵母种群分布与系统进化分析 被引量:8
3
作者 杨莹 管敬喜 +3 位作者 谢林君 张劲 文仁德 成果 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第7期1123-1128,共6页
【目的】对广西毛葡萄产区野生葡萄酒相关酵母菌的种类进行鉴定及分布研究,明确毛葡萄产区主要酵母种类及分布规律,为当地酿酒酵母资源的开发利用打下基础。【方法】从葡萄果实表面和果实自然发酵汁中分离、纯化野生葡萄酒相关酵母,利... 【目的】对广西毛葡萄产区野生葡萄酒相关酵母菌的种类进行鉴定及分布研究,明确毛葡萄产区主要酵母种类及分布规律,为当地酿酒酵母资源的开发利用打下基础。【方法】从葡萄果实表面和果实自然发酵汁中分离、纯化野生葡萄酒相关酵母,利用WL培养基对分离获得的酵母菌株进行分类,从每一类型中选取代表菌株进行26S r DNA基因测序鉴定并进行系统进化分析。【结果】从葡萄果实表面及自然发酵汁中共分离获得180株酵母菌株,根据菌株在WL培养基上的颜色及菌落形态差异将180株酵母菌归为5类。26S r DNA基因序列分析结果表明,20株代表菌株分属于6个属9个种,分别为:汉逊酵母属的Hanseniaspora thailandica、H.opuntiae、H.occidentalis和H.guilliermondii;毕赤酵母属的Pichia pastoris;伊萨酵母属的Issatchenkia terricola;酿酒酵母属的Saccharomyces cerevisiae;Saturnispora属的S.diversa和红酵母属(Rhodutorula,未鉴定到种)。葡萄汁自然发酵过程中由H.thailandica启动发酵,随后出现H.thailandica、H.opuntiae、H.occidentalis、H.guilliermondii和S.diversa,最后由S.cerevisiae逐渐主导并控制发酵。【结论】在广西都安县毛葡萄产区生态环境中存在6个属9个种的葡萄酒相关酵母菌,其中H.guilliermondii是毛葡萄果表优势酵母菌种;在毛葡萄自然发酵汁中存在汉逊酵母的4个不同种及S.diversa和S.cerevisiae,随着发酵环境的变化此消彼长。 展开更多
关键词 毛葡萄 葡萄酒相关酵母 种群分布 系统发育进化 广西都安县
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黄喉拟水龟松鼠葡萄球菌16S rDNA的序列测定和系统进化分析 被引量:10
4
作者 黄国秋 童桂香 +3 位作者 黎小正 韦信贤 吴祥庆 庞燕飞 《广西农业科学》 CSCD 2009年第9期1234-1238,共5页
从患病的黄喉拟水龟肝脏、肾脏分离到1株葡萄球菌(YL081101),经人工感染实验证实其为该病的病原菌。为了从分子水平上对其进行分类学鉴定,采用扩增细菌16S rDNA的通用引物对该菌的16S rDNA进行PCR扩增、克隆及序列分析。结果扩增出长约1... 从患病的黄喉拟水龟肝脏、肾脏分离到1株葡萄球菌(YL081101),经人工感染实验证实其为该病的病原菌。为了从分子水平上对其进行分类学鉴定,采用扩增细菌16S rDNA的通用引物对该菌的16S rDNA进行PCR扩增、克隆及序列分析。结果扩增出长约1.5kp的目的片段,测序得到1条长度为1515 bp的核苷酸序列(GenBank登录号GQ261178)。核苷酸相似性分析表明,所得序列与GenBank公布的松鼠葡萄球菌(Staphylococcus sciuri,S.sciuri)CTSP9菌株16S rDNA核苷酸序列相似性最高(99.9%)。同时,用与该序列相关性较高的S.sciuri及常造成动物葡萄球菌病的S.aureus、S.aureus subsp.anaerobius、S.gallinarum、S.hyicus代表菌株构建的系统发育进化树显示,菌株YL081101与S.sciuri代表株聚为一簇。上述研究证实,分离菌株YL081101为松鼠葡萄球菌。 展开更多
关键词 黄喉拟水龟 松鼠葡萄球菌 16S RDNA 序列测定 系统发育进化
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阿拉丘沙门菌的遗传特征及耐药基因初步研究
5
