系统发生树构建方法综述 被引量：19

1

作者 郭静 王超 +1 位作者 张宏彬 陈崚 《计算机应用研究》 CSCD 北大核心 2013年第3期647-655,共9页

介绍了系统发生树构建的传统算法,总结了近年来用于构建系统发生树的各种群智能算法,主要包括蚁群算法、遗传算法和粒子群算法等。最后介绍了目前较新的系统发生网络分析方法,并对未来发展作了展望。

关键词 系统发生树 群智能算法 蚁群算法 遗传算法 粒子群算法 系统发生网络

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鸡解偶联蛋白(UCP)基因内含子的克隆与系统发生树的构建 被引量：6

2

作者 赵建国 李辉 +2 位作者 王启贵 王宇祥 唐志权 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2004年第1期50-54,共5页

解偶联蛋白基因是新近发现的能够增加能量的消耗,与脂肪代谢和能量调控密切相关的一组基因。本研究根据小鼠UCP2基因的剪切方式,设计4对引物成功克隆测序了鸡UCP基因的全部5个内含子,发现都是GT AG类型的内含子,鸡UCP基因的结构和小鼠的... 解偶联蛋白基因是新近发现的能够增加能量的消耗,与脂肪代谢和能量调控密切相关的一组基因。本研究根据小鼠UCP2基因的剪切方式,设计4对引物成功克隆测序了鸡UCP基因的全部5个内含子,发现都是GT AG类型的内含子,鸡UCP基因的结构和小鼠的UCP2基因结构一致。以不同物种UCP基因的cds区域序列和内含子2、内含子3序列进行系统发生树的构建,结果表明:以UCP基因cds区域序列构建的系统发生树与物种树是一致的,UCP基因可以作为研究动物群体系统演化研究的有效基因;但以内含子2与内含子3序列构建的系统发生树的结构则完全不是这样,与物种树的差别比较大。 展开更多

关键词 鸡 解偶联蛋白基因 分子系统发生树 内含子

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系统发生树构建技术综述 被引量：17

3

作者 李建伏 郭茂祖 《电子学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2006年第11期2047-2052,共6页

随着不同的分子测序技术的飞速发展使得大量的DNA分子数据不断涌现,这给生物学家提供了大量的数据使其实现重构地球上所有生命的进化树的梦想.并且,进化树的研究对于解决现代分子生物学中的许多问题都是非常关键的,如多序列比对、蛋白... 随着不同的分子测序技术的飞速发展使得大量的DNA分子数据不断涌现,这给生物学家提供了大量的数据使其实现重构地球上所有生命的进化树的梦想.并且,进化树的研究对于解决现代分子生物学中的许多问题都是非常关键的,如多序列比对、蛋白质结构和功能预测以及药物设计等等.但是构建进化树又是一个非常复杂的问题.因此,进化树的研究成了一个研究热点.本文介绍了进化树研究的发展、研究现状,最后在总结现有的进化树构建技术存在的问题的基础上探讨了该领域进一步的研究方向. 展开更多

关键词 系统发生树 邻接法 最大简约法 最大似然法

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一种基于代谢路径构建系统发生树的有效方法 被引量：4

4

作者 赵建邦 高琳 宋佳 《电子学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2009年第8期1633-1638,共6页

构建系统发生树是研究物种起源和演化的重要手段.本文基于KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)代谢路径,引入图论的"核"概念,提出一种构建系统发生树的方法.首先解决在无数据丢失前提下,代谢路径数据的提取和表示... 构建系统发生树是研究物种起源和演化的重要手段.本文基于KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)代谢路径,引入图论的"核"概念,提出一种构建系统发生树的方法.首先解决在无数据丢失前提下,代谢路径数据的提取和表示问题,其次将不同代谢路径的相似度定义为图的核部分与非核部分各自匹配程度的加权之和,利用距离矩阵构建物种间的系统发生树.通过大量试验数据和NCBI(National Center for Biotechnology Information)分类法进行比较,验证了本文方法的有效性. 展开更多

关键词 系统发生树 代谢路径 核方法 路径比对

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构建系统发生树后缀表示的蚁群算法 被引量：1

5

作者 张宏彬 郭静 +1 位作者 王超 陈崚 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2011年第32期159-162,共4页

