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基于LightGBM的蛋白质类泛素化修饰位点预测 被引量:1
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作者 陈焕超 魏志森 +2 位作者 於东军 杨敬民 杨静宇 《南京理工大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期156-163,共8页
蛋白质类泛素化修饰位点的准确识别对基础研究和药物开发都具有重要意义。该文提出了一种基于蛋白质序列特征的类泛素化修饰位点预测模型。该模型结合氨基酸的物理化学属性统计特征和氨基酸序列二元语法模式特征,训练一种轻量型梯度提升... 蛋白质类泛素化修饰位点的准确识别对基础研究和药物开发都具有重要意义。该文提出了一种基于蛋白质序列特征的类泛素化修饰位点预测模型。该模型结合氨基酸的物理化学属性统计特征和氨基酸序列二元语法模式特征,训练一种轻量型梯度提升机(Light gradient boosting machine,LightGBM)分类器预测某个蛋白质序列的类泛素化修饰位点。该文对比了不同特征的鉴别性,以及不同分类模型的预测性能。在基准数据集上的试验结果证明了该文所提方法的有效性,相比于现有方法在性能上取得了明显的提升,马修斯相关系数为91.64%。 展开更多
关键词 蛋白质翻译后修饰 蛋白质类泛素化修饰位点 基于序列的预测 轻量型梯度提升机 二元语法模式
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类泛素化修饰Neddylation在心血管疾病中的研究进展
2
作者 崔静 许佳佳 魏博 《郑州大学学报(医学版)》 CAS 北大核心 2021年第4期506-512,共7页
迄今为止,心血管疾病被认为是威胁全世界人类健康的最常见疾病之一,不仅病死率高,而且对患者的生活质量和生存有很大影响。心血管疾病的发生和发展涉及许多环境和行为因素,而且有研究[1-2]证实许多表观遗传变异参与心血管疾病的病理生... 迄今为止,心血管疾病被认为是威胁全世界人类健康的最常见疾病之一,不仅病死率高,而且对患者的生活质量和生存有很大影响。心血管疾病的发生和发展涉及许多环境和行为因素,而且有研究[1-2]证实许多表观遗传变异参与心血管疾病的病理生理过程。翻译后修饰是细胞内蛋白活性及表达的重要调控机制之一,是一种普遍存在于特定氨基酸残基上的化学修饰。 展开更多
关键词 类泛素化修饰 NEDDYLATION 心血管疾病 NEDD8
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弓形虫类泛素蛋白的研究进展及其潜在应用
3
作者 许鑫鑫 李泰峰 +3 位作者 黄丰立 德珍 赵宁宁 张晓 《山东畜牧兽医》 2025年第3期98-101,共4页
弓形虫是一种能够入侵几乎所有温血动物有核细胞的机会性病原体,其复杂的生命周期和精准的基因表达调控机制涉及多种蛋白质翻译后修饰,其中类泛素化修饰尤为重要。本文综述了弓形虫类泛素蛋白的研究进展,包括SUMO、URM1、NEDD8、UFM1和A... 弓形虫是一种能够入侵几乎所有温血动物有核细胞的机会性病原体,其复杂的生命周期和精准的基因表达调控机制涉及多种蛋白质翻译后修饰,其中类泛素化修饰尤为重要。本文综述了弓形虫类泛素蛋白的研究进展,包括SUMO、URM1、NEDD8、UFM1和ATG8等关键类泛素蛋白在弓形虫感染、应激响应、生长发育、抗氧化应激等方面的作用,以及在弓形虫疫苗研发中的潜在应用。本文旨在丰富对弓形虫类泛素蛋白的认识,为弓形虫病的防治提供新的策略和方法,并为相关研究人员提供新的思路和参考依据。 展开更多
关键词 弓形虫 泛素蛋白 类泛素化修饰
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SUMO化修饰在核受体功能调控中的作用 被引量:1
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作者 赵怡超 卜军 何奔 《生理科学进展》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期287-290,共4页
小泛素相关修饰蛋白(small ubiquitin related modifier,SUMO)修饰作用是蛋白质翻译后修饰的重要方式。SUMO化修饰与泛素化作用极为相似,并且在某些靶蛋白上可以与泛素竞争结合位点,从而起到稳定靶蛋白的作用,并参与调节靶蛋白的细胞定... 小泛素相关修饰蛋白(small ubiquitin related modifier,SUMO)修饰作用是蛋白质翻译后修饰的重要方式。SUMO化修饰与泛素化作用极为相似,并且在某些靶蛋白上可以与泛素竞争结合位点,从而起到稳定靶蛋白的作用,并参与调节靶蛋白的细胞定位、膜离子通道功能、DNA损伤修复以及转录活性等。核受体是一类在生物体内广泛分布的、配体依赖的转录因子超家族,参与机体生长发育、细胞分化,以及体内许多生理、病理过程中的基因表达调控。最近研究发现,核受体的SU-MO修饰可通过影响核受体的稳定性、转录活性、亚细胞定位等多重途径影响核受体的功能,并影响机体炎症反应及相关疾病的发生发展。本文对核受体的SUMO修饰在核受体功能调控中的作用,以及与机体相关疾病之间的关系做一简要综述。 展开更多
