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广东省二化螟越冬地理种群发生水平、遗传多样性及系统发育分析
1
作者 袁龙宇 吴阳刚 +4 位作者 钟文东 李燕芳 戴阳朔 张振飞 肖汉祥 《昆虫学报》 北大核心 2025年第5期667-678,共12页
【目的】对广东省二化螟Chilo suppressalis越冬地理种群基数监测、遗传多样性和系统发育进行调查和分析,为制定该虫有效的联防联控策略提供理论基础和参考。【方法】2017-2022年采取五点取样法对广东省各地区稻田进行二化螟采样,根据... 【目的】对广东省二化螟Chilo suppressalis越冬地理种群基数监测、遗传多样性和系统发育进行调查和分析,为制定该虫有效的联防联控策略提供理论基础和参考。【方法】2017-2022年采取五点取样法对广东省各地区稻田进行二化螟采样,根据越冬代平均数量进行分级确定二化螟发生水平。利用PCR扩增广东省二化螟9个越冬地理种群线粒体基因COI和COII,利用MEGA 7和DNA Sequence Polymorphism 5.10.01软件分析二化螟越冬地理种群遗传多样性和遗传分化趋势,并构建系统发育树和单倍型网络图。【结果】2017-2022年广东省二化螟越冬地理种群基数很高,自2018年开始二化螟种群越冬虫量基本维持在7 500头/hm2,最严重地区可达18 408头/hm2。广东省二化螟9个越冬地理种群总计检测了132条COI和COII序列,COI片段长749 bp,有30个单倍型,54个位点存在多态性;COII片段长474 bp,有22个单倍型,29个多态位点。基于COI和COII序列的系统发育树显示,广东与江西二化螟地理种群聚合为一支;粤北南雄二化螟地理种群较其他地理种群相对独立,其他地理种群聚合为一支。珠三角地区、粤北地区、粤西地区、粤东地区和赣北地区二化螟地理种群单倍型多样性(Hd=0.800~0.909)和核苷酸多样性(Pi=0.0035~0.0102)都处于较高水平,粤西地区地理种群的遗传多样性最低。中性检验结果显示,基于COI序列,总种群Tajima’s D值为-1.043,Fu’Fs值为-5.023;基于COII序列,总种群Tajima’s D值为-1.907,Fu’Fs值为-10.468;COI+COII联合基因序列总种群Tajima’s D值为-1.313,Fu’Fs值为-31.67。基于COI和COII序列的总种群遗传分化指数Fst值分别为0.144和0.102,基因流Nm值分别为1.49和2.20;COI+COII联合基因序列的总种群遗传分化指数Fst值为0.229,基因流Nm值为0.84。【结论】广东省近年来二化螟越冬地理种群呈偏重甚至大发生趋势,且种群具有较高的单倍型多态性和遗传多样性;粤东越冬地理种群多态性较为丰富,粤西越冬地理种群多态性最低。本研究中广东省二化螟越冬种群间存在一定程度的遗传分化,有些地理种群已产生相对较大的分化,如南雄地理种群。广东省和江西省二化螟越冬地理种群具有较近的亲缘关系,除粤西地区外其他不同地理种群之间的遗传分化距离不明显,地理种群之间的遗传分化与分布之间相关性较小,种群间具有频繁的基因交流,种群未经历明显的扩张但处于稳定增长的趋势。 展开更多
关键词 二化螟 线粒体基因 COI COII COI+COII 遗传多样性 系统发育
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辽宁中西部地区小豆根瘤菌遗传多样性及系统发育分析的研究
2
作者 黄宇宁 薛仁风 +3 位作者 陈剑 赵阳 葛维德 丰明 《农业科技通讯》 2025年第7期96-102,共7页
为阐明辽宁地区小豆根瘤菌的遗传多样性及系统发育地位,本研究对分离自辽宁省沈阳、锦州、阜新和朝阳4个地区小豆根瘤的64株菌进行系统分析。采用IGS-PCR RFLP分析、16S rRNA基因序列测定及系统发育分析、持家基因(atpD、recA和glnII)... 为阐明辽宁地区小豆根瘤菌的遗传多样性及系统发育地位,本研究对分离自辽宁省沈阳、锦州、阜新和朝阳4个地区小豆根瘤的64株菌进行系统分析。采用IGS-PCR RFLP分析、16S rRNA基因序列测定及系统发育分析、持家基因(atpD、recA和glnII)和结瘤基因(nodC)的系统发育分析等对分离的根瘤菌进行分类鉴定。结果表明,所有根瘤菌菌株被划分为5种IGS酶切类型,表现出比较丰富的遗传多样性。16S rRNA基因序列分析将选取的15个代表菌株鉴定为根瘤菌属和慢生根瘤菌。持家基因的多位点序列分析又进一步鉴定为3个种群,分别是Rhizobium fabae、Bradyrhizobium yuanmingense和Bradyrhizobium liaoningense,其中Bradyrhizobium liaoningense是主导类群。结瘤基因(nodC)系统发育分析明确了小豆属于互接种族,其根瘤菌能与Phaseolus、Vicia及Glycine等属的植物共生结瘤,这表明小豆根瘤菌的结瘤基因具有较好的多样性。本研究不仅明确了辽宁地区小豆根瘤菌遗传多样性和系统发育关系,还筛选出适宜当地的优势种群,为开发适合东北地区小豆生产的专用型高效微生物菌肥奠定了理论基础。 展开更多
