牙鲆与大菱鲆病原迟钝爱德华氏菌生物学特性及系统发育学分析 被引量：17

1

作者 陈翠珍 房海 +1 位作者 张晓君 战文斌 《高技术通讯》 CAS CSCD 北大核心 2005年第10期82-88,共7页

对从7起牙鲆(Bastard halibut,Paralichthys olivaceus L.)、3起大菱鲆(Turbot,Scophthalmus maximus L.)病害的病(死)鱼中分离到的相应病原菌较系统地进行了形态特征、理化特性等表观分类学指征的鉴定及代表菌株DNA中G+Cmol%的测定.同... 对从7起牙鲆(Bastard halibut,Paralichthys olivaceus L.)、3起大菱鲆(Turbot,Scophthalmus maximus L.)病害的病(死)鱼中分离到的相应病原菌较系统地进行了形态特征、理化特性等表观分类学指征的鉴定及代表菌株DNA中G+Cmol%的测定.同时,择代表菌株进行了16S rRNA基因的分子鉴定,测定了16S rRNA基因序列,分析了相关细菌相应序列的同源性,构建了系统发生树.结果表明,分离鉴定的148株菌均为爱德华氏菌属(Edwardsiella Ewing and McWhorter 1965)的迟钝爱德华氏菌(E.tarda),其中128株为迟钝爱德华氏菌野生型(E.tarda wild type)菌株,20株暂定为迟钝爱德华氏菌吲哚阴性变异株.代表菌株(HC010907-1及HC010830-1)的16S rRNA基因序列,与GenBank数据库中的迟钝爱德华氏菌的同源性均在99%. 展开更多

关键词 牙鲆 大菱鲆 迟钝爱德华氏菌 生物学特性 系统发育学 系统发育学分析 16SrRNA基因序列 病原菌 Paralichthys GENBANK数据库

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中温厌氧纤维素菌的分离鉴定,系统发育学分析及其酶学性质的研究 被引量：4

2

作者 马诗淳 罗辉 +4 位作者 杨丽丽 杨磊 尹小波 张辉 邓宇 《中国沼气》 2009年第3期3-7,共5页

利用厌氧分离技术从泥炭中分离到一株纤维素降解能力较强的中温厌氧细菌。分离菌株为革兰氏染色阳性,直杆或稍弯曲杆状,4.2μm^6.8μm×0.8μm^1.0μm,严格厌氧,不形成芽孢,能运动。分离菌株可在20℃~40℃,pH 6.0~8.5之间利用纤维... 利用厌氧分离技术从泥炭中分离到一株纤维素降解能力较强的中温厌氧细菌。分离菌株为革兰氏染色阳性,直杆或稍弯曲杆状,4.2μm^6.8μm×0.8μm^1.0μm,严格厌氧,不形成芽孢,能运动。分离菌株可在20℃~40℃,pH 6.0~8.5之间利用纤维素生长,最适生长温度为35℃,最适pH 6.8~7.0。分离菌株能利用滤纸、纤维素粉MN300、微晶纤维素、羧甲基纤维素等,还可以利用葡萄糖、纤维二糖、木糖、木聚糖、棉子糖、麦芽糖、山梨糖、胰蛋白胨和水杨苷作为底物。在P4-3的纤维素酶复合体中,滤纸酶,Cx酶和β-葡萄糖苷酶的最适作用温度分别为55℃,55℃和45℃,接种120 h后培养物的胞外纤维素酶液中三种酶的酶活分别为86.25 U.mg-1,20.04 U.mg-1,18.39 U.mg-1。部分长度的16S rDNA序列分析表明,分离菌株P4-3与C lostridium cellulolyticum的序列相似性为99%。 展开更多

关键词 厌氧纤维素菌 纤维素酶 系统发育学分析

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产酯酶海洋微生物的筛选、鉴定及系统发育分析 被引量：11

3

作者 郑鸿飞 孙谧 +2 位作者 王跃军 郝建华 高强 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2009年第3期68-73,共6页

通过以三丁酸甘油酯和α-乙酸萘酯为底物,建立了一种快速、准确的酯酶产生菌的筛选方法,并从样品中分离到1株产酯酶活力和稳定性较高的菌株EB-1,对其进行了形态学、生理生化特征鉴定和16S rDNA序列分析。结果表明,该菌株与Bacillus subt... 通过以三丁酸甘油酯和α-乙酸萘酯为底物,建立了一种快速、准确的酯酶产生菌的筛选方法,并从样品中分离到1株产酯酶活力和稳定性较高的菌株EB-1,对其进行了形态学、生理生化特征鉴定和16S rDNA序列分析。结果表明,该菌株与Bacillus subtilis subsp.subtilis模式菌株的同源性高达99.79%;又根据其产黑色素这一特性,最终将其确定为Bacillus subtilis var.niger,其16S rDNA序列在GenBank的注册号为EU016526。 展开更多