关键词 核受体 泛素相关修饰蛋白 类泛素化修饰
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蛋白质SUMO化修饰的蛋白质组学研究述评
5
作者 熊强强 屠俊 +3 位作者 李郡如 程金科 左建宏 陈亚兰 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期89-94,共6页
小分子泛素相关修饰物(small ubiquitin-related modifier,SUMO)化修饰在真核细胞中广泛存在,参与了多种信号转导和代谢途径。规模化鉴定SUMO化修饰蛋白质有助于从整体角度揭示SUMO化修饰的功能和作用机制。目前,有关SUMO化修饰位点的... 小分子泛素相关修饰物(small ubiquitin-related modifier,SUMO)化修饰在真核细胞中广泛存在,参与了多种信号转导和代谢途径。规模化鉴定SUMO化修饰蛋白质有助于从整体角度揭示SUMO化修饰的功能和作用机制。目前,有关SUMO化修饰位点的鉴定难度较大,如何规模化研究蛋白质的SUMO化修饰尚未有定论。基于此,该文系统分析了哺乳动物细胞中开展SUMO化修饰蛋白质组学的研究工作,并在总结其研究方法和成果的基础上,对SUMO的突变模式和富集方式进行详细分析,进而归纳出针对细胞和组织样品进行SUMO化修饰位点系统化鉴定的理想方法。 展开更多
关键词 小分子泛素相关修饰 类泛素化修饰 蛋白质组学 质谱
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SUMO及SUMO化修饰蛋白在恶性胶质瘤发生中的作用 被引量:2
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作者 齐玲 王玮瑶 +8 位作者 郑中华 张以忠 赵丽微 钟秀宏 赵东海 杨淑艳 杨宁江 任旷 于洪泉 《吉林大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期7-10,共4页
目的:观察小泛素化相关修饰蛋白质类(SUMO)及SUMO化修饰蛋白在恶性胶质瘤组织中的表达,阐明SUMO化与恶性胶质瘤发生的关系。方法:人脑正常组织和恶性胶质瘤组织样品分别作为正常对照组和恶性胶质瘤组,采用蛋白免疫印迹法检测SUMO1、SUMO... 目的:观察小泛素化相关修饰蛋白质类(SUMO)及SUMO化修饰蛋白在恶性胶质瘤组织中的表达,阐明SUMO化与恶性胶质瘤发生的关系。方法:人脑正常组织和恶性胶质瘤组织样品分别作为正常对照组和恶性胶质瘤组,采用蛋白免疫印迹法检测SUMO1、SUMO2、SUMO活化酶(Aos1和Uba2)、SUMO结合酶(UBC9)和SUMO连接酶(PIAS1、PIAS2、PIAS3和Pc2)蛋白的表达水平。结果:与正常对照组比较,恶性胶质瘤组织中SUMO1、SUMO2、Aos1、UBC9和PIAS3蛋白表达水平明显升高(P<0.01),Uba2、PIAS1和PIAS2蛋白表达水平明显降低(P<0.01)。结论:SUMO及SUMO化修饰蛋白可能对恶性胶质瘤的发生起重要的促进作用。 展开更多
关键词 泛素相关修饰蛋白质 恶性胶质瘤 基因表达
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小泛素样修饰蛋白特异性蛋白酶SENPs与癌症 被引量:2
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作者 方晋仁 尹小慧 +1 位作者 吴雅娟(综述) 杨南扬(审校) 《医学研究生学报》 CAS 北大核心 2020年第12期1310-1314,共5页
类泛素化修饰也称SUMO化修饰,是将小类泛素样修饰蛋白SUMO分子共价连接到靶蛋白上的蛋白质翻译后修饰过程。它参与转录调控、细胞周期调控、信号转导、细胞增殖和凋亡等诸多生命活动过程。在细胞内,也存在将SUMO从靶蛋白上切除下来的逆... 类泛素化修饰也称SUMO化修饰,是将小类泛素样修饰蛋白SUMO分子共价连接到靶蛋白上的蛋白质翻译后修饰过程。它参与转录调控、细胞周期调控、信号转导、细胞增殖和凋亡等诸多生命活动过程。在细胞内,也存在将SUMO从靶蛋白上切除下来的逆过程,即去SUMO化;该过程是由SUMO特异性蛋白酶一SENPs通过其异肽酶活性切断靶蛋白与SU-MO分子的异肽连接来完成。正常细胞内蛋白质的SUMO与去SUMO水平维持动态平衡;一旦这种平衡被打破,就能引起疾病甚至癌症的发生。目前已发现多种癌组织中SENPs的表达异常,文章主要就SENPs家族的表达异常对癌症发生发展的影响作一综述。 展开更多
