最小顶点覆盖问题的改进粘贴模型 被引量：9

1

作者 董亚非 张家秀 +1 位作者 殷志祥 许进 《电子与信息学报》 EI CSCD 北大核心 2005年第4期556-560,共5页

DNA计算是一种模拟生物分子DNA的结构并借助于分子生物技术进行计算的新方法。它开创了以化学 反应作为计算工具的先例,具有广阔的应用前景。本文简单回顾了DNA计算的发展,并简要介绍了分子计算的一 种模型--粘贴模型。最后我们利用粘... DNA计算是一种模拟生物分子DNA的结构并借助于分子生物技术进行计算的新方法。它开创了以化学 反应作为计算工具的先例,具有广阔的应用前景。本文简单回顾了DNA计算的发展,并简要介绍了分子计算的一 种模型--粘贴模型。最后我们利用粘贴模型的基本原理,运用荧光标记技术,提出了最小顶点覆盖问题的表面技 术解决方案。 展开更多

关键词 DNA计算 粘贴模型 荧光标记技术 最小顶点覆盖问题

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基于粘贴模型的图顶点着色问题的DNA算法 被引量：11

2

作者 马季兰 杨玉星 《计算机应用》 CSCD 北大核心 2006年第12期2998-3000,共3页

为了用生化实验的方法解决图的顶点着色问题,基于粘贴模型的巨大并行性,将着色问题转化为可满足性问题,提出一个基于粘贴模型的DNA算法。通过一个实例给出了操作步骤,并对生化反应过程进行了模拟,得出具体的着色方案,证明了该算法的可... 为了用生化实验的方法解决图的顶点着色问题,基于粘贴模型的巨大并行性,将着色问题转化为可满足性问题,提出一个基于粘贴模型的DNA算法。通过一个实例给出了操作步骤,并对生化反应过程进行了模拟,得出具体的着色方案,证明了该算法的可行性。 展开更多

关键词 DNA计算 粘贴模型 NP-完全问题 图顶点着色

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基于DNA粘贴模型求解最小集合覆盖问题 被引量：3

3

作者 王鸣涛 叶春明 马慧民 《上海理工大学学报》 EI CAS 北大核心 2008年第1期41-44,49,共5页

运用DNA计算模式中基于粘贴运算的粘贴模型求解最小集合覆盖问题.在粘贴模型中,用存储复合体来表示子集,并利用粘贴运算的巨大并行性,可以有效地求解最小集合覆盖问题.举例说明了基于DNA粘贴模型求解最小集合覆盖问题的过程.

关键词 粘贴模型 最小集合覆盖问题 试管 存储复合体

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基于粘贴模型的两类全排问题的DNA算法

4

作者 栗青生 杨玉星 马季兰 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2010年第4期46-48,共3页

基于粘贴模型的巨大并行性,分别给出了线性全排列和圆周全排列问题的粘贴DNA算法;分析了两类问题的DNA算法的不同之处;通过一个实例给出了实验操作步骤,并对生化实验进行了模拟,得出了正确的结果,从而证明了算法的可行性。最后,对算法... 基于粘贴模型的巨大并行性,分别给出了线性全排列和圆周全排列问题的粘贴DNA算法;分析了两类问题的DNA算法的不同之处;通过一个实例给出了实验操作步骤,并对生化实验进行了模拟,得出了正确的结果,从而证明了算法的可行性。最后,对算法的操作复杂度进行了分析。 展开更多