关键词 海洋微生物 酯酶 16S RDNA 系统发育学分析

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野生羊肚菌Mel-21的系统发育分析和驯化 被引量：14

4

作者 蔡英丽 马晓龙 +2 位作者 路等学 张亚 刘伟 《食用菌学报》 CSCD 北大核心 2020年第3期23-29,共7页

对采集自四川和重庆的4个野生羊肚菌(Morchella spp.)菌株进行组织分离及多基因系统发育分析,研究表明:供试菌株均为羊肚菌属的Mel-21系统发育种。依据当前羊肚菌以外源营养袋提供营养的大田栽培模式,对其中2个分离菌株16-4J2和16-A1进... 对采集自四川和重庆的4个野生羊肚菌(Morchella spp.)菌株进行组织分离及多基因系统发育分析,研究表明:供试菌株均为羊肚菌属的Mel-21系统发育种。依据当前羊肚菌以外源营养袋提供营养的大田栽培模式,对其中2个分离菌株16-4J2和16-A1进行驯化,发现供试菌株的原基在地温约10℃时开始发生(数量均较少),形状短粗;成熟子囊果卵圆锥形至锥形,中等偏小,平均单菇重8~20 g;16-4J2和16-A1的平均产量分别为(82±10)g·m^-2和(106±14)g·m^-2,在当前栽培模式下,2个菌株均达不到商业化栽培的要求。 展开更多

关键词 羊肚菌 驯化栽培 系统发育学分析 菌种选育

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窖泥微生物的分离、鉴定和己酸菌代谢产物的初步分析 被引量：1

5

作者 叶光斌 夏尚超 +2 位作者 宗绪岩 林世刚 曾偲宇 《中国酿造》 CAS 北大核心 2024年第9期85-91,共7页

该研究采用多种培养基富集方法和厌氧分离技术,从浓香型白酒窖泥中分离菌株,通过形态学观察、16S r RNA基因测序以及系统发育学分析确定其基本的分类信息,并通过气相色谱-质谱(GC-MS)及高效液相色谱(HPLC)法对颤螺旋菌科(Oscillospirace... 该研究采用多种培养基富集方法和厌氧分离技术,从浓香型白酒窖泥中分离菌株,通过形态学观察、16S r RNA基因测序以及系统发育学分析确定其基本的分类信息,并通过气相色谱-质谱(GC-MS)及高效液相色谱(HPLC)法对颤螺旋菌科(Oscillospiraceae)己酸菌的代谢产物进行分析。结果表明,共分离得到63株细菌。基于16S r RNA基因序列可将全部菌株鉴定到属,分属于2纲3目8科15属,主要包括梭菌属(Clostridium)、植物乳植杆菌属(Lactiplantibacillus)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、芽孢乳杆菌属(Sporolactobacillus)、Haloimpatiens、副梭菌属(Paraclostridium)、水原拉梅尔芽孢杆菌属(Rummeliibacillus)、产己酸菌属(Caproiciproducens)等。其中,有9株菌与近似菌的序列相似度较低(96.17%~97.70%),可能为潜在的新物种。3株颤螺旋菌科己酸菌均能利用RCM培养基发酵产乙酸、丁酸、己酸;其中Caproicibacterium sp. 20-5D、Caproiciproducens sp. CPB-2和Caproiciproducens sp. YR-4的己酸产量分别为3.84 g/L、1.03 g/L和0.35 g/L,具有较强的产混合酸能力。从浓香型白酒窖泥中获得的功能菌对丰富窖泥可培养微生物数量和功能微生物的应用与开发具有重要意义。 展开更多

关键词 浓香型白酒 窖泥 分离 系统发育学分析 己酸菌 代谢产物

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一株牙鲆出血症病原菌的分子生物学鉴定 被引量：28

6

作者 莫照兰 茅云翔 +2 位作者 陈师勇 张振冬 张培军 《高技术通讯》 EI CAS CSCD 2001年第12期12-17,共6页

从患出血症养殖牙鲆分离到一株病原菌M 4 ,革兰氏阴性 ,杆状 ,有极生和侧生鞭毛 ,能运动 ,菌落半透明。进行了常规生理生化和BIOLOG GN细菌鉴定系统测试 ,结果表明菌株M 4与V .carchariae的表型特征非常相似。为了进一步确定M 4的分类... 从患出血症养殖牙鲆分离到一株病原菌M 4 ,革兰氏阴性 ,杆状 ,有极生和侧生鞭毛 ,能运动 ,菌落半透明。进行了常规生理生化和BIOLOG GN细菌鉴定系统测试 ,结果表明菌株M 4与V .carchariae的表型特征非常相似。为了进一步确定M 4的分类学地位 ,测定了其 16SrRNA基因序列 ,分析了相关细菌相应序列的同源性 ,构建了系统发生树 ,结果表明菌株M 4与V .carchariae的亲缘关系最近。综合上述结果 ,菌株M 4可鉴定为Vibirocarchariae。 展开更多