关键词 类泛素化修饰 泛素修饰蛋白特异性蛋白酶 癌症
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SUMO化缺失对脓毒症小鼠树突状细胞功能的影响及其在脓毒症中的作用 被引量:1
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作者 王谷宜 杨飞 +3 位作者 高甜甜 吴迪凌 黄佳 李金秀 《中南大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期314-321,共8页
目的:探讨类小泛素化修饰(small ubiquitin-like modifier,SUMO)缺失对脓毒症小鼠树突状细胞(dendritic cells,DC)功能的影响及其在脓毒症中的作用。方法:建立DC特异性的泛素结合酶9(ubiquitin-conjugating enzyme 9,UBC9)缺陷(UBC9^Δ... 目的:探讨类小泛素化修饰(small ubiquitin-like modifier,SUMO)缺失对脓毒症小鼠树突状细胞(dendritic cells,DC)功能的影响及其在脓毒症中的作用。方法:建立DC特异性的泛素结合酶9(ubiquitin-conjugating enzyme 9,UBC9)缺陷(UBC9^ΔDC)小鼠和野生型(wild type,WT)小鼠的阑尾结扎穿孔(cecal ligation and puncture,CLP)脓毒症模型。计算并比较小鼠的7 d病死率;检测CLP术后24 h血液、肝和脾的细菌负荷;采用ELISA法检测CLP术后48 h小鼠血浆和骨髓来源树突状细胞(bone marrow-derived dendritic cells,BMDC)培养上清液中IL-1β,IL-6,IL-18和TNF-α水平以及小鼠脾单个核细胞培养上清液中IL-4和IFN-γ的水平;采用流式细胞术分析CLP术后48 h脾DC表面分子MHC Ⅱ,CD54和CD80的表达和脾单个核细胞中Th1,Th2细胞亚群的比例。结果:CLP术后,与WT脓毒症小鼠相比,UBC9^ΔDC脓毒症小鼠7 d病死率增加(P<0.05),血液(P<0.01)、肝(P<0.01)和脾(P<0.05)的细菌负荷增加;血浆和BMDC培养上清液中IL-1β和IL-18水平显著升高(均P<0.01);DC的数量、表面分子表达差异无统计学意义(均P>0.05);脾Th2细胞数量显著增加(P<0.05),Th1/Th2比值下调但差异无统计学意义(P>0.05),IL-4及IFN-γ水平均有升高且IFN-γ/IL-4比值显著下调(均P<0.05)。结论:SUMO化缺失可能通过DC调控炎症因子释放,异常活化T细胞,从而导致脓毒症小鼠死亡。 展开更多
关键词 脓毒症 树突状细胞 类泛素化修饰 泛素结合酶9
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SUMO-2/3与孕激素受体的共价结合及其对该受体转录活性的调节 被引量:2
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作者 韩白玉 李法曾 +8 位作者 程龙 徐小洁 蒋凯 付洁 韩永健 吕朝晖 窦京涛 张浩 叶棋浓 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第9期1493-1497,共5页
目的研究B型孕激素受体(progesterone receptor B type;PRB)是否能被SUMO-2、SUMO-3类泛素化修饰,并探讨这种修饰对孕激素受体转录活性的影响。方法以人的MCF-7 cDNA为模板进行PCR反应,扩增出SUMO-2、SUMO-3的cDNA,构建真核表达载体pcDN... 目的研究B型孕激素受体(progesterone receptor B type;PRB)是否能被SUMO-2、SUMO-3类泛素化修饰,并探讨这种修饰对孕激素受体转录活性的影响。方法以人的MCF-7 cDNA为模板进行PCR反应,扩增出SUMO-2、SUMO-3的cDNA,构建真核表达载体pcDNA3FLAG-SUMO2与pcDNA3FLAG-SUMO3;将质粒pXJ40-myc-PRB分别与pcDNA3-FLAG、pcDNA3FLAG-SUMO2、pcDNA3FLAG-SUMO3共转染人胚肾细胞293T,运用免疫共沉淀及western印迹的方法检测其是否发生类泛素化修饰;运用测定荧光素酶报告基因的方法检测类泛素化修饰对孕激素受体转录活性的影响。结果构建成功表达载体pcDNA3FLAG-SUMO2与pcDNA3FLAG-SUMO3;免疫共沉淀实验证实sumo2/3均可以与PRB共价结合;SUMO-2、SUMO-3能以孕激素依赖的方式增强PRB的转录活性。结论 SUMO-2、SUMO-3分子能够对孕激素受体PRB进行类泛素化修饰,并调节其分子功能。 展开更多