关键词 全排列 圆排列 DNA计算 粘贴模型

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基于改进的粘贴模型求解图最大独立集的DNA算法

5

作者 薛圣伟 王淑栋 +1 位作者 赵秉清 马芳芳 《山东科技大学学报（自然科学版）》 CAS 2008年第4期57-59,98,共4页

改进的DNA粘贴模型在解决SAT问题时所需的寡核苷酸片段数量有显著降低,对改进的粘贴模型做了进一步的改进,建立了图最大独立集的一种改进的DNA粘贴模型。首先将图的独立集问题转化为可满足性问题,然后利用本文改进的粘贴模型给出了图的... 改进的DNA粘贴模型在解决SAT问题时所需的寡核苷酸片段数量有显著降低,对改进的粘贴模型做了进一步的改进,建立了图最大独立集的一种改进的DNA粘贴模型。首先将图的独立集问题转化为可满足性问题,然后利用本文改进的粘贴模型给出了图的最大独立集的DNA算法。最后通过一个实例给出算法实现并求出了最大独立集。 展开更多

关键词 DNA计算 粘贴模型 NP完全问题 图的最大独立集

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粘贴模型在两类特殊问题中的改进算法研究

6

作者 任晓玲 白雪 刘希玉 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2012年第S3期252-255,共4页

为了避免对初始解空间的复杂过滤,同时充分利用粘贴模型在生物操作过程中的优越性,设计了基于粘贴模型的改进DNA算法。对于最小支配集问题和最小顶点覆盖问题,算法设计可以直接生成可满足解的解空间,使解空间的规模小于O(2n),从而简化... 为了避免对初始解空间的复杂过滤,同时充分利用粘贴模型在生物操作过程中的优越性,设计了基于粘贴模型的改进DNA算法。对于最小支配集问题和最小顶点覆盖问题,算法设计可以直接生成可满足解的解空间,使解空间的规模小于O(2n),从而简化最优解的筛选。通过具体实例说明了该算法的可行性。 展开更多

关键词 DNA计算 粘贴模型 最小支配集 最小顶点覆盖

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图的最大团与最大独立集粘贴DNA计算模型 被引量：10

7

作者 范月科 强小利 许进 《计算机学报》 EI CSCD 北大核心 2010年第2期305-310,共6页

粘贴模型(stickermodel)是DNA计算中一个很重要的模型.其主要原理就是采用单双链混合型DNA分子进行编码,其优点在于在生物操作过程中不需要DNA链的延伸,不需要生物酶的作用以及DNA链可重复使用等,因此引起了来自不同学科的学者们的广泛... 粘贴模型(stickermodel)是DNA计算中一个很重要的模型.其主要原理就是采用单双链混合型DNA分子进行编码,其优点在于在生物操作过程中不需要DNA链的延伸,不需要生物酶的作用以及DNA链可重复使用等,因此引起了来自不同学科的学者们的广泛关注与兴趣.文中提出了一种求解图的最大团问题的DNA计算模型,该模型采用了两种基本并行计算处理思想,一种是将图分解成小的子图来处理的并行思想;另一种是进行并行生物操作. 展开更多

关键词 DNA计算 粘贴模型 最大团问题

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粘贴DNA模型的多级分离技术及其应用 被引量：7

8

作者 马季兰 杨玉星 孙承意 《计算机工程与设计》 CSCD 北大核心 2007年第13期3039-3041,3065,共4页

利用粘贴DNA模型现有的4种基本操作来解决问题效率低下,为解决这一问题,提出多级分离的概念,设计一个多级分离装置的模型,引入了多级分离技术。以可满足性问题(satisfiability problem,SAT)为例说明了该技术与装置的应用;通过实例的分... 利用粘贴DNA模型现有的4种基本操作来解决问题效率低下,为解决这一问题,提出多级分离的概念,设计一个多级分离装置的模型,引入了多级分离技术。以可满足性问题(satisfiability problem,SAT)为例说明了该技术与装置的应用;通过实例的分析对比,展示了该技术的优越性。最后,证实了多级分离装置的有效性,并对多级分离技术的前景给予了展望。 展开更多

关键词 粘贴模型 DNA计算 分离 多级分离 可满足问题

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基于粘贴DNA计算模型的分子逻辑与门的实现 被引量：2

9

作者 黄布毅 王延峰 崔光照 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2005年第24期112-114,159,共4页