提出一种基于后缀表示的构建系统发生树的蚁群算法(SR-PTC),该算法用蚂蚁访问物种集合以形成一个对应最优系统发生树的后缀表示序列。为构成一个合法的系统发生树的后缀表示,蚂蚁对内部结点的选择要受到限制,分别为叶结点和内部结点设... 提出一种基于后缀表示的构建系统发生树的蚁群算法(SR-PTC),该算法用蚂蚁访问物种集合以形成一个对应最优系统发生树的后缀表示序列。为构成一个合法的系统发生树的后缀表示,蚂蚁对内部结点的选择要受到限制,分别为叶结点和内部结点设置两个不同的选择概率,并用赌轮盘选择方法来决定两种结点的选择。另外,在信息素更新时,加入当前树的评价值来影响蚂蚁的运动方向。实验结果表明,此方法能得到较为准确的拓扑结构,在物种数目较小时可以较快地得到结果。 展开更多

关键词 系统发生树 蚁群算法 后缀表示 遍历 信息素

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基于TSP的构建系统发生树的蚁群算法 被引量：1

6

作者 张宏彬 郭静 +1 位作者 王超 陈崚 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2011年第24期39-42,共4页

受TSP问题的启发,提出一种基于TSP构建系统发生树的蚁群算法(TSP-PTC)。该算法将物种集合用一个带权图G表示,并利用蚁群算法在图中搜索一条最优路径,最终系统发生树用最优路径及距离矩阵构建而成。用该方法构建出来的系统发生树是一棵... 受TSP问题的启发,提出一种基于TSP构建系统发生树的蚁群算法(TSP-PTC)。该算法将物种集合用一个带权图G表示,并利用蚁群算法在图中搜索一条最优路径,最终系统发生树用最优路径及距离矩阵构建而成。用该方法构建出来的系统发生树是一棵带权树,它不仅可以表示物种之间的进化关系,而且可以粗略地表示出物种之间的进化时间。 展开更多

关键词 系统发生树 旅行商问题(TSP) 蚁群算法 遍历

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基于遗传算法的系统发生树构建方法 被引量：1

7

作者 郭静 王超 陈崚 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2009年第16期72-76,共5页

提出了一种基于遗传算法的系统发生树构建方法。将遗传算法应用于系统发生树的构建,首先,用后缀表示法将树的拓扑结构表示成编码的形式。其次,针对系统发生树的性质,设计了交叉和变异操作方法,确定了对个体的评价及选择策略,从而通过遗... 提出了一种基于遗传算法的系统发生树构建方法。将遗传算法应用于系统发生树的构建,首先,用后缀表示法将树的拓扑结构表示成编码的形式。其次,针对系统发生树的性质,设计了交叉和变异操作方法,确定了对个体的评价及选择策略,从而通过遗传操作,最终搜索到最优解。实验结果表明该算法可以得到与传统UPGMA算法拓扑结果一致的系统发生树,并且除了最优拓扑结构的树之外,该算法还可以输入多个具有相似质量的树。 展开更多

关键词 遗传算法 系统发生树 后缀表示

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有根系统发生树的精确有效比较

8

作者 李曙光 陈姝颖 朱丽波 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2015年第12期283-287,共5页

系统发生树代表了不同物种之间进化关系的历史。生物信息学中的一个基本问题是对系统发生树进行比较。一种比较方法是通过定义树空间中两棵系统发生树之间的相似度或相异度来测定这两棵树的同异。RobinsonFoulds距离是目前使用最广泛的... 系统发生树代表了不同物种之间进化关系的历史。生物信息学中的一个基本问题是对系统发生树进行比较。一种比较方法是通过定义树空间中两棵系统发生树之间的相似度或相异度来测定这两棵树的同异。RobinsonFoulds距离是目前使用最广泛的相异度。定义了一个用于有根系统发生树比较的新的相异度,该相异度考虑了子类间更精细的相似,而不是如Robinson-Foulds距离那样仅考虑子类相同与否,因此能够提供更精确、清晰的测量。给出了两个能有效计算这个相异度的算法。简单修改之后,这些结果适用于其他5个相关的比较指标。 展开更多

关键词 系统发生树 树比较 相异度 Robinson-Foulds距离 子类

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建国后首次登革热暴发分离的2株登革4型病毒prM和E基因序列测定及其系统发生分析 被引量：5