作者 刘玥 许学斌 +4 位作者 胡屹 顾其芳 刘诚 袁政安 陈敏 《中国人兽共患病学报》 北大核心 2025年第2期164-170,共7页
目的 基于阿拉丘沙门菌分离株的全基因组分析,初步探讨其遗传特征及耐药基因分布。方法 收集并鉴定5株来自不同来源(人源与非人源)的阿拉丘沙门菌,对其进行表型和血清型验证、抗菌药物敏感性测定以及全基因组测序分析。利用全球公开数... 目的 基于阿拉丘沙门菌分离株的全基因组分析,初步探讨其遗传特征及耐药基因分布。方法 收集并鉴定5株来自不同来源(人源与非人源)的阿拉丘沙门菌,对其进行表型和血清型验证、抗菌药物敏感性测定以及全基因组测序分析。利用全球公开数据库的阿拉丘沙门菌基因组数据,对这些菌株的毒力基因、耐药基因和质粒复制子进行预测,并构建系统发育树以探讨其遗传背景。结果 我国阿拉丘沙门菌的首例报告出现于2015年的上海,临床特征主要为腹泻,菌株主要集中在东部和南部沿海地区。本次研究的5株菌株中,4株归属于序列型ST2061,1株归属于ST1298。所有菌株对大多数临床常用抗菌药物敏感。全基因组分析结果显示,2株ST2061菌株携带bla KPC-2基因,1株ST1298菌株携带fosA7基因。在全球阿拉丘沙门菌群体的5个遗传进化群(C1~C5)中,本研究的ST2061克隆位于C1群,与英国菌株高度同源;而ST1298克隆位于C4群,为携带磷霉素耐药基因fosA7的全球流行克隆。结论 本研究初步呈现我国阿拉丘沙门菌分离株的遗传和耐药特征,提示存在携带bla_(KPC-2)和fosA7基因的菌株出现。为后续在更大范围内开展的分子流行病学监测与溯源分析提供参考,并强调加强阿拉丘沙门菌耐药性监测的重要性。 展开更多
关键词 阿拉丘沙门菌 bla KPC-2 fosA7 系统发育进化
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大麦HSF基因家族成员的鉴定与表达分析
6
作者 石明玉 冯浩 李柱刚 《麦类作物学报》 北大核心 2025年第7期922-931,共10页
热激转录因子(heat shock transcription factor,HSF)家族与植物生长发育、胁迫响应密切相关。为了解大麦HSF家族成员的功能,本研究利用生物信息学方法在大麦全基因组水平进行HSF家族成员鉴定,并对其理化性质、亚细胞定位、进化关系和... 热激转录因子(heat shock transcription factor,HSF)家族与植物生长发育、胁迫响应密切相关。为了解大麦HSF家族成员的功能,本研究利用生物信息学方法在大麦全基因组水平进行HSF家族成员鉴定,并对其理化性质、亚细胞定位、进化关系和共线性关系及基因结构、启动子顺式作用元件、蛋白互作网络进行了分析。结果发现,在大麦中共鉴定到的29个HSF基因,HvHSF蛋白的分子量介于10.24~56.59 kDa之间,属于稳定性较差的亲水蛋白,均预测定位于细胞核。进化树将大麦HvHSF基因分为A、B、C三类;共线性分析显示,HvHSF5d和HvHSF7b为共线基因对。结构域和基因结构分析发现,亲缘关系较近的HvHSF具有相似的结构域和基因结构。启动子顺式作用元件分析发现,HvHSF启动子含有多种与生长发育以及抗逆相关的顺式作用元件。蛋白互作网络预测表明,HvHSF可能参与植物胁迫响应调节和H_(2)O_(2)的清除。通过大麦地下部盐、碱胁迫转录组测序结合qRT-PCR验证发现,HvHSF在盐、碱胁迫下表达存在差异。盐、碱胁迫下,HvHSF1a、HvHSF1b、HvHSF2a、HvHSF3c、HvHSF5b表达量均有所增加;HvHSF6在盐胁迫下表达量增加,碱胁迫下降低。综上,HSF家族成员可能参与大麦耐盐、碱调控。 展开更多
关键词 大麦 热激转录因子(HSF) 生物信息学 基因表达 系统进化发育
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一株H3N2亚型犬流感病毒的分离与进化分析 被引量:4
7
作者 王晓丽 毕振威 +5 位作者 王永山 潘群兴 欧阳伟 夏兴霞 诸玉梅 董晨红 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2015年第2期32-40,共9页