关键词 小豆 根瘤菌 遗传多样性 系统发育 辽宁中部
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焉耆霍拉山植物群落物种多样性与系统发育多样性沿海拔梯度分布格局研究
3
作者 王恩召 张云玲 +4 位作者 钱慧玲 孙庆振 樊晓玲 刘彬 田中平 《草地学报》 北大核心 2025年第5期1612-1621,共10页
为揭示干旱荒漠地区植物群落物种多样性与系统发育多样性的海拔分布特征及其维持机制。本研究以霍拉山荒漠灌丛群落为对象,分析植物群落物种多样性与系统发育多样性沿海拔梯度分布特征及其驱动因子。结果表明:随海拔升高,Margalef指数、... 为揭示干旱荒漠地区植物群落物种多样性与系统发育多样性的海拔分布特征及其维持机制。本研究以霍拉山荒漠灌丛群落为对象,分析植物群落物种多样性与系统发育多样性沿海拔梯度分布特征及其驱动因子。结果表明:随海拔升高,Margalef指数、Simpson指数、Shannon-Wiener指数和系统发育多样性指数均呈单峰变化趋势,群落系统发育结构由发散转变为聚集状态。系统发育多样性指数与Margalef指数、Simpson指数、Shannon-Wiener指数呈极显著正相关;净谱系亲缘关系指数与Margalef指数呈显著负相关,与Simpson指数、Pielou指数呈显著正相关;净最近种间亲缘关系指数与Margalef指数呈极显著负相关,与Pielou指数呈显著正相关。土壤含水率、全盐、全氮、速效磷含量是物种多样性和系统发育多样性随海拔梯度变化的重要驱动因子。霍拉山荒漠灌丛群落物种多样性与系统发育多样性紧密相关,土壤因子是影响其沿海拔梯度变化的重要因素。 展开更多
关键词 荒漠灌丛 物种多样性 系统发育多样性 系统发育结构 土壤环境因子
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库车北山植物群落物种系统发育多样性及功能多样性沿海拔梯度的分布格局
4
作者 樊晓玲 刘彬 +3 位作者 孙庆振 王恩召 钱慧玲 张云玲 《生态学报》 北大核心 2025年第18期8862-8875,共14页
基于功能多样性和系统发育多样性相结合对群落构建的研究可以揭示植物群落物种生态选择策略、空间分布格局以及多样性维持机制,山区植物群落构建机制的研究有助于山区植物资源及生态环境的保护。以往的研究大多集中于物种多样性和系统... 基于功能多样性和系统发育多样性相结合对群落构建的研究可以揭示植物群落物种生态选择策略、空间分布格局以及多样性维持机制,山区植物群落构建机制的研究有助于山区植物资源及生态环境的保护。以往的研究大多集中于物种多样性和系统发育多样性相结合揭示群落构建机制,而基于功能多样性和系统发育多样性揭示群落构建较少。本研究以库车北山不同海拔植物群落为研究对象,基于功能多样性和系统发育多样性相结合的方法,分析不同海拔梯度植物群落物种系统发育多样性和功能多样性的变化规律,筛选影响系统发育多样性和功能多样性的环境因子,进而揭示库车北山植物群落物种多样性维持机制及其驱动因素。研究结果表明:(1)群落物种功能丰富度指数(FRic)、功能均匀度指数(FEve)均随海拔升高呈“单峰”变化趋势,最高值均出现在海拔2300 m处;功能离散度指数(FDis)随海拔升高呈先下降后上升的“单峰”变化趋势,最高值出现在海拔3100 m处;Rao二次熵指数(Rao′Q)随海拔升高呈单调递减的趋势;系统发育多样性指数(PD)呈先上升后下降的“单峰”变化趋势,系统发育结构逐渐由分散状态转变为聚集状态。总体而言,竞争排斥是低海拔群落构建的主要驱动力,而生境过滤是高海拔群落构建的主要驱动力。(2)研究区样地植物群落物种功能性状指标的系统发育信号K值中,除植物高度外,其他性状的K值均小于1,说明植物群落物种功能性状受环境异质性的影响更多,受进化历史的影响较小。(3)环境因子与植物多样性指数间的冗余分析结果显示,海拔是库车北山植物群落物种分布的主要影响因子,其次为年平均温度、土壤速效钾、土壤铵态氮以及土壤含水量;逐步回归进一步分析表明,年平均温度对PD指数和NRI有显著影响,NTI主要受到海拔和硝态氮的共同影响,而功能性状多样性指数受到海拔、土壤氮和磷以及土壤含水量等的影响。 展开更多
关键词 库车北山 功能多样性 系统发育多样性 环境因子 海拔
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藏东北高寒草甸系统发育及物种多样性特征
5
作者 毛富仁 杜岩功 《安徽农业科学》 2025年第17期55-57,61,共4页
