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我国部分地区猪繁殖与呼吸综合征病毒分离株ORF5基因的遗传变异分析 被引量:2
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作者 李和平 吴发兴 +3 位作者 郑忠屹 李晓成 陈德坤 黄保续 《中国动物检疫》 CAS 北大核心 2005年第10期23-26,共4页
参考Genbank发表的猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ATCC VR-2332的ORF5基因序列,设计 并合成了一对引物,对来自福建、浙江、山东等地的PRRSV分离毒株进行RT-PCR扩增,获得约748 bp的 DNA片断,将其分别克隆入pMD18-T载体中,并进行测序。应... 参考Genbank发表的猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ATCC VR-2332的ORF5基因序列,设计 并合成了一对引物,对来自福建、浙江、山东等地的PRRSV分离毒株进行RT-PCR扩增,获得约748 bp的 DNA片断,将其分别克隆入pMD18-T载体中,并进行测序。应用DNAStar软件分析所测序列,并与ATCC VR-2332、CH-1a、MLV、LV等毒株的ORF5序列进行比较,结果表明:SHD1与FJ14、MLV、ATCCVR-2332 同源性高达98.5%,与CH-1a同源性为91.0%,与其它毒株同源性为86.6%-88.4%;FJ14与MLV、ATCC VR- 2332同源性为99.3%-99.7%,其余分离毒株在遗传关系上和CH-1a又分为明显的两个群,显示近年来各地 PRRSV分离毒株与CH-1a株的遗传差异越来越大。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 ORF5基因 系统发育进化树 变异 遗传变异分析 病毒分离株 部分地区 GENBANK 分离毒株 PRRSV
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金莲花绿变植原体的分子鉴定 被引量:1
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作者 王蓉 陈炳蔚 +3 位作者 李勇 刘琨 王天佑 丁万隆 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期152-156,共5页
本研究对河北省大面积发生的金莲花绿变病的病原进行检测和鉴定。以金莲花叶片的总DNA为模板,使用植原体16S rDNA和核糖体蛋白(ribosomal protein)基因rp的特异性引物进行PCR扩增,在感病金莲花样品中扩增到植原体的16S rDNA(1 432 bp)... 本研究对河北省大面积发生的金莲花绿变病的病原进行检测和鉴定。以金莲花叶片的总DNA为模板,使用植原体16S rDNA和核糖体蛋白(ribosomal protein)基因rp的特异性引物进行PCR扩增,在感病金莲花样品中扩增到植原体的16S rDNA(1 432 bp)片段和rp基因(1 240 bp)片段。序列分析发现,获得的16S rDNA和rp基因片段与洋葱黄化植原体Onion yellows phytoplasma(GenBank登录号:AP006628)的相似度最高,分别为99.9%和99.3%,确定金莲花绿变病的病原为植原体,暂命名为金莲花绿变植原体Trollius chinensis virescence phytoplasma。对金莲花绿变植原体的16S rDNA进行虚拟RFLP分析,发现其酶切图谱与16SrⅠ-B亚组的洋葱黄化植原体的参照图谱完全一致,相似系数1.00。16S rDNA和rp基因的系统发育进化树显示,金莲花绿变植原体与16SrⅠ-B亚组的植原体聚为一支,属于植原体16S rⅠ-B亚组。 展开更多
关键词 金莲花 绿变病 植原体 16S RDNA 核糖体蛋白 系统发育进化树
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山东地区三株鸽Ⅰ型副粘病毒的分离及鉴定
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作者 徐天刚 池振明 +1 位作者 刘华雷 王志亮 《中国动物检疫》 CAS 北大核心 2007年第5期29-31,共3页