2012年从南京市某宠物医院采集的20份犬鼻拭子中分离到1株犬流感病毒(Canine influenza virus,CIV),命名为A/Canine/Nanjing/11/2012(H3N2).该病毒分离株的血凝素(hemagglutinin,HA)效价为28,鸡胚半数感染量(median embryoinfect... 2012年从南京市某宠物医院采集的20份犬鼻拭子中分离到1株犬流感病毒(Canine influenza virus,CIV),命名为A/Canine/Nanjing/11/2012(H3N2).该病毒分离株的血凝素(hemagglutinin,HA)效价为28,鸡胚半数感染量(median embryoinfective dose,EID50)和最小致死量平均死亡时间(mean death time,MDT)分别为10-7.60/0.1 mL和69.6h/10-4.血凝素(HA)基因、神经氨酸酶(neuraminidase,NA)基因和核蛋白(necleoprotein,NP)基因的系统发育进化树均显示该分离株CIV位于禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV)亚群中,并与H3N2亚型CIV辽宁分离株和黑龙江分离株位于同一分支上,具有最近的亲缘关系(HA基因的同源性为99.5%~99.6%,NA基因的同源性为99.0%~99.2%,NP基因的同源性为99.1%~99.3%).氨基酸序列分析显示,该病毒分离株与其他犬流感病毒分离株的HA、NA和NP氨基酸序列存在个别位点的突变. 展开更多
关键词 犬流感病毒 H3N2亚型 分离 变异 系统发育进化
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DNA测序在苔藓植物系统学研究中的应用 被引量:1
8
作者 李鹏勃 吴玉环 《贵州师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2010年第4期41-45,共5页
DNA序列分析技术是近年来兴起的研究植物系统发生的常用方法,由于其快速、高效、准确等优点,因而近年来在苔藓植物系统发育与进化研究中应用的越来越广泛。简要介绍了苔藓植物形态分类学所面临的一些问题和分子系统学研究常用的DNA序列... DNA序列分析技术是近年来兴起的研究植物系统发生的常用方法,由于其快速、高效、准确等优点,因而近年来在苔藓植物系统发育与进化研究中应用的越来越广泛。简要介绍了苔藓植物形态分类学所面临的一些问题和分子系统学研究常用的DNA序列分析方法,并将近年来该方法在苔藓植物分子系统学研究中的应用做了概述。 展开更多
关键词 苔藓植物 DNA测序 分子系统 DNA条形码 系统发育进化
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A型塞内卡病毒SVA/CH-GX01-2020株全基因组特征分析
9
作者 王睿敏 施开创 +4 位作者 冯淑萍 尹彦文 龙凤 陆文俊 屈素洁 《南方农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第11期3453-3462,共10页
【目的】通过对A型塞内卡病毒(SVA)广西分离株全基因组特征进行深入分析,了解其病原特征和分子流行病学特点,为有效防止疫情暴发和流行提供理论依据。【方法】对2020年采集自广西的病料进行病毒分离,通过RTPCR检测和间接免疫荧光试验(I... 【目的】通过对A型塞内卡病毒(SVA)广西分离株全基因组特征进行深入分析,了解其病原特征和分子流行病学特点,为有效防止疫情暴发和流行提供理论依据。【方法】对2020年采集自广西的病料进行病毒分离,通过RTPCR检测和间接免疫荧光试验(IFA)进行鉴定。对SVA分离株全基因组进行分段扩增和测序后,采用Lasergene 7.1拼接序列,使用MegAlign将SVA分离株全基因组序列与国内外不同年份的55株SVA代表毒株进行比对,利用MEGA11.0构建系统发育进化树。【结果】经鉴定分离到1株SVA,命名为SVA/CH-GX01-2020株。SVA/CH-GX01-2020株基因组全长为7250 bp,开放阅读框(ORF)编码2181个氨基酸残基。