[目的]研究藏东北高寒草甸系统发育及物种多样性特征。[方法]以高寒草甸为研究对象,采用样方法,分析高寒草甸生态系统2021—2023年物种丰富度、物种多样性、地上生物量的变化特征。[结果]2021、2022、2023年高寒草甸物种丰富度指数分别... [目的]研究藏东北高寒草甸系统发育及物种多样性特征。[方法]以高寒草甸为研究对象,采用样方法,分析高寒草甸生态系统2021—2023年物种丰富度、物种多样性、地上生物量的变化特征。[结果]2021、2022、2023年高寒草甸物种丰富度指数分别为24、26、30,Shannon-Wiener指数分别为2.63、2.48、2.63,系统发育多样性指数分别为7.69、8.69、9.48,年际波动较小且均未达到显著差异。地上生物量平均值为426.44 g/m^(2),2021年最高,约为482.19 g/m^(2)(P>0.05)。混合效应模型分析显示,物种丰富度指数对地上生物量具有显著正向影响,而系统发育多样性指数呈显著负相关,Shannon-Wiener指数无显著影响,样方间存在较强的异质性,模型解释了53.8%的变异,其中固定效应贡献23.1%。[结论]物种丰富度的增加有助于地上生物量的提升,而系统发育多样性增加可能加剧物种间竞争,抑制地上生物量增加。 展开更多
关键词 高寒草甸 系统发育多样性 物种多样性 丰富度 生物量
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基于线粒体ATP6基因和D-loop区序列的密点麻蜥遗传多样性及系统发育分析
6
作者 蔡磊 陈玟含 +3 位作者 许猷皇 张俊哲 马钰 李铀 《安徽农学通报》 2025年第5期47-52,共6页
为探讨西北部分地区密点麻蜥的遗传多样性和系统发育关系,以甘肃、宁夏和内蒙古的8个采样区域的密点麻蜥线粒体ATP6基因和线粒体控制区(D-loop)序列为分子标记进行PCR扩增并送样测序,利用MEGA-X和DnaSP 6.1.2软件分析不同种群密点麻蜥A... 为探讨西北部分地区密点麻蜥的遗传多样性和系统发育关系,以甘肃、宁夏和内蒙古的8个采样区域的密点麻蜥线粒体ATP6基因和线粒体控制区(D-loop)序列为分子标记进行PCR扩增并送样测序,利用MEGA-X和DnaSP 6.1.2软件分析不同种群密点麻蜥ATP6基因和D-loop区序列以及遗传多样性,以最大邻接法(NJ)和最大似然法(ML)分别构建NJ树和ML树,探讨不同密点麻蜥种群之间的系统发育关系。结果表明,PCR扩增ATP6基因和D-loop目的条带大小分别在400~600 bp和650~800 bp,条带清晰符合预期;序列分析表明,ATP6基因序列的A+T=55.6%,C+G=44.4%,D-loop区序列的A+T=61.7%,C+G=38.3%,碱基组成具有偏倚性。遗传多样性结果表明,宁夏陶乐地区密点麻蜥的ATP6基因单倍型数量(h)为8个,单倍型多样性(Hd)为0.933,核苷酸多样性(π)为0.013 78;D-loop在该地区h为6个,Hd为0.844,π为0.007 77,该区密点麻蜥种群的遗传变异程度较高。系统发育分析表明,在甘肃、宁夏和内蒙古的8个采样区域的密点麻蜥种群中均存在一定程度的基因交流。研究结果为密点麻蜥种质资源的保护和开发提供参考。 展开更多
关键词 密点麻蜥 线粒体DNA 系统发育分析 遗传多样性
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2019—2023年我国PRRSV系统发育、基因重组和多样性分析 被引量：1
7
作者 李晓冰 李鸿喜 +5 位作者 方来杉 张连妹 林秀娇 唐歆 曹翀 陈洪博 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2024年第12期30-40,共11页
为了解我国猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的流行、核苷酸多样性和病毒重组情况,本试验对2019—2023年我国分离获得的154条PRRSV全基因组序列进行遗传进化、核苷酸多样性和基因重组分析。遗传进化分析结果显示,2019—2023年我国PRRSV流... 为了解我国猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的流行、核苷酸多样性和病毒重组情况,本试验对2019—2023年我国分离获得的154条PRRSV全基因组序列进行遗传进化、核苷酸多样性和基因重组分析。遗传进化分析结果显示,2019—2023年我国PRRSV流行毒株主要是基因Ⅱ型的4个谱系,分别是谱系1(Lineage 1)、谱系3(Lineage 3)、谱系5.1(Lineage 5.1)和谱系(Lineage 8.7),也有基因I型流行毒株出现。PRRSV全基因组核苷酸多样性分析结果显示,相对其他基因,ORF1a基因存在较高遗传多样性。基因重组分析结果显示,PRRSV基因Ⅱ型的4个谱系均发生重组;我国PRRSV流行毒株重组热点基因为ORF1a和ORF1b基因,其中重组主要和次要亲本都以Lineage 1和Lineage 8.7为主。进一步分析基因Ⅱ型的不同谱系之间的重组情况,结果显示,谱系间重组频率高于谱系内重组频率,谱系内重组模式以Lineage 1为主。本试验结果提示,2019—2023年我国流行PRRSV毒株具有多样性,且基因Ⅱ型不同谱系间频发重组,表明临床上PRRSV流行情况越来越复杂,应加以重视。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒(PPRSV) 系统发育 遗传多样性 基因重组