2005年在山东地区部分肉鸽养殖场出现鸽子大量死亡现象,从死亡鸽中分离到三株鸽Ⅰ型副粘病毒(SD05027,SD05028,SD05029),其鸡胚平均死亡时间(MDT)分别为69h,69.6h,81.6h;鸡脑内接种指数(ICPI)为1.31,1.43,1.48,证明此次分离的三株病毒... 2005年在山东地区部分肉鸽养殖场出现鸽子大量死亡现象,从死亡鸽中分离到三株鸽Ⅰ型副粘病毒(SD05027,SD05028,SD05029),其鸡胚平均死亡时间(MDT)分别为69h,69.6h,81.6h;鸡脑内接种指数(ICPI)为1.31,1.43,1.48,证明此次分离的三株病毒株均属速发型新城疫病毒。应用RT-PCR技术对F基因重要功能区片段扩增后进行序列测定,分析表明,F蛋白裂解位点处的序列(112R/K-R-Q-K-R-117F)与新城疫强毒在这一区域的序列相符。与多株已报道的NDV参考株相应片段进行序列比对和基因进化树分析,将其鉴定为基因VIb型。 展开更多
关键词 鸽Ⅰ型副粘病毒 分离鉴定 序列测定 系统发育进化树
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一种新的获取海洋贝类基因组DNA的取样方法
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作者 彭银辉 王芳宇 +1 位作者 蔡小辉 宋忠魁 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2010年第35期20112-20114,共3页
[目的]探讨一种新的获取海洋贝类基因组DNA的取样方法,为开展珍稀贝类的分子生物学研究提供参考。[方法]以文蛤、栉江瑶、翡翠贻贝、香港巨牡蛎、毛蚶为供试材料,以闭壳(合)肌全基因组DNA作为参考,采用常规酚-氯仿法抽提贝类贝腔液基因... [目的]探讨一种新的获取海洋贝类基因组DNA的取样方法,为开展珍稀贝类的分子生物学研究提供参考。[方法]以文蛤、栉江瑶、翡翠贻贝、香港巨牡蛎、毛蚶为供试材料,以闭壳(合)肌全基因组DNA作为参考,采用常规酚-氯仿法抽提贝类贝腔液基因组DNA,使用生物光度计法、琼脂糖凝胶电泳、目的片段扩增测序验证其质量,并建立系统发育树检测其来源的真实可靠性。[结果]采用常规酚/氯仿基因组DNA提取方法获得的贝腔液DNA质量优于闭壳(合)肌DNA,蛋白质、多酚色素污染较少,完全满足目的片段扩增测序;系统发育进化树则证实了贝腔液并非外源污染。[结论]从贝腔液中获取基因组DNA是完全可行的,并可将其用于目的基因片段的扩增。 展开更多
关键词 贝腔液 闭壳(合)肌 基因组DNA 系统发育进化树
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4株NDV分离株F基因的克隆与序列分析 被引量:7
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作者 沈志强 管宇 +7 位作者 刘吉山 李峰 吴信明 赵蕾 王艳 徐守振 鲍卫超 王辉暖 《动物医学进展》 CSCD 2005年第4期78-83,共6页
对4 株具有一定代表性的NDV(新城疫病毒)分离株的F基因进行RT PCR(反转录聚合酶链反应)扩增和序列分析,根据基因裂解位点的氨基酸序列推测,其中1 株属于弱毒株,3 株属于强毒株;核苷酸序列及其推导的氨基酸序列比较结果表明,3株强毒株与C... 对4 株具有一定代表性的NDV(新城疫病毒)分离株的F基因进行RT PCR(反转录聚合酶链反应)扩增和序列分析,根据基因裂解位点的氨基酸序列推测,其中1 株属于弱毒株,3 株属于强毒株;核苷酸序列及其推导的氨基酸序列比较结果表明,3株强毒株与Clone30 基因核苷酸序列的同源性在83.6%~84.0%之间,与F48 E9典型NDV强毒株同源性在86.5.6%~88.3%之间,推导的氨基酸序列同源性与Clone 30 株在85.9%~87.0%之间,与F48E9典型NDV强毒株在89.1%~91.3%之间;利用MegAlign软件绘制了NDV 的系统发育进化树,结果表明, 3株分离强毒株为Ⅶ基因型,弱毒株为基因Ⅱ型。 展开更多
关键词 序列分析 NDV F基因 分离株 反转录-聚合酶链反应 系统发育进化树 核苷酸序列 克隆 RT-PCR 新城疫病毒 氨基酸序列 强毒株 序列同源性 裂解位点 序列比较 弱毒株 代表性 基因型 推导
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