9

作者 刘志文 俞永新 +2 位作者 贾丽丽 董关木 王志伟 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第7期678-682,686,共6页

目的对建国后1978年广东佛山首次暴发登革热流行时从患者急性期血液中分离到的两株登革4型病毒(78-42、78-56)进行其分子特征研究并了解其可能来源。方法用Vero细胞培养1978年分离自广东佛山登革热病人的78-42、78-56两病毒株,RNA抽提后... 目的对建国后1978年广东佛山首次暴发登革热流行时从患者急性期血液中分离到的两株登革4型病毒(78-42、78-56)进行其分子特征研究并了解其可能来源。方法用Vero细胞培养1978年分离自广东佛山登革热病人的78-42、78-56两病毒株,RNA抽提后RT-PCR法扩增prM、E区基因,克隆至pGEM-TEasy载体后测序;利用DNASTAR软件预测其氨基酸序列并与其他国内外登革4型病毒株序列比较;运用CLUSTALX1.83和MEGA3.1软件绘制系统发生树。结果78-42、78-56两株高度同源,prM、E基因序列和氨基酸序列与其他登革4型病毒同源性很高并证实为登革4型毒株,与印度尼西亚和马来西亚分离株同属基因IIA亚型,核苷酸同源性与印尼ID1973株最高。结论78-42、78-56两新分离病毒株为建国后首次分离到的登革4型毒株,其来源最可能来自印度尼西亚。 展开更多

关键词 登革4型病毒 prM基因 E基因 序列分析 系统发生树

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登革4型病毒深圳分离株E基因序列测定及其系统发生分析 被引量：3

10

作者 阳帆 何建凡 +4 位作者 冼慧霞 何雅青 张海龙 姚相杰 杨洪 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期17-20,共4页

目的对深圳市2005年从登革热患者急性期血液中分离到的1株登革病毒进行型别鉴定,从分子水平分析分离株的生物学特征,追踪其可能的地域来源。方法用C6/36细胞培养增殖病毒株SZ0524,收集病毒液。用逆转录-半套式PCR(RT-semi-nested-PCR)... 目的对深圳市2005年从登革热患者急性期血液中分离到的1株登革病毒进行型别鉴定,从分子水平分析分离株的生物学特征,追踪其可能的地域来源。方法用C6/36细胞培养增殖病毒株SZ0524,收集病毒液。用逆转录-半套式PCR(RT-semi-nested-PCR)方法和荧光PCR方法对其进行型别鉴定。扩增病毒E基因后进行序列测定,并与不同国家和地区的登革病毒株进行同源性比较和进化树分析。结果深圳市登革病毒分离株用4型特异性引物扩增出392bp的特异性条带,荧光PCR进一步证实了分离的病毒株为登革4型病毒。SZ0524与登革病毒4型国际标准株H241株在E基因上核苷酸同源性为99.7%,而与登革病毒1、2、3型国际标准株HAWAII、NGC、H87同源性分别为57.0%、59.2%和56.2%。基因进化树显示SZ0524株与D4-73NIID株和D4-61NIID株亲缘关系最近,其次为H241,在进化树的同一分支上,属基因Ⅰ亚型。结论从分子水平证明从深圳市登革热患者血清中分离到的毒株确为DEN-4型病毒。结合流行病学调查资料,证实此病例为输入性感染病例,该毒株最有可能来源于东南亚一带。 展开更多

关键词 登革4型病毒 E基因 序列分析 系统发生树

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二穗短柄草谷氨酸类受体系统发生学和基因表达分析 被引量：1

11

作者 刘洋 安丹丹 +2 位作者 程宇来 祁智 亢燕 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2017年第6期99-105,共7页