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长白山阔叶红松林系统发育和功能性状beta多样性 被引量：12
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作者 王均伟 侯嫚嫚 +3 位作者 黄利亚 张君 周海城 程艳霞 《北京林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第10期21-27,共7页
Beta多样性是生物多样性的重要组成部分,对于研究生物多样性的形成机制具有重要意义。基于物种进化历史和功能性状的系统发育和功能性状beta多样性的研究,能够从不同的角度反映群落格局形成的生态学过程。本文以长白山阔叶红松林40 hm2... Beta多样性是生物多样性的重要组成部分,对于研究生物多样性的形成机制具有重要意义。基于物种进化历史和功能性状的系统发育和功能性状beta多样性的研究,能够从不同的角度反映群落格局形成的生态学过程。本文以长白山阔叶红松林40 hm2样地中45种木本植物（DBH≥1 cm）为研究对象,采集了最大树高、叶面积、比叶面积和叶氮含量4种功能性状,采用Srensen指数衡量功能性状与系统发育beta多样性在不同空间尺度（半径为10、20、25、50和75 m）的变化趋势,并通过比较系统发育和功能性状beta多样性格局与零模型的差异,进而推断潜在的生态过程。研究表明：1）长白山阔叶红松林系统发育和功能性状beta多样性均表现出距离衰减效应,并且随取样尺度的增大,系统发育和功能性状beta多样性逐渐降低。2）功能性状和系统发育beta多样性格局均具有非随机的变化趋势。随着取样尺度的增大,系统发育beta多样性呈现出先低于随机状态（10~20 m）,随后趋于随机（25~50 m）,最后又低于随机状态（75 m）的格局。而功能性状beta多样性格局则由随机状态（10~50 m）逐渐变为低于随机状态（75 m）。表明在中小尺度上（10~50 m）,中性过程占主导作用,但不能排除生态位过程的影响;而随着尺度的增大,生境过滤在维持长白山阔叶红松林群落构建中起主导作用。3）功能性状与系统发育beta多样性格局变化趋势不一致,推测主要是由于功能性状系统发育信号较弱所导致。 展开更多
关键词 系统发育beta多样性 功能性状beta多样性 空间尺度 零模型 生态过程
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利用mtDNA COI、Cytb和D-loop条形码探讨地方牛的遗传多样性和系统发育关系 被引量：2
9
作者 张晓婷 彭珍珍 +3 位作者 郭玛丽 袁朝海 蔡亚非 张威 《家畜生态学报》 北大核心 2024年第8期8-15,共8页
试验在不同地区采集皖南牛、雷琼牛、那曲牦牛和海子水牛血液和毛发样本,获得基因组DNA后,通过常规PCR技术扩增mtDNA COI、Cytb和D-loop基因,借助Sanger测序获得条形码序列,对地方牛品种的遗传多样性进行探究。结果表明:4种牛的线粒体... 试验在不同地区采集皖南牛、雷琼牛、那曲牦牛和海子水牛血液和毛发样本,获得基因组DNA后,通过常规PCR技术扩增mtDNA COI、Cytb和D-loop基因,借助Sanger测序获得条形码序列,对地方牛品种的遗传多样性进行探究。结果表明:4种牛的线粒体基因中,A/T含量均显著高于G/C含量,具有明显的反G偏倚,且都表现出较高的遗传多样性,其中那曲牦牛表现尤为突出。COI和Cytb蛋白密码子的使用也表现出了一定的偏好性。基于Cytb基因构建的NJ系统发育树表现最优,能够将4种牛更好的聚类,更适合本文系统发育关系的探究。 展开更多
关键词 地方牛 DNA条形码 遗传多样性 系统发育
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载畜率对荒漠草原植物群落系统发育多样性的影响 被引量：2
10
作者 张晓嘉 朱毅 +3 位作者 武倩 鞠馨 沈婷婷 韩国栋 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期3289-3296,共8页