理论上来说,基于DNA的分子逻辑门是DNA计算机体系结构的产生基础和DNA计算机实现技术的硬件基础。文章提出了一种新的基于粘贴DNA计算模型的分子逻辑与门的实现方法。在此方法中,逻辑门、输入信号和输出信号是DNA分子。可以实现DNA类型... 理论上来说,基于DNA的分子逻辑门是DNA计算机体系结构的产生基础和DNA计算机实现技术的硬件基础。文章提出了一种新的基于粘贴DNA计算模型的分子逻辑与门的实现方法。在此方法中,逻辑门、输入信号和输出信号是DNA分子。可以实现DNA类型的逻辑门操作。需要使用包括聚合酶链反应(DNA)、琼脂糖凝胶电泳、探针的标记与检测等标准的生物工程技术。这些技术集成于DNA芯片中可用于DNA计算机的研制。 展开更多

关键词 计算 粘贴模型 分子逻辑与门

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粘贴DNA计算模型的几种分子逻辑门的实现 被引量：2

10

作者 王延峰 崔光照 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2006年第1期31-33,46,共4页

理论上来说,基于DNA的分子逻辑门是DNA计算机体系结构的产生基础和DNA计算机实现技术的硬件基础。在这篇论文中,我们在先前提出的基于粘贴DNA计算模型的分子逻辑与门的实现方法的基础上,进一步提出了基于粘贴DNA计算模型的分子逻辑或门... 理论上来说,基于DNA的分子逻辑门是DNA计算机体系结构的产生基础和DNA计算机实现技术的硬件基础。在这篇论文中,我们在先前提出的基于粘贴DNA计算模型的分子逻辑与门的实现方法的基础上,进一步提出了基于粘贴DNA计算模型的分子逻辑或门和与非门的实现方法。与先前方法类似,逻辑门、输入信号和输出信号是DNA分子。可以实现OR,NOT和NAND类型的逻辑门操作。需要使用包括聚合酶链反应(PCR),琼脂糖凝胶电泳,探针的标记与检测等生物工程技术。这些技术集成于DNA芯片中可用于DNA计算机的研制。 展开更多

关键词 DNA计算 粘贴模型 分子逻辑或门 分子逻辑非门 分子逻辑与非门

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基于粘贴和2-臂DNA模型的层次聚类算法 被引量：1

11

作者 白雪 任晓玲 刘希玉 《计算机应用》 CSCD 北大核心 2013年第2期308-310,315,共4页

为了充分利用DNA分子在生物计算中的高度并行性和强大的存储能力,将DNA计算引入层次聚类实现对数据集的全局搜索。提出了粘贴模型与2-臂DNA分子相结合的混合模型求解最近邻层次聚类的DNA算法。针对二维数据空间,算法首先基于最小生成树... 为了充分利用DNA分子在生物计算中的高度并行性和强大的存储能力,将DNA计算引入层次聚类实现对数据集的全局搜索。提出了粘贴模型与2-臂DNA分子相结合的混合模型求解最近邻层次聚类的DNA算法。针对二维数据空间,算法首先基于最小生成树思想产生图的边的所有组合链;其次筛选含n-1条边的链,基于边附着顶点,并选择包含全部顶点的复合链;再将复合链末尾连接相应边的权值片段,电泳出最短链;最后通过荧光分析法读解,得到最终的聚类结果。与已有文献同类算法对比表明,该算法在保持多项式操作时间下,更充分考虑连接边的长度,并将读解步骤数限定为常数步。 展开更多