二穗短柄草基因组已被测序,与麦类作物和牧草近缘。二穗短柄草作为温带禾本科模式植物,有很多重要基因序列结构、进化信息等需要进一步挖掘。以拟南芥AtGLRs氨基酸序列为种子序列,利用Phytozome数据库中Blast工具,获得19个二穗短柄草谷... 二穗短柄草基因组已被测序,与麦类作物和牧草近缘。二穗短柄草作为温带禾本科模式植物,有很多重要基因序列结构、进化信息等需要进一步挖掘。以拟南芥AtGLRs氨基酸序列为种子序列,利用Phytozome数据库中Blast工具,获得19个二穗短柄草谷氨酸受体候选序列。基于谷氨酸受体氨基酸序列构建系统发生树,结果显示,BdGLRs与AtGLRs聚类距离较近,亲缘关系较好。将20个AtGLRs和19个BdGLRs分别构建系统发生树,拓扑结构类似,均分为3枝,表明BdGLRs也有3个亚家族。参考AtGLRs的分类和命名规则,将BdGLRs分为3类,分别命名为BdGLR1.1-1.4、BdGLR2.1-2.10和BdGLR3.1-3.5。通过半定量和定量反转录PCR分析发现在三叶期,BdGLR家族各成员表达各异,相同成员在不同组织中表达不同,不同成员在相同组织表达不同。除BdGLR1.4和BdGLR2.6-2.10,其余BdGLRs在根、茎、叶中均有表达。为二穗短柄草的谷氨酸受体基因功能的深入研究提供线索,也为后续禾本科农作物和牧草遗传改良提供理论依据。 展开更多

关键词 二穗短柄草 谷氨酸受体 系统发生树 半定量反转录PCR

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18S rRNA基因在节肢动物系统进化研究中的意义 被引量：11

12

作者 吴平 张克云 杨群 《现代地质》 CAS CSCD 北大核心 2000年第3期355-362,共8页

采用多种分析方法对 4 0种节肢动物的 1 8Sr RNA基因全序列进行了分子系统学研究 ,结果表明 ,现生 4个类群的系统发生关系为 ( (多足类 +鳌肢类 ) (昆虫类 +甲壳类 ) ) ,且表现为辐射状 (爆发式 )分支形式 ;甲壳类的各个类群间也呈爆发... 采用多种分析方法对 4 0种节肢动物的 1 8Sr RNA基因全序列进行了分子系统学研究 ,结果表明 ,现生 4个类群的系统发生关系为 ( (多足类 +鳌肢类 ) (昆虫类 +甲壳类 ) ) ,且表现为辐射状 (爆发式 )分支形式 ;甲壳类的各个类群间也呈爆发式进化 ;介形类的速足介和丽足介两个类群是非单系起源的 ,它们的分化发生在甲壳纲各类群的分化之前 ;所有分析均显示速足介类支系中的金星介科的文杜维异壳介 ( H eterocypris vandouwei)、中华薄壳介 ( Dolerocyprissinensis)、Stenocyprismajor和 H eterocyprissp.组成一个单系类群。 展开更多

关键词 节肢动物 18SrRNA基因 系统发生树 进代

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牛的巴贝斯虫18S rRNA基因序列比较研究 被引量：26

13

作者 罗建勋 殷宏 +10 位作者 刘光远 关贵全 刘志杰 刘爱红 党志胜 马米玲 鲁炳义 孙彩琴 白启 吕文顺 陈溥言 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第9期906-911,共6页

对中国已报道的8株牛的巴贝斯虫(包括1株牛巴贝斯虫、1株双芽巴贝斯虫、1株大巴贝斯虫、3株卵形巴贝斯虫和2株巴贝斯虫未定种)的18S rRNA基因序列进行了测定与比较.自感染动物的血液中纯化虫体,提取基因组DNA,PCR扩增靶基因,然后将其连... 对中国已报道的8株牛的巴贝斯虫(包括1株牛巴贝斯虫、1株双芽巴贝斯虫、1株大巴贝斯虫、3株卵形巴贝斯虫和2株巴贝斯虫未定种)的18S rRNA基因序列进行了测定与比较.自感染动物的血液中纯化虫体,提取基因组DNA,PCR扩增靶基因,然后将其连接到pGEM-T Easy载体上,进行克隆测序.研究结果显示:牛的巴贝斯虫18S rRNA基因大小在1 653～1 699 bp之间;用所测得的和自GenBank下载的各种动物的巴贝斯虫18SrRNA基因序列构建了系统发生树,发现由刻点血蜱传播的大巴贝斯虫伊犁株与由长角血蜱传播的3株卵形巴贝斯虫存在明显差别,应属于2个独立种;由小亚璃眼蜱传播的牛巴贝斯虫未定种不同于目前已报道的任何种类,在中国应为一个新种.因而,中国存在5种牛的巴贝斯虫,即:牛巴贝斯虫,双芽巴贝斯虫、大巴贝斯虫,卵形巴贝斯虫和巴贝斯虫未定种. 展开更多