研究不同载畜率下荒漠草原群落物种多样性与系统发育多样性有助于揭示植物多样性的形成和维持机制。本研究以乌兰察布荒漠草原为对象,探究不同载畜率对草地群落物种多样性和系统发育多样性的影响,同时还探究了环境因子对物种多样性和系... 研究不同载畜率下荒漠草原群落物种多样性与系统发育多样性有助于揭示植物多样性的形成和维持机制。本研究以乌兰察布荒漠草原为对象,探究不同载畜率对草地群落物种多样性和系统发育多样性的影响,同时还探究了环境因子对物种多样性和系统发育的影响。研究结果显示放牧降低了植物群落的物种多样性和系统发育多样性,系统发育结构呈现聚集状态。Shannon-Wiener指数、Simpson指数、物种丰富度指数及Pielou指数均与系统发育多样性指数呈显著正相关,表明物种多样性越高,系统发育多样性也越高。土壤含水量和土壤有机碳含量是影响系统发育多样性指数的主要因素,土壤有机碳含量是影响系统发育结构的主要因素,铵态氮含量是影响Shannon-Wiener指数、Simpson指数、Pielou指数的主要因素。 展开更多
关键词 荒漠草原 放牧 系统发育多样性 物种多样性
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节甲鱼类(有颌脊椎动物干群)系统发育多样性的衰落与泥盆纪重大环境-生物事件耦合
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作者 薛钦元 余逸伦 +2 位作者 潘照晖 朱幼安 朱敏 《古脊椎动物学报（中英文）》 CSCD 北大核心 2024年第1期1-12,共12页
节甲鱼类是盾皮鱼类(具颌的有颌类干群)中多样性最高的类群,以占据较高营养级而著称,特别是在它们演化历史的后期。尽管节甲鱼类的化石记录相对完整,但以往对节甲鱼类多样性的研究主要基于统计每个地质历史阶段的分类单元数量(原始多样... 节甲鱼类是盾皮鱼类(具颌的有颌类干群)中多样性最高的类群,以占据较高营养级而著称,特别是在它们演化历史的后期。尽管节甲鱼类的化石记录相对完整,但以往对节甲鱼类多样性的研究主要基于统计每个地质历史阶段的分类单元数量(原始多样性),其结果与泥盆纪重大环境-生物事件耦合程度较差。本文建立了一个新的包括219个属、450个种的详尽的节甲鱼类数据集,并根据之前许多系统发育研究结果,将其中大部分属种整合置入一个人工超树中,以进行系统发育多样性分析。分析结果表明,考虑幽灵支系的存在之后,节甲鱼类系统发育多样性的变化曲线与原始多样性曲线截然不同。节甲鱼类系统发育多样性呈现出典型的早期爆发的模式,在早泥盆世(洛赫考夫期-布拉格期界线)达到峰值,随后伴随一系列事件发生下降。在前4个事件的附近,节甲鱼类的系统发育多样性都只经历微弱的下降,总体维持在较高的水平;而在后3个事件,特别是弗拉期-法门期界线和泥盆纪-石炭纪界线两大事件发生时间附近发生急剧下降,并且直到该类群在泥盆纪末完全灭绝之前,都未出现恢复迹象。而节甲鱼类的原始多样性除了在弗拉期-法门期事件的时间出现下降,在所有其他事件中下降都不明显。 展开更多
关键词 泥盆纪 盾皮鱼类 节甲鱼类 分类多样性 系统发育多样性 生物事件
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延边州晒烟放线菌分离鉴定与系统发育多样性分析
12
作者 刘士瑶 赵春夺 +5 位作者 温喜峰 崔伟 张帅 刘璐 张振 李虎林 《现代农业科技》 2024年第9期178-182,共5页
为了获取不同环境和生态位对晒烟可培养放线菌的影响,从延边州龙井、图们和延吉3个不同地点的晒烟生长区取样,采用纯培养的方法,从烟草非根际土、根际土、根、茎、叶中分离晒烟放线菌。根据菌体形态和16S rDNA部分序列测定及GenBank-BL... 为了获取不同环境和生态位对晒烟可培养放线菌的影响,从延边州龙井、图们和延吉3个不同地点的晒烟生长区取样,采用纯培养的方法,从烟草非根际土、根际土、根、茎、叶中分离晒烟放线菌。根据菌体形态和16S rDNA部分序列测定及GenBank-BLAST同源性分析进行菌种鉴定,共得到链霉菌属和红球菌属放线菌11株,且延吉晒烟样品分离出的菌株数量多于龙井和图们。对烟草不同部位的放线菌进行对比分析发现,分离到的放线菌数量由多到少依次为根、茎、叶。该研究结果有利于进一步解决晒烟种植过程中的适应性和安全性问题,并为农业可持续发展奠定基础。 展开更多
关键词 放线菌 晒烟 分离 鉴定 系统发育多样性 吉林延边
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应用mtDNA Cytb基因全序列分析中国5个马鹿群体的遗传多样性和系统发育 被引量：18
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作者 张丽 滚双宝 +3 位作者 雷天云 刘丽霞 秦大伟 赵世峰 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2010年第4期12-16,共5页