关键词 牙PING 16SrRNA基因序列 系统发育学分析 鉴定 分子生物学 出血症 病原菌M4 Vibiro carchariae

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具有溶磷能力的相思根瘤菌16S rDNA序列分析 被引量：1

7

作者 张希涛 康丽华 +1 位作者 马海宾 江业根 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2007年第24期7427-7429,共3页

为了测定具有溶磷能力的相思根瘤菌的16S rDNA序列。在TY培养基上将菌株培养至对数生长期,以提取的总DNA为模板,采用双向引物进行PCR扩增,对获得的目的产物进行纯化和测序。采用PHYLIP软件中DNADIST程序分析各菌株间的相似性,采用Clusta... 为了测定具有溶磷能力的相思根瘤菌的16S rDNA序列。在TY培养基上将菌株培养至对数生长期,以提取的总DNA为模板,采用双向引物进行PCR扩增,对获得的目的产物进行纯化和测序。采用PHYLIP软件中DNADIST程序分析各菌株间的相似性,采用Clustal X和Treeconw软件获得菌株的系统发育树状图。系统发育学分析表明:G7-3、G31-1-5、G31-1-10位于根瘤菌属(Rhizobium)分支中;F7-2-11位于慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium)分支;DH001、LH001、LL007酸、Y木1F、3-2-6位于Mesorhizobium分支中;H1-1-1属于类芽孢杆菌(Paenibacillussp.)。该研究初步确定了具有溶磷能力的相思根瘤菌菌株的发育学地位。 展开更多

关键词 相思根瘤菌 16S rDNA全序列测定 系统发育学分析

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发病鲆鲽类分离菌株的16S rRNA基因测序分析 被引量：5

8

作者 兰欣 李杰 +2 位作者 李贵阳 肖鹏 莫照兰 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2020年第3期142-150,共9页

细菌性疾病是中国海水养殖鲆鲽类的主要病害,为全面了解病原菌种类,本研究对1999~2012年从山东、江苏、河北、天津等沿海地区养殖场发病鲆鲽鱼类中分离得到的124株优势菌株进行了16S rRNA基因测序和系统发育学分析。将基因序列与GenBan... 细菌性疾病是中国海水养殖鲆鲽类的主要病害,为全面了解病原菌种类,本研究对1999~2012年从山东、江苏、河北、天津等沿海地区养殖场发病鲆鲽鱼类中分离得到的124株优势菌株进行了16S rRNA基因测序和系统发育学分析。将基因序列与GenBank核酸序列数据库进行相似度比对分析,结果显示,有83株与弧菌属(Vibriosp.)细菌相似度最高,11株与气单胞菌属(Aeromonas sp.)细菌相似度最高,4株与爱德华氏菌属(Edwardsiella sp.)细菌相似度最高,26株为其他15种属的细菌。根据系统发育学分析结果,进一步将66株菌鉴定为16个种,优势种为溶藻弧菌(V.alginolyticus)、哈氏弧菌(V.harveyi)、鳗弧菌(V.anguillarum)、杀鲑气单胞菌(A.salmonicida)和迟缓爱德华氏菌(E.tarda)。选择其中的9株鳗弧菌和4株迟缓爱德华氏菌进行人工感染实验,结果显示,其中7株鳗弧菌和3株迟缓爱德华氏菌对大菱鲆(Scophthalmus maximus)有较强的致病性。研究结果可为阐明中国海水养殖鲆鲽类的流行病发生历史、病原种类、病原监测及疾病控制提供重要参考。 展开更多

关键词 鲆鲽类 病原菌 16S rRNA基因 系统发育学分析 鉴定

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2021-2022年我国部分地区猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因变异分析 被引量：6

9

作者 王志远 刘博奇 +5 位作者 许志颖 徐思佳 邢家宝 张桂红 王衡 孙彦阔 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期3812-3823,共12页