关键词 比较 系统发生树 18S RRNA 牛的巴贝斯虫

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运用微卫星标记分析11个鸭种(群)的亲缘关系 被引量：24

14

作者 龚道清 张红 +5 位作者 张军 赵旭庭 段修军 杨廷桂 陈章言 高玉时 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第12期1256-1260,共5页

利用9个微卫星标记对11个鸭种(群)的平均基因杂合度、多态信息含量以及群体间的亲缘关系进行分析。结果11个鸭种的平均基因杂合度为0.659 9;平均多态信息含量为0.596 6。其中,黑羽番鸭(白头)平均基因杂合度最高,为0.694 8,荆江麻鸭平均... 利用9个微卫星标记对11个鸭种(群)的平均基因杂合度、多态信息含量以及群体间的亲缘关系进行分析。结果11个鸭种的平均基因杂合度为0.659 9;平均多态信息含量为0.596 6。其中,黑羽番鸭(白头)平均基因杂合度最高,为0.694 8,荆江麻鸭平均遗传杂合度最低,为0.575 7。平均多态信息含量也出现了类似的结果,说明黑羽番鸭(白头)遗传多样性最丰富。根据遗传距离构建NJ系统发生树,系统发生树分析结果表明:黑羽番鸭(纯黑)、黑羽番鸭(白头)、白羽番鸭聚为第1类群;山麻鸭、金定鸭、高邮鸭聚为第2类群;苏牧白羽鸭、苏牧黑羽鸭、龙白鸭、苏牧麻鸭、荆江麻鸭聚为第3类群。 展开更多

关键词 鸭 微卫星 杂合度 系统发生树

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苜蓿全基因组WRKY转录因子基因的分析 被引量：31

15

作者 江腾 林勇祥 +2 位作者 刘雪 江海洋 朱苏文 《草业学报》 CSCD 北大核心 2011年第3期211-218,共8页

蒺藜苜蓿的基因组较小,遗传转化相对容易,是国际上广泛用于研究豆科植物的模式植物,其全基因组测序已经完成。WRKY转录因子是近年来在植物中发现的N-端含有WRKYGQK高度保守氨基酸序列的新型转录调控因子,调节启动子中含W-box元件的调节... 蒺藜苜蓿的基因组较小,遗传转化相对容易,是国际上广泛用于研究豆科植物的模式植物,其全基因组测序已经完成。WRKY转录因子是近年来在植物中发现的N-端含有WRKYGQK高度保守氨基酸序列的新型转录调控因子,调节启动子中含W-box元件的调节基因和(/或)功能基因的表达,从而参与植物的各种防卫反应。本研究以苜蓿基因组序列(Mt2.0)为材料,利用生物信息学方法分析苜蓿全基因组WRKY转录因子基因的数目、种类、系统发生学、保守基序,结果表明,苜蓿中共有28个WRKY基因,其中5个基因含有2个WRKY结构域,共含有33个WRKY结构域,根据其结构域特点可以分为3个大类,同时与水稻WRKY基因进行了比较研究,发现基因数目远少于拟南芥和水稻,同时研究证实苜蓿与水稻WRKY基因的起源和进化关系存在较大差异,显示出苜蓿WRKY进化有其独特的特点,此外分析苜蓿WRKY基因的保守motif共有46个,筛选得到WRKY结构域的5个保守motif。该研究对苜蓿WRKY基因功能的研究及进化具有重要的意义。 展开更多

关键词 苜蓿 WRKY 系统发生树 生物信息学

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牛泰勒虫18S rRNA基因序列比较研究 被引量：15

16

作者 刘爱红 关贵全 +6 位作者 刘军龙 李有全 马米玲 牛庆丽 任巧云 殷宏 罗建勋 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第7期1063-1068,共6页