为了在分子水平上探讨马鹿的遗传多样性和系统发育,对我国5个马鹿群体43头马鹿mtDNA Cytb基因全序列进行了分析。结果表明:5个马鹿群体mtDNA Cytb基因全序列中A、T、G、C含量没有明显差别;多态位点占分析位点的7.63%,天山马鹿和塔里木... 为了在分子水平上探讨马鹿的遗传多样性和系统发育,对我国5个马鹿群体43头马鹿mtDNA Cytb基因全序列进行了分析。结果表明:5个马鹿群体mtDNA Cytb基因全序列中A、T、G、C含量没有明显差别;多态位点占分析位点的7.63%,天山马鹿和塔里木马鹿的单倍型比例分别为100%,50%,单倍型多样度(Hd)分别为(1.000±0.218),(0.700±0.096),核苷酸多样度(Pi)分别为0.00333,0.00544,平均核苷酸差异数值(K)分别为3.800,6.200,其遗传多样性较丰富。对13个马鹿单倍型序列的系统发生分析表明,我国马鹿有2个母系起源。从GenBank获得33个马鹿Cytb基因全序列与本研究的马鹿Cytb基因的单倍型进行网络关系分析,发现塔里木马鹿与西方马鹿群体具有较近的亲缘关系。 展开更多
关键词 MTDNA CYTB 起源 遗传多样性 系统发育 马鹿
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不同窖龄窖泥细菌的系统发育多样性分析 被引量：29
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作者 王明跃 张文学 +1 位作者 王海英 刘超兰 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第11期177-181,共5页
提取20、50、150a窖龄窖泥样品总DNA,构建窖泥细菌16S rDNA文库,经过16S rDNA扩增片段的限制性酶切分析(ARDRA)、DNA序列测定和系统发育关系分析,对不同窖龄窖泥细菌群落组成与多样性进行研究。结果表明:398个细菌阳性克隆子分成37个可... 提取20、50、150a窖龄窖泥样品总DNA,构建窖泥细菌16S rDNA文库,经过16S rDNA扩增片段的限制性酶切分析(ARDRA)、DNA序列测定和系统发育关系分析,对不同窖龄窖泥细菌群落组成与多样性进行研究。结果表明:398个细菌阳性克隆子分成37个可操作分类单元(OTUs),系统发育分析归为6个门,优势顺序为:厚壁菌门(Firmicute)65.1%、拟杆菌门(Bacteroidetes)21.4%、绿弯菌门(Chloroflexi)4.8%、放线菌门(Actinobacteria)3.8%、未分类细菌(Unclassified Bacteria)3.9%和变形菌门(Proteobacteria)1.0%,窖泥中的大多数克隆子(73.9%)与未培养细菌亲缘关系近。20a窖泥优势菌是Syntrophomonas、Petrimonas、Proteiniphilum,50a和150a龄窖泥优势菌为Natronoanaerobium和Unclassified Clostrida。随着窖龄的增加,窖泥细菌多样性指数呈增加的趋势,从20～50a之间变化幅度较大,50a和150a窖泥的菌群结构最为相似。本研究初步揭示了不同窖龄窖泥细菌系统发育多样性与窖泥老熟老化的关系。 展开更多
关键词 窖泥 16S RDNA序列 克隆文库 系统发育 多样性
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宜宾浓香型白酒窖泥中细菌的系统发育多样性 被引量：18
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作者 王涛 田时平 +6 位作者 赵东 游玲 王松 冯瑞章 冯学愚 张云 崔晓龙 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2011年第10期11-18,共8页
采用纯培养和免培养(culture-independent)分析方法,对宜宾多家规模以上白酒企业成熟窖泥细菌多样性进行了研究。采用改良牛肉膏蛋白胨培养基(NA)和高氏I号分离培养基分离细菌(包括放线菌),并评价菌株的乙醇耐受能力和低pH耐受能力。构... 采用纯培养和免培养(culture-independent)分析方法,对宜宾多家规模以上白酒企业成熟窖泥细菌多样性进行了研究。采用改良牛肉膏蛋白胨培养基(NA)和高氏I号分离培养基分离细菌(包括放线菌),并评价菌株的乙醇耐受能力和低pH耐受能力。构建了窖泥样品总DNA的16S rRNA基因克隆文库。分别挑选不同培养特征的89株细菌纯培养物和427个基因克隆的16S rRNA基因序列,进行系统发育分析。89株纯培养物分属于13个属,以Streptomyces(39株)和Bacillus(27株)为优势属。纯培养菌株中,具备7%浓度乙醇耐受能力和低pH(4.5)耐受能力的分别有16株和10株。挑取的克隆子经测序、去除嵌合体后,得到了406个有效序列,并在97%的序列相似性水平上可将其分为75个OTU(Operational Taxonomic Unit),分属于Clostridia、Bacilli、Acti-nobacteria、γ-Proteobacteria、α-Proteobacteria、Deinococci、Planctomycea、Bacteroidia 8个纲。其中Clostridia为绝对优势菌群,包含50个OTU、227个克隆子;Bacilli包含11个OTU、128个克隆子,为次优势菌群。证明宜宾浓香型白酒窖泥中细菌群落存在丰富的系统发育多样性。 展开更多