关键词 DNA计算 层次聚类 最小生成树 粘贴模型 2-臂DNA分子

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基于粘贴DNA芯片模型的八皇后问题算法 被引量：7

12

作者 周康 同小军 许进 《系统工程学报》 CSCD 北大核心 2008年第3期372-376,共5页

提出了粘贴 DNA 芯片模型,该模型综合了粘贴模型的筛选功能和 DNA 芯片模型的检测功能.利用这两个特点设计了基于粘贴 DNA 芯片模型的求解八皇后问题全部解的 DNA 算法.该算法首先产生所有可能的解,再分别按照行要求,列要求和对角线要... 提出了粘贴 DNA 芯片模型,该模型综合了粘贴模型的筛选功能和 DNA 芯片模型的检测功能.利用这两个特点设计了基于粘贴 DNA 芯片模型的求解八皇后问题全部解的 DNA 算法.该算法首先产生所有可能的解,再分别按照行要求,列要求和对角线要求逐步筛选出八皇后问题的全部解.利用 DNA 芯片检测出实验结果,然后对每个实验步骤分析了算法的生化实现过程并得到了八皇后问题的全部解.最后讨论了算法的复杂性及其优势. 展开更多

关键词 八皇后问题 粘贴DNA芯片模型 DNA编码 分离实验

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图顶点着色问题的DNA粘贴算法 被引量：13

13

作者 王淑栋 刘文斌 许进 《系统工程与电子技术》 EI CSCD 北大核心 2005年第3期568-572,共5页

利用DNA粘贴模型的巨大并行性,从图顶点着色问题的本质出发,先把着色问题分解成顶点独立集问题和顶点划分问题并给出这两个问题的DNA粘贴算法,然后调用这两个算法解决了图顶点着色问题。实例证明DNA粘贴算法在理论上可以实现的。

关键词 DNA粘贴模型 图顶点着色 顶点独立集 顶点划分

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最大匹配问题的粘贴DNA算法 被引量：3

14

作者 吴雪 宋晨阳 +2 位作者 张楠 朱煜 陈志华 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2013年第12期127-132,140,共7页

最大匹配问题(MMP)是图论中经典的组合优化问题。针对此问题提出了基于DNA粘贴计算模型的求解算法,阐述了该算法如何利用DNA链构建最大匹配问题的初始编码,说明了应用粘贴计算模型寻求最终解的生物操作过程,同时分析了此DNA并行算法的... 最大匹配问题(MMP)是图论中经典的组合优化问题。针对此问题提出了基于DNA粘贴计算模型的求解算法,阐述了该算法如何利用DNA链构建最大匹配问题的初始编码,说明了应用粘贴计算模型寻求最终解的生物操作过程,同时分析了此DNA并行算法的计算复杂度,最后给出了该算法的计算机模拟仿真结果和应用实例,得到了所给问题的最大匹配解,并对算法的可行性进行了验证和总结。 展开更多

关键词 DNA计算 最大匹配 粘贴模型

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甲骨文检索的粘贴DNA算法 被引量：3

15

作者 栗青生 杨玉星 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2008年第28期140-142,共3页

为了能更好地研究和保护甲骨文,设计了一种适合DNA计算机的甲骨文编码方式,并据此提出了进行甲骨文检索的粘贴DNA算法。根据DNA双链分子具有双螺旋结构的特性,甲骨文标准字库的编码和待检索文字的编码采用了互补的方式,以利于生化操作... 为了能更好地研究和保护甲骨文,设计了一种适合DNA计算机的甲骨文编码方式,并据此提出了进行甲骨文检索的粘贴DNA算法。根据DNA双链分子具有双螺旋结构的特性,甲骨文标准字库的编码和待检索文字的编码采用了互补的方式,以利于生化操作的执行。仿真结果表明该算法具有可行性和有效性。 展开更多

关键词 甲骨文 DNA计算 粘贴模型 DNA编码

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DNA计算模型发展分析 被引量：2

16

作者 肖绚 胡鸿豪 《计算机应用》 CSCD 北大核心 2004年第9期123-126,共4页

概述了DNA计算的起源和发展 ,对几种常用的DNA计算模型 ,如剪接模型、粘贴模型、等同检测模型等进行了介绍和分析 ,展望了今后DNA计算模型发展的趋势。

关键词 DNA计算 剪接模型 粘贴模型 等同检测模型

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一类禁位排列问题的粘贴DNA算法 被引量：1

17

作者 杨玉星 栗青生 马季兰 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2008年第30期40-42,共3页