与国内外不同年份的55株SVA代表毒株进行比对,结果显示,SVA/CH-GX01-2020株与国内外SVA分离株全基因组的核苷酸序列及其推导氨基酸序列的相似性分别为93.3%~98.7%和97.3%~99.6%,其中,与美国经典毒株SVV-001和ATCC PTA-5343全基因组相似性较低。遗传进化分析发现,SVA/CH-GX01-2020株与美国经典毒株SVV-001和ATCC PTA-5343亲缘关系较远,与大多数中国分离株聚在同一分支,亲缘关系较近,与广西分离株SVA/GX/CH/2018亲缘关系非常近。进行氨基酸序列比对分析发现,与美国经典毒株SVV-001、中国首株分离株CH-01-2015、广西分离株SVA/GX/CH/2018相比,SVA/CH-GX01-2020株氨基酸突变位点主要集中在非结构蛋白3D区域,在结构蛋白VP4和非结构蛋白2A区域相对保守。【结论】SVA/CH-GX01-2020株具有其独特的遗传变异特点,不同地域的SVA毒株亲缘关系远近程度不同,临床流行毒株具有遗传多样性,应加强疫情监测和流行病学调查。 展开更多
关键词 A型塞内卡病毒 病毒分离 系统发育进化 基因组特征 遗传变异
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粪肠球菌TLME3株AceA基因的克隆和序列分析 被引量:2
10
作者 聂鑫 高原 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第8期837-840,共4页
目的了解粪肠球菌胶原黏附素A(AceA)基因及其编码蛋白的遗传变异情况,为筛选动物粪肠球菌性传染病诊断及保护性抗原基因奠定基础。方法根据粪肠球菌B-343/TX2783株AceA基因序列设计引物,对粪肠球菌TLME3株总DNA进行PCR扩增,产物经胶回... 目的了解粪肠球菌胶原黏附素A(AceA)基因及其编码蛋白的遗传变异情况,为筛选动物粪肠球菌性传染病诊断及保护性抗原基因奠定基础。方法根据粪肠球菌B-343/TX2783株AceA基因序列设计引物,对粪肠球菌TLME3株总DNA进行PCR扩增,产物经胶回收试剂盒纯化回收,与pMD18-T连接,转化入E.coli DH5α感受态细胞中,筛选阳性克隆进行测序。使用Lasergene7.0、BLAST、MEGA 4.0等生物学软件,对克隆基因及其编码蛋白进行序列分析并生成系统进化发育树,计算基因核苷酸及编码氨基酸的变异率。结果成功克隆了粪肠球菌TLME3株AceA基因,阅读框为918bp。与BLASTn和BLASTp搜索出的58个核苷酸和84个氨基酸同源序列的同源性均为96%~100%,氨基酸变异率为1.63%。结论 TLME3AceA基因很保守,可以作为动物粪肠球菌性传染病诊断及保护性抗原候选基因。 展开更多
关键词 粪肠球菌 AceA 基因克隆 序列分析 系统进化发育 诊断抗原 保护性抗原
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致鹅败血症粪肠球菌溶血素激活因子基因克隆及序列分析
11
作者 狄婷婷 高原 聂鑫 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第7期683-688,共6页
目的了解粪肠球菌溶血素激活因子(CylA)基因的遗传变异情况。方法根据GenBank上已发表的粪肠球菌CylA基因序列设计2对特异性引物,对临床分离的4株致鹅败血症粪肠球菌CylA基因进行克隆及序列测定,并与国外从人体分离的和国内从猪体分离的... 目的了解粪肠球菌溶血素激活因子(CylA)基因的遗传变异情况。方法根据GenBank上已发表的粪肠球菌CylA基因序列设计2对特异性引物,对临床分离的4株致鹅败血症粪肠球菌CylA基因进行克隆及序列测定,并与国外从人体分离的和国内从猪体分离的各4株致病性粪肠球菌的CylA基因,用Lasergene 7.0软件进行同源性比对和构建系统进化发育树。结果鹅源4株菌CylA基因均长1 239bp,有1个完整的开放阅读框,编码412个氨基酸;序列中无缺失和插入,仅有1处未引起其编码氨基酸变异的无义突变。其余8株菌CylA基因及推导的氨基酸变异程度均不大。4株鹅源菌CylA基因推导的氨基酸同源性为100%;与国外人源菌和国内猪源菌CylA基因推导的氨基酸遗传距离也较近,同源性为98.6%~100%。结论粪肠球菌CylA基因高度保守,有可能成为检测诊断和免疫预防的靶基因。 展开更多