关键词 浓香型白酒 窖泥 细菌 16S RRNA基因 系统发育多样性
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青藏高原地区不同环境条件下鳞翅目昆虫物种多样性与系统发育多样性的初步研究 被引量：9
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作者 金倩 阮倩倩 +3 位作者 陈芬 刘博 蔡卫佳 张爱兵 《环境昆虫学报》 CSCD 北大核心 2018年第1期102-110,共9页
本研究以青藏高原鳞翅目蛾类为例,探究不同环境梯度下蛾类群落物种多样性及系统发育多样性,并探讨物种多样性与系统发育多样性、不同的环境因子与蛾类系统发育多样性之间的关系。结果表明:(1)波密的物种多样性和系统发育多样性程度最高;... 本研究以青藏高原鳞翅目蛾类为例,探究不同环境梯度下蛾类群落物种多样性及系统发育多样性,并探讨物种多样性与系统发育多样性、不同的环境因子与蛾类系统发育多样性之间的关系。结果表明:(1)波密的物种多样性和系统发育多样性程度最高;(2)系统发育多样性与物种多样性指数之间存在正相关关系,相关性排序为:物种丰富度(R=0.9740,P=4.30E-05)>香农指数(R=0.8323,P=0.0103)>Invsimpson指数(R=0.8061,P=0.0156)>辛普森指数(R=0.6311,P=0.0933);(3)在21个环境因子中,有4个环境因子与系统发育多样性之间呈现显著相关,分别是最湿润季度的降水量、最热季度的降水量、最湿润月份的降水量和最湿润季度的平均气温,它们可能是影响青藏高原地区蛾类系统发育多样性的关键生态因子。 展开更多
关键词 DNA条形码 物种多样性 系统发育多样性 不同环境梯度
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基于amy基因的中国野桑蚕遗传多样性及其与家蚕的系统发育关系 被引量：7
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作者 杜周和 刘俊凤 +4 位作者 刘斌彬 董占鹏 余泉友 鲁成 陈义安 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第12期1338-1348,共11页
为探索中国野桑蚕Bombyx mandarina的遗传多样性及其与家蚕B.mori的系统发育关系,采用PCR产物直接测序法(少数样本克隆测序)获得34个家蚕和野桑蚕样本淀粉酶基因amy序列片段(715bp)。分析发现56个多态性位点,鉴定出28种单倍型(haplotyp... 为探索中国野桑蚕Bombyx mandarina的遗传多样性及其与家蚕B.mori的系统发育关系,采用PCR产物直接测序法(少数样本克隆测序)获得34个家蚕和野桑蚕样本淀粉酶基因amy序列片段(715bp)。分析发现56个多态性位点,鉴定出28种单倍型(haplotype);核苷酸多样性π=0.01390±0.00103,单倍型多样度Hd=0.988±0.011。核苷酸不配对分析(mismatchan alysis)和Fu’sFs检测表明中国野桑蚕曾发生过种群扩张。分子方差分析(AMOVA)表明,遗野桑蚕传差异主要在种群内,种群间和地理组群间差异不显著。聚类树上34个样本聚为3枝/3蔟,野蚕和家蚕都不按地理区域或系统(类型)聚类,A枝由来自不同地区的野蚕和不同类型的家蚕混合构成,并且进一步分成3个亚枝,每一亚枝也同时包含家蚕和野蚕,B枝由3个家蚕和1个野蚕混合构成,C枝全部由来自不同地区的野蚕构成。网络分析没有发现"祖先单倍型"和优势单倍型。结果提示,淀粉酶基因是一个多态性丰富的分子标记,中国野桑蚕遗传多样性十分丰富,据此推测家蚕起源于多种生态类型混杂的野桑蚕。 展开更多
关键词 家蚕 野桑蚕 遗传多样性 系统发育 淀粉酶基因
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我国根瘤蚜mtDNA CO Ⅰ遗传多样性与系统发育(英文) 被引量：6
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作者 孙庆华 陈迎春 +2 位作者 王海波 D.A.DOWNIE 翟衡 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第8期885-894,共10页