作者对中国兽医微生物菌种保藏中心原虫资源库内收藏的3种牛源泰勒虫10个地方分离株（包括4株环形泰勒虫、3株瑟氏泰勒虫和3株中华泰勒虫）的18S rRNA基因序列进行了测定，并用所测得的牛的泰勒虫中国株基因序列和自GenBank下载的各种... 作者对中国兽医微生物菌种保藏中心原虫资源库内收藏的3种牛源泰勒虫10个地方分离株（包括4株环形泰勒虫、3株瑟氏泰勒虫和3株中华泰勒虫）的18S rRNA基因序列进行了测定，并用所测得的牛的泰勒虫中国株基因序列和自GenBank下载的各种泰勒虫18S rRNA基因序列构建了系统发生树。结果显示：牛的3种泰勒虫18S rRNA基因大小在1740-1890 bp，并有规律地分布于3个不同的进化枝上，且种内地方分离株之间的同源性明显大于种间同源性，说明采用18S rRNA基因序列测定方法对牛的泰勒虫进行分类与传统分类方法具有较好的符合性。该研究也可为建立针对18S rRNA基因为靶标的牛的泰勒虫病PCR检测方法奠定基础。 展开更多

关键词 牛 泰勒虫 18S RRNA基因 系统发生树 分类

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养殖鱼类链球菌病病原的分离鉴定及其16S rDNA分析 被引量：31

17

作者 周素明 李安兴 +1 位作者 马跃 刘瑞明 《中山大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2007年第2期68-71,共4页

从患病的海水网箱养殖鱼中分离到5株链球菌,分别命名为HD-1、HD-2、HD-3、HD-4和HD-50。常规生化结果表明,其中4株即HD-1、HD-2、HD-3和HD-4为海豚链球菌(Streptococcus iniae);另外1株即HD-50为停乳链球菌(Streptococcus dysgalactiae... 从患病的海水网箱养殖鱼中分离到5株链球菌,分别命名为HD-1、HD-2、HD-3、HD-4和HD-50。常规生化结果表明,其中4株即HD-1、HD-2、HD-3和HD-4为海豚链球菌(Streptococcus iniae);另外1株即HD-50为停乳链球菌(Streptococcus dysgalactiae)。分别对上述分离菌株的16S rDNA进行PCR扩增和测序,并与NC-BI中收录的其它链球菌的16S rDNA序列一起进行聚类分析并构建了系统发生树,确定其分类地位。分子分析结果与生化鉴定结果一致。攻毒实验表明以上4株S.iniae均能引起罗非鱼发病,呈现典型的链球菌病症状,并能从发病的罗非鱼脑、心、肝肾和血液中成功回收S.iniae。以上生化和分子生物学鉴定以及罗非鱼攻毒实验结果表明养殖鱼类链球菌病的主要病原为S.iniae,这与国外有关鱼类链球菌病病原的研究报道一致。 展开更多

关键词 链球菌病 16S RDNA 海豚链球菌 系统发生树

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辽宁省鼠类感染肾综合征出血热的病原学及分子生物学检测比较 被引量：9

18

作者 秦彩明 刘芸 +3 位作者 姚文清 孙英伟 韩仰欢 张稷博 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期528-531,共4页

目的了解辽宁省鼠间带毒、鼠密度及鼠种构成与汉坦病毒的分子特征。方法采用夹夜法对鼠密度、鼠种构成及鼠带毒率进行监测,用间接免疫荧光方法检测HFRS抗原,用Vero-E6细胞对病毒进行传代分离,RT-PCR方法对阳性毒株进行基因分型及测序分... 目的了解辽宁省鼠间带毒、鼠密度及鼠种构成与汉坦病毒的分子特征。方法采用夹夜法对鼠密度、鼠种构成及鼠带毒率进行监测,用间接免疫荧光方法检测HFRS抗原,用Vero-E6细胞对病毒进行传代分离,RT-PCR方法对阳性毒株进行基因分型及测序分析。结果鼠密度在春秋季各出现一个高峰,村内鼠密度高于村外鼠密度,褐家鼠为优势鼠种。带毒率无显著性差异,各鼠种间带毒率无显著性差异。5株病毒,有2个遗传分支,4株为HV的SEO型,1株为HTN型,4株SEO型HV基本位于系统发生树的同一进化枝上;1株HTN型HV,与汉滩病毒标准株76-118接近。结论辽宁省每年存在春秋季两个鼠密度高峰,带毒率同季节及鼠种无关。辽宁省是以SEO型HV为主的SEO和HTN混合型疫区,且SEO型汉坦病毒变异较小。 展开更多