关键词 粪肠球菌 溶血素激活因子 克隆 同源性比对 系统进化发育
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一株致妊娠期母貉流产奇异变形杆菌分离鉴定及特征分析 被引量:10
12
作者 张召兴 高桂生 史秋梅 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2022年第5期107-113,共7页
为明确引起妊娠期母貉流产的病原菌,本试验采集妊娠期母貉流产阴道分泌物、胎儿等病料组织,采用PCR/RT-PCR检测其阿留申病毒、伪狂犬病病毒、犬瘟热病毒等病原,采用细菌分离培养、生化试验、16S rRNA基因测序和序列同源性分析方法对致... 为明确引起妊娠期母貉流产的病原菌,本试验采集妊娠期母貉流产阴道分泌物、胎儿等病料组织,采用PCR/RT-PCR检测其阿留申病毒、伪狂犬病病毒、犬瘟热病毒等病原,采用细菌分离培养、生化试验、16S rRNA基因测序和序列同源性分析方法对致母貉流产病原分离鉴定,采用人工感染试验、K-B药敏纸片法检测其的致病性及耐药性。结果显示,阿留申病毒、伪狂犬病病毒、犬瘟热病毒检测为阴性;从同一只流产母貉(阴道分泌物、胎儿)分离得到1株病原菌(H1株),该菌的16S rRNA序列测序结果与GenBank中公布的12株奇异变形杆菌(PM)同源性为96.5%~100.0%,H1株与5株PM参考株位于一个分支,亲缘关系较近,H1株被鉴定为PM;H1株的对小白鼠的半数致死量(LD_(50))为3.16×10^(6)CFU/mL;H1株携带9种毒力基因hpmA、rsbA、atfA、ucaA、ureC、zapA、pmf、fliL、mrpA;H1株对头孢噻呋、恩诺沙星、林可霉素等7种药物高敏,对其他药物具有不同程度耐药性。本研究首次从妊娠期母貉流产病例中分离到致病性PM,在养殖过程应该对该病进行有效的防控。 展开更多
关键词 母貉 流产 奇异变形杆菌 系统进化发育 LD50 耐药性
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我国部分地区NDV的分子流行病学研究 被引量:101
13
作者 曹殿军 郭鑫 +4 位作者 梁荣 闫丽辉 刘培欣 闵平 陈杰 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第1期29-32,共4页
本研究根据新城疫病毒 (NDV)F基因编码区 1_374位核苷酸序列计算其遗传距离并绘制了NDV的系统发育进化树 ,将 6 8株NDV分为 9个基因型 (30株为国内分离株 ) ,其中Ⅰ~Ⅵ是早已存在的老基因型 ,Ⅶ、Ⅷ、Ⅸ为新发现的基因型 ,特别是Ⅸ为... 本研究根据新城疫病毒 (NDV)F基因编码区 1_374位核苷酸序列计算其遗传距离并绘制了NDV的系统发育进化树 ,将 6 8株NDV分为 9个基因型 (30株为国内分离株 ) ,其中Ⅰ~Ⅵ是早已存在的老基因型 ,Ⅶ、Ⅷ、Ⅸ为新发现的基因型 ,特别是Ⅸ为我国特有的基因型 (F48E9、M3、HLJ_3、HeB_1P和NM_5 )。 1997~ 1999年在我国云南、广西、甘肃、陕西、新疆等地分离的YN_1P、GX_3、H1、H2、P1、GX_1、GX_2、GS_2、GS_3、SHX_2、SHX_3、SHX_6、SHX_7、XJ_2和 1991年分离的HuB_1均属于Ⅶ基因型 ,该基因型的病毒是 90年代以来引起新城疫发生的主要病原。根据遗传距离和分离年代可将此基因型进一步划分为 5个基因亚型 ,分别是Ⅶa、Ⅶb、Ⅶc、Ⅶd和Ⅶe。此外HuN_1/ 98、HLJ_4/ 95和HeH_1P属一个老的基因Ⅵ ,1979~ 1985年分离自青海的QH_1、QH_2、QH_4属于一个新的基因型—Ⅷ型。可见在我国新城疫的流行是极其复杂的 ,既有老基因型的危险 (Ⅰ~Ⅵ ) ,又有新基因型 (Ⅶ )的流行 ,更有我国独特Ⅷ和Ⅸ基因型潜伏。 展开更多
关键词 新城疫病毒 F基因 系统发育进化 分子流行病学 中国
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产耐热纤维素酶菌株的分子鉴定及产酶条件优化 被引量:11
14