通过线粒体DNA COⅠ多态性研究了我国根瘤蚜Daktulosphaira vitifoliae Fitch的遗传分化与系统发育,并将我国根瘤蚜单倍型与GenBank中已发表的85个单倍型进行了聚类分析。结果表明:序列中A,C,T,G4种核苷酸的比例分别为34.8%,15.8%,39.2%... 通过线粒体DNA COⅠ多态性研究了我国根瘤蚜Daktulosphaira vitifoliae Fitch的遗传分化与系统发育,并将我国根瘤蚜单倍型与GenBank中已发表的85个单倍型进行了聚类分析。结果表明:序列中A,C,T,G4种核苷酸的比例分别为34.8%,15.8%,39.2%和10.2%,29个变异位点中单一多态位点12个,简约信息位点17个。确定了13种单倍型,检测5种单倍型,其中上海群体单倍型相对丰富,且上海葡萄根瘤蚜群体与其他3个群体之间没有共享单倍型。同时上海群体与其他3个群体的遗传距离最大(0.039～0.040),Nm最小(0.02),在分子系统发育树和单倍型网络图上为独立分支,说明我国根瘤蚜至少有两个独立的起源。 展开更多
关键词 葡萄根瘤蚜 MTDNA CO I 单倍型 遗传多样性 系统发育
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基于RAPD分析的中国野桑蚕和家蚕遗传多样性和系统发育关系研究 被引量：24
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作者 鲁成 余红仕 向仲怀 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第2期198-203,共6页
对具代表性的中国 11个地区的野桑蚕Bombyxmandarina进行了随机引物扩增多态性DNA (RAPD)分析 ,结果表明 :不同地区的野桑蚕的遗传距离较大 ,最大为 0 46 5 (安康 镇江 ) ,最小的也有 0 2 0 9(武汉 合肥 ) ;同一地区不同个体野桑蚕... 对具代表性的中国 11个地区的野桑蚕Bombyxmandarina进行了随机引物扩增多态性DNA (RAPD)分析 ,结果表明 :不同地区的野桑蚕的遗传距离较大 ,最大为 0 46 5 (安康 镇江 ) ,最小的也有 0 2 0 9(武汉 合肥 ) ;同一地区不同个体野桑蚕的遗传距离也较大 ,最大为 0 318,最小的为 0 144。它们均远大于家蚕B .mori品种内个体间的遗传距离 (最大为0 0 6 8、最小为 0 0 15 ) ,甚至超过了家蚕品种间的遗传距离 (最大为 0 2 5 8、最小为 0 197)。这表明中国野桑蚕是一个十分混杂的、遗传多样性非常丰富的群体。另外 ,在大多数情况下野桑蚕的遗传距离表现出与空间距离正相关。遗传距离和系统发育分析结果显示陕西一带的野桑蚕成分复杂 ,有重要的演化意义。 展开更多
关键词 RAPD分析 中国野桑蚕 家蚕 系统发育 RAPD分析 分子系统树 遗传距离 遗传多样性
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中国盐生植物系统发育多样性及省域差异性 被引量：6
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作者 张衷华 宋晓倩 +1 位作者 唐中华 梁正伟 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期330-338,共9页
植物系统发育多样性研究服务于区域植被历史、演化规律、生物多样性保护,盐生植物作为区域植被演化的独特类群和未来农业种质资源开发的重要物质基础,其区域系统发育多样性对于揭示区域环境变化、盐生植物种质资源保护、区域开发具有重... 植物系统发育多样性研究服务于区域植被历史、演化规律、生物多样性保护,盐生植物作为区域植被演化的独特类群和未来农业种质资源开发的重要物质基础,其区域系统发育多样性对于揭示区域环境变化、盐生植物种质资源保护、区域开发具有重要意义,但目前为止,这方面的研究匮乏。本文应用植物系统发育多样性理论和方法,以省级行政区为单位,系统评价中国盐生植物系统发育多样性和差异性,构建65科484种,17变种,8亚种盐生植物系统发育树;净谱系亲缘关系指数大于0的只有新疆维吾尔自治区、宁夏回族自治区、甘肃省、青海省、陕西省、内蒙古自治区和北京市;系统发育多样性与科、属、种级物种丰富度相关性依次为67.01%、91.20%和96.99%;根据盐生植物分类学组成相似性和系统发育组成相似性把中国盐生植物分为4大区域。本文结果对于省级行政区域盐生植物资源评估、盐生植物种质资源收集和中国盐生植物分区具有重要的指导意义。 展开更多
关键词 盐生植物 系统发育多样性 系统发育相似性 系统发育结构
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