为深入了解我国猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)的流行和遗传变异情况,2021—2022年,本课题组在我国13个省份约50个养殖场收集了117份临床疑似猪繁殖与呼吸综合征患猪样品,针对PRRS... 为深入了解我国猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)的流行和遗传变异情况,2021—2022年,本课题组在我国13个省份约50个养殖场收集了117份临床疑似猪繁殖与呼吸综合征患猪样品,针对PRRSV的ORF5基因进行了遗传变异分析。通过实时荧光定量PCR鉴定PRRSV阳性样品和基因型,应用RT-PCR扩增PRRSV ORF5和ORF7基因,将阳性样本进行测序并开展系统发育学分群和GP5氨基酸突变分析。结果显示,共检出PRRSV-2阳性样品48份(总体阳性率约41%),经测序共获取38条ORF5序列和10条ORF7序列。所有ORF5序列间核苷酸相似性为77.1%~99.8%,ORF7序列间核苷酸相似性为83.3%~98.7%。系统发育学分群显示,谱系1占比60%(29/48,28株NADC30-like毒株,1株NADC34-like毒株),谱系3占比25%(12/48),谱系5.1占比5%(2/48),谱系8.7占比10%(5/48)。GP5氨基酸分析表明,信号肽(aa 1—26)、中和表位C(aa 52—61)及潜在的N-糖基化位点(aa 32—35、aa 44、aa 51)3个区域氨基酸存在显著变异。研究结果表明:多个谱系PRRSV同时在我国流行,谱系1已替代谱系8.7成为主要流行谱系,并分布于我国大多数省份;谱系3仅次于谱系1,主要在华南局部地区流行;谱系8.7毒株检出率较低。需要注意的是,在广东省惠州市检出1株NADC34-like毒株,说明该毒株可能已在华南地区潜在流行。近几年来,PRRSV在我国的流行日趋复杂,谱系1毒株的广泛流行增加了PRRSV的遗传多样性。本研究结果将为制定PRRSV防控策略提供参考。 展开更多

关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 ORF5 系统发育学分析 NADC30 NADC34

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四株马铃薯甲虫白僵菌菌株的鉴定 被引量：2

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作者 马金奉 邓春生 +2 位作者 张燕荣 王妮珊 耿兵 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期876-884,共9页

【目的】通过形态学特征明确四株马铃薯甲虫致病菌分类地位,探讨利用18S及ITS核酸序列鉴定四株致病菌的可行性。【方法】通过传统形态学特征及18S、ITS序列分别对四株马铃薯甲虫白僵菌1572、1573、1576和1577进行鉴定。【结果】孢子形... 【目的】通过形态学特征明确四株马铃薯甲虫致病菌分类地位,探讨利用18S及ITS核酸序列鉴定四株致病菌的可行性。【方法】通过传统形态学特征及18S、ITS序列分别对四株马铃薯甲虫白僵菌1572、1573、1576和1577进行鉴定。【结果】孢子形态、产孢结构、菌落等形态学特征表明四菌株均为球孢白僵菌。四菌株18S rDNA序列分析获得1 665个共同碱基,在GenBank比对,从结果中选择相似度大于98%的序列与四菌株一起构建系统发育树Ⅰ,发现白僵菌属归于一个分支,四菌株均归属于白僵菌属球孢白僵菌。剔除遗传关系比较远的、冗余的属外菌重新构建18S系统发育树Ⅱ,结果四菌株都与Beauveria bassiana(登录号为EU334676.1)分到一个枝上。ITS核酸序列分析获得513个共同碱基,在GenBank比对,显现的序列均属白僵菌属,下载这些序列与四菌株构建ITS系统发育树Ⅰ,发现球孢与布氏白僵菌归属在一个分支。选取Stephen A.Rehner注册的白僵菌属六个分支的代表种及数据库中部分球孢和布氏白僵菌与四菌株一起构建ITS系统发育树Ⅱ,四菌株与代表种Cordyceps bassiana(AY532041.1)分到一个枝上,但在该枝上有三株布氏白僵菌,球孢与布氏白僵菌不能完全区分开。【结论】利用18S和ITS核酸序列均可将白僵菌鉴定到属,根据ITS序列可以确定四株白僵菌归属于球孢白僵菌的分支。 展开更多

关键词 马铃薯甲虫 产孢结构 系统发育学分析 球孢白僵菌 鉴定

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包包曲及制曲环境中可培养霉菌的分离与鉴定 被引量：8

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作者 雷学俊 张霞 +4 位作者 刘多涛 李智 罗青春 施思 郑佳 《酿酒科技》 2019年第12期17-22,共6页

采用传统微生物培养法从包包曲中分离纯化得到18株真菌。通过形态学观察、分子生物学分析以及系统发育学分析确定其分类地位。结果表明,获得的霉菌类群包括3个纲、5个目、6个科、9个属,主要包括青霉属(Penicillium)、曲霉属(Aspergillus... 采用传统微生物培养法从包包曲中分离纯化得到18株真菌。通过形态学观察、分子生物学分析以及系统发育学分析确定其分类地位。结果表明,获得的霉菌类群包括3个纲、5个目、6个科、9个属,主要包括青霉属(Penicillium)、曲霉属(Aspergillus)、丝衣霉菌属(Byssochlamys)、横梗霉属(Lichtheimia)、毛霉属(Mucor)、根霉属(Rhizopus)、尖镰孢菌属(Fusarium)、刺孢小克银汉霉(Cunninghamella)和Microstroma属等。 展开更多

关键词 包包曲 霉菌 系统发育学分析

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