作者 陈红漫 孙玉辉 +3 位作者 阚国仕 任大明 杨佳颖 蔡金涛 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2011年第7期28-33,共6页
从温泉热源地区采集的水样中筛选出1株60℃生长的纤维素酶产生菌NR615。通过ITS序列及系统发育进化树的分析表明该菌株为烟曲霉(Aspergillus fumigatus)。该菌株在28~60℃生长较好。对菌体及产酶条件进行优化得出:初始pH6.5,碳、氮源... 从温泉热源地区采集的水样中筛选出1株60℃生长的纤维素酶产生菌NR615。通过ITS序列及系统发育进化树的分析表明该菌株为烟曲霉(Aspergillus fumigatus)。该菌株在28~60℃生长较好。对菌体及产酶条件进行优化得出:初始pH6.5,碳、氮源分别为结晶纤维素、牛肉膏时有利于产酶。其产生的纤维素酶的最适反应温度65℃,最适pH5.0,且在50~70℃有一定稳定的活性。经过响应面分析优化培养基,发酵5 d时活力达到2.411 3 IU/mL。这些特征表明,该菌株是1株性能良好的耐热纤维素酶生产菌株。 展开更多
关键词 烟曲霉 系统发育进化 ITS序列分析 响应面分析
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10株桑黄菌基于rDNA ITS序列的分子鉴定 被引量:12
15
作者 高凯 杜明 +2 位作者 吕英华 李玉平 宋新华 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期584-589,共6页
建立桑黄菌的分类学基本框架,可为桑黄菌的开发利用奠定基础。利用rDNAITS序列分析技术,在分子水平上对采自秦巴山区的9株野生桑黄菌和1株实用桑黄菌进行分类鉴定。以真菌rDNAITS序列分析中的通用引物ITS1和ITS4,分别对10个菌株的基因组... 建立桑黄菌的分类学基本框架,可为桑黄菌的开发利用奠定基础。利用rDNAITS序列分析技术,在分子水平上对采自秦巴山区的9株野生桑黄菌和1株实用桑黄菌进行分类鉴定。以真菌rDNAITS序列分析中的通用引物ITS1和ITS4,分别对10个菌株的基因组DNA模板PCR扩增出目的片段,将扩增产物割胶纯化、克隆并测序,获得10个菌株的rDNAITS序列,并结合GenBank中已登录桑黄菌的rDNAITS同源序列,应用MEGA4.1软件和Neighbor-Joining法,分别计算遗传距离及构建系统发育进化树分析亲缘关系。结果表明10株桑黄菌均为针层孔菌属(Phellinus),其中:S1、S4、S6、Rh、Sc菌株初步鉴定为鲍氏针层孔菌(Phellinus baumii);S2、S3、S5、S7、Gy菌株初步鉴定为裂蹄木层孔菌(Phellinus linteus)。 展开更多
关键词 桑黄菌 RDNA ITS序列 遗传距离 系统发育进化 鲍氏针层孔菌 裂蹄木层孔菌
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卵形鲳鲹线粒体COI基因全长序列的克隆与分析 被引量:6
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作者 韦嫔媛 彭金霞 +4 位作者 房振峰 彭敏 蒋伟明 杨春玲 李咏梅 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2011年第4期1552-1557,共6页
根据近源物种线粒体序列的同源比对,在COI基因上下游保守区域设计一对通用引物COF/COR。以卵形鲳鲹肌肉总DNA为模板,PCR扩增获得特异的DNA片段,经克隆、测序和比对证实该片段包含了卵形鲳鲹线粒体COI基因完整编码区1551bp。对5个个体分... 根据近源物种线粒体序列的同源比对,在COI基因上下游保守区域设计一对通用引物COF/COR。以卵形鲳鲹肌肉总DNA为模板,PCR扩增获得特异的DNA片段,经克隆、测序和比对证实该片段包含了卵形鲳鲹线粒体COI基因完整编码区1551bp。对5个个体分别测序后比对,发现卵形鲳鲹COI基因DNA序列在钦州湾种群个体间至少存在7个变异位点,使5个个体分别具有5种不同的单倍型。将卵形鲳鲹种内不同个体及鲹科其他物种的CO I核酸序列进行比较分析,根据比对结果构建鲳鲹科各物种的系统进化树,支持鲹科下设四个亚科(鲹亚科,鰤亚科,鲳鲹亚科,鰆鲹亚科)的分类系统。通过COI基因遗传距离计算发现,卵形鲳鲹种内不同地理种群个体间遗传距离为0.001~0.005,显著低于Hebert等所推荐的物种鉴定最小种间遗传距离2%,而鲹科不同物种间遗传距离大于0.044,与形态学分类一致,说明COI作为卵形鲳鲹DNA条形码应用是可行的。 展开更多
