期刊文献+
共找到3篇文章
< 1 >
每页显示 20 50 100
系统发育分析中的最大简约法及其优化 被引量:2
1
作者 郑巍 罗阿蓉 +2 位作者 史卫峰 郑为民 朱朝东 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第10期1217-1228,共12页
随着生物技术的不断发展和系统发育学的深入研究,在重构系统发育树时,研究人员往往要面对更多的挑战和困难,比如:(1)需要分析的样本数(物种数或个体数)不断增加;(2)需要分析的数据量迅速扩大。尤其在基因组测序技术的推动下,基于分子信... 随着生物技术的不断发展和系统发育学的深入研究,在重构系统发育树时,研究人员往往要面对更多的挑战和困难,比如:(1)需要分析的样本数(物种数或个体数)不断增加;(2)需要分析的数据量迅速扩大。尤其在基因组测序技术的推动下,基于分子信息的系统发育重建需要极大的计算量,因此数学方法、计算机技术以及其他辅助工具对于系统发育重建的效率和精确度起着至关重要的作用。最大简约法(maximum parsimony)是一种重要的系统发育重建方法,提高其计算效率对系统发育学研究具有重要意义,针对该算法的优化改进需要生物学家和计算机专家的共同努力。本文通过详细地阐述最大简约法的计算流程,分析其参数选择对计算效率的影响,帮助更多的计算机使用者,在并不了解系统发育学基础的情况下,更方便地针对实际的系统发育算法问题给出更好、更快、更精准的解决方案;同时为系统发育研究工作者,较为清晰地解释最大简约法的构树思想和计算逻辑,推动针对最大简约法的不断改进与优化。 展开更多
关键词 系统发育 系统发育重建 算法 最大简约法 计算流程 计算效率 优化
在线阅读 下载PDF
植物赤霉素受体GID1基因的分析 被引量:1
2
作者 唐文芳 徐升胜 龙雯虹 《安徽农业科学》 CAS 2021年第12期98-102,共5页
从NCBI数据库在线网站搜集了赤霉素受体基因核苷酸序列,分析了所获基因的进化关系。结果表明,植物的98个GID1基因拥有共同的根系,进化为Group A、Group B、Group C和Group D 4组。Group A GID1基因在单子叶植物纲中没有GID1a、GID1b、GI... 从NCBI数据库在线网站搜集了赤霉素受体基因核苷酸序列,分析了所获基因的进化关系。结果表明,植物的98个GID1基因拥有共同的根系,进化为Group A、Group B、Group C和Group D 4组。Group A GID1基因在单子叶植物纲中没有GID1a、GID1b、GID1c分类现象,在双子叶植物纲中基因有简单的Group B GID1b,Group C GID1a,且GID1c聚类现象;Group D由被子植物门单子叶植物和双子叶植物及苔藓植物门小立苔藓植物的基因组成;GID1基因组在进化过程中可能出现复制突变,所有GID1基因具有相同的保守区域,可利用基因之间的保守性来克隆未知基因;102条序列归属于91种植物,尚有更多单子叶植物、裸子植物和蕨类植物的GID1基因有待克隆。 展开更多
关键词 赤霉素 GID1基因 系统发育重建
在线阅读 下载PDF
三峡库区消落带草本植物根际细菌群落季节变化特征及功能预测 被引量:8
3
作者 谭雪 董智 +2 位作者 张丽苗 袁中勋 李昌晓 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第23期9699-9709,共11页
为了研究三峡库区消落带人工修复植被下不同季节根际细菌群落特征,选取位于三峡库区核心地带的忠县石宝镇汝溪河流域消落带生态修复示范基地内两种适生草本狗牙根(Cynodon dactylon)、牛鞭草(Hemarthria altissima)根际土壤进行16S rDN... 为了研究三峡库区消落带人工修复植被下不同季节根际细菌群落特征,选取位于三峡库区核心地带的忠县石宝镇汝溪河流域消落带生态修复示范基地内两种适生草本狗牙根(Cynodon dactylon)、牛鞭草(Hemarthria altissima)根际土壤进行16S rDNA高通量测序。研究结果显示:在消落带退水后的春季、夏季、秋季3个季节共检测到细菌60门、151纲、403属,主要优势门为变形菌门、酸杆菌门、拟杆菌门;放线菌门和芽单胞菌门的相对丰度在季节水平上存在差异,夏季芽单胞菌门丰度较高,秋季放线菌门相对丰度显著减少。适生草本的根际土壤细菌α多样性表现出一定的季节变化规律,即秋季>夏季>春季;通过冗余分析发现,影响细菌群落结构的环境因子主要有土壤全磷(TP)、速效钾(AK)、含水量(SWC)、有机质(OM)。基于未观测状态重建的群落系统发育研究(PICRUSt2)功能预测共发现6个一级功能层和45个二级功能层;代谢功能在一级功能层中占比最高,其有利于提高消落带适生草本植物抑制病原菌的能力,促进植物的生长;一级功能层中有两个功能基因表现出季节差异,二级功能层中有14个子功能的相对丰度在不同季节存在显著差异。由此可见,根际细菌群落对狗牙根、牛鞭草两种草本植物能够广泛分布且适生于三峡库区消落带的土壤环境起到了重要的促进作用。 展开更多
关键词 细菌群落多样性 高通量测序 三峡库区 消落带 基于未观测状态重建的群落系统发育研究(PICRUSt2)功能预测
在线阅读 下载PDF
上一页 1 下一页 到第
使用帮助 返回顶部