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家蚕全基因组启动子预测及基于芯片表达谱的精巢偏向表达启动子顺式元件分析
1
作者
查幸福
殷志明
+4 位作者
周春燕
李俊龙
张李颖
向仲怀
夏庆友
《蚕业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第2期216-222,共7页
启动子是基因的重要组成部分,决定mRNA的转录,从而实现生物的有序发育过程。基于家蚕基因组和全长cDNA序列数据,鉴定了1 341条家蚕启动子序列。序列分析显示,在启动子-500~200 bp区间的GC、AT含量分别出现了1次和2次高峰值。TATA框(TATA...
启动子是基因的重要组成部分,决定mRNA的转录,从而实现生物的有序发育过程。基于家蚕基因组和全长cDNA序列数据,鉴定了1 341条家蚕启动子序列。序列分析显示,在启动子-500~200 bp区间的GC、AT含量分别出现了1次和2次高峰值。TATA框(TATA-box)、起始子(Inr)、CAAT框(CAAT-box)和GC框(GC-box)等元件分别在256、453、200、334个启动子中被鉴定出,前3种元件集中分布于启动子-500~200 bp区间,第4种元件主要分布在-1 600^-300 bp上游较远处。进一步利用家蚕芯片表达谱数据发现23个启动子为精巢偏向表达基因的启动子。顺式元件分析这些精巢偏向表达启动子中含有6个高频率基序(motif),其中3个motif在精巢偏向表达启动子中的出现频率显著高于对照组,暗示这3个motif在精巢偏向表达基因的转录调控中可能起着重要作用。
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关键词
家蚕基因组
启动子
结构特征
精巢偏向表达
顺式元件
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职称材料
题名
家蚕全基因组启动子预测及基于芯片表达谱的精巢偏向表达启动子顺式元件分析
1
作者
查幸福
殷志明
周春燕
李俊龙
张李颖
向仲怀
夏庆友
机构
家蚕基因组生物学国家重点实验室
出处
《蚕业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第2期216-222,共7页
基金
国家重点基础研究发展计划"973"项目(No.2012CB114600)
国家自然科学基金项目(No.31272502)
文摘
启动子是基因的重要组成部分,决定mRNA的转录,从而实现生物的有序发育过程。基于家蚕基因组和全长cDNA序列数据,鉴定了1 341条家蚕启动子序列。序列分析显示,在启动子-500~200 bp区间的GC、AT含量分别出现了1次和2次高峰值。TATA框(TATA-box)、起始子(Inr)、CAAT框(CAAT-box)和GC框(GC-box)等元件分别在256、453、200、334个启动子中被鉴定出,前3种元件集中分布于启动子-500~200 bp区间,第4种元件主要分布在-1 600^-300 bp上游较远处。进一步利用家蚕芯片表达谱数据发现23个启动子为精巢偏向表达基因的启动子。顺式元件分析这些精巢偏向表达启动子中含有6个高频率基序(motif),其中3个motif在精巢偏向表达启动子中的出现频率显著高于对照组,暗示这3个motif在精巢偏向表达基因的转录调控中可能起着重要作用。
关键词
家蚕基因组
启动子
结构特征
精巢偏向表达
顺式元件
Keywords
Bombyx genome
Promoter
Structural fea-ture
Testis-biased expression
Cis-element
分类号
S881.2 [农业科学—特种经济动物饲养]
Q811.4 [生物学—生物工程]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
家蚕全基因组启动子预测及基于芯片表达谱的精巢偏向表达启动子顺式元件分析
查幸福
殷志明
周春燕
李俊龙
张李颖
向仲怀
夏庆友
《蚕业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2014
0
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