提出了广义的分离操作和广义的多级分离操作的概念,简要说明了二者的区别,并给出了其实现方法。基于粘贴模型的巨大并行性,给出了一类禁位排列问题的粘贴DNA算法,分别使用扩展的分离操作和扩展的多级分离操作实现了该算法。通过一个实... 提出了广义的分离操作和广义的多级分离操作的概念,简要说明了二者的区别,并给出了其实现方法。基于粘贴模型的巨大并行性,给出了一类禁位排列问题的粘贴DNA算法,分别使用扩展的分离操作和扩展的多级分离操作实现了该算法。通过一个实例说明了给出的实验操作步骤,并对生化实验进行了模拟,得出了模拟结果,从而证明了该算法的可行性。最后,对算法的操作复杂度进行了分析。 展开更多

关键词 禁位排列 DNA计算 粘贴模型 分离

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Ménage问题的一种粘贴DNA算法 被引量：1

18

作者 杨玉星 王世英 《电子学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2012年第4期751-755,共5页

解决图论与排列组合难题是DNA计算领域的研究目标之一.为了使用分子生物方法解决Ménage问题,本文给出了Ménage问题的数学模型;并对解决该问题的难点进行了分析,提出一种解决方案,改进了该问题的数学模型;提出一种解决Mén... 解决图论与排列组合难题是DNA计算领域的研究目标之一.为了使用分子生物方法解决Ménage问题,本文给出了Ménage问题的数学模型;并对解决该问题的难点进行了分析,提出一种解决方案,改进了该问题的数学模型;提出一种解决Ménage问题的粘贴DNA算法并简要分析了该算法的复杂度.为了提高效率,引入广义分离和广义多级分离操作;通过一个实例给出了实验操作步骤,对实验进行了模拟. 展开更多

关键词 DNA计算 圆周排列 Ménage问题 粘贴模型

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地图着色问题的粘贴DNA算法

19

作者 杨玉星 马季兰 《广西师范大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2007年第4期96-99,共4页

提出多级分离的概念,给出一个多级分离装置的模型,并介绍粘贴模型中的多级分离操作、将地图着色问题转化为可满足性问题、基于粘贴模型的巨大并行性及多级分离的优势,提出解决该问题的粘贴DNA算法。通过一个实例给出实验操作步骤,并对... 提出多级分离的概念,给出一个多级分离装置的模型,并介绍粘贴模型中的多级分离操作、将地图着色问题转化为可满足性问题、基于粘贴模型的巨大并行性及多级分离的优势,提出解决该问题的粘贴DNA算法。通过一个实例给出实验操作步骤,并对生化反应过程进行模拟,得出具体的着色方案,从而证明了该多级分离装置的有效性以及该算法的可行性。 展开更多

关键词 DNA计算 多级分离 粘贴模型 地图着色

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图顶点着色问题的改进粘贴DNA算法

20

作者 杨玉星 马季兰 《太原理工大学学报》 CAS 北大核心 2008年第3期285-288,共4页

针对目前存在的解决图顶点着色问题的DNA算法或DNA编码量过大或复杂度太高的问题,为了提高解题效率,将多级分离技术应用到图顶点着色问题的求解中,对解决该问题原有粘贴DNA算法加以改进;改进后的算法减少了操作步骤,达到了预期目的;最后... 针对目前存在的解决图顶点着色问题的DNA算法或DNA编码量过大或复杂度太高的问题,为了提高解题效率,将多级分离技术应用到图顶点着色问题的求解中,对解决该问题原有粘贴DNA算法加以改进;改进后的算法减少了操作步骤,达到了预期目的;最后,通过对一个实例的模拟,说明了改进算法的可行性。 展开更多

关键词 DNA计算 粘贴模型 多级分离 NP-完全问题 图顶点着色

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