关键词 卵形鲳鲹 线粒体 COI基因 系统发育进化 DNA条形码
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奶牛附红细胞体的分类鉴定及诊断方法的建立 被引量:6
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作者 陈明 黄维义 +5 位作者 张为宇 韦家周 石云良 周春明 张诗新 张宇 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2006年第1期3-7,共5页
为了从分子水平上确定奶牛附红细胞体(E.wenyoni)的分类学地位及建立奶牛附红细胞体感染诊断方法。本研究通过利用原核生物16S rRNA基因通用引物,对分离得到的奶牛附红细胞体(广西株,E.wenyoni-GX)进行16S rRNA基因的克隆及测序,并建立... 为了从分子水平上确定奶牛附红细胞体(E.wenyoni)的分类学地位及建立奶牛附红细胞体感染诊断方法。本研究通过利用原核生物16S rRNA基因通用引物,对分离得到的奶牛附红细胞体(广西株,E.wenyoni-GX)进行16S rRNA基因的克隆及测序,并建立系统发育进化树;同时根据测序结果设计诊断引物,建立奶牛附红细胞体感染的PCR诊断方法。结果扩增出长约1.5kbp的奶牛附红细胞体的16S rRNA基因片段;特异性试验和敏感性试验表明,所建立的PCR方法与常见支原体、细菌及原虫无交叉反应,能检测奶牛附红细胞体最低DNA量为0.145fg。通过试验结果分析,建议将奶牛附红细胞体这类血营养菌划归入支原体科、支原体属;同时,所建立的PCR诊断方法是特异、敏感、快速的,可应用于临床检测。 展开更多
关键词 附红细胞体 16S RRNA基因 PCR 克隆 系统发育进化
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玉米泛素结合酶基因家族的生物信息学及表达分析 被引量:5
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作者 陈曙 赵秋芳 +1 位作者 陈宏良 贾利强 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第8期1476-1483,共8页
【目的】利用生物信息学分析玉米泛素结合酶(E2)基因家族的理化性质和功能,并研究低磷处理下泛素E2基因在玉米幼苗不同组织部位的表达情况,为深入研究泛素E2基因响应低磷胁迫的分子机制提供理论参考。【方法】以MEGA 6.0邻接法(NJ)构建... 【目的】利用生物信息学分析玉米泛素结合酶(E2)基因家族的理化性质和功能,并研究低磷处理下泛素E2基因在玉米幼苗不同组织部位的表达情况,为深入研究泛素E2基因响应低磷胁迫的分子机制提供理论参考。【方法】以MEGA 6.0邻接法(NJ)构建拟南芥、水稻和玉米E2基因家族成员的系统发育进化树,利用生物信息学方法对75个玉米E2基因进行序列分析及理化性质预测。对玉米幼苗进行低磷处理,分别在0、1、6和24 h时采集其根部和叶片样品,并分别通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测其E2亚家族XVIII成员基因即ZmUBC17、ZmUBC18、ZmUBC48、ZmUBC57和ZmUBC58在玉米幼苗不同组织中的表达情况。【结果】拟南芥、水稻和玉米的E2基因可划分为18个亚家族,各亚家族间基因功能和进化关系较相近,但含有的E2基因数量差异明显,以亚家族VI的成员最多,亚家族X、XII和XV的成员数最少,均为3个,各亚家族中均分别含拟南芥、水稻和玉米E2基因各1个。玉米E2基因的编码区序列(CDS)长度为402~2616 bp,编码133~871个氨基酸,外显子数目数量存在明显差异,以4~6个居多,最少为1个,最多为12个。