关键词 SUMO-2 SUMO-3 PRB 转录活性 类泛素化修饰
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家族性高血钾型高血压Cullin3致病突变体neddylation异常的分子机制研究 被引量:1
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作者 牛伟 周波 +3 位作者 吴萍 陈舜杰 蒋更如 张翀 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2016年第10期1420-1424,共5页
目的·探讨Cullin3(CUL3)致病突变体Cullin3Δ9(缺失9号外显子,CUL3Δ9)是否由于与COP9信号体(CSN)结合减弱而导致其类泛素化修饰异常。方法·使用含10%胎牛血清的高糖DMEM培养基培养HEK293细胞株,采用脂质体转染技术,将CSN5 si... 目的·探讨Cullin3(CUL3)致病突变体Cullin3Δ9(缺失9号外显子,CUL3Δ9)是否由于与COP9信号体(CSN)结合减弱而导致其类泛素化修饰异常。方法·使用含10%胎牛血清的高糖DMEM培养基培养HEK293细胞株,采用脂质体转染技术,将CSN5 siRNA与FLAG-CUL3质粒或FLAG-CUL3Δ9质粒共转染HEK293细胞,Western blotting观察CUL3和CUL3Δ9类泛素化修饰程度的变化;转染FLAG-CUL3或FLAG-CUL3Δ9质粒后,以金属蛋白酶抑制剂1,10-菲咯啉进行预孵育,Western blotting观察CUL3和CUL3Δ9类泛素化修饰程度的变化;在转染FLAG-CUL3质粒和FLAG-CUL3Δ9质粒后,以FLAG抗体与Dynabeads Protein G磁珠行免疫共沉淀,Western blotting观察CUL3或CUL3Δ9与CSN5的结合状态。结果·转染CSN5 siRNA后,CUL3的类泛素化修饰程度增加,而CUL3Δ9的类泛素化修饰程度无明显变化;以1,10-菲罗啉预孵育后,CUL3的类泛素化修饰程度增加,而CUL3Δ9的类泛素化修饰程度无明显变化;免疫共沉淀结果显示CUL3与CSN5结合,而CUL3Δ9与CSN5结合减弱。结论·CUL3Δ9与CSN结合减弱导致类泛素化修饰异常。 展开更多
关键词 类泛素化修饰 Cullin3 COP9信号体 家族性高血钾型高血压
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家蚕微孢子虫Ubc9蛋白的基因克隆与功能研究
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作者 吕丁丁 沈瑞 +2 位作者 孙笑笑 祝慧婷 唐旭东 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期515-526,共12页
SUMO(small ubiquitin-like modifier)修饰是一种重要的蛋白质翻译后修饰,Ubc9(ubiquitin-conjugating enzyme)是SUMO修饰靶蛋白过程中唯一的E2结合酶,在SUMO修饰过程中发挥关键作用。本研究克隆了家蚕微孢子虫(Nosema bombycis,Nb)NbU... SUMO(small ubiquitin-like modifier)修饰是一种重要的蛋白质翻译后修饰,Ubc9(ubiquitin-conjugating enzyme)是SUMO修饰靶蛋白过程中唯一的E2结合酶,在SUMO修饰过程中发挥关键作用。本研究克隆了家蚕微孢子虫(Nosema bombycis,Nb)NbUbc9基因的完整开放阅读框。序列分析表明,NbUbc9与所有来源于微孢子虫属(Nosema)的Ubc9聚类在同一大分支上,与同为Nosema属的西方蜜蜂微孢子虫(Nosema apis)和东方蜜蜂微孢子虫(Nosema ceranae)Ubc9同源性最高,说明NbUbc9蛋白在进化上高度保守。qRT-PCR分析表明,家蚕内源性Ubc9的表达量在Nb感染后有所下降,而Nb自身NbUbc9的表达显著增加。对NbUbc9基因RNAi后,Nb基因组DNA的复制水平显著下降,说明NbUbc9在Nb的细胞增殖中起着关键作用。经Pull-down和质谱分析,初步鉴定出有46个家蚕蛋白和8个Nb蛋白可能与NbUbc9相互作用,涉及蛋白质折叠与转运、去泛素化、信号转导等。研究结果为进一步研究NbUbc9在家蚕微孢子增殖中的作用提供了参考,也为开发微粒子病防治药物提供了新的方向。 展开更多
关键词 家蚕微孢子虫 类泛素化修饰 UBC9 表达分析 RNAI
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