关键词 肾综合征出血热 鼠密度 汉坦病毒 RT-PCR 系统发生树

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南京地区人感染杯状病毒的病原学检测 被引量：8

19

作者 许可 张雪峰 +2 位作者 李亮 吴斌 朱凤才 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第10期937-940,共4页

目的了解南京地区病毒性腹泻患者中杯状病毒的感染情况,明确该地区杯状病毒的主要基因型和分子进化特点。方法收集南京市儿童医院疑似病毒性腹泻粪便标本155例,南京市某三甲医院成人腹泻标本8例,采用RT-PCR方法检测粪便中诺如病毒和札... 目的了解南京地区病毒性腹泻患者中杯状病毒的感染情况,明确该地区杯状病毒的主要基因型和分子进化特点。方法收集南京市儿童医院疑似病毒性腹泻粪便标本155例,南京市某三甲医院成人腹泻标本8例,采用RT-PCR方法检测粪便中诺如病毒和札如病毒的多聚酶区核酸片段,并测序以明确基因型,对核苷酸序列使用CLUSTALW和phylip软件分析病毒的分子进化和亲缘关系。结果婴幼儿的155例标本共检出15例杯状病毒阳性,检出率达到9.7%,成人检出5份阳性,与婴幼儿感染的诺如病毒核酸在多聚酶区未发现显著差异,均为GⅡ4型,与GENBANK上序列号为EU074213(苏州)、EU096514、EF200699的毒株有较高的同源性;婴儿腹泻中有一例经核酸序列比对确认为札如病毒感染,为SGⅡ型,与GENBANK上序列号为AF439862的有94%的同源性。结论杯状病毒是本地区病毒性腹泻的重要病原体,感染的该病毒以诺如病毒GⅡ4型为主,与近年多个地区发现的该病毒有较近的亲缘关系。南京地区存在札如病毒感染。 展开更多

关键词 诺如病毒 札如病毒 基因型 系统发生树

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应用STR研究广西地区少数民族的群体遗传学关系 被引量：7

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作者 金天博 高雅 +2 位作者 阎春霞 陈腾 李生斌 《中南大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2004年第6期619-622,共4页

目的 :研究我国广西地区不同少数民族及其亚群的遗传学关系。方法 :选择 6个具有遗传稳定性的STR位点 (D3S135 8,vWA ,FGA ,D5S818,D13S317,D7S82 0 )作为分子遗传标记 ,收集中国广西阳朔壮族、宛田瑶族血液样本 ,使用ABI377全自动测序... 目的 :研究我国广西地区不同少数民族及其亚群的遗传学关系。方法 :选择 6个具有遗传稳定性的STR位点 (D3S135 8,vWA ,FGA ,D5S818,D13S317,D7S82 0 )作为分子遗传标记 ,收集中国广西阳朔壮族、宛田瑶族血液样本 ,使用ABI377全自动测序仪进行STR分型 ,并结合已公开发表的广西地区其他民族的 6个STR位点群体遗传学资料 ,进行Hardy Weinberg平衡检验 ,计算H ,PIC ,DP和PPE ,采用Nei′s法计算各人群间的遗传距离 ,采用组间平均连锁法进行聚类分析 ,采用UPGMA法绘制系统发生树。结果 :15个人群的 6个STR位点基因型分布符合Hardy Weinberg平衡定律 (P >0 .0 5 ) ;H分布在 0 .6 4 82～ 0 .92 99,PIC分布在 0 .5 70 6～ 0 .86 6 2 ,DP分布在 0 .82 5 8～ 0 .970 6 ,PPE分布在 0 .4 2 15～ 0 .9917;广西京族与东兴京族的遗传距离最小 (0 .0 0 0 7) ,广西仡佬族与宛田瑶族遗传距离最大 (0 .2 391) ;聚类分析与系统发生树结果一致 ,15个人群大致分为 2组。结论 :6个STR位点在广西15个民族群体中总体上存在较高的杂合度、遗传多态性和个体识别力 ;广西不同民族之间存在一定的基因交流 。 展开更多

关键词 人群 系统发生树 不同民族 基因型分布 亚群 群体遗传学 关系 STR位点 中国广西 基因交流

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