86.8%的玉米E2蛋白为不稳定蛋白。玉米E2亚家族XVIII成员中,ZmUBC18、ZmUBC48、ZmUBC57和ZmUBC58蛋白UBC结构域序列具有高度相似性,但与ZmUBC17存在明显差异,且这4个基因在玉米根和叶中均有表达,基因表达模式相似,整体上在低磷处理6 h时的表达量最高;低磷处理下ZmUBC17基因在根中不同时间点的表达量变幅较小,但在叶0~24 h时的表达量呈逐渐升高的变化趋势,尤其是24 h时表达量达最高,表明ZmUBC17基因的响应部位是叶片。【结论】玉米泛素E2蛋白可能参与调控对磷元素的吸收,尤其是ZmUBC17基因具有组织表达特异性,在叶片中大量表达,推测ZmUBC17基因通过调控玉米对磷元素吸收和转运间接影响光合作用效率。 展开更多
关键词 玉米 泛素结合酶(E2) 生物信息学 系统发育进化 基因表达
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我国部分地区NDV的分子流行病学研究 被引量:2
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作者 曹殿军 郭鑫 +4 位作者 梁荣 闫丽辉 刘培欣 闵平 陈杰 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 2000年第S1期184-,共1页
新城疫(Newcastle disease,ND)是由新城疫病毒(NDV)引起的禽类的一种以呼吸道、消化道粘膜出血为典型症状的急性传染病,其病原——NDV是副粘病毒科、副粘病毒亚科、腮腺炎病毒属的成员,为有囊膜的负链... 新城疫(Newcastle disease,ND)是由新城疫病毒(NDV)引起的禽类的一种以呼吸道、消化道粘膜出血为典型症状的急性传染病,其病原——NDV是副粘病毒科、副粘病毒亚科、腮腺炎病毒属的成员,为有囊膜的负链RNA病毒。NDV基因组为单股不分节RNA,编码六种病毒结构蛋白,其中融合蛋白(F)和血凝素-神经氨酸酶蛋白(HN)构成囊膜外表面的纤突,是NDV的功能性糖蛋白,在致病和免疫应答过程中起重要作用[1]。由于NDV只有一种血清型,对NDV不同毒株的差异性分析只能采用毒力、蚀斑形成能力测定等功能性试验来进行,但分型要么太细,无规律可循;要么过于粗放,无流行病学意义,使得NDV流行病学研究一直难以突破。 近年来,随着分子生物学技术的广泛应用,使得人们在分子水平上对病毒遗传变异机制的研究取得了长足进展,发现病毒的遗传变异与疾病的流行有着密不可分的联系,并形成了病毒分子流行病学这样一门崭新学科,也为ND的流行病学研究提供了一种先进技术。已有研究表明,NDVF基因的遗传变异与NDV的变异和流行密切相关,是NDV分子流行病学研究的首选基因。 展开更多
关键词 新城疫病毒 F基因 系统发育进化 分子流行病学
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河南省传染性法氏囊病病毒分子流行病学调查 被引量:2
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作者 李银聚 吴庭才 +4 位作者 张春杰 程相朝 余祖华 王栓伟 陈溥言 《中国家禽》 北大核心 2007年第8期17-20,共4页
应用RT-PCR技术对河南省17个地区具有代表性的39株IBDV的VP2基因进行了克隆和序列分析。结果发现,有30株地方流行株属于IBDV超强毒株,但各毒株间有一定的差异;有9个分离株,既不符合超强毒的特征,也不完全符合弱毒株的特征,属于基因已经... 应用RT-PCR技术对河南省17个地区具有代表性的39株IBDV的VP2基因进行了克隆和序列分析。结果发现,有30株地方流行株属于IBDV超强毒株,但各毒株间有一定的差异;有9个分离株,既不符合超强毒的特征,也不完全符合弱毒株的特征,属于基因已经发生变异的弱毒株。调查中没有发现变异株的存在。同一鸡群再次发病可能是由同一毒株引起,但基因已经发生了一定的变化。在系统发育进化树上,IBDV毒株呈分散分布,但也呈现部分的地区特点。 展开更多
关键词 传染性法氏囊病 分子流行病学 系统发育进化 河南省
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